一九五三年，一位叫做“罗伊·贝恩顿”的历史学家首次对事件进行公开的调查，他最先来到的是“劳埃德全球船舶注册中心”，这里是最容易获取船只信息的地方，但他翻遍了所有海峡一带的船只记录，却根本没有一艘叫做棉兰号的船，罗伊并没有放弃，他又相继前往了国家航海博物馆，负责马六甲海域的新加坡海事局，查询所有相关的海难记录，和当地注册的船只信息，却依旧没有任何的收获，接来下，罗伊来到了棉兰号的所属国荷兰，终于在阿姆斯特丹找到了一艘同名的船只，但他却很快失望的发现，这艘货船在二战以前就已经报废了，全世界没有任何的注册记录，只说明了一个问题，那就是棉兰号事件很可能从头到尾都只是一个编造的故事，就在罗伊万念俱灰准备放弃的时候事件又有了新的转机，在罗伊拜访荷兰的期间，一位德国裔的教授“西奥多”给了他一本曾经是二战海军的人创造的书稿，书名是《南海的死亡之船》，其中讲述的正是棉兰号事件，虽然只有短短的三十二页，但不同于其他的记录，这本书对事件的描述极为详细，从银星号和棉兰号两艘货船的航线，运送的货品，船长的名字，甚至连发动机的型号都一一记载，根本就不像是一个编造的故事，尤其是银星号的部分，更是与罗伊了解到的情况完全对应，罗伊认为，一个普通的作家绝不可能知道这么详细的事情，文章在后半部分提到，棉兰号是由亚洲出发前往美国的一艘黑船，运输的货物很可能是某种生化武器，这些违禁品被放在四号仓库里进行伪装，而接受货船的一方是一个美国军方的机构，虽然书里的描述极为离奇，但有军方背景的黑船，在远离普通航道的位置航行，最终因生化武器的泄露导致所有的船员死亡，这样的理论的确可以解释无法找到注册信息，以及船上发现的那些恐怖的尸体，罗伊顺着这条线索继续寻找，但却惊异的发现，文章的作者“奥拓·米尔克”早在两年前就已经过世了，在罗伊以后有一个叫做“阿尔瓦·马斯丁”的海洋学者，花了很长的时间终于找到了当时的银星号，这艘船确实存在，但他却发现船上的航海日志里根本就没有棉兰号的记录，而同样奇怪的是，在银星号的船员中没有一个人愿意接受他的访问，同时不愿意对事件做任何的说明，从此以后这起海难再也没有了新的消息。
棉兰号是世界知名的幽灵船事件，因为事件本身只出现在报纸与书刊里，没有任何实质性的证据，所以直到今天它依旧存在很大的争议性，人们对它的推测主要有两种，第一种是黑船论，根据南海死亡之船里的描述，棉兰号是一艘携带违禁物品有军方背景的黑船，它无法在公海上正常的行驶，所以才会避开常规的航道，根据事件里的事件、地点和航道的信息，有人根据这些线索推断出了一个最有可能的事件原型，竟然与七三一部队有关，在二战结束以后七三一部队的首领石井四郎向美国提出，以细菌武器的资料和样本作为条件，免除自己在远东国际军事法庭的追诉，由于该研究成果极具价值，为了让资料不被苏联获取，美国军方最终与石井达成了协议，生化武器是敏感又危险的物品，最保险的运输方法就是找到几艘没有注册的老旧货船，从一个不知名的海港出发，经过马六甲海峡悄悄的转移到境内，由于运输的货物需要高度保密，军方对所有相关的人士下达了封口令，但因为一场意外的发生，导致了其中一艘出现了严重的泄露事故，最终暴露在公众的眼前，船员诡异的死状，舱内不合常理的温度，到最后离奇的爆炸，似乎全都能够与生化武器联系在一起，但这个理论最大的漏洞，就是几个小时以后登船的银星号船员怎么会没有受到任何的影响。
第二种理论则是完全或者是部分的虚构，棉兰号的原型可能仅仅是一艘普通的船只，船员因为某种海难或者感染疾病而死，由于现场太过骇人，所以被目击者夸大以后传播，最后演变出了这样一个离奇的事件，这是大部分怀疑论者相信的理论，但如果它真的是一起完全虚构的事件，那么美国海岸警卫队为什么会收录这样一个编造的故事，处于事件中心的银星号，又为什么从头到尾没有进行过任何形式的澄清，直到现在棉兰号事件已经过去了七十多年，随着时间的推移，它已经由最早出现在报考里的海难，逐渐演变成流传半个世纪的都市传说，后来，人们根据CH Marck Jr写给中央情报局的往来信件判断，信中没有解密的收件人很可能是当时的CIA局长“艾伦·杜勒斯”，至于情报局是否回信，回复的信息是否仍在加密的状态，公众已经无从知晓了。
就像CH Marck Jr在信里提到的一样，那片深不见底的大海，究竟藏着什么可怕的秘密，也许这种对漆黑深海最原始的恐惧，才是棉兰号事件流传至今的真正原因。