京察之争
京察是明代考核京官的一种制度，6年举行一次，称职者予以奖励或晋升，不称职者予以处罚或斥退。因此，京察就成为东林党与反东林各党进行权力之争的焦点。
在万历十五年（1587年）的京察中，东林党人初露头角。顾宪成支持左都御史辛自修；顾允成、彭遵古、诸寿贤支持南京右都御史海瑞。由于辛自修、海瑞都希望借京察的机会澄清吏治，所以受到了顾氏兄弟等人的尊敬。但这次京察却由于大学士申时行的阻挠，最后失败。顾宪成被降3级调外任，顾允成被夺冠带。他们虽然受到权臣的压抑，但却为以后东林党的发展奠定了基础。
万历二十一年（1593年），京察之争更为激烈。这次京察由东林党人吏部尚书孙鑨和考功司郎中赵南星主持，时任考功司主事的顾宪成也参预其事。根据明朝的制度，考核官吏是吏部和都察院的职责。但明中叶以后，内阁的权力日益增大，二者之间的矛盾日益突出。孙鑨、赵南星、顾宪成等人试图带个好头，因此孙鑨罢黜了自己的外甥，赵南星斥退了亲家。一时间，贪官污吏几乎被贬斥殆尽，时人还称赵南星为“铁面”。但这触犯了王锡爵等权臣的利益，赵南星以“抑扬大过”被贬三级，孙鑨被夺俸。朝中有正义感的官吏，如于孔兼、顾允成、薛敷教等东林党人纷纷上疏申救，但最后赵南星仍被革职为民，为赵南星申冤鸣不平的官吏也被一一贬斥。
万历三十三年（1605年）的京察，东林党人再次得以主持，由一贯办事严正的吏部侍郎杨时乔全权负责。杨时乔不讲情面，在京察中提出要处分的人中，不少是沈一贯的私党，沈一贯见事情不妙，慌忙密言蒙蔽神宗，将处分意见长期不下发。如此将近半年，主事刘元珍、庞时雍，御史朱吾弼等东林党人上疏力争，结果杨时乔反被严旨斥责，刘元珍等人被除名。不过，由于东林党人一再弹劾沈一贯结党营私，沈一贯也被迫于次年下台。
万历三十九年（1611年）京察中北察的主计人是东林党人——吏部尚书孙丕扬。被察的主要对象，一是被沈一贯包庇下来的贪官污吏，二是其他各党的骨干，如汤宾尹、顾天峻等。东林党人在北察中以暂时的胜利告终，但不久即遭到浙、齐、楚等党人的反攻，孙丕扬被迫辞职。东林党人在南察中更是大败而回。南察的主计人是吏部右侍郎史继偕，此人是齐、楚、浙党的党羽，东林党人俱被排斥。
终万历一朝，东林党人大部分时间都未能真正掌握朝政，因此在京察之争中基本上处于不利的地位。