群臣不惜被廷杖，甚至被杖毙而苦谏死诤，终于使郑贵妃夺嫡的计谋破产，朱常洛既已册立为皇太子，常洵已去洛阳封地。事情到此本应偃旗息鼓，君臣携手，转入力鼎图兴的轨道。然而，事实并非如此。眼睁睁看着爱子远离膝下，宠妃泪洒衣襟，万历怀着难言的悲恸和无比的仇恨，面对他治下的群臣，也面对他治理的帝国，决定实施最严厉的报复。而在“国本”争夺战中败下阵来的郑贵妃，在群臣和后宫各色人等面前羞愤至极，但依恃自己乃当朝皇帝最宠幸的妃子，位同“副皇后”，并不把臣僚放在眼里。同时，欲化悲痛怨恨为力量，等待时机，来一个咸鱼翻身，再展抱负。
站在万历和郑贵妃对立面的大臣，显然看出了二人眼神中暗藏的杀机，他们怕万历，但更怕“副皇后”——郑皇贵妃。皇帝乃一国之主，做事总还要顾及帝国兴亡，给标榜“忠君爱国”之士留一点回旋的空间。而郑贵妃则不同，她有的只是个人私欲和利益，对阻挡者的报复，不会顾及帝国利益和个人颜面，而是痛下杀手，毫不手软。面对如此险象环生的局面，大臣们于惊惧中，不甘束手就擒，于是几经磋商，决定先发制人。于是，一篇词锋锐利的战斗檄文就此出品，并在早朝时禀呈司礼太监。疏文洋洋几千言，通篇充斥着挚爱君王朝廷之心，历数前朝女色误国之例，力谏皇上勤政戒色、为国图谋等等。显然，文中的影射和直白的指责，都是奔着皇帝与郑贵妃私生活而来的。结果已经料到，万历阅罢，自是盛怒，对几位大臣施以廷杖。
这一个回合，朝臣一方败，皇帝胜。宫廷内外出现了短暂的沉默。
当然，沉默与喑哑只是暂时的现象，既然双方已撕破脸皮，摆开了决战的架势，且阵前已经开骂对仗，不分出个胜负，绝无鸣锣收兵的道理。接下来，更加剧烈的交战，以另一种神秘形式爆发。
木刻巫人像
庙堂之外忽有传言，谓有太监在郑贵妃宫中发现一尊木刻，形似太子，上面扎满了铁针之类的东西。这是一种古老的巫术，施术者借助超自然的神秘力量，对木偶念咒施法，木偶的真身——太子朱常洛，很快就会因此丧命。这种巫术和传说，在中国存续了几千年，最著名的案例莫过于汉武帝时期的“巫蛊之祸”，此一兼涉政治和最高权力的重大巫术事件，最终导致了太子兵败自杀的悲剧。
传言或曰谣言，像野火一样，很快由京师的大街小巷烧进了皇宫大内，朝廷上下一片惶恐。相传这种盛行于民间的巫术灵验非常，太子将身罹大祸。然而，面对沸沸扬扬的谣言，万历却毫无反应，这不禁令群臣感到不安又失望。
谣言未止，又有太监禀报，文渊阁大学士沈鲤施法念咒，意欲加害郑贵妃和皇帝。万历闻讯，龙颜大怒，当即令人将沈鲤宣到廷前究讯，原来是一个误传。为此，沈鲤差点丢掉头颅。
一波未平，一波又起，有关皇储的“妖书”，继而在京城内外流传开来。
万历三十一年（1603年）十一月十一日清早，内阁大学士朱赓，在家门口发现了一份题为《续忧危竑议》的揭帖，指责郑贵妃意图废太子，册立自己的儿子为太子。不仅朱赓收到了这份类似传单的“妖书”，之前一夜，“妖书”已经在京师广为散布，上至宫门，下至街巷，随处可见。《续忧危竑议》假托“郑福成”为问答，解释主题内容，谓皇上立朱常洛为太子，实在是万不得已之举，日后必将更立云云。而至于署名“郑福成”之“郑”，意指郑贵妃；“福”即福王，“成”乃大统也，即郑贵妃的儿子福王常洵必成下一朝皇帝。此为一个隐语，也是朝臣们极为担心的不祥之兆，更是万历皇帝与郑贵妃的一块心病。此书只有三百来字，但内容却如同春日惊雷，在京城掀起了轩然大波。万历闻报，又是一番勃然大怒，认为“词极诡妄”，遂将《续忧危竑议》钦定为“妖书”，责成刑部即速查办，不得轻饶。
刑部接到谕旨，未敢怠惰，立即着手稽查。但案情错综复杂，要查明却非朝夕之事。躲在深宫的万历焦躁不安，一怒再怒，连续撤处了三名刑部大员，但依然没能使案情水落石出。不耐烦的万历认为刑部可能暗藏阴谋，或与“妖书”制造者暗中勾结，转而交付更加信赖，也更凶狠恶毒的锦衣卫、东厂、五城巡捕衙门联合办理，明确指示“务得造书主名”，第二次“妖书案”由此而起。
位于河南商丘沈鲤故居的沈鲤石雕像
锦衣卫、东厂作为皇帝侍卫的情报军事机构，所有的活动直接向皇帝负责，可以逮捕任何人，包括皇亲国戚，并进行不公开的审讯。凡被锦衣卫或东厂特务盯上，无论有罪无罪，皆难逃其魔掌。因而，朝野上下，凡闻“锦衣卫”三字者，无不谈虎色变，胆战心寒。“妖书案”转入锦衣卫之手，意味着将有一大批无辜之人蒙冤下狱。果不其然，礼部右侍郎郭正域和内阁大学士沈鲤，被指与“妖书案”有关，遂遭逮捕。巡城御史康丕扬在搜查沈鲤住宅时，又牵扯出名僧达观，即著名的紫柏真可大师，另有医生沈令誉和琴士钟澄等人，上述人员悉数下狱。未久，锦衣卫都督王之祯等四人，揭发同僚周嘉庆与“妖书”有关，复有官吏胡化告发给事中钱梦皋女婿阮明卿参与了此案。一时间，案情越办越复杂，牵扯的嫌疑人越来越多，“数日间，锒铛旁午，都城人人自危”。
礼部右侍郎郭正域曾经当过太子朱常洛的讲官（老师），朱常洛闻听此事，对近侍说：“何为欲杀我好讲官？”此话暗含深意，诸人闻之皆惧。为营救老师，朱常洛特意派人带话给东厂提督陈矩，让他手下留情。陈矩为人精明，尽管太子地位不稳，但也决不会轻易开罪。加上没有任何证据证明郭正域跟“妖书案”有关，显而易见地是场大冤狱，陈矩思虑再三，决定倾力相助，郭正域免遭一死。与之相关者，除僧人真可大师因年高体衰，受重刑后愤死狱中，其他皆陆续放出。
眼看案情进展缓慢，万历复震怒，下诏问责。锦衣卫、东厂、京营巡捕主事者，皆惶恐不安，设法尽快找到一只替罪羊了结此案。五天之后，东厂捕获了一名形迹可疑的男子皦生彩，一顿重刑，皦生彩揭发兄长皦生光与“妖书案”有关。这皦生光原是顺天府一名生员，生性狡诈，专门以“刊刻打诈”为生。锦衣卫闻听如获至宝，立即逮捕皦生光，屈打成招，最终皦生光被凌迟处死，家属发配边疆充军。
皦生光被杀后，京中盛传妖书乃“东嘉赵士桢所作也”。赵士桢时任朝廷武英殿中书舍人，风闻凶讯，大惊失色，继之身心劳瘁，精神错乱，多次梦见皦生光前来索命，惊惧郁愤之下，一病不起，抑郁而死。
“妖书案”以和尚真可大师、皦生光、赵士桢的含冤而死草草了结。此书的作者到底是谁，始终只是个传说，并没有切实证据表明此书与上述死者有关，真正的作者到底是谁，成为明史一大悬案。但“妖书案”在当时波及甚广，已超越宫廷，遍及乡野。
此一事件不了了之，万历深感疲惫与愁烦。臣僚们无休止地指责与劝谏，以及文官集团内部越来越严重的倾轧攻讦，使整个朝堂乱成一锅热粥，焦头烂额的万历皇帝感到既无回天之力，又满腹火气没处发泄，唯一的选择便是消极无为，以静制动。他开始躺在御榻上，以酣然入睡的架势和姿态，冷眼面对现实处境与臣僚“自以为忠”的表演。尽管各种法定的礼仪照常进行，国家机器仍在有序运转，但万历皇帝既不强迫大臣们接受自己的主张，也不对臣僚的奏折表示意见，甚至连一些高级职位长期空缺，也不派人替补。从表面上看，他似乎从紫禁城深宫大院消失了，或者隐遁了，整个朝廷内外安静了许多。往后的日子，万历不但不再上朝理政，还要让帝国机器在看似有序，实则空转中耗尽臣僚的热情，也耗尽自己的生命，直至群臣和他本人，与这个即将沉沦的大明帝国同归于尽。
于慎行像
此前，朝廷内阁有王锡爵、赵志皋和张位三名阁臣，由于各自的原因无法胜任。经过奏请，又补进沈一贯、陈于陛二人。随后王锡爵去职、赵志皋告病，张位因得罪皇帝而罢职闲居。再之后，陈于陛又因病归天。如此一来，堂堂大明朝廷内阁仅剩沈一贯一人。偌大的帝国朝廷中枢，每日须待处理的军政要务，最少亦有数百件之多，沈一贯独木难撑，遂频频上疏，恳请补进阁臣共同理政，但始终不见下文。转眼间，五年过去，沈一贯积劳成疾，病倒在寓所，但仍未见到补替人员，紧急公务无法推脱。此时的沈氏哀愤悲戚，叫苦连连，必须强打精神在病榻上操办。堂堂的内阁衙门，从此再无一人坐班并主持政务，只好关上大门，这是中国皇朝的内阁中枢，第一次挂上了大锁。
史载，沈一贯在阁十二年，而独掌阁务竟达七年之久。令人不可思议的是，在这十二年中，作为一个帝国首辅，相当于一人之下万人之上的百官之长——宰相，只见过皇帝两次面。万历三十年（1602年）七月，经过沈一贯一再苦请，皇帝才点用朱赓和沈鲤入阁，阁臣总算有了三人。但好景不长，内阁内部倾轧越演越烈，四年之后，沈一贯和沈鲤同时去职，阁臣又只剩下朱赓一人。朱赓所上有关军民利病的谏言，却“十不下一”，为此，常常遭到科臣们的讥讽。朱赓上不能劝说皇帝，下不能取信于诸臣，万般无奈，只得在家称病不出，结果是，阁门再次关闭。万历三十五年（1607年）五月，皇帝谕命于慎行、叶向高、李廷机三人入阁，另因王锡爵有声望，于同年被再度召回，并冠以首辅职衔。王锡爵虽名为首辅，但并未赴任，后死在家中，时年77岁。于慎行虽加太子少保兼东阁大学士参赞机务，但已身患重病，七个月后，便于家中病逝。同时入阁的李廷机赴任不久，仍然是因内部倾轧，即遭到给事中、御史十数人参劾。迫于形势，李廷机只得离开是非之地，躲在寓所坚卧不出，后来索性跑到郊外一座荒庙中居住，并上疏皇帝辞去阁臣职务，经三次上奏，方恩准致仕。万历三十六年（1608年）十一月，74岁的朱赓忧愤成疾，死于寓所。令人不可思议的是，朱赓作为帝国阁臣六年，首辅两年，竟没见过皇帝一面。如此这般，朱赓之后，虽名义上补充了四名阁臣，实际真正赴任理事者，只有叶向高一人。
位于浙江绍兴的朱赓故居，现为秋瑾故居
叶向高深感孤掌难鸣，为了增补阁臣，先后上疏一百余本，均不被理睬。此时，朝廷中枢机构长期缺员，党势渐丰，国力大渐。叶向高身为阁臣，却大事不敢做主，小事不能措处，欲干不能，欲退不允，孤苦伶仃，只好徒充其位，但一切罪名，全由他承担。叶氏叫苦不迭，抱怨道：“大抵格而不用，惟有不行者，尽罪于臣……臣孤身暮年，东撑西持，力竭心枯，泪尽而致以血。”即使如此哀情，仍然打不动万历皇帝的铁石心肠。为尽早摆脱困境，以免不测，叶向高连连上疏，坚决请辞：“臣自受事以来，未能荐一贤、行一事、挽回一弊政、消弭一衅端。碌碌浮沉，贻忧宗社已六年矣！”但万历皇帝仍置之不理。如此延耗七年之久，直到叶氏称病不出，内阁闭门，才令其致仕。
江苏太仓王锡爵故居
叶向高《草书轴》
在叶向高去任之前，经过他的苦请，终于在万历四十一年（1613年）九月，皇帝令方从哲、吴道南二人入阁。但四年之后，吴道南去职，内阁只剩下方从哲一人独掌，这一局面，直至万历四十八年（1620年）七月，万历皇帝驾崩为止。
此种形同虚设的朝廷内阁衙门，使首辅和阁臣均无实权，徒使帝国中枢空转。由于各部、府等衙门，所上对本部、本府有利的题本迟迟见不到回音，上疏催请，杳无音信，请内阁代催，更无济于事——皇帝压根就不看不批。内阁不能给部、府做主，渐失威信，部、府的程序还要按老套转动。无奈之下，有些衙门便瞒着皇帝和内阁自作主张、擅自办理，即使内阁有所察觉提出意见，甚至劝阻、斥责，亦起不到任何作用，只好任其肆意行动。如此一来，万历皇帝虽然表面至高无上，统揽帝国，但对部、府有利的实际大权，反被各取所需，下移滥用。
更不可思议的是，皇位继承问题本来已经解决，而关于当年延搁立嗣的责任问题又突然沸腾起来，反较问题没有解决之前更加严重。许多臣僚被卷入其中，舌战之后继之笔战，直至导致朝中臣僚被迫站队结盟，各色人等权衡利弊，结成众多派别，各个派别合纵连横，旧恨新仇一起清算。在一片喊打喊杀声中，举朝上下人人自危，被迫加入这场莫名其妙的混战，直至出现了“闻言而杜门，言已而视事。递出递入如登场之傀儡，凭人提算”的混乱局面。此时，大明帝国的航船已经油干力尽，全凭自身的惯性向前漂荡，即使一个稍微知事的人，都能感到这艘航船的沉没已经注定且迫在眉睫了。