一介草莽的出身背景，虽然帮助朱元璋成就了帝业，同时也导致他在称帝后一些思想上的局限。
朱元璋在称帝后，尤其重视在国家治理方面的得失，这是因为前面小明王龙凤政权的覆灭、陈友谅父子和张士诚的祸根以及元朝的自取灭亡，这些事例给了他极为深刻的教训。因此，朱元璋在一统天下之后，一直着力于去改善百姓民生，力图为大明朝奠定百年基业。但是关于朱元璋在位时的所作所为，后世人却有着大相径庭的评价。尤其是在他晚年时候一意孤行而斩杀诸多开国功臣的做法，给整个明王朝的官宦留下了无法抹去的心理阴影。
为了巩固朱姓政权的统治，朱元璋先后进行了两次对文臣武将的大清洗活动。历史上最出名的胡蓝党狱，便是朱元璋为了清理淮西集团而发起的一场运动。有人认为，这只不过是朱元璋长期占据皇位之后鬼迷心窍的做法，人越上年纪，也会越贪恋人间的荣华富贵。这种看法并非全无道理，但若结合朱元璋整个帝王人生，就会发现他对功臣的杀戮，也不过是深埋在心中的庞大计划的一个阶段而已。
早在洪武七年（1347年），朱元璋就开始有计划地对有功之臣进行清剿。只不过当时受到迫害的大臣数量并不多，而且朱元璋此时正处于人生巅峰，所使用的方法也相对柔和。
在这段时间中，朱元璋先后杀害了两名比较重要的功臣，他们分别是淮安侯华云龙和德庆侯廖永忠。二人的罪名都是“违制”，意思是说这二人的所作所为与他们自身的官职并不匹配。史书记载，华云龙因为“据元相脱脱宅第，僭用故元宫中物”，是说华云龙占据元朝宰相脱脱的王府，并且未经允许而擅自使用了元朝皇宫中的器物，这是僭越的行为。但史书中并没有详细说明华云龙究竟被处以了怎样的刑罚，而只是含糊其词地说其在归京的路上意外死去。朱元璋本意是想把华云龙召回朝中，并以何文辉代替华云龙的职位。这其中的关系十分微妙。何文辉本是朱元璋的义子，常年负责为朱元璋监督在外军将。功臣华云龙死因不明，朱元璋又派自己的嫡系前去取代其职，这一来一去中就给后人留下了许多猜想的空间。
廖永忠虽然算不上十分知名的功臣，但他曾为朱元璋办过一件无法对外人言说的事情，这便是在护送小明王韩林儿的路途上，他派人凿沉了小明王乘坐的船只。小明王一死，朱元璋就可以公开称王了。怎奈这是一件见不得人的事，所以廖永忠回城复命后并没有得到朱元璋的任何赏赐。在之后的征战中，廖永忠作战也是相当勇猛，立下的战功并不少，为此，朱元璋曾手书“功超群将，智迈雄狮”的匾额赐给廖永忠。然而，这样一位忠心耿耿的臣子，却因为“僭用龙凤诸不法事”而被当朝圣上赐死。并且，廖氏家族在之后五年的时光中一直被帝王冷落。虽然廖永忠的儿子最终袭承了他的爵位，但廖氏家族的悲剧并没有就此终结。廖永忠的孙子是方孝孺的弟子，后来奉命前去劝降方孝孺。怎奈劝降不成，方孝孺被诛杀。他曾去为老师收尸，因此而获罪被杀。
纵观朱元璋的种种行径，仿佛每一件事都可以细细琢磨出更多的原因。如果非要说他不仁不义，从人情是非上倒也讲得通。那些曾经和他一起征战沙场的兄弟，此时仅仅因为偶有僭越身份的行为就被诛杀，这只能说明朱元璋对他的皇位具有很强的保护意识。因为在他起兵的过程中，见识了太多臣子与皇王之间的权力对抗，朱元璋不希望，也不允许同样的事在自己身上重演。所以他宁可错杀一切，也不能任由僭越的苗头逐渐蔓延成无法控制的熊熊大火。朱元璋与众多将领都是贫苦百姓出身，他们之所以参加红巾起义军，也是因为痛恨官府的欺压。年少的英雄们也曾发誓，假以时日自己取得了天下，一定要做百姓的父母官，做个能够改天换日的人。朱元璋谨记着当初的愿心，所以在取得了天下之后，他对贪污、挪用、空印、倒饷等贪污腐败的行为最是痛恨，因此采用的刑罚也最严厉。即便是如傅友德、周德兴等功臣犯了此罪，甚至身边亲近之人如自己的驸马爷，朱元璋也从不讲人情。
采用重刑治理国家，虽然可以起到以儆效尤的效果，但也难免会出现一些滥用刑罚的现象。因此，对于“僭越龙凤”这样的行为，世人总会猜测这是不是朱元璋为保帝位而定下的莫须有的罪名。尽管朱元璋在《资世通训》中告诫文武百官要做到“勿欺、勿蔽”，但这究竟只是当朝皇帝给臣子们定下的行为准则呢，还是他自己也要以身作则，这些其实都是模棱两可的。在穿越了千年的历史迷雾后，再想要去揣度当年人物的心理亦非易事。
此外，在众多功臣之死中，唯独刘伯温的死显得很是平淡。在征伐天下的时候，刘伯温曾为朱元璋立下诸多奇功。早已经洞明了“功成身退，天之道”的刘伯温，在洪武初年就告老还乡了。日后的权力之争再怎么激烈，也不关他山野村夫一丝一毫的关系。但在《明史》的记载中却提到，朱元璋本来不想加罪于刘伯温，但却疑其与胡惟庸的离间有关系而剥夺了刘伯温的俸禄。刘伯温无奈之下只好谢主不杀之恩。至于朱元璋是不是受到了胡惟庸的蛊惑，不得而知。而刘伯温的后人在见到朱元璋后，从来不提及胡惟庸的问题，并且对自己父亲的人生结局没有任何看法。这样一来，又留下一个谜团。
至于朱元璋究竟是谨小慎微，还是心狠手辣，时过境迁，历史的真相究竟如何，这似乎只能成为人们的谈资。不论怎样，朱元璋诛杀功臣的史实不能改变，而朱元璋开创大明基业的史实也是有目共睹的。或是或非，权且留给大河滔滔一般的故事家们去演说吧。
朱元璋最初在投奔郭子兴后，他很快就发现这支农民起义军是一支纪律相当涣散的队伍，并且常常有劫掠四方民财的现象。待到自己带兵打仗时，朱元璋便尤为注意对军队纪律方面的整顿。新招入伍的将士，不论是一贫如洗的农夫，还是当地大地主的武装力量，都必须经过严格的军事训练，使其明白军令如山。
为了达到令行禁止的目的，朱元璋不惜使出了杀鸡儆猴的手段。有一次，朱元璋带领一支刚刚收编的地主武装团队出军作战，军中有两名士兵因不听从命令而被当众斩首。从此，这支队伍中再没有人敢随意行动。待到朱元璋掌握了军事大权，并可以与其他起义军相抗衡时，他更加深刻地意识到一支军队的纪律性在很大程度上决定着其作战的能力。他曾说，军队只有做到了号令统一，才能像鸷鸟搏击一样，让敌军巢卵俱覆。如果号令不一、人各二心，那么必然会贻误作战的时机，从而只会节节败退，最终导致自己的灭亡。
与此同时，朱元璋也意识到军队纪律与民心得失之间的关系。他说，只有以严格的纪律来要求作战的军士，禁止任何贪行、暴行，才能让老百姓认同我们是一支正义的队伍。只有赢得了民心，才有可能进一步瓦解敌人的统治，壮大自身的实力。于是，朱元璋开始在军营中推行“申严号令，以戢贪暴”的政策。为了引起将士们的重视，他还与徐达特意上演了一出苦肉计。
一次出师前，在将士们都到场后，朱元璋竟然当着所有人的面开始数落起徐达带兵的诸多过错，并且宣布要按照军法对其严加处理。众人一时间都不知所措，李善长此时出面为徐达求情，并以自己的性命担保徐达日后一定会严守军纪，并且当日立下军令状取下镇江，以此功来赎罪。听到此，朱元璋怒气才稍稍消了一些。不过，他虽然免了对徐达的处罚，却严厉警告徐达及诸位将士，曰：“我从起兵之日起，从来没有滥杀过无辜人等。今日你们出兵打仗，也应该与我同心。从今后，出兵只允许缉拿敌方军士，进城之后不许烧杀抢掠。如果有违反这一命令者，以军法处置，再无赦除。”在得到众位将士“谨遵命”的回答后，朱元璋同徐达、李善长的这出戏也达到了目的。
为了加强军事纪律，朱元璋在军队中又推行了“行教化”和“明赏罚”两个措施。所谓“教化”，意在对所有军士进行战争观的教育。借用儒家仁义道德的说辞，使将士们深刻意识到自己所参与的战斗是在为民除害，而不是为了抢夺财物。在此基础上，对违规者严加处罚、对听令者有所奖赏，从而使得所有军士都能够自觉地遵守军队纪律。
在进行赏罚时，朱元璋还秉持着“必在至公”的原则，强调赏不避仇、罚不避亲。朱元璋所推行的这一套军纪军法，并不因为军士的身份而区别对待，即便是受降的将领在日后的作战中立有战功，也一样可以得到相应的奖赏。相反，即便是本军将士，如果触犯了军纪，也要对其处罚。在攻打高邮城时，曾有将士掳掠民女，朱元璋命将领冯胜查明此事后，将所有参与掳掠的军士全部依军法处置。在平定四川后犒劳将士时，杨瑕与赵庸二人虽然都有军功，但杨瑕此前曾经在潞州失陷过军马，并数次兵败城下，而赵庸则有不按统帅作战计划行军的前科，所以二人在得到本次作战的奖赏后，又因为之前的犯错而受到了处罚。
经过了长时间的纪律教育和赏罚警示后，朱元璋所带领的军队终于从一支混乱无序的农民起义军变成一支军容整肃、纪律严明、服从调遣、听从指挥的劲旅。史载，在此之后数次攻打敌军城镇的过程中，大明将士们已经可以做到“秋毫无犯”“市井俨然”。正是凭借这样一支深得民心的队伍，朱元璋彻底取代了军纪败坏、师行无律的元军的统治。
《尉缭子·十二陵》中有句话曰“亡在于无所守，危在于无号令”，朱元璋以令行军的做法使其坐稳了大明江山的帝王宝座。与此同时，他也培养起一支绝对效忠于自己的武装力量，使任何武将的权力都必须控制在律法之内，这从源头上制止了拥兵自重的局面。
加强对军权的控制，是朱元璋力保皇位的第一个手段。为了更好地加强对各个地区的统治权，并且保证地方官吏能够听命于朝廷，朱元璋决定在全国范围内推行分封制。
据统计，朱元璋共有子女42人，其中皇子有26位。除了长子朱标被立为太子、第二十六皇子刚满月便夭折外，其余24人均被封为王，派驻在全国各地，以绝对的朱姓血脉来统领地方。朱元璋既想要加强朱姓家族对大明王朝的绝对控制权，同时又对皇子聚集京城可能引起的权位争夺担心，因此，他做出了“夹辅皇室”的决定，将自己的皇子皇孙分封到各地做藩王，试图达到分散矛盾焦点和进一步实现中央对地方的绝对控制权的双重目的。
当时，皇八子朱梓被封为谭王，分封长沙。史载，朱梓敏而好学且善作文章，他在驻守长沙时经常召集王府儒臣饮酒作赋，这一番温文儒雅的形象受到当地百姓的交口称赞。尽管谭王并没有参与政治斗争的野心，但最后还是被卷入朝堂争斗中。时值朱元璋大兴党狱，谭王母亲族氏因胡惟庸案而被斩杀。朱元璋其实也知道谭王心不在党，所以本是派人召他进宫给予一些安慰，然而谭王却因为心思缜密而误以为父亲也要将自身株连，在使臣还没抵达王府时，谭王便携同王妃等人一起自焚而死。这件意外之事，让朱元璋隐隐痛心了很久。
朱元璋尽管子嗣众多，但在权力面前，人总是难以掩饰内心深处的渴望。即便亲如父子兄弟，也难免为了权力而争杀。谭王朱梓死后因无子嗣，其封地也被收回。
朱元璋兄长的儿子朱文正后来因为谋逆之嫌疑而被贬谪，朱文正最后郁郁而终，他的封地则留给了自己的儿子朱守谦。于此，大明江山的实际控制权仍然掌握在朱姓人手中。在大是大非、大利大欲面前，亲人之间的感情堪比纸薄。这大概也是帝王人家的无奈之处吧。
为了达到监控众人言论的目的，朱元璋可谓用尽了心思。而他最为后世所知晓的手段，便是设立了一个特务机关，名为“锦衣卫”。
朱元璋在元至正二十七年（1367年）开始自称吴王，也正是在这一年，他首次设立了拱卫司。洪武三年（1370年），朱元璋将拱卫司扩充为亲军都尉府，分别掌握左、右、前、后、中五路卫军大权，对皇城实行特殊保护。1382年，改名为锦衣卫。在保证对皇权绝对效忠的前提下，锦衣卫内还设有法庭和监狱，具有独立于朝廷各部的特殊权力。史载，锦衣卫“专主察听在京大小衙门官吏不公不法及风闻之事，无不奏闻”。即是说，锦衣卫对朝廷大小官员都可以进行不受任何权力约束的监察工作，他们只听命于大明皇帝。因此，从一定程度上来讲，锦衣卫便是朝廷设立的一个特务组织机构。
朱元璋对自己一手办起来的这一特务机构尤为得意，他经常对人说：“朕有了这些人后，就好比普通人家养了一只恶犬，所有人都会因此感到害怕。”当时，出身于锦衣卫的知名特务首领有高见贤、夏煜、杨宪、凌说等人，他们以有效的暗中监听与及时的告发揭秘而受到朱元璋的大加赞赏。在如此高压的政策下，可以说没有人是绝对安全的。
高见贤有一次对朱元璋建议说：“当今在京城羁押的罪犯官员，他们一个个都自认有冤屈，岂能容这等贼民在京城久留？以臣看来，不如把他们都流放到边远荒芜之地，每人分配二十亩屯田，如此还可以给国家缴纳些粮食赋税。”朱元璋一听，觉得此建议甚好，随即马上命令高见贤施行。从表面上看，高见贤的这个建议也合理，但再一琢磨，其实也有惩罚过度的嫌疑。该旨令一经推出，京中官员无不提心吊胆，处处小心行事，唯恐不但乌纱帽不保，甚至还可能被流放他乡。久而久之，民怨也就逐渐累积了起来。之后，多名官员偷偷搜罗高见贤的犯罪证据，并交由杨宪向朱元璋举劾。高见贤一手策划的流放政策，最终还是用到了自己头上。当他被流放到屯田之所时，当初被他流放至此地的官员们无不指着他的鼻子咒骂：“此路是你开，今日到此来，这便是你罪有应得。”之后不久，高见贤便被屯田之人所杀，曾与他一起策划流放政策的其他人也都因为徇私枉法而受到了锦衣卫的弹劾。
当时，被朱元璋视为心腹的还有靳谦、何必聚、毛骧、耿忠、张焕、吴印、华克勤等人。在这些人的通力检校下，整个京城的戒备甚至做到了飞鸟都难以出入的地步。朱元璋有一次于夜间出皇城暗访，路上遇到了一队巡军的阻拦，带队者喝问道：“谁人敢于夜间私自乱走？”张焕却只答是“大人”。巡军队长怒道：“我单知道要负责捉拿犯宵禁者，却不知道什么大人。”张焕回答曰：“大人，当然是天下第一的大人，你也不必知道究竟是谁。你只需要知道我是检校官即可。”说完，张焕把随身携带的通行证交给对方查验，在对方确认无误后，朱元璋一行才得以放行。天子出城尚且如此烦琐，可疑人的行迹更是被追踪得丝毫不差。
朱元璋有一次派吴印去追查某位将官的家属情况，却得到了“有一个摩尼女僧曾经引诱将官妻儿前去敬奉西僧”的汇报。朱元璋听完之后，直接下令将此将官的妻儿及此摩尼女僧一并投水淹死了。这样的情况，在当时不过是极为寻常的监视结果。在锦衣卫的帮助下，朱元璋对所有臣子将领的一举一动都了如指掌，一时间朝廷内外无人再敢有任何隐瞒。朱元璋对皇权唯一性的维护可谓至极。但他似乎并不满足，想要把对皇权无私效忠的思想根植到人们内心深处。于是，他便生起了删改圣人经典的念头。
朱元璋在读书的过程中，发现“亚圣”孟子的很多言论其实都不利于维护皇权的绝对统治。为了让自己的所作所为师出有名，亦或者害怕天下有识之士以圣人言论来攻讦自己的不端行为，朱元璋便命刘三吾等人重新编写了一套《孟子节文》，从《孟子》一书中删去了“民为贵，社稷次之，君为轻”“桀纣之失天下也，失其民也；失其民者，失其心也”等具有以民为本的思想言论。为了避免读书人异议，朱元璋声称这些内容不会出现在科举取士的命题考试中，所以读书人不需要去学习。
在编写《孟子节文》的过程中，还发生了一件至今听来都令人后背生寒的事情。当时，著名诗人钱宰被征召到朝廷参与编写《孟子节文》一书。钱宰在操劳一整日后回到居所，偶然起了诗兴，遂作诗一首，曰：“四鼓咚咚起着衣，午门朝见尚嫌迟。何时得遂田园乐，睡到人间饭熟时。”这本来是一个文人闲来无事的自嘲之作，不想却被朱元璋拿在了手中。第二日早朝时，朱元璋半开玩笑地问钱宰，说：“你昨天的那首诗写得不错。不过依朕看来，那句‘午门朝见尚嫌迟’中的‘尚’字，若改为‘忧’，是否更能表达爱卿对朕的一片忠心呢？”钱宰一听，忙跪下请罪。朱元璋微微一笑，说：“朕不怪你，改了就好。”随之，朱元璋又转头问宋濂：“宋先生，朕问你，昨天晚上饮酒没有？”宋濂答曰“有”。朱元璋再追问：“都请了哪些人，吃了什么菜？”宋濂回答说：“请了御史、将军共八人，吃的是海鱼和山菜，共12道，一碗珍珠汤。”听到如此回答，朱元璋脸上才露出满意的笑容，说：“先生没有骗我。”这一句“没有骗我”，使得满朝文武心中暗暗惊恐，原来自己即便是回到家中，所有的一举一动、一言一行也都有锦衣卫暗中察录，细细想来，甚觉惊恐。
锦衣卫的无孔不入，在京城中造成了极大的心理恐怖氛围。洪武二十年（1387年），朱元璋大约也是意识到如此做法略有不妥，曾一度下令焚毁锦衣卫的刑具，将犯人移交刑部审理。洪武二十六年（1393年），朱元璋再次下令，一切案件都由朝廷法司处理，内外刑狱公事都不再允许锦衣卫插手。但这样的宽松政策并没有推行多久。俗话说，江山易改，本性难移。朱元璋嗜欲权力的本性并没有改变，于是不久之后锦衣卫又重新成为了当朝皇帝监察百官的爪牙，并且也成为整个大明王朝历史上最具神秘色彩的组织机构。
从朱元璋所实行的诸多统治政策来看，他是一个非常注重实际用途和功效的管理者。为了维护皇权，他也曾试图利用宗教来强调自己手中的王权是神授且不可侵犯的，但最终却发现此举效果并不理想。这使他意识到，在起义初期所采用的谶纬方法可能与治理天下的方法完全不同，于是他便把目光转移到了儒家的治国之术上。
大明王朝的天下是诸多武将用性命换来的，大概看到当朝皇上开始重用文臣时，一些武将心中很有些不服气。这些武将个个都是眼里容不下一粒沙子的暴脾气，但在面对文臣当道且陛下生性多疑的现实状况时，他们只好采取迂回的路线来改变朱元璋过分相信儒士文人的态度。有一次，朱元璋在朝堂之上当着众多武将大肆表达自己对文人治国的态度，他声称“马上可以得天下，但却不能马上治天下”。话音还未落，有一名武将出来回禀说：“陛下圣明，论及治理天下，我等莽夫确实有所缺失。但臣以为，即便是文人也不能过于相信。臣虽不才，但也见了很多常常喜欢讥讽、挖苦、诽谤他人的文人嘴脸。又如张九四一生崇信文人，甚至将高官厚禄、府邸大院统统赏赐给读书人，但在他当上东吴王之后，这些不学无术的读书人却给他进献了‘张士诚’这个名字。现在想来，真是令人笑掉大牙。”
朱元璋不解“张士诚”这个名字有什么不妥之处，于是好奇地追问。没想到，这位久经沙场的武将却在朝堂之上作起了学问，他回答说：“臣平时也读一些圣贤书，《孟子》里有一句话是‘士，诚小人也’。圣上明鉴，这批自称读书人的臣子难道不曾读过《孟子》里的章句吗？
他们给东吴王献名‘士诚’，实则不过是与他们的主子玩弄心机罢了。”这位将士明白，话说至此便已经说到了朱元璋的心坎上。果不其然，朱元璋虽然没有在朝堂之上表明任何态度，但下朝之后他却亲自去《孟子》一书中翻到了这句话，再细细思索起朝堂上文臣的奏章中的一些章句，仿佛每一句都可以映射到他自己，这便让朱元璋对文臣的进言起了几分疑心。此后不久，恰恰又发生了魏观事件，朱元璋便更加怀疑手下文臣的“狼子野心”了。
魏观是湖广蒲圻人，元末时期曾在蒲山避乱。朱元璋在攻打武昌这一时期，曾请魏观入朝为太子讲授经典。之后，魏观奉命出任苏州知府一职。魏观上任之后，着重于正风俗、施教化、知府事，在短时间内就使苏州城内的风俗大有改观。当时，苏州民间流传着一首称赞魏观的民谣，唱曰：“走了陈烙铁，来了清廉官，百姓有福了。”由此可见魏观不仅为官清廉，而且确实为百姓做了许多好事。
为了改善苏州府衙的环境，魏观把处理政务的地点移到了张士诚当年建造宫殿的地方，不想这一无心举动却被人奏报给了朱元璋。朱元璋虽然对魏观敬奉有加，却也派人前去探查具体情况。使臣回禀说：“魏观不但重新修整了张士诚当年的旧屋，而且还盖了新房，新房的屋梁上写着‘龙盘虎踞’四个大字。”这一汇报结果让朱元璋心神开始不安。他追问使臣：“这‘龙盘虎踞’四个字究竟有何深意？”使臣支支吾吾不敢回答。其实，并非朱元璋不知道这四个字的意思，而是他不太愿意相信魏观会有冒犯主上的野心。此时，魏观有无此心思已经不重要，更为关键的是，朱元璋本人开始产生了疑心。最终，魏观还是被杀了。朱元璋对文人臣子的崇信开始瓦解。
朱元璋并不是认为一介文人可以动摇了他的天下，但他不能容忍自己的权威受到任何威胁和挑战。更让他担心的是，这一威胁甚至已经辐射到了科举考试之中。
这一年的科举考试本是由翰林学士刘三吾为主考官。三场考试之后阅卷发榜，有心人却发现，从第一名到最后一名都是南方人，北方的举子竟然无一人中榜，这便给人落下了口实。很快，便有人向朱元璋举报称湖南茶陵人刘三吾有意偏袒南方学子，试图在朝中结党营私。朱元璋得到如此奏报，自然十分恼火，他对指挥佥事张信说：“朕设科举考试，是为了公平选取天下人才，然而从未听说北方人不出人才的事情。如果主考官刻意偏袒南方人，我倒要看一下这些人的试卷到底如何。”张信是个很会办事的人，他私下同其他几位考官对所有考卷重新检阅后，才选择了部分北方学子的试卷呈交给朱元璋御览。
朱元璋耐心看了几份试卷后，发觉所作文章确实欠些火候，于是他便下诏维持发榜内容，认定刘三吾并无徇私之罪。然而，落榜的北方学子并不罢休，他们甚至把张信也状告到了御前，认为他有意把文采并不太好的部分试卷呈送给朱元璋，这也是欺君之罪。朱元璋一听此言，心中早已有了些猜忌。他又命人把所有北方学子的试卷都呈上来，要亲自看一看是不是连张信也会从中作梗。
与此同时，北方学子再次上告御状，称刘三吾等考官在开考之前就曾向部分江南学子泄露考题。听到此事，朱元璋也不再去计较北方学子考卷的质量如何，只命人对泄露考题一事严加查办。三日后，一切结果查明，违规之事确实存在，朱元璋便对这次科举的几名主考官均赐予了刑罚。
在经过这一系列事件后，朱元璋越来越深切地意识到不可轻信任何人。相比较人心而言，更让他放心的则是严明的律法。刀起头落后，便再没有人敢对朱家江山说三道四了。
朱元璋与他的大明王朝，是从元朝混乱无序的体制上建立起来的。为了能够尽快改变腐朽的国家机制，朱元璋不得不采取重用刑典的方法。其实，这也是迫不得已的办法，朱元璋曾说，重用刑典是不足为子孙后世效法的。但他是大明王朝的开国国君，当下他所做出的一切改变，都有意或无意地为后代子孙树立起值得效法的典范。朱元璋的本意，是想求得王朝的长治久安，不曾想到此举意外地导致了祸起萧墙的结果。这一切的源头，还要从朱元璋颁布《大明律》说起。
尽管已经天下一统，但朱元璋仍需要面对前朝遗留下来的无官不贪的官场恶习。为了改变这一情况，朱元璋便加大了对贪官的处罚力度。尽管如此，仍然有不少官员顶风作案。为此，朱元璋除了选择使用更重的刑典外，似乎没有其他更好的办法。他曾说：“吾处乱世，不得不用重典。”朱元璋规定，凡是贪污赃款达到六十两白银以上的，均要枭首，并且剥皮示众。各地州、县及军卫等地都设有土地庙，这里也成为了剥皮行刑的场所，因此人们又把土地庙叫作“皮场庙”。为了进一步达到警示的效果，剥下来的人皮还要被填充上稻草，悬挂在官府公堂座旁，于此地处理政务的后任官员见此触目惊心的景况后，无不严格要求自己，以免重蹈覆辙。
朱元璋对贪赃枉法的行为恨之入骨，一经发现，不问贪赃多少，皆严厉处罚。朱元璋当时所施行的刑罚仍是沿用隋唐以来的“五刑”，即笞、杖、徒、流、死。据《大明律》记载，贪赃数量若达到一百二十贯，便要发配到北地充军。但实际上，往往贪赃四十贯便被流放充军。若数量达到一百贯，多数贪赃者都会被处以绞刑。在具体的施行过程中，通常会施以更为严厉的刑罚，尤其是贪官污吏，往往会有抽筋、挑膝盖、剁手、剁脚、剁手指、阉割甚至剥皮等处罚方式。所有这一切处罚方式，都源于《大明律》。
朱元璋对严明律法的追求，在刚刚攻下平江城时就已经有所展现。当时，他曾与大臣讨论制定律法的问题。元至正二十七年（1368年）十二月，在李善长和众位议律官的合力编纂下，他们为朱元璋献上了一套明朝律法的雏形。这套律法总共有一百四十条令、二百八十五条律。朱元璋在经过一一考校之后，遂决定将这套律法颁布天下。朱元璋又担心人们因为文化程度有限而对律法中的诸多条律难以理解，他又命大理寺卿周祯从这套律法中专门挑选出一些与百姓生活密切相关的内容，重新汇编成《律令直解》。随后，他又命人将《律令直解》制作成小册子，直接发给各地州府，使当地官员向百姓解释清楚各条律令的具体要义，以免人们因为不懂律法而受处罚。这也是朱元璋亲自参与编订的第一套大明律法。
在一统天下之后，朱元璋又命李善长带人重新修订和完善之前的律法内容。朱元璋此时已经表现出明确的严律治国的倾向，这也引起了不少臣子的警觉。漳州通判王祎曾上书请求陛下能够“宽大以为政”，刘伯温也曾劝诫说“霜雪之后，必有阳春。今国威已立，宜少济以宽大”，但朱元璋并没有听从这些人的劝说，他仍然在不断追求着一部更加完备的律法。洪武六年（1373年），朱元璋颁布了《律令宪纲》。同年十一月，朱元璋又命刑部尚书刘惟谦等人对此内容详加考订，并根据律法轻重而分别按条按律单独解读成章，抄写工整后贴于宫内两厢墙壁上，以便他随时对既有律法内容详加斟酌。朱元璋的这一考订，直到次年二月才告毕。
之后，朱元璋命李善长等人在之前律法的体系上，又结合《唐律》的具体内容，重新制定出了一部真正意义上的国家法典，这便是《大明律》。
这部具有历史意义的《大明律》，规定了对不同等级﹑不同犯罪行为论罪判刑的基本原则。其中“五刑”条规定刑有五种，即笞、杖、徒、流、死；在“六律”的具体条款中又有凌迟处死﹑边远充军﹑迁徙﹑刺字等刑罚﹔“十恶”条规定了谋反﹑谋大逆﹑谋叛﹑恶逆﹑不道﹑大不敬﹑不孝﹑不睦﹑不义﹑内乱等十种所谓“常赦所不原”的重罪。《大明律》在最初颁布的时候，其涉及三十卷六百零六条律令，其后又在具体实施过程中进行了相应的调整，最后在1389年定下了四百六十条有效的律令。尽管已经删繁就简，但《大明律》中依然保留了许多“畸重”的条款，其鲜明地体现了朱元璋“刑用重典”的立法精神。
朱元璋之所以特别强调重用刑罚，这与他本人的性格以及在加强皇权统治过程中曾与诸多割据势力、开国勋臣和王侯子孙之间的利益争夺有密切关系。为了加强朱氏一族对大明王朝的绝对统治，朱元璋曾一度在全国上下掀起了屠杀之风。在多种因素的影响下，1376年的空印案致使数百人获刑，1385年的郭桓盗卖官粮案更是牵连数万人。为了更进一步地以儆效尤，朱元璋在《大明律》之外又实行“法外加法”的政策，并制定出了一部《御制大诰》。
《御制大诰》，简称《大诰》，是朱元璋在吸取前朝覆亡教训的基础上，在重用刑典的治国思想指导下，他亲力亲为制定出来的一部严峻法典案例。这部《大诰》主要是对惩治官民罪犯的案例汇编，其中着重收录了用《大明律》惩治贪官污吏和作恶豪强的案件。除此之外，朱元璋还结合了具体的案例对臣民做出了相关的训示，如禁止朝廷官吏下乡扰民，否则“罪在不赦”等内容。相比专门用于量刑定罪的《大明律》，这部《大诰》更加适用于对普通百姓的普法教育。
《大诰》的颁布，缘于朱元璋害怕百姓不懂律法而出现徇私情况特意制定的，尤其考虑到普通百姓不可能熟知《大明律》中的详细法律条文，所以他在制定《大诰》时特意对每一款条文都使用了更加生动浅显的语言，并且配上具体的案例来做解释说明。如此一来，《大诰》不但起到了警示百姓的作用，更为各地官员在判案定刑时提供了相关的参考依据。这样一举两得的效果，也是朱元璋最初在编制《大诰》时所不曾想到的。
前有《大明律》，后有《大诰》，表面上看是对律法进行了更为详尽的规定，但二者在针对同样案件进行量刑时却往往存在着不一致的情况。为了调和两部律书的矛盾，后来，朱元璋又颁布了《大明律诰》，其内容是在与《大明律》和《大诰》并行不悖的情况下，专门对一些说法不同的律令进行了更切合实际情况的规定和解读。因此，《大明律诰》也可以看作是对《大明律》的修订和附载。
值得一提的是，在《大明律诰》中，对反对皇权的忤逆行为加重了处罚力度，甚至还出现了满门抄斩、宗族灭绝的株连政策。由此也可以看出，朱元璋之所以不断去修订律法，根本上还是在于他所采取的重刑典的治国政策。以客观的历史观来看，朱元璋此举确实为加强皇权的统治，遏制朝廷官员贪赃枉法的风气，以及扭转百姓不讲礼法的社会风气，起到了相当积极的作用。尤其是在明王朝建立初期，重用刑典有其时代的必要性。当然，由此所造成的众多无辜者被牵连杀害的情况也不能忽视。任何事物都是一分为二的，是利还是弊，或许在千年之后才会有更加明晰的目光来重新判断。
尽管朱元璋一直推行重用刑典的律法政策，但仍免不了有一些心存侥幸之徒冒着被砍头的危险来从事秘密交易。洪武年间暴发了一桩惊动天下的盗卖官粮案，朱元璋在处理此案时丝毫没有手软，在《大明律》的加持下，全国诸多官员被牵扯其中。
这桩盗卖官粮案的罪魁祸首，是当朝户部侍郎郭桓。当时，郭桓不但把国家官库中的粮食记在了自己名下，他更与地方官员相互勾结、共同作弊，其所涉及的金额十分巨大，甚至波及浙西四府及全国十二个布政司。朱元璋十分重视此案，下令将所有涉案人员一查到底。而最后禀报上来的官方审算结果显示，郭桓盗卖官粮多达七百万石。但其实真正的损失可能高达两千四百万石，如何追踪这些粮食的最终去向，以及如何填充官库缺口，这成为摆在朱元璋面前的最大难题。为了查明真相，朱元璋开始一级一级地顺藤摸瓜。
首先，如果要收受销售官粮的赃款，那么钱财一定源于各地的布政司。在对布政司的官员进行了一番问讯后，又牵出了一大批与之相关的府官。朱元璋又命人将所有涉及的府官全部羁押起来，逐个去追问赃款的来源和官粮的去向。通过这一番刨根问底的追究，又查出不少贪赃与贿赂的案件。最初，朱元璋下令让所有涉及此案的人员自掏腰包来补国库中的亏空，但这些官员也已经想好了对策。他们利用手中的权力，挨家挨户进行摊派，将补缴亏空的压力全部转移到了当地老百姓的头上，甚至一度形成了包赔赃款的社会景象。这一丑恶的行为最终还是传到了朱元璋的耳朵里，朱元璋一狠心下了一道铁令，命令各地的老百姓赴京面圣，亲自去揭发地方官的犯罪事实。不论牵连到多少地方官员和地主乡绅，只要老百姓能够据实禀报，朱元璋均一查到底。
朱元璋的这一决定可谓惊天动地，历史上还从来没有过大批老百姓进京城告御状的记载。《明史》中对这一案件的审理结果有详细的记载，其称，自六部左右侍郎以下，查明赃款多达七八万，讼词中涉及的官员最高可达省级和中央级别，而由此案件而被处死的人数多达数万人。单是由此获刑的人数已经相当令人吃惊，若要再具体追算起窝赃的人数，恐怕遍及天下诸地也无法计清。当时，已经有人向朱元璋提出建议，认为此案涉及人口数量众多，如果彻查到底，恐怕会坏了大明王朝统治的根基。朱元璋不但没有采纳此等意见，而是严令不放过任何一个可疑人员。待到案件结束时，全国范围内大多数家财殷实的人家因为或多或少的牵连而家道中落。
尽管这并不是一个令人十分满意的结果，但朱元璋却给自己重用刑典、严明律法的行动找到了十分令人信服的借口。他说，当初各个衙门相互勾结起来蚕食百姓的时候，如果能有一个人对百姓疾苦产生些微的恻隐之心，不与那些贪官污吏同流合污；或者当这些贪赃枉法的官员在向百姓强征赋税的时候，能有一个人因为心中还装着大明王朝的公平之心，拒绝在相关的公文上签字画押，亦或者以一封密奏直接上报朝廷，那么今日被查的所有官员都将不会得逞，朕的子民也不会受到如此伤害。并不是朕不分轻重而一律严惩，而是如果不这么做，才是真正伤害无辜。只是可惜，虽然我大明朝有如此严厉的律法，但每当有官员作奸犯科的时候，仍然少有人敢于出来阻拦、告发。令朕感到遗憾的是，这些人既然身为百姓的父母官，却没有对百姓的恻隐之心，反而是大家一起贪污腐败。那朕要这样的官吏有什么用！
朱元璋的这番话一出口，等于在很多人的心中投下了一颗沉重的石头。惩治贪官污吏，虽然在某种程度上会触动国家根基，但对老百姓来说却是一件大好事。其实，朱元璋也曾认真思考过如此处罚是否恰当，但接下来发生的事情却彻底打消了他的疑虑。
在郭桓案中，龙江卫仓官康名远曾因参与盗卖官粮一事而被处以了墨面、文身之刑，即在他的脸上和身上都纹上犯罪的标记。待到此事进一步发酵后，朝廷认为当初的处罚偏轻，又对其处以挑断脚筋和挖去膝盖的刑罚，随后仍让他留在本仓看管粮食。本来以为此人会改过自新，但仅仅在半年之后，有官员奉旨前来放粮，却意外发现早晨发出的筹码和晚上收到的筹码数量不对等。官员当面责问康名远其中缘由，这才发现康名远不改奸诈顽劣的旧性而偷取放粮筹码，并转手倒卖给同样因前事而受过刑罚的小仓官。放粮官把所见所闻如实禀报给朱元璋后，朱元璋不禁长叹一声，说：“当初对于郭桓案所施用的刑罚已经足够严酷了，朕以为天下之人会引以为戒，却没有想到如康名远这般人等还是没有停止作恶。像这样的人，还有其他办法惩治吗？如果没有，那么严刑峻法就是唯一的选择了。”
面对左右为难的情况，朱元璋仍选择推行重刑典的律法方针，酷刑也成为洪武年间最为显著的历史标注。根据记载，当时的酷刑中除了众所周知的凌迟处死之外，“有洗刷，裸置铁床，沃以沸汤；以铁刷，刷去皮肉；有枭令，以钩钩脊背悬之；有称竿，缚之竿杪，似半悬而称之；有抽肠，亦挂架上，以钩钩入谷道而出；有剥皮，剥贪吏之皮，置公座之侧，令代者见而儆惩”。如此种种刑罚虽然令人不寒而栗，但站在朱元璋的立场上，他既不能够放弃对整个国家的治理，同时又要防止因为严刑峻法而导致出现矫枉过正的现象，究竟该如何去平衡二者的关系，才能真正体现出一代帝王的气魄和胸襟？