1223年春天，成吉思汗离开撒马尔罕，率军度过锡尔河，启程返回草原。在大军启程之前，成吉思汗认真安排了已被征服地区的官吏和留守事宜，对东归人员进行了总结动员和清点。与蒙古军一同返回的还有劫掠的无数金银珠宝及俘虏来的工匠、妇女和儿童，其中包括苏丹摩诃末的妻妾、公主，以及此次西征的肇事者之一：秃尔罕太后。
听说要永远迁到蒙古草原，离别自己的家乡，秃尔罕太后和众妃齐集路边高声恸哭，向花剌子模做最后的告别。他们将永远成为蒙古人的奴隶，终身不得回到这个地方，现在他们知道哭了，在海儿汗杀害蒙古商人的时候，在秃尔罕太后强令儿子杀害前来讨说法的蒙古使者的时候，他们大概没有料到这样的结局。
成吉思汗有一次曾经问诸子诸将及各宗室亲王，人是生在世，什么是最大的快乐。其中博尔术说“在春暖花开之时，架着雄鹰，骑着骏马，在草原上围猎，是人生最大的快乐”。窝阔台说“孝敬父母，跟随父汗鞍前马后，东征西讨，……是人生最大的快乐”。结果成吉思汗微微一笑，说“依我看，人生最大的快乐，莫过于战胜仇敌，夺取他们的骏马和草场，掠夺他们的财物，亲眼看着他们的亲人以泪洗面，将他们的妻子和女儿占为己有，侍奉枕席”。
现在，成吉思汗终于对苏丹摩诃末，对花剌子模进行了加倍的报复，而且这种报复远远超出了花剌子模的范围，在今后的数百年间这种余威都会发挥着影响。回望着缓缓流淌的阿姆河，他们志得意满的踏上返乡之路。
成吉思汗边走边行猎，当走到叶密立河附近时，两位孙子——拖雷和唆鲁禾帖尼的儿子忽必烈和旭烈兀前来相迎，这两个人以后会成为蒙古帝国的主角。但当时他们年龄分别才11岁、9岁。当时忽必烈射杀了一头野牛，旭烈兀射杀了一只鹿，并将猎物敬送给汗爷爷。成吉思汗大喜，亲自将牛脂和鹿脂涂在两个孙儿的指甲上，表示认可和祝福。
1223年冬天至1224年春，成吉思汗驻跸额尔齐斯河畔，这里以前是乃蛮部的范围，他看着哈拉和林的风光，想在这里以后建一座城市，但当时仅仅是一个想法，成吉思汗对城市并没有太大的兴趣。直到后来的窝阔台继承汗位后，才把哈剌和林建成了蒙古帝国的中心。1225年春天，成吉思汗回到了设在土拉河的大营。蒙古西征告一段落。
蒙古西征是一个重大的事件，这次征服活动给整个中亚和欧洲带来了极其惨重的灾难，但同时，西征又加深了东西方文化和社会经济的交流，国与国之间的距离缩短，促进了民族大融合，还间接产生了很多新的民族。通过西征，成吉思汗和他的子孙把中国的四大发明待到了西方，并间接影响到了欧洲的文艺复兴，同时也把西方的文化带到了东方。