在福州（上）——设书局书院——除陋规摊捐——经营台湾——办理外事
当清军于同治四年底在嘉应州消灭太平军最后一支部队后，第二年二月左宗棠回到福州。他认为现在是该开始从事建设的时候了。当时战后百废待兴，他立意要举办一些能促进民富国强的事业，先从福建搞起。这一年他在福建办了以下几件大事。
（一）开设正谊堂书局。左宗棠一向重视文化事业。在杭州首先做的几件事，其中之一就是设书局，刻印书籍。江南经过长年战乱，民间书籍荡然无存，不仅经史子集奇缺，就连幼儿初学识字课本如《三字经》《千字文》等也难购到。左宗棠开设书局为全国首倡。福州原有一个正谊堂，康熙年间有一位大理学家张伯行（字孝先，谥清恪）任福建巡抚时，曾在此刊刻先儒书籍60余种。左宗棠年轻时在湖南书塾中，就已见到正谊堂所刻20余种书，对那些书和正谊堂有良好的印象。他回到福州后，立即重开正谊堂书局，局址设在福州省城东街，共汇刻了55种古籍。他还亲自颁布一道谕告，招聘士子担任校对工作，愿者到总督衙门面试，合格者录用，还给予膏火费。他还表示，公务之余还要到书局和大家讨论学问。
（二）修建芝山和正谊书院。设立书院培养人才，是左宗棠历来所关心的事。年轻时他在长沙城南书院念过书，后来又当过渌江书院院长，认识到书院的重要。闽浙当战乱之际，书院大多已荒废。以前漳州有一所芝山书院，在开元寺旁，寺为唐代所建，规模宏伟，历代香火很盛。南宋大儒朱熹曾在寺右讲学，门生中有陈淳（号北溪）、黄榦（号勉斋）等有名文士。后人曾在该地建寺，并建立了芝山书院。因为书院大门比开元寺门小，读书人不服气，陈淳曾建议将开元寺改为书院，但谁也不敢触犯寺庙，建议没有实行。太平军战事蔓延到福建后，开元寺于咸丰三年被毁，但还留有部分房屋。同治三年，李世贤部攻陷漳州，太平军是素来反对佛教的，开元寺被烧成灰烬，和尚们也纷纷逃散。同治四年左宗棠督师入闽，经过漳州，就在开元寺后山扎营居住。漳州人士正在筹议修复书院，左宗棠十分高兴，就命在开元寺故址上修建，并将陈淳以前的意见告知大家说：“陈先生早在六百年前就命我在此建书院了。”同治五年春天，他从梅州班师回福州，又路过漳州，看到书院工程已完成过半，喜不自胜。当地官员请他为书院书联，以前有一副旧联，相传是朱熹遗迹，联云：
五百年逃墨归儒，跨开元之顶上； 十二峰送青排闼，自天宝以飞来。
左宗棠以为旧联似乎正是为今日情况说的，五百年来为释家占领的地方，五百年后终于回归儒家所有了，他也有一份功劳，于是书联云：
经始问何年，果然逃墨归儒，天使梵王纳土。 筹边曾此地，大好修文偃武，我从漳海班师。
他敢于把著名的开元古寺改为书院，敢使“梵王纳土”，做前人所不敢做的事，真是敢作敢为，有革新家的味道。他不信耶、佛、道各教，着眼点在“修文偃武”，只有振兴文化，提高全民族素质，同时积极学习西方，才是中国的出路。同治五年，他在福州开设正谊堂书局后，又办了正谊书院。不过书院和书局还未全部完成，就奉命西征。临行前，同学诸子请他为书院题写楹联，他遂写一联与同学们话别：
青眼高歌，异日应多天下士； 华阴回首，当年共读古人书。
他对年轻人寄予很大希望。当时书院还只有古书可读，书局也只能刊刻些识字启蒙书以及古籍，这是时代的局限。他于同时在福州创办求是堂艺局，教学生数学、外语、制图、机器制造等课程。及至光绪七年他到京师后，又提议科举考试加考数学，可见他的认识是随时代而前进的。因为他是一个实学派，素来反对空诞无用的八股文，重视经世致用之学，所以容易接受新思想。
（三）改革盐政，裁革陋规。福建盐政弊端极大。左宗棠到闽后，委任吴大廷（字桐云，又字彤云）为盐法道，奏请仿效湖南、浙江等省试行票运。朝廷交部议，部议提出诘难，因为福建过去已积欠课银四百万两，恐怕改票盐后，亏损会更多。批示说：“务期毫无窒碍，确有把握，再议试办。否则将来如课额亏短，将从严参办，责成分赔。”左宗棠又上疏力争，指出：“盐务为腥膻之场，为奸弊之薮。……兴利不如除弊，弊尽而利自生。”他毅然表示愿与巡抚和盐道承担责任，说：“虽部臣责臣与抚臣、盐道以参赔。……臣与吴大廷无所愧，亦无所怯也。”朝廷降特旨，同意他试行票盐，一年之后，不仅没有赔，反而收入增加三倍。
清代吏治腐败，左宗棠在湘幕和浙江巡抚任内时，都注重整饬二省吏治。到闽后，又感叹“闽省吏治废弛已久”。福建因连年兵祸，征收钱粮的簿籍毁失，地方官责成书吏收粮税，书吏又无凭据，就在民间浮收乱取。遇到强者，抗拒不交，弱者则受其鱼肉。官吏如收不足额，又将受上级斥责，因而官民交困，为害无穷。左宗棠认为恤民必先恤吏。他命清理全省赋额，定出收税多寡的章程，刻石公布于众，禁止借端浮收。这样解除了困扰人民和官吏多年的一大积弊。
州县官吏受累更重的还有各项陋规摊捐。所谓“摊捐”，就是各项临时、额外的用费，无处报账，就摊派给地方州县。例如上官过境，夫马费、招待费、门包过山礼费。上官到任，铺垫执事费、平时用费、生日节日送礼费，等等。对下级来讲，是摊派，对上官来讲，就是陋规。这类陋规相沿已久，上官认为是本分应得的钱，下级也认为是本分应出之项。下级拿不出钱，就从养廉金内扣，有时把养廉金全部扣除也不够，于是只好巧取豪夺于人民。上官收受了陋规，遇到下级有过失，则为之包庇，下级也以陋规来挟制上级。这里的弊端就大了。左宗棠感叹说：“上官之取于州县也一，州县之取于民也十。何怪民生之日蹙，仕风之日下乎！此察吏之，必先恤吏，恤吏之必先裁革陋规也。”
经过一番整顿，陋规概行裁革，摊捐各项酌给公费银两，由关税、茶税等余款贴补。对于地方小官吏，查实如养廉金太少、不够养家者，酌给津贴。这样使吏治有了一番振作，人民的负担也减轻了。他又命开设蚕棉馆，推广养蚕和植棉，并命令各州县广积粮食备荒。人民普遍感到满意。
（四）整饬兵治。清代正规的“制兵”即绿营兵，号称60余万，但素质低下，不能作战。太平军兴后，各省都另募勇丁（团练）以备战守。但制兵名额却不减少，兵额越来越多，饷筹不出来，于是克扣军饷，士兵只发半饷，哪能吃饱？因此年轻人不愿入伍，入伍的多是老弱和穷无所归的人。有些只挂个名，而以小商贩、佣工等为本业，有暇时才应应操差。甚至还有以当兵支门户，抗官府，窝藏盗匪。名为兵，而从不上操当差。饷是如此之薄，如果不准许当兵的找个“第二职业”，实在说不过去，事实上也难办到。既然士兵别营生机，就不能集中住在兵营，而是散居市廛，不能一呼即到，军纪也无从施行，实为一大怪事。左宗棠形容当时福建的军队说：“陆军不知击刺，不能乘骑。水师不习驾驶，不熟炮舰。将领只知趋奉应付，办名册，听差使，练操就像演戏，这样有何实用？水师的战船长期失修，全都腐朽了，遇到有巡逻任务时，只好雇民船代用。勇丁没有船炮，无从操练，名为水师，实际则住在陆上。一登上海船，就头晕呕吐不堪，站也站不稳。”
左宗棠认为各省绿营通病，是因军饷太低，“饷薄不能练兵，饷薄是由于兵多。与其欠饷，不若减兵；与其欠饷而养无用之兵，不若减兵而节可惜之饷。”他奏请朝廷大量裁兵，有四种兵应亟汰：老弱疲乏之兵，吸鸦片烟之兵，挂虚名之兵，分散各地零星之兵。大概选留可练之兵五成余，裁去四成余之饷加给留下的兵，士兵每月可得三两银或稍多一点，可够日用了。这样只减少无用不可练之兵，于兵制无所损害，于饷事则有所增加。兵精粮足，以后海上多事，可一战了。
（五）经营台湾。台湾是福建省的一个道。过去清朝廷忙于内战，对台湾无暇顾及。左宗棠到闽后，看到台湾为海湾门户，虽远隔重洋，实为全省安危所系，而且关系到东南沿海各省的安危。台湾不仅战略地位重要，资源也极丰富，实是一块宝地。因此他在闽时间虽短促，却立即着手对台湾的经营。他对台湾的军事、民政、物资和少数民族情况进行了调查，发现在军事方面，台湾几乎无防务可言。原来台湾开始设郡时，是由内地标营调兵去防守，三年轮换一次，兵额为1.4万余，设道标，由台湾道节制。咸丰初年，因为内地战事紧张，自身应付还不够，没有力量调兵来台，现剩兵员不到三分之一，道标也已撤除。有事时就临时招募勇丁，所募的勇丁多是游手好闲的无业之徒，聚集起来就是兵，分散开来则为匪。兵匪不分，人民受害最大，苦不堪言。至于台湾水师，也是一样腐败。过去有战船16艘，现在一艘不存，虽然没有船，仍照样领取修船费。武营虚冒侵占公款，文员不敢究诘。这样的海陆军，只要列强派几艘炮舰来，就能轻易占领台湾。
左宗棠采取了一些整顿措施。首先奏准恢复班兵轮换制，重新设立道标，由道台节制。修船费严禁中饱，一概用于造新船，在海岸巡逻。并募练新兵，增强海防。台湾物产富饶，官员趁机收取陋规，以饱私囊。左宗棠奏撤了不称职的官员，调补刘明镫为台湾总兵、吴大廷为台湾道员。吴大廷表示，将道署陋规全部归公；刘明镫也表示要裁革陋规以及节寿钱礼等，于是官场耳目一新。左宗棠仍按照省内办法，陋规革掉了，有些文武官员养廉金不够用，则另筹津贴，以贴补他们。
台湾人民有挟仇械斗的习俗，斗胜者就霸占败者家产，称曰“扎厝”。官员下乡办案时，先要索取一笔费用，又不认真办理，往往置正凶不问，抓一两个不相干的人敷衍塞责。老百姓气恨官吏贪污昏庸，结会私斗的风气更盛。当地谚云：“十年大反，五年小反。”其实都是官逼民反。左宗棠认为选任廉正明干的官员十分重要，必须严操守、勤访治，孜孜奉公、体贴人民，然后人心才能团结，也才能收到长治久安之效。新调派的道员吴大廷，他认为是“操守廉洁，有才干，兼通方略”的人；总兵刘明镫也是“功勋卓著，谋勇兼备”，台湾事交给他们二人，可以放心。刘明镫还带领了一部分楚军去台加强防务。
当地少数民族为高山族同胞，清代称为“生蕃”，内地人认为生蕃野蛮。左宗棠经考查之后，认为他们虽然各方面条件落后些，但主要问题是满汉官员不能平等对待他们，而且还敲诈剥削，使他们不满。上奏说：“台湾生蕃，性虽野蛮，却极驯顺。地方官如清悫自持，以简佚之道处之，最易见德。”以前高山族同胞献了一些地给政府，要求薙发，并取得与内地人民同等的待遇。疆臣上报朝廷，朝廷交部议，但官僚们却莫名其妙地不准，以致使山胞失望，离心离德，民族不和，对社会秩序造成不利的影响。左宗棠认为应该听任山胞薙发，但又不要强迫，对待山胞要与内地人民一律，不应歧视，这样对国家只有益处。
左宗棠原准备待省内务事料理得差不多后，亲自渡海到台湾视察，不料得到去西北的急诏，未能成行。离闽前，他特别将台湾军政各事详细奏陈朝廷。他认识到台湾地位十分重要，但因为在闽时间太短，没有来得及料理妥当，是来福建一件最遗憾的事。离闽后，他仍然念念不忘台湾。直到20年后，中法战争爆发，他这才又奉命回到福州，为经营和保卫台湾尽他最后的一点力量了。
（六）在福州还遇到一件涉外事件，给英帝国主义分子碰了一个不大不小的钉子。英国驻福州领事原是有雅芝，他回国后，由贾禄接任。那年春天左宗棠准备购买轮船，便下了一道札（公文）给贾禄询问，本来是件好事，不想贾禄却摆起架子，向通商局道府说：“给领事文不应该用札，上海、广东都是用照会。”又说：“领事来见将军督抚时，上海、广东都开辕门，还鸣炮示敬，何以福建独不开门鸣炮呢？”一副倨傲、高高在上的样子。道员禀告了左宗棠，左宗棠叫他回答贾禄说：“福建、浙江向来都是用札的，是按照条约办事。领事来见，向来不鸣炮开辕门。外国领事地位大致与道员相等。上年接见前领事有雅芝就是如此，并不是对贾禄有所薄待。”贾禄无言可对，但却又去信给北京英国公使，说左宗棠接待欠周到。英公使向总理衙门提意见，总理衙门是惧怕洋人的，赶紧来信询问，左宗棠已和贾禄讲清楚，并已了解贾禄不受札的后台，回复总理衙门说：“贾禄已表示，不愿受札并不是他的本意。是奉英公使之命。贾禄要求清理中外交涉案件，因所请合乎情理，已妥为应付。”接着他告诫说：
夷性贪而无餍，罔知中国礼法，所用多中国莠民，教猱升木，靡事不为。从前和约迫于时势，不得不然。然若于条约之外更议通融，恐我愈谦，则彼愈亢；我愈俯，则彼愈仰，无所底极。
他严正地提出了对待西方侵略分子、办理外交不亢不卑的态度，也批评了上海、广东等地官员卑屈媚外畏外的做法。