“台湾为七省门户，关系全局，应建置行省”——在福州去世——“遗恨平生，不能瞑目”——予谥“文襄”——“城中巷哭失声”
谅山大捷的消息传到福州，左宗棠十分兴奋，福建前线的将士和全省人民也都欢欣鼓舞。可是这种兴奋、欢欣的情绪没有能持续多久，接着就传来朝廷下诏停战撤兵的消息，又使左宗棠惊诧万分。他和投降派斗争了许多年，对他们的伎俩也有所了解，但是在大胜之后却妥协投降，却是万难料到的事。他坚决反对轻率议和和撤兵，对事态的发展气愤不已。虽然知道自己的话朝廷已不会听，但仍然要尽最后一次努力，试图阻止议和和撤兵，改变局势，虽则可能是一次徒劳。
他立即上密奏给朝廷说：“要盟宜慎，防兵难撤。……用兵之道，宜防尔诈我虞；驭夷之方，贵在有备无患。法国自逞兵以来，忽战忽和，反复无常，不可信任。去年签订《简明条约》，旋又毁约挑衅，观音桥之战反诬赖为我先开，威胁恐吓，无所不至。现在又请议和，怎可轻信？目前沿海沿边各省，经过惨淡经营，防务已稍微周密；今在战胜之余，又轻率议和，日后办理洋务，势必更为困难。”
左宗棠也知道和议既已签订，要改约势必很困难，不得已退而求其次，又补充说：“前约（《中法简明条约》）已置越南度外，而新失之基隆、澎湖必当归还，然后可许。”要求朝廷至少要收复基隆、澎湖，多少挽回一点损失。
这道奏折上去，并没有下文，这也是意料中事。但是后来清廷在订立细约中，坚持要回了基隆和澎湖，总算是采纳了一点左宗棠和主战派的要求。虽然这道奏折的主要目的——阻止议和和撤兵没有达到，但它揭露了法国侵略者的狡诈和阴谋，指明了我沿海沿边已有较周密的防务，抨击了投降派的卖国行为，也批评了清朝廷支持投降派的错误，左宗棠的坚定的爱国立场和直言无讳的勇气，博得了主战派和全国人民的衷心拥戴。
左宗棠上密奏后的第三天，三月初七日，李鸿章与法国公使巴德诺（Jules Patengtre）正在天津商谈条约的最后内容，根据巴黎草约逐条核定，修改增补。全国人民本来都陶醉在谅山—镇南关大捷的喜讯中，这时忽然听到议和投降的消息，如同一盆冷水从头顶上浇下来，顿时反法、反和议的情绪和言论高涨。但是封建时代的人民对国家大事毫无发言的权利，尽管他们义愤填膺，清朝廷全不把他们放在心上。于是有一些人把希望寄托在主战派主帅左宗棠的身上。
张之洞的消息比较灵通，他得知李鸿章秉承慈禧的意旨，正在天津搞和议阴谋，自己虽然是两广总督、名倾朝野的大员，但在强大的投降势力面前，仍然感到“人微言轻”，只有左宗棠这样威扬中外的功勋元老，才是举足轻重、影响大局的人物。三月十七日，他打电报给左宗棠，要求他出面为国家主持正义，急图补救，电文说：
闻中法详细约款十条，日内即将画押，无非有利于法，有害我华之事。我虽已一再上奏劝阻，但初则反遭切责，后则不予理睬，人微言轻，无术挽救。若再草草画押，后悔曷追？公有回天之力，幸速图之，但勿道洞言。
左宗棠的密奏已经递上去20天了，迄今并无回音。张之洞和其他主战人士以为左宗棠有回天之力，还寄希望于他一人。其实左宗棠何尝有回天之术？“天”掌握在慈禧手中，慈禧现在和李鸿章上下相呼应，沆瀣一气。他们都极端害怕与外国作战，他们认为，只要一战，大局就将不可收拾，慈禧的金銮宝座就坐不牢，又将重演逃出京师的闹剧了。他们已完全丧失了对国家、对民族的信心，谁去进谏，也听不进去了。
宗棠回想在离京前向慈禧告辞时，慈禧义愤填膺地向他表示支持主战的一幕，简直是一场骗局。但他此时已无可奈何，只能唉声叹气而已。
投降派的势力如此之大，张之洞以两广总督的身份，不仅说话不管用，自感“人微言轻”，而要求左宗棠说话，还要“勿道洞言”，请他保密，别泄露了他的“主谋”，以免遭到报复，可见投降派当时的凶焰，他们对异己分子将会采取恶毒的手段。
事实确是这样。他们最痛恨的是左宗棠。李鸿章在塞防与海防之争中，输给了左宗棠，早已憋了一口恶气。但他深体圣意，知道慈禧要保全左宗棠，所以对宗棠还不敢也不能直接下手，但是对他的部下却要下手了，这至少也能使宗棠气个半死。首先开刀的是王德榜。王德榜是宗棠亲自派往中越边境抗法的，如今王德榜打了胜仗，立了功，却遭到朝廷的革职，这的确使左宗棠十分气愤和伤感。他伤感的不单是为王德榜个人的厄运和不公正的待遇，更伤感的是，朝廷是非不分、邪恶横行。贪生怕死、庸懦谄佞之徒当权，正直爱国的人反受排斥打击，如此下去，势将伊于胡底？想想国家前途，确实令人寒心。
投降派的毒手不仅施之于中越前线的王德榜，同时又转移到台湾的刘璈。上年基隆失守，刘璈直接向左宗棠禀报，使巡抚刘铭传受到朝廷斥责，刘铭传早已恨之入骨。现在投降派得势，老靠山李鸿章炙手可热，正是报复的时机。
同治十一年三四月间，台湾有一名包办洋药厘金董事叫陈郁堂，侵吞了鹿港厘金四万余两，提审不到，刘铭传就给刘璈安上一个罪名，说是因他包庇，并且和陈郁堂通同作弊。包庇罪是很容易给人加上去的，只要不许被告说话，也无须罪证。本来这类案件应交由闽浙总督审理，李鸿章恐怕杨昌濬会主持公道，因而在朝中耍了花招，专派大员前来查办，结果是刘璈有冤无处申，遭到革职、籍没家产，还定下死罪（斩监候），后来改为流放黑龙江。
刘璈字凤翔，号兰洲，湖南岳阳人，以前跟随左宗棠西征新疆，立下功劳。他精明强悍，是一位爱国者。光绪七年（1881年）任台南道道员。中法战争期间，坚守台南，法军始终不敢进犯。就在他被查办的前几个月，法军舰队停泊在安平海面，舰队司令通过英国领事约他去舰上会见，意思无非是欲加以威胁、恫吓，不战而占领台南。他的部下劝他不要前往，以免上敌人圈套，他却认为必须去，如不去，敌人必以他为胆怯，他岂是胆小怕死的人！
他在去法舰之前，预先做了布置，叮嘱守将说：“如果有警，立即开炮轰击法舰，切不要考虑我个人的安危。”
他登上法舰与法军司令会见后，法军司令果然威吓他说：“台南城小兵弱，你们怎能抵挡我军进攻？”
刘璈傲然回答道：“今日相见，不谈军事问题。至于城小兵弱之说，城譬如土，兵譬如纸，唯有民心强劲如铁。我们万众一心，何畏你区区法军！”
法司令无言可答。刘璈喝足了法国香槟，尽醉而归，台湾人传为美谈，对刘璈也格外尊重。台湾人民见到刘璈遭受投降派的打击，蒙冤含屈，无不痛心疾首。台湾史传详细记载了这一冤案，大书：“士论冤之。”（连横：《台湾通史·刘璈列传》）打击刘璈，实际也是打击左宗棠。宗棠心里自然明白，但他权不在手，加之老病侵寻，也无能为力了。
光绪十一年四月二十七日（1885年6月4日），李鸿章和巴德诺在天津签订了屈辱的《中法会订越南条约十款》，承认越南为法国的保护国，给予法国在广西、云南通商的特权，包括减税等利益，规定以后中国在这两省修筑铁路时，要与法国协商会办。由于法军在战场上战败，没有索取“赔款”，并答应从基隆和澎湖撤兵，投降派认为面子上已过得去，条约立即得到清廷和慈禧的批准。
这项条约不仅不敢抗议，而且公然承认法国占领越南，又打开中国西南大门，使法国人得以长驱直入。这项屈辱的条约是在战场上取得了胜利之后签订的，真是世界外交史上的奇闻！
中法和约的签订，是对左宗棠的一个重大打击。他闻讯后悲愤无比，但回天乏术，无可奈何。他以古稀之年、多病之身，来到抗法前线，全凭着一股爱国热忱，而今战事已经结束了，屈辱的条约已签订了。投降派不但不以为耻，反而气焰嚣张。他的两员抗法部将却遭到不白之冤，种种事实无不使他痛心疾首。
他原是奉命来闽督办福建军务、抵抗法军侵略的，现在法战已了，留在福建没有必要了，加之他的身体也愈来愈坏，精神上的打击更使他疲惫不堪。五月初七日，即中法条约签订后10日，他上疏请求回京复命，并恳求开缺回里治病。朝廷赏假一月，但未准许开缺。
当时他的病势已很严重，他曾描述自己的健康情况：“自到福建以来，食少事烦，羸瘦不堪；手腕颤摇，难以握笔，批阅文件，万分吃力；时间稍长，即感心神彷徨无主，头晕眼花。有时浑身痛痒，并经常咯血；偶尔行动，即气喘腰痛。”
六月初十夜间，忽然痰涌上来，气喘不已，手足抽搐，昏迷过去。医生赶紧进药急救，经过一个多小时，才苏醒过来。
他自知在世的日子不多了，思前想后，国家仍如此积弱，许多曾想要办的事都没有来得及力，于是竭尽最后一点衰微的精力，将所考虑到的有关国计民生的重要问题，向朝廷做最后一次建议。六月间他一连上了几道奏疏，提出“专设海防大臣”等问题。由于在中法战争中，南、北洋水师不予支援，各省督抚也各自为政，以致海战未能取胜。因此他建议统一海防事权，由海防大臣全权管理，“驻扎长江，南控闽越，北卫畿辅”。他还建议：兴办电报和加强造船事业，改善营制，严格军队训练，振奋士气。还有：必须加紧修建铁路，不仅有利于军事，对民用也极重要。他提出了具体的建议：先兴建由清江浦（运河的一个重要码头，现为清江市）至通州（通县）的南北铁路干线，可由官招商股试办。以后再修建横贯东西的铁路干线，以沟通大西北与内地的联系。这些都是他第一次来福州时就曾考虑的问题，只是那一次来去匆匆，想办的事都没有办，20年转瞬过去了，许多重要的事情至今也没有办好。
他还有一件最关心的事：加强台湾的防务。他说：“台湾孤注大洋，为七省门户，关系全局。”建议将福建巡抚移驻台湾，“以资镇摄”。并进一步提出：应将台湾改建行省。台湾不仅为海防要地，而且物产富饶，每年收入超过广西、贵州等省，“自然之利，不可因循废弃”，前途大有可为。
他在遗折中最后说：“凡铁路、矿物、船炮各政应及早举行，以策富强之效，上下一心，实事求是，则臣虽死之日，犹生之年。”
他爱国家、爱人民，坚忠执着，至死不渝，令人想起诸葛亮“鞠躬尽瘁，死而后已”的精神。真是：
“春蚕到死丝方尽，蜡炬成灰泪始干。”
清朝廷采纳了他的部分意见，光绪十一年九月初五日，他去世后一个多月，朝廷下令台湾开置行省。又过了若干年，南北铁路干线建成，电讯网络、船炮厂矿陆续发展起来，海防以至全部防务都由专司负责，但那已是遥远的事，他已经来不及见了。
他的病势愈加沉重，再一次奏请开缺回籍。七月初四日，朝廷批准了他的请求，下达谕旨：“览奏病情，殊深廑念。自应俯如所请。左宗棠著准其交卸差使，不必拘定假期，回籍安心调理。该大学士夙著勋勤，于吏治戎机，久深阅历，如有所见，仍著随时奏闻，用备采择。一俟病体稍痊，即行来京供职。”
光绪十一年七月二十七日（1885年9月5日），台风袭击福州，接着下起了倾盆大雨，左宗棠已处于弥留时刻。他口授遗疏，由儿子在榻前记录下来：
此次越南和战，实中国强弱一大关键，臣督师南下，迄未大伸挞伐，张我国威，遗恨平生，不能瞑目！
他怀着满腔爱国热忱，南下抗法，结果是一纸屈辱的和约，他能瞑目吗？他已经陷于昏迷状态了，突然他醒过来，眼前似乎出现一道光明，恍惚回到柳庄门前，正在和周夫人、全家为灾民施粥施药，眼望着灾民一群群走过去，心头充满着同情和叹息；忽然又回到了那间梧塘书屋，白发苍苍的祖父在教他咿咿呀呀念书。然而，刹那间一切都过去了，病榻前儿子和亲人们听见他低声喃喃自语：“哦哦！出队！出队！我还要打。这个天下他们不要，我还要。我从南打到北，从西打到东，我要打，皇上也奈何不得……”
他的声音越来越低，终于那双目光炯炯的眼睛阖上了，他停止了呼吸，告别了曾经生活、战斗七十四个年头的人世。
福州城经历了一整天的狂风暴雨，那天晚上，城东北角崩裂两丈多宽，城下居民却未受到损害。大雨下了一夜，第二天清晨，居民得到了噩耗，街巷中一片哭声。一位署名“采樵山人”的福建士人记录下当时情形说：“全城百姓一闻宫保噩耗，无不扼腕深嗟，皆谓朝廷失一良将，吾闽亦失一长城。”
朝廷得到遗疏后，皇上震悼，下谕说：
大学士左宗棠学问优长，经济闳远，秉性廉正，莅事忠诚。由举人兵部郎中带兵剿贼，迭著战功。蒙文宗显皇帝特达之知，擢升卿寺。同治年间，剿平发逆及回捻各匪，懋建勋劳。穆宗毅皇帝深资倚任，畀以疆寄，洊陟兼圻，授为钦差大臣，督办陕甘军务。运筹决胜，克奏肤功，简任纶扉，优加异数。朕御极后，特命督师出关，肃清边圉，底定回疆，厥功尤伟。加恩由一等伯晋为二等侯。宣召来京，管理兵部事务，在军机大臣上行走，并在总理各国事务衙门上行走。竭诚赞画，悉协机宜。旋任两江总督，尽心民事，裨益地方，扬厉中外，恪矢公忠，洵能始终如一。上年命往督办福建军务，劳瘁不辞。前因患病，吁恳开缺，叠经赏假，并准其交卸差使，回籍安心调理。方冀医治就痊，长承恩眷，讵意未及就道，遽尔溘逝。披阅遗疏，震悼良深。左宗棠着追赠太傅，照大学士例赐恤，赏银三千两治丧，由福建藩库给发。赐祭一坛，派古尼音布前往致祭。加恩予谥“文襄”，入祀京师昭忠祠、贤良祠，并于湖南原籍及立功省分建立专祠。其生平政绩事实，宣付史馆。任内一切处分，悉予开复。应得恤典，该衙门察例具奏。灵柩回籍时，着沿途地方官妥为照料。
1 9 8 5年重修的左宗棠墓
清朝廷在左宗棠生前重用他，死后也备加恩恤。照例未中进士、入词林者，逝后谥号不能用“文”字，谥以“文襄”是特恩。左宗棠的儿孙也一一受赐恤。
九月初八日，朝廷派来的特使、新任福州将军古尼音布（字子清）代行御祭。随后灵柩出发，送回湖南原籍。出殡之日，《申报》记载：“送葬者自督抚、将军、学政、司道各宪之下，均徒步徐行，闽人士感公恩德，一律闭门罢市，且罔不泣下沾襟。自皇华馆至南台，沿路张结素幔，排列香案。绅士及正谊书院肄业生皆在南台中亭路祭。远近观者，如海如山，路为之塞。是非公德泽及人，曷克令人爱慕如此！”
左宗棠逝世的消息传到江浙关陇新等地，人民都很伤感，“如失所亲”。次年安葬在长沙郊外善化八都杨梅河柏竹塘之阳。左宗棠生前曾有一愿望，死后与诒端夫人同穴。但因他的葬礼规格高，周夫人墓地狭隘，只得另觅新址，他的这一遗愿没有能实现。