就在礼、工二部重新组织人马，紧锣密鼓地赴昌平天寿山再择“吉壤”之际，有个名叫梁子琦的通政司左参议，感到建立奇功的机会到来。于是，向万历陈奏：“臣子琦，自幼深晓地理风水，请命臣前去天寿山选择吉壤。”
万历览奏，大喜，想不到本朝还有这么多的奇才，难道这就是世间所言“小隐隐于野，中隐隐于市，大隐隐于朝”乎？！欣喜之中，立即诏令梁子琦随礼、工二部大员，一同前往核视。梁子琦获悉皇帝对自己的才华极为赏识、赞叹，自是惊喜万分，踌躇满志。待随二部臣僚们来到陵区，进入实地踏勘阶段，梁子琦的心态，伴着天空随风而荡的白云飘了起来，以首席专家和天下第一风水大师的架势，处处与礼部郎中李一中、工部郎中刘复礼、钦天监监副张邦垣，以及术士连世昌等意见相反，且不时装腔作势，大吵大闹，借以吓人。然而，李一中等人并不理睬，且干脆抛开梁子琦，自行其道。一行人从东山口至九龙池逐一察看，终于选中形龙山、勒草洼前、大峪山、宝山、平岗地、黄山岭等六处“吉壤”。被踹出圈的梁子琦，一人择得黄山一岭、黄山二岭、团山、珠窝圈、石门沟山、蔡家山、长岭山、景陵左山等八处。
三月二十三日，礼部尚书徐学谟，将本部、工部及钦天监择得的六处和梁子琦个人择得的八处，一并呈给万历皇帝。万历览奏，谕令礼、工二部再行实际踏勘，从十四处中选择最上吉地三四处，并绘图来看。
申时行画像
四月三日，礼部尚书徐学谟、工部尚书杨巍，通过四处遍阅实地比较之后，认为形龙山、大峪山、石门沟山三处“最吉”。梁子琦得知自己选择的石门沟山被列为“吉壤”，兴奋不已，仿佛看到大明帝国的高官厚禄就在眼前了。然而，令梁子琦遗憾和痛恨的是，有一个叫申时行的人凭空插来一杠，使他失去了这次加官晋爵的机会，且最终落得个贬职闲居的下场。
申时行《草书诗轴》
申时行，字汝默，号瑶泉。长洲（今属苏州）人。嘉靖四十一年（1562年）进士第一，授修撰。以文字受知张居正。历官礼部右侍郎、吏部右侍郎、左侍郎兼东阁大学士、礼部尚书、吏部尚书、建极殿大学士等职。万历年间为立太子问题，触怒皇帝，遭黜责，后辞官返乡。卒，谥文定。时行所著诗文，有《赐闲堂集》四十卷、《四库总目》传于世。《明史》卷二百十八有传。该诗轴现藏台北“故宫博物院”
张四维继任首辅不到一年，父亲不幸病逝。以张的威望与在朝廷的地位，无法像当年的张居正一样，再来一次“夺情”，只能离职守制。在此期间，万历命内阁学士申时行代理首辅。然而，张四维在居丧将要期满之时，突然患病不起。恰在这时，比申时行资深望重的大学士马自强、吕调阳又先后病故，命运之神自然地把这位资历最浅的申大学士，推到了帝国政治舞台的中央。
申时行和张四维不同，他以才干取得张居正的信任，而不是以谄媚奉迎见用。张居正死后，他承认张居正的过错，但并不借此夸大他的过失，作为自己上台的政治资本。他和张四维的差异为同僚所深知，也为皇帝所了解。
七月二十二日，万历皇帝谕令内阁首辅申时行、定国公徐文璧、司礼监太监张宏前去陵区核视。两天后，申时行等人回京。
八月二十四日，定国公徐文璧、大学士申时行联名呈奏：“臣等谨于八月二十一日恭诣天寿山，将择过吉地逐一细加详视，尤恐灵区奥壤伏于幽侧，又将前所献地图自东往西遍行复阅，随据监副张邦垣等呈称，原择吉地三处，除石门沟山坐离朝坎，方向不宜，堂局稍隘，似难取用外，看得形龙山吉地一处，主山高耸，叠嶂层峦，金星肥员，木星落脉，取坐乙山辛向，兼卯酉二分，形如出水莲花，案似龙楼凤阁，内外明堂开亮，左右辅弼森严，且龙虎重重包裹，水口曲曲关阑，诸山皆拱，众水来朝，诚为至尊至贵之地。又见大峪山吉地一处，主势尊严，重重起伏，水星行龙，金星结穴，左右四铺，拱顾周旋，云秀朝宗，明堂端正，砂水有情，取坐辛山乙向，兼戊辰一分。以上二处尽善尽美，毫无可议。”
申时行诗《莲花》
整日在朝廷内外上蹿下跳，心中火烧锯拉、四处打探消息的梁子琦，得知此情，恼羞成怒，认为这是首辅申时行与礼部尚书徐学谟，故意和自己这位隐于朝中几十年的首席专家兼风水大师作对。脑袋一热，上疏皇帝，攻击申、徐二人，奏称申时行与徐学谟本是儿女亲家，相互“附势植党”，以权谋私，为图一己之利，故意隐瞒上佳之所，不给皇上选择最上“吉壤”云云。
万历见到梁子琦的奏疏，大怒，并不审讯，立即下诏将徐学谟罢职。申时行见此情景，立感形势严峻，大祸欲临，疾速上疏奏辩，并联合礼、工二部及钦天监等亲至一线勘察的臣僚，一起揭露、指控梁子琦在踏勘过程中，好刚使气、固执偏狭、自以为是、不顾吉凶、凭空臆断、挟私泄愤等罪行。由于申时行的特殊地位和在朝廷的威望，他的陈奏使万历皇帝坚信不疑，局面就此翻盘。万历皇帝当即谕旨：“子琦挟私渎奏，夺俸三个月。”
昭陵明楼及马道
梁子琦的陈奏，导致徐学谟被罢职，他自己也遭到了惩罚，是谓双方打了个平手。然而，这个看似平局的背后，潜伏着更加严酷的较量和杀机。既然梁子琦不识好歹，自己跳出来悍然与申、徐等朝廷重臣叫板争雄，就意味着他打破了官场秩序和游戏规则，触犯了一个强大的官僚集团。既然战端已经拉开，双方就没有以平局和好的可能。孤单势薄、狂傲不羁的梁子琦，必须为此付出更大的代价。
九月六日，万历皇帝再次以行秋祭礼为名，率后、妃进行第三次谒陵。
九月九日，万历亲登形龙山、大峪山主峰阅视，经过反复比较之后，谕旨内阁：“寿宫吉壤，用大峪山。”这里所指大峪山，原称小峪山，真正的大峪山在昭陵主峰。因万历忌讳“小”字，便不顾与父皇昭陵的大峪山重名，将“小”改“大”，小峪山变成大峪山。
九月十九日，礼部上疏，认为陵址既已选定，就应该钦定日期营建。但万历仍然不允，非要待两宫圣母看后才能确定。为此，御史朱应毂以谒陵耗费太巨，陈请两宫太后不必再去阅视，但仍未得到万历皇帝的允可。
十一月十三日，在首辅申时行的暗中指使下，贵州道试御史周之翰再次上疏，剑指梁子琦，说已奉皇上谕旨，寿宫定在大峪山下，可见徐学谟当初对皇上并未欺罔。徐学谟既已被罢职，梁子琦岂宜独留？
万历皇帝览奏，立降梁子琦为右参议，令其闲住，永远不许起用。
梁子琦接到圣旨，悲愤交集。一场昌平之行和风水堪舆之争，落了今天这个结局，是他始料不及的。也只有在此时，梁子琦才真正明白，面对眼前这个强大的文官集团，他所要做的是什么了。只是，后悔晚矣。
万历十二年（1584年）九月十三日，万历皇帝奉两宫太后并率后、妃进行第四次谒陵。十六日，万历与两宫太后亲登大峪山主峰阅视。两宫太后也一致认为大峪山最“吉”。
至此，近两年的“吉壤”纷争，总算告一段落。