正当经学昌盛、谶纬迷信流行之时，东汉初期一位朴素唯物主义思想家王充逆风而出，公开地向儒家哲学和谶纬迷信展开了挑战。
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王充字仲任，会稽上虞（今属浙江）人，生于建武三年（27），死于和帝永元（89—105）年间。他出身“细族孤门”，自幼生长在一个政治、经济上并无地位的寒庶之家。从曾祖父起，他家因打抱不平，与豪门之家结下怨仇，被迫多次易地而居。这些对王充的思想性格产生了一定的影响。王充六岁时开始读书，八岁进书馆学习。书馆中有学童百余人，皆因有过失或书写不佳，受过师长责罚，王充却是一个唯一的例外。他的学习一天天进步，据说他从老师学《论语》、《尚书》，一天就能背诵千余字。稍长，至京师洛阳太学受业，师事当时大儒班彪。王充“好博览而不守章句”，因家境贫寒，无力购书，常到洛阳书肆中去阅览出售之书，遂博通众流百家之言。后归家乡，先后做过短期县、郡功曹、州从事等小官，因出身寒微，思想见解又与当时统治者相左，被迫去职。王充感到他与仕途无缘，就一面居家教授，一面专心著述。他的大部分著作都是在“贫无一亩庇身”、“贱无斗石之秩”的情况下完成的。他先后著有《大儒》、《讥俗》、《节义》、《政务》、《论衡》、《养性》等书，大多是针对当时思想界的问题而发。现保存下来的只有《论衡》一书。
《论衡》是一部富有战斗精神的哲学巨著，历来著录为八十五篇，今传世各本，《招致》一篇，均有目无文，实存仅八十四篇。据《后汉书》王充本传记载：“充好论说，始若诡异，终有理实。以为俗儒守文，多失其真，乃闭门潜思，绝庆吊之礼，户牖墙壁各置刀笔。著《论衡》八十五篇，二十余万言，释物类同异，正时俗嫌疑。”王充在《论衡·自纪篇》中针对有人批评其书“文重”时亦云：“吾书亦才出百，而云泰多，”是《论衡》原书，当在百篇以上，今所存者，可能已非全书。书名《论衡》，王充解释说：“故《论衡》者，所以铨轻重之言，立真伪之平，非苟调文饰辞为奇伟之观也。”即是说，要实事求是地衡量言论之得失与真伪，绝非调弄笔墨，以示殊异。
王充撰写《论衡》的目的，据其自称：“是故《论衡》之造也，起众书并失实，虚妄之言胜真美也。”他所谓虚妄之言，当然是指古文经中的伪书和所有的谶纬之书。董仲舒散布的神学谶纬认为，万物相争的胜负都是由五行相生相克决定的。王充举出很多明显事例，指出神学谶纬的荒谬虚妄，并说明万物相争的胜负存亡是由其自身条件所决定。他说：“夫物之相生，或以筋力，或以气势，或以巧便，”“人有勇怯，故战有胜负，胜者未必受金气，负者未必得木精也。”谶纬中说孔子是黑龙之子，刘邦是赤龙之子，圣人、皇帝之所以为圣人、皇帝，即因他们不是人种而是龙种。王充非之曰：“若夫牡马见雌牛，雄雀见牝鸡，不相与合者，异类故也。今龙与人异类，何能感于人而施气？”
东汉初期，天命之说高唱人云。王充依据道家自然无为的思想，认为儒家“天人感应”说是虚妄的。因为“天道，自然也，无为；如谴告人，是有为，非自然也。黄老之家，论说天道，得其实矣”。在《自然篇》中，王充说：“何以（知）天之自然也？以天无口目也。案有为者，口目之类也。口欲食而目欲视，有嗜欲于内，发之于外，口目求之，得以为利欲之为也。”他尖锐地指出，如果天真能用灾异谴告人君，天也必然能任命圣君，选择像尧舜那样的君主，委以王事又何必“生庸庸之君，失道废德，随谴告之，何天不惮劳也”。他说：“六经之文，圣人之语，动言天者，欲化无道，惧愚者之言，”揭露了统治者神道设教的目的。
以唯物主义思想为武器，王充反对当时社会上各种鬼神迷信活动，提出了系统的无神论。王充首先论证了人死不为鬼。他指出精神依存于形体，他说：“人，物也；物，亦物也。物死不为鬼，人死何故独能为鬼？”据此道理，他反对人死为鬼之说。他说：“人之所以生者精气也，死而精气灭。能为精气者血脉也，人死血脉绝，竭而精气灭，灭而形体朽，灭而成灰土，何用为鬼？”王充还从物质灭化的不可逆性，论定人死不能为鬼。他用火灭不能复燃来证明这一点。他说：“人之死，犹火之灭也。火灭而耀不照，人死而智不惠，二者宜同一实。”他还用元气自然论论证人死不为鬼。他说：“人未生，在元气之中；既死，复归元气。”“人之所以聪明智惠者，以含五常之气也；五常之气所以在人者，以五藏（脏）在形中也。五藏不伤，则人智惠；五藏有病，则人荒忽……形须气而成，气须形而智。天下无独燃之火，世间安得有无体独智之精？”古代鬼神迷信的要害是主张形亡可以神存，王充批判说：“火灭光消而烛在，人死精亡而形存，谓人死有知，是谓火灭复有光也。”王充认为，“凡天地之间有鬼，非人死精神为之也，皆人思念存想之所致也。致之何由？由于疾病。人病在忧惧，忧惧见鬼出”。他指出鬼神乃人精神之幻觉，并非真有其物。
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从无鬼论出发，王充反对厚葬，提倡薄葬。他说：“孝子之养亲病也，未死之时，求卜迎医，冀祸消，药有益也。既死之后，虽审如巫咸（商代大臣，善占卜），良如扁鹊（春秋名医），终不复生。何则？知死气绝，终无补益。治死无益，厚葬何差乎”！此外，王充还反对神学迷信的种种表现，如灾祥、祸福、星变、卜筮、宅术等等。
王充在批判神学谶纬的同时，提出了他的唯物主义认识论。他认为人认识事物，必须由人的感觉器官同事物相接触，“须任耳目以定情实”，“如无闻见，则无所状”。他还指出，人才虽有高下，但要认识事物，必须学习，“不学自知，不问自晓，古今行事，未之有也”。与此同时，他还反对唯心主义的先验论。他在《论衡·实知篇》中说：“事有证验，以效实然”。他举出有关周公、晏婴、孔子、颜渊、孟子等古圣事迹的十六个历史例证，说明圣人不能先知，也必待学问而后知也。因此，他反对盲目迷信圣人，指责“世儒学者好信师而是古，以为贤圣所言皆无非，专精讲习，不知难问”。王充认为这种把儒家哲学当作圣经的学习方法，不能弄清道理，提高认识。他还说：“夫贤圣下笔造文，用意详审，尚未可谓尽得实，况仓卒吐言，安能皆是？……案贤圣之言，上下多相违；其文前后多相伐者。世之学者，不能知也。”他认为做学问的根本方法在于大胆提出疑问，同老师辩论是非，以“核道实义，证定是非”。“苟有不晓解之问，追难孔子，何伤于义？诚有传圣业之知，伐孔子之说，何逆于理”。为了证实他的见解，王充在《问孔》、《刺孟》两篇中，举出许多例子，指出圣贤之言自相矛盾之处。在《论衡》的其他部分，还分别对墨子（《命义篇》）、韩非（《韩非篇》）、邹衍（《谈天篇》）等人进行了批判。在这些批判中所涉及的问题，有许多与汉朝的政治、文化设施有直接关系。
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王充还对厚古薄今的传统观念进行了批判。他说：“俗好褒远称古，讲瑞则上世为美，论治则古王为贤，睹奇于今，终不信然”。他认为社会是不断进化的。他以汉朝与圣王辈出的周朝相比，认为周不如汉。他说：“汉之高祖、光武，周之文、武也。文帝、武帝、宣帝、孝明、今上，过周之成、康、宣王。”他强调汉王朝版图远比商、周辽阔，匈奴、鄯善、哀牢贡献牛马，古代戎狄已进化为汉之齐民，生活文化显著提高。他总结说：“夫实德化则周不能过汉，论符瑞则汉盛于周，度土境则周狭于汉，汉何以不如周？”王充指出：“汉有实事，儒者不称”，这是由于“述事者好高古而下今，贵所闻而贱所见。辩士则谈其久者，文人则著其远者”。在儒家学说盛行的当时，能够如此立说，确是振聋发聩之论。
王充从唯物观点出发，认为人类的生存，社会的秩序，都依存于物质而不依存于符瑞。他说：“夫世之所以为乱者，不以贼盗众多，兵革并起，民弃礼义，负畔其上乎？若此者，由谷食乏绝，不能忍饥寒。夫饥寒并至而能无为非者寡，然则温饱并至而能不为善者希。传曰：‘仓廪实民知礼节，衣食足民知荣辱。’让生于有余，争起于不足。谷足食多，礼义之心生，礼丰义重，平安之基立矣。”世俗每称五帝之时，凤凰来集，天下太平，家有十年之蓄，人有君子之行。王充则认为不尽如此，这可能是人们有意渲染夸大。他认为，果真如此，“方今圣世，尧舜之主，流布道化，仁圣之物，何为不生”？对神学唯心主义进行了有力的批驳。
不过，王充由于受当时生产水平和科学水平的限制，有时把自己引为论据的一些自然现象理解错误，他无法透彻阐明唯物主义思想并将其应用到社会历史分析中去，更无法理解国家治乱安危、人们富贵贫贱的真实原因，只得归之于天命，因而陷入了宿命论的历史观。如他说：“夫世乱民逆，国之危殆灾害，系于上天，贤君之德，不能消却。”“故世治非贤圣之功，衰乱非无道之致。国当衰乱，贤圣不能盛；时当治，恶人不能乱。世之治乱，在时不在政；国之安危，在数不在教。贤不贤之君，明不明之教，无能损益”。这与上述世乱的论断，是大相径庭的。他还用骨相来解释个人的贵贱寿。他说：“贵贱贫富，命也……有死生寿天之命，亦有贵贱贫富之命。”何以才能知命？用之骨体，“案骨节之法，察皮肤之理，以审人之性命，无不应者”。说明王充的唯物论，还有很大缺陷。
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王充所著《论衡》，在儒家学说和谶纬玄学盛行的时代，不可避免地要被视为离经叛道的异端邪说，禁止流行，直到东汉末年，才由著名学者蔡邕发现，带入中原，秘密藏于书库。此后历经三国、两晋、南北朝、隋唐五代，《论衡》一直以手抄本的形式流传。直至宋代，由于经济文化的发展，刻书业的兴起，北宋仁宗庆历年间，《论衡》才得以刻印，比较广泛地流传开来。南宋孝宗乾道三年（1167），洪适校刊《论衡》于会稽，《论衡》一书得到了更为广泛的传播。直到今天，王充的唯物主义思想一直闪烁着光芒，在中国古代思想史上，占据着重要的地位。