王允联合吕布发动了宫廷政变，一举诛杀了董卓，王允取代董卓成为新的朝政掌控者。在清除董卓的过程中，王允表现得能屈能伸，充满计谋，但杀掉董卓后，王允没将这份政治智慧继续下去，开始变得意气用事，导致昏招迭出，将大好局面白白葬送。
第一个昏招就是杀掉蔡邕，蔡邕是蔡文姬的父亲，也是东汉末年著名的文学家、书法家和历史学家。董卓当政前期，他也是被拉拢对象，被胁迫做了官。他曾经一度想辞官不干，但又怕被董卓“满门抄斩”，所以一直硬着头皮忍着。总体而言，董卓对他还算不错，没有给他出什么难题，他的官职也不断得到提升。
对于董卓被杀，蔡邕心里颇感复杂，也许是这样的心理作怪，他听到这个消息后不由叹息了一下。这本来算不得什么大事，但这口气叹得实在不是时候，众人都为除掉董卓而欢呼雀跃，独独他在此时叹息。更关键的是叹得不是地方，居然在朝会上当着王允的面，这声叹息为他惹来了杀身之祸。
听到蔡邕叹气，王允当即就火了，他指着蔡邕的鼻子大声斥责说：“董卓，是国之大贼，他几乎葬送了大汉，你作为朝廷重臣，应当与我们同心同德，一起痛恨董贼，而你却因为董卓对你不薄，对他的死心怀不满，你根本就是与董卓一伙的。”于是他下令要将蔡邕抓起来。
蔡邕吓得够呛，没想到自己无意的一声叹气引来如此大的祸端，他急忙为自己辩解，说自己并非同情董卓，作为读书人还是能分清楚是非曲直。但他的话并没有使王允的怒气消去，蔡邕只能退而求其次，恳请王允能高抬贵手，自己愿意接受一切刑罚，但请留下一条性命，好让自己把史书写完。
蔡邕说得言辞恳切，当时与蔡邕一起编著史书的太尉马日站出来为他求情，他说蔡邕是旷世奇才，对大汉历史非常了解，由他来修史，定会成就一部大典，况且他的罪过并不大，倘若因此而杀他，恐怕会让天下人失望，其他大臣也纷纷站出来为蔡邕求情。
王允那股劲儿上来，很难听得进去别人的话，他说：“从前汉武帝没有杀司马迁，让他完成了《史记》，结果怎么样呢？《史记》里记载了许多诽谤武帝的话，且流传后世。如今国势衰微，盗寇四起。不能让蔡邕和司马迁一样，毁谤和诬蔑幼主，任由他对我们这些人指责和批评。”他下令将蔡邕投入大狱，不久后蔡邕死在狱中。
对蔡邕的处置，充分体现了王允刚愎自用的一面，让不少人开始对他感到失望。马日对此批评说这完全是“灭纪废典”，就是说杀掉罪不至死的贤才，阻断历史的记载，这样做，注定不会长久。马日所言基本代表了大部分士大夫的态度。
王允犯的更大的错误则是拒绝董卓旧部的投降。杀掉董卓后如何处置他的旧部，是摆在王允面前一个重要的问题。因为董卓虽死，但他的旧部实力依旧很强。在这个问题上王允表现得反复无常，他先是想全部赦免董卓的部下。倘若真得这样做，或许他可以得以善终，东汉也还能维持一段时间。但是不知什么原因，王允后来又变卦了，不愿再赦免董卓的旧部。
当时董卓的旧部是个什么情况呢？董卓的女婿中郎将牛辅统领军队驻扎在陕县，他手下有几个将领，分别是李傕、郭汜、张济等。王允不大看得上他们，觉得董卓已死，他的这些部下迟早会“树倒猢狲散”。于是他下令让牛辅等人缴械投降，接着派李肃带着文书去处死牛辅。
牛辅手下这些西凉兵，听说王允要杀死他们，一时间人心惶惶，对于王允的命令，自然不会遵从。牛辅等人听说蔡邕不过受了董卓一些厚待，就被王允不分青红皂白杀掉，他们这些人跟着董卓杀人放火，无恶不作，投降只能是一条死路，只有奋起反抗，方可能保全自己。
于是，牛辅率兵迎击李肃，李肃战败逃到弘农。李肃原本是吕布的同乡和部下，他的战败让吕布感到很没面子，吕布一怒之下杀了李肃，亲率兵马直奔牛辅而来，或许听说吕布的战力超强，牛辅的军中发生了内乱，牛辅被自己的亲兵杀死，首级被送往长安。牛辅死后，李傕、郭汜等人更觉群龙无首，只好派人向王允求情，希望能够得到赦免。
历史再一次给了王允机会，如果此时同意受降，将来再对西凉军分而化之，这个危机应该可以得到妥善解决。但在关键时候，王允又开始犯糊涂，他拒绝的理由是“正月已经大赦过一次，按照朝廷规定，一年之内不能有两次大赦”。不知这是否是王允找的借口，如果不是，只能说明这位王司徒过于教条，而这次错误直接导致自己死无葬身之地。
李傕等人听到王允拒绝赦免的消息，最初的反应是解散队伍，返回凉州老家。但这时站出一个人，叫做贾诩，他颇有谋略，对李傕、张汜等人说：“你们如果放下武器散伙，那么一个小小地方保长就可以将你们捉拿，不如打着为董太师复仇的旗号，带着军队向西攻打长安，如果事成，可以号令天下，如果不成，再回凉州老家也不迟。”这些将领都是粗人，本来没有什么主意，觉得贾诩说得在理，于是决定带兵西进。
王允听说西凉兵西进的消息，先是派遣两位在长安的凉州地方绅士，让他们去劝说李傕等罢兵，但他对这两位使者的态度非常傲慢，结果他们一出城就叛变，不仅没有劝说退兵，反而让西凉兵加快西进。
李傕、郭汜、张济会合了董卓余部樊稠、李蒙等，人马迅速扩张到十万之众，很快就包围了长安城，并连续围攻，打了八天八夜，到第八天的时候，吕布手下的士兵哗变，西凉军涌入城内，吕布见大势已去，带领手下准备突围，他一面把董卓的头颅绑在马上，一面招呼王允一起走。
王允这次不准备走了，他决定上演“时穷节乃现”的悲壮一幕。王允在门楼上对吕布说：“如果天子祖先在天有灵，能赐福社稷，保佑大汉王朝平安无事，我就心满意足了。如果这一愿望不能实现，我愿意献出自己的生命，以死来报效朝廷。皇上年纪幼小，少不更事，只能靠我们来辅助他。国家遭受如此灾难，如果弃下皇上，只顾自己逃命，我实在是不忍心。况且，我身为重臣，不仅不能使国家平安无事，反而导致逆贼的反叛，我的责任重大，请你出城以后，多多鼓励关东豪杰，要常常念及皇上。”
吕布看王允决心已下，只好自己突围而出。长安很快陷落，王允被杀，他的尸体被游街示众。从诛杀董卓到自己被杀，前后只有两个月的时间，王允计杀董卓，为民除害，立下大功。但掌权后，却又居功自傲，一错再错，不仅导致自己和家族遭到灭顶之灾，也让军阀混战的局面愈发不可收拾。出现“白骨露于野，千里无鸡鸣”的悲惨景象，王允是有一定责任的。
王允寄希望的“关东诸君”此时在做什么呢？答案是忙着彼此相互混战，而且打得不可开交，根本就顾不上皇帝的死活。在冀州、青州地区，袁绍和公孙瓒接上了火。公孙瓒本来是长期驻守幽州地区的边境军官，趁天下大乱之际，利用手中的兵权扩大了势力范围，后来杀掉了灵帝刘宏任命的幽州牧刘虞，自己任命冀州、青州、幽州等州郡官员，这与从韩馥手中夺得冀州的袁绍，不可避免地发生直接冲突，双方在这个地区大打出手。
在南边，袁术与荆州刺史刘表开战，孙坚被袁术派去与刘表作战，在击溃刘表手下将领黄祖后，追击途中遭到埋伏被乱箭所杀，这位曾经战胜董卓志在收复长安的英雄最终死在内乱之中。张鲁、刘焉、陶谦等人也都割据一方，每个人都先求自保，然后消灭他人，没有人顾得上长安此时发生了什么。
没有关东势力的威胁，李傕、郭汜、樊稠等人在长安城暂时还算安稳，只是苦了这位东汉末代皇帝刘协，刚被王允从董卓手上解救出来，如今又成为李傕等人的傀儡。
李傕、郭汜、樊稠给自己封官进爵，一时间权倾朝野，但说到底他们是三个粗人，用柏杨先生在《中国人史纲》的话，就是“三个小瘪三”，没有什么远大的志向，只顾眼前之利，平日里哥们义气，但遇到利益冲突时，很容易反目成仇。
果不其然，樊稠成为第一个刀下之鬼。李傕以樊稠有通敌之嫌杀了他。樊稠死后，长安城只剩下李傕和郭汜两个军阀，但不久他们俩也开始兵戈相见。
说起来原因有些可笑，两人本来交情不错，一路杀进长安，算是“革命战友”，李傕经常请郭汜到自己府上喝酒，郭汜喝多了有时不回家，即使回家也总是夸李傕府上的侍女不错，这一下子打翻了自己老婆的醋坛子，于是郭妻想方设法不让郭汜去李傕府上喝酒，她想了个什么办法呢？有次李傕送了些酒菜到郭府，她在酒菜中下毒，酒菜端上来后，她故意提醒自己丈夫说外来的酒菜不安全，最好先试试是否有毒，这一试的结果让郭汜大惊，顿时对李傕好感全无。没过几天，李傕又请郭汜吃酒，回来后，郭汜觉得肚子剧痛，灌了不少粪汁，上吐下泻好一阵，方才消停下来。郭汜此时对李傕欲加害自己深信不疑，决定以牙还牙。
郭汜起初想把刘协劫持过来，挟天子以令李傕，但不想计划泄露，李傕先动手了，他派自己的侄子闯进皇宫，把刘协、后宫嫔妃以及金银财宝都劫持回自己的军营，并放火烧了宫殿。郭汜晚到一步，就把剩下的公卿大臣带回自己的大营当做人质。
于是长安城出现了一个很有意思的现象，两个军阀一个劫持了天子，一个劫持了公卿，双方剑拔弩张，准备随时开战。这让被劫持的刘协更加叫苦不迭，他被胁迫待在李傕的军营里，自己只能勉强解决温饱，但手下的人经常吃不饱肚子，刘协派人向李傕催要米食和牛骨，李傕觉得刘协有些过分，故意送来了发臭的牛骨，刘协忍无可忍，想去找李傕理论一番，他手下急忙劝阻，说李傕是一介武夫，把他惹急了，什么事情都干得出来，所以还是要先忍一下。刘协没有办法，只好忍气吞声，皇帝做到这个份儿上也真是够悲催。
两边很快就交上了火，在长安城里攻伐争斗，一连几个月，造成数万人死亡，长安城也被糟蹋得不像样子。李傕的实力原本更强些，但却接连出现状况，先是手下杨奉等人叛变，拉走了一些队伍。接着前来助战的少数民族部落援兵也脱离他的队伍，李傕的实力大为衰减。这时候，同为董卓旧部的张济从陕县过来为两人调停，两家同意停战，并释放了所有人质。
刘协总算逃出了虎口，他跑到原来李傕的部下杨奉的军中。杨奉、董承等人率领兵马保护刘协由长安向弘农转移。停战后的李傕和郭汜此时纳过闷来，后悔放走了刘协这个“护身符”，于是两人又联合起来，率军追赶刘协，追兵很快追上了刘协一行，并与护驾的队伍发生激战，杨奉等人不是对手，不少公卿大臣不是被杀，就是被俘，刘协侥幸逃脱，一口气跑到黄河边，然后连夜渡过黄河，总算是摆脱了李傕、郭汜的追兵。
过了黄河后，河内太守张扬送来了米粮，河东太守送来了布帛，刘协终于可以稍作安顿。但由于兵荒马乱，又闹饥荒，刘协和他的手下经常吃不饱饭，名为天子，实为难民。唯一能换取粮食的方式就是封官，谁送来粮食和布帛，刘协就加封谁，一时间封了不少人，此时刘协已顾不上皇帝的威严，能活下来是第一要务。
公元196年阴历正月，刘协总算回到了旧都洛阳，但洛阳城当年被董卓劫掠焚毁后，已经成为一片废墟，手下的大臣不得不在断壁残垣中寻找栖身之处。由于缺粮，尚书令以下的官员都要出去打柴，采摘野菜野果，结果一些人被游兵散勇所杀，还有一些人找不到足够的食物竟然被活活饿死。身边护驾的这些将领相互猜忌，洛阳随时又可能陷入战乱。无奈之下，刘协只能派人四处联络各地诸侯们，想让他们前来救自己于水火之中。
收到刘协的请求后，诸侯们反应不一，先说袁绍，他手下谋臣沮授向他建议：“西迎大驾，即宫邺都，挟天子以令诸侯，畜士马以讨不庭，谁能御之？”什么意思呢，就是说把刘协劫持到袁绍的大本营邺城来，可以用天子之名号令天下，这样做就没有谁能抵挡袁绍了。
应该讲，沮授提出这样的计策非常具有战略眼光，“挟天子以令诸侯”这句名言也出自这里。但袁绍手下其他一些谋士认为，把刘协弄来后，从礼节上讲要动不动请示天子。如果听刘协的，将使袁绍的自由度大大下降，不听则会被当做抗旨不遵。况且现在天子也没有太大的权威，这样做不会带来什么好处，实在有些不划算。袁绍觉得言之有理，于是没有听从沮授的建议。
再说袁术，此人一直做着皇帝梦，想在时机成熟时自己登基做皇帝，所以他更不会把刘协弄来，为自己的皇帝之路设置障碍。荆州的刘表，虽然有时会给洛阳送些粮食，在诸侯中已算表现不错，但也没有去洛阳侍奉或将刘协接来的打算。
这时候有一个人站了出来，愿意迎奉献帝，他就是曹操。当初曹操对关东联军倍感失望，脱离联军自己去招兵买马。后来被袁绍封为东郡太守，只是一个不太重要的角色。
曹操命运的第一次重大转折发生在公元192年，这年原本聚集在青州的大量黄巾军势力进入兖州，号称有百万之众。兖州刺史刘岱不听鲍信的劝告，盲目出击被黄巾军所杀，鲍信和兖州官员陈宫迎立曹操来代理兖州刺史。
为什么这个“大馅饼”会砸在曹操的脑袋上呢，主要原因是鲍信，这位鲍信当年向袁绍建议趁立足未稳铲除董卓，但袁绍没有听从，鲍信失望之余离开了洛阳。这个人在历史上最大的意义就是发现了曹操。如果说曹操是千里马，那鲍信无疑就是伯乐。
还是在关东联军时，他慧眼独具就开始非常看好曹操。当时大家普遍认为袁绍是大英雄，所以推举袁绍为联军盟主，但鲍信认为袁绍就是董卓第二，而曹操是真正可以承担拯救天下苍生的英雄，他对曹操说：“能拨乱反正者，君也。”他建议曹操待在黄河以南，等待时机，曹操采纳了他的建议，在群雄争斗时得以保存实力，也迎来难得的机会。
在刘岱战死之后，又是鲍信联合陈宫拥立曹操为兖州刺史，在关键时刻推了曹操一把，让曹操从郡太守级别成为州刺史、州牧级别，上了一个新的平台。曹操就任兖州刺史后，也没有让鲍信失望，他整顿军力，明设奖罚，昼夜奋战，击败了黄巾军。但非常遗憾的是鲍信在作战中阵亡，而且在乱兵之中始终没有找到尸首。曹操非常悲痛，让人用木头刻了鲍信的样子来设祭哭吊。
在兖州的经历，是曹操一生的重大转机，他一下子收降了三十万黄巾军，男女老幼百万余口。曹操选择其中精锐，组成了青州兵，他的实力得到极大扩充，自此成为雄踞一方的割据势力，为下一步更大发展奠定了基础。
不过，曹操对兖州的统治开始并不稳固。曹操做了兖州牧后，想接自己的父亲曹嵩来兖州团聚，没想到，曹嵩半路上被人杀害，经查是徐州牧陶谦下的黑手。不过，是否是陶谦所为历史记载不一，《三国志》说陶谦素来怨恨曹操攻打徐州，派遣骑兵掩杀曹嵩，《后汉书》也说是陶谦的部将所为，而《资治通鉴》《吴书》等则不认为此举是陶谦所为。不管是否是陶谦所为，杀父的仇恨让曹操怒火中烧，他统率大军向陶谦兴师问罪，先后攻拔十余城，陶谦引军迎击，却遭遇大败，只得逃离彭城，退至东海郯城，一路上曹军烧杀抢掠，鸡犬不留，据说杀了有十万人，后来因为粮草不济退兵。
没过多久，曹操卷土重来，打得陶谦毫无招架之力，以至于打算逃回老家丹阳。谁知正在这时，陈留太守张邈背叛曹操，与其弟原广陵太守张超迎吕布入兖州，曹操后院起火，被迫退兵，不得已让煮熟的鸭子飞了。
为什么吕布会到兖州，和张邈在曹操背后插上一刀？这要从李傕、郭汜攻陷长安后，吕布出逃说起，吕布逃离洛阳后先后投靠袁术、张扬、袁绍，但在每个地方都没待多久，直到到了张邈处才安定下来。
张邈是当年关东联军的成员，本来他与曹操的关系还算不错，但在陈宫的劝说下起兵反曹。这位陈宫当年曾与鲍信共同拥立曹操为兖州刺史，但最后却走到了曹操的反面，这大概是因为陈宫看不惯曹操滥杀无辜有关。
陈宫劝说张邈将吕布迎来，一同占据兖州。张邈听从了陈宫的建议，让自己的弟弟张超和陈宫迎接吕布，并让他担当兖州牧。这对吕布而言，简直是天赐良机，本来自己四处流窜，居无定所，现在却如此容易当上了兖州牧，还有张邈的十几万军队可以做为依靠。
由此吕布与曹操的冲突已不可避免。开始时吕布占有一定优势，他用骑兵来冲击曹操的青州兵，曹军大乱，曹操拼死突围才获得生路。但随着时间推移，曹操逐渐占据了上风。公元195年，曹操在钜野大败吕布，吕布抛下张邈、张超等东逃投奔刘备。而张超及其族人被曹军杀光，张邈则被自己手下的兵士所杀。
扑灭后院之火后，曹操便着手准备迎奉献帝。在其他诸侯置之不理时，曹操为什么会挺身而出呢，这与曹操和手下谋士毛玠的一番谈话有直接关系，毛玠在这次长谈中为他分析了形势，并谋划了今后的发展，这番谈话在相当长的时间奠定了曹操政治、经济、军事战略的基础，很像后来刘备和诸葛亮的“隆中对”。
在分析当前形势时，毛玠指出：“现今国家分裂，君主流离，民生凋敝，这样的状况是难以持久的。袁绍、刘表等人虽然兵多民众，力量强盛，但都没有长远的考虑，不知根本之所在。”那曹操该怎么办呢，毛玠认为要有大的发展，两个方面最为重要，一是用兵要合乎正义，二是要有强大的经济实力做保障。所以他给曹操提出三条建议，即“奉天子”“修耕植”“畜军资”，如此，“霸王之业可成也”。
这三条建议中，第一条最为重要，因为刘协虽然已无天子之威，但还是最高统治者，如果能迎奉献帝，无疑会在政治和道义上占据制高点，以此号令天下，如不遵从就属抗旨不遵，讨伐也会师出有名。沮授曾经向袁绍提出类似的建议，但袁绍并没有采纳，这反映出袁绍和曹操在眼光和谋略上确实有不小的差距，这样的差距也导致了两人迥然不同的命运。
曹操听说刘协到了洛阳后，就想派人去迎奉天子，但他不少手下对此并不赞成，不过大臣荀彧却坚决支持，荀彧认为如果想匡正汉室，成就大业，有三点最为重要，即“奉主上以从民望，大顺也；秉至公以服雄杰，大略也；扶弘义以致英俊，大德也”。就是说，尊奉天子以顺从民意是最大的趋势，大公无私以降服豪杰是最大的策略，弘扬正义以招揽英雄是最大的道德。曹操很信任荀彧，觉得他是自己的张良。荀彧这样一说，更加坚定了曹操迎奉献帝的决心。
他先派曹洪去觐见天子，不料在路上遇到了刘协身边将领董承带兵拦截，这时候出来一个叫做董昭的人帮了大忙。董昭看出曹操是当今天下的英雄，所以愿意竭尽全力去帮助他。历史上总有一些不起眼的小人物，却在关键的历史时刻发挥重要作用，董昭就是他们其中的一个。
为了让曹操实现目的，董昭费尽心思。他发现刘协身边的这些将领中，杨奉的实力最强但根基最浅，于是董昭以曹操名义给杨奉写了一封信，大意是说曹操想与杨奉联手共辅汉室，当然是以杨奉为主，在信中董昭还替曹操发誓，说要“死生契阔，相与共之”，这封信果然打动了杨奉，获得了他的支持。此时本来持反对意见的董承与另外的将领发生矛盾，也转而同意让曹操来洛阳。
迎奉天子的一切障碍消除后，公元196年八月，曹操进入了洛阳，见到了献帝刘协。曹操没想到的是，贵为天子的刘协居然形同乞丐。
曹操给刘协带来了粮食和酒肉，并严格按照君臣之礼来对待刘协，在刘协看来，曹操无疑是一个大救星，在自己落难之时，只有这位忠臣赶到洛阳，不仅带来了短缺的物资，也让自己重新找回了作为天子的感觉，因此刘协内心非常感动，他下令授予曹操符节和黄钺，录尚书令，使得曹操一下子取得了名义上的最高的军权和行政权。
虽然获得了很高的封赏，但洛阳毕竟不是曹操的地盘。刘协身边的将领，像地头蛇一样对曹操形成了牵制，使得他根本无法施展，更别谈“奉天子以令天下”了。在关键时刻，又是董昭出来为他破解难题，曹操有次亲自去拜访董昭，他对董昭非常尊重，拉着董昭的手与自己同座，在感谢董昭对自己帮助的同时，就当下局势问计于董昭。
董昭对曹操说：“洛阳诸将，皆怀异志，不可依赖。将军如留京辅弼，多有不便，不如移驾幸许。可朝廷新还旧京，天下举首企望，迁都为非常之事，因而要多多计划。”这段话有两层意思，一是说因为洛阳诸将每个人都有自己的想法，曹操留在洛阳，不会有什么作为，应该将献帝请到曹操根据地许县去。另外一层是说天子好不容易从长安逃出，在洛阳刚刚安顿下来，天下思定，再让献帝移驾到许县，难度非常大，需要好好计划一番。
董昭的话句句都说到曹操心坎上，他所提出移驾的建议，也正是曹操所想。但如何能将献帝从洛阳顺利带到许县呢，关键在于刘协身边的这些将领。曹操知道这些人中杨奉的实力最强，如果杨奉出来搅局，很难实现移驾的目标。曹操把这个担心说给了董昭。董昭认为杨奉不足为虑，他建议曹操依旧使用写信的方式忽悠杨奉，对杨奉说洛阳没有粮食，所以暂时移驾鲁阳，以便许县的粮食可以顺利供应。如果杨奉同意，鲁阳和许县不过咫尺，移驾许县就不会存在任何问题了。
曹操依计而行，杨奉果然同意曹操的意见。曹操护送刘协出京师东行，走了一段时间以后，杨奉才醒悟过来，但悔之晚矣。
没过多久，刘协等到达了许县，许县就此改名“许昌”，成为了东汉王朝最后一个都城。就刘协本人来讲，对这次迁都颇感满意，因为在洛阳城中，自己和手下大臣过得实在不怎么样，到了许县，衣食无忧，一切都有了保障，也不用再担心流离失所或被罢黜杀害。
高兴之余，他下令任命曹操为大将军，封武平侯。大将军是汉朝拥有最高实权的职务，曹操得到这个封号，便成为东汉的第一重臣，曹操经过这一系列的动作，完成了“奉天子”的目标，取得了政治上的主动。