朱聿键在福建即位和朱以海在浙东监国反映了南方绅民的抗清愿望。就当时的形势来看，南明方面弘光朝廷虽然已经覆亡，但南明政权还控制着福建、广东、广西、湖南、贵州、云南几个全省（四川在张献忠为首的大西军控制下）和浙东、赣南地区，人力和财力还相当可观。而清朝统治者在摧毁了大顺政权和弘光政权两大对手后，错误地判断了形势，以为只要稍事招抚，全国即可平定。1645年六月，英亲王阿济格率师“凯旋”；九月，豫亲王多铎也领兵回京，换来了一位年纪很轻的贝勒勒克德浑以平南大将军名义带领一支满洲八旗兵镇守南京。勒克德浑部下的兵员数目不详，但肯定比多铎的兵力少；此外就是奉命招抚江南各省的内院大学士洪承畴和一批投降不久的汉军。如果仅就兵力对比和人心向背而言，南明当局是可以利用清军主力北返的时机有一番作为的。然而，南明地域虽广，各派势力却在很大程度上陷于割据纷争，朝廷虚有其名，无法组织有力的反攻。
唐、鲁的对立削弱了东南的抗清势力。表面上奉隆武正朔的各地大臣也往往私心自用。朱聿键是位有恢复大志的君主，他所采取的政策措施大体上也是正确的。可是，真正效忠于他的人并不多，在福建他受制于郑芝龙、郑鸿逵兄弟；在外的湖广等地总督何腾蛟只知利用隆武帝的信任把湖南和贵州东部视作自己的禁脔，威福自操；广西巡抚瞿式耜意在拥立桂藩，同隆武朝廷貌合神离。向心力比较强的是赣南和广东。隆武帝开初并没有看出何腾蛟的割据自雄心理，对何腾蛟的请官请爵几乎是言必听从，不仅把湖广地区的全权委任给他，还指望他派兵进入江西，把自己从郑氏集团控制下的福建迎接到赣州或者湖南。当时，正是大顺军余部同何腾蛟、堵胤锡达成联明抗清协议、湖广兵力正盛的时候，隆武帝认为浙东、福建有鲁监国、郑芝龙的兵力抗击清军，自己移驻赣州或湖南，可以就近节制赣南、湖广、广东和云南、贵州调来的军队同清方较量，收复失地。然而，他的这一计划既遭到郑芝龙的反对，又得不到何腾蛟的真心支持，终于化为泡影。
大致可以这样说，崇祯朝时虽已出现少数武将拥兵自重的迹象，朝廷的威令基本上还能畅通无阻；弘光时武将跋扈，封疆大臣仍不敢违反朝廷旨意；隆武以后督抚大臣也效法武将，一味盘踞地方，争权夺利，朝廷威令不行，几乎谈不上统一部署、统一指挥。清廷虽有内部倾轧，但掌权者基本上能威福自操，令行禁止。相形之下，清胜明败主要决定于内部凝聚力。
清阿济格、多铎主力北返之后，江南留守兵力相当单薄，拥明势力虽展开了一些反击，但收效甚微，原因在于各自为政，互相观望，甚至坐视清军打掉拥明旗帜下的异己力量，心中窃喜。南明军阀和封疆大吏多数是这样一批鼠目寸光的人物，才使清方得以有限兵力集中使用，达到各个击破的效果。1645年秋天，鲁监国的军队渡钱塘江攻杭州和浙东等地；堵胤锡督忠贞营攻荆州；江西明军和义师也奋起同清方争夺建昌、吉安等府县。兵饷最足的郑芝龙和何腾蛟却一味坐食内地，毫无作为。
由于南明当权人物总是夸张自己的“功绩”，隐瞒自己的消极避战，留下的材料虽然很多，却只能把读者导入歧途。为了厘清头绪，借助于清方档案材料就是必要的了。勒克德浑接替多铎和阿济格镇守江南期间，只进行了一次重大的军事行动，这就是援救荆州之役，对手是由大顺军改编而成的忠贞营（荆州战役另述）。当时，清朝对江南的统治远未巩固，兵力又非常单薄。除了驻于南京和杭州的一部分满洲八旗兵以外，湖广（主要指今湖北省部分）、江西以及今安徽省等地区都是由新降附的汉军负责镇守和攻取。勒克德浑领江宁（今江苏省南京市）满军主力援救荆州时，连南京城内外的反清势力也还相当活跃。顺治二年（1645）十一月江宁等处巡按毛九华在一件揭帖中说：“江宁城外九十余村，有王、孙壒、金牛、六塘、聂村、陶村、邓村、龙都八村借练乡兵为名，敢犯天兵，遂经剿洗，自后安堵。”实际上南京城郊义师虽然受到清军的搜剿，地方并没有“安堵”，就在勒克德浑统兵西上湖广时，抗清义师趁江宁守御力量空虚，密谋于顺治三年（1646）正月十二日夜间里应外合，夺取该城。由于消息走漏，洪承畴等得以及时防范，“捕斩为首者三十人。至十八日夜，贼首伪潞安王、瑞昌王复率贼兵二万余三路入犯，我兵俱击败之”。洪承畴揭帖中叙述道：“有伪瑞昌王朱谊漇、伪总兵朱君召，奸恶异常，到处号召同谋叛乱。今年正月十九日，既密图江宁，里应外合。职与操江陈锦等诸臣，先事发觉，合满汉官兵，奋力擒剿，旋就底定。然大逆朱谊漇、朱君召犹未就擒，祸本未拔。”下文又说，正月二十三日陈锦、巴山、厫童统兵在南京城外搜剿，杀一百余人，自二十四日起将江宁各城门封闭，“细搜城内逆贼，擒获甚多，俱有瑞昌王伪旨、伪牌札可据”。洪承畴的这件奏疏是在顺治三年八月底写的，这时清廷已派遣贝勒博洛统兵由浙江进攻福建，南京地区的清军仍然很少，所以他在疏中说：“惟是江宁为江南根本重地，远近望以为安危。职先督发原任平南伯、广昌伯下副、参高进库、杨武烈、蔺光元等官兵三千，援剿江西。嗣有山东总兵柯永盛官兵四千移驻江宁，缓急可恃；后将柯永盛官兵改驻江西，则江宁官兵仍觉单薄。今虽有提督总兵张大猷统汉兵四千，皆系提督曹存性所遗营兵，南兵脆弱，全无马匹，即盔甲、弓箭俱称缺乏，尚在设法置备。所恃者，惟巴山满洲官兵，先声足以夺气，临敌足以摧锋，若多行调发，则弹压势轻，恐启奸宄窥伺之渐。”洪承畴的这件密疏透露了南京堪战的汉兵已先后调赴江西，防守兵力只有巴山部为数不多的满军，因此他建议清廷不仅不要再抽调部分巴山部军出征，还应把高进库部汉军调回南京，“庶重地可保无虞”。由此可见多铎部“凯旋”后，勒克德浑出征荆州期间和返京休息以后，南京的防守兵力极其单薄。而南明方面对清军的虚实一无所知，清军未到时盘踞地方，苟且偷生；等到清方调集兵力进攻时立即张皇失措，非降即逃。换句话说，清方始终掌握着主动权，休整和进攻交替而行；南明方面在1645年秋到1646年秋这一年里，除了原大顺军反攻荆州、鲁监国的军队同清军相持于钱塘江、忠于隆武政权的赣南军队与金声桓部清军争夺江西以外，兵力最多的郑芝龙部（他完全可以凭借水师优势入长江进攻南京等地）、何腾蛟部（他本应出岳州攻武昌等地），都龟缩于后方，毫无进取之意。南明高官显爵的文恬武嬉，错过了最佳战机，直接导致了浙东的溃败和隆武政权的覆亡。
隆武朝廷和鲁监国政权都是在国内民族矛盾上升为主要矛盾的形势下建立的，它们的共同特点是抗清复明。由于鲁监国政权控制区太小，影响有限，这里着重叙述隆武朝廷的大政方针。
第一，在总体战略上，弘光朝廷以“平寇”（镇压农民起义）为主；隆武朝廷改为“御虏”（抗清）为主。这自然是形势造成的，正如顺治二年十月清廷派遣的招抚江西孙之獬揭帖中所说：“福藩唤醒唐藩之迷，马士英唤醒黄道周之迷。”奉行“联虏平寇”方针的弘光朝廷在南下清军铁骑的冲击下土崩瓦解，拥明势力终于认识到社稷存亡的主要威胁是满洲贵族建立的清朝。朱聿键能够洞察客观条件的变化，总结弘光覆亡、潞王降清的教训，不失时机地树立起抗清大旗，符合汉族百姓反对满洲贵族强制推行的剃发改制等民族压迫政策的愿望，毕竟是难能可贵的。他即位十天后，就诛杀清朝派来招降的使者马得厂，敕谕文武臣民曰：“朕今痛念祖陵，痛惜百姓。狂彝污我宗庙，害我子民，淫掠剃头，如在水火。朕今诛清使、旌忠臣外，誓择于八月十八日午时，朕亲统御御营中军平彝侯郑芝龙、御营左先锋定清侯郑鸿逵，统率六师，御驾亲征……”这次亲征由于郑芝龙兄弟的阻挠，没有实现。朱聿键在基本政策上的转变，仍然值得称道。联合农民军共同抗清，是从隆武时期开始的。后来的历史证明，如果没有大顺、大西农民军的联明抗清，南明政权绝对延续不了近二十年之久。
第二，朱聿键针对万历以来党争给国事带来的危害，提出了消除党争，“用舍公明”的方针。就任监国时，他亲自撰写了“缙绅”“戎政”“儒林”三篇《便览》。其中说：“盖国家之治，必文武和于上，始民兵和于下。不然，立败之道也。”“孤惟帝王之御世也，必本祖法而出治。治不独出于帝王，必与文武之贤者共之。始于得贤将相，终于得贤百职，四海兆民，方有信赖。民安则华强彝服矣。……帝王量大，则识必高。识高，必用舍公明。又何有乎东林、门户，魏党、马党之纷纷哉！呜呼，三党成，偏安矣；四党成，一隅矣！”下文说，他“监国闽省，创设有司，约率众而本己，官不备以惟人；焦劳昕夜，惟贤是求”。同年八月二十七日，亲出考选推官策题云：“历代之受患，莫过于群臣朋党之最大。于今两京之覆，二帝之伤，皆此故也。……大明开天，党肇于神庙之季。东林、魏党；门户、马党，交激递变，而有如此之痛效矣。朕今志在荡平，尽去诸党之名，惟在廷严说谎之条，在外正贪婪之罚。……迩日在廷，似犹有不醒之迷，欲启水火之战，朕甚惧焉！何道可底太平大公，令文武真和衷而共济乎？……朕今亦曰：‘去寇易，去党难。’然党不去，寇不驱也，审矣。”隆武二年（1646）正月，又在诏书中说：“此后真正魏党，亦与一概涤宽。但责后效，不计已往。盖中兴之时事，臣民悔过且与维新，况轻于此者乎！”当时，弘光朝首辅马士英在浙东成了过街老鼠，日子很不好过，要求入仙霞关朝见。隆武帝内心里是欢迎他的，郑芝龙同马士英关系较好，也主张收用马士英。可是，朝廷上许多文臣都表示强烈反对，礼部尚书黄锦、太常寺卿曹学佺等上疏力争。朱聿键只好下诏定士英为“罪辅”“逆辅”，让他在江浙“图功自赎”。对于弘光时依附马士英的杨文骢父子，朱聿键优加委任（主要原因是在唐、鲁争立中杨氏父子站在隆武朝廷一边）。隆武二年正月，在给杨文骢之子左都督杨鼎卿的诏书中特别转达了他对马士英的关切：“阁部臣马士英，朕必不负其捧主之心，在辅臣亦当痛悔其误陷圣安（弘光帝）之戾。诸臣万疏千章，岂夺朕心公论？”可见，隆武帝在用人取舍上力戒门户之见，不咎既往，只要参与抗清就量才录用。在这一点上，不能不承认隆武帝的见识比那些以正人君子自命的东林—复社骨干人士要高明得多。
第三，隆武帝在南明诸统治者中是比较关心百姓的。为了减轻民间疾苦，他施政的一个重点是整顿吏治，严惩贪污。规定“小贪必杖，大贪必杀”。监察御史吴春枝纠劾邵武通判陈主谟、古田知县吴士燿、汀州知府王国冕贪污虐民。他当即下旨：“各官赃私可恨，皆纱帽下虎狼也。若不严惩，民生何赖？都着革了职，该抚速解来京，究问追赃充饷。”当他听说被清朝逼勒剃头的军民往往遭到南明官军诛杀时，特别下诏“有发为顺民，无发为难民”，严禁不分青红皂白地滥施屠戮。隆武元年七月，敕谕总兵何成吾曰：“兵行所至，不可妄杀。有发为顺民，无发为难民，此十字可切记也。”史籍记载，给事中张家玉监永胜伯郑彩的军队进入江西，“时大清兵所至令民剃发，而南军遇无发者辄杀不问。难民因是多输牛酒，为间导；南军咫尺不得虚实，饷、导俱绝。家玉设小牌，免死，给予难民，欢呼来归者千百人”。这个政策同清廷的“留发不留头”形成鲜明的对照，显然是更得人心的。
第四，朱聿键的个人品德在南明诸君中也是很罕见的。黄道周在一封信里曾经描述了隆武帝的为人：“今上不饮酒，精吏事，洞达古今，想亦高、光而下之所未见也。”不少史籍中都说他喜欢读书，无声色犬马之好。做了皇帝之后，仍然自奉甚俭，敕谕云：“行宫中不许备办金银玉各器皿，止用磁、瓦、铜、锡等件，并不许用锦绣、洒线、绒花，帐幔、被褥，止用寻常布帛。件件俱从减省，成孤恬淡爱民至意，违者即以不忠不敬治罪。”他身穿土布黄袍，安贫若素。曾在隆武朝廷任职的钱秉镫作《宫词》六首，其一云：“内使承恩新置机，诏传大布织龙衣。六宫罗绮无人着，敕与无戎绣将旗。”其四云：“旌旗十万护乘舆，二圣军中共起居。长信宫人骑马出，从龙只有五车书。”诗前有序云：“比闻宫中蔬布辛勤如一日也，北狩之祸，天乎，人乎，追思往事，令人痛绝。”
上面谈到的四点都说明朱聿键锐意恢复，颇有中兴之主的气概。南明灭亡以后，有一些遗民甚至认为留都立国之时就应该效法东汉光武帝不考虑亲疏，径直以朱聿键继统。然而历史过程不能悔棋，明朝的制度和1644年夏的局面都绝不允许凤阳高墙（皇室监狱）中被囚的“唐庶人”当皇帝。即便在他被拥上帝位之后，号召力也不很大。朱聿键自知以远藩子孙入继大统事属偶然，必然出现争议。为了取得南明各地宗藩官绅的承认，不得不耍弄权术。例如，鲁监国朱以海是同他争夺帝位的公开对手，桂藩（安仁王和永明王）以神宗之孙是他潜在的竞争对象，就借口自己没有儿子，以“储位”做诱饵希图换取朱以海和朱由、朱由榔的支持。先派给事中柯夏卿为使者加兵部尚书衔携带手书前往绍兴劝说朱以海接受皇太侄的名号，书中说：“朕无子，王为皇太侄，同心勠力，共拜孝陵。朕有天下，终致于王。”后来又声称：“此永明王（朱由榔）之天下也。永明，神宗嫡孙，正统所系。朕无子，后当属诸永明。”隆武二年七月，曾皇后生了儿子，当时清兵攻破浙东，鲁监国政权瓦解，朱聿键却兴高采烈地以皇太子诞生给官员们加级封赏，以示喜庆。御史钱邦芑上疏道：“元子诞生之日，正浙东新破之日，同盟且应见恤，剥肤益复可忧。臣以为是举朝同仇发愤之秋，非覃恩爵赏之时也。且恩泽不宜太优，爵赏不宜太滥。若铁券金章，徒以锡从龙之旧，则将来恢复疆土，何以酬汗马之勋？非所以重名器，劝有功也。”隆武帝置之不理。钱秉镫赋诗寄慨云：“当今天子高帝孙，鲁国同是至亲藩。改元本非利天下，域内原宜奉一尊。越东诸臣殊可笑，誓死不开登极诏。天子洒笔亲致书，相期先谒高皇庙。闽中恃越为藩篱，如今越破闽亦危。往事纷争不足论，与国既失应同悲。昨夜中宫诞元子，通侯鹊印何累累？中兴所重在边疆，恩泽冒滥同烂羊。唇亡齿寒古所忌，君不闻元子之诞唇先亡（原注：盖元子生而唇缺也）。”透过这些批评，固然可以看出朱聿键的私心自用，但也明显地反映出他的处境困迫，难以施展抱负。
郑芝龙原先是海盗，受明政府招抚后，在崇祯年间曾奉命镇压福建、江西、广东的“山寇”和“海寇”，由参将逐步升到总兵官。弘光时加封南安伯。他的接受招安，既为明王朝效力，使东南沿海地区相对稳定；主要意图却是借用朝廷命官身份，扫除海上异己势力，垄断福建、广东等地的对外贸易。到明朝覆亡的时候，他在福建已经拥有左右地方军事和经济的实力。1645年六月，他的弟弟郑鸿逵拥立唐王朱聿键，在福州建立隆武政权，自然是得到他的同意的。然而，这种结合却难免貌合神离。朱聿键以恢复明室为己任，具体目标是首先恢复以南京为中心的江南（他称之为“半功”），进而收复北方（他称之为“全功”）。郑芝龙的用心却大异其趣，他以迎立隆武作为定策勋臣第一，借隆武朝廷的名义巩固自己在福建等地区唯我独尊的地位，带有很大的割据色彩。这样，隆武朝廷从建立开始，就处于一种微妙的状态之中。朱聿键得到了除鲁监国据守的浙江东部地区以外南方各省的支持，至少在名义上他是公认的南明第二个正统朝廷。然而，他的政权是依靠郑氏兄弟的支持才得以建立，又处于郑芝龙集团实力控制下的福建，一切作为都必然要受到郑芝龙的挟制。朱聿键即位以后，大政方针基本上是正确的，他为抵制和摆脱郑氏家族的控制也做了相当大的努力。隆武朝廷建立不久，朱聿键和郑芝龙、郑鸿逵之间的蜜月很快就结束了，随之而来的是一系列控制与反控制的斗争。
朱聿键为了提高朝廷的威望，特别注意网罗人才，以礼敦聘各地名声较高的官员入朝任职，延请入阁的大学士名额超过了明代任何时期。郑芝龙却凭借实力根本不把这些文官看在眼里。朝廷建立不久，就发生了朝班事件。郑芝龙自以为帝由己立，朝见时自然应当排于文武诸臣的前面，首席大学士黄道周却以祖制勋臣从来没有位居班首的先例为理由，坚持不让。在隆武帝亲自干预下，黄道周赢得了表面上的胜利。接着在一次朝见群臣的时候，郑芝龙、郑鸿逵当着皇帝的面挥扇去暑，户部尚书何楷上疏劾奏他俩“无人臣礼”；隆武帝嘉奖何楷敢于直言，立即给他加了左佥都御史的官衔。郑氏兄弟怀恨在心，处处加以刁难，何楷被迫请求致仕回籍，隆武帝违心地同意他暂时回乡养病。郑芝龙仍不肯罢休，派部将杨耿在半路上割掉何楷的一只耳朵，借以向朝廷示威。
朱聿键原本希望郑芝龙、郑鸿逵统兵出福建，建功立业。在他的一再训令下，郑芝龙不得不派永胜伯郑彩带兵出杉关，援救江西建昌义师。郑彩到达杉关之后却按兵不动，无论监军给事中张家玉怎样催促，他一概置之不理。不久听说清军将至，拉起队伍就跑，三日夜退到浦城。张家玉极为愤慨，上疏劾奏；隆武帝下诏削去郑彩的伯爵。1646年（隆武二年、顺治三年）正月，又因郑鸿逵部将黄克辉从浙江江山撤退回闽，隆武帝大怒，指责郑鸿逵“始则境内坐糜，今复信讹撤转，不但天下何观，抑且万世遗耻。未有不能守于关外而能守于关内者”，下诏将郑鸿逵由太师降为少师。这些事实表明隆武帝致力于中兴事业，不愿充当郑氏兄弟的傀儡。
随着双方矛盾的激化，隆武帝明白除了离开福建，摆脱郑芝龙兄弟的控制，不可能有任何作为。于是，他决意亲征，目的是第一步把行在移到江西赣州，然后视情况而定，如果江西用兵得手，局势稳定，可以西连湖南何腾蛟部，东接福建郑芝龙部，南靠广东，收就近指挥之效。即便江西作战不利，还可以西移湖南，南下广东。朱聿键决策移跸明清双方激烈争夺的江西，而不是迁往比较安全的广东，说明他确实是有恢复之志的，和后来的永历帝不可同日而语。隆武元年八月，江西督师万元吉上疏请移跸赣州，疏中写道：“赣（指赣州）居上游，豫（豫章即南昌）不能仰面而攻，且左为楚，右为闽、浙，背为东粤，足以控制三面，宜驻跸。”朱聿键于十二月十六日离开福州，二十六日到达建宁，开始做向西转移的准备。
朱聿键和忠于他的臣僚做的这种战略部署，连当时任清朝江西提督的金声桓也看得很清楚，他在给清廷的奏疏中写道：“以臣今日细观福建（指隆武朝廷）陈兵之势，俨然一常山之蛇，以浙东为首，江西为腹，湖南、广西、云贵为尾，敌畏江南满州（洲），故宿重兵于浙东以拒钱塘之渡（这是指鲁监国政权的兵——作者按），乘臣江西兵力之单弱，意欲夺路而出，以震动江宁；何腾蛟拥重兵从上游而动武昌，满州（洲）有数，东南半壁岂不一鼓而复乎？臣计南赣、建昌、广信之贼虽号有三十余万之众，若得满州（洲）二万从江西来，合臣兵二万，臣效前驱，立可翦灭无余，随由南赣直捣闽广，凭腰肋之间铲为两断，敌人首尾不能相顾，钱塘可一苇而渡矣。然后合力平定云贵，一统之业岂不易易哉！”可见，明清双方都认识到江西在战略上的重要地位。问题是，南明方面隆武帝既调不动郑芝龙的军队由福建入江西，他寄予厚望的何腾蛟派精兵强将由湖南入江西迎驾也全盘落空；而清方洪承畴却抽调了柯永盛、高进库等部赴江西协同金声桓部作战，先后攻陷吉安、赣州、南安等府。江西战局的逆转，归因于郑芝龙、何腾蛟的私心自用，它不仅直接导致了隆武朝廷的覆亡，而且对后来南明局势的发展影响极大（顺治五年，金声桓、李成栋反清归明时都是在赣州城下屡遭挫败，不能全力北上，详见下文）。
隆武帝锐意恢复，郑芝龙却拥兵自重，挟制朝廷，无意进取，双方的矛盾日益激化。首席大学士黄道周不胜愤慨，自告奋勇督兵出福建，联络江西，援救徽州、衢州一带的金声等部义军，设法为隆武朝廷打开局面。1645年七月二十二日，黄道周勉强拼凑了三千多名士卒踏上了征途，隆武帝派赵士超为兵部职方司主事任军前监纪。掌握兵马钱粮大权的郑芝龙内心窃喜，唯恐其不去，既不拨给精兵，粮饷也只支给一个月的定额。师出不久，兵饷就接济不上。黄道周只好利用自己的声望和书法亲笔书写委任状，沿途召募一些忠贞之士。黄道周虽然身处多事之秋，读过一些兵书，为《广百将传》做了注断，却只是纸上谈兵，从来没有指挥过军队。部下兵将大抵是应募而来，缺乏作战经验，凭着一腔热血奋勇向前。施郎（后改名施琅）当时充当偏裨，随同道周出征，他自称“十七岁作贼”，凭军事眼光看出依靠这样一支队伍同清朝正规军作战必败无疑。因此，他向黄道周建议，遣散队伍，只带少数经过挑选的人由小路直接进入赣州，以首席大学士督师的名义节制和调遣南赣、湖广、广东、广西等地总督、巡抚、总兵，会师进取。黄道周为人迂执，不达权变，以为自己有这么一支松松垮垮的军队总比没有好，又把自己的声望估计过高，认为所到之处必将群起响应；何况在他心目中施郎不过一介卑微末将，哪能有什么奇谋良策。施郎见黄道周不采纳自己的意见，不愿陪着他送死，径自返回福建。黄道周到达徽州府境之后，蒙头转向，直到金声兵败被俘，他才弄清楚原来自己的军队同金声部义军只隔一座山。他的兵力能不能解救金声固然是个问题，但至少说明他情报不明，缺乏军事才能。金声部既已覆败，黄道周带领的少数军队又不是清军对手，出兵援徽的目的落了空。他率部从徽州婺源转入江西，一再写信策反清江西提督金声桓，被置之不理。十二月二十四日清军探听到黄道周在婺源县境明堂里下营；第二天清徽宁池太提督张天禄率领宁国总兵胡茂祯、池州总兵于永绶、徽州总兵李仲兴、芜采总兵卜从善分三路围攻，黄道周部下士卒牺牲的有一千多人，余众星散，他本人和文官兵部主事赵士超、通判毛志洁、中书蔡雍、赖继谨，武官游击朱家弟等被胡茂祯部俘虏。顺治三年（1646）二月初二日，黄道周等被押送到南京，洪承畴劝降不成，奏报清廷后于三月初五日将他杀害。隆武帝得到黄道周殉难的消息，非常痛惜，追赠为文明伯，谥忠烈。
1646年（清顺治三年、明隆武二年、鲁监国元年）二月十九日，清廷命多罗贝勒博洛为征南大将军，同固山额真图赖领兵南下，进攻浙江、福建。博洛带领的满洲八旗兵到达南京后，原平南大将军贝勒勒克德浑把东南军务做了交代，就带领本部兵马回北京休息。博洛调集了江南一批明朝降兵降将，积极准备进军事宜。据洪承畴报告，“今钦命行征南大将军贝勒督兵赴浙闽征剿，职会发提督曹存性、总兵李应宗、于永绶、张应梦、贺胤昌、范绍祖、王之纲、苏见乐、冯用等共官兵七千余名”随征。实际上跟随博洛进攻浙东、福建的汉族军队远不止此，例如吴淞总兵李成栋部五千兵马后来也被抽调南下，总数至少在一万名以上。
五月十五日，博洛统率的军队经苏州进抵杭州。这年夏季浙江久旱不雨，钱塘江水涸流细。清军见有人在江中洗澡，水深不过马腹，于是，在五月二十五日分兵两路，一路由主力马步兵组成，从杭州六和塔、富阳、严州一线涉水过江大举进攻；另一路由水师组成，从鳖子门沿海而进，二十九日东西会合，全线出击。方国安等部署的钱塘江防线顿时瓦解，各部明军损兵折将，纷纷逃窜。五月二十九日晚上，鲁监国在张名振等护卫下离开绍兴，经台州乘船逃往海上。次日早晨，博洛过钱塘江，亲自指挥追击。六月初一日，清军占领绍兴。朱以海出逃时，派靖夷将军毛有伦保护宫眷、世子退往台州，毛有伦却改道蛟关以便入海，途中被叛将张国柱截获，送往杭州。鲁监国所封越国公方国安带领马兵五百名、步兵七千名不战而降，先后跟随降清的还有新建伯王业泰、内阁大学士方逢年、谢三宾、宋之普、吏部尚书商周祚、兵部尚书邵辅忠、刑部尚书苏壮，依附于方国安的弘光朝兵部尚书阮大铖、太仆寺卿姜一洪等，武将有总兵陈学贯等十八人，副将以下不计其数。兴国公王之仁见大势已去，流泪说道：“坏天下事者，方国安也。敌兵数万屯北岸，倏然而渡。孤军何以迎敌，唯一死而已。”他率领部分兵员乘船数百艘，携带大批辎重由蛟门航海到舟山，打算同隆武帝所封的肃虏伯黄斌卿会师共举。“斌卿伪许之，且曰：顷张国柱犯鲁宫眷，不义，请合声其罪。乃甫出洋，忽炮反攻之仁，尽有其舟。”王之仁对黄斌卿的背信弃义痛恨不已，把家属九十三人的乘舟凿沉，全部溺海而死，鲁监国颁发的敕印也投进大海，自己留下一条大船。竖立旗帜，鼓吹张盖，直驶吴淞江口。当地清兵以为他是前来投降的明朝高官，在六月二十八日送到松江府，吴淞总兵李成栋不敢怠慢，立即转送南京。王之仁见到招抚江南大学士洪承畴时，慷慨陈词，说自己是“前朝大帅，国亡当死，恐葬于鲸鲵，身死不明，后世青史无所征信，故来投见，欲死于明处耳！”洪承畴开初还希望他回心转意，以礼相待，婉言劝他剃发投降。王之仁断然拒绝，大骂洪承畴“反面事仇，先帝赠若官，立庙祠若、祭若，荫若子；若背义亡恩，操戈入室，平夷我陵寝，焚毁我宗庙，若通天之罪，过李陵、卫律远矣”。洪承畴羞愧满面，无地自容，下令将他杀害。
清军进占浙东府县后，大学士张国维、督师兵部尚书余煌、礼部尚书陈函辉、大理寺少卿陈潜夫等先后自杀。督师大学士朱大典据守金华，誓死不降。博洛亲自统率满、汉军于六月二十三日从绍兴前往金华，二十六日把该城四面包围。由于明军在朱大典指挥下凭城顽抗，博洛从杭州调来红衣大炮，浙闽总督张存仁也奉命带兵参加攻城。清军以绝对优势的兵力猛攻了二十天，直到七月十六日金华才被攻破。朱大典带领家属和亲信将校来到火药局，用绳索捆在火药桶上，点燃引线，轰然一声，壮烈成仁。朱大典在明末官场上以贪婪著称，然而当民族危难之时他却破家纾难，体现了威武不能屈的气节。清军进入金华，借口“民不顺命，因屠之”，又炮制了一场惨绝人寰的悲剧。
关于马士英的末路，诸书记载差异极大。大抵倾向于东林党的人都说他同阮大铖一道投降了清朝，清军追杀隆武帝时在缴获的文书中发现了他降清后给明方的表文，因而处斩。借以证明马士英先为奸臣，继为叛贼，死有余辜。然而，根据比较可信的材料，马士英并没有降清。清实录记载，顺治三年六月二十日，“浙闽总督张存仁疏报：副将张国勋等进剿太湖逆贼，擒获伪大学士马士英、长兴伯吴日生、主事倪曼青等。捷闻，令斩士英等，其有功将士，所司察叙”。蒋良骐《东华录》卷五载，顺治三年“六月，浙闽总督张存仁疏报：副将张国勋进剿太湖逆贼，长兴伯吴日生、主事倪曼青俱被获，伪大学士马士英潜遁新昌县山内，都统汉岱追至台州，士英属下总兵叶承恩等降，并报称马士英披剃为僧，即至寺拘获，并总兵赵体元，令斩之”。时人所作《吴城日记》记同年“八月中，闻吴日生、马士英旨下俱论斩讫”。按时间推算，二书完全符合。当时芜湖抗清志士沈士柱有《祭阮大司马文》，开头就说“丙戌长至（指冬至）之后二日，近故降大司马阮公之丧至自浙东”，下文云：“使公同受戮西市，一生恶迹补过盖愆。天夺其魄，委贽后方糜烂以死，生与马同丑行，死并不得与马共荣名，天实为之也。”可见，沈士柱在当年冬天即已知马士英不屈遇害，晚节“荣名”。在马士英之前殉难的夏允彝论及马士英时稍有恕辞，在马士英之后死难的沈士柱也不掩没其晚节。黄宗羲却一笔抹杀：“今古为君者，昏至弘光而极；为相者，奸至马士英而极，不待明者而知之也，有何冤可理？”平心而论，马士英在弘光朝秉政时毫无作为，弘光垮台后他投奔鲁监国和隆武帝，招来的是一片讨伐声。王思任写的“吾越乃报仇雪耻之国，非藏垢纳污之地”一语脍炙人口，就是直接针对马士英的，责令他盂水自裁。张岱以鲁藩旧臣的身份上疏鲁监国，“恳祈立斩弑君卖国第一罪臣”马士英，“疏入，监国召岱至御榻前，诏以先杀后闻。岱即带兵数百人往蹑之，士英宵遁江上，见其私人方国安，挟制鲁王，斥逐张岱。令士英统兵汛地，协守钱塘”。马士英在唐、鲁两政权中几乎成了过街老鼠，他并没有因此就转投清方，而是尽力以抗清的实际行动改变自己过去的不佳形象。清方档案证明，马士英曾经多次参加渡钱塘江攻余杭、富阳以及会攻杭州之役。1646年六月浙东兵败，马士英逃入四明山削发为僧，被俘就义，实属难能可贵。相形之下，黄宗羲、张岱在鲁监国政权处境艰难时，转入清方统治区遵制剃头，以明朝“遗民”自居，既不能见危授命，也大可不必那样义形于色地痛斥“奸臣”马士英以显示自己才是正人君子。在这方面，张岱还有点自知之明，《自题小像》一文云：“功名耶落空，富贵耶如梦，忠臣耶怕痛，锄头耶怕重，著书二十年耶而仅堪覆瓮，之人耶有用没用？”本书讲的是南明史事，不涉及张岱、黄宗羲等人的文学、学术著作在历史上的贡献。同样，也无意于为马士英当国时期的昏庸辩解。只是由于黄宗羲等人往往出于偏私心理任意歪曲史实，甚至造谣生事，在当时既加剧了南明内部的纷争，对后来的史家又造成了许多人为的困难。在这种情况下，依据可信史料对某些比较重要的人物和事件加以澄清就是必要的了。
顺治三年三月二十四日，金声桓等部攻克吉安。随即由江西提督金声桓部、支援总兵柯永盛部合兵向赣南推进。明督师万元吉计划在皂口据险扼守，然而兵无固志，纷纷南逃。六月初八日，清军前锋即抵赣州城下。由于赣南地区东连福建、西接湖南，又是广东的屏障，战略地位非常重要，隆武朝廷为挽救危局，除令原江西巡抚李永茂（时丁忧告去）、新任巡抚刘广胤（后来改名刘远生）、江西总督万元吉等加强守御外，武英殿大学士杨廷麟原已奉诏入福建，也命他留在赣州“专办江楚事”；并命各地出军火速增援。先后到达赣州地区的有御史陈荩从云南召募来的滇将赵印选、胡一青部三千精兵；两广总督丁魁楚派的童以振、陈课部四千人；大学士苏观生遣发的广东兵三千人；湖广总督何腾蛟发总兵曹志建领兵二千名，加上原江西赣州守将吴之蕃、张国祚部和杨廷麟等从雩都调来的受抚阎罗总四营头张安等部，至八月间聚集赣州（隆武帝赐名忠诚府）城内外的明军兵马不下四万。这些从各地抽调来的援军本来就缺乏同心同德精神，利在速战。督师万元吉却不趁诸军初至，锐气方张之时同清军决一雌雄，而以动出万全为由，要等待广东吏部主事龚棻、兵部主事黎遂球招抚的“海寇”罗明受统率的水师来到，以便水陆并举，力创清军。八月二十三日，清军乘罗军不备，夜间在章江上偷袭水师，巨舟八十余艘全被焚毁，船中所载火攻器械付之一炬，罗明受带领残兵逃回广东。次日早晨败讯传来，万元吉、龚棻、黎遂球等抚膺恸悼，追悔莫及。清军趁势于八月二十八日冲破广营，二十九日击败滇军，其他各路援军见势不妙，退往雩都、韶州。赣州城内只有大学士杨廷麟、督师万元吉、兵部尚书郭维经和一批地方官，守城兵卒不过六千名。
清军在九月初九日占领南康县，十五日攻占上犹县，十九日起包围赣州城。双方相持十余日。十月初三日，清军大举攻城：副将高进库、冯君瑞攻南门，副将刘伯禄、贾熊、白元裔、何鸣陛攻东门，副将徐启仁、杨武烈、崔国祥攻西门，副将李士元等攻龟尾。到当天晚上三更时分，清军竖梯登上东面城墙，城内明军仍拼死抵抗。高进库、徐启仁、李士元、杨武烈、冯君瑞、崔国祥等督促部下官兵由突破口上城大战。至初四日午时，明军抵敌不住，赣州失守。杨廷麟投清水塘自尽，万元吉也投水而死，郭维经入嵯峨寺自焚死，同时遇难者有翰林院兼兵科给事中万发祥，太常寺卿兼守道彭期生（彭孙贻之父），吏部主事龚棻，兵部主事王其宖、黎遂球等官绅三十余人。
赣州的失守在南明史上具有关键意义，因为以赣州为中心的江西南部是连接福建、湖南的要区，又是广东的屏障。后来，金声桓、李成栋的败亡都同清军扼守这一重镇有密切关系。清军凭借有限兵力攻陷赣州，固然在很大程度上是由于明朝督师万元吉部署不当，但湖广总督何腾蛟的坐视不救也是重要原因之一。隆武帝在福建处于郑芝龙集团束缚之下，一筹莫展，早就有意移驻江西。1646年正月，朱聿键手敕何腾蛟命他“先遣精甲一万，迎朕湖东（指江西省湖东道管辖地区）”；同月给大学士苏观生的手敕中又提到：“仍有七省左、右将军印信二颗，顺赍与郝永忠、张先璧恭受，再给楚督臣、抚臣、镇臣敕各一道……速遣劲兵一万来湖东迎驾。”四月间，隆武帝派太监杨守明、兵部职方司官员路太平来到长沙，督促何腾蛟出兵江西，既可加强赣南防务，又可做迎驾之用。何腾蛟勉强派遣南安伯郝永忠带领部下兵马一万余名经郴州入龙泉（今江西省遂川县），张先璧率部由湖南攸县出江西永新，号称左、右两路“迎驾军”。然而，何腾蛟的所谓“迎驾”只是表面文章，他内心里极不愿意把隆武帝从郑芝龙的牢笼中接到自己的防区。我们不应忘记，朱聿键还是唐王时封藩地在河南南阳，何腾蛟曾任南阳知县，他对朱聿键的敢作敢为有相当了解。朱聿键登上皇帝宝座后，何腾蛟被视为南阳故人，备受青睐，由湖广巡抚擢升为湖广等七省军务总督。李自成在湖北通山县被当地地主武装击杀，何腾蛟明知该地已沦入清方之手，仅据大顺军部将的报告，就飞疏告捷，说成是自己组织团练的“功劳”，隆武帝因此给他加封定兴伯。何腾蛟得意忘形，给湖南地方官员写信道：“新上为南阳故人，鱼水之合，吾辈皆有缘也。”然而，何腾蛟只知利用隆武帝的信任，提高自己的声望，毫无知恩报答之念。他唯恐隆武帝进入江西后自己在湖广独断专行的局面将受到扼制。正如王夫之所记：“顾腾蛟以便宜制楚，文武将吏皆出其门，不忍失权借。谓章旷曰：上若幸楚，则□（虏）当聚力攻楚，恐未易支也。”于是，他玩弄手段，一面大张旗鼓地派郝永忠、张先璧二将领兵“迎驾”，一面却私下叮嘱他们绝不可假戏真做，万勿进入江西。五月十七日，郝永忠率军从长沙出发，一路上慢慢吞吞，经过衡州，九月初二日才到达郴州，即停留该地，观望不前。张先璧部也在行至同江西接境的攸县后就“屯师不进”。这几个月正是清军进攻赣州，隆武帝进退维谷的时候。何腾蛟为了保住自己的权势，竟然置大局于不顾，一连几个月不派使者向隆武帝报告情况。奉命督促郝永忠入赣的杨守明、路太平“皇皇使者，不敢出一语”。到隆武政权覆亡前夕，何腾蛟的使者才姗姗来迟地到达行在觐见，隆武帝大为震怒，责问使者何腾蛟派遣的迎驾军为什么毫无动静，“使者诡辞以对”。不久，隆武帝被清军俘杀，闽、赣、粤相继失陷，何腾蛟在湖南的处境也越来越困难。许多南明史籍叙述隆武朝廷的覆亡都简单地归咎于郑芝龙的降清，如杨凤苞所说：“福京之亡，亡于郑芝龙之通款。”这自然包含部分真实。但隆武帝鉴于郑芝龙的跋扈自雄，寄希望于何腾蛟派精兵迎驾，移跸江西，等了半年多终归落空，何腾蛟实难辞其咎。历来的南明史家大抵以是否死节作为忠佞的唯一标准，带有很大的片面性。临危受命固然值得肯定，因为他们在最后关头表现了民族气节；但如果就因此而掩盖何腾蛟之流的卑污心理，导致大局全盘逆转，一味赞美，称之为“忠臣”，奉之为圭臬，显然不符合事实。
清军进占浙东，朱以海遁往舟山一带海岛，鲁监国政权濒于瓦解。博洛即部署清军乘胜入闽。早在这年三月间，清廷所派招抚福建黄熙允的使者苏忠贵就秘密到达福建，“见到郑芝龙，见其有诚意归附”。六月初，清军渡过钱塘江，征南大将军博洛又命苏忠贵“持敕书赍送郑芝龙”。郑芝龙既已决定投降清朝，秘密下令仙霞关守将武毅伯施福（施天福）放弃天险，自动撤退。接着又谎报海盗进犯其家乡安平，上疏道：“三关饷取之臣，臣取之海，海警则无家，非专救不可。”隆武帝派内使持手敕云：“先生少迟，请与先生同行。”郑芝龙置之不理，径自带领军队返回安平。
八月十三日，贝勒博洛、闽浙总督张存仁、巡抚佟国鼎带领满、汉军从衢州出发，收取福建。十八日，清军未遇任何抵抗，就越过了仙霞岭。不久前降清的阮大铖跟随清军入闽，行至仙霞岭下时忽然头面肿胀，其他官员劝他暂时休息，不要过关。他唯恐失去“立功”机会，坚持随军越岭。为了显示自己身强体健，他争先步行登山，对落在后面的人吹嘘道：你们这些年轻人爬山还不如我这六十岁的老头。攀登到山顶，疾病突发，死于岭上。其他官员气喘吁吁到达岭上时，见他坐在大石上一动不动，呼之不应，以马鞭拨其辫子毫无反应，仔细一看，才发现他已经死了。跟随的家人上岭、下岭，几经周折，才在附近居民家中找到几扇门板，勉强收殓。清军过岭后，随即占领浦城，明巡按御史郑为虹不屈被杀。“时有民谣曰：峻峭仙霞路，逍遥军马过。将军爱百姓，拱手奉山河”，对郑芝龙的不战而降做了巧妙的讽刺。
郑芝龙的背叛行径并不是个别的，当清军占领浙东时，隆武朝廷的许多官员眼看大军进逼，为自己的身家性命计，纷纷暗中派人前往浙江向清军投递降表。钱秉镫记载：
七月二十五日，上御门。群臣朝罢，将退，上命内臣捧出一盘，覆以黄帕，置御前。上谕群臣曰：“朕本无利天下之心，为勋辅诸臣拥戴在位。朕布袍蔬食，晓夜焦劳，有何人君之乐？只是上为祖宗，下为百姓，汲汲皇皇，唯恐负诸臣拥戴之初心。今观诸臣大非初意，昨关上主事搜得关中出关迎降书二百余封，今俱在此。朕不欲知其姓名，命锦衣卫检明封数，捧至午门前对众焚之。班中诸臣宜亦有之，朕俱不问。有之者当从此改心易虑；其本无者益宜矢志竭力，毋贰初衷。特谕。”
八月二十一日，隆武帝从延平行在起程前往江西赣州。他并没有意识到噩运已经临头，在没有多少军队护送的情况下，还带了大批书籍和宗室、随驾官员，根本没有轻装前进。不久，得知清军迫近，隆武君臣大惊狂奔，随驾大学士何吾驺本有足疾，又“坠马垂死”，从间道返回原籍广东。从行的宫人有“一骑而三人者”。二十七日到达汀州（今福建省长汀县），随行的只有忠诚伯周之藩、给事中熊伟带领的五百多名士卒。长汀知县吴德操“吏才非其所长”，隆武帝与随行人员奔至该县时，“需役数千名，民逃不应命”。次日（二十八日），清军追到汀州，隆武帝、曾皇后、沈嫔、陈嫔被俘于赵家塘，周之藩、熊伟被杀。隆武帝、后大约在被俘之日即遇害于长汀。据清实录记载：征南大将军多罗贝勒博洛将军入闽，连下建宁、延平等府，“闻伪唐王朱聿钊遁走汀州，遣护军统领阿济格尼堪、杜尔德等率兵追击，直抵城下。我军奋击先登，擒斩朱聿钊及伪阳曲王朱盛渡、西河王朱盛佺、松滋王朱演汉、西城王朱通简并伪官、伪伯等，抚定汀州。……获伪玺九颗，马骡辎重无算”。江日升《台湾外纪》云：“隆武帝后死于汀州府堂，乃顺治三年八月二十八日。诸家纪事，悉书隆武被执，送福州斩于市。但时有锦衣卫陆昆亨从行，眼见隆武帝后戎装小帽，与姬嫔被难。昆亨脱出。百姓收群尸葬于罗汉岭，竖其碑曰‘隆武并其母光华太妃讳英忠烈徐娘娘之墓’。后昆亨归郑，继而为僧，年八十有奇，为口述云。故特表出。”历史上的事件往往会在记载上出现程度不等的分歧，隆武帝的下场也是这类问题之一。江日升批驳了押回省会福州斩首的说法，是有见识的，因为在清方档案文书和福州人士的记载中从未提及这样一个重大事件。还有一种说法是在汀州遇害的是隆武帝的替身，他本人逃到广东五指山当了和尚。这种说法很难令人置信，理由是：第一，当时广东是拥戴隆武朝廷的，朱聿键如果真能逃到广东，毫无必要遁入空门；即令说他心灰意懒，看破红尘，那又同传说中的“帝派使者慰劳群臣”自相矛盾。第二，这一流言从来没有任何一个人出面证实；相反，跟随朱聿键逃难的大学士何吾驺回到广东以后，肯定得到相当准确的消息，才写信给肇庆当局另立新君。
九月十九日，清军在贝勒博洛统率下长驱进至福州。城中百姓纷纷逃窜，留下的人剃发留辫。隆武朝廷工部尚书郑瑄投降，“跪泥沙中永日，贝勒不为礼，徐乃令之去，曰：尔官在明朝若是大乎？兹不便用也，速去！”礼部尚书曹学佺（字能始），是著名的文学家，不屈自缢而死。曾任崇祯、隆武两朝大学士的傅冠避居于邵武府泰宁县门人江亨龙家中。“亨龙同子养源私计公常握重兵，大兵索公必连居停，不如自首乃免。”于是，向傅冠假说已被别人告发，藏身不住。傅冠慨然道：“一死报国，吾事已毕，鼠子啮肉，所得几何？”当即投缳准备自尽，江养源为了献俘清军邀赏，竟然横加阻止，说：“公不生见大兵者，江氏百口立碎矣！”又唆使庄客道：“即此族何辜，令为血池乎？”在江氏父子指挥下，傅冠求死不得，被捆绑押往清将李成栋处献功。傅冠为天启二年榜眼，历任礼部尚书、文渊阁大学士，名望很高。江亨龙攀援附会，执贽为门人；一旦局势翻转，立即卖师求荣，拖曳着被捆绑的傅冠踯躅道路间，甚至“有以掌掴公者”。送到李成栋军营后，成栋执礼甚恭，说：“公大臣也，释、留当取令旨，非成栋所专。顾国法剃发令特严，异令以逆论。倘委曲相从者，成栋保公无他，此后攀鳞曳尾，惟公之便。”傅冠坚决拒绝剃发，厉声曰：“汝知千古有文文山乎，我乡先进也。吾乡无叩头宰相，但有断头宰相耳！”不久，李成栋奉命领兵入粤，傅冠被押送到汀州由镇将李发管押。1646年十一月二十一日在汀州遇难。