武则天晚年的政策调整最大的两点：一是结束恐怖政策，一是向李唐回归，选定自己的儿子作为武周的继承人。
武承嗣自垂拱年号确立以来，就有一种野心，想做皇帝。在他看来，武则天称帝以后，武氏王朝的下一个皇帝，理应是他。要当皇帝，首要的一着，便是先成为储君。但储君是“皇嗣”李旦，这在武周帝国刚建立时便已经确定了，倒储意味着废掉乃至除去李旦等人。武氏家族第二号人物是武三思，也具有同样的野心。只是因为他的地位低于武承嗣，他不能越过武承嗣，所以他不想过早地把野心暴露出来。他对于武承嗣的所作所为，全力支持。
但从史书记载中，很难发现诸武子弟才能的过人之处，即便是较为活跃的武承嗣、武三思也属平庸之辈。但武则天对他们屡屡委以重任，武承嗣、武三思等人甚至被任命为宰相。在建立周朝后命相之时，武则天曾公开表示：宰相的班子里必须留出一个席位给武氏宗亲或武则天的娘家人。
李唐宗室起兵失败后，武则天在政治上的盟友，也日益向势力日增的武氏一族倾斜。在发动大规模的军事行动时，武则天常委任武氏子弟为统帅前去讨伐。万岁通天元年（公元696年），营州契丹起兵反周。武则天先后派武三思、武攸宜前去讨伐。可惜武攸宜才非所望，“师无功还”，但仍拜为左羽林大将军。就是这样一位才能平庸之辈，竟然在武则天当政期间“总禁兵前后十年”。第二年，另一位武氏子弟武懿宗受命讨伐契丹，赵州百姓因为武懿宗的懦弱无能而遭生灵涂炭。可见，武则天重用诸武绝非是因为他们才能相当，而是看重诸武对她的忠心不贰，利用他们来监督牵制文武百官。
天授二年（公元691年），武承嗣发动了第一轮夺储斗争。他用的是群众请愿的方式。这是在效仿武则天建立武周帝国之前，策动民众到宫门请愿劝进的方式。但武则天当时的形式是水到渠成，大量准备工作已做到了前面，人心已被震慑住了，而此时的武承嗣还不具备和平过渡的条件，武则天的威势他还不能全部借到。武承嗣策动一个叫王庆之的洛阳百姓出头，率领数百人上表。但是，这个行动首先受到宰相岑长倩的反对。
岑长倩是贞观宰相岑文本之侄。他在高宗朝末年，便已官至兵部侍郎，同中书门下平章事。天授元年（公元690年）一月，武承嗣任文昌左相，他则任文昌右相，被赐姓武氏。岑长倩愿意接受武则天为皇帝，可以接受武周帝国、但不愿接受武承嗣为太子。和岑长倩持一致反对态度的还有地官（户部）尚书格辅元与通判纳言欧阳通。
上表活动遇到了巨大的阻力，武承嗣便与来俊臣结成武来联盟。来俊臣的目标首先是岑长倩。岑长倩被调为武威道行军大总管，西征吐蕃。这样，就把他从中枢调离了。岑长倩在西征的半路上，突然被捕，押回洛阳，下诏狱，罪名是谋反。以岑长倩下狱为突破口，来俊臣又把欧阳通及格辅元等数十人都诬为谋反之罪下狱。十月，岑、格、欧阳等人均被杀。
长寿元年（公元692年）一月，武来联盟又采取了第二次行动。第二次行动的对象，是七位素负声誉的大臣。其中三人是宰相：任知古、狄仁杰、裴行本，其余四人是卢献、崔宣礼、魏元忠和李嗣贞。来俊臣控告这7人犯了谋反大罪。经过狄仁杰、魏元忠和乐思晦儿子的斗争，武则天决定从宽处理这两案。她对公卿大臣说：“古人说以杀止杀，我今天要以恩止杀，给他们七人一条生路，都授个官职，以观后效。”自公元686年恐怖政策推行以来，武则天从来没有使用过这样温和的语气。
这次大狱虽然因为狄仁杰等人的机智斗争，七大臣部分保全了性命，也让武则天知道来俊臣等的刑讯逼供，但这一切其实都是在武则天总的指导思想下发生的，她还是为武来张目，把狄仁杰等人远贬。此时的武来集团如日中天。
俗话说，盈不可久。武来势力大张的时候就是要被武则天压制的时候了。就在长寿元年，岑、格、欧阳三宰相既死，武来联盟再次提出立武承嗣废李旦的要求。武承嗣不敢当面向武则天提出，仍然指使平头百姓王庆之出面。但这时，李派的中坚李昭德出来了。所谓李派，是指也拥护武则天和武周帝国，但要求李唐的子孙继承皇位。李昭德当时正作为武则天的私人心腹受宠，任凤阁（中书省）侍郎。王庆之把武则天缠烦了，她叫李昭德把他拉出去打屁股。
李昭德把王庆之带到光政门外，那儿站立着大群的官员，另一边还聚集着王庆之的那些党羽。大家都在等候来自宫内的消息。李昭德等出来后，指着王庆之对朝士说：“这个坏家伙要求废掉我们的皇嗣，立武承嗣为太子，你们给我打。”于是一顿暴雨般的拳脚过后，王庆之耳目流血，顿时死于非命。他那数百名党羽，立刻作鸟兽散了。
李昭德的活动，并没有到此为止。他借着这个机会，与武则天有过一次秘密谈话。公元692年夏天，李昭德对武则天说：“武承嗣是陛下的侄子，又是亲王，就不宜再把持中枢机要了。”武则天不以为然地说：“承嗣是我的侄儿，所以我才委以心腹之任。”李昭德又说：“自古以来，帝王家父子之间还有篡权夺位的事，更何况姑侄了，怎么能把大权托付给他呢？他如果趁机生变，您的宝座还想太平吗？”武则天听了这话，如梦惊醒，说：“这是我原来没想过的。”武则天像被人点到痛穴一样，清醒了过来。她很快采取了措施。长寿元年八月，武承嗣被罢相，武攸宁从门下省长官纳言被罢为冬官尚书。与此同时，武则天换了几个新宰相：司宾卿崔神基、秋官侍郎崔元综、夏官侍郎李昭德、检校天官侍郎姚王寿、检校地官侍郎李元素。
武承嗣等人受此挫折，在武则天面前也毁谤李昭德。武则天说：“这事你就不用说了，朕任用李昭德，才能睡得着觉，心里安稳，我这是让他替我分忧代劳。”这样，武派权势过盛的局面得到了控制，李派在武则天的扶植下有所恢复。
长寿元年（公元692年）后，李派开始对武派进行攻击，首先从言论上开始了一轮批判酷吏政治的潮流。侍御史周矩、右补阙朱敬纷纷进言。周矩提出：“臣暗地听众人议论，都说现天下太平，何苦要反呢！何况这些被诬告的人哪里尽是英雄豪杰，个个想当帝王呢？不过是怕苦刑而自己诬诏罢了。现在满朝官员都忐忑不安，怕陛下早上与他们还是亲密无间的，到晚上就变成了仇人，性命不保。满朝都是陛下的仇人，陛下处于极端孤立的地位！”周矩把这样一个问题摆在武则天面前：你究竟依靠谁？是依靠酷吏，落得众叛亲离的下场，还是把权力从酷吏手中收回，依靠文武臣僚治理天下？朱敬则认为，武则天过去用严刑和威严来排除对她称皇的异议，今天既已革命，众心已定，应该省刑罚、崇尚宽简。否则，过去好的策略在今天就变成了坏东西。
这些人的话都说得很中肯，武则天动了心，开始对酷吏加以限制，并整肃告密者。她派监察御史严善思对告密者进行审讯。严善思公正直率，荣命追查，竟查出850多个告密者，其所告内容大多出于虚构。因此对这些人予以严惩。这些告密者其实大多是武承嗣、来俊臣等人的徒众党羽，专以告密为能事。罗织之党受到挫折，他们对严善思加以报复，终使他坐罪流放远州。武则天很快察觉他是被冤枉的，又召他回朝廷。从此，告密之风也一蹶不振，制狱也逐步衰退，刑罚稍宽。不久，来俊臣因犯贪赃罪被贬为同州参军。酷吏王弘义也因罪被流放琼州。侯思止也因违反了禁止民间藏锦的法令被李昭德察觉，武则天下令将他杖杀于朝堂。
与此同时，武则天还对司刑平恕公道的官员加以保护和任用。徐有功是最有名的李派法官。他初任蒲州司法参军。徐有功以用法宽恕，敢直接与武则天争辩。徐有功于载初元年（公元690年）武则天称帝前夕被提拔为司刑（大理）丞。在任期间，他多次顶住酷吏的嚣张气焰，将被关押到大理寺狱中的数十近百家无辜之人营救出来。尽管由于他多次与武则天就定罪量刑的问题在殿廷上发生争论，甚至激怒了武则天，但他的职位却不离司法系统，后任为刑部员外郎和刑部郎中。
随着李派势力的逐渐恢复和发展，武则天又不放心了，反过来扶植武派。延载元年（公元694年），来俊臣又坐赃，九月，贬同州参军事。虽然由正四品下贬至从七品上，但同州是紧挨首都的地方。来俊臣的罪行，肯定要比侯思止、王弘义的严重，按理早就该下狱当死了，却一再得到宽大的待遇！要杀来俊臣，罪名俯拾即是，但她舍不得杀，留下他还有用处。果然，万岁通天元年（公元696年），来俊臣东山再起，他帮武则天再次对李唐派势力加以打击。
来俊臣得以东山再起的原因，主要是武则天对李唐余孽的忧虑，凑巧又因为公元696年与公元697年之际发生了一起谋逆案。那起谋逆案是刘思礼一綦连耀谋逆案。公元697年，一个与名门望族有关系的刺史刘思礼被一个术士的夸夸其谈的预言所惑，组织了一次夺取皇位的阴谋。长社人张憬藏是一个著名的术士，他曾给许多人物相命，刘思礼曾从他那里学过相命。他预言，刘思礼以后将飞黄腾达，位至太师。刘思礼认为，太师是人臣之极，绝不是通过一般途径可以爬得上去的。于是他起了谋逆的想法。他企图拥立洛州录事参军綦连耀做皇帝。他认为綦连耀身上有龙气。他吸收了一批京师官员。其中值得一提的是还有个天官（吏部）侍郎。这就更刺激了人们的幻想。但在他们行动前，此事泄露。告发的人是来俊臣。正全力关注于契丹威胁的武则天已不能容忍，便让来俊臣去对付这些密谋者。正好来俊臣一直在等待这一机会，于是大搞扩大化，株连无辜。受害者约有36家，都是海内名士，全被族诛，亲党连坐流窜的达千余人。朝廷又被猜疑和恐惧的气氛所笼罩。
李、武两派就在这种拉锯战中不断斗争着，而武则天则是平衡这两股力量的那只制衡的手。直到武则天感到自己年岁渐老，她才确定了还李归唐的政策。
武则天的政策转变是一个长期的过程。在这个过程中，她逐渐由威酷变得宽仁，这一方面是人老以后，性格渐趋内敛；更重要的是她和平过渡的大方针已定，不愿再为轻易杀戮，而引发人心的动荡。
残忍疑忌是前期武则天的主要心态特征之一。但武则天称帝之后，不免也有所反省。这种反省，使武则天渐渐显得仁慈起来了。当然对臣民的疑忌依然不能消除，所以她表现出了矛盾的心境，时而残忍，继续推行恐怖政策；时而担心刻薄有余，延揽人心不足，于是多施仁政，颇为仁慈。逐渐地，仁慈之心战胜了残酷之心，成为她晚年心境的主导方面。
长寿二年（公元693年），李旦王妃窦氏之母庞氏被家奴密告，武则天令给事中薛季昶查按。薛季昶将庞氏定为死罪，徐有功却认为庞氏无罪。薛季昶于是奏徐有功袒护逆党，请交法官论罪，竟判处徐有功绞刑。徐有功得知这一判决后，叹息道：“难道只我一人要死，别人就永远不死吗？”说罢从从容容地吃了饭，拿一把扇子遮住脸，躺在椅子上睡了。这是个不同寻常的夜晚，大概武则天也对徐有功的态度产生了好奇，认为他表面上装得刚强而坦然，内心必定忧惧，就派了个人秘密地窥视他。窥视者去的时候，发现徐有功已经睡熟了。第二天早晨，武则天召见徐有功，问道：“你近来处理案件，为什么总是失之于宽？”徐有功答道：“失之于宽，不过是人臣的小过，好生恶杀，才是陛下的大德啊！”武则天听了，沉默良久，下令免除庞氏的死刑。这些都是武则天反省的表现。
武则天晚年对嗜杀的反省，并不是突然出现的，而是与周围环境作用的结果有关系的。总的说来，武则天心境如何，与她所接近的人有些关系。而佛教特别是禅宗在其中起着一定的作用。当她与薛怀义等奸僧接近时，她嗜杀之念较强；当她与神秀、义净等高僧接近时，她嗜杀之心减弱。近朱者赤，近墨者黑。
这种宽仁谨慎的态度还表现在她纳谏上。公元698年以后，武则天接受谏议的事例比以前多了。
武则天迷信佛教，晚年尤甚，却容许某些反佛教言论的存在。例如狄仁杰，就曾提出过极为尖锐的反佛言论。公元700年四月，有个西域僧人邀请武则天到所在寺庙去观看埋葬舍利，车驾已行至半途，被狄仁杰所拦阻。狄仁杰列举了许多不能去的理由，其中的一条是：佛为夷狄之神，不足让天下之主屈尊去拜他。这种强烈的反佛观点，在武周时仅见狄仁杰此例。武周帝国的支柱之一是佛教，从黑河女主说到弥勒转生说，或者以佛教经典，或以杜撰疏注的方式，论证武周帝国是神意志的产物，佛的地位在“天下之主”之上。现在，狄仁杰指斥佛为“夷狄之神”，其地位在武皇之下，真是大胆！但是武则天却以宽容的态度对待狄仁杰的指责，而且接受了狄仁杰的意见，打道回宫。武则天给自己一个台阶，说这么做是为了培植臣下的凛然正气。
武则天此时的宽仁谨慎还表现在用人方面。在恐怖时期，她也注意搜括人才。那时，她采用的是放手招官的方式。对于通过这种方式当官的人，她不甚爱惜，常常将他们随意杀掉。但在晚年，她对“求贤”采取了慎重态度。一些为武则天所信任的大臣，都有推荐人才的权利。特别是几个著名的大臣，如狄仁杰、陆元方、朱敬则、魏元忠等。他们推荐上来的大臣多被重用，很少被随意杀掉。
结束了恐怖政治的武周帝国，这时能够集中一定的力量，收揽更多的人才来对付严重的外患。负责指挥反击突厥的将领有魏元忠、姚元之、薛季昶、薛讷等，都是一时的人选。他们虽不能彻底消除边患，消灭默啜的势力，但能持重自守，保持与默啜对峙的局面。边境上出现了一种稳定的相持形势。自高宗朝中期开始的军事逆转，至此基本不再发展了。
武则天后期，结束了恐怖政治，她表现出了宽容的态度。但是，迫在眉睫的李武争位问题亟待解决，她必须选择，而且要为这个选择做好充分的准备。