复辟时期的英国殖民开拓，因得到政府的积极参与和支持，明显加快了步伐。随着宾夕法尼亚殖民地的形成，英国基本上完成了它在北美沿岸建立殖民地的过程。这些殖民地，加上18世纪建立的佐治亚（Geia），连同英国在西印度群岛的殖民地在内，共同构成了大英“第一帝国”的主体。到17世纪末，英国人已在北美大西洋沿岸的狭长地带，即从北部的萨科湾（Saco Bay）一直延伸到南部的查尔斯顿，在这片广大的地区站稳了脚跟，形成了南、中、北三块各具特色的殖民区。此时，法国和西班牙也在北美保有力量，其势力范围并不亚于英国，但在人口和资源方面却不能与英国相比。1660年，英国在北美殖民地的人口总数达到7.5万人，而加拿大的法国移民仅为3000人，佛罗里达的西班牙人口则极少。1700年，英国在北美殖民地的人口总数达到25万人，而同一时期法国人和西班牙人加在一起，大约只有1.5万人。可见，英国人在北美已占绝对优势。
与17世纪初不同，尽管私人在殖民地创建方面的作用仍然明显，但政府大大增强了介入力度，这不仅体现为英王颁布的特许状内容更详细，因而极大限制了殖民地当地的权力，使殖民地更加依附于宗主国，而且体现为特许状的内容更有针对性，突出了政府的意图，重商主义原则得到了更加切实的贯彻。为了加强对殖民地的行政和经济控制，1660年英国设立了咨询性质的“贸易委员会”（cil of Trade）和“对外拓殖委员会”（cil of Fn Pntation），它们需要定期向国王报告情况和提供建议。1672年，这两个机构合并成“贸易和拓殖联合委员会”（Joint cilfor Trade and Pntation），其职能是向国王提供有关殖民地及贸易方面的建议，但不久之后又被撤销。1675年，枢密院设立“贵族贸易和拓殖促进会”（Lords of Trade and Pntations），由具有一定地位和影响的人组成，其主要职能是向政府提供殖民地执行关税法的有关情况，推动殖民政策的贯彻执行，强化殖民地对宗主国的服务功能。这些机构的设立表明，复辟政府试图统一管理殖民地问题，重点是维护英国的经济利益。作为宗主国，英国认为建立殖民地并使其为宗主国服务，是重商主义的重要内容和根本目的；执行《航海条例》，既是英国与其他欧洲国家进行竞争的需要，也是各个殖民地的义务，还是宗主国对殖民地提供的实质性保护。但在殖民地看来，《航海条例》毋宁是英国强化对殖民地管理的基本措施，因为它剥夺了殖民地的自主权，限制了殖民地的经济自由，提高了殖民地对外贸易的成本。所以，殖民地的不满和抵制使《航海条例》难以顺畅执行，英国并未达到预期目标。英国强化对殖民地的管理，伴随着殖民地加强抵制和斗争，这样的博弈与英国国内政局的变化联系在一起。
在已建立的殖民地中，新英格兰的地理和自然条件与英国本土相似，所以不大能向英国提供稀缺的原料及产品，所以新英格兰利用其自身优势，比如便利的港湾条件，发展出与商品销售有关的行业，比如造船业和航运业。1635年，新英格兰至少有6家造船厂。5年之后，其所造船舶几乎包办了英国与马萨诸塞之间的航运。17世纪中后期英国颁布的《航海条例》，虽然对新英格兰的转口贸易有所限制，但也给新英格兰的产业升级和航运业发展提供了新契机。1663年的《主要物产法》，虽然禁止把商品直接从欧洲运入北美殖民地，以保护英国在北美的市场，但仍有一些商品不在列举之列，如奴隶、马匹、盐和苏格兰食品等，可以直接输入北美殖民地。英国政府并未明令禁止新英格兰同西印度群岛和北美其他殖民地之间的贸易活动，这类贸易仍十分活跃，各地之间形成了互通有无、取长补短的关系，而与西印度群岛的贸易，几乎就成了新英格兰经济的生命线。第二次和第三次英荷战争的爆发和新《航海条例》的贯彻实施，进一步打击了荷兰的贸易，新英格兰商人趁机用走私贸易填补荷兰的空缺，这不仅使其与西印度群岛之间的贸易继续发展，而且与欧洲国家的商业往来也迅速扩大。到17世纪80年代，新英格兰商人基本控制了西印度群岛的运输业，他们将本地和西印度群岛的产品，如谷物、糖类、鱼类、木材等，运往欧洲等国，然后不经英国，径自直航美洲，携带回来大量的欧洲产品。有记载说，1675年时波士顿的市场上充斥着法国商品，新英格兰商船往返于英国和欧洲的一些港口，从17世纪下半叶起，“他们已经开始渗入到英格兰和爱尔兰，侵入英国商品的边缘”，“新英格兰为此在伦敦臭名昭著。”新英格兰商人还加入了连接非洲和西印度群岛的三角贸易，以贩卖黑奴为其主要内容。走私贸易和三角贸易推动了新英格兰的经济发展，特别是航运业和造船业，但是也加深了它与宗主国之间的经济矛盾，这种矛盾因宗教问题而变得更加复杂了。
新英格兰多数移民是清教徒，他们到北美来的初衷，是为了摆脱宗教束缚，享受自由的宗教生活。他们对不属于清教的查理二世一直存有戒心，并时刻关注着王室的态度。查理二世即位时，新英格兰虽然仍然“完整地保持着马萨诸塞特许状，并且毫不含糊地提醒新国王，他们享有他父亲所赐得的特权，”但私下里，他们又秘密窝藏那些判处查理一世死刑的人。针对新英格兰在政治和经济方面的不端，查理二世于1662年颁发特许状，把康涅狄格划为王室直辖殖民地；同年，英王致信马萨诸塞，要求其对现有的一些不完全符合特许状内容的法律进行修改，重申殖民地的法律应当与英国法律一致。该要求遭到马萨诸塞议事会的拒绝，1664年国王令人前往调查，特别是调查新英格兰执行《航海条例》的情况。调查人员报称，马萨诸塞执行《航海条例》不力，建议国王将先前颁发的特许状予以撤销。针对新英格兰商人的违法行为，1673年英国议会制定的殖民地贸易法，即“殖民地关税法”中专门列出条文，规定从英属某个殖民地转运到另一个殖民地的货物也应交纳关税；新英格兰商人需向当局出具一份保证书，承诺将货物运往英国。1676年，英国政府开始向北美各殖民地派遣税吏，他们应就殖民地的关税及贸易问题向英王及政府经常作汇报。
英国的强力措施，激起了殖民地商人和种植园主的不满。1677年，马萨诸塞议事会致函伦敦枢密院，称“根据法律学者通常的言论，我们恭顺地认为，英国的法律仅限于四海之内，不施及美洲……我们在议会里没有代表，故考虑，我们不该在自己的贸易中受到英国法律的妨碍。”这种公开的离心行为，恰是英国政府所担心的，也是它不能容忍的。1681年，英国又在各殖民地建立海事征税站，负责征收殖民地因违背《航海条例》而应补缴的税款。不久，枢密院所属的贵族贸易和拓殖促进会派帝国税务官爱德华·伦道夫（Edward Randolph）前往马萨诸塞，但马萨诸塞议事会置之不理，不仅不承认伦道夫的权力，并且依然我行我素，甚至还关押了伦道夫任命的助手，英国与马萨诸塞殖民地当局之间的矛盾不断加深。1684年，英国政府宣布取消马萨诸塞和其他几个殖民地的特许状，使之成为王室直辖殖民地。英王还直接任命总督和参事会，解散殖民地的代议政府，削弱殖民地市政会的权力。针对英国政府的强行压制，新英格兰的清教徒采用许多政治手段，甚至一度控制殖民政府，打算以武力相抗争，但终归没有成功。
詹姆士二世继位后，为进一步加强对新英格兰的控制，建立了更为有效的管理制度，他将新泽西、纽约、康涅狄格、罗德岛、普利茅斯、马萨诸塞、新罕布什尔和缅因集中于一个行政当局的管理之下，合并成单一的“新英格兰领地”（Dominion of New Engnd），包括立法、行政和司法权在内的一切领地事务，皆由王室指派的总督和国王任命的参事处理，取消议事会，剥夺殖民地对税务和土地分配的发言权，还派皇家军队协助总督执行命令。1686年，前纽约总督埃德蒙·安德罗斯爵士（Sir Edmund Andros）出任领地总督，他到达新英格兰后，忠实地执行英王的旨意，并按照贵族贸易和拓殖促进会的要求，“废除久已确立的权利和特权，并且在没有军队、警察和政党支持的情况下，对五十多年来一直是自己管理自己的人民实行专制统治”。他将殖民地议事会抛在一边，不经其同意就肆意征税，取消陪审团制度，废除原先殖民地所拥有的土地所有权，建立一套新的土地所有权制度。在宗教方面，作为忠实的安立甘教徒，他蔑视清教信仰，取消各殖民地早先制定的宗教政策，把波士顿的清教礼拜堂改成安立甘教堂，支持安立甘教徒在那里进行宗教活动。到1688年时，他已将其统治权扩展到罗德岛、康涅狄格、纽约、新泽西等殖民地。至此，英国对新英格兰殖民地的控制达到顶点。依照《航海条例》，新英格兰的皮革、木材、渔产品等被输往英国，消费品则依赖于英国和欧洲的输入，导致贸易严重入超，到1700年，新英格兰与宗主国的贸易逆差达到每年18万英镑。安德罗斯的独断专行，践踏了殖民地早已形成的议事会管理传统，也侵犯了新英格兰人的自由，因而遭到殖民地居民的普遍反对，这为殖民地后来的反抗斗争埋下了伏笔。
就英国化程度而言，弗吉尼亚在早期殖民地中最为明显。在殖民地建立后最初的半个世纪，弗吉尼亚基本上维持着清教传统，但随着时间推移，烟草种植带来了财富，清教色彩也逐渐消退。起初，弗吉尼亚人以自己是英国人而自豪，他们希望在北美发财致富，然后能衣锦还乡。因此，殖民地的地方政府大多是模仿英国模式而建立，各县均有王室总督委派的法官。弗吉尼亚旁边的殖民地马里兰，在土壤、气候、经济和社会制度方面都与弗吉尼亚相类似，其特殊的自然条件为发展种植园经济提供了适宜条件。而移入该地的移民，大多为拥护斯图亚特王朝的贵族和地主，他们积极投身于种植园经济，使之成为弗吉尼亚和马里兰经济的主要特征。种植园以烟草为主，主要出口到英国与欧洲其他国家，烟草出售之后，又从英国换回自己所必需的日常消费品及其他商品，这就形成了对宗主国的从属与依赖关系。
英国内战爆发后，弗吉尼亚曾一度表示站在国王一边，拒绝服从革命政府。但复辟时期，弗吉尼亚的经济受到严重伤害，尤其是新《航海条例》严重地打击了殖民地的农业，使之遭受毁灭性损失。1660年以前，弗吉尼亚和马里兰的种植园主可以将烟草、砂糖等农产品出售给欧洲任何国家的商人，谋取高额利润，并以低价换回自己的所需品，而根据新《航海条例》的要求，殖民地的商品必须先运到英国，这显然有利于英国商人，他们可以利用对航海的垄断权，提高运输费，压低烟草价格。因此对殖民地来说，新条例无疑缩小了农产品特别是烟草的销路，提高了输入品的价格，加强了宗主国对殖民地的经济控制。烟草贸易受阻后，殖民地的烟草价格急剧下跌，物价却不断上涨，种植园主债台高筑。不仅如此，为了强化对经济控制，英国还加强了对弗吉尼亚的政治控制。查理二世曾打算将整个弗吉尼亚赐给他的两位宠臣，只是由于遭到强烈反对，最后才将赐地缩小到波托马克河和拉帕汉诺克河（Rappahannock）之间的一块地方。英国还无视殖民地议事会的存在，肆意剥夺殖民地居民的传统权利。威廉·伯克利爵士（Sir William Berkeley）受命出任弗吉尼亚总督后，实行严厉的寡头统治，殖民地虽然选举了议事会，但自1661年起，有五年之久未曾召开，形同虚设。1671年，伯克利干脆取消自由民的选举权。这些措施终于引发了北美历史上第一次严重骚乱，即“培根叛乱”，尽管叛乱被镇压下去了，但一般种植园主与总督、参事会以及控制地方政治的大种植园主之间的矛盾仍然存在。
对英国来说，西印度群岛殖民地是热带物产的主要供给地，复辟王朝时期该地发生了重要变化。17世纪初期几十年间，英国在西印度群岛的活动虽然十分频繁，但成效有限，第一批英国移民来到巴巴多斯，主要种植烟草、棉花、蓝靛等作物，很难与其他殖民地竞争。自1641年引种甘蔗并掌握制糖技术后，巴巴多斯成了“西印度糖岛之母”，此后甘蔗种植迅速推广到背风群岛（Leeward Isnds）、牙买加、安提瓜（Antigua）等岛屿。1650年以后，蔗糖成为西印度群岛唯一重要的产品，经过20年时间，竟超过了烟草，占伦敦从殖民地种植园进口总值的近一半。甘蔗种植导致大规模的土地兼并，昔日的小业主纷纷破产，只好另寻他途。同时，甘蔗种植园又需要大量劳动力，种植园主最终找到了解决劳动力紧缺的办法，就是大量购买非洲黑奴。从17世纪后期开始，加勒比殖民地取代巴西成为新大陆的蔗糖中心，大量的蔗糖就这样源源不断地流进了英国。17世纪末，西印度群岛殖民地提供了英国进口贸易的9%,出口贸易的4%,而同一时期美洲大陆提供的比例只是8%和4%。英国全部贸易带来的利润为200万英镑，其中种植园贸易占60万英镑，种植园商品再出口占18万英镑。有人认为，如果将大英帝国比作一座大厦，那么加勒比种植园的奴隶劳动，就是这座大厦的基石。
西印度群岛的战略价值和经济价值，日益引起英国政府的重视，但复辟时期的英国，对该地区殖民地的控制主要体现在经济和贸易方面，《航海条例》的实施只是为了将该地区的经济发展完全纳入宗主国的轨道。1660年，有五六个利益集团要求获得巴巴多斯和背风群岛的特权，以继承1627年卡莱尔伯爵詹姆斯·海（James Hay,Earl of Carlisle）的特许状，而卡莱尔特许状于1663年得以延期，其代价是两地同意缴纳4.5%的出口税。虽然英王也试图对此加强政治上的控制，但收效不大，代议制传统已根深蒂固，轻易难以改变。虽说由英王任命总督和殖民地高级官员，但每个岛都有自己的议事会，议事会由拥有自由产权的种植园主选举产生，它有权决定税收、制定不与英国法律相抵触的法律。1678年，英王曾打算取消牙买加议会的自治权，但遭到强烈反对。牙买加获准建立与巴巴多斯相类似的代议制度，“法律由总督、参事会和议事会共同制定。”
与克伦威尔时期相比，复辟王朝对爱尔兰的统治虽有所缓和，但经济控制却加强了。查理二世曾颁令确认新的土地所有权，同时又承诺修改克伦威尔的组织法，适当照顾天主教徒，恢复一些贵族和小地主原有的地位和土地。但由于克伦威尔党人在爱尔兰十分强大，英王的法令难以得到执行，结果新教徒仍然占据着大部分爱尔兰土地，并控制议会、政府、市镇和贸易。据配第统计，1672年爱尔兰共有农田1200万英亩，随克伦威尔而来的新殖民者占据了450万英亩，天主教徒占有350万英亩，其余则为早期新教殖民者所拥有。但按照宗教划分，总人口中天主教徒占80万，新教徒只有30万，且多数在厄尔斯特省。英国学者弗里曼指出：17世纪，“一个新的地主阶级安置在爱尔兰了，旧的天主教地主的权力终于被摧毁了。”斯图亚特王朝复辟后，安立甘宗成为爱尔兰的官方宗教，爱尔兰议会得以恢复，但完全受制于英国。英王兼任爱尔兰王，爱尔兰被视为殖民地，它在经济与贸易方面受到严厉限制。1666年，英国议会通过《爱尔兰牲畜令》（The Irish Catle Bill），禁止爱尔兰牲畜输入英国，以免损害英国地主的利益。由于爱尔兰几乎没有工业，肉类、粮食出口是其主要的收入来源，因此该法令沉重地打击了爱尔兰的经济。1663年和1670年颁布的新的《航海条例》，修改了爱尔兰属于英国范围的内容，而把爱尔兰视作与北美殖民地一样，必须经过英国才能输出自己的产品，获得英属殖民地的物产，并规定爱尔兰不能建立自己的船队。英国的殖民政策，使爱尔兰人在政治上缺乏权利，经济上陷入困境，此后爱尔兰人的反抗斗争持续不断。
总之，17世纪后期，英国对殖民地加强控制的政策执行得并不顺利，但英国的目的却相当明确，就是严格按照《航海条例》来规划和管理殖民地，形成重商主义的帝国体系。作为国内政治的延伸，复辟王朝在殖民地的统治具有明显的专制主义倾向，这种倾向到17世纪80年代臻于高峰。詹姆士二世时期，甚至“设法在北美的北部、中部和南部设立三个也许是没有代议制的总政府，以利于从伦敦进行有效的官僚主义控制，更好地实施贸易法令，增加殖民关税收入以及建立更合理的防卫体系。”专断的政策不仅违背英国人坚称的自由传统，也破坏了殖民地自主管理其内部事务的基本制度安排，既引发了国内新兴力量的不满，又受到了殖民地人民的反对。1688-1689年，当复辟王朝被推翻、玛丽和威廉登位的消息传来时，英属殖民地立即爆发了一连串革命，推翻复辟时期的统治者，使光荣革命发展成一种“跨洋现象”。尽管各殖民地斗争的方式不同，但目标是一致的，就是反对宗主国对殖民地的过度控制，反对西班牙式的帝国统治。当时没有人要完全脱离英国的统治，殖民地在很大程度上还要依赖英国。1690年5月，马萨诸塞、普利茅斯和纽约等殖民地的代表集会，一致同意向法属加拿大发动武装进攻，以表现对威廉玛丽新政权的效忠之意。在加勒比海地区，英法争斗从未停止，英属殖民地不断受到法国人的攻掠，急需宗主国给予支持和帮助。在殖民者看来，光荣革命的成果令人鼓舞，在一定程度上是对殖民地政治体制的合理性的认同。根据1689年的《权利法案》，许多“英国人自古就有的”权利得到恢复，王室的权力受到限制，议会高于王权的政治原则得以确认，君主立宪成为英国的政治制度，在这个制度下，国王、贵族和平民都有各自的权利与义务，并获得法律的保护。因此，殖民地把光荣革命看成是“分享革命”，认为英国议会反对的是英王的专制独裁，捍卫的是全体英国人的权利，殖民者作为英国人的一个部分，自然也应分享革命的成果。1689-1692年，英属美洲殖民地的代表经常去伦敦，频繁出入于英国的议会及政府机构，表达殖民地的诉求，进行疏通活动。
但对英国来说，殖民地的要求又过分了。在英国议会看来，殖民地虽然是王室的海外领地，甚至在国王颁发的特许状中，也规定殖民地居民与本土国民享有同样的权利，可是这些权利与真正的英国人的权利不能相提并论，殖民地作为宗主国的附属部分，必须为宗主国服务。正如一位侯爵在英国议会上院讲话时所说：“要是他们（移民）劳动的收益不回到他们在这里的主人手里，那么，许可他们到北美这个地方究竟目的何在呢？我认为，假如殖民政策的好处没有增加英国的利益，那么这项政策就连一分钱也不值”。此时的新君主威廉三世，尽管忙于其他事务，尤其是与法国路易十四的战争，无暇顾及美洲殖民地，但他的殖民政策还是很明确，就是坚持自克伦威尔以来的重商主义，严格实行《航海条例》，对殖民地实行有效的整顿和控制，使其服务于英国。当然，他作为加尔文派的宗教信徒，对殖民地抱有同情心，反对詹姆士二世将英国国教强加于新英格兰，或者企图恢复天主教。他也不赞成詹姆士的总督管理制度，以及专断的统治方式。“从根本上说，新国王的原则是：在美洲的英国人应享有如同英国一样的代表自治权利，但是代表立法机关应处处受到在英属美洲的王室代表的制约。”所以对美洲而言，光荣革命虽带来重大影响，但这种影响并非完全是殖民地所期望的。
1691年，马萨诸塞重新得到了英王颁发的特许状，并成为王室直辖殖民地，但它恢复“公司特许殖民地”（Charter y）地位的愿望没有实现。特许状规定：马萨诸塞实行地方自治和宗教宽容，但英王任命的总督有权否决议事会法案，使其受到明显限制；殖民地成立两院制议会，上议院议员由议事会推选，下议院议员根据财产而非宗教条件选举产生，因此削弱了清教专制的色彩。英国对殖民地制定的法律拥有最后决定权，这就保证了母国对殖民地的宗主权。普利茅斯和缅因划归马萨诸塞，新罕布什尔保持独立。康涅狄格和罗德岛依据查理二世特许状的规定，保留自治殖民地地位。纽约局势稳定后，英国恢复了殖民地议事会，议事会由中产阶层选举产生，有制定法律的权力，但需呈报英王批准。同一年，马里兰的业主统治权被取消，变成王室直辖殖民地，实行宗教自由。国王任命殖民地的总督和参事会，土地所有者和农民选出的代表组成议事会，殖民地事务由总督、参事会和议事会共同管理。东泽西（East Jersey）和西泽西（West Jersey）回归其业主，宾夕法尼亚仍属于威廉·佩恩。具有讽刺意义的是，加勒比海地区的殖民地没有发动起义，反而得到新国王的特别关照。英国政府不仅取消了皇家非洲公司的黑奴贸易垄断权，使进入西印度群岛种植园的奴隶人数大为增加，而且于1690年帮助殖民地从法国手中夺回了圣克里斯托弗。英王还任命斯图亚特专制统治的反对者和大种植园主担任背风群岛和牙买加的总督。1693年，英国废除了1685年詹姆士二世定下的蔗糖税。英国新政府推行的殖民地政策，“几乎等于恢复到15年或30年前的自由派殖民政策，可能还反映了英国资产阶级革命的辉格主义内涵及其对财产和自治权利的尊重。”
从重商主义的角度来理解，新政府的基本政策并无改变，但它允许殖民地建立或恢复代议机构，在这个意义上可以说，光荣革命后英国与殖民地之间通过一种“典型英国式的妥协”，重新确立了双方的关系，重建了殖民地的统治秩序。随着国内政局的稳定、后顾之忧的解除，英国政府对殖民地的政治统治逐步定型。到17世纪末，英国不仅建立了以美洲为主的庞大殖民帝国，而且基本形成英国特色的殖民统治体制，大英第一帝国初步成型。
按照这种体制，英国通过贯彻实行重商主义来达到管理殖民地的目的，因而第一帝国是一个“不依赖军队而依靠船队支撑的海外贸易及殖民帝国。”在英国看来，建立和发展殖民地的基本目标是为英国的经济服务，政府对殖民地的管理应当侧重于殖民地的贸易政策，政治方面的控制就相对薄弱。与其他殖民帝国相比，英第一帝国的基本特征就是经济上的重商主义。从理论上说，英国殖民地是作为英王的海外领地而存在的，英王颁布的特许状是殖民地合法存在的依据，所以英王对各殖民地拥有至高无上的管辖权。光荣革命确立了君主立宪制，议会成为英国的最高权力所在，商业资本作为英国经济的重要力量，力图利用议会来保护他们在世界贸易中的利益，因此议会日益关注英国的殖民事务。在商业阶层的推动下，议会于1696年颁布了最后一个《航海条例》，即“防止欺诈行为和整顿殖民地贸易中种种弊端的法令”。据此，只有用英国或爱尔兰制造的、英国人所有的，且至少有四分之三的船员为英国人的船只运输的商品，才能出入英国殖民地，否则一律禁止。为了辨认船只身份，条例规定所有英国船只都必须到海关登记验证。为此，每个殖民地都建立了由英国财政部管辖的正规海关，配备正式的海关工作人员。海关人员的执法权很大，他们可以从法官或海军司法处领取“缉私令状”，凭此令状，就可以进入任何船只或仓库搜查走私物品，必要时甚至可以动用武力，并有权启动法律诉讼。该条例还要求所有殖民地，其总督都必须宣誓，保证实施《航海条例》，否则应被撤职，殖民地议会自行颁布的法令，不可与《航海条例》相抵触。为了贯彻《航海条例》，枢密院命令各殖民地设立海事法庭，其法官由英王任命，无须陪审团参加，法庭即可进行审判；它还命令各殖民地总督恪尽职守，协助并配合英国委派的相关官员，执行该条例。1696年的《航海条例》是对过去所有的《航海条例》的一次总结、清理和补充，它旨在整顿和强化“执行机构”。
为掌握控制殖民地事务的主动权，英国议会曾打算建立一个贸易与拓殖委员会，负责制定实施与殖民地相关的各种政策。议会认为，先前的贵族贸易和拓殖促进会不能发挥实际作用，不能满足现实中特别是战争时期的要求，它“已经变为一个负责整个贸易的委员会”，无力执行殖民地政策。但议会的计划未能实现。此时英王也意识到，为了强化殖民地的贸易及军事防卫，应当对殖民地管理机构进行必要的调整。1696年4月30日，威廉三世授权成立了管理殖民地事务的“贸易会”（Board of Trade），这个机构隶属于枢密院，其成员由国王任命，最初包括枢密院成员和殖民地事务专家。由贸易会来管辖殖民地，本身就反映了英国殖民政策的本质，即在帝国范围内奉行重商主义，维护和促进贸易发展。根据授权，贸易会的任务是监督英国与其他国家的贸易，接收殖民地总督报送的信件及官方文件，据此提出建议或信息，送交有关部门予以处理。它还负责起草涉及殖民地事务的法律文件，交由议会通过。贸易会本身不是一个行政单位，它没有人事权，也没有对重大问题的决策权，无权发布命令，只是枢密院下属的咨询机构。不过，由于它是专门思考殖民地事务的顾问机构，所以提出的建议多半被采纳，其作用不可小觑。贸易会忠实地执行重商主义政策，提出了许多维护英国经济利益的建议和报告。它曾建议政府颁布法令，禁止殖民地发展工业，防止与宗主国形成竞争；它还促使枢密院反对殖民地发展船运，并鼓励殖民地生产英国需要的工业原料。1698年，它向政府提交一份调查报告，称英国要关注北美殖民地的家庭羊毛手工业，称其极大地威胁了英国的羊毛纺织业。根据这份报告，英国议会于1699年通过《羊毛纺织品法》（Woolen Act），禁止从殖民地向英国本土及其他国家出口羊毛及纺织品，殖民地之间的这类出口也属非法。为了降低英国毛织品在北美的销售价格，英国政府在1700年取消了英国运往北美的毛织品出口税。贸易会还提出废除殖民地特许状的建议，不过未被采纳。17世纪末到18世纪初，英国对殖民地的控制与管理，总体上比以前更有效，贸易会在这段时间的作用较为明显，它的成立标志着英国殖民地管理走上了正常化轨道。
但因为英国对待殖民地，主要看重其经济价值，加上英国政府在多数殖民地建立的过程中并未发挥多少作用，所以相对而言，英国对美洲殖民地的政治管理一直比较松懈，事实上可以说是十分随意，又相当不规范，主要表现为管理机构众多、部门职权重叠、缺乏相互协调。除了贸易会外，英国的议会、枢密院、海军部、陆军部和财政部等部门，都有管理殖民地的部分权力。议会可以制订、颁布和修改有关殖民地的法律，它在光荣革命后逐渐取代英王，成为殖民地政策的制订者，在殖民地问题上拥有绝对发言权；枢密院设有上诉和申诉机构，可以受理与殖民地有关的申诉案件，18世纪之前还代表英王委任殖民地总督；殖民地的财政包括税收在内，由英国财政部负责，海关和铸币也为财政部控制；此外，陆军部和海军部分别负责殖民地的防卫安全、打击走私及驻军等事项。从表面上看，上述机构分工具体，各司其职，但实际上则是各自为政，缺乏统一集中的管理。虽然在维护国家利益方面目标一致，但它们在实际工作中，却以自己的利益来衡量、处理殖民地事务，没有哪个部门试图协调与其他部门的行动。议会也从未为殖民地制订宪法，很少干涉殖民地内部事务，正如英国政治家埃德蒙·伯克（Edmund Burke）所说：“这些殖民地的形成、发展和繁荣似乎是由一种趋势或个人的倾向所造成的，在规划我们的殖民地方面明显缺少立法精神。”很明显，这种管理体制必定累赘而缺乏效率。
政治控制的松散性给殖民地当局扩张自己的权力提供了空间。英国各殖民地的政府体制是在殖民地建立和发展过程中逐步形成的，它一般由总督、参事会和议事会组成，与英国的国王、上院和下院相类似，因此基本上是对英国政制的模仿和移植。不过，由于殖民地的自然和社会环境不同，在实际运作中各殖民地又表现出自己的特点。一般来说，总督的权力比较大，在相当长时间内都是殖民地统治的核心。总督产生的办法因地而异，在王室直辖殖民地由英王委派，是英王的代理人，并根据特许状及有关命令行使职权；业主殖民地的总督由业主指定，但需英王批准；在自治殖民地，总督由有产者选举产生。在各殖民地，总督是英国权力的体现者，他们在前往殖民地以前，须立约效忠英王，并宣誓执行英国的相关法律。在殖民地，总督会同有关部门负责监督《航海条例》的实施，并定期向宗主国汇报。总督有权任命下级官员、建立法院，并随时任命或替换法官，有权召集或解散殖民地议会，有权否决殖民地立法机构通过的法案，其中包括损害英王特权、违反英国管制贸易、与英国法律相抵触、干涉奴隶输送及契约佣仆、使用纸币等法律。此外，总督还是殖民地的军事领导人，有权任命军官、指挥军队。
殖民地参事会有一定的行政、立法和司法职能，有权接受和审理下级法院移交的上诉案件，并在许多方面充当总督的顾问。参事会成员通常由总督任命（马萨诸塞等少数殖民地由选举产生），并经英国贸易会批准。作为一个荣誉和特权机构，参事会通常由殖民地总督指定人选，所以在重大问题上往往与总督保持一致，因而就成为总督控制之下的一个政策咨询机构。后来，它发展成殖民地议会的上院。
殖民地议事会（下院）是殖民地政治体制中代表殖民者利益的机构。尤其在公司和业主殖民地，议事会起初权力都很小，但经过不断斗争，又逐渐成为独立的立法机构。光荣革命后，议事会的合法性在理论上得到承认。代议制在英国的确立、《权利法案》的通过，以及约翰·洛克（John Locke）政治思想的传播，都对殖民地产生了深刻的影响。在殖民地居民看来，他们作为英王管辖之下的臣民，理应获得英国人所拥有的一切权利，殖民地议事会也应享有与英国议会同等的权利。为了这种权利，殖民地居民同总督展开了长期的斗争，其目标是力争殖民地议会能像英国议会控制英王一样，制约甚至控制总督。到17世纪后期，尽管总督的权力依然很大，议事会并没有获得英国议会那样的权力，但它可以利用征税权和控制总督薪水的权力，迫使总督作出让步，以此来影响和控制殖民地事务。新泽西议事会的一名议员就曾公开宣称：“我们可以使这些总督经常陷入窘境，这样我们就可以迫使他们做我们喜欢的事。”英王和英国议会是通过加强总督和其他皇家官员的权力，来维护英国利益，特别是经济利益的，而殖民地的种植园主、农场主及工厂主，则竭力通过议事会来抵制英国的政策。于是，“英国能否控制殖民地，主要取决于皇家总督与殖民地议会的合作是否成功。由于每一项立法都须经总督和议会同意，如果这两方面拒绝合作，宗主国和殖民地的需要都不可能得到满足。”为了使殖民地的管理富有成效，总督与议事会在斗争的同时，也在许多问题上达成妥协。这样，议事会就逐渐演变为维护殖民地利益的政治机构，代表殖民地居民行使权力。不过直到18世纪初，议事会对英国议会的法令基本上都是服从的，当时在英王直辖殖民地就流传着这样一句话：“在殖民地法律没有提到的地方，英国法律必须被遵奉着。”即便在自治倾向更强的自治殖民地，英国法律一般也能得到遵守。在母国与殖民地的关系中，英国因殖民地的存在和发展而获利，并走向强盛，美洲殖民地则因得到英国的保护而获得自身发展的机会。就是说，双方的共同利益和彼此需要，构成了第一帝国的殖民地体系得以维系并正常运作的根本需求。不论在王室直辖殖民地，还是在业主殖民地，或是在自治殖民地，代议制及议事会的权力的扩大，都体现着殖民地自治倾向的加强，这既是英国重商主义实施的结果，也是大英第一帝国政治体制中一个基本的特色。