戆直的脾气——受同僚揶揄排斥——得罪了慈禧太后
光绪七年（1881年）正月二十六日左宗棠抵达京师，次日即陛见皇上、皇太后。两宫太后对他为国忧劳二十余年，慰勉有加。他上次来京陛见是同治七年（1868年）八月，距今又已13年了。慈安太后看到他已衰老许多，念他多年在塞外戎马驰驱，不觉掉下泪来。左宗棠也深为感动。太后勉励他说：今后担子仍很重，国事全赖诸王公大臣襄赞。左宗棠自顾衰病，何堪当此重任，但回答说不敢不勉。
二十九日太后又召见，命他以大学士入值军机（即任军机大臣），并在总理各国事务衙门行走（外交），兼管理兵部事务，从而参与了清政府中央决策机构，对内政、外交、军事都有发言权，清朝廷对他也真可谓“优礼有加”了。
这次是他第五次来京师，年轻时来京赶考，三次落第，那种灰溜溜的情景，现在想起仍不免心酸。第四次来京时已是方面大员了，但仍比不上现在拜相封侯、立功回朝的荣耀，又进了军机，参与国家重大决策，人家看他真是位极人臣，名位权势在汉人中无以复加了。但他自己对调回京师，则满腔不情愿。他接到诏书后，就深知这是朝廷准备与俄国妥协了，召他回京，明显是怕他在边疆“惹祸”，破坏了妥协。虽然诏书说是世事维艰，要召他这位老于兵事之大臣以备朝廷顾问，这明明是一片假话，他到京之前，条约已签订，俄事已了结，还有什么兵事可咨顾问呢？
另外还有一个重要原因，他以一汉人，身拥重兵，在边疆立下大功，海内外享有崇高的声望，自然免不了遭到清廷的疑忌。各种敌对势力也会造谣攻击，对此他是早有所警惕的。早在一年多前，他奏荐刘锦棠帮办新疆军务时，就因俄国人忌妒刘锦棠，造谣中伤，特地在奏中说：“古云，‘盗憎主人’，固无足怪。惟威名日播，疑谤易滋，无以寒远人之胆。又：‘飞鸟未尽，良弓已藏’，足隳任事之气。”
他为刘锦棠说话，实则也是对自己处境的担心。他的威名远高于刘锦棠，疑谤自然更甚。虽然年事已高，清廷对他仍不能完全放心。廷臣中也有忌妒挑拨、放出冷箭的人，如李鸿章早就攻击他，在给刘铭传的信中，说他拥重兵巨饷，“又当新疆人所不争之地，饰词欲战，不顾国家全局，稍通今古者，皆识其奸伪”。是明显诬陷他要造反了。李鸿章的攻击当然会传播开来。不管怎样，清廷认为是到了“飞鸟尽，良弓藏”的时候了，因此立即将他调回北京，解除了他的兵权，从此做一名顾问罢了。
他对此是有思想准备的。离哈密前他给儿子的信中说明了今后的打算：“陛见后当自陈衰病，请开阁缺，以闲散备顾问，终老京师。”他预料今后不大可能有所作为，准备在京师养老了。
京师是帝王之都，又是一番气象。朝廷中的礼仪规矩、繁文缛节，却也远非外地所可比拟。左宗棠在外地是地方大员，想说什么，干什么，到哪里去，会见什么人，都自由自在。在京师呢，上有皇上、皇太后、诸位王爷，和他平起平坐的还有各大臣，多是些拉帮结派的人，一言一动都要谨慎小心。他到京师的第二天，在进宫陛见时，就遇到一件出乎意料的、不愉快的事情：太监们向他索取宫门费，否则就不让进宫。
晚年的慈禧太后
慈禧太后一向宠信太监，太监头子如李莲英、安得海红极一时，他们贪婪需索，无所不至。外地大员入京陛见，太监们照例要索取宫门费，如果不遂所欲，就会惹出许多麻烦。慈禧是知道这种情况的，她认为太监当差清苦，搞点钱是理所当然，对此不闻不问。曾国藩、彭玉麟都是清官，但是到了宫门前，也只得低头，照付宫门费。只有左宗棠，虽然早已风闻这项陋规，但亲临其境，却十分不能理解。
他在外任督抚多年，生活清廉，薪俸大部分捐助给人，还亲手惩办过许多贪官污吏；没想到头一天入宫，在皇帝眼皮底下竟发生这类贪污索贿事件。他不仅不给宫门费，还当着太监们大发脾气，说：“我一生出入百万军中，从没有人敢阻拦我。哪里认识你们这些鼠辈！我几个廉俸，自己花还不够，哪来的钱给你们！你们既不让我见皇上，我只好回西北去吧。”
他转身要走，太监们倒慌了，也不知他来头多大，倒反而请他进宫。他余怒未息，还口口声声说要交内务府惩戒。
太监们害怕了，只得禀告慈禧，请求包庇，慈禧听了笑了笑说：“你们也太不自量了，怎么找上他。这个人功劳大，性情戆直，先帝对他尚且优容，我有什么法子，你们自己去求求他好了。”
他初到京师，就取得了一项胜利；但是这次小小的胜利，却注定了他后来在朝廷中的失意，以致终被排斥。
当然，这样戆直的脾气不会受官僚们的欢迎，因为功劳大，威望高，所以两宫太后还是优容他。在王公大臣中，醇亲王奕 也很尊重他，每次听到他来，醇王必先在仪门内等候；每当他进内宫门，醇王总让他先行，待他真是特殊优礼了。
朝中正派的人也很尊重左宗棠，翁同龢就是如此。翁同龢，字叔平，常熟人，咸丰六年（丙辰）状元，授修撰，后来入军机。他也是一位著名的书法家。左宗棠抵京后几天，翁同龢即去拜访，二人一见如故。翁同龢在日记中记载说：“访晤左季高相国长谈，初次识面，其豪迈之气，俯视一世。”以后他们过从甚密，翁同龢对左宗棠的议论和见解都十分倾服。
清政府中的大小官员，大多是见了西方人就点头哈腰，连气也不敢出。外国人仗着船坚炮利，一向不把中国官员放在眼里，即使在王公大臣面前，也时露骄倨之态。左宗棠在总理衙门行走，经常要接待外国人，他一向是以礼相待，不亢不卑，但也不能容许外国人骄倨无理。
有一次，醇王、左宗棠和英公使威妥玛会谈。威先到，就高踞上坐，也不知是他不懂礼节，还是有意如此。左宗棠随后也到了，看到这情状，就怒气冲冲地向威使说：“这个上座是醇王爷坐的，就是我也只能坐下面的位子。你应该坐到你该坐的位子上。”威妥玛面红耳赤，只得易位而坐。
还有一次，左宗棠约威妥玛到总理衙门谈些事，并设便宴招待。翁同龢也在座。第二天他在日记中记载说：“左相谈次有风棱，差壮中朝之气。”显然他平日对那班大臣们在外国人面前低声下气的情景，也是敢怒而不敢言的。
翁同龢是一位正直、爱国的学者，朝中同僚们却并不都和他一样，大多是些玩弄权术的官僚政客，既善于窥伺皇太后和王爷们的意图，也熟谙营私、倾轧等一套伎俩。当初他们对左宗棠的功劳勋望也有些畏忌，及至看到他那耿直的脾气，简直近于“傻”，闻名不如见面，于是敬而远之。
左宗棠对于官场习气似乎一概不懂，也不和朝中有权势的官员结纳，对朝政又直言不讳，不免得罪了很多人，招来许多怨诽。他多年来一直在外领兵打仗，对朝廷中礼仪、规矩，那一套套繁文缛节，既不熟悉，也不愿下功夫学习，不免弄出一些失礼的举止，这又成为同僚们的笑柄。
两位亲王中，醇王对他不错，恭王奕待他则不怎样。奕本来也是重视起用汉人的，但那是在内乱频仍、外敌压境的时候，现在他认为已松了一口气。当中俄《伊犁条约》签订之前，廷中官员意见，等左宗棠抵京后再作决定，奕却不以为然，他急于达成和约，并不愿听取左宗棠的意见，匆匆就将和约签
订了。因为左宗棠功勋和威望高，面子上仍要敷衍，但对左宗棠入朝后和朝臣格格不入、独行其是的态度，加之又不懂朝中礼仪，却很不满意。因为左宗棠是三朝元老，不便随意加以斥责，这也使他很伤脑筋。
清朝廷规矩是，军机大臣上朝时，只有领班的一人上奏，通常是王爷领头说话，其余的人不能随便发言，只有皇上或太后问到时，才敢奏对。如果随便开口，既失了礼仪，领班王爷也会不高兴。左宗棠却不管三七二十一，往往越次发言，也不知是他不懂规矩，还是年老控制不住老脾气的缘故。有一次他越次请求给部将王德榜差使，太后对他不讲规矩，心里不高兴，但念是功勋老臣，给他面子，同意了。恭王却已满肚皮不高兴。下朝之后，在军机处议论，左宗棠仍不识趣，又提出让王德榜上朝谢恩。恭王实在忍不住了，慢吞吞地满含着嘲讽说：“且等诏书下来再说吧！”朝廷规矩，皇上面允只是初步，要等诏书下来，才能上殿谢恩的。这些规矩，左宗棠也全不懂。
军机处有一位满大臣宝鋆，很看不上左宗棠，趁此教训他说：“这里的规矩，凡事都要跟着王爷走。上头不问及我们，我们不要开口。”无奈左宗棠的脾气不容易改，他的性格不是愿意事无巨细都听命于人的。
还有一次，李鸿章为永定河堤防工程上了一道奏折，廷臣知道左宗棠在外搞过水利，比较内行，特找他来讨论。他对水利很有兴趣，马上就要上工地去察看。他这种勇于任事、办事急如星火的认真态度，应该说是难能可贵的。不料恭王和同僚们都很惊讶，面露不解之色。恭王又慢吞吞地说：“不等奏准，就匆忙出京，若是太后问起来，我将如何对答呢？”左宗棠却没有料到有此一问，他反问道：“然则我们一举一动都得奏准么？”恭王说：“在朝廷中，就得这样办！”给他碰了一个不大不小的钉子。
在朝廷中，一举一动一言一行都必须十分谨慎。礼仪虽看似小事，有时却也会成为大问题，至于说错了话，可以惹出大祸。那年三月出了一件大事，左宗棠也因之闯了一个“大祸”。初十日早朝，慈禧太后因新病初愈，在宫内休息，只慈安一人临朝。及到傍晚时分，忽然宫中传来消息，慈安太后驾崩。大臣们都赶到朝房，听候传旨，大家静静坐着，谁也不敢多讲话。
只有左宗棠又忍不住了，他对这件突如其来的消息实在感到惊异，就和同僚们说：“今早见到安圣还好好的，怎么突然就晏驾了？我就不相信。”大臣们听了都失色，恭王赶紧叫他不要说下去。他说话声音素来高，已给太监们听到了，立即报告慈禧。原来东西太后共同垂帘听政，表面上和好，慈安太后是正宫（东宫），名位比慈禧高，为人正派，待人也好，受到臣子们爱戴，慈禧一直嫉妒在心。慈安的暴死是一宗疑案，有人传说慈禧为了独掌大权，在慈安食物中下了毒。不管怎样，左宗棠在朝臣中莽莽撞撞，说出这种大惊小怪的话，必然会遭到慈禧的疑忌，他在京师的日子也不会好过了。