1219年秋天，蒙古大军抵达讹答剌城下。
这个讹答剌城在今天哈萨克斯坦的奇姆肯特市西北，阿雷思河和锡尔河交汇处，北部是钦察草原，南边是吉尔库姆沙漠，是连接东西方的交通要道。
志费尼在他的《世界征服者史》中写道：当蒙古军到达了讹答剌城下时，连闪电也不敢向前迈步，霹雳也不敢高声。
这是一个罪恶之城，蒙古使者和商人就是在这座城被害的，城主亦纳勒术海儿汗是此次事件的罪魁祸首，该城又处于花剌子模的东北部边界上，所以首当其冲成了西征第一个目标。
海儿汗深知自己罪责难逃，没有任何被宽恕的希望，所以颇费心思做了一番准备。他利用这段时间整修了城堡，加固了城墙，并掘深了堑壕，还在城内囤积了不少粮草，准备打持久战。
与中原的城池不同，讹答剌城和花剌子模其他城市，内部有一个很奇特的构造，就是在城市内部，还有一个小城，或者说小型的堡垒。相当于城中城，一旦外城被攻破了，少数人还可以龟缩到内城进行抵抗或者等待增援，而镇守内城的，都是花剌子模最忠诚的部队，这有点类似于金朝中都的皇城和都城的分别。
摩诃末为了加强这里的防御，还派喀喇察汗率1万人马前来协助镇守。
但喀喇察汗对此极为不满，他本来就非常蔑视海儿汗，从驻守的第一天起就心怀抱怨：
这个窃贼抢夺了蒙古商队的财宝后没有分给我一个第纳尔，凭什么让我替你来背着个黑锅？
当初吃肉的时候，你没想到我，现在要挨揍了，你倒想起我了？
他对此心生怨气，随时准备突围或者投降。
蒙古西征军到了讹答剌城下后，成吉思汗却并没有急于攻城，因为20万大军挤到一座城下有些“窝工”，并不利于充分发挥蒙古骑兵和工程兵的优势。他兵分四路：
第一路，二儿子察合台和三儿子窝阔台在回鹘部亦都护巴尔术的配合下攻打讹答剌城；
第二路，成吉思汗和幼子拖雷率中路军（主力军）挥师南下，渡过锡尔河，从讹答剌城向河中地区的不花剌进军。
第三路，长子朮赤率军沿锡尔河进发，攻击昔格纳黑、毡的城等城市。
第四路是一支偏师，由阿剌黑和塔孩将军率领，沿着锡尔河东南攻打忽炭城。
先说第一路，察合台和窝阔台经过激战，发现海儿汗抵抗的比较顽固，并非一朝一夕就能拿下的，所以就适时改变了策略，将整个讹答剌城团团围住，蒙军在城外原野上就地宿营，边放牧边采伐树木准备攻城云梯等器械。
在围困期间，蒙古军快餐式给养的优势体现出来了：大军耗费给养比较少，不需要庞大的后勤，随军的干肉和马奶就可以让他们长期的坚持战斗。这样围而不攻，僵持了一段时间，讹答剌城内粮草越来越少，军心越来越不稳，而蒙古军越来越强，士气越来越旺。
令人奇怪的是，这段时间，讹答剌城守军从没有出城主动迎击或者骚扰蒙古军，而只是一味消极的坚守，这就让守军日益被动。
蒙军时不时的用威力强大的床弩往城上射箭，射杀了不少花剌子模士兵。并在城下用巨大的投石机和火药发射机将石头和燃烧弹抛到城墙上，一时间，花剌子模守军血肉横飞，火光四射，响声震天，浓烟滚滚。尤其是床弩射出的箭经常将花剌子模士兵的身体一下子给射穿，火药包里的铁蒺藜将士兵炸的四分五裂，血肉模糊，这种攻击给守军和城内的百姓造成了极大的心理震撼。
围困了三个月以后，讹答剌城内人心惶惶，军民士气低落，开始对处境变得绝望起来。终于喀喇察汗扛不住了。他本来心里就不太愿意将自己和所属1万人陪葬给海儿汗，现在他开始动员海儿汗投降蒙古人。
“我听说成吉思汗从来不杀主动归降的人，而对敢于抵抗的，其本人及子孙都将被杀死，我看我们还是投降吧”。
“什么！我们受太后和苏丹的命令镇守这里，而且我们已经收了百姓三年的赋税，为的就是保护这里的老百姓免受异教徒的侵害和杀戮，我们怎么能够为了贪图活命而投降，把讹答剌城拱手让给蒙古人呢？”。
话说的很动人，但实际上海儿汗比谁都更明白，任何人都可以投降，获得赦免，惟独他海儿汗不行！
投降，他得死，不降，他也得死，索性都是死，他还不如抵抗到底了。
但喀喇察汗坚持不住了，他的手下甚至主张发动兵变绑架海儿汗将其献给成吉思汗，以换取谅解。由于海儿汗戒备严密未得逞。当天晚上，喀喇察汗率领自己的1万人马打开城门准备逃出蒙古人的包围圈，结果把自己镇守的城门白白让给了蒙古人，这让察合台和窝阔台喜出望外，蒙古人利用他们守备空虚，一下子攻进了城里，经过一番厮杀，控制了整个外城。
由于在城下煎熬了三个月，蒙古人将愤懑全部发泄出来，将城中所有的男子选出一部分工匠，其余的全部杀死，女人和孩子全部驱逐至城外，后来沦为蒙古人的奴隶和妻妾。
至于那个喀喇察汗，他跑出去没多久也被尾追的蒙古人俘获，押到了察合台和窝阔台面前。当时喀喇察汗请求投降，但未被允许，依然被斩首示众。
蒙古军顺利占领了讹答剌城的外城，海儿汗带着部分人马躲进了内城，做垂死抵抗。海儿汗在内城中竟然这样又支撑了一个月，最后蒙古人用投石机将内城砸开四个大洞，从四面八方蜂拥入城，海儿汗带领着两个随从居然拿着砖头瓦块扔向蒙古人，发疯一样的抵抗，最后被蒙古人生擒，被捆绑了个结实，押至察合台和窝阔台的面前。
窝阔台表示最好让成吉思汗亲自处置这个杀害蒙古商人的罪魁祸首，于是海儿汗被押送到了已经攻破不花剌，正在进攻撒马尔罕的成吉思汗那里。
在成吉思汗面前，海儿汗平日里那傲慢不可一世的表现一扫而空，跪求成吉思汗要让苏丹处置自己。成吉思汗吩咐道“他大概知道蒙古人恩仇必报的传统，既然你见钱眼开，诬良为盗，那就把银水灌进他的眼睛里”，说完，命令把海儿汗绑到一个台子上，将融化的银水灌进他的眼睛和耳朵。而后将海儿汗暴尸三天，以儆效尤。
这个自私贪婪的小人终于得到了惩罚。
再说一下成吉思汗和拖雷率领的第二路大军的情况。这一路是蒙古军的主力，绕过讹答剌城，往南渡过锡尔河，穿越吉尔库姆沙漠，先期到了一个叫讷儿黑的小城市。由于这次是远距离的奔袭，讷儿黑的军民并未意识到城下的是蒙古军，而误以为是来往的商人，于是打开了城门，蒙古人兵不血刃鱼贯入城，将城中居民全部赶到城外，然后进行洗劫。洗劫结束后，成吉思汗召集当地的教长和富商，问他们平时苏丹摩诃末向他们征收多少税收，这些人战战兢兢的回答说每年1500个第纳尔，于是成吉思汗告诉他们，蒙古国也征收不高于1500个第纳尔的税收，让他们放心。这些人感激而恐惧的表示愿意做成吉思汗的臣民。
从讷儿黑城出来继续往西南行进，就到了不花剌了。
不花剌现在叫布哈拉，具体位置在今天乌兹别克斯坦的布哈拉市，处在旧都玉龙杰赤和新都撒马尔罕之间，位于花剌子模的腹地。这座城市墙体高大，共有11个城门，里面还有一个叙利亚人的清真寺，市内都是石板铺路，要知道这个时候，连伦敦这种城市还是土质的街道呢。不花剌是座学术和商业城市，这里有一些经学院，还有世界著名的学者和教长，经常召开全国性的学术研讨会等等。此外这里盛产的地毯等纺织品，远销到西亚甚至埃及，相对来说，其军事和政治氛围并不是很浓厚。
与讹答剌城不一样的是：不花剌的内城并不是建在城市的内部，而是建在本城的外面，相当于在旁边又竖立起了一座耳城，互为犄角之势，以拱卫不花剌外城。内城和外城有水渠相连，渠水来自于阿姆河的一条支流泽拉夫尚河，由于水渠相连，这两座城的人们饮用以及灌溉都得到充分水源，甚至于在市中心公园还有亭台楼阁、小桥流水，以至于来往于河中地区和南宋的商人都误以为这是到了江南呢，这在干旱的中亚是非常难能可见的。
应该说成吉思汗这样做是需要冒一定风险的，因为不花剌地处玉龙杰赤和撒马尔罕之间的腹心地带，这种长距离的穿插迂回包围一旦使用不当，很容易被敌方包围，万一摩诃末组织撒马尔罕和玉龙杰赤的部队向中间运动合围，切断了成吉思汗与其他蒙古部队的联系，蒙古人将处于三面受敌的艰难处境。
可惜，这种情况没有发生。
成吉思汗已经料定了摩诃末顾虑重重，不敢放弃新都和旧都的军队支援这里，只知道守着瓶瓶罐罐，所以很果敢的率军如尖刀一样直插不花剌这个花剌子模的心脏。
当时守卫不花剌的士兵由3万名突厥雇佣军组成，分别由库克汗和怯失力汗率领，其中库克汗镇守内城，怯失力汗镇守不花剌城区。在第二十三章中说过，花剌子模很多士兵是雇佣来的，而很大一部分的兵源来自康里部，这些将军们对部队有绝对控制权，连摩诃末都驾驭不了。
1220年春（元太祖15年，南宋理宗嘉定13年，金哀宗兴定4年），成吉思汗和拖雷率军来到不花剌城下，将这座城池团团围住。志费尼在他的《世界征服者史》中说：蒙古人多如蚁群，一支一支的到达，他们视战争为宴席和佳肴，把一口吞食刀剑看成是满饮一盅美酒。
当时蒙古军向城里派出了两名劝降的使者，向他们宣布了成吉思汗的政策，即：抵抗则死，投降则生。
很多人被说动了，毕竟这个弹丸小城怎么可能抵抗如潮水般的蒙古大军呢？但是出人意料的事情发生了，其中一小撮顽固而且盲目自信的人却叫嚣着要抵抗，他们高呼阿拉万岁的口号，煽动群众杀掉使者，一时间“杀掉蒙古使者，赶走蒙古人”的呼声此起彼伏。使者的脸上也被石头板砖砸的头破血流，处境十分危险。
就在局势几近失控的时候，使者中一名叫答失蛮哈吉甫的人大喊“我和你们一样，也是穆斯林，我敢对着真主发誓，我是来救你们的。我此次来是奉了成吉思汗的委托来见你们，他是因为蒙古商人被杀来找海儿汗和摩诃末报仇的，与你们无关，如果你们抵抗，他的庞大军队将会象海水一样淹没了这座城，如果你们投降，恭顺的服从成吉思汗的命令，你们的生命和财产安全将得到有效保证……”。不花剌的居民和上流社会的人也不置可否。
这时守将怯失力汗派来的士兵过来，将围观的居民驱散，将两位使者接近了宫殿里。
怯失力汗是个光明正大的人。他听完了来使的话后，表示他重命在身，只能抵抗，哪怕以身殉国。并吩咐士兵将两位使者安全护送出城，防止暴徒的袭击。
成吉思汗正在为使者迟迟不返而大发雷霆，看到使者安全回来，并汇报了劝降的经过，成吉思汗对围攻使者的暴徒非常愤怒，对怯失力汗赞赏有加。既然该城拒绝投降，血和火将很快将这里埋葬。
猛烈的攻城开始了。城上的守军看见蒙古人如潮水一样涌来，急忙向城下射箭，在最前面攻城的人一片片倒下，但后续部队似乎源源不断，原来成吉思汗是将抓来的敌人俘虏换上蒙古士兵的衣服，让他们冲下最前面，充当炮灰，他把这些俘虏称为“签军”。
就这样不分昼夜的连续猛烈进攻了3天后，守城的一个突厥将领失去固守的耐心，他率一部分人马趁着夜色突围出去，竟然突破了蒙古人的包围圈，向阿姆河方向逃跑。但成吉思汗很快冷静的判明了情况，指挥部队在后面紧追掩杀，结果又在阿姆河河畔追上了这些逃军，将他们全部消灭。
这样一来，城中剩余的守军彻底失去了继续抵抗的信心。其实从战争一开始，这座学术中心的一些伊斯兰教长，伊玛目和士绅们就不住的游说怯失力汗，要求开城迎降，以保护这里的人民和宗教设施。
这个怯失力汗心里非常矛盾，他深知不是蒙古人的对手，破城是迟早的事，他也想保护这里的人民和文化设施。但同时他作为这座城市的统帅之一，受摩诃末的委托，负有固守城池，抗击蒙古人的重任。踌躇了半天，他想出一个折中方案，他同意教长和士绅们向成吉思汗投降，但他表示自己会抵抗到底，履行一个军人的职责。
第二天，城里的50多名头面人物前往成吉思汗大营乞降，表示愿意投降，并缴纳20万第纳尔的赎金换取城市免遭洗劫和屠戮，成吉思汗高兴的答应了。于是成吉思汗在这些头面人物的带领下顺利占领了外城，并清点了街道和宫室。当大军进入宫殿时，发现怯失力汗已经自刎身亡，他果然以实际行动维护了军人的形象。成吉思汗非常敬重英勇战死的人，哪怕是敌方的人，他吩咐按照当地的宗教风俗安葬了这位将军。
但库克汗依然带领400人的武装占据着内城负隅顽抗，成吉思汗下令在内城周围架起投石机和火药发射器，瞬间万石齐发，火光冲天，投出的巨石将内城砸开了几个缺口，蒙古军奋勇杀入，将里面的400名康里人雇佣军和库克汗鳌杀殆尽，这样不花剌全境都归蒙古人所有了。
成吉思汗和拖雷率军鱼贯而入，等他们经过不花剌的标志性建筑——礼拜五清真寺时，不禁被这些异域风格的建筑和精美雕饰所吸引。他问该城的士绅和教长“这是苏丹摩诃末的宫殿吗？”。陪同的人慌忙答复道“不，这是真主阿拉的殿堂，是神的住所”。成吉思汗和拖雷下马走上寺前的祭坛，对众人说“现在田野中没有足够的粮草了，把城里的粮库全部打开，搬出来给我喂马”。
蒙古骑兵将粮库打开，七手八脚的把粮食搬出来，然后把装经文的箱子搬出来，将箱子里的经书扔到地上，把箱子当马槽喂马。可怜的教徒心中的圣书被扔弃于地，任马践踏，一片狼藉。但这并不是成吉思汗故意践踏当地信仰，而是他根本不了解宗教在教徒心目中的地位。实际上成吉思汗对宗教是相当开放的，他的《大扎撒令》中就规定了宗教信仰自由的法令，虽然成吉思汗本人信奉原始的萨满教长生天，但他并不强行禁绝其他的宗教。在大蒙古帝国内，有萨满教、佛教、聂思脱利教（原始基督教）、伊斯兰教、儒教、祆教等多种宗教并存，臣子中也有多种信仰的人。志费尼对成吉思汗的宗教政策做了一番评价：“他（成吉思汗）对宗教没有偏见，不舍一种而取另一种，也不厚此薄彼。他尊敬的是各教中有学问的虔诚的人。他一面以礼相待穆斯林，一面极其敬重基督教徒和偶像教徒。他的子孙中，好些人选择了自己喜欢的宗教，有皈依伊斯兰教的，有信奉基督教的，有崇拜偶像教的，也有仍然恪守祖先的旧法的，但大多不流露任何宗教狂热，不违背成吉思汗的大扎撒令”。
这段评价相当中肯，成吉思汗一生信仰长生天，而他义父克烈部王汗，以及儿媳唆鲁禾帖尼和汪古部的镇国则信仰基督教，长子朮赤后来留在了钦察草原，其子孙中有的改信了东正教，有的皈依了伊斯兰教，察合台汗国后来也是将伊斯兰教作为国教，由孙子旭烈兀建立的伊尔汗国一开始信仰基督教，后来很快也皈依了伊斯兰教。而忽必烈及其子孙则完全以孔孟儒学为治国思想，将儒教作为国教。在整个蒙古帝国境内，宗教呈现出并存和繁荣的景象。
接着，蒙古人将城里的歌姬找来为他们唱歌跳舞，士兵们拿出酒囊置于寺中，在这里进行歌唱狂欢，纵情娱乐。而城中的教长和士绅们则被命令去伺候蒙古大军的马匹，为大军做后勤。
数周后，成吉思汗率军离开不花剌城，扔在地上的书籍在人们的脚下和蒙古马蹄下被踏成烂泥，这时一名学识渊博的教长哀叹并低声表达了愤怒之情，但很快被另外一个教长低声制止了。“别出声，这是真主吹动的万能之风，而你我这些被风吹动的稻草都无权发言！”。
就这样，在当地人得恐惧和战栗中，成吉思汗来到了城外的一个广场的讲坛上。居民们奉命在广场听大汗训话。成吉思汗向听众们述说了摩诃末的罪行，正是这些挑衅行为使得他开始了征讨，他对人们说“你们的君主犯了大罪，你们都是有罪之人，如果你们问我有什么权力这样说，那我告诉你们，我就是上帝之鞭，是长生天派我来惩罚你们的。如果你们不曾犯下大罪，长生天就不会派我来降下这些惩罚给你们！”。
从此，“上帝之鞭”这个名词开始屡屡出现在各种文献之中，法国学者格鲁塞曾经将阿提拉、成吉思汗和帖木儿等游牧民族的领袖形容为“上帝之鞭”，好比这些原始野蛮的部落是上帝派到人间来鞭打和惩罚文明社会的人。
成吉思汗这一鞭子无疑将苏丹摩诃末狠狠抽了一顿。
而后，成吉思汗又命居民选出了当地的280名富人，包括90名外国富商。每名富商都由一队蒙古骑兵护卫着（也可以说押送着）前去家里取出金银珠宝。就这样持续了整整7天，蒙古人收取了大量的财富，但让这些人欣慰的是这里没有发生大屠杀，除了那几个当初围攻和殴打蒙古使者的暴民被斩首外，其他所有的人生命都是安全的。
结束了不花剌的战斗，成吉思汗移师撒马尔罕，为了防止不花剌人再次利用城堡对抗蒙古军，成吉思汗下令将这座城市的城墙和建筑统统拆毁，木制结构的建筑则放火焚烧，堑壕被填平。居民则被迫住在城外搭起帐篷，而且不准随身携带任何财物，违者立斩不赦。蒙古人还从这些居民的男子中挑选了两万人组成了伪军---“签军”，带着作为攻打先一个目标的协助部队。
当时有人问一个从不花剌逃出来的人，那里怎么样了。逃出来的人回答“他们到来，他们破坏，他们焚烧，他们杀戮，他们抢劫，他们离开”。短短的六句话，揭示了蒙古大军对不花剌城的摧残。
而就在成吉思汗和他的儿子与将领们攻城略地的时候，哪位不可一世的苏丹摩诃末在干什么呢？