殷孝祖阵亡，部众异常惊骇，多亏沈攸之及时安抚部众，镇定人心，军队才没有溃散。此时，江方兴已从南方调到北方，他与沈攸之名位不相上下，众人都想推举沈攸之为统领，沈攸之却让江方兴统率全军。江方兴大喜，当即督令各将，准备开战。
赭圻的守将是寻阳左卫将军孙冲之、右卫将军陶亮二人，他们手下的兵士将近两万。孙冲之对陶亮说：“殷孝祖是出了名的骁将，谁知才交战一次就死了，看来天下没有什么事情可以难倒我们。我们不需要再死守此地，干脆直取京师，怎么样？”陶亮不肯依从，仍旧与部将薛常宝、陈绍宗、焦度等人出兵对垒，与官军决一胜负。江方兴与沈攸之夹攻敌阵，有进无退，杀得寻阳军士弃甲曳兵，一哄而散，逃往姥山。陶亮惊惧不已，急忙与孙冲之退守鹊尾，令薛常宝留守赭圻。
寻阳长史邓琬听说前锋战败，忙派豫州刺史刘胡率三万大军前去支援。刘胡是沙场上的老将，有勇有谋，颇为将士所崇敬。孙冲之、陶亮二人便以为有了刘胡这个靠山，再没有什么好担心的了。当时宋廷已任命沈攸之为辅国将军，令他代替殷孝祖督管前锋军事，又将建武将军吴喜从会稽调往赭圻。沈攸之随即率领各军围堵赭圻城。
扼守赭圻的薛常宝因城中缺粮，忙向刘胡求援。刘胡亲自率领一万多名步兵护送粮草，在赭圻城下被沈攸之阻拦。沈攸之一声号令，万箭齐发，刘胡三退三进，直至身中数箭，暗觉支撑不住，才向后撤退。沈攸之趁势奋击，大破刘胡军。刘胡狼狈折回。薛常宝见刘胡战败而去，自知孤城难守，忙开门突围，逃入胡寨。城中的其他将领慌忙出降。沈攸之随即入据赭圻城，建安王刘休仁也从虎槛赶到赭圻。宋主刘彧派人犒劳军将，勉励士兵再接再厉。
邓琬打着刘子勋的旗号，征召袁粲到寻阳，令他率军赴敌。袁粲将雍州全部兵力带往寻阳，与寻阳各军会师。一千多艘楼船，两万名兵士，如火如荼，奔赴鹊尾。刘胡等人将袁粲迎入军营，谈及军情，袁粲略略交谈，便算了事。在军营里待了几天，袁粲并没有讨论用兵方略，而是天天衣着雍容，赋诗饮酒，就像没事一样。刘胡因官军还没有杀到，军饷匮乏，想向袁粲借调襄阳的军资，袁粲却不答应。又传来消息说建康米价暴涨，袁粲更是安慰各军说可以坐取建康，因而连续几天，各军都是按兵不动。刘胡屡次恳请出战，袁粲才令他出屯浓湖，堵截官军。
当时，青、兖各郡吏纷纷起兵响应建康，青州刺史沈文秀勉强与宋廷相持，情势很是危急。弋阳的山贼田益之也为宋室效命，率领一万多山贼围攻义阳。司州刺史庞孟虬率兵击退田益之，然后奉邓琬之命赶去援应殷琰。刘勔忙向刘休仁求援，刘休仁派龙骧将军张兴世去支援。张兴世本想绕过鹊尾，占据钱溪的上游，好截击寻阳军的粮道，可是刘休仁却令他北援，这未免背道而驰，让人很是叹惜。沈攸之忙去找刘休仁说：“像庞孟虬这样的人，将军随便派个人去援助刘勔就可以制服他，但张兴世提出的截击叛军粮道的建议却是战事的关键所在，还请将军慎重考虑！”刘休仁于是另派部将段佛荣率兵援应刘勔，抵抗庞孟虬军。同时，令张兴世挑选七千多名精锐去截击叛军的饷道。
张兴世当即率二百艘轻舸逆流而上，途中几次遭遇逆风，全军屡进屡退。刘胡得知后大笑道：“我都不敢轻率地越过他们，顺流而下，攻取扬州，他张兴世能有什么能耐，敢来占据我军的上流？”因此，也没怎么戒备。哪知，一天东北风大起，张兴世悬帆直上，径直越过鹊尾。当刘胡获悉情报，派部将胡灵秀去追击时，已经来不及了。张兴世竟在钱溪扎住营寨，堵截要道。刘胡忙亲自率各部水军出攻，不料，袁粲的人突然跑来，说是浓湖危急，请他赶紧回援，刘胡只得折回浓湖。原来，刘休仁为了遥应张兴世，特意令沈攸之、吴喜率战舰进击浓湖，以牵制刘胡。等刘胡回军浓湖，沈攸之他们早已退了回去。
当时，庞孟虬到了弋阳被吕安国击败，逃回义阳。王玄谟的儿子王昙善又起兵占据义阳城，追击庞孟虬，庞孟虬在逃亡中被山贼杀死。殷琰的部将皇甫道烈等人听说庞孟虬战败而死，相继向刘勔投降。刘勔于是让段佛荣回守浓湖。
刘胡由于无法抢回钱溪的粮食，便派人去南陵征粮，结果征粮部队又被官军杀了回来。刘胡大惊，想逃回寻阳。他假装让人通知袁粲，说是准备继续攻打钱溪和大雷。自己却坐上薛常宝秘密备好的船只，径直趋往海根，毁去大雷各城，逃往寻阳。袁粲当天晚上才得到确实的消息，禁不住顿足愤恨道：“没想到被这小子捉弄了，真是后悔啊！”一面说，一面出帐乘马，对部众说：“我去把刘胡追回来，你们就守在这里，不得轻举妄动！”说完，袁粲就带着一千多人径直赶往鹊头。
浓湖以及鹊尾各营的兵士总共不下十万人，但主帅不在还怎么坚守？索性全部向宋军投降。建安王刘休仁占据浓湖、鹊尾后，派沈攸之追击袁粲。
袁粲与鹊头守将薛伯珍又逃往寻阳。晚上留宿山间，袁粲对薛伯珍说：“不是我怕死，我只是想亲自到寻阳向王爷谢罪，这样才能安心自尽。”薛伯珍不发一言。第二天早上，薛伯珍入帐说是有密计相商，请袁粲让帐中的闲人都出去。袁粲不知他有什么妙计，便依他的话做了。哪知众人刚退出去，薛伯珍竟拔剑出鞘，向袁粲刺来。袁粲惊骇至极，想闪身躲避，偏偏身不由己，手脚反而笨滞得很，只见剑光一闪，一道魂灵已飞入幽都。
薛伯珍提着袁粲的首级，号令众人向宋军投降，众人都没有异议。薛伯珍当即提着袁粲的首级前往钱溪，途中遇到将军俞湛之，薛伯珍便给他看袁粲的首级。俞湛之表面上道贺一番，暗中却趁薛伯珍不备，削下了他的首级，然后带着两颗头颅去刘休仁的大营邀功。
寻阳接连收到兵败的消息，邓琬仓皇失措。刘胡这时忽然出现，声称袁粲叛变，军队溃散，只有自己全军而回。邓琬听后，先是感叹，然后又勉励他一番。刘胡当即恳请加拨粮饷，并信誓旦旦地表示自己将全力以赴。邓琬当即拨给他粮饷器械，令他出屯湓城。没想到，刘胡一出寻阳，竟转向沔口去了。
得知刘胡离去，邓琬更加惶急，急忙召集众人商量对策。众人绞尽脑汁，也没想出一个好计策。尚书张悦却想出一条妙计，他诈称生病，召邓琬前来议事。邓琬应召而来，张悦对着他叹道：“我这病还不是被国事累出来的？事已至此，危亡就在眼前，既然大人当初能想出这个谋略，那么我想现在也应该能想出解决的办法，是不是？”邓琬踌躇半天，才嗫嚅答道：“看来只好斩杀晋安王向宋主谢罪，说不定还能保全大家的性命。”张悦冷笑道：“大人不觉得这样太残忍了吗？难道出卖王爷就可以换得一线生机吗？唉！我们还是先喝一杯，再慢慢想办法吧。”说到这里，张悦向帐后一望，令人拿酒。帐后一声响应，突然闪出许多死士，他们手中哪有什么美酒，个个是明晃晃的刀械！邓琬走投无路，被当场斩首。张悦派人杀光邓琬的儿子，然后单舸来到刘休仁军前，献上邓琬的首级，认罪乞降。
刘休仁军随即占据寻阳。可怜十一岁的刘子勋做了半年的寻阳皇帝，只落了个身首分离的下场。
刘胡逃到石城后，被竟陵丞陈怀直诛杀。临海王刘子顼被宋主勒令自杀，安陆王刘子绥也被赐死，邵陵王刘子元，即刘子勋的弟弟，也被诛杀，死时年仅九岁。所有归附刘子勋的党羽除了几个见机归顺的人以外，大多被诛杀。
当时，路太后已中毒身亡。宋主追谥她为昭太后，将她安葬在孝武陵东南，称为修宁陵。原来，路太后听说刘子勋建号，心中十分高兴。到刘子勋将战败时，路太后竟准备好酒宴，宴请宋主。宋主刘彧全然没有防备，直到内侍偷偷扯他的衣服，他才知道酒中有毒。于是他将计就计，将手中的酒盅捧给路太后，祝愿太后千岁，请太后喝下祝寿酒。路太后不好推辞，只好拼死饮尽。当晚，路太后中毒身亡。宋主刘彧秘不发丧，等到寻阳告捷，才将路太后草草安葬。
刘休仁回到京都，私下对宋主说：“刘子勋的弟弟都还活在世上，陛下还是早除遗患为好！”宋主随即将剩下的十多个侄子一同赐死。孝武帝刘骏的二十八个儿子至此已死亡殆尽。
寿阳的殷琰听说寻阳败没，于是率全军向宋主投降，宋主封他为镇南谘议参军。因叛乱已平，宋主又想向淮北示威，于是他封张永为镇军将军，沈攸之为中领军，令他们统率十五万大军去迎接徐州刺史薛安都。蔡兴宗劝谏宋主说：“薛安都已经归顺我朝，陛下只需要一纸诏书，便可以将他征召回京，何必动用大军，引起他的疑忌呢？如果叛臣的罪名重大，不能不杀，陛下就该当机立断除掉他，而不应在赦免他之后，又去逼迫他！陛下这样做，只能逼他再次叛变，给北魏一个侵袭我国的好机会。到那时，我国又将遭遇兵戈了！”宋主听后不以为然，转而询问萧道成的意见。萧道成也说这样做不妥，宋主却说：“我军如此猛锐，战无不利，你们未免多虑了！”随即令大军出发。
薛安都听说大军将来，果然十分疑惧，他急忙以儿子为人质，向魏主拓跋弘求救。汝南太守常珍奇也怕遭到官军的进击，而向北魏乞降。魏主拓跋弘是拓跋浚的长子，拓跋浚在位十四年后病故，拓跋弘与宋主刘彧同年即位，追尊拓跋浚为文成皇帝。即位时，拓跋弘年仅十二岁，国事都由丞相太原王乙浑处理。第二年，王乙浑想谋权篡位，最后被太后冯氏设计诛杀。冯氏不是拓跋弘的生母，但颇有智略，因而临朝听政，稳住了大局。当薛安都、常珍奇二人向北魏乞援时，冯太后与中书令高允商议一番，决计出兵。于是，北魏镇南大将军尉元、镇东将军孔伯恭率一万多名骑兵东救彭城；西河公拓跋石与张穷奇率一万多步兵西救悬瓠。同时，薛安都被封为镇南将军，兼任徐州刺史、河东公；常珍奇被封为平南将军，兼任豫州刺史、河内公。
兖州刺史毕众敬想投靠宋室，于是向建康发去奏章，恳请宋主允准自己率兵讨伐薛安都。奏章刚发出去不久，竟突然传来儿子毕元宾坐罪被杀的消息。毕众敬不禁大怒，拔刀劈柱，悲叹道：“我已是知天命的人了，这辈子就这么一个儿子，没想到，他竟不让我儿为我养老送终！我跟他拼了！”不久，魏军来到瑕邱，毕众敬当即向魏军投降。魏将尉元派部将占据兖州城，并夺去毕众敬的大权。毕众敬这才万分悔恨，好几天不吃饭，不喝水，然而后悔也没用了。
魏西河公拓跋石来到上蔡，也用与尉元一样的谋略，占据城池，夺取常珍奇的大权。常珍奇也心生悔意，想要谋变，无奈拓跋石已严密防备，无从下手，常珍奇也就只能这样蹉跎过去了。
此时，薛安都还没有收到瑕邱、上蔡两处的消息，只是听说张永、沈攸之等已到下磕，他急忙派使者催促魏军。北魏大将军尉元长驱至彭城，夺下薛安都的实权。薛安都十分愤慨，想谋叛北魏，归附刘宋。不料风声走漏，受到尉元的讥讽。薛安都又羞愧又惊骇，只好重资贿赂尉元，并将过错全部推到女婿头上，把女婿杀死。尉元这才令部将李璨守城，薛安都为助，然后亲自率大军偷袭张永的粮道。张永被杀得措手不及，不仅辎重全部被魏军夺去，还死伤无数士兵。
宋主刘彧接到消息，后悔不迭，忙召来蔡兴宗说：“都怪朕当初没有采纳你的建议，现在徐、兖两州失守，朕无颜面对你呀！”蔡兴宗再次提议说：“徐、兖二州已失守，青、冀二州局势肯定不妙，还请陛下立即派人去抚慰青、冀两州！”宋主于是派沈文秀的弟弟沈文炳前去发抚沈文秀，又令辅国将军刘怀珍与沈文炳同行。途中竟然传来青、冀二州叛变的消息，刘怀珍兼程赶去，一路平定各城。青州刺史沈文秀、冀州刺史崔道固于是仍抵御北魏，归顺刘宋。沈怀珍随即安心回京。
北魏得到徐、兖二州，又打算攻取青、冀二州。令北魏平东将军长孙陵赶赴青州，征南大将军慕容白曜做后应。一路上，大军势如破竹，据无盐、破肥城，夺去糜沟、垣苗，又进陷升城。城中守将要么战死，要么投降。沈攸之与萧道成的援军也无法阻挡北魏的进攻，只好退守淮阴。一时间，下邳、宿豫、淮阳各守将纷纷弃城而逃。
青、冀二州援军没有等来，却等来了魏军。崔道固孤守历城一年，最后力竭投降。沈文秀困守东阳三年，最后城陷被擒。魏兵将沈文秀捆到慕容白曜面前，慕容白曜喝令沈文秀下拜，沈文秀厉声道：“你是北魏的臣子，我是南宋的臣子，我们都为人臣子，凭什么我要向你下拜？”慕容白曜肃然起敬，酒食款待沈文秀，然后将他押送平城。魏主任命沈文秀为中都下大夫，青、冀二州也为北魏所有。