5月中旬，中共代表赵明甫、王知一同联总河南区主任范海宁共同前往南京，期望在更高层解决问题。中共代表周恩来副主席当时正在南京，在他的直接领导下进行了谈判工作。先后达成了南京协议、周恩来同塔德的六点口头协议以及马歇尔、薛笃弼、周恩来三人对执行协议的保证，明确规定：6月15日之前花园口以下故道不挖引河，到6月15日以不使下游发生水害为原则，经双方协议后再改变。
在加强与国民党政府谈判的同时，在解放区的内部也紧张地进行着复堤工程。虽然正赶上麦收的大忙季节，但5月底冀鲁豫行署还是动员起了沿黄各县群众20多万人，要求把大堤修复到1938年国民党扒开花园口之前的状态，每个民工每天补助1公斤小米。6月8日山东渤海区也动员了18岁以上50岁以下的民工先后40多万人投入了施工。各村都组织了生产互助组或者代耕组，保证上堤民工的家里有人帮忙，按时收麦和秋种。
复堤夯实工具不够，各地百姓发挥聪明才智就地取材，改造了一批石硪。人们把石滚、条石甚至庙宇中的石香案也献了出来。在远离黄河的内黄等县，也动员了大批民工自带工具支援沿黄人民修堤。经过一个多月的努力，到7月初，自花园口下游黄河大堤初步得到了恢复。
在联总工程师塔德的坚持下，不顾历次黄河谈判协议，国民党政府单方决定于1946年6月23日开始抛石合龙，希望在7月1日完成。但实际情况远复杂于国民党的纸上谈兵。由于黄河故道泥沙的大量淤积和口门上游的冲刷，花园口决口处的上游河底比故道低了将近5米，必须把水面抬高4米，才能全河回归故道。但由于伏汛较往年提前来到，水量、挟沙量猛增，再加上运力有限，石料不够用，打好的排桩接连被冲走，到7月上旬，东半部180多米长的排桩全部被水流冲走，第一次堵口失败。
花园口以下，一方在大力组织民众抢时间修堤的过程中，另一方却在蓄意破坏。6月下旬，蒋氏下令花园口工程立即下石合拢，甚至命令“宁停军运，不停石运”。八路军游击队为减缓国民党复堤进度，一度破坏了采石场。此际，国民党军队加紧了向解放区的军事进攻。7月下旬，黄河涨水，堵口更加困难。白崇禧在新乡召开军事会议，计划兵分三路进攻冀鲁豫解放区。白崇禧、陈诚等人仍不死心，多次前往施工现场视察，企图在汛期到来前完成堵口，让下游700万解放区军民葬身泽国。与此同时，按照协议由国民党政府向解放区提供的修堤工款、器材、物料、河床居民的迁移费迟迟不予拨付。还派军队袭击修堤工地，杀害治河员工，烧毁和抢走治河物资等价值达20多亿元。
为了揭露国民党加紧军事进攻和截留救济物资等破坏行为，周恩来副主席一面四处游说相关官员以及美方代表。还在致马歇尔的备忘录中指出：至6月27日解放区仅收到面粉500吨，其它施工粮款和河床迁移费用均未拨付。国民党政府在其统治区只修南岸不修北岸，企图淹没位于北岸的解放区。另一方面，他来到开封，把解放区治理黄河的负责人叫到一起开会，要求他们不要寄希望于蒋氏，要加快进度，尽快修复大堤。在开封期间，周公出席大会，公开批判蒋氏将黄河作为战争工具，争取各界支持。
7月中旬，周恩来副主席在上海同国民党的代表再次举行会谈。经过激烈的争执和谈判，最后议定：复堤工程所用工款为100亿元，河床居民救济款共150亿元。
在几近沸腾的舆论面前，国民党政府不得不将拖欠的40亿元工款以及150亿元河床居民救济款陆续拨出。
做为行政院救济总署（以下简称行总）最高官员的蒋廷黻其实一直将救济重点放在共产党辖区。只是由于全面内战打乱了蒋廷黻领导下的行总的工作部署，动荡不安的局势使行总的工作倍见艰难，种种计划无形变为废纸。
蒋廷黻不仅是一位理想主义者，更是一位自由主义者。蒋介石曾亲自介绍他加入国民党而他执意谢绝，坚守自己自由派学者的独立性，无意受政界以及意识形态的左右。在善后救济过程中，蒋廷黻把国家和民族的整体利益置于各党派利益至上。在行总成立之初，就如何分配救济物资在国民党内部展开了一场激烈的辩论。国民党陈立夫极力反对将物资分配给共产党管理的解放区，蒋廷黻则坚持联总“救济与善后物资及服务，不得因种族、宗教或政治信仰而有所歧视”的原则。蒋廷黻按照与周恩来在1945年12月签署的《行总与中共关于共区救济协议》中规定的：解放区是行总救济的对象重要内容，还是基本上做到了国民党辖区和共产党辖区一视同仁。救济物资的发放途径也是不经军政机关、而由人民团体协助办理，中共可派代表协助行总人员办理，行总人员不过问当地的行政。”
为了使解放区获得应有的援助，同时减少各分署责任，蒋廷黻力排各种干扰，变更救济办法，命令行总采用联合国善后救济总署与各分署合作的方法来继续办理解放前的善后救济。这一时期，行总先后在军事冲突较为激烈的冀鲁豫、山东、苏北解放区设立了烟台、菏泽、淮阴3个特别办事处，直接办理各该区域的救济。对战火尚未全面展开的解放区仍以分署兼办。行总和和联总的工作人员冒着生命危险深入到战区开展的救济，为减少解放区人民的困苦作出了一定的贡献。如冀热平津分署给予冀南解放区667吨救济物资使邢台、隆尧、曲县等11个县人民受惠，“计贫民2906户，共11万5千2百人”。湖北分署给予“中原解放区援助的1000顿救济物资对中原突围发挥了较重要的作用”。
根据联总公约的规定，联总援助中国的物资是直接作救济与善后之用的。而行总的行政业务经费则由国民政府财政负担。但因内战爆发，军费急剧增加和严重的通货膨胀，政府拨款很难到位，行总的善后救济业务经费也就拙襟见肘。蒋廷黻曾开出了“一个四千三百二十亿元”的预算，“行政院竟一反常态，不折不扣地立即批准”，而等蒋廷黻去取钱时，得到的答复却是“早已分发农林部、交通部、水利委员会”，“行总如要钱向他们要去”，“结果却一分钱也没有拿到”。蒋廷黻又向中央银行借款，“中央银行总裁却不客气地说了一句‘我们办银行不是做善后事业，你们要钱，先拿抵押品看看’”。无奈之下，蒋廷黻多次以辞职相逼，然而行政院既不给钱，也不准辞职。行政院院长宋子文说：“你只晓得向我要钱，没有钱就嚷嚷辞职。你辞，我就不准辞！”
在到处筹措无门的情况下，蒋廷黻不得不依靠大量出售联总物资以自筹，并以这种方式配合政府平抑物价。所以，一方面是大量的灾民在饿死、冻死，一方面却是大量的粮食、棉花在市场上出售。由于行总事先对购户没有严格的登记审查，在出售物资的过程中出现了不法商贩从中套购渔利的现象。1946年3月，就有上海投机商人将作为救济物资的美军血清当作特效药在市面上出售。事发后，舆论哗然。连同后续发生的类似事件，蒋廷黻因此成为众矢之的，蒋廷黻平抑物价的计划不仅没有取得预期的效果，反而败坏了行总的声誉，行总因此给人家骂作“救己本署”、“救济本署”。1946年9月，行总因不能从政府得到分文拨款，变卖物资又遭社会和联总的谴责，“于是山穷水尽”，“无法动弹了”。1946年10月，在种种困厄之中，“对权力贪婪的四大家族终于以他管理不善为由”终于“解除了蒋廷黻在联总和行总的职务。”
这样以来，蒋廷黻任行政院救济总署署长仅一年光景就被宋子文以“蒋廷黻不懂做买卖”为由罢免。
后来蒋廷黻的继任者霍宝树在总结行总工作时指出，要想在行总顺利地开展善后救济工作，必须要有“科学的头脑，菩萨的心肠，救世的精神，与各方很好的关系”。而蒋廷黻虽然具有“菩萨的心肠”和“救世的精神”，但是他对战后中国的时局的复杂性和善后救济事业的艰巨性认识之不足，因此对善后救济缺乏周密的计划和安排。其独立清高的自由派知识分子的思想个性，更无法与各方搞好关系。因此，蒋廷黻在行总的善后救济事业只能是有始无终，并最终遭受被解职外放的命运。不过，正式由于他的这种思想个性，“本来绝多的人以为善后救济是一肥缺，即不为此，也可发生奇妙作用。蒋一年多以来，不曾使此机构为这一类人发生作用，也算是一个贡献吧”。
而蒋廷黻，即使面临被解职的遭遇，依然保持着他的清高和自尊，“他虽有很多外国朋友，却并未用外国人的力量来巩固其地位”，而是选择出任中国驻联合国常任理事，后任台湾当局驻美“大使”，开始了他第二次被外放的政治生涯。
联合国总部后花园。
已经就任联合国总部中国常任代表的蒋廷黻却怎么也高兴不起来。他只是淡淡的接受着自己属下的祝贺，然后一个人慢慢的走到后花园。
“署长！哦不！理事先生。您好像不怎么高兴？”一个声音从蒋廷黻的背后传来。
蒋廷黻回头看了对方一眼，发现是自己的助手魏明阁，于是他微微的笑了笑，然后慢悠悠的反问道：“你认为我现在值得高兴么？”
“当然了！”魏明阁立刻说道：“您已经是中国常驻联合国理事。这份荣耀现在已经无人超越了！”
“无人超越了？”他示意停止了魏明阁的赞美之词，一边摇头一边苦笑：“这个荣耀对于我而言并不是十分重要的。至于那个最强的人，我认为我并不是！反而，我到觉得我反而是在关公走麦城。”说到这里他反问对方：“你知道我现在最想做的是什么么？”
“不知道啊，理事先生！”魏明阁摇着脑袋小心翼翼的回答道。
“回中国！”蒋廷黻从自己的嘴巴里面蹦出了这两个单词之后就迅速的离开了花园。他的背影在夕阳的照射下渐渐的模糊。
黄河堵口复堤工程未因蒋廷黻的升迁而受影响。
第二次、第三次堵口均在国共军队激烈的战斗中进行。
为抢抓战机，早在8月10，刘邓大军就乘国民党调动兵力之际，在陇海路上发动了大规模反击，解放了陇海路沿线5个县、12个车站，控制铁路300多公里，切断了郑州与徐州之间的联系，并在菏泽西南大杨湖一带，将国民党军第三师一举歼灭，并俘虏了其师长。
为了配合其军事进攻，国民党政府又于10月5日恢复花园口堵口，并限期12月底前完成水归故道。到12月15日，在龙口开始大量抛石。随着石坝的升高，水位也随着抬高，流速增大。可到了12月20日，用于施工的栈桥突然被冲断，第二次堵口遂宣告失败。国军复堤部队经昼夜抢护，虽然石坝缺口得以恢复，但此时已近严冬，河中已有冰凌出现，无法顺利下桩。再加上口门缩小带来的水流增强，接连出险。为排除险情，12月27日，国民党政府在未通知中共方面的情况下挖开引河，向故道放水，意图减小堵口处的流速。但在47年的1月15日，部分石坝被冲下陷4米，桥桩被冲断，石坝缺口扩宽到了32米，第三次堵口又一次失败。
汛期以过，10月5日，蒋介石下令重启堵口工程。周公以及共方人员不断斡旋，希望能延缓堵口工作，同时1947年的春汛让堵口不得不再次暂停。直到3月15日，花园口大堤终于成功合拢，黄河回归故道。黄河故道下游数百个村庄被淹没。这，已经比原定的堵口时间推迟了9个月。其间，解放区军民转运了大量物资，尽可能将损失减小到最低限度。
通过黄河堵口复堤，黄河流域的百姓对蒋氏政权彻底失去了信心。他们宁可饿着肚子也要支援解放军。当淮海战役打响后，百姓毫不犹豫地推着小推车走上前线拥军，成为我军获得淮海战役胜利的重要保证。