当然“改土归流”的改革，虽然利在千秋，但毕竟严重侵犯了当地土司的权力和利益，他们不愿意放弃自古以来的特权，因而蠢蠢欲动。土司叛乱此起彼伏。
清政府为了平叛频繁用兵，耗费钱粮不可计数、
雍正十二年，贵州黎平人包利在古州以“苗王出世”号召苗民反清。
第二年，官吏滥征钱粮，古州地区的八妹、高表等寨苗民蜂拥而起，聚众2万余人。古州总兵研勋率兵镇压，苗民大败。于是包利又转移到台江，队伍得以发展壮大。
随后，贵州巡抚元展成、提督哈元生等下令古州、清江（剑河）的几百清军前往镇压。然而，苗民反而包围了台拱番招坉汛城。于是元展成调集5000人去解围，结果在半路被苗民包围。
事态发生后，雍正帝立即调动6省2万余清军进入贵州平叛。然而，清军在贵州并未迅速平定叛乱，苗民趁机进攻清军空虚的营寨，叛乱范围涉及整个黔东南，苗民攻占了凯里、黄平、余庆等地，向镇远、思州等府推进。
在这个关键时候，雍正帝去世了，乾隆帝上台。这是乾隆面对的第一个挑战，他将平定苗乱作为当时最重要的事情，
弘历说：" 苗疆用兵，乃目前第一要务。"
当时，朝廷的许多大臣攻击鄂尔泰，主张停止改土归流，甚至提出放弃“苗疆。还说雍正晚年也有放弃苗疆的想法。
乾隆继位后，首先将主张放弃苗疆的大臣张照拿下，给他安上一个“假传圣旨”的大罪，说雍正帝
弘历说：" 绝无放弃苗疆之意。"
如此，朝廷大臣就不敢反对乾隆帝了。
随后，乾隆任用湖广总督张广泗为贵州巡抚，总理苗疆事务，并将元展成、董芳、哈元生等革职拿问。
为了规范清军纪律，乾隆下令禁止清军滥杀，提倡以德济威，以争取民心。
在平叛方略上，采取先安熟苗，后捣生苗，再惩熟苗，各个击破的战术。
当年十二月，张广泗在凯里兵分三路挺进苗疆，总兵力达到了1.2万人。三路清军以围攻的方式对清江发动了进攻。在清军的猛烈进攻下，苗民不断失利。清军在年底就攻破了几十个较大的苗寨，苗民死伤惨重。
乾隆元年三月，清军已经攻破了200座苗寨，包利被迫退守雷公山。
雷公山盘亘数百里，是贵州四大名山之一，这里地势崎岖、森林密布。包利将雷公山的道路挖断，以图据守。张广泗则扼守各个路口，然后四面搜剿。
到四月，包利被俘，苗民士气大落。五月，清军结束了雷公山之战。到九月，清军平定了整个苗疆。
这场打了近三年的平叛战争，是整个雍正朝改土归流过程中，规模较大的土民叛乱之一。此战共毁苗寨一千二百二十四所，斩杀一万七千余人，俘掳二万五千余。
平定苗乱后，乾隆下令“永除新疆苗赋”，以安定苗疆。除此，乾隆还规定
弘历说：" 一切自相争讼之事，俱照苗例完结，不必绳以官法。"
如此则为“以苗治苗”。
对于派遣到苗疆的官吏，乾隆必定严加审核，一定要选择清官前往，以免激烈阶级矛盾。
乾隆还在贵州推行屯田政策，大大减轻了苗民的负担。
在张广泗治理时期，苗疆屯军垦田总数在七万亩以上。垦殖活动的大力开展，促进了地主经济对原土司地区领主经济的取代。清查、没收和变卖土司土地，进行新的土地分配，客观上在民族地区扶植了一批新兴地主，一些原本无地的夷民也获得部分土地，逐渐转变成为自耕农。 [23]