淸康、雍、乾三朝，比較過的有秩序承平的日子，然到乾隆中葉以後，淸室卽入衰運。
一、因帝王精神，一代不如一代。乾隆好大喜功，不如雍正之勵精圖治。雍正刻薄，不如康熙寬仁。惟以國富論，仍以乾隆為最盛。康熙六十一年，戶部庫存八百餘萬。雍正間，積至六千餘萬。自西北兩路用兵，動支大半。乾隆初，部庫不過二千四百餘萬。及新疆開闢，動帑三千餘萬，而戶庫反積存七千餘萬。及四十一年，兩金川用兵，幣帑七千餘萬，然是年詔稱庫帑仍存六千餘萬。四十六年詔，又增至七千八百萬。且普免天下錢糧四次，普免七省漕糧二次，巡幸江南六次，共計不下二萬萬兩，而五十一年之詔，仍存七千餘萬。又逾九年歸政，其數如前。康熙與乾隆，正如唐貞觀與開元、天寶也。
二、因滿族官僚，日益貪污放肆。此與前一事相因而至。滿族對中國戒備之心日懈，則其自身缺點劣性日露。乾隆晚年之和珅，為相二十年，所抄家產，珍珠手串二百餘，大珠大於御用冠頂。寶石頂數十，整塊大寶石不計數。藏金錢、衣服逾千萬。夾牆藏金二萬六千餘兩，私庫藏金六千餘兩，地窖埋銀三百餘萬兩。人謂其家財八萬萬，敵全國當時歲入十年以上。遂有「和坤跌倒，嘉慶吃飽」之謠。其時外省疆吏亦望風貪黷。滿臣伍拉納為浙閩總督，籍產得銀四十萬有奇，如意至一百餘柄。乾隆謂其「如唐元載之胡椒八百斛」。乾隆雖對貪黷時加嚴懲，然其風終不戢。
三、漢人亦志節日衰，吏治日窳。此複與前一事相因。先論中央。洪亮吉嘉慶四年疏，謂：「十餘年來，士大夫漸不顧廉恥。有尚書侍郎甘為宰相屈膝者；有大學士七卿之長，且年長以倍，而求拜門生為私人者；有交宰相之僮隸，並樂與抗禮者。太學三館，風氣之所由出，今則有昏夜乞憐，以求署祭酒者，有人前長跪以求講官者。翰林大考，國家所據以陞黜詞臣，今則有先走軍機章京之門，求認師生，以探取御製詩韻者。行賄於門闌侍衛，以求傳遞，代倩藏卷而去，制就而入者。大考如此，何以責鄉、會試之懷挾替代？士大夫之行如此，何以責小民之誇詐夤緣？輦轂之下如此，何以責四海九州之營私舞弊？」此則在嘉慶初也。曾國藩謂：「十餘年間，九卿無一人陳時政之得失，司道無一摺言地方之利弊。」此則在道光朝矣。次論地方。淸制，州、縣分選、調為二等，而督、撫又得請揀發人員到省試用。故部選之缺，扣留者常十之七、八，銓選之權移於督、撫。督、撫權愈重，州、縣包苴愈不可禁。每一缺出，鑽營得之者，輒不惜盈千累萬之賄，而墨吏日甚一日。外省鬻缺，其弊尤甚於明吏部之掣簽。洪亮吉渭：「十餘年督、撫、藩、臬之貪欺害政，比比皆是」，是也。又當時道、府官，由州、縣起家者十之二、三，由部員外擢者十之七、八。而當時司員則甚少才望。一則由滿州之廕生太易，一則由漢員之捐班太多。當時督、撫既多滿員貪黷，道、府亦少淸望，州、縣尚在府、廳、司、道之下，層層管轄，層層剝削，有志節者亦無以自保。故其時讀書稍自好者，苟非入翰林得淸願，即退為書院山長，或浮沉朗署，或寧為一教官。故乾嘉經學極盛時期之學者，仕宦率多不達。如是而望州、縣之淸廉，吏治之振飭，自不可能。章學誠論其時官場貪婪，曰：「上下相蒙，惟事婪贓瀆貨。始則蠶食，漸至鯨吞。初以千百計者，俄而非萬不交注，俄而且數萬計，俄而數十萬、數百萬計。」洪亮吉亦曰：「今日州、縣之惡，百倍於十年、二十年之前。無事則蝕糧冒餉，有時則避罪就功。」又曰：「吾未成童，侍大父及父時，見裡中有為守令者，戚友慰勉之，必代為慮曰，此缺繁，此缺簡，此缺號不易治，未聞其他。及弱冠之後，未入仕之前，二、三十年之中，風俗趨向頓改。里中有為守令者，戚友慰勉之，亦必代為慮曰，此缺出息若干，此缺應酬若干，此缺一歲可入己者若干，民生吏治，不復掛齒頰矣。然吾又嘗驗之，三十年以前，守令之拙者，滿任而歸，或罷任而返，其贏餘雖不多，然恒足以溫飽數世。今則連十舸，盈百車，所得未嘗不十倍於前，而不十年，不五年，及其身已不能支矣。」此言夫守令也。又其言吏胥，曰：「吏胥為官者百不得一。登進之途既窮，營利之念益專。世門望族，以及寒畯之室，類不屑為。其為之而不顧者，四民中之奸桀狡偽者耳。姓名一入卯簿，或呼為公人，或呼為官人。公人、官人之家，一室十餘口，皆鮮衣飽食，咸不敢忤其意，即官府亦畏之。何則？官欲侵漁其民，未有不假手於吏胥者。鄉里貧富厚薄，自一金至百金、千金之家，吏皆若燭照數計。家之入於官者十之三，入於吏胥者已十之五矣。不幸一家有事，則選其徒之壯勇有力、機械百出者，蜂擁而至，不破其家不止。今州、縣之大者，胥吏至千人，次者七、八百，至少一、二百人。大率十家之民不足以供一吏，至有千吏，則萬家之邑亦囂然矣。」此又言胥吏也。
因吏治之不振，而各省遂有所謂「虧空」。其事起於乾隆四十年以後。始則大吏食惏者利州、縣之賄賂，僨事者資州、縣之攤賠，州、縣匿其私橐，以公帑應之，離任則虧空累累。大吏既餌其資助，乃抑勒後任接收。其後循至以敢接虧空為大員，以稟揭虧空為多事。州、縣且有藉多虧挾制上司，升遷美缺。自後地方政治，遂惟有所謂「彌補」。寬則生玩，胥吏因緣為奸。急則張惶，百姓先受其累。而民事遂無問者。劉蓉渭：「天下之吏，未聞有以安民為事者，而賦斂之橫，刑罰之濫，朘民膏而殃民者，天下皆是。」則天下幾何不亂！
四、因戶口激增，民間經濟情形轉壞。乾隆十四年總計，直省人丁一萬七千七百四十九萬有奇，距康熙五十年方三十年餘，所增達七、八倍。又三十餘年，至乾隆四十八年，為二萬八千四百有三萬有奇。又十歲，五十八年，為三萬七百四十六萬。又二十歲，嘉慶十七年，為三萬六千一百六十九萬有奇。此由丁隨地起，自無滅匿之弊，或有增造以博盛世之名者。然乾嘉人口激增，自為事實。洪亮吉意言治平篇：「人未有不樂為治平之民者。然言其戶口，視三十年以前增五倍，視六十年以前增十倍，視百年、百數十年以前，不啻增二十倍。試以一家計之，高、曾之時，有屋十間，有田一頃，夫婦二人，寬然有餘。以一人生三計之，至子之世，父子四人各娶婦，即有八人。子又生孫，孫又娶婦，已不下二十餘人。又自此而曾焉、元焉，視高、曾時已不下五、六十倍，不分至十戶不止。隙地閑廛，增六倍、五倍而止矣。田與屋之數常處其不足，而戶與口之數常處其有餘。又況有兼併之家，一人據百人之屋，一戶占百戶之田，何怪乎遭風雨霜露，饑寒顛踣而死者之比比乎？」又生計篇云：「今日之畝，約凶荒計之，歲不過出一石。今時之民，約老弱計之，日不過食一升。率計一歲一人之食，約得四畝；十口之家，即須四十畝，其寬廣即古之百畝也。工、商賈所入，至少者人可餘百錢。士傭書授徒所入，日亦可得百錢。是士、工、商一歲之所入，不下四十千。聞五十年以前，吾祖、吾父之時，米升錢不過六、七，布丈錢不過三、四十。一人歲得布五丈，為錢二百；得米四石，為錢二千八百。是一人食力可以養十人。今則不然，農十倍於前而田不加增，商賈十倍於前而貨不加增，士十倍於前而傭書授徒之館不加增。且升米錢須三、四十，丈布錢須一、二百。所入愈微，所出益廣。於是士、農、工、賈，各減其值以求售；布帛、粟米，各昂其值以出市。此即終歲勤動，畢生皇皇，而自好者居然有溝壑之憂，不肖者遂至生搶奪之患矣。何況戶口旣十倍於前，遊手好閒者更數十倍於前。遇有水旱疾疫，其不能束手以待斃也明矣。」洪氏正值乾嘉盛極轉衰之際，此兩文正為指出當日由戶口激增而影響一般生活之最好例證也。
乾隆末葉，民變之事已數見不鮮。
一、乾隆三十九年王倫臨淸之亂，唱淸水教，運氣治病，教拳勇，為白蓮教之遺。
二、乾隆四十六年甘肅回叛。
三、乾隆六十年湘、桂、苗變。
四、即川、楚教匪。
尤大者為川、楚教匪，直延至嘉慶七年始平。
川、楚教匪徒党二百萬，波及燕、齊、晉、豫、秦、蜀諸省。其口號為「官逼民反」，自詭稱明裔朱姓。淸廷歷時九載，軍費至二萬萬兩，殺教徒數十萬。其兵士、鄉勇之陣亡及良民之被難者無計。淸廷僅能制勝者，惟恃鄉勇與堅壁淸野之法。陝西總督長齡云：「團練有益於今日，有大害於將來。」蓋滿族武力不足平亂，平亂者全賴民間之自力。逮民間自力一旦成長，則狹義的部族政權，再不能淩駕其上也。又按：雍正八年，鄂爾泰平西南夷烏蒙之亂，始用鄉兵。乾隆三十八年，用兵小金川，多用鄉兵。自後遂設屯練鄉兵，其餉倍於額兵。嘉慶苗事，傅鼐以鄉兵功冠諸將。川、楚之亂，文臣如四川按察使劉淸，武臣如四川提督桂涵、湖北提督羅思舉，皆鄉兵功也。洪、楊起事，湘軍始以團練衛鄉里，蓋承歷朝鄉兵之風而起。
嗣是複有浙、閩海寇，十五年定山東天理教，十八年定更互迭起。至道光末年，乃有洪、楊之大亂。
洪、楊先起，亦以「官逼民變」、「天厭滿淸」、「朱明再興」等語為號。農民騷動主因，必由於吏治之不良，再促成之於饑荒。在官逼民變的實況下，回憶到民族的舊恨，這是淸中葉以後變亂的共通現象。饑荒可以促動農民，卻不能把農民組織起來，要臨時組織農民，便常賴於宗教。
秦末東方革命，皆有貴族勢力主持，故變亂最像樣，有規模。西漢末，如光武以宗室起事，然其先綠林、赤眉等皆饑民集為草盜而已。故騷擾之時期長，社會元氣損失大，而成事不易。東漢末年始有黃巾，為民間以宗教結合起事之始。直至淸代，十之七不得不賴於宗教之號召。洪亮吉征邪教疏：「楚、蜀之民，始則惑於白蓮、天主、八卦等教，欲以祈福，繼因受地方官挾制萬端，又以黔省苗氛不靖，派及數省，賦外加賦，橫求無藝，忿不思患，欲借起事以避禍。邪教起事之由如此。」
為要在短期唱亂而臨時興起的宗教，決無好內容。這是農民革命自身一個致命傷。明太祖其先屬於韓林兒，亦以白蓮教號召，其後能完全一變為民族的立場，實為明室成事主因。
因中國疆域之廣，饑荒災歉，只能佔大地之一角。而且饑荒有其自然限制，一兩年後，情形卽變。因一時一地的饑荒而激動變亂，要想乘機擴大延長，勢必採用一種流動的恐怖政策，裹脅良民，使他們無家可安，無產可依，只有追隨著變亂的勢力；這便是所渭「流寇」。最著者如唐末之黃巢，明末之張獻忠、李自成。這一種變亂，騷擾區域愈大，虐殺愈烈，則裹脅愈多。然而到底違逆民意，依然成為其自身的又一種致命傷。元末群雄並起，則不須為流寇，此亦見元代政治之普遍黑暗。用邪教的煽惑起事，用流動的騷擾展開，這是安靜散漫的農民所以能走上長期叛變的兩條路子。可惜這兩條路子，開始便已註定農民革命的命運，使他們只能破壞，不能成功，除非中途能自己改變。
洪、楊起事的第一因，在其有一種宗教性之煽惑，而將來所以招惹各方面反對，限制其成功，而逼到失敗路上去的，便是這一種宗教。
洪、楊因地理的關係，洪秀全廣東花縣人，其先由嘉應州客民移去。開始附會採用西洋的耶教。洪秀全「天父、天兄」的造托，一面攫到廣西深山中愚民的擁戴，一面卻引起傳統的讀書人之反感。
忠王李秀成供狀謂：「天王常在深山內藏，密教世人敬拜上帝。亦有讀書明白之士子不從，從者俱是農夫寒苦之家，積歲成眾。知欲立國深遠圖者，皆東王楊秀淸、西王蕭朝貴、南王馮雲山、北王韋昌輝、翼王石達開、天官丞相秦日昌六人。除此未有人知道天王欲立江山之事。自教人拜上帝之後，數年未見動靜。至道光二十七、八年上下，廣西賊盜四起，擾亂城鎭。各居戶多有團練，與拜上帝之人，兩有分別。拜上帝人與拜上帝一夥，團練與團練一夥，各自爭氣，各自逞強，因而逼起。」
其起事既利用上帝之團結，其擴大依然是恐怖裹脅政策的效用。
李秀成供狀云：「凡是拜上帝之家，房屋俱要放火燒了。寒家無食，故而從他。鄉下之人，不知道路，行百十裡外，不悉回頭，後又有追兵。」這是農民決意叛變從事革命之眞供狀。
然而他們已與乾嘉以來屢次的變亂不同，他們能在中國近代史上留下一更重大的影響，正因他們能明白揭舉出種族革命的旗號。
太平天國二年，有奉天討胡檄，謂：「滿洲之眾不過十數萬，而我中國之眾不下五千餘萬。以五千餘萬之眾，受制十萬，亦孔之醜矣。」當時洪、楊提出種族觀念，實為制勝淸政府一個最有利之口號。又廣東有三合會，流行於南洋、珠江流域一帶。洪王告人，謂：「三合會之目的，在反淸複明。其會組織在康熙朝，目的亦可謂適當。然至今二百年，今日反淸可也，複明未見其是。吾旣恢復舊山河，不可不建立新朝。」可見民族舊恨，明淸之際已往的歷史，數百年來流傳民間，未當熄滅。惟洪、楊之起，似乎只可謂利用此種民間心理，而非純由此發動。所以雖在美、法革命之後，洪、楊諸人依然不脫以前帝王思想之舊習。他們只知援用西方耶教粗跡牢籠愚民，卻沒有根據西方民主精神來創建新基。此雖似責備洪、楊太苛，然彼輩自始即著意在憑藉宗教，並未能更注意到革新政體，這不能不說亦是他們一弱點。
他們在政制上及軍事上，亦略有規模。
洪、楊官制，王分四等，侯第五等，其次六官丞相、天、地、春、夏、秋、冬殿前檢點、殿前指揮、將軍、總制、監軍、軍帥、領一萬二千五百人，轄五師。師帥、轄五旅旅帥、轄五卒長卒長、各分領百人，轄四兩司馬兩司馬，領伍長五人，卒二十人，共二十五人。共十六等。又自檢點以下至兩司馬，皆有職司名目。其制大抵分朝內、軍中、守土三途。朝內官如掌朝、掌率、尚書、僕射、承宣、侍衛、左右史之類，名目繁多，日新月異。軍中官為總制、監軍以下。凡攻城掠地，常以國宗當指丞相以上有爵者。或丞相領軍。而練士卒，分隊伍，屯營結壘，接陣進師，皆責成軍帥。由監軍、總制上達於領兵大帥，以取決焉。守土官為郡總制，州、縣監軍，鄉軍帥、師帥、旅帥、卒長、兩司馬。凡地方獄訟錢糧，由軍帥、監軍區畫，而取成於總制，民事之重，皆得決之。自都金陵，分克府、廳、州、縣，即其地分軍，立軍帥以下各官，而統於監軍，鎭以總制。軍帥以下至兩司馬為鄉官，以其鄉人為之。軍帥兼理軍民之政，師帥以下，以次相承如軍制。又有女官、女兵。總計男、女官三十餘萬，女兵十萬。其行軍陣法有四：曰牽陣法、螃蟹陣、百鳥陣、伏地陣。又立水營，則未經訓練，不能作戰。蓋洪、楊初起，其治軍有規劃，有組織。及到達金陵，即已志驕氣盈，不能再有所改進，乃即以軍職為民司。又踞長江之險，而徒仗掠奪民船，不再精練水軍，宜其致敗也。
在政治上亦有幾點比較純樸的理想，如天朝田畝制度等是。
天朝田畝制度，分田為九等。各按家口多寡不論男女以行分田。凡天下田，男女同耕，此處不足則遷彼處。凡天下田，豐荒相通，此處荒則移彼豐處，以賑此荒處，務使天下共享天父上主皇上帝大福。有田同耕，有飯同食，有衣同穿，有錢同使。無處不均勻，無人不飽暖。凡當收成時，兩司馬督伍長除足其二十五家每人所食，可接新穀外，餘則歸國庫，凡麥、豆、麻、布、帛、雞、犬各物及銀、錢亦然。蓋天下皆是天父上主皇上帝一大家，天下人人不受私物，物歸上主，則主有所運用，處處平勻，人人飽暖矣。凡天下每一人有妻、子、女約三、四口，或五、六、七、八、九口，則出一人為兵。其餘鰥、寡、孤、獨、廢疾免役，頒國庫以養。二十五家中設國庫一，禮拜堂一，兩司馬居之。凡二十五家中所有婚娶、彌月喜事，俱用國庫。但有限式，不得多用一錢，通天下皆一式。凡二十五家中陶、冶、木、石等匠，俱用伍長及伍卒為之，農隙治事。其二十五家中童子，俱日至禮拜堂，兩司馬教讀聖書。凡禮拜日，伍長各率男、婦至禮拜堂，分別男行、女行，講聽道理，頂贊祭奠天父上主皇上帝焉。爭訟則兩造俱訴於兩司馬，不服更訴之卒長，以次達於軍帥。凡天下官民總遵十款天條，及盡忠報國者，由卑升至高，世世官爵。或違犯十款天條，及逆命令受賄弄弊者，由高貶至卑，黜為農。凡天下每歲一舉，以補諸官之缺。凡天下諸官，三歲一陞黜，以示天朝之公。保舉之法，先由伍卒之中，查其遵守條命及力農者，兩司馬申之卒長，以次經歷各上司以達於天王。
他們並禁纏足，禁買賣奴婢，禁娼妓，禁畜妾，禁吸鴉片。他們有一部分確是代表著農民素樸的要求。
然而一到南京，距離事業的成功尚遠，而內部便禁不住內訌起來。
南王馮雲山死於全州，西王蕭朝貴死於長沙。抵南京後，大權均操於東王楊秀淸，專擅甚過。北王韋昌輝、翼王石達開同謀殺秀淸。初議殺東王一人，乃北王盡殺東王統下親戚、屬員、文武、大小、男婦，盡行殺淨。翼王怒之，複殺北王。洪秀全乃專用安、福二王。安王乃秀全長兄洪仁發，福王乃秀全次兄洪仁達。自此眾情離叛，翼王一去不返。時為咸豐二年事。洪、楊之敗，已定於此時。
他們前後倡亂十五年，踞金陵十二年，蹂躪及十六省，淪陷六百餘城。然而到底沒有成事。
削平洪、楊的，並不是滿淸政府及其朝臣，洪、楊初起不過二千人，廣西一省額兵即二萬三千，又士兵一萬四千，乃不能蕩平，任其外潰。直至金陵，所過各省，無能阻者。而是另外一批讀書人和農民。
洪、楊起事以前，漢人皆不得專閫寄。「鴉片」之役，能卻敵者皆漢人，辱國者皆旗籍，然猶譴漢臣之立功者以袒旗員。西人固無意於戰，旗員以利啖之即止。太平軍則與淸不兩立，不用漢臣無可收拾。金陵旣下，曾國藩仍推官文領銜奏捷。蓋夙知朝廷意旨，不敢以漢臣自居大功也。
洪、楊的耶教宣傳，並非眞耶教。激動了一輩傳統的讀書人之反感。洪、楊的騷擾政策，惹起了一輩安居樂業的農民之敵意。曾國藩的湘軍卽由此而起。
曾國藩世世業農，以在籍母喪侍郎幫辦團練。自咸豐二年十二月始，至四年出師湖北。有討賊檄，謂：「粵匪自處於安富尊榮，而視我兩湖、三江被脅之人，曾犬豕牛馬之不若。竊外夷之緒，崇天主之教。農不能自耕以納賦，謂田皆天主之田也。商不能自賈以納息，謂貨皆天主之貨也。士不能誦孔子之經，而別有所謂耶穌之說、新約之書，乃開闢以來名教之大變。凡讀書識字者，焉能袖手坐觀，不思一為之所也。」又曰：「李自成至曲阜不犯聖廟。張獻忠至梓潼亦祭文昌。粵匪焚柳州之學官，毀宣聖之木主。所過州、縣，先毀廟宇。忠臣義士如關帝、岳王之凜凜，亦污其宮室，殘其身首。」相傳太平軍圍長沙，左宗棠謁見天王，獻攻守建國之策，並動天王棄天主耶穌，專崇儒教。天王不能用，左遂逃去，為後來削平洪、楊之重要人物。如羅澤南、彭玉麟等，皆激動於民族文化禮教之保全，以及社會民生秩序之自衛，而奮起殺賊。彼輩不私財，不受朝廷官祿，以書生督領鄉民，自衛地方，而漸次推及於近鄰，乃一躍而為削平洪、錫之惟一勢力。湘軍與粵軍即洪、楊同樣抱有一種民族觀念。粵軍的缺點，在於沒有注意到民族文化傳統勢力之重要，只圖激起革命，甚至對於傳統文化加以過分的蔑棄，一切目之為妖，而別擁偽造的天父天兄，讀聖書，做禮拜。此與滿洲入關薙髮令，一在外面，一入內裡，同樣對於眞受民族文化之薰陶者為一種難堪之損傷。但湘軍諸帥，雖自謂受有傳統文化之澆培，以保護民族文化自任，而他們對於民族大義，亦早已喪失。晚明顧亭林、王船山、黃梨洲、呂晚村諸儒之議論，早已為狹義的部族政權所摧殘而泯滅。湘軍諸帥寄託在異族政權的卵翼下來談民族文化之保存與發皇，豈異夢寐！因此一方面粵軍。只注意到民族政權之爭取，一方面湘軍。只注意在民族文化之保全。他們都不知一個民族的文化與政權之不可分離，而結果乃演出同族相殘之慘劇。
粵軍的領導人，對於本國文化，旣少瞭解，對於外來文化，亦無領略。他們的力量，一時或夠推翻滿淸政權，而不能搖撼中國社會所固有的道德信仰以及風俗習慣。這是洪、楊失敗最主要的原因。就此點論，洪、楊之天父、天兄等等愚民政策，與八卦教、天理教等，還是一鼻孔出氣。而且洪、楊最先用以愚民的旗幟，他們並未悟到早已向全民族傳統文化樹敵，而他們軍事上的實際活動，卻又並沒有一個預定的全盤計畫。
李秀成供狀云：「天王攻長沙未下，欲由益陽靠洞庭湖邊到常德，欲取湖南為家。到益陽，忽搶到民舟數千，改作順流而下。到南京後，天王與東王欲分兵鎭守江南，而取河南為業。後有一駕東王坐船之湖南水手大聲揚言，親稟東王，不可往河南。云：河南水小而無糧，敵困不能救解。今得江南，有長江之險，又有舟只萬千，南京城高水深，尚不之都，而往河南，何也？後東王複想見這老水手之言，故而未往。」據此，粵軍其先本未有直搗幽燕之計畫，只欲在湖南謀一巢穴。因得舟船之利，遂沿洞庭直下長江而到南京。其所以建都南京不北上者，亦因在長江有舟船利用，故不欲舍之北去也。但又不從此積極訓練水軍。
湘軍則雖系地方團練，而一起卽有蕩平天下之整個準備。
曾國藩在咸豐二年奉諭幫同辦理本省團練，而咸豐三年，郭嵩燾、江忠源即議用戰船肅淸江面，遂定湘軍興水師、造戰船之計畫。明年，咸豐四年，靖港戰敗，又重整水師。克武漢，順流東下。是年，水師挫於湖口，截分內湖外江，不得合併。直至咸豐七年克湖口，內湖外江水師始複合。此後湘軍所以能控制長江，直下南京者，憑水師舟船之力為大。
其用兵次第，亦始終牢守一個計畫，按步推進。
曾國藩於咸豐三年奉諭酌帶練勇馳赴湖北。嗣皖事日棘，又奉諭趕辦船隻，自洞庭駛入大江順流東下，與江忠源會戰皖賊。咸豐四年，水師挫於湖口。五年，羅澤南回援武昌。六年，羅澤南卒。七年，曾丁憂回籍。湘軍克復湖口。八年五月，曾奉諭令馳驛前往浙江辦理軍務。七月抵九江、南昌，途次奉諭，即以援浙之師，移剿閩省各匪。十月，李繼賓敗於三河鎭。十一月，又奉諭移軍赴皖，著斟酌具奏。九年是年作聖哲畫像記。六月，奉諭著即前赴四川夔州扼守。八月行抵黃州，奉諭飭緩赴川，暫駐湖北，為進剿皖省之計。十年十月，奉諭著統籌全局，保衛蘇、常。又奉諭，迅速馳往江蘇，署理兩江總督。六月，奉諭補授兩江總督，並授為欽差大臣督辦江南軍務。十一年，克復安慶。是年，胡林翼卒。十月，奉諭統轄江蘇、安徽、江西三省並浙江全省軍務。左宗棠援浙。同治元年，李鴻章赴滬。三年，克復金陵。此數年間，淸廷雖知曾國藩才力可依，然並不曾想以削平洪、楊事業全付湘軍之仔肩。忽而令之援浙，忽而令之援閩。忽而令之入川，又忽而令之赴蘇。若使曾國藩遵從淸廷意旨，必致一事無成，全域失敗而止。惟曾之意中，早有一整個討平洪、楊之腹本。因此淸廷命令，彼必宛轉因應，令其與自己計畫相應而止。其前鋒則由九江逐步推進而至安慶，其後部則由湖南逐步推進而至武漢。穩紮穩打，一面應付洪、楊，一面應付淸廷。又一面則團結共事之人才，如駱秉章、胡林翼等。直至咸豐十年，有統籌全局之旨，始稍得舒展。然當時朝意命其馳往江蘇，江、浙地方乞援者，又連翩而來。而曾之步驟，依然不變。直至同治元年，始發出浙、蘇援師。先後十三年，雖兵事利鈍，瞬息千變，而進退計畫，前後一貫。反觀洪、楊，自三王內閧以後，石達開遠行，內部即少可仗之才。李秀成、陳玉成僅為戰將，雖東西馳突，不無一逞之威，然中樞不能發蹤指示，閫外不能利害專斷，狼奔豕突，漫無把握。兩兩相較，成敗自判矣。
曾國藩雖在軍中，隱然以一身任天下之重。網羅人才，提唱風氣，注意學術文化，而幕府賓僚之盛，冠絕一時。薛福成有湘鄉幕府賓僚記
其時滿臣如賽尚阿、訥爾經額，旣先後以欽差大臣失律被譴。文慶為大學士直樞廷，屢請破除滿、漢畛域，用人不拘資地。曾國藩初以擊賊失利，謗議紛起，文慶獨主宜專任討賊。胡林翼以貴州道員留帶楚勇，以國藩薦拔，一歲間擢湖北巡撫。袁甲三督師淮上，駱秉章巡撫湖南，文慶薦其才，請勿他調。時軍事方殷，迭飭疆吏及各路統兵大臣，奏舉將才。林翼舉左宗棠，予四品京堂，襄辦國藩軍務。沈葆楨、劉蓉、張運蘭，命國藩、林翼調遣。他如塔齊布、羅澤南、李繼賓、李繼宜、彭玉麟、楊岳斌等，俱以末弁或諸生，拔自戎行。當時稱曾、胡知人善任，薦賢滿天下。曾、胡之得自由薦擢人才，實為湘軍成功又一因。
至於洪、楊，自東、北、翼三王內鬨以後，天王惟用兄弟、戚屬為親信。
李秀成供狀：「主上因東、北、翼三王弄怕，未肯信外臣，專信同姓之臣。重用者：第一、幼西王蕭省和。第二、王長兄洪仁發，王次兄洪仁達。第三、干王洪仁玕。第四、駙馬鐘姓、黃姓。第五、英王陳玉成。第六方是秀成也。」
文治制度方面，在南京十二年，可算絕沒有些微上軌道的建設。亦不能搜羅原來團體以外之人才。如錢江、王韜等，氣局遠不能與左、李、羅、彭相比擬，然粵軍並此不能用。
欲妄想以天父、天兄之欺妄深山愚民者，欺盡天下。
此層雖粵軍中將領亦各自知之。如李秀成供狀即再四提及此層，慨乎言之，謂：「主又不問國事，一味靠天，置軍務、政務於不問。」又曰：「不問軍情，一味靠天，別無多話。」又曰：「我主不問政事，只是教臣認實天情，自有升平之局。」又曰：「天王號為天父、天兄、天王之國。此是天王之計，天上有此事，瞞及世人。天王之事，俱是那天話責人，我等為其臣，不敢與駁，任其稱也。那天朝、天軍、天民、天官、天將、天兵等，皆算渠一人之兵，免我等稱為我隊之兵。稱為我隊我兵者，責曰：爾有奸心。恐人之佔其國，此實言也。何人敢稱我兵者，五馬分尸。」
如此何得不敗？
明太祖所以能成事，一因元朝不能用漢人，一因明太祖自己極開明，能用劉基、宋濂等像樣人物。洪秀全所以不成，一因淸朝尚知利用漢人，不易推倒。一因自己太昏愚，始終不脫江湖草澤意味。因此他們雖揭舉了民族革命的大旗，終因領袖人物之不夠標格而不能成功。
東南洪、楊始平，西北捻、回又熾。淸廷一無能力，依然仰賴於湘軍。
曾國藩於同治三年六月克復南京，十月，即奉諭：江寧已臻底平，即著酌帶所部，前赴皖、鄂交界，督兵剿捻。迅速前進，勿少延緩。十一月奉諭：曾國藩無庸前赴安慶，亦無須交卸督篆，仍駐金陵，妥協調度。四年五月，奉諭令至淮、徐一帶，督率水陸援軍，相機勦賊。又奉諭即前赴山東一帶，督兵勦賊。兩江總督著李鴻章暫行署理，而命曾國藩節制直、魯、豫三省。五年，曾薦李自代。六年捻平。洪、楊憑長江之險，湘軍特練水師制之。捻以騎兵馳騁，曾又定為長圍之法。自有此法，流寇亦失其作用。李以淮軍遵曾意制勝。甘、新回亂，則左宗棠平之。皆曾一系人物也。
曾、左、胡、李號稱同治中興功臣，然此等人物，僅能平亂，卻不能致治。
一因淸政府種族觀念太深，不能推誠大用。
曾、胡皆以文慶主持於內，始得稍有展布。胡林翼為湖北巡撫，委曲交歡於湖廣總督官文，始克盡其為湘軍後方之職責。咸豐遺詔：「無論何人，克南京封郡王」，而曾國藩僅得封一等勇毅侯，曾國荃、李鴻章、左宗棠皆為一等伯。南京於同治三年六月克復，十月即命曾國藩離守勦捻。此後曾即往返於兩江、直隸兩督任，未得為中央官。淸廷曾諭國藩保薦督、撫大員，國藩引嫌，謂：「宜防外重內輕之漸，兼杜植私樹黨之端。」洪、楊平，即亟亟謀遣散湘軍，以淮軍自代。曾、胡皆善處當時之變局，以自成其所欲達之目的。
二則因胡旣早卒，曾、左諸人皆馳驅軍旅，效命疆場，未得為中央大吏，於朝政少可獻替。
曾氏同治元年五月七日日記，詳論洋務，謂：「欲求自強之道，總以修政事、求賢才為急務，以學作炸礮、學造輪舟等具為下手工夫」云云。知曾氏並非專知有兵事，不知有民政者。曾氏對當時朝政極抱不滿，然方其在翰院為部臣時，尚敢稍為論列；其後出外操握軍權，因種種牽掣顧慮，對朝政即嘿不發言，一意以平亂為主。逮平亂以後，畏讒避謗，急流勇退。遣散湘軍，以淮軍代之。平捻之任，交付與李鴻章。如江南製造局、譯學館及派遣留學生等，只就疆吏可辦者辦之，於朝政綱領，更無獻替。其幕府賓僚，亦極少為淸廷重用者。
因此軍事上雖足平亂，而吏治官方，依然腐敗。釀亂之源，依然存在。只為社會元氣大損，一時再鼓不起亂來。
急病不死，變成慢病。而其病已成絕症，不可救藥。