正急着赶往建康的晋王杨广听说高颎已经杀了张丽华，不由得惊愤道：“高公，我一定会重重报答你的！”杨广进入建康后，高颎上前迎接，杨广虽然心里十分憎恨他，但却不露声色，仍然像往常那样慰劳他和将士们，随即安抚百姓，监斩施文庆、沈客卿等人。而后令高颎与元帅府记室裴矩收图籍，封府库。当时，军民都说晋王贤德，哪知他是沽名钓誉，笼络人心。
隋主听说江南已经平定，很是欣慰，当即褒奖各位勇将，并派人告诉陈朝使者许善心：“陈已经灭亡了，你可以向我朝投诚。”许善心不禁大哭，穿着粗布孝服，在客馆西向的台阶下铺了一条草席，端坐在草席上，向东方哭了三天三夜。隋主随即颁诏慰问他，第二天又任命他为通直散骑常侍，并赐给他一件官袍。许善心哭完尽哀，这才回房换衣服，然后出门向北垂泪朝拜，接受隋朝的诏书。第三天早晨，许善心来到大殿谢恩时，又伏在地上哭得悲不自禁。隋主对身边的人说：“我灭掉陈国，真高兴能得到这样一个人，他既然能怀念旧君，将来他一定会是我朝的忠臣。”随即让许善心平身，去门下省上任，许善心泣拜而退。从此，许善心甘愿成为隋朝的臣仆。
此时，陈朝水军都督周罗睺与郢州刺史荀法尚还在坚守江夏；荆州刺史陈慧纪也正派内史吕忠肃进逼巫峡。隋朝秦王杨俊和清河公杨素都被陈军阻住，无法前进。就在两方人马打得一团火热时，建康被困的消息传来，陈军顿时失去斗志。不久，建康平定，隋主让陈叔宝写信招降陈军。周罗睺与将士们大哭三天，而后投降，陈慧纪感叹一番，也向隋军投降了。自此上江平定，巴陵以东，尽为隋朝所有。江州、豫章依次投降，隋朝于是撤去淮南行省，令各将分道前去平定各州郡。陈朝的吴州刺史萧銶料知隋朝容不下自己，因而顽固抵抗，后来被隋朝大将军宇文述率兵擒获。东扬州刺史萧岩慌忙向宇文述投降，宇文述便将他们关在一个囚车里，一同押往长安。隋主杨坚责备他二人负国忘恩，当即下令处斩。
陈顼的第十六个儿子，湘州刺史岳阳王陈叔慎刚刚莅任，城中的将士听说隋军已占据距离湘州不远的荆门，便纷纷打算投降。陈叔慎在厅中设宴，召集文武僚属，举酒对他们说：“君臣大义，能就此扫地吗？”一句话，说得众人禁不住呜咽起来，随即决心和隋军抗争到底。然而一个小小的湘州，能召集多少勇士？隋军见招降失败，一拥而上，湘州当即被攻陷。十八岁的陈叔慎被带到驻扎汉口的秦王杨俊面前，因言辞激烈，当即被杀。
拿下湘州后，隋军继续进军岭南。高凉郡太夫人冼氏恩威并重，深得民心，她的声望甚至传达岭外。因儿子石龙太守冯仆壮年去世，冯仆的儿子冯魂还是一个少年，郡内的大小事务便全赖冼太夫人主持。陈朝被隋朝灭掉以后，岭南的几个郡县便奉冼太夫人为主，称她为圣母，冼太夫人便担当起保境安民的重任。晋王杨广因岭南没有平定，便让陈叔宝致信冼太夫人，劝谕她归附隋朝。冼太夫人于是召集首领商议，众人相对痛哭一阵，最后冼太夫人尊重民意，决定迎接隋使，当即派冯魂率众人迎接隋朝使者。隋军又趁势灭掉逃到岭南的一些顽固的陈朝遗臣。岭南大略平定。隋主封冯魂为仪同三司，册封冼太夫人为宋康郡夫人。衡州司马任瓖劝都督王勇占据岭南，拥立陈氏的子孙为帝。王勇没有采纳这个提议，而是带着部众向隋朝投降，任瓖弃官离去。于是陈朝全境都划入隋朝的版图，陈朝灭亡。陈朝自武帝陈霸先篡位，到陈叔宝投降，共经历五位国君，存在三十二年。
自晋元帝东渡，安居江淮以来，中间历经东晋、宋、齐、梁、陈五朝，共历时二百七十三年，最后被北朝吞并，中国再次统一。唐代的李延寿作《南北史》把隋朝列入北史中，无非是因为隋朝起自北方，脱胎于北周，而后又仅传了一代君主，便被李唐吞灭，所以隋朝属于北史的一部分。
晋王杨广将要凯旋时，奉诏毁平建康的宫阙，鼓励农耕，并在石头城增置一个蒋州。一切布置好后，杨广奏凯还朝，并带走陈叔宝以及他的后宫佳丽、王公大臣。隋主杨坚亲自到骊山慰劳凯旋各军，一同进入长安。在太庙进行献俘礼，礼毕入朝，隋主晋封晋王杨广为太尉。杨广谢恩而出。第二天，隋主杨坚在广阳门外召见陈叔宝等人，先是抚慰他们，接着责备他们君昏臣佞，导致亡国。陈叔宝及王公大臣都惶恐地趴在地上，不敢说一句话。屏息许久，才听到被赦免。陈叔宝叩首谢恩，余众也随着叩谢。陈朝的司空司马消难之前因得罪隋朝而投奔陈朝，此次被俘，隋主杨坚本想治他死罪，但还是赦免了他。不久，又特别召见他。司马消难羞愧不已，再加上一把年纪，不久便过世了。不久，鲁广达也病故了。
隋主杨坚在广阳门宴请将士们，并论功封赏。封杨素为越国公，贺若弼为宋国公。韩擒虎因遭到弹劾没有得到爵位。有人说他没有严厉管束部将，在他的军营中竟发生淫污陈朝宫女的事情。韩擒虎愤愤不平，于是与贺若弼在隋主面前争功。争闹了一番，最后隋主温和地说：“你们两个都是朕的功臣，不要再争了。”随即晋升韩擒虎为上柱国，韩擒虎这才退下。
隋主又召入高颎，当面封他为上柱国，晋封他为齐公，并对他说：“陈朝平定不久，有人诬告爱卿谋反，朕已把他斩了。我们志同道合，岂是他人所能离间得了的？”高颎再拜称谢。隋主随后任命秦王杨俊为扬州总管，令他都督四十四州军事，镇守广陵；令晋王杨广镇守并州。陈朝都官尚书孔范等误国的佞臣都受到隋主的重惩。陈叔宝留居隋都，得到隋主的优待，只是他的姐妹大多没入隋朝的宫廷。其中一个妹妹入宫为嫔，就是后来的宣华夫人，另一个妹妹被隋主赐给了杨素，还有一个妹妹被赐给了贺若弼。陈叔宝对此全不在意，只是屡次恳请监守他的官吏帮他去求一个官职。监守官如实禀报隋主，隋主杨坚讥笑道：“这个陈叔宝真是没心没肝。”接着，又问陈叔宝平时做什么。监守官回答说：“陈叔宝通常都是醉醺醺的，很少有清醒的时候。”得知陈叔宝喝酒喝得很厉害，隋主便对监守官说：“让他节制些才好。”监守官正要遵旨而退，隋主又说：“随他吧，不然叫他怎么过日子？”隋主当即把陈氏子弟分置到边疆的州郡，让他们在那里务农生活。又赏给陈叔宝相当于三品官的俸禄。并任命陈朝的尚书令江总为上开府仪同三司，仆射袁宪、骠骑将军萧摩诃、领军任忠三人为开府仪同三司，水军都督周罗睺为上仪同三司。此后南北统一，朝野清平，隋主令武将及其子弟学习文史，并销毁民间的所有兵甲。
当时，高颎与苏威深受隋主的宠信，几年没有被晋升的李德林经常与苏威争论，高颎又总是偏袒苏威，排斥李德林。后来，李德林被贬黜为湖州刺史，不久，又辗转到怀州，最后病死。
隋主平定陈朝以后，开始猜忌臣僚，总是派亲信监视朝廷内外，一旦发现臣子有过错，他便不管过错的大小，一概加以重罪。因担心官吏贪污受贿，隋主又私下派人去贿赂官员，一旦这名官员收受贿赂，便立即斩首。隋主每次在殿中鞭打臣下，一定要将这人打死，如果没死，他便下令斩首。高颎屡次上奏劝谏隋主，隋主始终不看奏章，在兵部侍郎冯基再三地恳切劝谏下，隋主才有些悔意。但却转而怨恨群臣，怪他们没有及时劝谏，随即又谴责数人。柱国郑译乘机献媚，请求修正雅乐。隋主便让太常卿牛弘、国子祭酒辛彦之、博士何妥等人商讨音律。牛弘说中国传统的音乐大多出自江南，隋主便让他们与许善心、姚察等人参酌订正。
雅乐还没谱成，江南各州郡再次大乱。越州的高智慧和苏州的沈玄相继揭竿起事，自称天子，东攻西掠，陷没许多州县。陈朝故土大半受到震动，隋朝几乎前功尽弃，南北又要分疆了。原来，江东已养成奢靡的习俗，历代的刑法大多又很舒缓，军民已经适应这样的生活环境，但隋朝平定陈朝后，施行和旧政大为迥异的新政，军民随即抱怨不停，有人趁机造谣说隋朝要把南方人都赶入关中，使得百姓异常惊骇。高智慧、沈玄二人趁机作乱，百姓纷纷依附，这才出现夺城池，杀守令的混乱局面。消息传到隋廷，隋主十分忧虑，当即派越国公杨素率兵南征。几番辗转作战，江南被平定，高智慧、沈玄及其余党被歼灭殆尽。杨素率军凯旋，受到隋主的嘉奖。
杨素北归后，番禺夷人王仲宣又造反，纠集叛众围攻广州。柱国韦洸急忙招募兵士，开城迎战。贼势很是凶猛，韦洸招架不住，忙退回城中，登城督兵防御，接着向高凉求援。冼太夫人派孙子冯暄领兵援救韦洸。冯暄到达衡岭一看，屯兵岭上的贼党是相识的陈佛智，两人竟将战事搁到一边，闲聊了起来。冼太夫人听说冯暄逗留，当即派人把他抓起来，另派孙儿冯盎袭击陈佛智。陈佛智没有防备，被冯盎军杀死。此时韦洸已中箭身亡，由副使慕容三藏代理军事。隋廷也派给事郎裴矩南行剿抚。裴矩行进到南康，击斩王仲宣的部将，而后进驻南海。碰巧冯盎与慕容三藏会合，击走了王仲宣。冼太夫人又亲自赶来接应，三人便一同到南海迎接裴矩。裴矩听说冼太夫人要来，倒也不敢怠慢，忙命军士排班恭候。过了一会儿，来了一位唇红齿白的少年军将，紧跟其后的是一位头戴金冠的老妇人，身披银铠，上面撑着锦伞，下面跨着战马，前导骑兵，后拥步兵，虽然已是年过花甲，但仍是春盈眉宇。裴矩不禁暗暗喝彩，还没开口晤谈，已先下马候着。冼太夫人令孙儿下马，自己也从容下鞍。慕容三藏从后面迎上前来，为冼太夫人及冯盎引见裴矩。彼此行过了礼，略谈几句，便一起回到广州。裴矩因冼太夫人在岭南有很高声望，便请她一同巡行，安抚各州郡。冼太夫人也不推辞，当即与裴矩带着兵士出城巡抚。苍梧首领陈坦、冈州首领冯岑翁、梁化首领邓马头、藤州首领李光略、罗州首领庞靖等人都来参见。裴矩于是奉旨封他们为县令，让他们尽心镇守旧部，各首领欢跃而去。
岭南平定，裴矩当即派人回京报捷，隋主封冯盎为高州刺史，追封冯盎的祖父冯宝为谯国公，冼太夫人为谯国夫人，特意给他们印章，应允他们设幕府，置官属，令他们见机征发六州兵马，方便行事。并赦免冯暄，封他为罗州刺史。裴矩回京后自然也得到厚赏。冼夫人将隋主给的赏赐收起来，每年大会时，她便陈列出梁、陈、隋三朝给的奖赏，并对子孙说：“你们一定要一片赤心向着天子，我之所以能侍奉三代君主，就是因为我的一片忠心，你们看看这些赏赐，这便是忠孝的报酬。”仁寿初年，老夫人寿终，隋廷赐谥号为诚敬夫人。