1645年五月初，李自成在湖北通山县牺牲于当地地主团练之手后，大顺政权实际上已处于瓦解状态。这主要表现在：一、曾经统治整个黄河流域和部分江、淮地区的大顺政权管辖区由于清军追击和地主官绅的叛乱已经丧失殆尽，尚存的东、西二路大顺军虽然还拥有大约数十万兵员，却回到了崇祯十四年以前的情况，没有立足之地；二、李自成的牺牲带有很大的偶然性，生前没有指定明确的继承人，在大顺军将领中享有较高威望的大将刘宗敏在李自成牺牲以前就已经被清军俘杀，跟随李、刘南撤的东路大顺军各部将领在屡遭失败后，原来的领导体制被打乱，很难形成一个新的统一指挥核心；三、大顺政权的文职官员纷纷降清或脱逃，如牛金星以丞相之尊在撤至襄阳时同他的儿子襄阳府尹牛佺一道向清军投降，军师宋献策被俘后也腼颜降清，重操旧业以占卜取悦于满洲贵族。大顺朝廷不复存在了。
史籍中常有一种误解，以为大顺军从陕西撤退的时候是全部兵马都随同李自成取道商洛、河南进入湖北的。实际上跟随李自成从西安撤退的只是潼关之战后集中于西安的主力，到达湖北襄阳一带时会合了镇守这一地区的白旺所统七万大顺军，他们遭到清英亲王阿济格的穷追猛打，连续失利，李自成、刘宗敏直接率领的就是这支军队，在本书内称之为向南撤退的东路大顺军。毫无疑问，李自成的妻子（大顺朝廷皇后）高氏也在这支队伍当中，从一些史料判断她秉性软弱，不是一个能够继承丈夫遗志、在关键时刻重整残局的人。另一路大顺军是清军占领西安以后，由李锦（李过改名）、高一功带领的陕北榆林、延安地区的驻军会合宁夏、甘肃、青海的驻防军经汉中南下四川，顺江而下进至荆州一带，形成西路大顺军，即后来的“忠贞营”前身。
东路大顺军主要将领有泽侯田见秀，义侯张鼐，绵侯袁宗第，磁侯刘芳亮，光山伯刘体纯，太平伯吴汝义，将领郝摇旗、王进才、牛万才等，他们在李自成牺牲以后，乘清阿济格军东下随即返京之机，先后进入湖南平江、浏阳一带，如刘体纯在五月间即自湖北武昌南入平江，吴汝义、田见秀、张鼐等翻越九宫山，经江西宁州（今修水县）进入平江县。由于史料残缺，我们不十分清楚李自成牺牲后，东路大顺军当中发生的变故，只知道在1645年五、六、七月这路大顺军大抵均集结于湖南平江、浏阳地区，总兵力多达二十一万余名。然而这样一支庞大的部伍在屡经挫败之后，已无复当年部署，西安时期地位与刘宗敏相等的田见秀曾以“为人宽厚”得众将心，这时仅有部卒七千，泯然普通一将，几无威信可言。原右营制将军袁宗第仅辖部卒三千，他的老部下刘体纯（曾为右营右果毅将军）却有部众三万，其弟刘体统也有兵二万。原先的裨将郝摇旗拥众四万，王进才更多达七万六千。曾独当一面的左营制将军刘芳亮所部也不过一万。这说明东路大顺军已失去统一的指挥系统，名义上大将们还保存着侯、伯爵位，实际上却是各部为政的松散同盟。
在大顺军进入湖南前一个月左右，明湖广总督何腾蛟正是从武昌左良玉军中脱逃后取道宁州、平江到达长沙。当时湖广北部（后来的湖北省）已沦入清方之手，何腾蛟即在长沙设置行辕，安官设吏，准备以湖南为基地恢复湖广全省。东路大顺军将领到达平江、浏阳后，由于领袖新丧，基地全失，决定同何腾蛟会商联合抗清。六月初一日至十五日，大顺军迫近长沙，意在同何腾蛟联络。不料，何腾蛟情报不明，以为进入湘东的大顺军只是些不成气候的“土贼”“山寇”，派长沙知府周二南会同原驻攸县燕子窝的副总兵黄朝宣领兵二千前往“扫荡”。大顺军意在和好，主动退让以表诚意，周二南却误以为“草寇”不堪一击，懵懵懂懂地“乘胜”直追。大顺军忍无可忍，于浏阳官渡一举反击，周二南被击毙，“官兵将佐杀伤无算”。何腾蛟得到败讯，才如梦初醒，知道对手是名震遐迩的大顺军。他曾备受挟制的宁南侯左良玉一听说大顺军入楚，即望风而逃，这时他手下只有黄朝宣、张先璧等为数不多的杂牌官军，根本无法迎敌，在一片惊慌失措之中“婴城为死守计”。幸好，东路大顺军将领本意是通过何腾蛟实现联合南明共同抗清，并无攻灭何腾蛟之意。明末清初人士王夫之记载说：何腾蛟“猝闻平江、浏阳间有贼野掠，意为土寇，遣长沙知府周二南率黄朝宣部兵二千人往击之。过、一功既欲降，无格斗志，按兵徐退。二南误以为怯，麾兵进薄其营，刃数贼。贼乃合战，俄顷披靡，二南坠马死之。贼追溃卒，呼欲与通语，皆益丧精魄，骛走归长沙。腾蛟知为大贼，惴惴惟婴城守。过等敛兵不欲迫长沙，执土人纵之诣腾蛟所道意，土人得释即走，亦不为通。久之，稍传闻至腾蛟所。腾蛟乃募人持白牌赍手书往。过等大喜，遂举军降，腾蛟以便宜各授总兵官……”王夫之的叙述大致反映了当时东路大顺军将领主动提出联合南明抗清的情况，但他对大顺军内部情况缺乏真确了解，错误地把李过和高一功视作东路大顺军的首领。
大约在七月间，何腾蛟同东路大顺军达成了“合营”的协议。然而，何腾蛟和他一手提拔的北抚章旷、偏抚傅上瑞对大顺军怀有深刻的敌意和猜忌，合营后“骤增兵数十万”，他们并没有诚意依靠这支久经战阵的抗清队伍；相反，在驻地和粮饷上处处加以刁难。尽管当时湖北绝大部分地方已被清军占领，但湖南全境还在明朝廷有效管辖之下。何况，清英亲王阿济格获悉李自成死讯后以为大功告成，在这年六月间就率领大军回北京避暑了。阿济格凯旋前委任了梅勒章京佟养和（即佟代、佟岱、屯代）为“总督八省军门”，带领少量军队驻守武昌，湖北各地的驻防清军主要是刚刚投降过来的原明朝官军和大顺军叛徒，兵力十分有限。换句话说，在武昌的清朝湖广总督佟养和与在长沙的明朝湖广总督何腾蛟处境相当类似，都没有多少实力。然而佟养和比何腾蛟更能面对现实，他在六月间到任之后，派出使者对尚未归附的明朝文官武将和大顺军余部广行招抚，委以重任，力求稳定和扩大自己的地盘；唯一对他不利的是清廷严厉推行的剃发改制遭到汉族军民的抵制，使他的招抚政策未能取得更大效果。何腾蛟、章旷之流却因阶级偏见目光短浅，看不到弘光朝廷覆亡后民族矛盾已上升为国内主要矛盾。他们是主张抗清的，对农民军又怀有深刻的敌意，只是在自己的官军打不过大顺军的情况下才被迫达成联合抗清的协议。因此，他们不仅没有利用湖南全省的地盘和物力给大顺军以充分的休整和补给机会，然后凭借这支武装收复湖北等地区，而是对大顺军实行分化和排挤。在东路大顺军中郝摇旗、王进才原来地位较低，他们乘大顺军兵败混乱之时各自掌握了一支数量可观的军队，难免同大顺军封侯封伯的老将产生隔阂。何腾蛟充分利用了这种矛盾，把郝摇旗、王进才收为亲信，郝摇旗被委任为督标副总兵，不久升任总兵，加封南安伯。至于田见秀、袁宗第、张鼐、刘体纯、吴汝义等大顺政权所封侯伯则备受歧视，何腾蛟既不为他们安置驻地，也不供应粮饷，这些农民军被迫就地打粮，又立即被加以掠夺的罪名。何的目的是使他们在湖南站不住脚。这年八月间，田见秀、张鼐、袁宗第、吴汝义、刘体纯、郝摇旗等在清湖广等地总督佟养和的招罗下，曾派使者至武昌同清方联络，要求安置地方供应粮饷。因清方坚持剃头，没有达成协议。不久，除郝摇旗、王进才二部留在湖南外，田见秀等东路大顺军将领都率部北入湖北，在荆州地区同李锦、高一功等九大头领率领的西路大顺军会合。
从当时形势来看，东路大顺军进入湖南之时，显然缺乏一个坚强的核心，提出联明抗清的策略是正确的，但过于软弱。在遭到何腾蛟、章旷等南明顽固派官僚的排挤时，本应以抗清大局为重，发挥自己的主力作用，一面迅速接管湖南全省地方，安抚军民，征派粮饷，休养整顿队伍；一面迫使隆武朝廷及其地方高级官员承认其合法地位。这样，在清军主力北撤、何腾蛟等实力极为薄弱的情况下，东路大顺军可以把湖南经营为抗清基地，取得人力、物力等后方保障，再同由四川东下荆州地区的西路大顺军会合，湖广局势以至整个南明局势必将大为改观。可是，田见秀、张鼐、袁宗第等计不出此，局促于浏阳、平江一隅之地，受到排挤后又移师北上，动摇于明、清之间。这不能不说是方针上的重大失误。在后期抗清斗争中，大顺军未能做出较大贡献，最重要的原因是没有自己的具有相当人力、物力的后方基地做保障，长期在南明顽固派势力和清方的夹缝中勉强支撑，这说明在李自成牺牲以后，东路大顺军组织的混乱和领导人的缺乏魄力。
1645年（顺治二年、弘光元年），李锦（李过）、高一功等部大顺军由陕西汉中南下，四月间经四川太平（今万源市）、东乡、达州、夔州、新宁等处进入湖北西部山区（西陵峡一带）。经过短期休整后，于六月间率兵东下，占领荆门州、当阳二城。七月二十日，李锦、李友、贺篮、高一功、刘汝魁、马重禧、张能、田虎、杨彦昌九营会攻荆州，“填壕搭梯，扎棚挖窑，百计攻打”；清镇守荆州副总兵郑四维据城顽抗。大顺军围攻了半个月，未能攻克该城。这支大顺军把老营（指随军家属和辎重）安置于松滋县草坪，兵马分驻在湖北荆州府境到湖南澧州一带，“横亘三百余里”。
八月间，原先跟随李自成东下的大顺军余部田见秀、刘芳亮、吴汝义、袁宗第、刘体纯、张鼐、党守素、蔺养成、王进才、牛万才等营虽然同明督师何腾蛟达成合作协议，却得不到粮饷供应，处境相当困难。吴晋锡当时担任南明衡永郴桂团练监军，曾经向何腾蛟建议：“此辈久在行间，动则奋，静则玩，及其锋而用之，分路进击，可以大有功。”何腾蛟表面上赞成他的意见，实际上却采纳了长沙道傅上瑞的主张，“以饷绌难之”。田见秀、袁宗第等部大顺军既然在湖南站不住脚，又听说李锦、高一功等部已由四川东下湖北，于是决定移军北上。除了郝摇旗、王进才二部留在何腾蛟麾下外，东路大顺军主力都移营北上，“袁宗第及田、高诸部落夺舡而行，长沙之舡顿尽”，在驻于岳州的马进忠部接应下转入荆州地区。这样，东、西两路大顺军终于会合，李锦、高一功等人才获悉了李自成殉难的详细情形，自成的妻子高氏也转入李锦（自成和她的侄儿）、高一功（高氏之弟）营中。
两路大顺军会师后，实力有所加强，但是显然缺乏一位众望所归的领导者。清方档案记载，“一只虎（李锦）等立李闯三弟为主，将所得明朝玉印（玉玺）付一只虎掌管，囤粮练兵，希图大举”。这很可能反映了东、西两路大顺军将领在推举李自成的继承人上出现分歧。李自成的三弟在大顺军战史上从未有过战功或其他作为，甚至连他的名字都没有可靠记载，后来的事实证明他从未成为大顺军的领导核心，更谈不到恢复大顺政权了。大顺军内部的缺乏足够的凝聚力，直接影响了这支颇具战斗力的队伍发挥作用。当时，湖北清军主力已经北返，湖南明军远不是大顺军对手，完全可以以大顺军为主体，迫使南明当局合作，凭借湖广地区的人力、物力资源，在抗清斗争中重振雄风。然而，由于大顺军各部的离心倾向，使他们彷徨失所，在明清之间举棋不定。明、清双方鉴于自身兵力不足，又担心大顺军危及自己的辖区，都想加以笼络。清朝湖广当局多次派人招抚，大顺军也虚与委蛇，以“受抚”为名讨荆州、湖南为安插之地。清湖广总督佟养和（佟岱、佟代，也就是下面说的“梅勒章京屯代”）因兵力有限，“招抚心切，即为应允，将田、刘、吴等安插江南；袁、刘、张、党、蔺、王、牛、马安置荆州”。顺治二年十一月佟养和奉调即将离任，以梅勒章京屯代的名称报告九月至十一月的情况说：“职差新附移文招抚一只虎李锦六次，人信不还。伊因罪恶深重，不敢就抚。复差兵备道屠奏疏谕以我清□不念旧恶，仍加升赏。该道止差官承二员赴一只虎营。相遇时待以优礼，似有招抚意。伊令先陷去郝总兵具报，请讨地方安插，并请旨封爵数语。职又差副将杜弘场、贾一选将并前恩诏书札盟状复去，仍许以尝德、澧州地方居驻，令其前来。近日闻彼与百姓公买公卖，并不杀掳。又据驻防荆州总兵马进忠数报，皆有归顺之意；兼以伊母（即自成妻高氏）再三劝谕归服。俟差官回日再报。”下文又云：“一只虎李锦投札到省，似有归顺之意。其中指取湖南，不肯剃头。职谕以我朝新制，为臣子能遵奉顺从，方见归顺之诚。先发副将杜弘场，次发副将贾一选二次招抚，候回再报。”清方坚持要李锦、马进忠等人剃头表示归顺的真心，李锦等人却坚决拒绝。“招抚”与“受抚”的表面文章再也掩盖不了互为敌国的严酷立场。李锦等一大批大顺军将领出于民族大义终于同南明隆武政权达成了共同抗清的协议。
李锦、高一功等决策联明抗清同隆武朝廷新任命的湖广巡抚堵胤锡有密切关系。堵胤锡原任长沙知府，崇祯十六年赴京朝觐时长沙被张献忠占领，大西军撤退后他回任长沙，很快被提升为武昌兵巡道，还没有到任又改为湖广提学副使。隆武初立，何腾蛟已升任湖广总督，湖广巡抚一职由堵胤锡接任。何腾蛟驻于长沙，堵胤锡则驻于常德。按体制而言，堵胤锡应受何腾蛟节制，但由于政治眼光不同，两人在对待原农民军的态度上有很大的区别。何腾蛟在长沙、浏阳、平江一带同东路大顺军达成“合营”协议是被迫的，“合营”以后就想方设法加以排挤。堵胤锡却从大局着眼，认识到只有联合农民军共同抗清才有中兴之望。当他得知大顺军各部屯集荆州、澧州一带时，就亲自赶赴湖北荆州地区的草坪李锦等的大营中谈判会盟事宜。何洯记，堵胤锡于1645年八月擢任巡抚，是时自成已死，“有侄锦代领其众，同自成妻弟高一功等渡洞庭湖踞山寨，众尚三十余万，遍肆剽掠。胤锡率左右数十骑突入其营，陈说天运、人心、兴废递变，更谕以忠义，为酾酒为誓，声泪痛激，感动群贼。于是，李锦、高一功遂同田虎、张能、党守素、袁宗第、贺篮、李来亨、塔天保、马某等诸贼首并听命归附，愿奉节度。胤锡乃上疏遣常德举人傅作霖往福建为诸降将请爵”。十一月，傅作霖到达福建行在，在隆武朝廷里立即引起一番激烈的争论。内阁大学士蒋德璟、路振飞、林增志大为不满，说：“李贼破北京，罪在不赦，其党安得封拜？”翰林兼给事中张家玉、顾之俊联名在隆武二年（1646）初上疏力主加封：“臣偶阅科抄，见湖广抚臣胤锡‘恭遇非寻常之主’一疏，不觉拊膺叹曰：吾皇上中兴在此一举矣。据抚臣称贼将李锦、尚一功（当为高一功）等原系分守西北，倾慕英主，悔罪投诚，转战千里，杀虏逾万，能已见矣。及抚臣单骑入营，貔虎之士不下数万，吴楚秦晋直欲以气吞之，此真百战雄师，天留之以资陛下也。但原疏所谓破格加恩如侯伯等爵，见者未免疑之。臣独以此弥服抚臣大略也。……皇上度半楚力能办虏复办寇乎？借使能办，亦须糜饷数万，杀人数万，血战而仅克之。楚力已竭于西北，而皇上不得一兵之用矣，孰与不糜一饷，不杀一人，一纸诏书坐收数万精兵之用哉！……伏乞皇上念事功难成，机会不再，大破庸常之见，速下诏抚之。请令胤锡即监其军，乘彼锐气，会师金陵。”御史钱邦芑也上言：“出空爵一日收三十万兵，免湖南百万生灵涂炭，抚臣此请良善。”隆武帝决定封李锦为兴国侯，诸将封伯有差，改李锦名为李赤心，高一功名为高必正，所部称“忠贞营”。
大顺军同南明隆武朝廷的联合在清方文书中也有反映。顺治二年十二月清湖南巡按宋一真揭帖中说，何腾蛟“奉隆武正朔，通联闽、粤，阴结闯孽一只虎，助以糗粮”。次年正月清招抚湖广兵部右侍郎江禹绪也依据署道唐大成的塘报奏称，何腾蛟“与一只虎等贼结为心腹，资之粮饷”。这两件文书中说的何腾蛟都是指南明湖广当局而言，清朝官员并不清楚何腾蛟同堵胤锡在政治见解上的分歧。张家玉的奏疏充分说明主张全面联合大顺军的是堵胤锡，而不是何腾蛟。隆武帝采纳了堵胤锡的建议，派马吉翔为使者前往湖广颁诏。《思文大纪》在1646年（顺治三年、隆武二年）三月下记载：“钦赐李锦御营前部左军挂龙虎将军印，御改名曰赤心，并封其母高氏为贞义一品夫人。”接着照录了诰敕原文：朕念赤心以真正英贤昔日托身非所，乃今幡然悔悟，竭奉中兴。虽名臣必待真主，亦赖其有贤母而端慈训也。近据地方督抚连章报其至诚归戴，业已挂印封侯。俟朕驻跸武昌，然后面锡铁券。再允督抚之奏，钦旌母德之贞。尔以善教为慈，赤心以遵母为孝。慈孝既萃于尔门，忠义必恒于功业。特赐尔封为贞义一品夫人，给与恩诏。仍著有司建坊，敕文用“淑赞中兴”“朝廷风标万方，尔门芳留百世”。皇后闻之，再三嘉叹，面请加恩，赐尔珠冠一顶，表里四匹，令闻远被，以显纶恩。尔高氏当时以大义训赤心，俾其一德明良于终始。全恢江省，立复金陵，一统功成，尔子拜爵于奉天殿，尔身受恩于坤宁宫，史册昭然，岂不伟欤？尔母子其钦承朕命。
这是一份大顺军余部同南明联合抗清的重要文献。分析上下文，可以明显看出文献的缺略，颁给自成妻高氏的敕中明说李锦业已挂印封侯，上文却只写挂龙虎将军印，未提及封兴国侯。按情理推算，封李锦等以侯、伯肯定在1646年三月以前。高一功改名必正也是在同一时间。
在这里，我们应当注意南明史上第一个同农民军联合抗清的是隆武朝廷。它反映了南明有识之士已经看到国内民族矛盾上升为主要矛盾这一客观事实。在南明官僚中，首先同农民军联合的是何腾蛟和堵胤锡，然而这两人的政治眼光却大有高低之分。何腾蛟的同东路大顺军合营是兵力不敌，实逼处此，在联营之后他给隆武朝廷呈上的是从大顺军将领口中得知消息而写成的《逆闯伏诛疏》，吹嘘自己如何事先布置道臣傅上瑞、章旷“联络乡勇以待”，致使李自成“误死于乡兵，……为千古大快”；接着完全隐瞒自己派周二南、黄朝宣去扫荡被打得落花流水的事实，把东路大顺军的主动提出联合抗清说成是：“自逆闯死，而闯二十余万之众，初为逆闯悲号，既而自悔自艾亦自失，遂就戎索于臣。”何腾蛟对大顺军的高级将领拼命贬抑，义侯张鼐仅授参将、郝摇旗授副总兵，其他如袁宗第、田见秀、刘芳亮、刘体纯（疏中作刘体仁）等一概斥之为“伪侯伪伯”，根本不向隆武朝廷请加封赏。他同亲信湖北巡抚章旷沆瀣一气，先是收罗湖南境内的那些害民有余、抗清无心的黄朝宣、曹志建、张先璧、刘承胤等军阀，后来又不惜代价招兵买马拼凑自己的“嫡系”，借以扼制和排挤大顺军。堵胤锡却不愧是南明官员中最具战略眼光的政治家，他深知明朝官军虽多，将领和士卒都腐败已极，要支撑抗清大业的唯一办法就是依靠农民军，使之纳入己范。史籍中常见描写堵胤锡同何腾蛟、瞿式耜等大臣的龃龉不和，而且诸书作者的阶级偏见常导致赞扬何、瞿，贬低堵胤锡，这是很不公正的。如果我们能够较为客观地考察整个南明史，那就不难看出弘光一朝地域辽阔，物产丰盈，兵员及后备力量最大，结果却为“联虏平寇”方针所葬送，数十万官军叛降清朝，反过来为满洲贵族征服江南各地效犬马之劳。隆武以后，朝廷改变方针，由“联虏平寇”转为联合农民军共同抗清，但在南明隆武至永历朝廷中的官绅大多数是把联合农民军作为权宜之计，内心里往往对农民军深怀敌意，私下甚至在某些公开场合仍斥之为“贼”。每当形势危急之时，他们把农民军推到第一线，喘息方定就以种种借口支开农民军。有限的财力都用于培植杂牌“官军”和召募“亲兵”。堵胤锡着眼于民族大义，始终不渝地奉行联络农民军共同抗清的政策。1645年秋，他赴松滋草坪同李锦、高一功等谈判，能够以明朝巡抚之尊拜见李自成的妻子高氏，这种诚意表现了他的高瞻远瞩。堵胤锡在前期同何腾蛟的矛盾，后期同瞿式耜等人的隔膜，主要根源都在这里。
堵胤锡同李锦等大顺军将领达成联合抗清的协议以后，决定不失时机地发动恢复湖北的战役。他建议何腾蛟、章旷统兵由岳州北上，自己同忠贞营一道先攻下荆州，然后引兵东下同何、章部明军会师武昌。当时，湖北清军力量相当薄弱，招抚原大顺军和马进忠的如意算盘已全部落空，形势骤然紧张。这年十二月清湖南巡按宋一真报告说：“武昌之南即为岳州，一向为马进忠、王允成分镇负固，不遵剃发，咫尺判为二民，彼此不敢往来，始犹鼠首，今且鸱张。马则受饷纳官，王竟率部南去矣。招抚部臣江禹绪开诚布公，靡不周至，不惟负隅不服，且遽朴杀去使，徒烦文告，终成画饼。闯孽一只虎冲突荆、襄、辰、常之间，兵力甚盛。”忠贞营原驻于荆州地区，这时集中力量攻城，郑四维竭力防守，已有不支之势，一再向湖广总督佟养和紧急呼救。佟养和既无兵可派，又担心何腾蛟部由岳州北攻武昌，于是同湖南巡抚何鸣銮联名向清廷派驻南京的平南大将军贝勒勒克德浑请援。
勒克德浑接到湖广求敕文书后，于1645年十二月十八日率领兵马乘船西上，次年正月初十日到达武昌。在听取了地方文武官员说明湖南、湖北的明军动向以后，决定派遣护军统领博尔惠领兵一支南下岳州迎击以马进忠、王允成为前锋的何腾蛟、章旷部；自己统率主力直趋荆州同忠贞营决战。
在这场对湖广局势有关键意义的战役中，何腾蛟与监军道章旷的昏庸无能表现得淋漓尽致。他们在长沙誓师后，兵将“蔽江而下”。正月初二日，何腾蛟、章旷到达湘阴，“期大会于岳州”。张先璧借口购买的马匹未到，逗留不进，“诸镇亦复观望”。几天以后，驻守岳州的马进忠、王允才、卢鼎、王进才四镇听说清满洲八旗兵来袭岳州，竟然不顾汛地，乘船南逃。岳州副将马蛟麟则向清军投降。何腾蛟、章旷在途中忽然遇着南窜的四镇兵，询问原因才知道是勒克德浑大军迫境。其实，博尔惠带领的只是由南京来援的一小部分满军，马进忠等人误认是清朝贝勒大军将到，拔营就跑；何、章面见四将后，不仅没有查明清方兵力和作战意图，鼓励将士继续北进，同样也被满洲兵威的虚声所吓倒，仓皇退回长沙。蒙正发记，何、章领军“至湖口，见王、马诸镇舳舻南溃，何、章二公相顾诧愕，不知所出。四镇到，面讯之，始知为贝勒渡湖故也。其实，贝勒是往西湖袭扑一只虎，非来星沙者也。太仆（监军道章旷加衔太仆寺卿）向督师（指何腾蛟）泣曰：本拟长驱直捣，孝陵（指南京）在望，今未出内地，挠沮若此，将何面目还星沙，某誓死不归也。督师唏嘘解慰，邀太仆且还，再图后举”。何腾蛟志大才疏，心胸狭窄，经常谎报军情，争夺头功。在堵胤锡督领忠贞营猛攻荆州之时，他就向隆武朝廷上疏报称已经“恢复”荆州；然而他亲自节制的明军不战自溃，岳州重镇反被清军占领，来援清军遂长驱直入。二十九日，勒克德浑军进至石首县，他探知忠贞营主力正在围攻荆州，后勤辎重分屯江南，就在二月初二日命尚书觉罗郎球往剿江南，自己统兵乘夜疾驰，初三日早晨即抵荆州城外。李锦等对勒克德浑的千里奔袭毫无所知，仍然指挥部队攻城；清军分两路直冲忠贞营营垒，李锦等猝不及防，被打得大败，向西撤退。觉罗郎球部也出其不意地击败南岸大顺军守兵，夺得船只一千余艘。第二天，勒克德浑又派奉国将军巴布泰等分兵两路追击忠贞营于安远、南漳、襄阳等境。李锦等兵员、辎重损失颇大，被迫退入三峡天险地区。监军堵胤锡堕马折臂，向湖南常德一带撤退。李自成的三弟、原大顺政权泽侯田见秀、义侯张鼐、武阳伯李友、太平伯吴汝义却在彝陵口带领部众五千余人向清军投降。四月初三日，多尔衮接到勒克德浑的捷报后，下令把自成之弟“李孜”、田见秀、张鼐、李友、吴汝义及部下将士统统杀光。
这次会攻湖北战役的失败，主要责任在于何腾蛟、章旷没有按原定计划从岳州北上进攻武昌，并且扼守城陵矶一带长江航道，致使清朝勒克德浑部如入无人之境直趋荆州；堵胤锡、李锦等人以为岳州一带有何腾蛟指挥的军队，不会有东顾之忧，注意力全集中于荆州，结果遭到清军主力偷袭，一败涂地。吴晋锡记：“赤心从湖北赴岳，以诸镇兵无一至，为北兵截前队而还。威望之损从兹始也。”由大顺军改编的忠贞营初战失利，被迫退入川鄂交界的贫瘠山区。何腾蛟、章旷自以为得计，他们同自己笼络的一批南明军阀只知在湖南蹂躏地方，浑浑噩噩，得过且过，即便是在勒克德浑率军返回南京以后，也毫无作为，连入湘重镇岳州都未收复。下文将讲到，至清军入湘时，何腾蛟、章旷节制的将领非降即逃，使南明局势日益恶化。
在南明史籍中，何腾蛟的地位非常显赫。他在弘光朝廷覆亡时拒绝了清方的招降，最后被俘坚贞不屈，英勇就义，值得肯定。然而，在抗清事业中，何腾蛟成事不足，败事有余，也是无可争辩的事实。人们往往不相信“忠臣”误国，南明史上却是屡见不鲜。
1645年三月，左良玉父子率兵顺江东下时，何腾蛟作为湖广巡抚被挟制登舟，跳入水中逃脱，然后取道江西宁州进入湖南长沙。当时湖广的南部（就是后来的湖南省）还处于明朝统治下，隆武朝廷任命他为湖广等地总督。何腾蛟既摆脱了左良玉部的挟制，又深得隆武帝的信任，而且当时清廷用兵重点在东南沿海省份，一时顾不上湖广。何腾蛟实际上掌握了湖广文武官员的任命权和湖南各州县的钱粮，如《永明县志》所记，“乙酉年，明督师何讳腾蛟退守长沙，湖南各府属钱粮俱解督府”。何腾蛟本可以做一番事业，然而，他在用人行政上倒行逆施，举措毫无足称。这首先表现在他既无知人之明，又无御将之才，却私心自用，急于拼凑一帮自己的班底。他伙同章旷、傅上瑞（二人都由他推荐为道员、巡抚）把具有抗清实力的大顺军余部主力排挤出湘，收罗并重用湖南当地的明朝杂牌军队如黄朝宣、刘承胤、曹志建、张先璧之流，为他们请官请爵，奉若骄子。这些人乘机招兵买马，扩充自己的实力，除了危害地方外一无足恃。何腾蛟的亲信章旷原先主张用“南人”（上述黄、刘、曹、张辈）排斥“响马”（大顺军），眼看这些“南”将割据自雄，连督、抚也指挥不动，又建议道：“向谓用北人不如用南人，某谓用外镇不如用亲兵。与其以有用之金钱，养望敌还奔之响马，不如养站得脚跟之南兵；与其以有限之金钱，养进止自如之外镇，不如养可予夺、遣发惟命之亲兵。且有亲兵则可以自强，自强则可以弹压响马，驾驭外镇。此壮威制胜之术也。”何腾蛟非常欣赏他的意见，于是派人分别从广西、贵州等地招募兵将，很快就拼凑成了一支三万多人的“督标”“抚标”亲军，其将领有吴承宗、姚友兴、龙见明、覃裕春、满大壮、胡跃龙、向登位等。后来的事实证明，这批乌合之众既弹压不了“响马”，也驾驭不了“外镇”，从未起过“壮威制胜”的作用。既热衷权势又昏庸无能的何腾蛟、章旷之流拼命扩充兵员，不仅丝毫没有增强湖南的抗清实力，反而严重地加重了百姓的负担，弄得民穷财尽，派系林立。王夫之记载：“腾蛟既奉便宜之命，骤加派义饷，兼预征一年民田税，每亩至六倍以上。不足，则开饷官、饷生之例，郡邑长吏皆以货为进退；又不足，则开募奸人告密，讦殷富罚饷，朝宣、先璧、承胤皆效之。湖南民展转蔓延，死亡过半。”
自从岳州失守后，明军扼守岳州南面的新墙与清方对峙。1646年（顺治三年、隆武二年）六月，清湖广当局派总兵祖可法、张应祥进攻新墙，章旷部署的“亲军”大败，满大壮阵亡，龙见明被活捉，姚友兴等闻风丧胆，丢弃汎地南逃，新墙遂为清军占领。只是由于清方动用兵力不多，目的仅限于巩固岳州防线，才没有继续南下。这年九月，何腾蛟、章旷决定大举北伐，由章旷督兵由湘阴进攻岳州，移文制抚堵胤锡督马进忠部由常德北入长江顺流接应。何、章调集的军队除督、抚标下亲军以外，还有王进才部和王允成带领的水师，浩浩荡荡水陆并进，企图一举攻下岳州，进而收取湖北。清岳州守将马蛟麟见明军势大，向武昌请援。清湖广总督罗绣锦仅派参将韩友、高士清、惠之观接应，兵力相当有限。明军进至岳州附近时，马蛟麟同副将李显功不过派数百名骑兵出战，在万由桥击败陆路明军，趁势追杀五十里；接着又击败王允成部水师。章旷失魂丧魄窜回湘阴，把战败的责任推到王进才“新营”（王进才原为大顺军偏将，后归附何腾蛟）身上。这时，堵胤锡节制的马进忠部由长江东下直至湖北嘉鱼县六矶口，“武汉震动”，得到章旷军一败涂地的消息才主动撤退。进攻湖北的计划受挫后，章旷、堵胤锡来到长沙同何腾蛟会面，堵胤锡“盛称马镇之勇，微弹湘兵之怯”，章旷、何腾蛟愧恨交加，更加仇恨曾为“响马”的大顺军和马进忠部。
清廷接到征南大将军贝勒博洛的军队平定浙江的捷报以后，为了加速征服南明，于1646年（顺治三年、隆武二年）八月十五日派遣恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明、智顺王尚可喜、续顺公沈志祥、右翼固山额真金砺、左翼梅勒章京屯泰（佟岱、佟养和）统领本部兵马南下，进攻湖广和两广，任命孔有德为平南大将军节制各部。孔有德等受命后，回辽东收拾兵马，直到1647年二月初才到达湖南岳州。这月十六日，孔有德、耿仲明、尚可喜三王带领主力由陆路、屯泰由水路，向明军扼守的新墙、潼溪进攻。明军不堪一击，纷纷如鸟兽散。十八日，清军进迫湘阴，章旷同部将逃往长沙，同督师何腾蛟商量对策。当时驻守长沙的澧阳伯王进才建议调驻守常德的马进忠、王允才部前来长沙加强防守力量。不料，马、王二部还在途中，清军就已经直趋长沙城下。王进才眼看兵力不敌，保护何腾蛟乘船南撤。二十五日，清军占领长沙。
1647—1648年清孔、耿、尚三王南征图
孔有德在占领长沙以后，为解除两翼威胁，在湖南站稳脚跟，派耿仲明进攻常德地区，尚可喜领兵直捣黄朝宣盘踞的攸县燕子窝。同时派人招降驻于浏阳的何腾蛟中军总兵董英。三月初七日，董英率部降清。马进忠、王允才部在援救长沙途中，得知该城已被清军所占，退往湘西山区，常德无军防守，遂为耿部清军占领。尚可喜兵至攸县，黄朝宣不敢迎战，遣人向清军“讨招安。恭顺王不允，要洗他巢”，黄朝宣只好收拾财物领兵窜往衡州。湖南另一明朝将领张先璧则退往宝庆（邵阳）。三月中旬，何腾蛟、章旷先后逃至衡山县。在清军追击下，他俩在云南将领赵印选、胡一青保护下逃到衡州。四月十四日衡州失守，何腾蛟、章旷又逃到永州、东安一带；黄朝宣向清军投降，由于他长期蹂躏地方，百姓怨恨，孔有德为了收买人心，下令把黄朝宣父子处死。
孔有德指挥的清军几乎没有遇到任何抵抗，就占领了湖南大部分地区。当时已入盛夏，清兵在长沙、衡州一带避暑，暂时停止了进兵。永历帝在武冈军阀刘承胤控制下苟延残喘，章旷于八月初八日病死于永州，何腾蛟奔走于武冈、永州之间一事无成。中秋以后，金风送暑，清军即开始向武冈、永州进攻，迅速占领了除湘西部分土司以外的湖南全境。何腾蛟作为南明湖广等地总督和督师，在湖南经营了一年多时间，兵员多时号称十三镇，又提拔了大批亲信文官出任巡抚等官职，不仅没有收复湖北寸土，而且在清军南下时即全盘瓦解。偏沅巡抚傅上瑞降清，章旷死后接替恢抚的吴晋锡做了清朝统治下的“遗民”，部下将领有的降清，有的逃入广西。这就是何腾蛟经营湖南的业绩。