战国儒学分孟荀两大派。孟派法先王，荀派法后王。秦嬴政时代，两派冲突非常激烈，丞相李斯是荀子门人，最能迎合嬴政的意旨，创立许多新制度。可是孟派儒者，混杂阴阳五行家的迷信，方士（方士自称有长生不死的秘方和奇药）的神仙，也很得嬴政的尊宠。始皇三十四年，李斯借儒生是古非今的罪名，劝嬴政烧毁民间藏书。第二年活埋儒生460余人（孟派），孟派大受打击。做博士官的大抵是荀派传经之儒，幸存的孟派，再不敢议论政治。
西汉刘彻以前，统治者知道要巩固政权，必需使人民有休养生息的机会，所以采取黄老刑名的学说，用权术严刑驾驭官吏，使不敢过分作恶，儒学虽立博士，却并不重视。当时著名儒生，有的兼阴阳五行（如贾谊），有的兼黄老刑名（如晁错），没有纯粹的儒学。刘彻初年，罢斥诸子百家，独尊儒学。这是因为统治者喜欢阴阳五行家的运命论，又喜欢黄老刑名家的专制术，同时更喜欢儒家的三纲五伦说。原来的儒家，没有充分发挥前面那两种学说，等到贾谊、晁错，居然融会贯通起来，适合朝廷的需要，因此，刘彻很慷慨地提高儒家独尊的地位。被称为汉朝唯一大儒的董仲舒，尽量发展这些学说，而且归纳到《春秋公羊传》一部书里面，使儒家独尊的地位愈加巩固。议政断狱，《公羊传》都能够对付。
刘彻时代国力发展到最高点，他想制礼作乐，粉饰太平，又想发扬兵威，满足本人侵略的野心，于是儒家尤其是公羊家大受宠用。武帝征伐匈奴，藉口匈奴曾经侮辱过刘邦和吕雉，公羊家说，国君应该报九代甚至一百代祖宗的怨仇。武帝征伐其他蛮夷，公羊家说，春秋主张大一统，什么外国都应该来归附。武帝对臣下严刑杀罚，公羊家说，春秋诛心，心里犯罪的就该杀罚。凡是皇帝要做的事，全合于春秋的道理，法先王也就法了后王。公羊家把孟荀两派统一了，同时儒道刑名也统一了。
刘奭时代政治腐败，君权衰落，儒家也恢复柔懦庸碌的作风，公羊家被诗家（据说诗家是温柔敦厚的）代替了。儒学排斥黄老刑名的成分，尽量扩大阴阳五行，孔子俨然成为巫师，儒经与纬候（大体是怪异迷信等事，假托孔子所传）图谶（预言）并行。西汉末年，纬候有81篇，图谶有十余家，比原始的阴阳五行学，更荒谬得多。王莽篡汉，谶纬曾是重要工具之一。汉朝利用儒学巩固政权，结果儒学腐化了它，并且促成它的溃灭。
西汉人写经用当时通行的隶字，称为今文经。王莽为迎合一般人复古的心理，提倡用篆字写的旧本经书，称为古文经。从此儒经有古文今文的对立。古文经西汉很少流传，容易附会和修改，又不讲谶纬，可以争取一部分反对谶纬者的信仰。王莽运用复古迷信两个工具，完成篡位的事业。
东汉刘秀崇尚谶纬，强迫臣下不许怀疑，用人行政，都是依据谶纬的预言。统治者要证明自己受天命做皇帝，这确是最好的方法。古文经专讲训诂制度，与当前政治隔离很远，所以也得到朝廷的赞助。今文经在东汉，完全处于劣势，不为朝野所重视。东汉末年，郑玄融合古文今文谶纬为一体，号称郑学。既不谈思想，也不谈政治，只是一种烦琐的训诂学，在大混乱的时代，郑学正适合儒家明哲保身的传统习惯，因此流传很广，而且很久。
从汉末经三国到六朝，思想界被道家、佛教占领了，政治界被刑名家、清谈家占领了。西晋末年，五胡侵入，两汉博士传授的经说，随着政治崩溃而灭绝了。南北朝儒生讲经，主要的是郑学，因为南北朝讲究丧服，郑玄注三礼（《仪礼》《周礼》《礼记》）最称精密，讲丧服不能不依据郑学。
南北朝尤其是南朝，盛行士族制度，贵族要表明自己门第的清高，必需严格辨别亲疏尊卑的等次，因此丧服学，比汉儒讲得更精密。
道家、佛教的发达，刺激了儒家，一部分儒者也曾在思想上参加了斗争。不过统治阶级感觉到利用佛教效力更大，所以儒家无法挽救它的衰落。
李耳创立的学派，叫做道家。道家不信鬼神，反对前知，专讲“人君南面之术”，就是讲君主怎样统治臣属的方法，丝毫没有宗教的意味。
燕齐是滨海的国家，有所谓“迂怪之士”，大概受沧海渺茫、蜃楼变化的影响，幻想海中有神山，山上有与天地同寿的仙人。他们讲的是不死药、黄金方、房中术，利用富贵人贪财、好色、怕死的弱点，大言诱骗，丝毫没有学理的根据。这种人叫做方士、术士或神仙家。燕昭王、秦始皇、汉文帝、武帝都上过大当。
方士曾与儒家合流，战国时齐有掘药的老儒，秦始皇求仙，博士做仙真人诗。西汉盛行阴阳五行化的儒学，著名儒者董仲舒会作法求晴雨，刘向依淮南枕中鸿宝（淮南王刘安著）炼黄金。东汉崇尚谶纬，方士儒生更无甚分别。《后汉书》方术传所载方术士，很多就是儒生。又方士魏伯阳附会《易经》做书叫《参同契》，专讲炼丹的秘法，儒者张衡做《同声歌》，认男女按图淫戏是仙术。可是因为古文经学在东汉发展起来，儒与方士不能不逐渐分离。
墨子主张有鬼神，方士造墨子《枕中五行记》五卷，可是墨学在汉朝早经灭绝，所以不能多作附会。老子《道德经》里有许多恍恍惚惚、似懂非懂的话，如“玄之又玄，众妙之门”；“谷神不死，是谓玄牝”；“善摄生者，陆行不遇兕虎，入军不被甲兵……以其无死也”；“深根固柢，长生久视之道”，给方士穿凿附会最好的资料。因此方士确定黄帝、老子是神仙。东汉浮屠（佛）黄老并祭，黄老从道家被拉到道教去当祖师。道士的名称，也从东汉开始。
佛教传入中国，带来很多经典神话和宗教仪式。魏晋时代，方士模仿佛教，把天堂地狱，因果报应一类骗人法宝，悉数偷来，造出一大堆所谓道经的东西。佛教还算有整套的唯心派哲学，道教却只是浅薄鄙陋、支离矛盾的连篇梦话。
道教偷佛教的法宝，又对佛教争夺宗教地位。魏晋称佛教徒为道人，道教徒为道士，佛道俨然对立。道士王浮作《老子化胡经》，说老子到维卫国，入清妙夫人口中，后破左腋，产生释迦。道士顾欢作《夷夏论》，张融作《门论》《三破论》，说佛教礼拜是狐蹲狗踞，剃光头是受髡刑，不娶妻是绝恶种。佛教徒也大造谣言，说释迦比老子更尊贵。两方丑恶，互相揭发，完全说明一切宗教，无非是自欺欺人的可耻伎俩。
道教集中国传统的鬼神迷信贪污淫秽一切黑暗卑劣思想的大成，再加佛教虚幻妄诞的骗人新法，造成中国独有的宗教。所谓长生不死，白日飞升，妻妾甚至鸡狗都跟着上天，很能满足富贵人的愿望。所谓呼风唤雨，捉鬼驱妖，避灾免祸，制造黄金白银，使用不尽，很能满足贫贱人的愿望。所以道教虽说一无可取，社会基础，却很稳固。
历史上农民起义，往往借道教作号召。因为道教自称能算天命，画符持咒，役使鬼兵、神将，又有避免死伤的法术，容易鼓起农民的胆量。不过这种队伍掠夺金银妇女是不能禁止的，一遇强敌，必然溃散。
东汉儒生乔装极端虚伪的礼教，统治阶级也腐败到不堪的地步。三国时代曹操、诸葛亮改用黄老刑名治国，重儒旧习因而转变。魏国王弼、何晏提倡老子庄周的学说，接着嵇康、阮籍更标榜放荡自然，大胆破坏礼教，造成清谈家的新道家（尊老庄）。嵇康斥六经是秽物，读经是鬼话。阮籍斥礼教之士，是破裤里的虱子。嵇、阮在思想上给儒家很大的打击。此后清谈盛行，老庄成为贵族享乐的玩具。到东晋末年，道佛二教冲突转剧，清谈家逐渐消灭。
秦始皇二十六年，临洮（甘肃岷县）发现12个穿外国衣服的大人（据说身长五丈，足长六尺）。三十三年，禁“不得祠”。“不得”大概是浮屠的译音。也许始皇时，印度佛教徒已到中国西部传教。
汉武帝通西域，佛教可能流传过来。东汉初，楚王刘英祭祀黄老、浮屠。明帝永平八年赐楚王诏书，有“伊蒲塞”“桑门”等译名。朝廷不以祭浮屠为疑怪，而且称它为仁祠，可见当时早有传教的胡僧，为统治阶级所默认。
相传汉明帝梦见丈六金人，头上发光，飞行殿廷，醒后派人去印度求经，中国开始有佛教。又传西汉刘向做《列仙传》，称佛为黄面夫子，神仙146人，其中74人见于佛书。这都是僧徒伪造证据，抬高自己的地位，不可信。
西晋以前，传教全是胡僧，中国人很少出家做僧尼。胡僧言语隔阂，译出经典，文义僻涩，不为士大夫所尊信。清谈家讲论名理，不出老庄的范围，文学家著作，也从不着佛学的形迹。东晋清谈家大抵兼通佛经，文学家喜用佛经语，中国名僧如支遁、释道安、释慧远等人，阐扬教义，声望很高。鸠摩罗什精通汉文，翻译经典，一变以前体制，佛经才广泛流传。佛教到东晋开始发展，梁武帝时代，发展达最高点。南北朝三百年，佛教在精神界占了统治的地位。
一个外来宗教，何故这样繁荣呢？
西晋统治阶级生活极端腐化，表面清谈放旷，不屑尘俗，实际穷奢极欲，怠惰贪鄙，无恶不作。终于五胡侵入，政权崩溃，一部分逃窜南方，回想昔日洛下（西晋都洛阳）盛况，感受深刻的痛苦，需要更有效的麻醉剂来解脱烦恼，佛法谈无常、苦、空、无我四大原则，无疑地应该是当选了。侵入中原的五胡，本是野蛮被压迫民族，文化方面，一无所有，又是佛教乘虚而入的好机会。北朝两次灭佛兴道，南朝始终尊信佛教，说明在失败柔弱的社会里，佛教应该有更巩固的基础。
佛教讲不杀、不盗、不淫、不欺骗、不饮酒，称为五戒。又不犯杀、盗、淫、妒忌、忿恨、愚痴、谎话、巧辩、挑拨、恶骂，称为十善。违犯或奉行五戒十善，依轻重受天堂、人类、畜生、饿鬼、地狱五种报应。心中起一恶念，就得恶报，所以必需慎独防微，不让恶念发生。菩萨的本领，忍辱最是伟大，学做菩萨，对任何辱骂、毒打、虐待，不该计较。人生富贵贫贱，都是宿缘运命，好比春夏秋冬，不能拒它不来，也不能留它不去，所以应该一心听命。人的精神永久存在，肉体暂生就坏，精神偶寓在躯壳里，好比人住客店，只要修炼精神，死后自有更好的住处。一般人民受尽现实的痛苦，容易接受来生享福的幻想，因此佛教在下层社会也广泛流传起来。这一套骗人到死的理论，统治阶级哪得不大欢喜？提倡佛教，比设立无数监狱，豢养无数暗探，更有效果，怪不得梁武帝说孔子、老子是佛的学生。
佛教极重布施，说有无限福德，至少死后免做饿鬼。这样，寺院获得很大布施，僧徒可以饮美酒，吃肥肉，养妻子，做卖买（见牟融《理惑论》、梁武帝《请诸律师断酒肉》）文，过快乐生活。僧徒有钱建筑大厦，雕刻佛像，一部分财物间接周转到穷苦工人，大寺院还养活着若干穷读书人，教他们写文章赞扬佛法，无意中替统治者减弱革命的发动。
佛教不仅在思想上发生极大影响，文学方面传来调平仄的方法，经过六朝文人的研究、运用，骈文转成四六，古赋转成律赋，古诗转成律诗，再转为宋词、元曲，如果没有平仄，就不会有唐以后的文学。其他如理学、音韵学、印刷术，以及雕刻、建筑、音乐等类，都与佛教有密切关系。佛教是中国文化重要的构成部分。
西汉刘询以前，儒道并用。刘恒、刘启时代道家较占优势；刘彻、刘奭时代儒家较占优势。从刘奭到东汉末年，儒家战胜道家，独掌学术界的霸权。儒家本身也就腐败庸俗到不堪的地步。
三国魏晋，道家复兴。王弼、何晏尊道而不攻击儒，到嵇康、阮籍才猛烈攻击儒学。道家独霸思想界，清谈成为时代的特产，权术的黄老化为放荡的老庄，方士的神仙，也混合在道家里面，道家包含清谈和神仙两派了。东晋时代，两派各自发展。神仙派转成道教，联合儒家攻击佛教，清谈派取佛理作谈助，逐渐被佛教融化而归于消灭。
宋齐时代道佛冲突，各造伪书，互相责骂。佛徒作伪技术较巧，战败道士。在北朝，道士得儒生的援助，两次打击佛教。道士寇谦之自称天师，魏拓跋焘及儒者崔浩很信他，终于大杀僧徒，得了第一次的胜利（446年）。北周宇文邕重道尊儒，勒令僧尼还俗，设立通道观，选僧徒学道教。这是第二次胜利（574年）。不过两次都是暂时的胜利，因为道教的骗人术，到底比佛教差些。
在南朝，统治阶级很聪明地运用佛儒两个工具，不重道教。梁萧衍时，佛教极盛，儒者范缜提出一篇《神灭论》，引起佛儒的冲突，理论上范缜战胜了。
佛教说人死精神不灭，精神永远存在，肉体（物质）随时生灭。范缜针对着佛教这个基本观点，提出恰恰相反的神灭论，证明物质是实在的，精神是附生的。设为问答三十余条，大旨如下：
一、精神是肉体（物质）的作用，肉体是精神的本质。肉体存在，精神也得存在；肉体死灭，精神也就消失。好比一把刀，精神是犀利，肉体是刀口，没有刀口，就不会有犀利。所以没有肉体，也就不会有精神。
二、物质有多样的种类。譬如木是无知的物质，人是有知的物质。人死了，身体变成像无知的木质，因之死人也就像木质的无知。
三、物质变化有一定的规律。譬如树木，先是活树，后是枯木，枯木决不能又变活树。犹之活人要死亡，而死人决不能再变活人。
四、心脏（那时候不知道脑的作用）是思想的器具。心脏有病，思想就错误，可知精神是物质（心）的产品。
五、鬼神是没有的。古人祭祀祖宗，只是教人孝悌，不是说真有鬼神来饮食。妖怪也是没有的，古书记怪事，不可凭信。佛教说人死变鬼，鬼又变人，是毫无证据的谎话。
范缜在《神灭论》结论上说，富贵人不惜竭财破产布施富僧，对贫穷人丝毫不想救济。因为布施富僧有升天的希望，救济穷人得不到一些报酬。国家贫弱，人民困苦，都是相信精神不灭的缘故。归根到底，只有耕田吃饭，养蚕穿衣，才是人生真实的事实。
《神灭论》发表以后，引起统治阶级几乎全体的反对。他的表弟萧琛，贵官沈约、曹思文，都做了《难神灭论》，僧徒认为是最好的文章，选录在《弘明集》里。可是他们立论非常支离空虚，只能拿些书本上写的鬼神来证明鬼神，究竟神鬼在哪里，谁也不能答复一个字。范缜当时自称“辩摧众口，日服千人”，确是事实。因为站在真理方面，不怕任何反驳，离开真理的反驳，又必然只有失败的前途。
如火如荼的论战，使佛教濒于危机了！朝廷用大官诱范缜，又被严厉拒绝了！萧衍只好凭他皇帝的威权，下一道敕书禁止范缜发言。僧徒释法云奉敕书作救命法宝，普遍送给王公朝贵们看。王公朝贵们给法云回信的凡62人，没有一人能说些真实理由，只是空骂范缜一顿，总算把危机渡过了。
简短的结论
战国时代，儒虽称显学，在政治实未尝得势，秦嬴政立博士70人，其中有占梦博士，儒学博士与方士杂技并列，卑微可知。
汉初重黄老，但立博士限于儒经（老子立博士，不久即废），形式上儒家地位提高了。武帝罢黜百家，独尊儒学，地位又提高一步。刘奭以后，儒在实际上真正独占了学术界全部。
从汉朝起，历年二千，儒学成为中国文化的基干。其间或兴或衰，却没有一个学派或宗教，能夺取它的正统地位。严格拥护封建社会的等级制度，是不败的原因之一。能吸收敌对学派或宗教的某些特长，来充实自己，使适合统治阶级的需要，是不败的原因之二。
阴阳五行和黄老刑名，被儒家同时吸收。等到一定时机，儒家排除黄老刑名，尽量发展阴阳五行。阴阳五行被人烦厌，它又转变为专讲训诂名物、典章制度的古文经学，退出思想界，静观新兴老庄学派的发展。这是两汉儒学的一般状况。
魏晋以来，老庄极盛，儒学又吸取老庄简易清通的方法，来讲经学，讲经称为南学。北方儒者保守汉儒烦琐支离的旧风，称为北学。南学是古文经学摆脱阴阳五行，战胜今文经学，又战胜北学，建立唐朝经学的基础。这是魏晋南北朝儒学的一般状况。
南北朝儒道佛鼎立，道佛斗争，儒守中立。两教都引儒自重，不敢向儒进攻。同时儒学又吸收道佛，经过唐朝，成立宋朝的理学（亦称宋学）。宋学战胜汉学，又战胜道佛。
夺取敌人的主要武器，来战胜敌人，放弃旧的儒学，建设新的儒学，是儒家传统的本领，也就是永远被封建统治阶级提倡尊重的主要原因。