自西班牙人占领“菲律宾”后，一直到崇祯十七年，西班牙在“菲律宾”各岛屿驻扎的正规军也只有2300人。在吕宋岛，除了在马尼拉驻有400名士兵外，其他士兵主要驻扎在马尼拉湾南岸的卡维特（今Kawit）、马尼拉湾口的科雷希多岛（今Cidio岛）、马尼拉湾北的邦板牙（今gan）、西北部的玳瑁港和维甘港（今Vigan，华人称美岸港）、北部海岸的班吉港（Bangui）、卡加延（今Cagayan）、东海岸的兰庞（Lampon，今General Nakar，即纳卡尔将军城一带）。在吕宋岛外，西班牙军队还驻扎在郑和岛北部布桑加岛的卡兰拉内斯（今es）、班乃岛的奥顿（今Oton），宿务岛的“圣名耶稣市”（Vil del Santíssimo Nombre de Jesús）（今Cebu城）、棉兰老岛的三宝颜、北部的卡加延·德奥罗、东海岸的卡加拉（今Caraga）、霍洛岛的霍洛城及蒂多雷岛。西班牙人知道仅靠这2000多人是没法维持对“菲律宾群岛”的统治，于是还大量招募西班牙人与吕宋岛土著人的混血儿“麦士蒂人”。
无论是在南美洲还是在“菲律宾”、澳门、印度大陆，西班牙、葡萄牙人把欧洲人与当地人通婚后的混血儿称为“麦士蒂人”（Mesti），男的称为“麦士蒂索”（Mestizo），女的称为“麦士蒂扎”（Mestiza）。在西班牙占领的“菲律宾”各地都有“麦士蒂人”，最多的就是吕宋岛的马尼拉、宿务岛的圣名耶稣市、班乃岛的伊洛伊洛城（今Iloilo城）。
西班牙在菲律宾除了招募“麦士蒂人”，也招募日本浪人和皈依了JD教土著人，比如在马尼拉就有500名日本浪人2000名土著人。除了固定驻军外，还定期派出舰船巡视占领的各岛屿。
西班牙占领马尼拉后，对马尼拉的中国人进行过二次大屠sha。第一次大屠sha发生于万历三十一年（1603年），被杀的中国人达3万多人；第二次大屠sha发生于崇祯十二年（1639年），被杀的中国人达2万多人。西班牙在马尼拉的驻兵并不多，为了屠sha在马尼拉的中国人，二次大屠sha中，西班牙人都动员了几万已该宗了的“菲律宾人”参与，也不知道这些“菲律宾人”原本对汉人的感恩之心扔到哪里去了。
进攻吕宋岛的舰船由“太仓号”舰长邢寰率领，随行的舰船有“合肥号”、“舒城号”、“庐江号”、“巢县号”、“无为号”，另有1000名铁血军步军一起行动。苏禄国、马京达瑙国的士兵坐上铁血军的蒸汽机舰船后，觉得这种不需要风帆的舰船真威武，今后一定要说服国王，去大明国采购这种机器船。
铁血军舰队到达民都洛海峡后，“无为号”带着50名铁血军战士、200名苏马联军去了布桑加岛，他们将负责歼灭在卡兰拉内斯的西班牙人。
铁血军舰队到达马尼拉湾后，“庐江号”、“巢县号”继续北上，他们将负责歼灭在邦板牙港、林加延港、美岸港、卡加延港及东海岸兰庞港的西班牙人。
邢寰率领“太仓号”、“合肥号”、“舒城号”进入了马尼拉湾，首先炮轰西班牙人在科雷希多岛的炮台。
科雷希多岛是位于马尼拉湾入口处的小岛，面积为5平方公里，“科雷希多”这个名字来自西班牙语，意思是“地方法官”。西班牙人占领马尼拉后，起先西班牙人只是把它作为一个信号站，有商船、军舰出入港口时，就在岛上燃起篝火，为船只导航。自上世纪西班牙人击退海盗林凤对马尼拉的进攻后，发现科雷希多岛有极重要的战略地位，于是就在科雷希多岛上建立了炮台，此后该岛成了马尼拉城的第一道海上防线，因此要进入马尼拉湾，必须摧毁科雷希多岛上的炮台。
西班牙人设在科雷希多岛上的大炮属于长炮，炮重约2.2吨（4800磅），口径13.2厘米（约5.2英寸），炮长3.35米（约11英尺），弹丸重8.2公斤（约18磅），有效射程1550米（约1700码），最大射程6120米（约6700码）。以前，这种岸炮在“菲律宾”地区几乎是无敌的，但这次他们遇到的是铁血军。邢寰的“太仓号”、“合肥号”、“舒城号”上的舰炮告诉了西班牙人，什么才是真正无敌的大炮。西班牙人设在科雷希多岛上的炮台在铁血军的一轮炮击后，灰飞烟灭了。随后，50名铁血军战士登陆，打扫战场。
邢寰率领舰队进入了马尼拉湾，来到了巴科奥尔湾，海湾的尽头就是卡维特。
卡维特位于马尼拉湾南岸的巴科奥尔湾（今Bacoor湾），距马尼拉25公里。西班牙人原先在卡维特并没有驻扎军队，只是在沿海建立了晒盐场。万历二年（1574年），西班牙人击退了大明海盗林凤对马尼拉的进攻后，为了加强马尼拉城侧翼的防卫，就在卡维特建立了军营。
邢寰的舰队进入巴科奥尔湾后，发现海湾内还有2艘西班牙舰船在巡逻。
进入马尼拉湾的“太仓号”、“合肥号”、“舒城号”击沉了西班牙人的2艘舰船后，就在卡维特城前摆开阵势，根本不需要等涨潮，隔着老远就开了炮。待轰平了西班牙设在卡维特的城堡后，100名苏马联军士兵登陆，清理城里的西班牙人。
马尼拉城内，西班牙驻马尼拉舰队司令加西亚来到奥玛斯广场边的总督府，告诉科奎拉，有人入侵马尼拉。
西班牙人在占领的殖民地所建的城市，无论是在南美洲的墨西哥地区、秘鲁地区，还是在“菲律宾”地区，几乎每一个城市都会建一个奥玛斯广场（Pza de Armas，也称武器广场），以此宣示西班牙人的军威，城市的大部分建筑和政府类机构都会围绕在广场四周。如一个城市有多个广场，最主要的也一定是“武器广场”，在后来这种“武器广场”往往成了一座城市的“中yang广场”。西班牙驻马尼拉总督府位于巴石河（今Pasig 河，也称帕西格河）南岸960米，距河口约3.5公里，总督府的边上就是奥玛斯广场（今称罗马广场）。
尽管科奎拉还担任着西班牙驻马尼拉总督、舰队总司令，但在“菲律宾”的西班牙人还不知道科奎拉、加西亚均已被西班牙国王菲利普四世撤职。
去年底，菲利普四世就得知福摩萨（即台湾岛）的沪尾港（今台北淡水港）、鸡笼港（今基隆港）被荷兰人占领了，为了惩罚驻马尼拉的军政人员，已给“新西班牙”总督下达了命名，逮捕科奎拉、加西亚，并任命迪戈·法加多·查科（Diego Fajiado Cha）为新的马尼拉总督，只是从墨西哥来的船只在关岛被铁血军拦截了，所以查科以及他带领的士兵来不了马尼拉了，科奎拉、加西亚更不知道他俩已不再是西班牙驻“菲律宾”地区的最高军政长官了
科奎拉听了加西亚的报告后，问加西亚：“我们在科雷希多岛的炮台干什么吃的？”
加西亚说道：“可能科雷希多岛的守军疏于职守，被敌人攻陷了。总督阁下，刚刚从卡维特那边传来了炮声，卡维特炮台应该也失守了。”
科奎拉心想，周边除了大明国，还有谁敢入侵马尼拉？于是，他跟着加西亚来到巴石河边的圣地亚哥城堡。
圣地亚哥城堡曾是吕宋国的王城，西班牙人占领马尼拉后，于隆庆五年（1571年）对王城进行改造，历时十五年，终将吕宋国的王城改造成了军事堡垒，取名为“圣地亚哥城堡”（Fort Santiago）。万历十八年（1590年），西班牙人又将城堡的城墙改造成石城墙，城墙厚度达10米，设有炮台、瞭望塔，城外还有护城河。
科奎拉站在圣地亚哥城堡的瞭望塔上，用单筒望远镜朝河口看去，只见远处有三艘插着大明龙旗的军舰正朝河口开来。科奎拉看见果真是大明国的舰船，知道该来的还是来了，他们过来报仇了。
科奎拉问道：“我们的城堡能抵挡得住他们的炮弹吗？”
加西亚沮丧地说道：“总督阁下，荷兰人在台湾岛、德尔纳特岛、巴达维亚、马六甲的城堡并不比我们差。”
科奎拉听出了加西亚的话外之音，于是说道：“那就让我们的士兵和他们进行巷战。”
加西亚指着城堡内衣装不整的士兵，说道：“我们的士兵都成了乌合之众，能是他们的对手吗？”
驻扎在马尼拉的西班牙士兵，除了极少数来自西班牙本土外，大多是来自“新西班牙”的混血儿、印第安人、黑人和日本浪人、皈依了JD教的土著人。这几个月来，驻“菲律宾群岛”的西班牙士兵日子很不好过，他们的军饷都要从“新西班牙”（即墨西哥）运过来，可自今年一月以来就没有一艘来自墨西哥的帆船到达马尼拉，士兵的军饷一直欠着。这些士兵的军纪极坏，没了军饷就到处抢劫，连在马尼拉传教的神父都看不下去，说他们是“一群丢了西班牙人脸面的痞子”。
科奎拉说道：“司令官先生，我们总不能坐以待毙吧？我们的士兵再差也还是军人。”
加西亚说道：“我会尽力的。”
“马上动员城内的民众，一起参加保卫战。”
“是。”
科奎拉回到府邸后，把马丁叫了过来，问道：“麻烦你把你的老朋友金本高先生请过来。”
马丁说道：“总督先生，5天前金本高就离开了马尼拉。”
科奎一听就明白了，金本高知道大明国舰队要进攻马尼拉，为避免误伤，提前撤离了，于是问道：“城内还有其他大明国的商人吗？”
“这个就不清楚了。”
“你马上带着人去巴连，把没离开的大明国商人都给我抓过来。”
马丁知道总督是想用大明国的商人做人质，尽管他不愿意，但还是不得不说道：“是。”
马丁离开总督府后，立即召集了一些人，渡河来到巴石河北岸的巴连（今马尼拉唐人街）。