清朝建立后，随着社会安定、战乱平息，统治者开始在全国推行垦荒政策。此时的中原地区和江南等地，可供大规模开发的耕地已经不多，人们把目光瞄向了西南的滇黔地区。
为了鼓励移民云贵一带，朝廷提出减税和贷款种子、耕牛的政策。移民与垦荒相辅相成，极大地推动了清初的经济恢复与发展。
然而，土司制度却成为在西南云贵地区，进行遗民垦荒的最大的绊脚石。
鄂尔泰就曾上疏直言
鄂尔泰说：" 没有人敢进入土司所在之地，他们互相勾结，对抗朝廷，甚至里通外国，挟洋自重。"
这种情况下，就连身为上司的省官们，都是互相推诿。
针对土司制度的弊端，鄂尔泰提出，
鄂尔泰说：" 云贵大患，无如苗蛮，欲安民必先制夷，欲制夷必改土归流。"
其实，早在雍正之前的明清时期，就曾有过小规模的改土归流。明朝永乐年间，在平定了贵州叛乱的思州、思南两个宣慰司后，朝廷在此成立贵州布政使司，派遣可以随时撤换的流官来代替当地的土司。当然，这次仅限于叛乱的两地，西南其他地方仍是土司制度。
同样的情况也发生在万历三大征之播州战役，以及康熙年间的湘西儒化等。
大规模的改土归流，到了雍正时期已经有了成熟的条件。在云贵总督鄂尔泰的主持下，雍正开始对滇、黔之地的土司实行变革。改固定的土司为朝廷任命的流官，直接管理少数民族地区的政务。
后来改土归流的规模和范围，进一步扩大。包括滇、黔、桂、川、湘、鄂6省，所涉及的民族有苗族、彝族、布依族、侗族、瑶族、水族等。云南、贵州改土归流的目标，到雍正九年基本实现。
雍正帝的改土归流促进了当地生产力的解放，使大量汉人移民西南地区，例如：云南省明末清初时，大部分人口都集中在滇池、洱海一线的腹里地带及其附近少数坝区，而在周围面积广大的边远地区只有“向未编丁”的数量甚少的“夷户”而已。
清代康熙、雍正以来，内地人口的自然增长愈益超出当地生产力的容纳和需要状况，而广西、云南除腹里以外的广大边远地区，却因为人口稀少而处于开发水平极其低下状态，甚至多有保持原始洪荒状态之处。
随着改土归流的大规模推行。再加上官方组织下的遗民垦荒相辅相成，大批内地移民的涌入，乾、嘉、道三朝期间，广西、云南的人口数量空前增加，其中，主要是腹里地区以外的边远山区的人口增长十分显著。
广西、云南的人口数量，据清朝官方的统计数字，在康熙五十二年分别为：桂省206104丁，约合人口总数100余万；滇省185865丁，约合人口总数90余万。
康熙末年的西南地区人口数量已经达到前所未有的水平，但雍正年间改土归流以后，经过乾隆、嘉庆近百年间不断有大批移民涌入，在嘉庆二十五年，广西、云南的人口总数又有显著增加，是年广西人口742万余、云南人口449万余。
从康熙末年到嘉庆末年的百年间，广西人口总数由100余万增加到700余万，云南由90余万人口增至400余万，即分别增长为原来的7倍和5倍。
由于劳动力的增多，昔日的荒山野岭得到开垦，诸多矿藏相继被采掘利用，一簇簇新兴居民点也如雨后春笋般出现和散布在丛山密箐中，从而呈现出一幅幅开发边疆的壮丽图景。
以后的清朝历代皇帝，继续沿着雍正走出来的道路，将“改土归流”的改革进行到底。
川边藏区改土归流到晚清基本实现，青海改土归流从光绪二十二年到民国十九年基本实现。
清代诗人袁枚这样评价改土归流：“改土归流一事，非君臣俱有大本领，而又深相知合者，不能办到。”
晚晴晚清诗人震钧则说：盖“改土归流”至今尚有流弊，西域无流弊也。
民国历史学家吕思勉则评价说：“清朝用兵域外，虽不得利，然其在湘西、云、贵、四川各省，则颇能竟前代所未竟之功。”