但事情并没有结束。
成吉思汗病逝的消息暂时被封锁起来，拖雷和耶律楚材商量后决定秘不发丧，因为眼前的敌人西夏还没有被完全征服，必须让李睍等人以为大汗依然健在，而且正在等待他们的来降。所以每天还是有供大汗用的食物送进大帐，侍寝的也遂妃也依然如故的将大汗的命令传达给部队，众将和诸子也看不出任何的愁容，一切都是安好如初的样子。
果然，西夏上当了。就在成吉思汗病逝的数天后，西夏皇帝李睍带着群臣和皇室成员负荆来降。当时李睍身着素衣，捧着夏国的传国玉玺和降表，后面的队伍则献上了投降的礼物：各类金银佛像、器皿，玉做的装饰品，还有西夏所特产的白色骆驼。
被蒙在鼓里的李睍还虔诚的请求拜见成吉思汗，他的这一请求当然被拒绝了。拖雷接见了李睍君臣，说了一些冠冕堂皇的话后，命令大将脱仑察尔必将西夏人安排妥当。懵然不知所措的李睍等人被带到一个叫萨里川的地方时，脱仑察尔必突然命令蒙古军万箭齐发，西夏皇室及臣子全部被杀，可怜夏末帝李睍，至死都不知道他的敌手已经先于他而去了。
与此同时，蒙古军接管了兴庆城的防务，兵不血刃占领了该城。按照成吉思汗的遗愿，必须处死所有的西夏人作为祭祀，西夏广大臣民的性命危在旦夕。
但在屠城的前夜，耶律楚材和也遂妃努力说服众将不要屠戮所有西夏人。他们是如何劝阻这些将军的，史书中并无明确记载。但毫无疑问也遂等人的工作起到了作用，除了皇室成员和士兵外，西夏的大部分平民得以幸存，很多人被分配给了也遂妃和拖雷作为奴隶和部众。当然也有的书上说兴庆陷落以后所有西夏人被斩尽杀绝了，以至于现在人类学家都找不到西夏人的后代。可是元朝建立后在元廷供职的就有西夏人——在第三册将会提到，可见西夏被灭族这种说法并不可靠。
兴庆陷落以后，各地的零星抵抗依然存在，很多散落的西夏士兵化整为零钻进深山密林里图谋复国，其中包括那个狂傲的阿沙敢不。蒙古军又用了一些时间平定了这些叛乱，阿沙敢不也被抓住后处死了。
平定了西夏，蒙古军拉着成吉思汗的灵柩开始北返草原。两个月后，成吉思汗的灵柩被送回了克鲁伦河上游的宫帐，此时，拖雷才向各地发出讣告，公开了成吉思汗的死讯。这位世界征服者的遗体被轮流安放在各个斡儿朵，与此同时各地的宗室亲王、那颜和将领们也陆续前来奔丧吊唁，萨满不间断的举行各种仪式进行悼念，祈求长生天在另外一个世界里接受他们的大汗。
悼念仪式结束后，尊照成吉思汗生前的遗愿，他的遗体被安葬在不儿罕山的山坡上。这座蒙古民族的圣山，亲眼见证了蒙古帝国的兴亡，而且无数次为这位世界征服者提供保护，使他免遭敌人的迫害。所以成吉思汗生前决定死后葬于此，继续安享长生天的护佑。
葬仪结束后，这里成了禁地，没有高大宏伟的陵寝，没有雕饰精美的墓碑，更没有陪葬的陶俑，甚至连个标记也没有，以至于现在我们都不知道他的墓地的确切地点。成吉思汗就长眠在这个由茂密的森林和广阔的草原覆盖的大地上了，只有翱翔在长空的雄鹰陪伴着他。
小时候看《三国演义》，只觉得前半部好看，到后面，董卓、曹操、孙坚、关羽、吕布、赵云、司马懿等一帮猛人都死了，儿子辈、孙子辈的上来了，感觉特没意思，虽然有曹丕、姜维、邓艾、钟会等人支撑着的进程，但总感觉没有前半部引人入胜。
但是看蒙古帝国却不必有这个担心，越往后看越有意思，成吉思汗去世后，他的子孙一个比一个猛，无论是灭金的窝阔台和拖雷，还是长子西征的拔都，再到重建大蒙古国帝国的蒙哥，灭大理和南宋、建立大元的忽必烈，打到西亚的旭烈兀，再往后的帖木儿，巴布尔，牛人如雨后春笋般的往外冒，续写着成吉思汗的辉煌。这个庞大的帝国并没有随着成吉思汗本人的去世而收缩，而是继续急速扩大，可写可说的历史太多太多……从成吉思汗病逝到忽必烈称汗之间的这段历史相对空白一些，我们只知道经历了拖雷监国，窝阔台继位，乃马真后称制、贵由继位，海迷失后称制，蒙哥继位，以及忽必烈和阿里不哥的内战。这段历史一是给读者的感觉比较乱，二则有成吉思汗和忽必烈两人的宏图伟业，夹在两座高峰中间这些人似乎不怎么突出了。
成吉思汗去世后汗位虚悬了两年，与汉家王朝不同，蒙古帝国在汗位继承上有一个库里台大会制度：虽然有先可汗的指定，但没有库里台大会的决议，这位钦定人选还不能当然成为新可汗。再者蒙古有“幼子守灶”
的传统，即其他儿子长大后离开父母独立生活，带走父亲的一部分财产，而最小的儿子则不能离开，要继续和父母一起生活，等父亲死后继承他的大部分财产，小儿子是最亲近的人，包括成吉思汗病故后向各地发出的讣告都是拖雷完成的。所以成吉思汗西征结束后给朮赤、察合台和窝阔台都划分了汗国，可唯独没有给拖雷分封一个独立的汗国，而是由拖雷日后继承成吉思汗本人的那部分份额。
这样一来出现了一个非常不合逻辑的现象：拖雷一方面继承了原来成吉思汗的所有财产：大部分领土和数不清的奴隶，最精锐的二十万帐蒙古部队和最丰美的草场，政治财产最为雄厚，从这一点上来说他是最幸运的。
一方面继位人却又不是他，他只是代管这些财产。不但如此，他连属于自己的一个汗国都没有，面临着“两无”的处境：即无封地，无汗位，还不如其他任何一个兄弟，从这一点来说他又是最不幸的。
名义上我家大业大，可实际上我又一无所有。当家人不是所有人，现在我掌握的东西未来都是别人的。成吉思汗这种安排从一开始就存在着隐患：一旦当家人面临着一无所有的危险时，他很可能破釜沉舟，采取行动杀掉继承人让自己成为真正的所有人！
然而，令人欣慰的是：拖雷并没有这样做。
他依然尽心竭力的辅佐着自己的三哥窝阔台，悉心经营着成吉思汗留下来的政治资本，随时向窝阔台汇报工作。而憨厚的窝阔台也并没有急不可耐，采取行动排除异己、早继大位，从而让自己由待定状态转正，或者害怕弟弟觊觎汗位而对他采取打压防范手段。他对这个弟弟表现出了高度的信任和感激，放手由拖雷开展工作，从不掣肘。双方虽然都感觉到了这种权力安排的不合理，但都没有把这层窗户纸捅破，他们依然相敬如宾，在这时，亲兄弟的情谊起到了稳定朝局的作用，这在历史上也是不多见的。
从1227年到1229年拖雷监国的这两年是蒙古帝国的过渡期和恢复期，在拖雷的精心经营下，帝国的军力和国力得到提升和发展，统治也更加巩固，只是汗位没有着落，两位主角拖雷和窝阔台也似乎并不着急，任由将这种权力状态持续下去。
但皇帝不急太监急，此时有两个人却替他们着急了。
这两人分别是耶律楚材和察合台。
耶律楚材着急是基于公心，而察合台着急则是基于私心。
作为托孤之臣，耶律楚材比谁都更明白国不可一日无君的道理，这个帝国可汗的位置一天不确定下来，朝局就一天稳定不下来，也会给某些别有用心的人可乘之机，所以他决定只身前去拜见拖雷。
在大帐内，他向拖雷进行了诚恳而坦荡的谏言。首先，他表示自己此言并无偏袒任何人的意思，也没有受任何人的指使，而纯粹是基于对大蒙古国的未来的担忧。窝阔台做汗位继承人是成吉思汗生前早就定下来的，先可汗尸骨未寒，遗训应该得到尊重。
再者，汗位确定不了，朝局不稳容易造成国家的混乱，威胁孛儿只斤氏家族的统治地位，成吉思汗称汗之前草原几百年的混战不休就是典型的例子，现在外面谣言纷纷，说拖雷王爷迟迟不召开库里台大会，是内心不愿意交权，赖在大汗的位子上。所以我现在冒着犯上的罪过来觐见，希望拖雷王爷主持大局，早日将窝阔台的汗位确定下来，既堵住了那些不利于稳定的谣言的传播，又能显示拖雷王爷的光明正大，并无觊觎之意，以安定天下人的心。
应该说耶律楚材这番话起了很大作用，尤其是最后那句话对拖雷的触动很大，是啊，能堵住天下人的口，最好的方式就是实际的行动，而不是口头去解释。拖雷听后沉默不语。
而察合台则在这两年内也等不及了。在孛儿帖生的四个儿子当中，朮赤受到察合台的敌视和排挤，而四弟拖雷则与诸兄等距离交往，从来没有表现出厚此薄彼，所以博得了朮赤一系的好感，即便是在去世之前，朮赤还叮嘱诸子一定要孝敬他们的四叔。而察合台和窝阔台则走得最近，在将窝阔台推上汗位的过程中立下了汗马功劳。他的汗国离窝阔台也最近，窝阔台即位后的第一功臣也非他莫属，而且他的汗国面临着朮赤的孩子们建立的钦察汗国的挤压，必须和窝阔台系保持最紧密的联系以使自己疆土永固，所以他也策动了一些宗室贵族们进言，呼吁早日召开库里台大会，将窝阔台的汗位确立下来。
在这种情况下，1229年9月，在成吉思汗病逝两年后，决定大蒙古国汗位的库里台大会在克鲁伦河河畔召开，窝阔台、拖雷、察合台、帖木格亲王、别勒古台亲王，哈撒儿亲王的儿子脱忽、合赤温的儿子移相哥（当时哈撒儿及合赤温均已病逝）等各宗室亲王参加，朮赤的儿子斡儿答、拔都、别儿哥、昔班、唐古特等兄弟也代表朮赤一系参加了该次大会，此外还有各地的那颜和异密（埃米尔）代表参加了此次大会。
首先耶律楚材在会上宣读了成吉思汗的遗言，让大家发表意见。
当时大家各抒己见，大部分人都同意按照先可汗成吉思汗的旨意，立窝阔台为大汗。当然也有少部分人主张改变成吉思汗的决定，按照祖宗惯例——“幼子继家灶”，由拖雷继承汗位。
就在大家纷纷阐述自己的想法的时候，两位主角却沉默不语起来，迟迟不表态。
作为监国和汗国最有权力的人，拖雷的表态无疑最有分量。他倒向哪一边就会带来天平实质性的倾斜。耶律楚材等人心急如焚的期盼着拖雷早点表态，但拖雷似乎这时有些犹豫，大多时间选择了沉默，而这种沉默又增加了争论的不确定性。本来耶律楚材事先占卜了一卦，选择八月二十四日（公历9月13日）作为大汗登基的良辰吉日，而到了9月11日了居然还没有最后确定下来。
于是当天晚上耶律楚材再次拜见拖雷，慷慨激昂的说了一大通道理，最后表示“此社稷大计，若不早定，恐生他变”。拖雷问再择日如何？耶律楚材说“过此日不吉”。看到耶律楚材等人如此力挺三哥，拖雷只好忍痛让步，下定决心拥立窝阔台为汗。
然而到了次日继续召开库里台大会时，意想不到的事情发生了：当拖雷发表完自己意见后，另外一个主角窝阔台却又开始推辞了。他极力推荐拖雷继任汗位，理由是自己才能平庸，难堪大任，而拖雷监国期间，政绩斐然，而且也积累了丰富的执政经验，继承汗位是顺理成章的事情。
窝阔台这样说，也许是客套式的谦让，也许是真心让贤，但无论动机如何，结果是打动了在场的很多人，也感动了拖雷本人。拖雷当即表示，自己权且代理汗国事务实属不得以，也是为了日后窝阔台继位做一个铺垫，现在形势已经安定下来，自己再无继续监国的必要，希望窝阔台上为了成吉思汗的在天之灵，下为了江山社稷和汗国的广大臣民，早日继承大汗之位，以安人心。
见拖雷这样说，其他人也都纷纷进言，劝窝阔台早日继位，勿再推辞。看到大家都诚恳推举，窝阔台只好同意了。但他同时表示，如果日后自己的儿子当中出现了无能之辈，汗位继承者随时可以从其他子侄中择贤而立。
这句话非常重要，也为日后汗位转移到蒙哥之手提供了合法依据。
就这样，1229年9月13日，窝阔台正式成为大蒙古国的可汗。
登基典礼上，大家摘下帽子，把腰带搭在肩上，察合台和拖雷分别拉着他的左手和右手，帖木格亲王扶着他的腰，把他扶到汗王宝座上。根据耶律楚材的提议，众人向新可汗行九次跪拜之礼，以示尊崇。窝阔台就是蒙古帝国的第二任大汗，即元太宗。