自万历十四年（1586年）二月掀起“国本之争”以来，万历皇帝先是以“元子婴弱”为由，后来又以“群臣聒激”为借口，兼施高压和敷衍之计，久拖不立。当君臣双方各不相让又难分胜负，争斗得成胶着状态时，万历采取了两手抓，两手都不硬的软办法，以应付“国本之争”造成的朝廷危机。一是拖延之术。既然君臣双方意见不一，那就把册立太子之事推迟，皇帝给出的理由是：王皇后还算年轻，说不定哪一天会感动天地，倏忽间生出一个大胖小子，太子自然就属皇后之子。另一个招数，便是对王恭妃母子进行残酷虐待。万历自己5岁开始读书练字，但皇长子朱常洛长到12岁，还没有给他指派老师，几乎让这位未来的皇帝成了文盲。而王恭妃本人也被打入冷宫，无人胆敢问津。
此一境况，令臣僚们对王恭妃母子更加同情，对皇帝的做法不依不饶，甚至不惜豁出身家性命为此打抱不平，强烈要求立常洛为太子。面对纷乱如麻的奏折，万历无力应付，更找不到借口拖延，在激愤怨恨中，他与贴身宦官绞尽脑汁，终于在万历二十一年（1593年）一月，搞出一个“三王并封”的“待嫡”之计。
所谓“三王并封”，就是将皇长子朱常洛、皇三子朱常洵、皇五子朱常浩[1]同时封王，将太子之位暂时空缺下来。所谓“待嫡”，即“立嫡不立庶”，皇长子常洛是庶出，不宜册立为太子，只好虚位以待。待正宫皇后（孝端王皇后）生育嫡嗣之后，再册封为皇太子。如果数年之后，皇后还没有生育，再行“无嫡立长”之制。
万历搞出的这个自以为聪明的“三王并封”之策，又引起一场轩然大波。外廷大臣原本在等候册封之旨，不料等来了“三王并封”，不仅大失所望，而且感到遭受戏弄之辱。在他们看来，这是国本攸关的大事，怎能如同儿戏一样对待？于是，廷臣们掀起了更为激烈的反对声浪。
群臣反对“三王并封”和“待嫡”之策的奏章，接二连三送到皇帝御榻之侧，总数不下百本。归纳起来，皆是围绕以下三点进行辩解和抵抗：其一是所谓“待嫡”之说，自祖宗以来，从无此例。其二是“三王并封”，缺空太子位，是“有根无本”。其三是责怪万历言而无信，如王如坚等人抓住万历在十四年（1586年）一月、十八年（1590年）一月和十九年（1591年）八月，三次所下的册立谕旨都没有兑现的事实，大肆攻击说：“陛下尚不能自坚，今日犹豫之旨，群臣将何所取信耶？！”言官朱维京也上疏说：“悖前旨而更新令，臣民仰望之心谓何？人主大信之道谓何？天下后世以皇上为何如主耶？！”万历览奏，怒不可遏，当即下诏，把王如坚、朱维京贬谪戍边，上疏的其余人俱遭革职。
大学士王锡爵像
万历想出这个“三王并封”的主意，原是期望颇孚众望的王锡爵代他受过。万历二十一年（1593年）一月，大学士王锡爵省亲归朝，继任内阁首辅。当他得知内阁的申时行、许国、王家屏等人，为了“国本之争”先后离职，思想沉重，感慨万分。他曾密疏万历皇帝，想以赤诚之心劝说皇帝早下决心，尽快举行册立典礼。一则是国本社稷的需要，二则也是想从此平息天下舆论。他的良苦用心是毋庸置疑的，但是，他对万历“三王并封”的“待嫡”之旨，却深为抵牾。当王锡爵看了皇上的手谕后，大出意料，顿时惶恐不安。一方面，他感到嫡子尚未出生而要“待嫡”，庶长子已经20岁却又不册立，实在难以奉命。另一方面，申时行、王家屏都在这件事上栽了跟头，为了不失去皇上的信任，只有附会帝意，方为上策。一向刚直敢言的王锡爵，这时却显得畏首畏尾，做出了一个错误的抉择，卷入了难以自拔的是非旋涡。
万历把责任推给了王锡爵，群臣不知就里，认为“三王并封”的“待嫡”之说，是出自王锡爵之谋，因此，王首辅立即遭到了群臣围攻。在众门生的再三规劝下，王锡爵幡然悔悟，毅然决定倒戈且破釜沉舟，迫使皇帝收回“三王并封”的决定。万历经过两天的思索，又在群臣冒死苦诤下，终于宣布收回“三王并封”成命。所谓的“三王并封”之议，出笼不过十天，便寿终正寝。
王锡爵的忠靖冠服。1966年江苏省苏州市虎丘王锡爵墓出土。衣长128厘米、袖长116厘米、宽44厘米。胸前缀有补子
万历放弃“三王并封”圣旨以后，王锡爵在九个月中，先后十一次上疏，争请册立和预教。其中在万历二十一年（1593年）十一月十九日的奏疏中，特别尖锐地指出郑贵妃阻挠册立的不妥。这一奏章，把万历搞得既被动又气恼，他亲笔写了一道手谕，明显为郑贵妃开脱。王锡爵显然有点用力过猛，不但引起皇帝不快，甚至几次大怒，朝廷臣僚也并不谅解他的反复无常，各种复杂的人事纷争，以及言官们的接连弹劾，终于导致王锡爵被免职下台。
万历皇帝如此绝情又失国体的做法，引起越来越多的臣僚反对和进谏，但万历不但不答应常洛举行成人典礼，并阻止这位长子走出深宫，跟随翰林院官员学习读书。这一举动，令内阁及多数大臣强烈不满，呼声越来越高，言辞越来越激烈，在强大压力下，万历再次向群臣屈服，答应常洛出阁就读。
就在万历皇帝屡战屡败，将要一败涂地之时，他身边的宦官深知主子内心的不甘与挣扎，适时地献上一条锦囊妙计。万历一看，眼前是一张令人瞠目结舌的账单，总计不下十万两银子——此乃太子出阁礼所费。急红了眼的皇帝心领神会，立即把账单当作救命稻草，传谕内阁，谓皇长子出阁礼所需费用浩大，“出讲少俟二三年，册立一并举行，庶可省费”。
这一盘大棋当众一摆，所有的对手被打了个措手不及，一时无力反击，只好暂时认赌服输，以图将来。万历皇帝在几次退却中取得小胜，躲在后宫与郑贵妃长吐一口恶气之后，偷着乐了好几天。可惜这种令他舒心的光景并不长久，一年之后，在群臣重新组织的集团式冲锋、进攻下，万历的政治防线再度崩溃，不得不宣布：“二十二年（1594年）二月四日，皇长子出阁讲学，但以尚未册立为皇太子，侍卫、仪仗一切仪注，从简从略。”尽管如此，皇长子朱常洛，总算是向太子的目标迈出了艰难的一步，此时他已13岁了。
“国本之争”仍在继续，万历与臣僚之间仍是水火不容。转眼六年过去，朱常洛已长到19岁，成为那个时代的大龄剩男。但万历既不为之成婚，又不立为太子，一直用拖延之术糊弄群臣。群臣终于忍无可忍，公开结盟，构想反制之术。通过数月的追遁探究，结合大内宦官传出的消息，群臣们在综合研判后，终于发现了一个秘密，即王皇后经常生病，身体每况愈下，已向黄泉路走去。坐等消息的万历皇帝，通过眼线已心知肚明，打算一旦王皇后病逝，则由副皇后——郑皇贵妃继之。一旦郑皇贵妃晋升皇后，她的儿子常洵，也就顺理成章地成为太子。而万历自和郑贵妃相爱后，就与王皇后不再有床笫之欢。既如此，王皇后的儿子又从何而来？显然，万历是在以时间换空间，不声不响地等待着他的一箭双雕之计获得成功。
这一毫无人道且违背礼教的阴谋，被皇长子朱常洛的讲官黄辉窥破，尚以“正义之士”自称的黄辉不能自制，遂以“读圣贤书，所学何事，而今而后，庶几无愧”的大丈夫气概，立即禀报给事中王德完，并说：“此国家大事，旦夕不测，书之史册，谓朝廷无人。”意谓万历和郑贵妃遂愿，写在史册上，后人就会嘲笑朝中无忠臣。王德完听罢，同样认为兹事体大，遂叫黄辉写了奏章草稿，再由自己修改誊写后呈给皇帝。然，万历仍是不吃这一套，结果是“疏入，帝震怒，立下诏狱拷讯。尚书李戴、御史周盘等连疏论救。忤旨，切责，御史夺俸有差。大学士沈一贯力疾草奏，为德完解，帝亦不释。旋廷杖百，除其名。复传谕廷臣：‘诸臣为皇长子耶？抑为德完耶？如为皇长子，慎无扰渎。必欲为德完，则再迟册立一岁。’”
面对这些自相矛盾，又令人哭笑不得的诏谕，群臣在惊讶之余，觉得万历似乎真的在期待什么，遂“不复言”。而万历皇帝“自是惧外廷议论，眷礼中宫，始终无间矣”。
就在万历和大臣们为立皇储之事争吵不休、僵持不下之际，一个已经在人们心目中消失了的“幽灵”，于关键时刻冒了出来，这就是万历的生母慈圣皇太后。
处于风烛残年的慈圣，虽在深宫中颐养天年，不问朝政，但对立储一事却不敢忽略，密切关注着这一情势的发展变化。在这个足以动摇“国本”的问题上，她站到王恭妃和群臣一边，并认为已经到了需要自己亲自出面干涉的时候了。当万历来到她的深宫请安时，这位老太后面色严肃地问道：“为何迟迟不立常洛为太子？”
可能是慈圣太后威风犹在的缘故，也可能是万历事先没有准备而过于慌张，竟脱口说了一句令太后刺耳扎心的错话：“彼都人子也。”
明朝宫内称宫女为“都人”，万历居然忘记了他的亲生母亲也是“都人”出身。太后闻言，勃然大怒，当即训斥说：“尔亦都人子！”万历听罢，打了个激灵，冷汗冒出，幡然醒悟，继之惊恐万状，“伏地不敢起”。
万历的失误，加剧了慈圣太后竭力维护王恭妃的决心。无奈之下，万历皇帝只得在万历二十九年（1601年）十月，立王恭妃之子朱常洛为“皇太子”。
郑贵妃听到万历要立常洛为太子的消息，虽感大势已去，但并不服输认命，她要做最后一搏。遥想当年，在郑贵妃之子夭折之时，万历皇帝曾有“若再有生子，必立为东宫”的许愿。当常洵降生时，万历皇帝心花怒放，为讨郑贵妃的欢心，再次盟誓将来立常洵为太子。绝顶聪明的郑贵妃抓住时机，施展枕边勾魂之术，让皇帝写下手谕，珍重地装在锦匣里，放在自己宫中的梁上，以为日后凭据。想不到兹事风波迭起，阻碍重重，万历虽用尽招数，费了洪荒之力，梦想仍然化为泡影。在如此危局之下，郑贵妃决定孤注一掷，亮出这张王牌以制其敌。只是，当郑贵妃满怀希望打开锦匣时，不禁大吃一惊：一纸手谕让衣鱼（蠹虫）咬得残破不堪，“常洵”二字也进了衣鱼腹中。心力交瘁的万历皇帝看罢，顺水推舟，长叹一声：“此乃天意也。”遂不再顾及郑贵妃的泪眼和怨恨，不情愿又无可奈何地下诏，封朱常洛为“太子”，常洵为“福王”，封地洛阳。
至此，前后争吵达十五年，无数大臣被斥、被贬、被杖打，而且使得万历皇帝身心憔悴、郑贵妃郁悒不乐，整个帝国不得安宁的“国本之争”，才算告一段落。
朱常洵没有成为太子，不仅使郑贵妃大为气恼，也使万历皇帝感到内疚与不安。无奈之下，只得以倾国之富重加赏赉进行补偿。此时的王恭妃正盼望能像慈圣皇太后一样，过上众星捧月般的好日子。遗憾的是，死神已向她悄悄逼近。这位可怜的女人，替朱家生了儿子，没得到恩典，反而被打入冷宫，好不容易熬到常洛被封为太子，其凄惨的处境仍没有丝毫改变。她慨叹命运的不公，皇帝的薄情寡恩，又思念儿子，整日在愁苦中消磨，于泪水中度日。花开花落，秋去冬来，总盼不到出头之日。正所谓：“泪湿罗中梦不成，夜深前殿按歌声，红颜未老恩先断，斜倚熏笼到天明。”
岁月的磨洗与心中的愁苦郁闷，加之夫君的冷落，宠妃迫害、奴才欺凌，长期幽禁深宫，导致王恭妃泪尽泣血，双目失明，卧床不起，最后是无翻身之力，只有半趴在床上等待死神的召唤。消息通过宦官传出，待朱常洛在万历特许下，前往母亲居住的景阳宫探望时，宫门竟深锁不开。焦急悲愤的常洛命人砸开铁锁抉门而入，看到母亲半卧榻上，面色憔悴，只剩一口气尚未咽下，不禁悲从中来，跪抱母亲放声大哭，随行太监宫女无不潸然泪下。尤令朱常洛痛心的是，母亲再也无法睁开眼睛看一下儿子了。王恭妃在昏迷中听到儿子的哭声，将枯瘦如柴的胳膊伸出，颤颤巍巍地摸着儿子的头，泣不成声地说道：“我儿长大如此，我死也无恨了。”当日酉时，在深宫中苦熬了近三十年的王氏气绝身亡，年仅47岁。
王恭妃在不堪虐待的凄苦生活中死去，举朝为之震惊。《先拨志始》根据外戚王升的叙述载：临终前，母子见面本欲有话说，但王氏凭着感觉，察觉到屋外有人，低声提醒道：“郑家有人在此。”于是直到咽气而死，母子俩默默相对痛哭，不敢说话。郑贵妃派的人一直等到王氏气绝，才肯离去。然而，万历皇帝并不把王氏的丧事放在心上，对她择地安葬之仪，更是极为刻薄，草草埋葬了事。大学士叶向高实在看不下去，上言万历皇帝：“太子之母病逝，礼应厚葬。”万历对此极为冷淡，未予答应，指示按明世宗嘉靖皇帝的皇贵妃沈氏（未生育子女）的规格办理，且一再拖延。当时正值六月，天气炎热，棺椁又经十个月的停放，尸体早已腐烂不堪。又过一个月，礼部左侍郎翁正春上疏，请示王恭妃的安葬事宜。过了两天，在群臣强烈请求下，万历才给王恭妃谥“温肃端靖纯懿皇贵妃”，并同意在昌平天寿山卜地，选得了东井左侧的平岗地，在那里正式营建了坟园。
万历四十年（1612年）七月十七日，王恭妃被葬于明十三陵陵区内东井左侧的平岗地，其随葬金制品极少，棺内除了为数不多的丝织品外，仅有银锭数枚和一些银制器物，金锭一枚也没有放。直到王恭妃死后近十年，即泰昌元年（1620年），在万历皇帝和其子常洛都已与她相会于九泉之下时，才由王恭妃的孙子、继承皇位的朱由校（天启皇帝），把她和丈夫万历皇帝撮合在一起，迁葬昌平大峪山下的定陵寿宫。尽管如此，王恭妃仍然不过是点缀这个凄壮祭坛的贡品而已。
至于那位最早上位且生下长公主的王皇后，性情端谨，颇有孝心，只是她同样是一位不幸的女性。尽管当了皇后的王氏，享有宫内一切至高无上的尊荣，却缺乏一个普通女人可以得到的欢乐。按照传统习惯，她必须侍候皇帝的嫡母仁圣太后；皇帝另娶妃嫔，她必须率领这些女人拜告祖庙等等。这种种礼节，王皇后都能按部就班地完成无误，很得仁圣太后的欢心和群臣的称赞。万历十年（1582年）以后，郑贵妃虽然倍受宠幸，但王氏能够忍耐且不加计较，由此保住了她在中宫四十二年之久的最高荣耀地位，以至死后被谥为“孝端”，与万历皇帝同葬于昌平大峪山下定陵地下玄宫。
注释：
[1]朱常浩：万历皇帝第五子，万历十八年（1590年）生，其母为当年被选入宫的九嫔之首——周端嫔，因生下朱常浩被封为端妃。万历二十九年（1601年），朱常浩被封为瑞王，封地汉中。尽管常浩已封王，因有了郑贵妃与儿子的存在，万历皇帝对周氏母子并不喜爱，导致朱常浩25岁尚未选婚，群臣上疏请皇帝为其选婚，但万历不予理睬。朱常浩见事已至此，便破罐子破摔，索性撕破颜面，自己向户部缠要结婚费。几年下来，共索取了十八万两白银藏在宫中，对外声称这点钱，连置备冠服都不够，仍无休止地到户部纠缠，继续索要银两以中饱私囊。万历得知，对其深恶痛绝又无可奈何。天启七年（1627年），朱常浩终于到了封地汉中，因其人爱财如命，到封地后，四处盘剥，八方搜刮，除上缴朝廷税外，再加课盐税等各种名目的税捐，汉中人民处于水深火热之中。崇祯十六年（1643年）年，李自成率农民军打败孙传庭，占领西安，开始分兵攻占陕西各州府。盘踞汉中的朱常浩大为惊恐，为躲避大顺军兵锋，南逃四川避难，在汉中总兵赵光远护卫下，一路流窜到了重庆。崇祯十七年（1644年），张献忠率部陷重庆，走投无路的朱常浩及随行人员被擒。张献忠先斩四川巡抚陈士奇，欲斩朱常浩时，天无云却轰然雷鸣，张献忠犹豫一阵，最终还是下令斩朱常浩全家及下属官吏，继之把三万多被俘明军将士右臂斩断后释放。同年三月，李自成陷北京，周端妃趁乱潜回娘家隐居，直至大清入关后的顺治年间尚在，寿已80余岁。其卒年月不祥，死后葬于十三陵区万历四妃墓。