1965年11月11日，吴晗从外地开会回来，像往常一样来到寓所西屋的书桌旁，翻阅当天的报纸和有关历史资料。他做梦也没有想到，放在他书桌上的那堆当天的报纸里，会有一篇文章竟是要把他置于死地的信号。
吴晗刚坐下，妻子袁震就从正房走过来。她脸色惨白，指着桌上那张头一天的《文汇报》，怔怔地站了一会儿，没说一句话就悄声走开了。吴晗顺手打开报纸，原来刊登着一篇姚文元《评新编历史剧〈海瑞罢官〉》的文章。他粗粗地看了一遍，觉得过于牵强附会，所用史料也有不少是断章取义，大有蛮不讲理的势头。本想不去理会，但出于一种政治的敏感，他又不得不认真地看了一遍。当他读到文章最后一部分时，不禁大吃一惊。“《海瑞罢官》这张‘大字报’的‘现实意义’究竟是什么？对我们社会主义时期的中国人民究竟起了什么作用？要回答这个问题，就要研究一下作品产生的背景。大家知道，1961年，正是我国连续三年严重困难的时候，在帝国主义、各国反动派和现代修正主义一再发动反华高潮的情况下，牛鬼蛇神们刮过一阵‘单干风’‘翻案风’。他们鼓吹什么单干的优越性，要求恢复个体经济，要求‘退田’。这就是要拆人民公社的台，恢复地主富农的罪恶统治。那些在旧社会中为劳动人民制造了无数冤狱的帝国主义者和‘地富反坏右’，他们失掉了制造冤狱的权利，他们觉得被打倒是‘冤枉’的，大肆叫嚣什么‘平冤狱’，他们希望有那么一个代表他们利益的人物出来，充当他们的政治代理人，同无产阶级专政对抗，为他们抱不平，为他们‘翻案’，使他们再上台执政。‘退田’‘平冤狱’，这就是当时资产阶级反对无产阶级专政和社会主义革命的斗争焦点……《海瑞罢官》并不是芬芳的香花，而是一株毒草。它虽然是头几年发表和演出的，但是歌颂的文章连篇累牍，类似的作品和文章大量流传，影响很大，流毒很广，不加以澄清，对人民的事业是十分有害的。”吴晗读了这段话后，愤慨之余，静下心来细细琢磨一番，他觉得这不是一篇学术讨论的文章，也不太相信这篇文章仅仅出自姚文元一人之手。他隐约地感到，一场风暴就要到来了。
十天之后，当吴晗得知姚文元的文章已在上海出了单行本时，心情越发沉重起来。一篇学术讨论的文章竟然发行单行本，这意味着什么？可是，吴晗不会想到，江青为了炮制姚文元这篇文章，早在1962年就以她的特殊身份，找了中宣部、文化部的四个正副部长，别有用心地提出要批《海瑞罢官》。1964年的下半年，江青又亲自出面，要北京一个作者写批判《海瑞罢官》的文章，遭到拒绝后，又跑到上海找她的老搭档张春桥着手组织人马。1965年初，姚文元奉命把初稿炮制出来，并由张春桥亲自修改。这样，他们“暗中藏着评《海瑞罢官》这篇文章，来往于京沪路上，保密了七八个月之久”。江青特别交代，文章“不用叫周恩来看”。
吴晗与袁震在清华园西院12号家中留影
迫于当时的形势，11月底，北京各报不得不相继转载姚文元的文章。《北京日报》于11月29日被迫转载此文时，在按语中特别强调了毛泽东一贯倡导的“百家争鸣”的方针，并说：“几年来，学术界、文艺界对《海瑞罢官》这出戏和吴晗同志写的其他文章是有不同意见的。我们认为，有不同意见应该展开讨论。”第二天，《人民日报》也被迫转载了姚文元的文章。按语指出，“对海瑞和《海瑞罢官》的评价，实际上牵涉到如何对待历史人物和历史剧问题，用什么样的观点来研究历史和怎样用艺术形式来反映历史人物和历史事件的问题”，“我们希望，通过这次辩论，能够进一步发展各种意见之间的互相争论和互相批评”。并强调我们的方针是：既允许批评的自由，也允许反批评的自由；对错误意见，我们也采取说理的方法，实事求是，以理服人。值得注意的是，《北京日报》《人民日报》转载时所加的按语事先经周恩来和彭真审阅过，从中不难看出，他们为保护吴晗的良苦用心。
批判“三家村”宣传画
吴晗、袁震夫妇在平山县李家庄劳动改造
1966年2月7日，中央“文革”五人小组向中共中央提出《关于当前学术讨论的汇报提纲》，试图对学术讨论中“左”的偏向加以适当的限制。提纲强调了学术问题应通过“百家争鸣”，辨明是非。对当时关于《海瑞罢官》问题的讨论，明确认为是学术讨论的性质。并指出：讨论“要坚持实事求是，在真理面前人人平等的原则，要以理服人，不要像学阀一样武断和以势压人”。但林彪、江青却置之不理，从3月份起，便把矛头直接对准了包括吴晗在内的“三家村”，批判对象的范围扩大到中共北京市委书记处书记邓拓、统战部部长廖沫沙，并用工农兵的名义，要揪“三家村”的后台。
1966年3月，由北京市委书记处书记万里出面，让吴晗下乡去参加农村“四清”工作。显然，市委领导是想保护吴晗，让他换一个环境。当吴晗来到北京郊区昌平大东流村时，对“三家村”的声讨已经遍及全国。吴晗下乡时化名李明光，群众并不知道他就是要批斗的吴晗。村里开会批判吴晗、“三家村”时都请他去参加，整天广播喇叭都在喊“打倒吴晗”。有一天公社批斗一个流氓小偷，揭发批判时，有人居然说这个流氓小偷是受吴晗的影响和腐蚀的。此时的吴晗心如刀绞，他怎么也想不通自己的一番心血竟会成为令人痛心的众矢之的。
自5月8日开始，京沪两地各大报刊纷纷发表姚文元、关锋、戚本禹等人的文章，矛头直指北京市委。八天之后的5月16日，毛泽东亲自主持制定了《五一六通知》，“文化大革命”正式开始。斗争目标从吴晗扩展到党政军各级领导干部和文艺、理论、教育、新闻、出版等各界的知识分子。此时，吴晗已被称作“反动学术权威”“反党反社会主义的资产阶级代表人物”，逐步失去人身自由，被揪到各处批斗，经受更加严峻残酷的迫害。