6月13日夜，美军在付出沉重代价后，终于占领了喜屋武半岛天然屏障，战斗转为逐洞争夺战。日军第二十七联队联队长金山均大佐所部百余名官兵被堵在山洞内，几次突围均被美军火焰喷射器烧得焦头烂额。绝望中，他用汽油烧毁军旗，对部下说：“过去的3个月中，各位经历了艰苦奋战，表现非常出色，在此我深表感谢。现在，我宣布部队解散，你们可自谋出路，想回国的可以一试。我决定战死这里，你们没有义务分担我的责任。”
金山均的部下不知如何是好，他们反对自谋出路。金山抽出匕首，凝视部下，再次告诫他们不要“仿效”他，然后一声不响剖腹自杀。他的副官佐藤治郎大尉举起战刀，猛地一砍，金山身首两处。
佐藤大喊一声：“天皇陛下万岁！”举枪自杀。
小禄半岛上的日军同样与美海军陆战队展开殊死战斗。太田实虽然死命抵抗，仍然难敌美军强大的攻势，节节退至山洞。这里是太田所部的野战医院，洞内躺着300名重伤员。他担心美军追杀到此，用火焰喷射器烧死这些人，于是命令军医官给所有不能行走的重伤员注射毒药，让他们没有痛苦地死去。之后，太田实自杀身亡。
美军第十集团军司令巴克纳从来没有如此兴奋，他的部队正在用手榴弹、炸药包和火焰喷射器逐洞追逐藏匿其中的日军。许多日本官兵被炸药和火焰喷射器封死在里面，痛苦地死去。他们藏身的洞穴，最终成了他们的墓穴。
美军第九十六师士兵用重机枪向日军藏身的洞穴射击
6月16日，美国原子能临时委员会在洛斯阿拉莫斯召开会议。与会者对使用原子弹仍存在很大争议，但参加会议的人们都认识到，使用原子弹是可以结束战争的，但会影响到战后世界的稳定。
后来，核物理学家西拉德联合芝加哥的63位科学家，向总统杜鲁门写了一份请愿书，要求杜鲁门不要开创原子能应用于大规模毁灭的先例。不过，大部分科学家同意使用原子弹，前提是给日本一次投降的机会，并让他们获知这种新式武器的巨大威力。当格罗夫斯征求康普顿的意见时，康普顿说：“我同意大多数人的意见。我想，只要战争仍在继续，原子弹就有使用的必要，目的是促使日本无条件投降。”
康普顿这番话，最终成了杜鲁门决定使用原子弹的重要理由。
如果美军直接由海上进攻日本，迫使日本无条件投降，必将付出巨大的代价，这也是美军使用原子弹的重要理由。除此之外，还有一个重要的原因，那就是美国想通过原子弹来遏制社会主义的苏联。围绕着管制德国和波兰问题，苏美之间的冲突非常激烈。此时，苏联按照《雅尔塔协定》，正在把军队调往亚洲，准备和日本开战。
《雅尔塔协定》中，美英牺牲中国的利益，同意苏联收回千岛群岛和库页岛，并承认苏联在满洲铁路和旅顺港享有特权。这样一来，如果由苏联出兵击败了日本，一定会使苏联在亚洲的势力进一步增强，那么欧洲发生的冲突又将会在亚洲发生。这对美国来说，无疑是不愿接受的。为了确保美国在亚洲的利益，美军无论如何要抢在苏联参战的8月8日前，尽快使用原子弹，迫使日本投降。这才是美军急于使用原子弹的真正理由。
由于以上原因，杜鲁门是不可能听从那些劝阻使用原子弹的建议。还有一种说法，在原子弹试爆成功的前一天，杜鲁门读了《珍珠港之难》，面对美军惨重的损失，杜鲁门气愤异常，他在这篇文章的许多地方用红笔画下了重重的记号，那些文字触目惊心。杜鲁门每每读到这些文字，胸中便充满了满腔怒火，他心中只有一个念头：如果日本不投降，美军必须向这个邪恶的国家投下原子弹，而且根本用不着提前发出警告。这显然是在为核击日本寻找的冠冕堂皇的借口。
美国政府使用原子弹的决心是如此坚决，自然不会因科学家的反对而改变。就这样，许多科学家试图阻止对日本使用原子弹的努力宣告失败。
6月18日，杜鲁门主持召开讨论结束远东战争的计划会议。这个计划的设想是：加强海上和空中封锁，加强对日本的空中密集轰炸；预定于1945年11月1日以76万人的总兵力进攻九州，1946年春进攻本州，1946年秋结束战争。为此，需动用500万军队。
会议讨论了是否可以通过常规武器进行封锁并击败日本。陆军总参谋长马歇尔指出，这是不可能的。纳粹德国受到那样猛烈的轰炸，一直没有停战。直到盟军攻入和占领了德国本土后才被迫停战。另外，日本的工业和德国相比较为分散，这加大了轰炸的难度，加上日本的防空力量很强，这也会给美国飞行员造成重大伤亡。
正当与会者收起文件准备离席时，杜鲁门注意到陆军部长助理麦克洛伊一直沉默不语，便让他谈谈看法。麦克洛伊征得陆军部长史汀生的同意后，说：“我确实认为还有一个选择，而且我认为这是一个值得探索的选择。除了常规进攻和登陆，我们还可以谋求其他方式结束战争。”接着，麦克洛伊谈到修改无条件投降原则和原子弹问题。他指出使用原子弹前应警告日本，这样可以使美国获得国际社会道义上的支持。
有人提出，假如警告后，原子弹没有爆炸怎么办？这对美国的声誉会产生何种影响？反对意见越来越强烈，杜鲁门请麦克洛伊对最后通牒这个问题再考虑一下。至于原子弹，当前还是不公开为好。