幕府生涯六年——减轻民赋——增加岁收——外援五省——内清四境
在湖南幕府的六年中，左宗棠尽心竭力襄赞骆秉章，办理湖南的军、财、民、政各事。他的目的是保卫家乡，执行的方针是“内清四境，外援五省”。虽然太平军已退出湖南，但随时都可能再来。他一方面关心湖南省境内的治安，一方面也关心邻省，积极支援出征的湘军。
咸丰四年闰七月，曾国藩由岳州前线回到长沙，准备率大军出湘东征。在出征前的一段日子里，他与左宗棠密商对付太平军的策略，以及天下大势。他们几乎天天相见，事事相商，可谓亲密无间。不久曾国藩率大军北上，八月攻克武昌和汉阳，连下黄州、兴国、蕲州各城，又在田家镇打了一次胜仗；十一月，水陆各师进薄九江。曾国藩十分得意，湘军军威大振，却露出了骄气。左宗棠觉察到湘军虽然节节得手，但“将士之气渐骄，主帅之谋渐乱”，败象已露。便连写数信给曾国藩，劝他持军务必须慎重，不宜轻进。但曾国藩正在兴头之上，不予答复。左宗棠同时也写信给罗泽南，罗泽南倒是接受他的意见，回信说：“也许你以为我会忌其言之太直，我此身日在过中，力求药石而不得，敢忌医乎？！你所说‘骄之弊宜若易免，然时时对勘亦若为难’，诚有道之言。”他在信末写了一首诗：
事业极伊吕，浮云过太虚； 矧兹一战绩，已出二年余。
诗意是说：即使如伊尹、吕尚的王佐事业，也不过如浮云掠过太空；何况湘军这一战绩，已迁延了两年余才得手，有什么可值得骄傲呢？！
“骄兵必败”，当主帅的都知道这句哲言，但诚如左宗棠所说，虽时时对照检查，却又难于避免，这次曾国藩就没有能避免“骄兵之弊”。他于十二月率兵进攻湖口。太平军翼王石达开、春官正丞相胡以晃、冬官正丞相罗大纲都已率援兵赶到。石达开已看出湘军“将士皆骄，兵分势单”的弱点，用了一个“诱敌深入，分割围歼”之计，先将湖口守兵撤离，诱湘军水师一部分进入鄱阳湖，然后迅速派兵重新封锁湖口，将湘军水师分成两截。二十五日太平军派出许多小舟，在九江江面纵火焚烧湘军战船，曾国藩座船也被烧，他仓皇逃走。陷在鄱阳湖内的水师不能出长江。湘军的骄傲引起了一次惨重的失败。
次年（1855年）正月，太平军乘胜反攻湖北。湖广总督杨霈亲率重兵驻守黄州，准备抵御。但他是个庸碌之辈，不懂军事，将部队都开到前线，意图孤注一掷，省城后方空虚。左宗棠后来批评他，是犯了俗话所说“低棋不顾家”的毛病。太平军来攻，他又不知道如何应战，还未及接战，全军就溃败。太平军乘胜追击，轻易地再次攻占了武昌。巡抚陶恩培和署按察使武昌知府多山等自杀，两湖局势又一次为之震动。
骆秉章和左宗棠详细调查了湖北战况后，由骆秉章上疏奏劾杨霈，杨不久被免职，由荆州将军官文接任。那时胡林翼已由贵州知府奉诏调湖北，升任按察使。他曾随曾国藩军东征九江，武昌再度失守后，补署布政使，不久又补署湖北巡抚。他的官运亨通，又善于团结人。满人官文是一个颟顸无能的官僚，胡林翼和他相处得很好。二人积极整顿兵力，准备反攻武昌。曾国藩和罗泽南也率湘军东来。骆秉章派遣鲍超、王明山率水师沿湘江北上支援湖北。太平军方面，石达开和护天豫胡以晃、卫天侯黄玉昆等也从安庆增援，双方处于胶着状态。
太平军看到在湖北一时不能取胜，突然改变主攻方向，于十月转攻江西，连克瑞州（高安）、临江（清江）、新昌（宜丰）、袁州等，进图吉安。江西形势紧急，曾国藩困守南昌。左宗棠向骆秉章建议说：“江西是军事要地，如果被太平军占领，那么不仅江、浙、闽、广四省都易遭到攻击，而湖南也更危险了。为保卫湖南计，必须出兵支援江西。”骆秉章听从了他的意见。左宗棠定下三路援赣之策：南路由酃县、茶陵攻吉安；中路由浏阳、醴陵攻袁州；北路由平江攻义宁（修水），直取瑞州。曾国藩有四个兄弟：国潢（字澄侯）、国华（字温甫）、国荃（字沅甫）、国葆（字季洪）；国华和国葆已随他出征，国荃还在家中，他于是自请募集勇丁二千人，加上周凤山新募二千人，从南路攻取吉安。北、中二路则由刘长佑、萧启江于咸丰六年二月分别率军由长沙、浏阳出发。三支军队到江西后，迅速稳定了局面，在湖北的胡林翼部队也取得了较大的胜利，于十一月收复了武昌和汉阳，湖南形势又一次安定下来。
这种稳定的局面没能维持多久，几年后，石达开的部队进入了湖南。原来在咸丰六七年间，天京的太平王朝内部发生了大变乱、大屠杀，洪秀全指使北王韦昌辉杀死了东王杨秀清及其属下两万余人，后又杀死韦昌辉。石达开赶回天京护驾，却遭到洪秀全的猜忌，被迫于咸丰七年五月率领他的部队离开天京，采取分裂主义的独立行动。他不去支援影响全局的湖北战场，却由安庆转入江西，后来又进入浙江、福建，旋又退回赣南。他虽一路披坚斩锐，取得一些局部胜利，但是遭到清军处处堵击，形单势孤。咸丰九年二月，他的大部队进入湖南，声势浩大，人马队伍走了六天六夜，不绝于途。他的意图是通过湖南转入湖北、四川。连年来湘军多数已开到外省，省内军力单薄，仓促间赶紧征集各方部队防堵，石达开军已经接连攻陷宜章、兴宁、郴州、桂阳州等地，湖南大为震动。
左宗棠多年来一直是处于幕内参赞军机，所谓“运筹帷幄之中”。这次看到军情紧急，前线将领意见不一，行动缺乏统一指挥，加之他从来没有亲临战阵，也希望锻炼自己，增加实战经验，就向骆秉章提出请求，要单身到前线去指挥军事。但是骆秉章倚他为左右手，不愿他远离，没有答应。
五六月间，湖南重镇宝庆（今邵阳）被石达开三十万大军重重包围。湘军刘长佑、刘坤一、田兴恕等在外围堵击，胡林翼又调李续宜军五千人由湖北来援。左宗棠得到围城守军送出来的一份“敌我兵势地图”，他将图挂在墙上，早晚详细研究。当将领们商讨作战方案时，多数人认为重兵应配备在东面，以保护省会，进攻方向应从东向西。左宗棠从兵势分析，认为东面敌人兵力雄厚，北面薄弱，应从北面进攻。争论了两天，最后采取了左宗棠的意见。湘军由宝庆北面的新化进兵，获得大胜。石达开军败退到东安，由东安又进入广西兴安，湖南于是再度解围。
左宗棠执行“外援五省，内清四境”的方针，除了对付鄂、赣二省的太平军外，湖南军队也多次援助粤、桂、黔三省。广东的红巾军、广西的会党和贵州的苗民起义，都曾侵入湖南，湘军也曾派赴三省助剿。湖南本境内也不安宁，会党起义此起彼伏，有些还准备出省与太平军会合。另外还有盐枭、烟枭，与广东、贵州各枭都有联系，也时常闹事。左宗棠协助骆秉章“内清四境”，对境内不安宁的因素进行了严厉镇压。
这次太平军攻入湖南，暴露了省内军力的空虚，这几年自从曾国藩率军出征后，湖南的良将精兵大多已出省了，而且遭受很大损失。罗泽南、江忠济、王錱、李续宾、曾国华等高级将领相继阵亡或病故。靠着湖南的支援，省外湘军总算维持了下来，虽然作战也时有失利，终究将太平军的活动限制在长江下游江淮一带。湖南虽然不断经受小的骚扰，但大致还算平安无事。
湖南支援五省，不仅是派兵出去，而且还要供应军饷和军械、船炮等。咸丰四年湖南设立了船炮局，由丁善庆、黄冕、李概等负责，左宗棠亲自主持。黄冕是位制炮专家，以前在甘肃，后又在长沙造过炮，是用熟铁造的。左宗棠自己也设计了一种劈山炮，改用铸铁制成。炮身长五尺，外形如大抬炮，能装半斤子弹，射程四五里。每艘舢板左右各列炮一门，可俯可仰，可前可后，在当时算是一种利器了。一部分船炮运到了湘军前线，曾国藩很欣赏劈山炮，认为是水陆两用的利器。
最困难的是筹饷。湖南是个中等偏下的省份，自己的财政本来就拮据，哪来的钱供应邻省的军饷？左宗棠协助骆秉章采取开源节流的办法。开源的主要途径是收厘金。厘金是一种货物税，厘是值百抽一的意思，实际上厘税往往超过百分之一。咸丰三年在扬州曾首办厘捐，后来曾国藩在汉口也曾抽厘税。咸丰五年黄冕首先在常德设厘局，郭嵩焘和左宗棠都极力赞成，以为是筹饷的唯一途径，他们建议骆秉章在全省推广，由郭嵩焘和知府裕麟总理厘金总局。这样每年可收得厘金100万两左右。后来又设立盐茶局，抽取盐税和茶税，每年也可收得三四十万两，款项几乎全部供给军饷。
清末湘军
左宗棠还协助骆秉章做了两件有益于人民的事：罢大钱和剔漕弊。咸丰四年，清朝廷因财政困难付不出军饷，就由户部通知各省自行铸造当十、当五十、当百大钱。六月湖南开铸，但是新钱与流通多年的旧制钱相比，含铜量远远不够，是一种“劣币”。于是不法官商争相私铸大钱，甚至将私铸大钱照面值减半抛售，也有利可图。结果市场混乱，老百姓拒收新铸大钱，民情汹汹，准备要罢市了。骆秉章和左宗棠商量，决定停用大钱，用制钱八成收缴。几天后收回大钱16万贯，而由官局铸造的仅有9万余贯，其余都是私铸。他们又严查舞弊官员，查出管事官员和长沙府家人、炉头等参与私铸，狠狠办了一下，绞决二人，革职数人，风潮才平息下来。不久户部又发下纸币八万两，搭放军饷。骆秉章认为当百大钱有铜一两五钱，尚且不能用，一张钞纸当银三两，百姓更不肯用了。就以湖南无官钱铺不能用钞，上报户部，拒不在湘发钞。这两起金融风波算是平安度过，人心也大快。
清代的“漕粮”其实是一种粮食税。由于北方缺粮，要由南方征粮经大运河北运，政府就借口在地丁（土地、人口）税之外，再征收一些粮食。原来为数也不多，但湖南漕粮积弊很深，浮收滥取，名目繁多，贪官劣绅又从而挟持勒索，农民苦不堪言。佃户除纳租外，所得租谷不够一家食用，因而纷纷退佃，另谋生路。既苦了老百姓，政府也收不上钱粮。咸丰五年已到七月，还没有人纳粮。骆秉章和左宗棠很着急，下令各州县裁汰陋规，鼓励地方人士提出革除积弊的方案。不久湘潭有一位举人周焕南到省城藩司提条陈，建议地丁和漕粮照原来规定略有增加，但是浮收滥取部分则全部取消。这个建议本来很好，但却遭到藩、臬、粮道和府县等层层反对，而且反将周焕南押回原籍。左宗棠知道后，大为不满，建议骆秉章采纳周焕南的意见，骆秉章同意了，就先从湘潭做起，随后各州县纷纷仿行，免去浮折漕粮后，每年减少赋税数百万两，百姓负担减轻，而纳粮却较以前踊跃，政府每年的收入也增加数十万两。
左宗棠还十分重视整饬吏治。他认为天下之乱是由于政治不修明，政治不修明是由于人才不出。所以对属吏必须赏罚分明，贪官劣吏及不称职的官员，必须严惩和罢免，还必须重视人才。他认为目前人才极为缺乏，用人不宜苛求，而应从宽录用。否则，有一部分需要培养、磨炼和激励而后能成才的人，就得不到出头之日了。他说自己用人的方法是：“吾察人颇严，用人颇缓，信人颇笃，此中自谓稍有分寸也。”“凡用人，用其朝气，用其所长，常令其喜悦，忠告善道，便知意向所至。勿穷以所短，迫以所不能，则得才之用矣。”可见他是善于用人才、培养人才和发掘人才的。有些人才可能是因有些本领，敢说真话，自己有一定主张，又不肯附和、阿谀，因此上级不欢喜，同僚也嫉妒，成了孤立、不受欢迎的人，成了诽谤的目标。如黄冕、王錱、裕麟、萧启江等，当时口碑都不好。经左宗棠仔细考查，不满意他们的人却又说不出他们究竟有什么错误，因此左宗棠决定仍照样信任、重用他们。对于犯有错误的人，也不是一笔抹杀，而是全面考察。如咸丰四年王錱军在岳州战败，以致影响曾国藩军败退靖港，曾国藩很不满。但左宗棠认为王是少有的大将之才，不能以一时一事做定论，对他慰勉有加。因此王錱终身感激。后来左宗棠西征军中有许多王旧部老湘营，为收复新疆立下了战功。
左宗棠还举荐了一批“勤干廉明”“守洁才长”的州县官员，也罢免了一些“才质昏庸”“庸懦无能”和“年力衰迈”者。当然都是通过骆秉章来办的。咸丰五年还参劾提督多顺庸劣、候补臬司魁联擅离防地，二人都被罢免。这是两名被罢免的最高级官员，而且都是满人。他这种赏罚严明、敢作敢为的作风，博得了社会的好评，但自然也遭到了许多人的嫉恨。
这几年左宗棠确是煞费苦心，特别是为筹措军饷，更是伤透脑筋。他给王錱的信中说：“湖南所界六省，均同时不靖。左支右绌，饷竭才乏，如何堪之？！”又说：“吾省受邻省之累，如穿敝衣而行荆棘之中，挂肤刺目。”可想见他当时的困难。
经过左宗棠的苦心经营，湖南获得了几年的平靖。吏治整饬，积弊有所剔除，财政收入增加，百姓负担减轻。以岁入居中下的省份，还能以人力财力支援邻接五省，因此受到朝廷内外的赞扬，有些人以为诸葛亮治蜀也不过如此。咸丰五年十二月御史宗稷辰（字涤甫）荐举全国人才，以左宗棠列为第一，说他不求荣利、通权达变，迹甚微而功甚伟，若使独当一面，必不会次于胡林翼诸人。由此，咸丰帝也知道了他。咸丰六年，曾国藩奏他接济军饷有功，朝廷命赐以兵部郎中衔。胡林翼又奏荐他将才。第二年咸丰帝下了一道上谕给骆秉章，准备调他帮助曾国藩办理军务，但骆秉章舍不得放他，以湖南军事方急，奏留了他。后来又奏他运筹之功，被诏赏加四品卿衔。
湖南这几年的治绩，当然首先应归功于巡抚。但一些人包括肃顺和郭嵩焘，都说：“骆秉章之功，皆左宗棠之功也。”这话有一定道理，但也不尽全面。骆秉章知人善任，就是了不起的才干和品德。左宗棠对骆秉章是始终佩服和推崇的。他认为骆秉章“德政既不胜书，武节亦非所短”。有德有才，并非如世俗所云“才不胜其德”的庸人。
经过六年的幕府生涯，由于骆秉章的推诚相与，左宗棠的政治和军事才能得到实际锻炼的机会，年轻时代所学在许多方面已得到应用。史家认为：“宗棠生平功业，权舆于此。”（杨书霖）“宏才得展，实自入湖南巡抚幕始。”（鲁昔达）近代史学家也说：“八年的幕府生涯，是宗棠生平事业发展中的一个重要阶段。……可以说，没有这一段幕府生涯，宗棠就不可能有稍后的飞黄腾达，他的后期也就不可能焕发出如此夺目的光彩！”（刘泱泱）