“回汉一视同仁”——处理回事的政策：“剿抚兼施”
同治八年（1869年）初，左宗棠奉清朝廷命，率大军进入陕甘平息回军起义。同年底进驻甘肃平凉。这次他所面对的是复杂的民族纠纷，是十分艰巨的任务。他认为处理民族关系，对付回军，与对付捻军和太平军有所不同，应当更为慎重。
他在进入陕甘之前，对回民情况和回汉纠纷做了一番调查研究。中国是一个多民族国家，在漫长的年月中，各族人民之间的团结友爱、互助合作，是历史的主流，各民族间自然融合也是历史的主流。据史家研究结果，国内各民族没有哪一个是纯血统的（吕振羽），汉民族就不纯，是一个大融合体。回族虽有自己的语言文字，但也使用汉语，只是在宗教信仰和风俗习惯上存在差别。回、汉、满三族在历史的长河中，友好也是主流。在清代，回民和其他民族一样，也参加科举考试，也做官吏；回、汉二族在短暂时间和局部地区内也有过纷争和矛盾，但还不曾扩大。同治元年至十二年间，陕甘一带的回汉矛盾激化，回民和汉民互相仇杀，满人官员站在汉族一边，挑拨汉回关系，以致回民起义。那时，回族和汉、满族关系处于最低潮、最恶劣的时期。
在西北，回族和汉族经常住在一处：一个城市或一个村落中。由于民族、宗教和风俗习惯等的不同，发生一些矛盾也是很自然的、不可免的。即使同一民族，邻里之间、各姓之间、有钱人和穷人之间，都有各种矛盾和纷争。当然，不同民族间的矛盾可能多一点、深一点，如果处理得当，也不至于闹成大事。可是清政府却采取了反动的民族政策，所谓“以汉制回”“护汉抑回”；满族统治者想利用汉民来压服回民，煽动民族仇恨，加上汉、回两族封建主的煽动挑拨，汉、回仇杀愈演愈烈。
根据历史有记载、有案可查的汉、回仇杀事件就有多起，如：陕西团练大臣张芾统率的汉族地主武装，残杀回民。同治二年六月，在狄道州发生了屠杀事件，地主武装烧毁城内礼拜寺和回民房屋五百余户，并屠杀回民男女老幼。在左宗棠进入陕甘之前，满族将领多隆阿、穆图善等指挥下的清军，也曾大量屠杀回民。以上是汉族上层分子屠杀回民的事例。回族上层分子屠杀汉民的例子也可举出一些，如同治元年六月回军攻破陕西长安县六村堡，同治二年八月回军攻破平凉，同年十二月回军攻占宁夏府城，汉民亦遭到屠杀。
左宗棠入甘前，了解到汉、回仇杀的残酷情形，认为甘肃官军要负很大的责任，慨叹说：“甘肃之军，不能保卫人民，反而扰民；甘肃之官，不能治理人民，反而激起人民造反。”他把回、汉仇杀归因于当地满、汉官员和军队的腐败和残暴，即“官逼民反”，对被压迫的回族和汉族人民寄以同情。他还批评那里的团练说：“既像团练又不是团练，像兵勇又不是兵勇，像土匪又不是土匪。”
陕西一些汉人士绅却不是采取这种客观公正的态度，他们不顾汉人屠杀回人的事实，却只看到汉人被回人屠杀，因此对回民恨之入骨。他们提出“剿洗”政策，就是要用武力征服。一些地方官吏也偏听这种意见。左宗棠坚决反对“剿洗”政策，他对那些偏听“剿洗”政策的官吏们更为不满，警告说：
惟秦人议论，往往不可尽据。即如汉、回争哄，致成浩劫，力主剿洗，万口一声，生心害政，实由吠影吠声致然，虽贤知之士，亦所不免。非兼听并观，折衷至是，不能平其政，祛其弊也。
他认为陕西一些人高叫“剿洗”，是非常无知、不公道，也有害的。正如一只狗看到影子就叫起来，许多只狗连影子也没有看到，也跟着这只狗的吠声叫，闹成一片，连自命圣明有识之士也跟着闹。只有兼听并观，处理回、汉纠纷，才能对国家和人民有益。他的意见是够尖锐的，也很坦率。同治六年（1867年）五月，他又向朝廷提出处理回、汉纠纷的意见和策略，首先说：
此次陕西汉、回仇杀，事起细微，因平时积衅过深，成此浩劫。此时如专言剿，无论诛不胜诛，后患仍无了日。且回民自唐以来，杂处中国，蕃衍孳息，千数百年，久已别成气类，岂有一旦诛夷不留遗种之理？！
他接着提出“剿抚兼施”的办法：“仍宜恪遵前奉上谕：不论汉回，只辨良匪，以期解纷释怨，共乐升平。”他认为这样可以促使汉、回同胞解纷释怨，共同享受和平的生活。
“不论汉回，只论良莠”，原是林则徐最早提出的政策。20年前他任云贵总督时，处理当地回民起事的政策是：“但分良莠，不分汉回，良则虽回必保，莠则虽汉必诛。”左宗棠政策的核心就是根据林则徐的政策而来，但是着重提出“抚”的重要性。
所谓“剿抚兼施”，“剿”就是武力征讨，“抚”是以和平方式安抚。左宗棠认为办理回事必须“以抚为先”，即是以和平方式为对待回民的主要手段和目的。回民起义之所以产生，是由于政府歧视回民，如果朝廷宣布政策——汉、回一视同仁，那么大部分回民将不会追随上层回军人物。但是面对在各地割据的回民武装，如果政府没有强大的实力也不行，起事的回军是不会自动放弃武装，让出一条通往新疆的大路的，所以又必须有“剿”，左宗棠自己说是：“盖不得已也。”
“剿抚兼施”的政策受到各方面的阻拦。一方面是陕西士绅和一部分地方官员的“剿”派，他们自己没有力量对付回军，听到清政府派左宗棠率大军来陕甘征剿，就希望左宗棠来帮他们对付回民。左宗棠对陕西士绅这种心理，坚决反对。陕西士绅的“剿”派对左宗棠感到失望，他们始终对左宗棠的政策不满，还常加以阻挠。
另一方面是满族高级官员中的“抚”派，如熙麟（总督）、恩麟（布政使、护理总督）、庆瑞（宁夏将军）、玉通（办理青海事务大臣），以及后来署陕甘总督的穆图善等，他们都是满洲贵族的公子哥儿，既胆小，又不懂得用兵，加之甘肃是个穷省，无兵可用，无饷可筹。因此他们怀着苟且偷安的心理，只主张“抚”，然而没有求“抚”的实力，从来没有“抚”成功，局势越来越坏。
至于清朝廷，也给左宗棠很大的压力，清廷命他克期平定陕甘，虽然同意了“剿抚兼施”的政策，但是两宫太后对他提出的“五年为期”还很不以为然，认为时间太长。后来有几次因军事停顿，立即下旨严责。
朝廷对左宗棠表面上“信任”，是不得不用他，暗地里处处怀疑，生怕他按兵不进，拥兵自重。
左宗棠面对着的是盘踞在各地的强大的回军武力，背后又有三方面的压力，加上恶劣的自然条件，困绌的军饷、军粮，西事艰阻如此，他毅然不顾各方面的反对，在进陕之前发布了一道告示，说明“剿抚兼施”的政策，告示说：
……多杀非仁，轻怒非勇，诛止元恶，必非种。凡厥平民，被贼裹胁，归诚免死，禁止剽劫。汉回仇杀，事起细微，汉祸既惨，回亦无归。帝曰汉回，皆吾民也。使者用兵，仁义节制，用剿用抚，何威何惠……
一些回民读到告示中“帝曰汉回，皆吾民也”两句，不禁感动而流泪。多数善良的回民与汉民纠纷，原是细微的事，因受满汉官员压迫，又受上层回民鼓动，“造反”也是迫不得已。他们如果逃出回军，到汉民地区，又恐怕汉民残害，真是走投无路。他们自然希望中央政府能有一个公正、妥善的政策。
左宗棠在家信中，表明了对回民政策的信心，说：“回民入居中土，自三代以来即有之，传记中‘疆以戎索’及‘骊戎’‘陆浑之戎’‘徐戎’皆是也。欲举其种而灭之，无此理，亦无此事。前年四字告示中‘帝曰汉回，皆吾民也’两句，回民读之，亦为感泣，可见人心之同。且令中外回民均晓然于官司并无专剿回民之意，亦知覆载甚宏，必不协以谋我。便可百年无事，若专逞兵威，究竟止戈何时？”
他特别赞赏诸葛亮对待少数民族的办法，说：“武乡之讨孟获，深纳攻心之策，七擒而七纵之，非不知一刀两断之为爽快也。”对于回民也要采取这种政策。如果求抚不是真心，就揭发其狡诈，用武力对付，并告知他用兵实是出于不得已；对于真心求抚，就要接受。最终总是和抚之局。
左宗棠手书天地正气
左宗棠认为要贯彻剿抚政策，双方以诚相待，十分重要。一方面必须回军诚心求抚，另一方面必须官军诚心办抚。官军需有强大的力量，回军才肯甘心就抚；官军还必须有诚意，回军就抚才能有诚心。他认为“抚”比“剿”难得多：“剿”，只需使用武力，打了胜仗，大局就定了；“抚”，则善后的事务特别纷繁。但是决不能避难就易，为中华民族的利益，最终必须贯彻和抚之局。