第十四章明朝
起兵称帅
朱元璋，濠州钟离（今安徽凤阳）人。
朱家十分贫穷，靠租种别人的田地勉强维生。至正四年（1344），朱元璋十七岁时，濠州遭受严重的旱灾，又闹蝗虫，他的父母长兄相继饿死。为了有口饭吃，朱元璋无奈到附近的皇觉寺当了和尚。后来，和尚们也没饭吃了。朱元璋被迫离开寺庙，四处流浪讨饭。艰苦的流浪生活，锻炼了朱元璋勇敢坚强的性格，但这种形同乞丐的生活也铸就了他的猜忌和残忍。因此，这一段人生经历，对他矛盾性格的形成和后来的事业发展都产生了重大的影响。至正八年（1348），朱元璋又回到了皇觉寺。
元朝末年，政治腐败，民族矛盾以及阶级矛盾日益尖锐激化，冲突斗争一触即发。至正十一年（1351），韩山童、刘福通在颍州（今安徽阜阳）揭竿而起，士兵们头裹红巾，号称“红巾军”。第二年，定远土豪郭子兴聚众烧香，联合孙德崖等五人率众起义，定远、钟离一带数万百姓纷纷起来响应，郭子兴被拥戴为当地起义军的首领。至正十二年（1352）二月，郭子兴率红巾军攻克濠州。元朝军队胆小怯战，不敢直接与红巾军作战，就四处抓一些老百姓，包上红头巾充作俘虏向上级报功。朱元璋为了活命，不得已投奔郭子兴参加了义军。但当驰骋在沙场上时，他发现自己原来竟可以统领千军万马，可以掌握自己乃至许多人的命运。
机智、善战的朱元璋深得郭子兴的赏识。朱元璋起先只是一名步卒，后来被提升为亲兵九夫长，并调到帅府做事，郭子兴把朱元璋视为心腹，后来，还将养女马氏嫁给朱元璋，她就是后来的马皇后。皇觉寺的小和尚做了郭元帅的女婿，地位也截然不同了。在起义军中，大家都称他“朱公子”，并起了个官名元璋，字国瑞。
在濠州的红巾军里，连郭子兴在内，共有五个元帅。其他四个人原本都出身农民，经常与郭子兴意见不一致，而郭子兴也看不起他们的粗直脾气。起义军内部发生争斗，甚至发展到火并的地步。至正十三年（1353）五月，在抵抗元军的濠州守城战中起义军死伤惨重，于是朱元璋回到家乡去招兵买马，很多儿时的伙伴前来投靠，很快招募到七百人。郭子兴就让朱元璋统领这七百人，并任命他为镇抚，朱元璋从此成为一名军官。
朱元璋是个有抱负的人，他对自己在起义军中的地位很不满意，又见红巾军各将领之间矛盾重重，就决计离开濠州，自谋独立发展。为了不招致其他首领的猜忌，他把自己统领的人马交给了别人，只从中精选了二十四人南下定远（今安徽定远县）——这其中就包括后来成为他心腹大将的徐达、汤和、费聚等人。南下过程中，朱元璋招纳了张家堡驴牌寨的义兵三千人，又打败一支元军，收编了缪大亨在横涧山的义兵两万余人，由此一下子拥有了几万人的大部队。在作战之余，朱元璋还特别注重对自己的队伍整顿纪律，加紧训练，并勉励大家共同努力，以建功立业，士兵们都很佩服他。很快，朱元璋手下的军队成为一支战斗力很强的队伍，声势大振。
在起义过程中，朱元璋还注重礼贤下士，为自己今后的大业集聚人才。当朱元璋的部队进军滁阳（今安徽滁州市），经过妙山时，定远人冯国用、冯国胜兄弟前来投奔。冯国用为朱元璋制定了先夺取金陵（今江苏南京），然后征伐群雄的统一策略，又建议朱应以“仁义”征服天下。朱元璋十分赏识、信任他们，让国用在自己的幕府当参谋。之后，他又遇到了一位重要的谋臣李善长。
李善长也是定远人。朱元璋知道他很有学问计谋，当李善长前来投奔时就留他在幕府掌管文书工作。有一次，朱元璋问他：“现在全国到处都在打仗，什么时候才能太平呢？”李善长说：“秦朝末年天下大乱。汉高祖本是平民，但因他豁达大度，知人善任，又不乱杀人，只花了五年时间，就一统天下。现在元朝政治混乱，天下土崩瓦解。而您现在气象旺盛，有王者之气，应学汉高祖所为，则天下不难平定。”李善长是要朱元璋仿效汉高祖刘邦，建立帝业，这就为朱元璋描绘了一幅布衣天子的蓝图，更加激发了朱元璋的雄心壮志。
在一大批谋臣亲信的辅佐下，朱元璋率领着自己亲手建立起来的英勇善战的队伍，顺利地打下滁州、和州（今安徽境内）。不久，郭子兴率领他的万余人部队与朱会合，看到朱元璋的部队号令严明，军容整肃，十分高兴。至正十五年（1355），刘福通等在毫州建立了龙凤政权，拥戴小明王韩林儿称帝。那年，郭子兴得病死了。小明王就封郭子兴的儿子郭天叙为都元帅，郭子兴的妻弟张天祐为左副元帅，朱元璋为右副元帅。但郭天叙没有什么指挥的经验，加上军中大多将士都是与朱元璋患难与共、屡经沙场的亲信，朱元璋虽名居第三位，实权却全部掌握在他手里。没多久，郭天叙、张天祐在攻打集庆（今江苏南京）的时候，被叛徒出卖，都死了，朱元璋就独掌了元帅府的事情，接管了郭子兴的所有部队。
至正十六年（1356），朱元璋率领大军渡江攻打集庆（今南京市内），集庆五十多万军民投降。朱元璋攻占集庆后，严令士兵不得扰民，并出榜安民，得到百姓的拥护。当他巡视集庆城后踌躇满志地对徐达等人感慨道：“金陵有长江为天堑，地理位置险要；而这里粮草充沛，人民富足。我现在拥有了这个地方，再加上各位同心协力，一定能成大事。”当天，朱元璋就把集庆改名为应天府，又设立起大元帅府，分封诸将，建立起军事、政治、经济等各方面的机构，朱元璋的江南政权得以建立起来。打那时候起，这位曾经的小和尚成为了真正的大元帅。他雄心勃勃，以应天府作为根据地，向江南一带发展，继续他的宏图伟业。
削平群雄
至正十六年（1356），朱元璋建立的江南政权，拥有了包括应天府（南京）在内的富饶的江南地区，他计划以此为基础一统天下。但这时形势还十分复杂，南北都有实力强大、同样想问鼎天下的对手，如张士诚在紧邻应天的平江（今江苏苏州）建立了国都，企图割地为王；南方徐寿辉定都汉阳，建立了天完政权；北方还有刘福通、韩林儿的龙凤政权攻占了潼关。而江南政权还处在元朝军队紧密包围中，应天可谓危机四伏。朱元璋想一一迅速将他们剿灭，但深感力不从心。
这时又有一位熟读兵书、韬略深邃的寒士朱升给朱元璋献上一计：“高筑墙，广积粮，缓称王。”其中“高筑墙”，就是加强军事防御建设，巩固后方，守卫好已得地盘，不可得而复失；“广积粮”，就是要发展生产，加强经济实力，准备好应付长期战争的物质条件；“缓称王”，则是要朱元璋讲求实效，不图虚名，不急于称王，以免树大招风，成为众矢之的。这条斗争策略无疑是十分正确的，朱元璋采纳了朱升的建议，没有立即称王，而是一面在应天屯田，兴修水利，积极恢复农业生产，另一面，派徐达攻下镇江，命邓愈攻下广德，又亲自率大军攻占宁国（今安徽省东南部）等周边战略要地，保证了应天的安全。经过两年左右的时间，江浙省西部的元朝统治区大都被朱元璋攻占，并将势力进一步扩展到苏、浙、皖、赣，而这一带成为他补充兵源和军需物资的基地。
消灭了位于东南部的孤立元军后，朱元璋开始与各地的割据势力展开较量。至正二十三年（1363），陈友谅特制楼船数百艘，号称六十万大兵包围洪都（今江西南昌）。陈友谅是个权力欲很强的人，此前他杀害了徐寿辉，篡夺了天完政权，改国号大汉，自称皇帝。他乘朱元璋出兵安丰之际，大举来犯。洪都守将朱文正率城内军民坚决死守了八十五天，使朱元璋赢得了时间，率二十万大军前来援助。陈友谅退到鄱阳湖迎战，爆发了著名的鄱阳湖水战。这一次朱、陈之战长达三十六天，战斗打得十分激烈，陈友谅几乎全军覆没，而朱元璋的部下伤亡也很大，几名大将宋贵、张志雄、韩成等都战死了。最后在混战中，一枝飞箭射中了陈友谅的眼睛，并穿过头颅，陈友谅身亡，大战结束。至正二十四年（1364）正月，朱元璋回到应天自立为吴王，建置百官。二月，朱元璋率水陆大军再次征讨武昌，陈友谅之子陈理投降，大汉政权灭亡。
灭汉后，下一个目标就轮到了张士诚。至正二十六年（1366），朱元璋发布声讨张士诚的檄文，痛斥他的八大罪状，制造攻灭张的舆论。张士诚曾在高邮战役战胜元军后，占领平江，并在此建立了政权。张士诚所统治的地方是长江三角洲的最富庶之地。他与朱元璋在镇江对峙，双方不断发生战争。张士诚屡战屡败，后来投降元朝，被封为太尉。至正二十三年（1363），张士诚又自立为吴王。之后，他就开始养尊处优，不管政事，和大臣将领们修府第、建园池，吃喝玩乐，腐化堕落。从至正二十年到二十三年，张士诚出粮，方国珍出船，每年给元朝往大都运送粮食十一万石到十三万石，还与红巾军为敌。至正二十六年（1366）八月，朱元璋命徐达、常遇春率二十万大军讨伐张士诚。十一月，攻下了湖州、嘉兴、杭州、绍兴等地，扫清了外围，对平江形成包围之势。九月，破城，张士诚被俘，自缢而死。
当平江攻破在即之时，朱元璋同时派出一队人马去攻打割据在浙东的方国珍。同时，又派军南下福建，平定陈友定。至正二十六年（1366）底，他又遣使到滁州迎接小明王，中途将其沉于江中，农民起义军的各个割据政权相继灭亡。
元至正二十八年（1368）正月初四，朱元璋在应天称帝，定国号大明，建元洪武。此时，元朝尚有北方半壁河山，福建、两广、四川、云贵等地方割据势力还很强大。明太祖建国后的首要任务就是继续完成统一大业。他派出大军北伐中原，发布文告：驱逐胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民，这对北方人民反抗民族压迫颇具号召力。北伐军在徐达、常遇春的率领下，仅三个月就平定了山东，接着定河南，下潼关，最后集中兵力向大都推进。七月，北伐军逼近大都，元顺帝携后妃、太子仓皇逃奔上都，北伐军攻占大都，统治中国98年的元王朝灭亡。元顺帝于洪武三年（1371）四月死于应昌（今内蒙古克什克腾旗达里诺尔西）。其子爱猷识礼达腊继位，携残部退到漠北，史称北元。
北伐顺利进军的同时，南征也拉开序幕。洪武元年（1368）正月，汤和率领的南征军最终消灭了方国珍、陈友定，福建、两广尽入版图。洪武四年（1371），四川平定。十四年平云南。洪武二十年，山西、陕西以及东北平定。经过二十年的南征北伐，终于平定了各地的割据势力和残元兵力。除北元仍割据漠北，全国大部分地区实现了统一。
在短短二十年之间，朱元璋发展生产，扩充军备，徐图缓进，由一个四处逃难的和尚变成了大明的开国皇帝。
皇权独揽
在武力统一全国后，朱元璋立即建立起庞大的官僚机构对全国实行统治。明初的官僚机构仍沿袭元朝的制度，但朱元璋注意吸取历史经验，特别是元朝灭亡的教训，为了朱明王朝的长治久安，他着手对政治制度进行改革，采取加强封建专制主义统治的措施，加强了皇帝的权力。
改革首先从削弱地方权力开始。洪武九年（1376），对全国的行政区域重新划分，废除了元朝的行中书省，将全国分为十二个布政使司和南京直隶区。十二个布政使司是：浙江、江西、福建、北平、广西、四川、山东、广东、河南、陕西、湖广、山西。其中，“北平布政使司”在明成祖永乐元年改称“北京”，即改成直隶区；洪武十五年（1382），增设云南布政使司；永乐十一年（1414），增设贵州布政使司。于是，明朝的地方行政划分定了型：两个直辖区，即南北直隶和十三个布政使司。由于行中书省的名称已经成为习惯，所以一般还是称为行省，俗称省。一省设三官：承宣布政使，管理地方的民政和财政；提刑按察使，掌管刑法；都指挥使，管理军政。三者之间互不统属，各自直属中央，这样就将原来无所不辖的行省长官大权分成了军、政、司法三权分立，三者互相牵制，既避免了地方长官的专权，又利于中央的集权统治。布政使司以下的行政机构简化为两级：第一级是府（或直隶州），设官为知府（或知州）；第二级是县（或属州），其长官为知县。一些偏远和少数民族地区，单设都指挥使司，实行军政和民政的统一统治。这一改革减少了元朝的路、府、州、县四级管理，使命令的传达和奉行更为便捷，而且各级官吏皆由中央直接任免委派，形成了从中央到地方的严密统治网络。
废除行中书省后，地方军、民、财政和司法权力都集中在了中书省，这就使得丞相的权力越来越大，君权与相权之间的矛盾越来越尖锐。朱元璋是不甘于做傀儡皇帝的，他要按自己的意志来统治天下，因此，削夺相权，加强皇权的斗争势必爆发。洪武十三年（1380），朱元璋以“谋逆”的罪名处死了丞相胡惟庸，借机废除了中书省和丞相制，将原来中书省和丞相的权力分归六部，六部尚书直接听命于皇帝。由此，自秦朝以来的丞相制度和自隋唐以来的三省制度均被废除，中央集权得到强化。
朱元璋还改革了监察机构。元朝中央的监察机构叫御史台，洪武十五年（1382），朱元璋将其改为都察院，其职能是做天子的耳目，纠劾百官的错误。都察院的长官叫都御史，下面设置了十三道监察御史，以一个布政司为一道，负责监察检举各级官吏的不法行为。监察御史只是七品官，却赋予了他很大的权力，朱元璋就是用这种以小制大、以内制外的方法来钳制他的巨僚。在中央还设立了大理寺，其长官是大理寺卿。这个机构负责对刑部、都察院、五军断事官审理的案件进行复审，大理寺与刑部、都察院合称“三法司”，遇大案须三法司会审。形式上看似乎对刑狱的处理更为审慎，其实这是将司法权力也一分为三，使其互相牵制，暴露了朱元璋对任何事都不允许“专于一司”，处处提防大权旁落的心理。
朱元璋还特别重视军队的管理和建设，创设了卫所制度。每卫大约五千六百人，长官称指挥使，管辖五个千户所。每个千户所一千一百二十人，长官为千户。千户所下又分为十个百户所，一个百户所一百一十二人，长官为百户。百户所下设两个总旗，每个总旗下又分设五个小旗，每个小旗十个人。每个军士另立户籍，称军户，身份世袭。军户由国家分给土地，实行屯田自养。明初，全国的卫所、都指挥使司都由大都督府管，朱元璋任命他的侄儿朱文正为都督。洪武十三年（1380），废除丞相制的同时也废除了大都督府，改设中、左、右、前、后五军都督府，将兵权一分为五。但朱元璋仍不放心，又规定五军都督只有统兵权而无调兵权；兵部有任免、训练权，但又不得统兵。五军都督和兵部互相牵制，遇到战争，由皇帝作出决定，兵部颁发调兵命令，都督府的长官才能奉命作为将军率兵出征。而战事一结束，就要归还将印，士兵也要各回卫所。这项制度，使军队始终掌握在皇帝手中，从军事上加强了皇权。
明初，朱元璋还实行了分封制，将二十四个儿子和1个从孙分封到全国各地，以巩固朱明王朝的统治。由于北元回归大漠后保有相当强的军事力量，对明朝北部形成极大威胁，所以朱元璋分布在北方边防线上的塞王兵力尤为雄厚。到洪武后期，这些塞王已完全掌握边防军事指挥权，实力雄厚，他的第四个儿子燕王朱棣后来就是因此才夺了建文帝的皇位。
朱元璋一系列政策和制度的改革影响深远，具有一定的进步作用。它使行政、监察、军事三方面的统治机构相互独立，互不统属，每个机构下的权力又一分再分，这就使得各项权力机构之间产生很大的相互牵制力，而真正的大权则被独揽在皇帝一人手中，使中央集权君主专制发展到空前程度。
大明律法
明太祖朱元璋这位中国历史上出身最卑贱的皇帝，却以雄才伟略，审时度势，建立了高度集权的大明王朝。而为了保证统治秩序的稳定，他又是历代皇帝中少有的重视国家法律的制定和实施的统治者，他制订了《明律》和《大诰》，对法律的思考和见解，以及推行普法教育和宣传的手段，可以说是独步古今。
元末的社会动荡，使国家秩序遭到严重破坏，为了尽快恢复统治秩序，朱元璋认为就需要依法治国。朱元璋在吴元年（1367）十月就命左丞相李善长等草创律令。李善长等建议以集大成的唐律为蓝本来制定明律，到吴元年十二月，完成了律书的编写，其中包括律285条，令145条，这便是最早拟定颁行的《大明律》。后来，朱元璋还是觉得已定的律令不够完善，在实践和总结中又不断对其进行修订。洪武六年（1373）夏天，刊行了《律令宪纲》，这年冬天又命刑部尚书重修《大明律》，到洪武七年（1374）基本成书，篇目与唐律相同，共六百零六条，三十卷，颁行天下。从吴元年到洪武六年，先后历经七年的反复修改，而以后又有所增损，洪武二十二年（1389）刑部又奏请修订，直到洪武三十年（1397）才正式颁布。经过二十多年修订完善的《大明律》有：律文三十卷，四百六十条，按照朝廷六部分吏、户、礼、兵、刑、工六律，有五刑、十恶、八议等各个条款。
《明律》比唐律在条文上言简意赅，但严酷程度却有过之而无不及。比如，犯了“谋反”、“谋大逆”之罪，在行刑上，《唐律》规定为首犯处以斩刑，其父及年在十六岁以上的儿子都被处以绞刑，但其余亲属不处死；而《明律》规定，不分“主犯”、“从犯”一律凌迟处死，他们的祖、父、子、孙、兄弟，甚至同居之人，不管是否患有疾病，年龄在十六岁以上的都处以斩刑。不区别情节轻重，而且株连范围之广，实在骇人听闻。
前朝的律法自古以来都是重在治民而不治吏，但是曾经切身的经历，使朱元璋深知官吏的贪婪是造成百姓疾苦的重要原因，所以对职官犯罪也制定了严峻的法令，在《明律》中专门设置了《受赃》一篇共计11条，同时，还专设《课程》篇19条，从重论处官吏犯罪。如规定监守偷盗仓库钱粮四十两就判斩刑；官员一律由朝廷任用，大臣不得私自干涉，否则就是死罪处斩。《明律》还规定严禁官吏之间互相标榜推荐，如有人向上荐举某位大臣，就以“奸党”论处：“犯人处斩，妻子为奴，财产入官”。这使得任何人都不能干扰皇帝选用官员的意志，而所有的人都要按照皇帝的意志行事，这就从国家根本大法上加强了君权。
《明律》的制定，在中国古代立法中已近完善。但是，要所有的臣民都遵循这一法典的难度并不亚于其制定的难度。因为，在当时的条件下，识字的人很少，要让人人学习所颁行的法典是件很困难的事情。但朱元璋这位布衣天子就是能想出他独到的办法。早在吴元年拟定《明律》之初，朱元璋就命大理卿周桢等人将刚刚拟定的律令中有关民众生活的部分用口语写成《律令直解》，详细解释律令的含义，并发布到各个郡县。洪武十八年（1385），颁行《大诰》，接着颁行《续编》、《三编》和《大诰武臣》，而这些都是汇编的生动的案例。朱元璋亲手编制的《大诰》属于惩治官吏的特别刑事法规，一共236条，都是朱元璋亲自处理过的案件。它以实际的案例来说明某种过错是触犯了哪条律法，进而会受到怎样的处罚。这种切身说法是很容易让老百姓听懂、记牢，进而遵守的。让老百姓“知”什么问题由此解决，之后，朱元璋又找到了解决“如何知”的办法。他下令全国的府、州、县学堂中的教师以《大诰》为教材，每天教学生诵读，熟记，让国人从小就学法懂法，而且每三年老师要带领学生到礼部背诵，视背诵的多少给予奖赏或处罚。后来，朱元璋又下诏将《大诰》列为科举考试的内容，凡在乡民集会上都要宣讲《大诰》。如果这样还不能达到臣民从小遵守的目的，那么朱元璋还有一招“治乱世，用重典”的强制措施。他要求无论官、民，家家都要有一本《大诰》，并规定家有《大诰》者犯“罪”时可以减罪一等，否则就要加一等判刑。本来砍头的罪，减罪一等就改为流放了，总是能捡回一条性命。在《明律》中有着那么多酷刑，减一等刑罚总是好事，所以人们也就会记得家家保存一册《大诰》了。朱元璋利用种种方法推行律法，其目的是想通过律法的宣传和教育，使广大臣民服服帖帖地在其统治下生活，以维持他作为君主绝对的权威。
《明律》是朱元璋一生政治生涯的经验总结，是他费尽心力，历经二十年，字斟句酌的“不刊之典”。朱元璋把它视为维护朱明王朝长治久安的法宝，在他的《祖训》中嘱咐子孙们必须遵行这部法典，一字不可更改，使《明律》成为终明之世的“百代之准绳”。
鱼鳞图册
在中国历史上，朱元璋是位毁誉参半的皇帝。不过，在治国期间，他实行休养生息的经济政策，采取奖励垦荒，实行民屯、军屯、商屯等屯田制度，兴修水利，在全国推广桑、麻、棉等经济作物的种植，这一系列措施都有利于恢复和发展农业生产。特别是他还做了一件被史学家们誉为“美政”的大事：清丈全国田地，编制土地赋役管理档案——鱼鳞图册，从而成功地使明朝社会经济得到了较快的恢复和发展。
作为一位贫民出身的皇帝，朱元璋极其清楚农民没有土地耕种的痛苦。元末之际，天下大乱，生灵涂炭，百姓们纷纷揭竿而起，无非就是为了实现“耕者有其田”。当上皇帝后不久，朱元璋发现许多富民隐瞒田产、逃避徭役，因而开始了大刀阔斧的土地赋役制度改革。他在继承宋元相关制度的基础上，启动了全国范围的黄册和鱼鳞图册的编造措施。
从建国之初，明太祖朱元璋就注意收集元朝的“户卷”，即户口登记资料。洪武三年（1370），命户部将全国所有的户籍编造成册，推行户帖制度。明政府规定在每家的户籍册上都要详细记录这家每一个人的姓名、年龄、籍贯以及成年人丁的情况，用字号编排顺序，并盖上官府的印信。此外，对于家中的男女情况、田地、居住房屋，甚至拥有牲畜的情况也都要附在登记册中。户口登记情况分成“籍”和“帖”两部分，“籍”保存在户部，“帖”则由百姓在自己家中保存，每年国家派专人对其中登记的情况进行核对和修订，以便政府对全国的人口、土地等情况有最新的全面的掌握。可见，这是一次全国范围的、大规模的人口普查，对户口登记十分详尽，而且采取籍、帖分开的方式，每年都要重新统计上报。经过这样大规模登记和核查而编制的户帖，为明朝政府征收徭役赋税提供了相当可靠的依据。洪武十四年（1381），在户帖制度的基础上建立了更为详密的黄册制度。黄册就是户口总册，它以户为单位，详细登载了各户的乡贯、丁口、姓名、年龄、田宅、资产，并按照职业规定人户的籍属，主要分为民、军、匠三大类。黄册十年编造一次，共造一式四份，一份送交户部，其余由布政司、府、县各存一份。因为上交户部的那份的封面要用黄纸裱糊，所以被称为“黄册”，它是政府征收赋税的依据，因此又叫“赋役黄册”。黄册的编造奠定了明朝的户籍制度，它比以往朝代对户口的控制更为严密。“里甲制度”和“黄册”的制定同时进行，明政府在编制黄册时规定：以一百一十户为一里。在一里之中推选家中人口多、纳粮最多的十户为长，其余的一百户编为十甲，每甲中包括十人，把每里编为一册。这样就把一切人、户都编制到里甲之中，而里甲中的人、户又被登记到黄册中，根据黄册记载的人户情况，通过里甲实行赋役。因此，里甲是明代最基层的组织单位，里甲制度为黄册制度提供了组织上的保证。
黄册是明朝的户口登记册，同时黄册上也记录了每户拥有的土地数量。但是因为黄册上登记的只是各家各户所占土地的大致情况，不够确切，所以仍有人设法隐瞒所占土地。特别像两浙的富民，他们为了逃避徭役币口赋税，往往把自家的田产假托在亲戚、邻居的名下，这种做法被叫做“铁脚诡寄”。久而久之，延续成一种风气，导致乡里欺瞒州县，州县欺瞒府，以下欺上，造成很多的弊端。于是，配合黄册制度，明朝政府又开始了“鱼鳞图册”，即一份详尽的土地登记册的编制。据最新史学研究考证，明代“鱼鳞图册”的编造早在龙凤年间就开始了。明王朝建立后，朱元璋又多次派人在全国范围内丈量、核查田地，并于洪武二十年（1387）全面完成了鱼鳞图册的编造工作。这部图册的具体编制办法是：以征收税粮—万石的地域面积作为一个区，将一县分为若干区，每区又按土地的自然形态分为若干地段，由朝廷派人或由地方官主持进行丈量，然后分区分段绘画出区内的田地形状，并以田地为主，编排字号，记载田地的亩数、土质优劣、方圆四至、上中下等税则以及田主的姓名和土地买卖情况等。因各州、县、郡、里将所辖境内所绘制的田地图编在一起，栉比排列，形状好像鱼鳞一样层层相联，所以被称为“鱼鳞图册”。它和黄册并称“经纬册”，在人口、土地等情况上互为佐证。明代的鱼鳞图册，是相当完备的土地登记册。它的编制，使赋役的征收具备了确实根据，使政府税收有了保证，明初的耕地面积和税收数额都有了很大增长。
朱元璋通过清丈土地，编制赋役黄册、鱼鳞图册，建立里甲制度，将全国的土地和人口都编管起来，这就使朝廷基本上掌握了全国的户口和耕地情况，把农民牢固地束缚在土地上，从而保障了国家徭役和赋税的实现。但从另一方面，这些制度也让饱尝战乱之苦的百姓有了可以附着的土地，同时对豪族地主隐瞒土地，逃避赋役起到了一定的限制作用。同时，明朝政府还规定工匠轮班制，放松了对手工业者的人身控制，这对刺激农民的生产积极性，恢复和发展农业和手工业生产都起到了促进作用。
皇帝恶犬
朱元璋整顿吏治，严惩贪官，甚至不惜戴上大肆屠杀之名。但猜忌多疑的性格使他对自己的巨僚重臣总是放心不下，唯恐大臣对他不忠，时时刻刻充满戒心，要求大臣对他绝对地听从、忠心不贰，即使出朝之后也要对他恭恭敬敬。于是便采取了公开的特务恐怖统治。
起初，朱元璋只是派一些检校、佥事等官吏去刺探巨僚们私下的言行。当时最著名的是高见贤、夏煜、杨宪和凌说四人。他们专门负责侦察在京官员们私下里不满、不忠的言行，禀报皇帝。朱元璋把这几个人比喻为恶犬，只维护自己的权威，让众人惧怕。起初，这些密探只是四出巡视，没有一个机构，不能直接逮捕判刑。到洪武十五年（1382），朱元璋特设了锦衣卫，作为其行使权力的机构。
锦衣卫的“卫”就是指“皇帝亲军”。锦衣卫是皇帝的私人卫队二十二卫之一，它一方面继续承担侍卫的责任，每逢皇帝举行朝会、巡幸、祭祀等重大活动时，锦衣卫就身穿飞鱼服，腰佩绣春刀，侍从左右。另一方面，正因为是皇帝贴身卫队，护驾责任重大，所以在皇帝出行之前他们就必须有所防备，于是便时时四出，做秘密调查的工作。锦衣卫被皇帝赋予了侦察京师官民和抓捕等特务职能后，它已不等同于一般的保卫部队，从外表看锦衣卫最大的特征就是身穿金黄色的飞鱼服，这种官服采用了象征帝王尊严的黄色，作为他们区别于其他卫队的特殊标记，意思就是权力高高在上。
锦衣卫中，最大的官职是三品，叫指挥使，其他辅设的官职还有同知、佥事、镇抚以及千户等，在其下还有将军、力士与校尉，并设经历司和镇抚司两个机构。经历司主管文书的出入，而镇抚司是锦衣卫的核心，负责受理狱状、诉讼。在朱棣成为皇帝时，又增设北镇抚司，成为南北司，北司的任务是“专理诏狱”。另外，锦衣卫的职官死后，他“魁梧才勇”的亲儿子或是亲兄弟可以接替他的职位，没有儿子或兄弟的就会在普通民户中选择符合条件的人作为替代，一般的小校则挑选民间丁壮担任，这就保证了锦衣卫中不会出现职位空缺的情况。
锦衣卫成为中国明朝时期设立特务机构的肇始，专门从事侦察、逮捕、审问、判刑等活动。它和府、部、院都没有隶属关系，只听命于皇帝，由皇帝直接管理。同时，锦衣卫还是超越“三法司”，即刑部、都察院与大理寺的非常刑狱机构，设有独立的法庭和监狱，也就是说，锦衣卫和朝廷的刑部都有公堂，而锦衣卫被赋予了更大的拘留和审判疑犯的权力，被称为“诏狱”或是“锦衣狱”，也就是皇家监狱。锦衣卫可以不必事先向皇帝禀明案情就逮捕任何可疑的人，包括皇亲国戚，而皇帝也可以借锦衣卫之力，去捉拿自己认定的犯人，并进行不公开的审讯。
由于锦衣卫是由皇帝直接掌控的，朝臣们根本无法对它进行干扰，这就使皇帝的统治权力更具威严。但是，由于锦衣卫拥有的极大特权，他们的贪赃枉法又有皇帝这道“屏障”的保护，使锦衣卫在执行任务中无所顾忌，甚至可以胡作非为、无恶不做，造成了社会的混乱。本来按明朝刑法规定：凡是抓人，必须人赃俱获，或者有确切的证据才能够去抓。但锦衣卫抓人多是捕风捉影，事实不清，有时仅仅是姓名差不多，就被抓走了。
锦衣卫的行为越来越无法无天，他们抓人后，往往先不带回衙门，而是找一个僻静的地方，将人毒打一番，叫做“打桩”。被抓的人必须将自己的钱财奉献出来向他们行贿，如果钱少，小校们就自己收下；如果得到的钱多，小校们就会再献给自己的长官一部分。如果被抓的人钱财不多或者不能满足这些特务们的需要，就会被带回衙门，百般拷打，严刑审讯。锦衣卫对疑犯的审讯是极其残酷的。它的监狱与刑部的监狱比起来，当时的官员与百姓都把刑部的监狱视为天堂，而把锦衣卫与后来东厂的监狱看成地狱，可见其残酷程度。他们所用的酷刑有刷洗（用开水浇人，然后用铁刷子刷）、抽肠（顾名思义）、剥皮、秤杆（用铁钩把人吊起风干）、阉割、挖膝盖、锡蛇游等几十种名目。在各种刑罚中，最残酷的莫过于凌迟，这种刑罚要把人绑在柱子上，用刀慢慢割，如果行刑的人技术好，那受刑者就倒霉了，最多的能割三千多刀，把肉都割完了人还没死。在这种种酷刑之下，疑犯往往屈打成招，之后再被送到朝廷的司法机构审理。由于锦衣卫深受皇帝的重视和信赖，司法机构根本不敢对他们说不，所以明知许多人是被冤枉的，也不敢纠正。被冤屈的人最后只能落个人财两空，甚至还会搭上无辜的性命。
当时不少的锦衣卫借皇帝之威而横行霸道。其中有一个叫纪纲的人，他得到成祖朱棣的宠信后就借机杀害曾经反对过他的文武百官，又利用手中职权聚敛财富，他教唆家人伪造诏书，带到不同的盐场，命盐场额外交纳贡盐，借官用的车船将盐载入自己的家中，却分文不给。各地盐场的主事惧怕纪纲的权势，只能尽可能满足他的要求，敢怒而不敢言。另外，纪纲还编造一些罪名诬蔑权贵巨商，等他们给自己送来重金再把他们判为无罪；反之，不肯交钱的就必死无疑了，而死后被没收的家产，竟也被他侵吞掉一大部分。
锦衣卫是皇帝进行恐怖统治的特务机构，它的设立使明朝的特务机构基本成型，但它是明代所有特务机构中唯一一个不由宦官主持的，此后的东厂、西厂均在宦官的把持之下。这些特务机构是皇帝豢养的一批恶犬，他们也借皇帝之势，狐假虎威，做尽坏事，留下千古骂名。在朱元璋驾崩前，因发现锦衣卫非法行事，造成的积怨太多，曾经大削锦衣卫的权力，但后来，靖难之变发生，明成祖朱棣篡位，为了压制臣民对他的不满，又恢复并更新了锦衣卫所有的权力。直至李自成起义明王朝灭亡后，锦衣卫才正式结束了其长达二百六十二年的历史。
空印案和郭桓案
明初，通过一系列加强皇权的改革，朱元璋建立起一个庞大的官僚机构。鉴于元代官吏贪污腐败以至亡国的教训，朱元璋决心整顿吏治。
朱元璋关心民生，心系百姓，但对待臣下极为严厉，官员有一点小过错就会遭到重罚，对贪官污吏的惩治和用法之严酷更是历史上所罕见的。他颁布了有史以来最为严厉的肃贪法令：贪污钱财六十两以上者，就斩首示众！区区六十两银子就要杀头，这个命令足以显示朱元璋肃贪的决心。为了增加震慑力度，朱元璋还设置了一项骇人听闻的政策。他把府、州、县、卫衙门左面的土地庙作为剥人皮的场所，称为“皮场庙”，官员贪污处死后，要把贪官的皮剥下来，然后在皮内塞上稻草，做成人皮袋，悬挂在官府公座两旁，以威慑官吏。另外，还有挑筋、剁指、刖足、断手、刑膑、钩肠、去势等酷刑。
然而，在这样的考核监督制度和酷刑震慑下，贪赃枉法之徒仍心存侥幸，前赴后继，一再考验朱元璋对官吏的信任。为此，朱元璋不得不一再对官僚队伍的腐败进行大规模的整治，掀起一个又一个大案。其中，空印案发生在洪武九年（1376）。
明朝政府规定：每年各个地方的负责官吏都要到户部去核对地方的统计数字。户部审核后，如果发现钱粮等数据有不符合的地方，就要被驳回重新填写。地方官员递交的统计文书是要加盖印信的，但是有规定不允许将官印带出府衙，而各地方的府衙与京师间的距离远的六七千里，近的也要三四千里，古代交通不便，往返费时，特别是边远地区，只从那里到达京师就要好几个月。地方官为了方便，在来京时带上预先盖好印信的空白文书，如遇到户部驳回，就立刻重新填写，不必再回到本地盖印，以免往返之劳。这种做法已经实行了很久，上下已经习以为常。但在洪武九年（1376），朱元璋发现了这种情况，他认为各地方官有意欺瞒，奸吏利用盖有印信的空白文书擅自行文就会贻害百姓，大怒，下令严办，将所有掌印的官员处死，将副职一律杖责一百，发配远方戍边。
很多人认为这是一桩冤案，因为有效的文书必须加盖完整的印信才能使用。而考核钱粮所用的文书册，是盖两张纸的骑缝印，即使奸人得到也不能改为他用。而各地的钱粮数字是要经过府到省、省到部的层层核对后到户部才最后确定的，对偏远的省府来说，如果将出现错误的文书拿回本地重新编造、盖印，往返就要用一年时间。这种先在空白文书上加盖印信的方法，不过是权宜之计。对于开国之君朱元璋来说，以他的聪明和对国家的治理，他不会不明白这个浅显的道理。真正触怒他的是由于他的不知情，是他感到从下到上对他的欺瞒。本来，通过正常渠道向上申诉有可能得到允许的事情，现在，官吏们为了自己方便竟敢事先不告诉他朱元璋就擅自而为，这就等于不尊重他皇帝的权威，不遵守国家的法度。所以，朱元璋震怒了，他要给所有人以警醒，要杀一儆百。
到洪武十八年（1385），朱元璋又怀疑北平二司的官吏与户部侍郎郭桓一起贪污，再掀大狱，称为“郭桓案”。在这起大案中，中央六部，除了尚书和左右侍郎，以下的全部办事官员都被处死了。在追寻赃款过程中还牵涉各地一批地主富户，很多大户人家因寄借赃款之名受到处置而破产。
空印案和郭桓案这两起案件中牵连被杀的达到数万人。在被杀的官吏中当然有贪官污吏，但一些为政清廉的官员也成了无谓的牺牲品。如千古忠臣方孝孺的父亲方克勤，一生清廉，半时肉都舍不得多吃，衣服上满是补丁，但就因为他是主印官，也就被一并诛杀了。
经过这两起大案的整治，官员们个个如惊弓之鸟，人人自危。有史料记载，很多官员甚至在每天上朝前都要与家人举行一次郑重的告别仪式，而如果今天能平安回到家中，就又会举行庆祝仪式。朱元璋如此不问青红皂白，杀了这么多人，他的目的是什么呢？应该说他的主要目标还是正确的，他要消除贪官污吏。但因他的性格猜忌多疑和从小被官府欺压的悲惨遭遇，也使得他从内心不信任官吏，致使受到牵连的人员一再扩大，而对官吏和富户财产的没收，还成为他聚敛财富的一种手段。
胡蓝之狱案
兔死狗烹，鸟尽弓藏，已经成为很多朝代开国君臣间必然发生的故事。而在这一点上，朱元璋与他的巨僚功臣间上演了有史以来最为惨烈的一幕。
朱元璋起兵之初，曾大批招贤纳士，正是在这批运筹帷幄、能征惯战的文臣武将的辅佐下，朱元璋才得以夺得天下。但猜忌多疑的性格使他时时处处提防他的部下将领，为防止他们叛变，他规定凡是出征的将领都必须把自己的妻子留在京城做人质，并派自己的心腹去监军。因为在残酷的战争期间，朱元璋也确实经历过部将谋反的事——邵荣和谢再兴背叛事件。
邵荣、徐达、常遇春曾经是朱元璋手下最著名的三位将领，邵荣因骁勇善战位列三人之首。但至正二十二年（1362），邵荣从处州（今浙江丽水市）平定苗军叛乱回应天后，因不满朱元璋的过于苛刻的统军方法，与参政赵继祖密谋杀害朱元璋。事情因被告发而败露，二人都被朱元璋缢杀。谢再兴也是朱元璋旧部，而且是朱元璋的侄儿朱文正的岳父。他曾派自己的两名亲信到当时的敌对方——张士诚的占领区贩卖物品，被朱元璋查获后将这两名亲信处死，并把两颗人头挂在谢再兴的办事厅里。朱元璋又擅自做主将谢再兴的女儿嫁给了徐达，又降他为副将。谢再兴一怒之下投降张士诚。
这两桩叛变事件极大地刺激了朱元璋。这些功臣宿将权势显赫，大多是与自己经历相仿的将帅，如何驾驭他们而确立自己的权威，成为朱元璋在大明王朝稳固后，必须着手解决的问题。他从国家体制上废除中书省和丞相制度，分解了大臣的权力；从法制上颁行《明律》和《大诰》，以严刑峻法节制官吏行为；甚至不惜建立锦衣卫这样的特务机构，实施恐怖统治。但种种措施仍不能使朱元璋放心，加上一些开国功臣居功自傲，出现了骄纵违法的行为，朱元璋终于向往日曾经患难与共的兄弟们开刀了。为清除强化皇权道路上的障碍，朱元璋大肆杀戮开国功臣，手段之残酷亘古未有，明初的“胡蓝之狱”就是最好的例证。
胡蓝之狱，是胡党之狱和蓝党之狱的合称，“胡”指胡惟庸，“蓝”指蓝玉。
胡惟庸，定远人，在明末战乱中投奔了朱元璋。他曾任元帅府的奏差、宁国县的主簿、知县，明朝建立后被任命为中书省左丞相，是“—人之下、万人之上”的最高行政长官，位高权重，多年受到朱元璋的宠爱。掌权时，在有些事情上他不向皇帝禀告，擅自处置，还随意任用和处罚官吏，当时有很多人奔走于他的门下，送给他的金银财宝不计其数。朱元璋对胡惟庸的专权早就怀恨在心，因此即使他没有错误，仅凭专权一条也会把他杀掉。历史上宰相篡夺皇权的事件并不罕见。朱元璋历尽艰险才登上宝座，他决不能容忍别人与他分权。洪武十三年（1380），因“擅权植党”，朱元璋杀了胡惟庸，同时被杀的还有陈宁、涂节等数人。并且借胡惟庸案，朱元璋废除了自秦朝以来的丞相制度，甚至在《祖训》里规定子孙后世永远不许立丞相，如果有人建议设立丞相，必须严惩。可见，并不是丞相的人选出了问题，而是丞相这一制度威胁到了朱元璋的皇权。胡惟庸被处死的时候，只是戴着“擅权”的罪名，但后来他的罪状就像故事传说一样，被逐步添枝加叶，越来越多，包括：谋刺徐达；毒死刘基；与李善长勾结谋逆；通倭（这一罪名是到了洪武十九年，即1386年才发现的），派遣明州卫指挥林贤下海勾结日本，欲借兵相助；通蒙古（这一罪名，则是到了洪武二十三年，即1390年时才发现的），等等。洪武二十三年借此又兴大狱，李善长等公、侯二十四人被认定为“胡党”，牵连处死，其他因连坐被杀的共达三万余人。这时，李善长已七十七岁，被赐自缢而死，他的家属七十多人被杀。胡惟庸案还被列入《大诰》的案例中，但他的种种罪行都没有得到实证，罪状大多是捕风捉影，所以说胡惟庸案实际上是一起冤案，专权才是使他丢掉脑袋的真正原因。干扰阻碍了皇帝的集权，就该死，所以说朱元璋也没有冤枉他，只是又赔进去这许多无辜的性命。
洪武二十六年（1393）又爆发了蓝玉案，或称“蓝党之狱”。蓝玉也是定远人，是开国公常遇春的妻弟，他临敌勇敢，自徐达、常遇春死后，蓝玉因战功卓著被封为永昌侯，他的女儿被册封为蜀王妃。洪武二十年（1387），蓝玉作为左副将军随大将军冯胜出塞，降服了北元悍将纳哈出；洪武二十一年作为大将军，率大军十五万出边塞追击蒙古军队，一直打到捕鱼儿海（今贝尔湖），大胜而回，被封为凉国公。但是，深受朱元璋宠爱的蓝玉渐渐骄傲起来，他曾经纵容家奴侵占民田，将前来质问的御吏赶走。特别是北征回来时，半夜来到喜峰关城下，要求开门，关吏限于制度没有及时开门，他就纵使士兵毁关而入。洪武二十六年（1393），锦衣卫告发蓝玉谋反，其间又牵连到景川侯曹震、鹤庆侯张翼、舳舻侯朱寿、东莞伯何荣、吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等。蓝玉被判诛族，全家族的人都被杀害，而被认定为“蓝党”的人，一律处死，如此一来又有—万五千多人丢了性命。朱元璋亲手写诏书布告天下，将蓝玉谋反的事编为《逆臣录》。实际上，蓝玉不过是一个脾气粗暴的武将，因骄纵跋扈，引起了朱元璋的怀疑，才招致杀身之祸。
而蓝玉案的发生其实还有更深刻的原因。案发前一年，即洪武二十五年（1392），年仅三十九岁的太子朱标死了。皇位继承人之死给朱元璋造成极大的打击，因这时他已经八十五岁，年老体衰，而朱标的儿子允炆才十五岁，且性格孱弱。朱元璋掌控大权时，尚感到如狼似虎的悍将权臣难于驾驭，一个十五岁的孩子，没有任何政治经验，如何能保住朱明王朝呢？朱元璋的办法就是大开杀戒，诛杀权臣，为子孙铲除后患，为继承者留下一个安全的世界。
胡惟庸和蓝玉两案，史称“胡蓝之狱”，共历时十四年之久，被杀的达四万五千多人。此外，朱元璋还以各种罪名杀掉了德庆侯廖永忠、临川侯胡美、颍国公傅友德、宋国公冯胜等，制造了一大批冤狱。甚至他的亲侄儿朱文正，因被免官发配抑郁而死；亲外甥李文忠被赐死；就连一同起义的患难密友徐达，也因吃了朱元璋赐的御膳不久而死。经过这一场杀戮，明初的功勋宿将差不多被杀完了，朱元璋的残忍实在千古未有。
靖难之变
明太祖朱元璋对行政、监察、军事等统治机构进行了改革，建立了高度集权的专制统制，以加强皇权。但“家天下”的思想又使他大行分封制，把他的二十四个儿子和一个从孙分封到北部边境和各个军事要地。朱元璋的初衷，一方面是为了固守边疆，抵御北方蒙古残余势力的骚扰；另一个重要的原因就是为了节制中央和地方大员，要诸王“夹辅王室”。他没有想到却因此导致了一场皇室骨肉相残的祸乱。
朱元璋在洪武三年（1270）分封了秦、晋、燕、吴、楚等十王，并赋予了诸王仅“下天子一等”的崇高地位，并赋予他们很大的权力。在封地内，诸王有自己独立的王府、设置官属，而且还拥有军事大权，他们直接可以指挥的护卫和士兵，少的有三千人，多的达近万人。比如宁王就拥有八万人的军队，六千部战车，而燕王朱棣，因为他屡次率兵大败蒙古军队，深得朱元璋的倚重，赋予他节制北方边境所有军队人马的大权，是当时最具实力的藩王。再有，各地卫所都受到诸王的监视和控制，而且诸王还被赋予了直接向皇帝上书，索拿奸臣和举兵清君侧的权力。朱元璋一方面削弱地方官吏的权力，加强中央集权，另一方面又分封朱姓子孙世袭爵位，形成了诸王半独立的政权，从汉代以后还没有出现过权力如此巨大的封国。这显然是与集权统治相矛盾的，势必威胁到中央政权的安全。
朱元璋封王建藩的做法，同样出身卑微的汉高祖刘邦也采用过。刘邦建立汉朝后，立即分封同姓诸侯王，作为刘家天下的屏障。而诸侯王们野心勃勃，与中央分庭抗礼。汉景帝接受晁错“削藩”的主张，引起了藩王的反叛——吴楚七国之乱，他们的借口就是“请诛晁错，以清君侧”。历史常有惊人的相似之处。明太祖朱元璋去世后，由于太子朱标早逝，便由太孙朱允炆继位，是为惠帝，年号“建文”。建文帝即位后，时时感受到有皇叔身份的藩王们的威胁，他们个个拥兵自重，根本不把这个年轻的侄皇帝放在眼里。于是，建文帝与亲信齐泰、黄子澄、方孝孺等商量削夺藩王的权力。周、齐、湘、代、岷几位藩王相继被削，同时命令在北平周围部署兵力，派人监视燕王动静。燕王朱棣是朱元璋的第四个儿子，他势力最大，野心也最大。朱元璋死后，他一面偷偷训练士兵，命人日夜赶造兵器，一面却假装生病，疯子一样成天胡言乱语，有时候还躺在地上，几天不起来。建文帝派人前去探病，正值盛夏，燕王却坐在火炉边烤火，嘴里还不停地叫冷，以欺骗朱允炆的耳目。
建文元年（1399）六月，朱允炆认为准备充分了，密令向燕王动手。不料，北平都指挥使张信向燕王告密。燕王得到消息，把王府里充当建文帝内应的官员全抓了起来，宣布起兵。燕王援引藩王可以统领自己的军队征讨朝中奸臣的“祖训”，打着“清君侧”的旗号，在他的封地起兵，发动了“靖难之役”，所谓“靖难”就是平定内乱的意思，其实他是以声讨齐泰、黄子澄为名，矛头直指建文帝。
燕王起兵后，一路南下，很快攻占了很多地方，声势浩大。而朝中，当时功臣宿将被太祖朱元璋杀了个干干净净，建文帝竟派不出个能打仗的大将，无奈只好起用幸存的老将耿炳文，任命他为大将军，统率南军十三万伐燕。但第一场大仗——滹沱河之战耿炳文就失败了。此时，建文帝听信黄子澄的一面之词，让纨绔子弟李景隆取代了耿炳文任大将军，临阵换将，这犯了军事上的大忌，之后南军屡战屡败。而黄子澄又让李景隆隐瞒战败消息，被蒙蔽的建文帝还给本来战败逃回京师的李景隆予以奖励，继续让他统率南军。建文二年（1400），白河沟之战，南军因将帅们不专心作战，下达的政令不统一而再次大败。但燕军攻至济南时，受到山东参政铁铉的坚决抵抗，双方相持了三年之久。后来燕王得宦官的密报，知京师空虚，便于建文四年（1402）六月挥师渡江，而守卫金川门的李景隆竟开门迎降，于是燕王攻陷京师（今南京）。朱棣取建文帝而代之，是为明成祖，年号“永乐”。齐泰、黄子澄、方孝儒等建文旧臣被杀，还灭了他们满门，这就是历史上所谓的“靖难之变”。
京师被朱棣攻陷后，建文帝却在混乱中失踪，下落不明。有的说他在宫中自焚而死，还有的说建文帝从地道逃出城外，当了一名和尚。究竟如何，众说纷纭，建文帝失踪成为明代迷案之一。
迁都北京
成祖朱棣是以藩王起兵夺取政权的，他自然深知藩王权势过重的祸害。但他刚刚登临皇帝宝座，地位尚未巩固，因此，恢复藩王制实际上是他采取的欲夺先予的策略。永乐元年（1403），朱棣先恢复了被建文帝贬削的诸位藩王的地位，并赏赉有加。但一待地位稳定，朱棣就继续了削藩政策。他先后把北部要塞的藩王迁至南方，有的藩王被以各种理由废为庶人，或者削其护卫，夺其兵权。就这样逐步实现了削藩的目的。同时，朱棣大封靖难功臣，使得中央政权有了可靠的武力保证。
虽然与其父朱元璋不同，朱棣没有杀戮功臣，但同样嗜杀的性格使朱棣在一段时期内对建文帝的亲信大臣，如齐泰、黄子澄、方孝孺等，展开了一场又一场的屠杀，并株连同族乡里。比如，建文时期的御史大夫景清，本来成祖仍让他继任原职，但一日早朝，景清却怀揣匕首，预谋刺杀朱棣。成祖盛怒下令将景清处以分肢之刑，而其族人无一幸免，均株连被杀，继而又牵连他原籍乡里，使得整个村子成为一片废墟，这次大屠杀被人称为“瓜蔓抄”，其残酷的程度可与朱元璋惩处胡蓝党案的手段相提并论。好在不久，成祖就刹住了这股镇压之风，对原来建文帝时的官员，除了坚决反对的以外，愿意为本朝服务的，朱棣都量才录用，从而稳定了当时的政局。
然而，被刺杀的恶梦却就此挥之不去地纠缠着朱棣。加之朱棣觉得南京的血流得太多了，在当时宫殿的广场上，近自朝廊，远及附近的雨花台，无不是血迹斑斑，这使得朱棣对屠杀的惨景总是历历在目而内心不安。在这种种刺激下，朱棣更加思念自己的藩地北平，那里是自己的发祥地，那里有自己稳固的根基，于是便动了迁都的打算。永乐元年（1403）正月，升北平为北京，北京之名即由此始。二月，改北平府为顺天府。永乐五年，皇后徐氏（开国名将徐达之女）死去，朱棣经过慎重考虑，没有在南京建陵安葬，而是派礼部尚书及“江西派”风水大师廖均卿等人去北京寻找“吉壤”，也就是通常说的风水宝地。这些都是为迁都打下的伏笔。
当然，更重要的是军事原因。自从北方藩王被撤除后，边防空虚，蒙古鞑靼、瓦剌不断南下侵扰。为了有力地抵御蒙古的进犯，经营东北，以控制全国，显然将北京作为全国的政治中心，比南京更为合适。于是，永乐四年（1406），朱棣下令迁都。朱棣派大臣宋礼等到四川、湖广、江西、浙江、山西等地采木备料。次年征调了23万名工匠，上百万名民夫及大量兵士开始营建北京城，到永乐十八年（1420）基本竣工。
永乐十九年（1421）正月，朱棣将国都从南京迁到了北京，而南京成为留都。
营建北京宫殿、迁都，不只是为了显示个人的威严，朱棣在建成的宫殿中仅仅生活了四年，而这四年中又几乎有两年的时间是在军旅中度过的。元朝灭亡后，其残余势力退至塞外，但仍不时南下骚扰。成祖为消除边患，在永乐年间，曾五次亲征漠北。就在迁都的当年，鞑靼的阿鲁台屡次兴师来犯，次年三月朱棣统军出征，这已是朱棣第三次亲征漠北。阿鲁台闻讯将马匹、辎重全部丢弃在阔滦海（今呼伦湖）向北逃走。朱棣命人将其辎重烧毁后挥师征讨暗中帮助阿鲁台的兀良哈人，全胜而归。后又于永乐二十一年秋和二十二年春，两次亲征阿鲁台，阿鲁台不敌成祖大军都逃跑了。永乐二十二年（1424）七月，当大军撤回至榆木川（今内蒙古多伦西北），年逾六十五岁的成祖，终因长时间以来身患痛风之病而溘然长逝。
明成祖朱棣肇建北京城和迁都的初衷主要是要以“天子守边”取代“藩王守边”。而迁都的措施也确实对后来巩固北方的边防和加强对全国的管辖起到了积极的作用。
制衡三角
明初，太祖朱元璋废除三省制、丞相制而将国家大权全部抓在自己手中，对于像他这样文治武功的皇帝尚可应付一时，但日子一久，就是整天废寝忘食地批答奏章，还是忙不过来。而遇到重大问题时，也没有了可以商量的人。于是洪武十五年（1382）朱元璋仿效宋朝制度，设置了殿阁大学士，来帮助自己处理一些文字事务。但这些大学士不过是五品小官，他们只是帮助皇帝阅看各部门送来的奏章，再根据皇帝的意图草拟处理意见，既不能参与重大政务的研究，又不能独自处理什么问题。这就是后来内阁制的雏形。
明成祖朱棣登基后，感到有必要修正其父手订的这种辅政体制，要达到既牢牢掌控皇权，又不致使皇帝苦于奏折之中的统治方式。聪明的成祖，画了一个三角形，高高居于顶端的当然是皇帝，而三角形底边的两端分别是内阁和司礼监。这两个辅政机构作为三角形的两条边，互相牵制，此长彼消。而孰长孰短，孰强孰弱，完全视皇帝与其关系的密切和信任程度而定。
首先，成祖朱棣在全国范围内精选了解缙、胡广、黄淮、杨荣、杨士奇、金幼孜、胡俨等七位年轻有才能的士人进入内阁，并对他们放手重用，在诸如有关和战、立储、用人、征调或蠲免赋役等重大军国政务上，都征求他们的意见，有意识地吸收他们参与讨论国家的核心机密。这样，内阁及其大学士的实际职权就发生了实质性的变化。内阁逐渐成为处理机务的实权机构，其中的大学士也成为皇帝左右提供咨询意见的内阁大臣，明朝的内阁制度基本形成。朱棣当政的22年中，内阁大学士虽仍然不过是正五品的官阶，但他们经常能参与重大政务的研讨，也可以在御前进行更高层次的审议，以供皇帝参考，实际上加强了皇权的效能。在内阁制度下皇帝将决策权仍牢牢把持在自己手中，只是将议政权分给了内阁，同时将行政权分给了六部。地方上再分三司，分管司法、军事、行政，三司直接对六部负责。这样，在成祖的掌控下，内阁与六部各司其职，国家最高行政命令从紫禁城发出，通过全国1936处驿站，全长143700公里的驿道，就可以层层下发到帝国每一个角落。
但官僚机构权力的增长是绝对不可以威胁到皇权的，成祖朱棣的办法是重用司礼监的宦官以牵制内阁，达到权力制衡。司礼监设立于洪武年间，最初不过是为皇帝生活起居服务的宦官系统的一个管理机构。成祖在夺得皇位时曾得到宦官的大力支持，因此他十分信任宦官，给予了宦官出使、监军、刺探民情等大权。特别当皇帝授权司礼监负责“掌章奏文书，照阁票批朱”后，司礼监就拥有了更大的权力。具体操作方法是：皇帝阅览后的奏章先发交给内阁，由内阁大学士以皇帝名义拟好批答的文字，提出对政事的初步处理意见，并用一张小票贴在奏章上，连同奏章一起交回皇帝，这个步骤叫“票拟”。皇帝如果同意内阁拟定的意见，就亲自或交司礼监太监用朱笔照抄一遍意见后发给各衙门执行，这个步骤又称为“批红”。内阁拥有“票拟”的权力，阁臣通过草拟对各种奏章的处理意见，来掌握处理国家政事的大权，这是阁臣最大的权力所在；而司礼监的宦官因为可以代皇帝“批红”，进而可以监督和制约内阁的权力。
内阁作为皇帝和政府各部门之间的辅政机构，起到了弥补废除丞相后皇权统治效能下降这一缺陷；而司礼监代表皇权监督、控制内阁和政府机构的施政活动，发挥了稳定和巩固皇帝独裁统治的重要作用。但这两个最重要的中枢权力机构——内阁和司礼监——都不是行政实体，而仅是辅助皇帝处理政务的办事机构。司礼监的宦官是皇帝的家奴，内阁大学士多是选自翰林院的进士，更像皇帝的机要秘书或者顾问。在这种权力结构内，谁都无法逸出皇权控制的轨道而发展成为皇权的异己力量，也不可能形成真正危及皇权的“权相”或者“权阉”。成祖就是通过对这两个机构的改革，“收天下之权以归一人”，“纪纲政令一出于天子”，使皇权得以进一步巩固，建立起历史上空前强大的皇权体系。
永乐大典
现在位于北京海淀区的中国国家图书馆，每天都会有成千上万的读者在这里出入。然而，许多人并不知道，这里有个颇为神秘的地方。这是一个地下宝库，其中存放着一部国家图书馆最为珍贵的馆藏，它就是举世闻名的《永乐大典》。《永乐大典》是一部古今中外罕见的大型类书，是中国古代最成熟、最杰出的“百科全书”。现在馆藏有161册，不到这部卷帙空前浩繁的巨著的4％，还有400册左右流散在世界各地。而《永乐大典》最初编纂完成时的规模是22877卷，11095册。现今《永乐大典》已历经600余年，这个巨大的工程是如何完成的，它在漫长的岁月中，又经历了哪些不幸遭遇呢？
明成祖朱棣在篡得帝位后，为了笼络人心，特别是为了拉拢知识分子，于永乐元年（1403）下令组织编纂一部囊括天下古今事务、百家之书，不避繁多，分类编排的总汇之书，以供皇帝查阅，并指定当时的翰林院学士解缙等人负责此事。起初，解缙等在第二年就编成了一部呈现给皇帝，成祖为它起名《文献大成》。但不久，成祖发现里面的内容还是不够完善，有很多的书籍缺失没有被收集进来。于是，他又下令重修，命解缙和太子少师父姚广志、刑部侍郎刘季篪为总编纂，命翰林院学士王景等人为总裁，翰林院侍讲邹缉等二十人为副总裁，又召集全国知名的学者作纂修，让国子监和各地方学校的生员誊写，一共动用了2100多人，在永乐五年（1407），终于将这部达3.7亿字，2.2万多卷，11095册的巨著编纂完成，明成祖为它赐名《永乐大典》，并亲自为该书作序。
大典内容包罗万象，为方便检索按照音韵收字，各字之下先列出该字的发音、各种词义解释以及该字的楷体、篆体等不同字体。然后分类汇辑与该字有关的天文、地理、人事、名物、诗文词曲等各项记载。被收录其中的记载，全部按照原文照抄，不改一字，完好地保存了大量我国14世纪以前的文学、艺术、史地、哲学、宗教和应用科学等方面的丰富资料。
《永乐大典》编成后，因它的规模太大，一直没能刻版刊印，只是抄了一部，收藏在北京皇宫内的文楼。明世宗即位后，对这部书爱如至宝，一遇到疑难的问题，就按音韵检索到该书中去查找相关内容。嘉靖三十六年（1557），皇宫内奉天、华盖、谨身三大殿起火，明世宗命人先将文楼的《永乐大典》搬出去，一夜之中竟连传四次圣旨命抢救该书。火灾过后，为防不测，世宗命人又完整地誊写了一部副本，将正本藏于文渊阁，副本收藏于皇史宬，即皇宫中专门用来藏书的屋子之中。明朝末年，《永乐大典》的正本已下落不明。
到清雍正时期，《永乐大典》的副本由皇史宬移至翰林院的敬一亭，但此时副本也已经短缺了近两千册。后来不断丢失，到光绪初年仅剩下三千多册了。光绪二十二年（1894），清末著名学者对该书进行过一次查点，那时尚存的仅八百多本了。是什么原因导致如此严重的流失，一直使人困惑不解。《永乐大典》作为国家收藏的珍贵古籍，藏于深宫，普通百姓根本没有机会接触到，那么流失的第一个环节，很可能是宫中侍从和朝廷官员。有史料记载，清乾隆年间《四库全书》修撰完之后，一些官员将《永乐大典》视为多余之物，此后《永乐大典》被束之高阁，给一些官员提供可乘之机，开始进行偷窃，而且偷书伎俩极为巧妙。他们一般选择在冬天进行偷窃，官员们早上进翰林院时随身带一件棉袍，却不穿在身上，而是打成包袱，形状和两本《永乐大典》大小差不多。当夜晚离开的时候，他们将两本大典包入包袱里，把原本包袱里的棉袍穿在身上。看守人员见他早上曾带着包袱而来，晚上带着同样的包袱而去，也就不起疑心了。光绪年间，有一位翰林侍读叫文廷式，仅他一个人就盗走一百多本。文廷式死后，这些书被他的后人卖给了洋人或者古董商。就这样，《永乐大典》就被大量流失出去。
光绪二十六年（1900），八国联军入侵北京。翰林院坐落在东郊民巷，已被沦为战场。那些价值连城、有些甚至从未在宫外见过的古版书籍正在被大火一点一点吞没。《永乐大典》也几乎全部被付之一炬，幸存下来的少部分又被侵略者们肆意抢掠，甚至代替砖块，构筑工事。这场灾难过后，《永乐大典》几近毁灭。
目前，在全世界范围内，我们已知和所有能见到的《永乐大典》仅800余卷，400册左右。其中，我国保存了223册，730卷，其他的则散落在日本、英国、美国等几个国家。
郑和远航
中国拥有绵延一万千米海岸线，是海洋大国，自古就与海外邻邦进行交往。历代有作为的皇帝，也都致力于打开通向世界的海路，探知海外的天地。秦始皇曾派徐福东渡大海，远达日本；汉武帝遣使航海到达过印度半岛；宋朝发明指南针后，中国的航海已经可以远达东非曾拔国（现索马里），在非洲东岸就出土了大量的中国瓷器和铜钱。著名学者、《中国科技史》的主编李约瑟曾盛赞“中世纪的非洲史，可以说是用中国瓷器写成的”，“中国造船技术自古便很精良，中国商船很早就与印度、阿拉伯船竞相活跃于南方海域”。
时至明朝，有人说成祖朱棣是因为怀疑建文帝没有死，逃亡海外，所以派郑和出海搜寻他的踪迹。但成祖锐意与周围邻国和海外各国的交往，也确是在国力逐渐强大的基础上，为了加强对外经济、文化联系，确立明朝宗主国地位，招各国前来“朝贡”，同时也为维护海上交通安全，以达到边疆稳定国家安宁的目的。成祖时，任命郑和为正使、王景弘为副使，出使西洋各国。
郑和，本姓马，名和，小字三保，昆阳（今云南晋宁）人，回族。洪武时入宫为太监。后因跟随朱棣起兵靖难卓有战功，赐姓郑，并擢升为内官监太监，当时人称三保太监。郑和受命后，精心筹备。他研究了船队将要经过的海岛形势、水文气象；以南京龙江造船厂为基地，建造巨大的航海用船，这些船只中，最大的可达长四十四丈四尺，宽十八丈；中等的也要有三十七丈长，十五丈宽。按照现在的计量单位换算，这种巨大的宝船长达130米，宽50多米，排水量达数千吨。这种当时最大的船只每船可容纳一千多人，船上还备有航海图、罗盘针，拥有当时最先进的航海设备。此外，郑和还组织了庞大的使团，以及航海、军事、技术等方方面面的专家和管理班子准备出发。
永乐三年（1405）六月，一下西洋。郑和率领了2.78万余名将士，分乘62艘宝船和140余艘其他船只，满载着织锦绸缎、陶瓷器皿、金银铜器及钱币、馈赠物品等，从苏州刘家河（今江苏太仓浏河镇）出发了。船队首先抵达占城（今越南南部），之后又遍历爪哇、苏门答腊（今属印度尼西亚）、暹罗（今泰国）、旧港（今巨港）等国家和地方，到达满剌甲（今马六甲），继而航行到锡兰山（今斯里兰卡），沿印度西海岸抵达古里（今印度卡利卡特），永乐五年九月回国。返回途中，在旧港，郑和指挥船队消灭了海盗陈祖义的势力，明政府后来在此设立了旧港宣慰司进行管理。
郑和航海的壮举历经明代三朝，即成祖、仁宗和宣宗，在一下西洋后，他先后又六次奉使命率领船队远涉西洋。郑和七下西洋，一共历时28年（1405～1433），行踪遍及三十多个国家和地区，开辟出一条新航线，船队横跨印度洋，甚至远达东非海岸。其航海规模之大、航程之远在世界航海史上都是空前的。郑和船队每到一处，与各国国王互赠礼品，以示友好，邀约各国派使臣前来“朝贡”。在此期间，许多国家的国王、王子、使臣来到中国建立邦交，仅永乐二十一年（1423）在南京的外国使臣、商人就达一千二百多人。浡泥国（今文莱）国王麻那惹加那乃在永乐六年来到南京，十月病逝，成祖命厚葬于南京安德门外石子岗；苏禄国（今菲律宾）国王巴都葛叭答剌于永乐十五年率家属及随从人员三百四十多人，越洋前来朝贡，到达北京，但在返回途中病逝于德州（今山东德州境内），成祖命就地安葬，筑墓勒碑，永世纪念。郑和到达各国后还有一项重要的活动，就是在当地积极地进行贸易，他或者通过当地国家政府商议价格，或者直接到市镇上与当地人民平等交易，互通有无，用中国的产品换取到许多珍贵的象牙、香料、宝石以及珍禽异兽带回中国。
郑和还为他的远航留下了一份珍贵的图录——《自宝船厂开船从龙江关出水直抵外国诸番图》，简称《郑和航海图》，图中详细标明了自己出使所经过的地点的名称、方位以及航路上暗礁、险滩分布的情况。郑和还总结航海实践经验，写出《针位编》一书，是远洋航行的宝贵资料。他的随行人员马欢写有《瀛涯胜览》、费信写了《星槎胜览》、巩珍编著了《西洋番国志》等书，在这些书籍中介绍了他们所到各国的风土人情、物产地貌等情况，丰富了明朝人对海外国家的认识。
郑和在第七次航海（1431）前，曾在福建长乐天妃宫树立一块石碑，记载了他前六次航海的经过，这是对郑和航海的又一珍贵的历史文物记载。在最后这次航海中，郑和在沿原线到达忽鲁谟斯（今伊朗霍尔木兹岛）后，还北上天方（今沙特阿拉伯麦加）参加了伊斯兰的朝圣活动，但在返回古里时病逝。郑和是我国乃至世界历史上杰出的航海家，被誉为大航海时代的先驱。
仁宣之治
明初经过洪武、建文、永乐三朝的休养生息，社会经济很快恢复发展起来，表现在耕地面积不断增多、赋税收入的成倍增长和人口的不断增加。同时，农业的恢复还促进了手工业的繁荣和商业的活跃。随着明初棉花的广泛种植，棉纺织业也兴盛起来，有“衣被天下”之称的松江成为棉布生产中心，福建产布地区遍及建宁、延平、福州、漳州、兴化等境内；采矿业也发展迅速，除去官营外，洪武二十八年（1395）开始允许民间开采出售矿产，每年只需向国家缴纳其利润三十分之二的税额。一直到宣德年间的30年中，全国铁矿产量增加了七倍。此外，制瓷、制盐等行业都有了较大发展。永乐年间还曾大规模治理、整修运河，使大运河贯通南北，南到江口，北至大通桥，运道全长三千多里，极大地方便了南北经济的交流，沿河商贾汇集，带动了沿河城市的繁荣。经过明初七十年的恢复和发展，到仁宗、宣宗两朝，终于发展到明朝的鼎盛时期，史家以此与周朝的成康、西汉的文景相比较，因此称为“仁宣之治”。
仁宗朱高炽和宣宗朱瞻基都是守成之君，仁宣时期各项国家政策都由洪武、永乐时的严、急趋向平稳，政治、经济措施都以保证社会安定和经济繁荣为宗旨。如仁宗时停止政府的大批采购，让利于民，平反冤狱等等。但仁宗只在位一年，作为较少。而宣宗统治长达十年，其间，平定汉王叛乱，安抚赵王，稳定了国内形势；任用贤臣能士，政治清明；撤兵安南（现越南北部），去掉困扰政府的沉重包袱；推行重农爱民的仁政，国泰民安。应该说是宣宗的承继祖业，发奋图强，励精图治，将明朝推向了天下大治的兴旺局面。
仁宣一代清明之治的出现，很大程度上得益于政局的安定，而政局的安定又得益于朝廷能任人唯贤，重用了一批贤臣，这些人为稳定统治，整顿吏治，发展经济，安定民生都发挥了积极的作用。仁宣两朝，内阁大学士杨士奇、杨溥、杨荣执掌朝政，使内阁制继永乐朝之后得到极大发展，阁权逐渐超过了部权，国家统治机构得以完善。此三人是永乐、洪熙、宣德、正统四朝的元老，德高望重、声誉卓越、多有建树，被后世称为“三杨辅政”。此外，当时朝臣中还有蹇义掌管吏部，此人擅长谋划，为人谨慎，办事周详；夏原吉为户部尚书，他是明朝著名的理财能手，永乐时就任户部尚书，长期主持政府财政，成祖五次北征、郑和下西洋、出兵安南、修建北京城等重大事件的后勤保障都是由他规划筹措的。这几位重臣各有所长，互相补充，而且他们都能以国家大事为重，相互包容，不计较个人恩怨。据记载，杨荣曾多次接受边将馈赠的良马，宣宗听说了，向杨士奇询问此事。杨士奇却极力赞扬杨荣通晓军务，是其他大臣不能比拟的，并说人虽有小毛病但应着眼大处，不能放弃不用。宣宗笑着告诉他，杨荣曾经在自己面前说他和夏原吉的坏话。杨士奇听后，没有丝毫的怒意，反而对宣宗请求能够像包容他一样包容杨荣。后来杨荣知道了这件事，感觉十分惭愧，二人尽释前嫌，成就一段“相相和”的佳话。而宣宗对这几位重臣也十分的信任，对于他们提出的建议总是虚心接纳，君臣之间的关系很是融洽。当时，皇帝励精图治，杨士奇等大臣同心辅佐，海内升平。
在宣德朝的重大事件中，五位重臣起到了非常关键的筹划作用。宣宗朱瞻基即位后，汉王朱高煦和赵王朱高燧一度妄想争夺皇位。朱高煦是成祖的次子，英勇善战，在朱棣靖难之役中屡立战功，在世子朱高炽被立为太子时，他被封为汉王，就心怀怨怒。成祖病逝后，朱高炽即位，是为仁宗，但仁宗仅在位一年就病逝了，其子朱瞻基即位，是为宣宗。朱高煦认为少主新立，软弱可欺，更加积极谋夺皇位。宣德元年（1426）朱高煦以为时机成熟，指责朱瞻基违背祖训，又指责夏原吉等人为奸臣，仿照朱棣起兵举事，派人到京师秘密联络英国公张辅做内应，张辅却将他告发。这又是一场叔侄之间争夺皇位的战争，面对如何平定朱高煦的叛乱，有些大臣主张派人出讨，而以杨荣、夏原吉为首的大臣则力主皇帝亲征。初登大宝的宣宗显示出了与太祖、成祖相似的英武气概，采纳了杨荣、夏原吉的建议，亲征朱高煦。皇帝亲征的消息极大鼓舞了六军将士，使民心迅速安定下来。而朱高煦显然没有料到年轻的皇帝竟然会亲征，信心大失，在接到宣宗的劝降信后，立即率子投降。宣宗将朱高煦父子带回京师，禁锢于西安门内，宣德四年（1429）将二人处死。同是叔父的赵王朱高燧也早存夺位之心。宣宗对他不仅没有趁势征讨，反而接受了杨士奇、杨溥的劝谏，将要求削掉赵王护卫、将其拘禁的奏折，连同自己亲绘的一幅《万年松图》一起派人送给了赵王。赵王收到这些奏疏后，惊恐之余，又被皇帝的亲情感动，立即上表谢恩，自请削去护卫，得以寿终。这场迅速而兵不血刃的平叛显示了宣宗的英勇果敢和难得的政治家气度，保证了自己初登大宝时政治上的稳定和社会的安定，为明朝继续平稳顺利地发展提供了契机。
此外，在宣宗君臣的不断努力下，明廷还放弃了对安南的连年征战，使得久经战乱的明朝和安南都得到了稳定发展的环境；对蒙古实行安抚的政策，力主谈判议和，这几项对外的措施使明朝边境安定下来，没有再发生过大规模的军事行动。在国内，宣宗爱惜民力，与民休息，重视农业，力劝农桑，鼓励垦荒，百姓得以安居乐业，社会财富迅速积累起来；商品生产程度也大大提高，手工业得到发展，开辟了许多新的商路，国内外贸易都有所发展；生活的安定，吏治的清明，使农民起义也很少发生。
但是日久，君臣就陶醉在一片太平景象中，而没有意识到盛世下存在的隐患。特别是宣宗这位年轻的天子有一种爱好就是斗蟋蟀，当时被叫做促织，因此被称为“促织天子”。宣宗对斗蟋蟀后来已经达到了痴迷的程度，经常派宦官到各地去选取上好的蟋蟀，斗蟋蟀也因此在全国风行起来，蟋蟀的价格扶摇直上。当时苏州的蟋蟀品质特别好，宣宗特意敕令苏州知府况钟协助太监采办一千只蟋蟀。上命下达，就摊派到当地的百姓的头上，弄得家家鸡犬不宁。据说当地一个粮长用一匹马换得了一只好蟋蟀，准备献给皇帝，不料妻妾在观看时不小心让蟋蟀跑掉了。妻妾自知闯祸自杀了，粮长见家破人亡自己也上吊了。清代的蒲松龄根据这个故事情节，写成了《聊斋志异》中著名的《促织》一文。
土木之变
明初专制主义集权的发展，使皇帝的权力达到了登峰造极的程度，但这也为大权旁落、政治腐败埋下了祸根。太祖朱元璋、成祖朱棣，以及仁宗、宣宗都是很勤政的皇帝，在他们的亲临统治下，内阁大学士和司礼监太监只是扮演协助皇帝处理政务的角色，而且内阁与宦官相互牵制，相辅为用。但到明中叶，英宗、景帝、宪宗、孝宗、武宗等长期不理朝政，于是宦官专政、阁臣纷争交替出现，致使明朝的政治危机日益加深。
洪武初年，明太祖朱元璋吸取了历史上宦官专权引起国家混乱的教训，规定宦官不得读书识字，不得干预政事，镌刻一块铁牌放置在宫门，上书“内臣不得干预政事，预者斩”，对宦官控制很严。成祖朱棣因夺帝位曾得助于宦官，特别信任身边的宦官，在他迁都北京以后，就在东安门外设立“东厂”，让亲信太监做东厂提督，专门刺探大臣和百姓当中有没有谋反嫌疑的人。到了明宣宗的时候，司礼监秉笔太监可以帮皇帝批阅奏章，这样，秉笔太监在一定程度上成为皇帝的代笔人和代言人，这就为后来宦官假借皇权、操纵政务提供了条件。
宦官专权，始于英宗时的王振。王振，蔚州（今河北蔚县）人，年轻的时候读过书，曾在县里当教官，后来因为犯罪，本来该充军，正好遇到皇宫招太监，就趁机净身进宫，为宫人们教书，因此被称为“王先生”。后来，明宣宗派他侍奉太子朱祁镇读书，很快王振就升为司礼监太监。宣宗死后，刚满九岁的太子朱祁镇即位，即明英宗。英宗年幼，敬畏王振，仍称呼他为“先生”。起先，太后对王振是心存戒备的，并且以他服侍皇帝，致使皇帝起居不规律为由想处死他，后来在英宗的请求下宽免了他。自此，王振处处小心谨慎，尽己之能表现忠心，博得了太后和受命辅政的“三杨”（杨荣、杨士奇、杨溥三位内阁大臣）的信任。当太后和“三杨”相继故去或离任后，王振终于趁机把朝廷军政大权抓在手里。朝廷大员谁敢得罪王振，不是被撤职，就是被充军。一些王公贵戚都讨王振的好，称呼他“翁父”，尽显谄媚丑态。
这个时候，我国北方蒙古族的瓦剌部强大起来，统一蒙古诸部，其首领也先企图恢复大元天下。正统十四年（1449），也先派遣两千使节向明朝政府进献马匹，但他谎称有三千人，以多领赏赐。瓦剌贡使冒领赏赐，原是习以为常的事，王振本来就与瓦剌勾结，每年都接受也先的贿赂，对瓦剌贡使的冒领都加以庇护。但这次王振让礼部按实际人数给予赏赐，还削减了五分之四的马价。也先得报后勃然大怒，率领各部，分兵四路大举向内地骚扰：东路，由脱脱不花与兀良哈部进攻辽东；西路，派别将进攻甘州（甘肃张掖）；中路为进攻的重点，又分为两支，一支由阿剌知院所统率，直攻宣府围赤城，另一支由也先亲率进攻大同。也先一路兵精将强，大同陷落，大同参将吴浩战死于猫儿庄。
边境告急，明英宗慌忙召集大臣商量怎么对付。大同离王振的家乡蔚州不远，王振在蔚州有大批田产，他怕蔚州被瓦剌军侵占，竭力主张英宗带兵亲征。兵部尚书邝埜和侍郎于谦认为朝廷没有充分准备，不能亲征。但朱祁镇不听劝谏，偏信王振，决意亲征。英宗命弟弟郕王朱祁钰留守北京，兵部侍郎于谦留京代理兵部事务。正统十四年（1449）七月十六日，朱祁镇跟王振、邝埜等官员，率领五十万大军从北京出发，浩浩荡荡向大同赶去。
这次出兵，一切军政事务皆由王振专断，随征的文武大臣却不能参预，而且组织混乱，军纪涣散。又连日遇到大风暴雨，没有走几天，粮草就接济不上了，兵士们又饿又冷，叫苦连天。到了大同附近，兵士们看到郊外的田野里，到处都横着明军兵士的尸体，更加人心惶惶。兵部尚书邝埜和户部尚书王佐屡次劝英宗退兵，王振大发淫威，命他们跪在草丛中，直到天快黑了才将他们放回去。
明军进到大同后，也先为诱明军深入，主动北撤。王振看到瓦剌军北撤，更加坚持北进，过了几天，王振的同党，大同的镇守太监郭敬把前线惨败的消息密告王振，王振感到情况危急，才下令退兵回北京。退兵本来是越快越好，但是王振却想让皇帝驾临他老家蔚州，以摆摆威风。于是，几十万将士离开大同，往蔚州方向跑了四十里地。可王振又想起这么多的兵马到了蔚州，他家田园里的庄稼岂不要遭到损失，又匆匆忙忙下令向东折返回来，往宣府方向走。这样一折腾，拖延了时间，被瓦剌的大队骑兵追击赶上。
明军一面抵抗，一面败退，狼狈地逃至土木堡（今河北怀柔东南）。那时候，太阳刚刚下山，随从的文武官员都劝英宗趁天没黑，再赶一阵路，进了怀来城再休息，瓦剌军赶来，也可以坚守。可是王振却因为装运他财产的几辆车子还没到，硬要大军在土木堡停下来。邝埜一再上奏让皇帝立即驾车进入居庸关，自己组织精锐部队断后，但都被王振阻止不报。
第二天，天刚蒙蒙亮，瓦剌军赶到了土木堡，把明军紧紧包围起来。土木堡名叫“堡”，其实没有什么城堡可守。明军大队人马赶了几天路，口渴得像火烧，但是土木堡地势高，没有水源，士兵们就地挖井，挖了两丈多深，也没有水。土木堡南面十五里的地方有条河，但已经被瓦剌军占领了。也先担心明军人数众多，打硬仗会遭到巨大损失，就假装退兵，并派人到明军处讲和。
明英宗和王振信以为真，十分高兴，下命令让士兵先到附近找水喝。士兵们争先恐后地跳出壕沟往河边跑，乱成一团，将领们也制止不了。此时，早就埋伏在四周的瓦剌军兵一举冲杀过来，瓦刺骑兵冲入阵中，挥舞长刀，大声吆喝着：“丢下刀投降者不杀！”明军士兵一听，纷纷丢盔弃甲，狂奔乱逃，很多士兵被踩踏而死，道路全部被拥堵。明英宗和王振带着一批禁军，几次想突围都没冲出去。平时作威作福的王振，这时候被吓得身体直发抖。禁军将领樊忠早就恨透了这个祸国殃民的奸贼，气愤地说：“我为天下诛此贼！”抡起手里的大铁锤一锤锤死王振。而明英宗却被瓦剌军俘虏，邝埜等五十余位大臣在混战中战死，英宗所率明朝精锐部队几乎全部被断送。
这次战役，明史上称为“土木之变”，是世界战争史上以少胜多的典型战例之一。土木之变影响深远，成为明王朝由初期进入中期、由盛到衰的重大转折点，受此重创的明朝军队几乎再也没有振作起来。
夺门之变
土木之变，明王朝元气大伤。瓦剌首领也先却更加骄横起来，国都北京受到了瓦剌军的严重威胁。幸亏有正直干练的于谦挺身而出，在他的率领下，展开一场艰苦的北京保卫战，终于使明朝险而未亡。
于谦，字廷益，号节庵，浙江钱塘人。他少年时就胸怀报国之志，仰慕文天祥“殉国忘身，舍生取义”的爱国精神。永乐十九年（1421）中进士，宣德朝任御史。后在杨士奇举荐下升为兵部侍郎。于谦生性刚直，不畏权贵，两袖清风，曾受王振陷害关入大牢。后在官民的一致上书请求下才恢复原职。
土木堡惨败的消息传到北京后，朝廷一片惊惶，翰林院侍讲徐珵竟惑乱人心，鼓吹天命，主张南迁逃跑。主战的于谦厉声斥责：“鼓吹南迁的人，罪当斩首！”以宋朝南渡的教训说服了百官，毅然担负起守城的重任。英宗被俘后，皇太后下诏立英宗长子朱见深为太子，但太子仅两岁，于是又命英宗弟郕王朱祁钰监国。但监国毕竟不是君主，为安定人心，粉碎也先的阴谋，时任兵部尚书的于谦和吏部尚书王文等人拥立英宗弟郕王朱祁钰为帝（即景帝），遥尊英宗为太上皇，这就使也先以英宗挟明朝割地赔款的美梦破碎。失掉了英宗这张王牌之后，也先又大举兴兵来犯。而当时，明朝的精锐部队几乎全部葬送在土木堡，京师的军队不到十万人。于是，于谦奏请景帝调南北两京、河南的操军，山东及南京沿海的备倭军，江北及北京诸府的运粮军，以及宁阳侯陈懋所率浙兵立即赶到京师守卫。又命把通州粮仓的积粮运入京师，将城外的居民迁入城内，全城的士兵日夜操练，工匠加紧制造兵器，积极备战。不久，各地军队陆续赶到，粮食储备充足，京师人心渐趋安定。
正统十四年（1499）十月，也先军攻至北京城下。朱祁钰命于谦提督各营军马。于谦率兵二十二万列队于京师九门外，排兵布阵后，将城门全部关闭，以示背城死战的决心。他还传令，临阵时，不顾士兵率先逃跑的将领斩首；而士兵先逃脱的，后队斩前队。于谦自己则身先士卒，戴盔披甲，巡视指挥，激励将士们勇敢作战，保卫首都。十月十日，瓦剌军进攻德胜门，于谦令石亨带兵埋伏于民房内，让少数骑兵诱敌，待瓦剌军进入埋伏圈后，一声炮响，伏兵四出，火炮齐发，瓦剌军人仰马翻，大败而归，也先的弟弟中炮而死，明军士气大振。瓦剌军又先后进攻西直门、彰义门，都受到明军的坚决抵抗。也先原以为明军不堪一击，但经过五天的战斗都被击败了。京师居民也起而支援明军，纷纷爬上屋顶，以砖头、石块为武器，铺天盖地地投向敌人。同时，居庸关守将罗通利用天气寒冷，命令在城中灌水结冰，使得进攻的五万瓦剌军无法前进，经过七天的战斗也被击退。也先只得率瓦剌军西退，沿途大肆抢掠，在昌平焚毁了明朝的长、献、景三陵，十一月初八，瓦剌军撤出塞外，北京保卫战取得了辉煌的胜利。
也先的军事进攻没能达到目的，在于谦的整顿下，明朝的边疆和京师防御力量增强，使也先再无隙可乘；而明朝又已另立新君，手中的英宗失去了奇货可居的价值。为了恢复与明朝的贸易交往，也先于景泰元年（1450）八月将英宗送回北京。景帝担心自己的皇帝宝座受到威胁，本不希望英宗南归，但朝中大臣多为英宗旧臣，要求迎归英宗的呼声十分高涨。景帝无奈，遣使迎英宗还朝，但迎接礼仪非常简慢，在东安门举行授受帝位仪式后，立即把朱祁镇送入南宫，虽尊英宗为太上皇，实为软禁。
为了进一步巩固自己的地位，景帝继而盘算着更立太子。因为当时皇太子仍是英宗长子朱见深。这表示朱祁钰百年之后仍要由英宗之子嗣位，所以朱祁钰急欲“易储”，立自己的儿子朱见济为太子。为了达到目的，景帝先是以加官进爵和优厚的赏赐来拉拢重要的大臣。他加王文、杨善等人太子太保等衔，赐内阁大学士每人黄金五十两、白银一百两。赏赐虽不多，但却是朱祁钰的一种试探，而几位大臣的欣然接受说明他们支持的态度。正在此时，广西土官黄竑上疏“易储”。黄竑是广西浔州守备都指挥，因杀害广西思明府知府而被捕入狱。为求自救，他派下属进京上奏请易东宫，讨好皇帝。景帝见到这个奏章果然大喜，下令释放了黄竑，将奏疏发给朝臣讨论。大臣们知事已至此，无人能够反对，王文等人先后签名同意。景泰三年（1452）五月，景帝册立自己的儿子朱见济为皇太子，改朱见深为沂王。
然而，人算不如天算，仅仅一年后，朱见济忽然病死。景帝此时又没有其他儿子，“再建皇储”成为当时的敏感话题。景泰五年（1454）五月，礼部郎中章纶、御史钟同奏请复立朱见深为太子，并在奏章中肯定了英宗的地位，希望景帝能改变对英宗的做法。景帝震怒，将钟同、章纶下锦衣卫狱，钟同不久就于狱中被打死。景泰八年（1457）正月，景帝也病重。于谦与多数人倾向于复立朱见深，司礼监太监王诚谋立襄王子。但景帝死也不肯放弃皇帝宝座，推说自己只是偶感寒疾，过几天就可以上朝。但谁也没有想到这次更立太子和复储风波，却诱发了一场阴险的宫廷政变。
这场“南宫复辟”的总导演是徐有贞和石亨。他们看到景帝病势沉重，趁机秘密谋划，决定拥立困居南宫的英宗复辟。徐有贞就是那个在北京保卫战前提议南迁的徐珵。因为南迁之议遭到否定和嘲笑，在之后的官场中混得并不顺利。他为了晋升上下打点，后来依附于阁臣陈循，陈循劝他改名，于是将徐珵改为徐有贞。石亨本来因罪削职，在于谦的推荐下才得以重用。石亨为讨好于谦，上疏为于谦请功，并推荐于谦之子于冕为千户，被于谦严词拒绝。石亨因此恼羞成怒，埋怨于谦管束太严，反而怀恨于谦。还有太监曹吉祥也因于谦的弹劾而仇恨于谦。三人因共同的仇恨勾结到一起，发动了这场阴谋。
景泰八年（1457）正月十六晚，徐有贞、石亨、曹吉祥等人率兵来到南宫，毁墙破门而入。徐有贞率众人拜伏在惊恐的英宗面前，请英宗复辟。在徐有贞等人的搀扶下，英宗入东华门，进奉天殿，此时已近凌晨。群臣正等待景帝上朝，听见殿中喧哗，感到有大事发生。这时殿门打开，徐有贞从里面走出来，高声对众人说：“太上皇复辟了。”群臣先是惊愕，随即入殿称贺。这就是历史上有名的“南宫复辟”，或称“夺门之变”。英宗复辟后改年号为“天顺”，废景帝为郕王，徐有贞、石亨等人都得到加封晋爵，但赤胆忠心的于谦却被下了大狱。英宗原认为于谦有功，不忍杀害，但徐有贞怂恿说：“不杀于谦，今日之事无名。”竟以“谋逆”之名将于谦杀害，其家人被发配边疆充军。抄家时，于谦家竟清贫到没有东西可抄。于谦被害的消息传出后，路人嗟叹，无不认为这是天下第一冤案。
于谦被埋葬在杭州。于谦祠和岳飞庙都建在美丽的西子湖畔，时至今日，仍有许多人到此悼念这两位“粉身碎骨全不怕，要留清白在人间”的民族英雄。
父兴子废
成化二十三年春宪宗去世，朱祐樘即皇帝位，次年改元弘治元年。他即位之初，就着手改革弊政。由于成化时期，宪宗皇帝宠信佛道，使许多社会无赖都冒充法师混进宫中，搞得朝廷乌烟瘴气。李孜省就是其中的代表人物，他以方术、房中术进献皇帝得到宠幸，然后与太监梁芳狼狈为奸祸乱朝政，打击忠臣，扶植朋党，是当时朝廷中的第一大害。孝宗即位之后立即逮捕了两人；还罢遣禅师、真人等二百五十三人；法王、佛子、国师等七百八十九人被遣回本土。接着，孝宗皇帝开始整顿吏制，将成化朝通过贿赂、溜须拍马发迹的官员一律撤换，一个月内就罢免两千多人，并论罪处置。精简了行政官员，从而大大提高了办事效率。重新起用了一些在成化朝由于直言被贬的官吏，其中著名的有王恕、怀恩、马文升等名臣，使得无论是朝中还是宫中都为之一新。
孝宗还严格要求自己，勤于政事，恢复了明初制定的早朝、午朝、晚朝一日三朝的制度，使得大臣有更多的机会面见皇帝，也可以及时处理政务。同时，他广开言路，重开了经筵侍讲，向群臣咨询治国之道；开辟了文华殿议政，利用上朝之余的时间与内阁商议政事。
孝宗还体察民情，大兴水利，发展农业，繁荣经济。弘治二年（1489）五月，开封黄河决口，孝宗命户部左侍郎白昂领五万人修治。弘治五年（1492），苏松河（今江苏省境内）道淤塞，泛滥成灾。孝宗命工部侍郎徐贯主持治理，历时近三年方告完成。从此，苏松消除了水患，再度成为鱼米之乡。
孝宗在位十八年间，吏治清明，任贤使能，抑制官宦，勤于务政，倡导节约，与民休息，较成化朝有了比较大的改观，颇有仁宣遗风，出现了历史上的“弘治中兴”的局面。
然而，富家多败子。弘治是一位勤政的好皇帝，但由于自己坎坷的童年经历使他对自己的独子朱厚照过于溺爱。他明知太子喜好玩耍、贪图安逸，整天和刘瑾、谷大用等号称“八虎”的随侍太监为伍，但却不加以约束，甚至放纵，直接导致了武宗荒政局面的出现。
弘治十八年（1505），一个未满十四岁的顽童在紫禁城奉天殿登极，他就是历史上有名的荒唐皇帝武宗朱厚照。他在位的十六年中，纵情玩乐，一意孤行，玩乐方式花样百出，形式离奇，有时简直是胡作非为，令大臣们哭笑不得。而对朝中事务则敷衍了事，甚至撒手不管。致使宦官、奸臣乘机窃权行私，祸乱朝纲。大明王朝则在其父弘治时期的短暂兴盛后再次陷入腐败黑暗之中，史称“武宗荒政”。
武宗即位后，最讨他欢心的就是刘瑾。刘瑾，陕西兴平人，从小在东宫服侍太子，每天为武宗安排宫女歌舞、倡优杂剧、角斗游戏，因此得到宠信，被提拔为内官监太监，进而掌管了守卫京师军队的兵权。刘瑾等八大宦官借势广结党羽，排除异己，成为朝中的一股恶势力。而刘瑾弄权就是凭借代武宗“批红”，即批复奏章。刘瑾为把持朝政，每次都专等武宗玩在兴头的时候取出奏章让武宗看，武宗不耐烦地说：“总拿这些麻烦我，要你干什么用？”以后，刘瑾就不用再请示武宗，直接按自己的意志处理了，而武宗完全成了一个挂名的皇帝。刘瑾窃用皇权，拉帮结派，广开贿赂，打击陷害反对他们的官员。当为孝宗托孤辅政的刘健、谢迁等重臣也被排挤出朝后，朝中更无人敢言，武宗则更毫无顾忌，索性丢掉皇帝身份玩耍。开始，他令宦官们仿效京城街市，在后宫开设店铺，与他们一起穿上平民衣服假装做买卖，还煞有介事地讨价还价。后来，又让宦官们开酒店，让宫女在其中弹唱，让斗鸡耍狗的人来表演，喝得大醉的武宗就住在店中。更过分的是，还建起了“豹房”，在里面放入虎、豹等珍禽异兽，让勇士与猛兽搏斗，以观赏寻求刺激。后来，武宗干脆以豹房为家，不进后宫，更无暇理政。正德十六年（1521），武宗最终病死在豹房之中，结束了他荒淫的一生。
求仙误国
正德十六年，荒唐皇帝朱厚照死于豹房，可惜这位风流一世的年轻皇帝竟然没有留下一个儿子。而且，因为朱厚照本就是孝宗的一棵独苗，所以他连亲弟弟都没有。那么，谁来继承皇位呢？国不可一日无君，终于在大家的商议之下决定按长幼、亲疏排序，让兴献王的长子、武宗朱厚照的堂弟朱厚熜继位，是为嘉靖帝，庙号世宗。但这位千挑万选的帝王，不仅没有像众人所寄予的把明朝重新带上发展正轨，而且以他的荒谬、自私、执拗和虚荣加速了大明王朝的衰落。
嘉靖帝朱厚熜是一位备受争议的皇帝，他在位四十五年，是历史上临朝最久的皇帝之一，他执政的前期与后期划分为截然不同的两个阶段。即位之初，十余岁的嘉靖显示出强硬的政治手腕。在“大礼议”之争中，他血溅左顺门，将反对他追封已故的父亲为皇帝的群臣或逮捕或待罪，仅此一举，就扭转了自己与整个文官集团的力量对比，在群臣面前树立了自己的权威。之后，他又在朱元璋的洪武祖制基础上除旧布新。嘉靖朝初期，田赋收入比前面的正德朝要多，农业和手工业都有很大的发展，长三角地带还新增了不少城市。但因从小受其父兴献王的熏染，崇信道教，在其统治后期完全沉迷其中，并异想天开地想要修养成仙，对长生不老之术的寻求已经达到一种痴迷不化的程度。为讨世宗欢心，一些道士、方士用女子经血、童男童女尿和其他莫名其妙的东西制成各种药丸进献给皇帝，嘉靖帝竟来者不拒，一概服用。这下，可苦了后宫的宫女们，她们成了嘉靖帝乞求长生的牺牲品，很多宫女忍受耻辱任人采取经血，稍有不从，就可能招来杀身之祸；有的被逼服用大量活血药，这也有丧命的危险。嘉靖帝本来就刻薄寡恩，加上他服食丹药后，燥热难当，变得更加喜怒无常，虐待后妃、宫女的事屡见不鲜，几乎成了一个迫害狂。宫女们受迫害程度严重，竟然引发了一场宫女对皇帝的谋杀。
嘉靖二十一年（1542）的一天深夜，十六个手无缚鸡之力的宫女，悄悄来到嘉靖帝的床前，拿出事先准备好的绳子套在他脖子上，然后七手八脚地一起上，有的用布堵嘴，有的骑在身上勒绳子，想趁嘉靖熟睡之机杀死他。但这些女孩子还是有些胆怯，慌乱之中把活扣打成了死扣，套住世宗脖子的绳套怎么也拉不紧。声音传到门外，方皇后带人赶到，将十六名宫女抓获，后来一律被处斩，这就是当时震惊朝野的“壬寅宫变”。嘉靖当时被折腾得几乎断了气，已不能说话。太医院使许绅冒死救治，过了几个小时，嘉靖终于吐出一股紫血，缓过气来。大难不死，按说应该吸取教训。但嘉靖帝一向执拗顽固，依然迷恋道教，继续服食丹药，害人如故，以致最终因长期服药慢性中毒而死。
崇信道教同时也使嘉靖帝无心政事，而迎合皇帝欢心的奸臣就大有可趁之机了。于是，一位遗臭万年的著名历史人物就走入了我们的视线内，他就是严嵩。严嵩，字惟中，江西分宜人。自幼聪颖，经过多年苦读，考中进士。世宗时，为了自己的虚荣和正统地位，一意孤行的嘉靖要称自己的父亲兴献王为皇父，也就是使自己的父亲得到皇帝的称呼，而改称孝宗为伯皇父，遭到众大臣的一致反对。因为按照传统的古制礼仪，这就等于破坏了祖宗大法。嘉靖帝不惜做出于朝堂上棒打群臣的事，用高压政策推行自己的意志，这就是当时的“大礼议”之争。而此时的严嵩，见风使舵，率先提议尊兴献王为宗，并应称宗入太庙，又积极筹备大礼仪，帮助嘉靖取得了最终的胜利，从而得到皇帝的赏识，被封为太子太保。为了进一步邀宠，本来在诗文方面就颇有造诣的严嵩又开始附庸嘉靖的喜好大写“青词”。所谓青词，就是道教祭祀仪式上写给上天的祝文，因用朱笔写在青藤纸上，故而得名。这是一种赋体文章，需要以极其华丽的文笔表达出皇帝对天帝的敬意和求仙的诚意。世宗经常要求臣下进献青词，写得好的立即加官晋爵，甚至入内阁。当时朝中的许多大臣都因进献青词而得宠。严嵩文笔颇佳，所作青词都令嘉靖十分满意，因而找到了一条升官的捷径，很快进入内阁，并最终成为首辅，被时人讥为“青词宰相”。
在一些具体事件上，严嵩毫无原则的如小丑般的表现，更是让嘉靖非常满意。按明朝冠服制度，皇帝戴的帽子是用乌纱折巾而成的，称为翼善冠。嘉靖推崇道教，不戴自己应该戴的翼善冠而戴香叶冠，也就是道士帽。他还特制了五顶香叶冠分赐给严嵩等人。别的大臣都认为这不是大臣的正式朝服，不应该戴，因此从来没有戴过，嘉靖对此非常生气。唯有严嵩为了讨得皇帝的欢心，在皇帝召见的日子，都特意戴上香叶冠，还在冠上笼以青纱，以示庄重。嘉靖见了，果然龙心大悦。
嘉靖二十一年（1542）八月，严嵩入主内阁时已经是个六十多岁的老人，但他精神矍烁，老当益壮，日夜在西苑内阁侍值，常跟从在皇帝左右。人称世宗不能一日无严嵩，对他恩宠有加。严嵩则假借皇权独揽朝政，千方百计打击异己，并广结党羽，侵吞军饷，收受贿赂，动辄就达千万。其间对严嵩进行弹劾的奏章不断，但都因皇帝的庇护，而对他奈何不得。
嘉靖四十年（1561），严嵩的妻子欧阳氏病故，这可给严嵩出了一个难题。因为，按照古代的礼法，父母亡故，儿子必须回家守孝三年。但当时严嵩自己已经年迈而昏聩，对皇帝下达的旨意常常不能理解，必须依靠他的儿子严世蕃帮助处理。母亲死了，严世蕃本应回老家守葬，但严嵩以自己年迈，膝下别无他子为由，得到嘉靖帝的恩准，让他的孙子代行礼法，而将严世蕃留在了京城。严世蕃借他父亲的权势做了尚宝司少卿，管理一些工程项目。但他多方盘剥，大肆贪污受贿，并被前任首辅夏言弹劾。又因为此时，嘉靖帝又找到了一位更善于撰写青词的人徐阶，而对严嵩有所疏远。所以，严世蕃即使留在了京城，也不允许他代替严嵩批达奏折。于是，严世蕃整日在家中寻欢作乐，有时严嵩派人将皇帝的谕旨送去询问他，但他正沉醉于酒色之中而无法答复，严嵩无奈只能自己猜测着办理，这就难免出现很多不当之处，使得嘉靖帝对严嵩的不满加深了。
正在这时又发生了永寿宫大火，嘉靖帝想重建宫殿，征求严嵩意见。严嵩请嘉靖帝暂居南城离宫，而这里曾是英宗被困做太上皇时住的地方，嘉靖帝为此非常不高兴。而徐阶立刻明白了皇帝的意图，主张重修永寿宫，次年竣工，改名为万寿宫。从此，皇帝有事更加不问严嵩了。更有一位方士蓝道行，在一次为嘉靖帝占卜时，借天意历数严嵩父子罪行，嘉靖帝因而动心。御史邹应龙得知此事后，在徐阶的支持下，上疏参奏严嵩父子不法行为。终于，在嘉靖四十一年（1562）严嵩被罢官削籍为平民，严世蕃被判到边疆充军，查没家产时，从严府搜出白银二百余万两。两年后，严嵩病故。
纵观嘉靖朝，后宫内污秽迷乱，朝堂上奸佞当道，明王朝陷入严重的危机之中。
戚继光抗倭
十四世纪中叶，中国的近邻日本进入南北朝分裂时期，封建诸侯割据，互相攻占，争权夺利。在战争中失败了的一些南朝封建主，就组织武士、商人和浪人到中国沿海地区进行武装走私和抢劫烧杀的海盗活动。历史上称为“倭寇”。明朝初年，倭寇就对中国沿海地区进行侵扰，但那时明朝政府国力强大，加强海防，所以倭寇未酿成大患。但到明世宗嘉靖时，因国势衰弱，海防破坏，浙江和福建海防的战船竟只剩下十之一二，士兵也只剩十分之四。倭寇对中国沿海的侵扰又猖獗起来。
正当倭患长期不得平定的时候，明朝军队中出了个抗倭名将——戚继光。戚继光，字元敬，出生于一个武将世家。六世祖戚祥曾随朱元璋的义军南征北讨，战死在云南。从此，戚家就世袭登州卫指挥佥事一职。按照明朝制度，指挥佥事是正四品武官。戚继光在家庭的熏陶下，自小就读书习武，并在嘉靖二十三年（1544）父亲戚景通去世后袭职，年仅十八岁，可谓少年得志。但是，戚继光并不想躺在先人留下的资本上睡大觉，他要凭借自己真正的实力去实现自己更高的追求。嘉靖三十一年（1552），他参加了山东举行的乡试，中了武举。能中武举可是了不起的成就，因为当时一般参加武举的人，能通过第一场“马上射”考试的仅十分之七，能通过第二场“步下射”的仅十分之三，再通过“策论”考试的就仅为二十分之—了。嘉靖三十二年（1553年），戚继光升任为署都指挥佥事一职，成为正三品的官员。离京赴任前，戚继光曾赋诗一首，名为《马上作》。诗云：“南北驱驰报主情，江花边月笑平生。一年三百六十日，多是横戈马上行。”戚继光后来的岁月，确如这首诗中所言，一生戎马倥偬。他先后在山东、浙江、福建等地抵御倭寇，特别是在浙江和福建的抗倭战场上展现了他卓越的军事才能。
嘉靖三十四年（1555）秋，戚继光来到浙江。当时，浙江沿海的倭寇非常猖獗，而明军腐败，缺乏战斗力。明朝政府先后撤换了数位官员，又征调河北、山东、广西等地的客兵入浙江平倭。但是，客兵对于抗倭毫无积极性，往往临战奔逃，又趁机勒索抢夺平民，甚至还杀戮平民来冒功。因此，民间广泛流传着这样的谚语：“宁遇倭寇，毋遇客兵。遇倭犹可逃，遇兵不得生。”当时，还有一个比较能干的官员，他就是胡宗宪。从嘉靖三十三年起，胡宗宪就参加了东南地区的御倭战争。在一次军事行动中，戚继光向胡宗宪提出了一些合理建议，使胡宗宪对刚来浙江的戚继光非常赏识。在他的推荐下，戚继光被擢升为参将，镇守浙江沿海的宁波、绍兴、台州三府。三府靠近海滨，防倭任务艰巨。因此，这一任命，将戚继光推到了抗倭战争的风口浪尖上。
龙山所战役，戚继光初展才能。龙山所位于浙江慈溪县境内，它的东面是舟山群岛，倭寇频繁在此出没。嘉靖三十五年（1556）九月下旬，一支约有八百余人的倭寇窜入慈溪沿海，攻到了龙山所。当时，参将卢镗和游击尹秉衡率兵前往迎敌。新近上任的戚继光也整军参战。猖狂惯了的倭寇丝毫不将素来孱弱的明军放在眼里。三个倭寇首领率众攻来，明军连连溃退。戚继光深知擒贼先擒王的道理，他跳上一个高处，张弓搭箭，一连三箭将三个倭寇首领射倒。这三箭，显示出戚继光高强的武艺，也稳住了明军的败势，开始向倭寇反攻。倭寇见没能讨到便宜，便立即撤退。这虽然只是一次小的战斗，但是戚继光的勇武，已经为众官兵所敬服。
但是，戚继光在这次战斗中也清楚地认识到明军的弱点。于是他向胡宗宪提出训练新军的想法。胡宗宪等前任官员也曾多次试图编练新军，但都没有什么收效，但他最后还是同意让戚继光试试。嘉靖三十八年（1559），戚继光在浙江义乌招募了一支三千人的军队。这支军队由经过严格挑选的农民和矿工组成，组织严密，仅仅经过两个月的精心训练，便成为一支以一当百的劲旅，号称“戚家军”，明军在宁波、绍兴一带的军事力量有所增强。
嘉靖四十年（1561）四月，倭寇大举进犯浙江，他们分兵十多处，以小股军队袭击宁海、奉化等地，大部队进犯台州。戚继光以集中兵力，先摧毁最大的敌人的方针在台州府配备必要兵力，命其坚守，自己则率领主力围剿侵扰台州府北面宁海县的倭寇。侵扰宁海的倭寇一得知“戚家军”来援，立即望风而逃。但此时，从台州府东面入侵的倭寇已经攻至距台州府城仅二里的花街，兵力薄弱的府城岌岌可危。四月二十七日，戚家军已经断粮两日，但仍立即回援台州府，在花街与倭寇激战。戚家军利用火器对倭寇迎头痛击，仅用了几个小时，空腹作战的戚家军便取得了斩首三百零八级、生擒倭寇首领二人的战绩，而自己仅阵亡数人。据说，战役结束时，午饭刚好做熟。
这时，更多的倭寇在台州境内登陆。五月初一，从台州府东北面登陆的倭寇二千多人，竟然自毁其船，以示破釜沉舟的决心，想要一举夺取台州府城。当时，戚继光身边仅有一千五百名士兵，但他巧妙设伏，严密防守。双方对峙了三天，倭寇见毫无缝隙可乘，就决定绕过台州，进攻处州府。及时发现倭寇意图的戚继光当然不能让倭寇绕过自己的防区，于是赶在倭寇之前，在他们必经之地——上峰岭设伏，给倭寇以重创。余寇退到一座小山，负隅顽抗。戚继光命部下在山下竖起一面白旗，令人高呼：“投降者自己走到旗下的，可以免死。”一时间，就有数百人投降。剩余的倭寇则被戚家军以火攻全部烧死。台州会战，戚家军使用了火器、藤牌等武器，巧妙地运用了伏击、仰攻、鸳鸯阵等战术，一举歼灭倭寇一千四百多人，使侵犯台州的倭寇遭到毁灭性打击。正是因为戚继光准确判断，指挥有方，连战连捷，基本平息了浙江沿海的倭患，史称“台州大捷”。
后来，抗倭的前线又南移到了福建。从嘉靖四十一年到四十三年（1562～1564），戚继光先后在福建独自或者配合总兵俞大猷取得了横屿、牛田、林墩、平海卫、仙游等大捷，又肃清了福建倭患。在抗倭战争中，戚继光立下赫赫战功，狠狠打击了倭寇的嚣张气焰。也正是在戚继光等人的支撑下，明王朝的东南海防总算是得到了稳定。
海瑞罢官
海瑞，字汝贤，号刚峰，广东琼山人，是明代历史上著名的“清官”。明嘉靖中期以后，政治统治日益腐败，但是在统治集团内部出现了一批有志有为的人物，他们不断地倡导和推行一些改革，企图挽救衰败的大明王朝，海瑞就是其中之一。
嘉靖三十七年（1558），海瑞被任命为浙江淳安知县。在任期间，他厉行整顿吏治，反对行贿受贿，他自己则严格奉行节俭。他平时只穿一件布袍，每餐只吃些青菜，为了给母亲过生日而买二斤肉，竟成为轰动一时的新闻。时人曾记载过这样一个故事：海瑞发现五岁的女儿正在吃饼，而饼是仆人给的。海瑞怒斥道：“你怎么能吃童仆的东西？你不是我的女儿，如果能饿死，才能称得上是我的女儿。”女儿当即只是哭泣而不吃不喝，绝食七日后而亡。廉正自律竟达到如此。
海瑞为人刚直不阿，不畏强暴。一次，总督胡宗宪之子路过淳安，耍贵公子的威风，奢华铺张。海瑞假装不知，说：“以前胡宗宪大人巡视时都命令地方不许铺张，今天这行人如此大肆铺张一定不是胡公子。”命人没收了他们的大笔金银，缴纳到国库中，还派人飞马禀报胡宗宪，使胡宗宪有苦说不出，又没法治他的罪。
嘉靖四十三年（1564），海瑞被升为户部主事。当时，嘉靖帝在经历了差点被宫女勒死的“壬寅之变”后，反而移居西苑愈加潜心修道，二十余年不理朝政，留下“青词宰相”严嵩独霸朝纲。内忧外患开始集中爆发：庞大的军费开支、皇室的挥霍无度、官吏的普遍腐败、税制的混乱和接连不断的天灾，造成了朝廷严重的财政危机。嘉靖二十九年（1550）爆发“庚戌之乱”，鞑靼部俺答汗率军长驱直入北京郊区，烧杀抢掠数日。由于海防松弛，东南的倭寇也频繁进犯，嘉靖三十一年（1552）以后的三四年间，江浙军民被倭寇杀害的就有数十万人。面对危局，大臣中敢于上书进谏的都受到迫害，或被下狱或被害死。而大多数都趋炎附势，只是争相为皇帝供献青词。嘉靖四十五年（1566），海瑞却向皇帝呈上一份《直言天下第一事疏》，毫不客气地批评嘉靖帝沉迷修炼，不理朝政，滥兴土木，以致贪官横行，盗贼滋生，天灾频繁，民不聊生；还直言不讳地揭露所谓仙桃天药的骗局，长生不老只是妄想。海瑞在奏疏中对嘉靖的指责，痛快淋漓，正气凛然，可谓“千古一骂”。嘉靖看后大怒，扔在地上，对左右说：“快去把他抓住，不要让他逃走！”这时，在一旁侍奉的宦官说：“此人素有痴名。听说他上疏时，知道触怒皇帝当死，就已经买好了一副棺木，诀别了妻儿，遣散了家中僮仆，所以他是不会逃跑的。”嘉靖一听，无话可说。再读奏疏，竟深为感动，但还是把海瑞下了狱。不久，嘉靖帝病逝，明穆宗即位，海瑞获释。
隆庆三年（1569），海瑞被重新起用。以右佥都御史巡抚应天等十府。期间，他进行了一系列改革活动：打击豪强，扶助贫弱，抑制土地兼并；改革赋役制度，实行井田制，颁行“一条鞭法”；实行节俭政治，严惩贪官；兴修水利，民间认为只有龙王才能开得的吴淞江，在海瑞不辞辛劳的亲自督办下，竟在一个月内完工，沿江土地得以恢复灌溉。但海瑞的改革妨碍了豪绅地主的利益，因而受到他们的攻击，在他当上应天府巡抚仅半年时间就被罢官免职。又因为海瑞为人过于刚直而近迂腐，有时甚至达到不近情理的地步。比如在担任应天巡抚期间，他曾下令：境内公文一律使用廉价纸张；担任南京右都御史时，当他得知有一位御史偶尔有一次去听戏，就搬出太祖的规定：文官及武士听戏唱曲，要处以割舌之刑，至少也要杖责；他甚至干预官民的私生活，就连佩戴首饰、食用甜食，也在禁止之列。因此，就是当时同样倡导改革的当政者高拱、张居正等人对他也不怀好感，致使海瑞长期得不到任用。直到万历十三年（1585），海瑞才再次被召回，授命担任南京右都御史。此时海瑞已经七十二岁了，但他操守不改，仍旧严以为政，不久便死在任上。
刚直的性格使海瑞无法容于官场，进而不能完全施展自己的政治抱负；推行的改革又使贪官污吏对他恨之入骨，诋毁不断。但从他的改革和施政中得到好处的百姓欢迎他，海瑞在南京去世后，百姓自发地为他穿孝服送葬，哭声百里不绝。
悲哀的改革家
张居正出生于嘉靖四年（1525）五月初三日。传说在他出生前夕，他的曾祖父梦见月亮落在一个大水瓮中，清光四溢，一只白龟逐渐浮现在波光荡漾的水面上。他认为这是祥瑞之兆，在孩子降生后，就为他起名白圭，即白龟的谐音。而张居正确实从小就聪颖绝伦，在家乡有神童的美誉。嘉靖十五年（1536），张居正十二岁，就到荆州府投考生员，知府李士翱很赏识他，为他改名“居正”。嘉靖二十六年（1547），年仅二十三岁的张居正考中进士，受到当时翰林院掌院徐阶的器重，被任命为翰林院编修，从此踏上官宦仕途。
当时严嵩任首辅，政治腐败，官场黑暗，做了七年编修的张居正，感到满腹经纶无人欣赏，变得忧郁悲观，于是称病辞官回家。在家中种了半亩修竹，潜心读书，养精蓄锐。六年后，在父亲的鼓励下，重回京师为官，任国子监司业。不久，世宗病逝，裕王朱载垕继位，是为穆宗，年号隆庆。隆庆元年（1567），张居正入选内阁，他的为官生涯出现转机，并在政坛逐渐崭露头角。但穆宗是个平庸的皇帝，他虽然赏识张居正的才识，但并不采纳他的治国方略。穆宗在位仅短短的六年，隆庆六年（1572）五月，九岁的太子朱翊钧即位，即明神宗。高拱、张居正、高仪受穆宗临终嘱托为顾命大臣，辅佐小皇帝，大明王朝的日历翻到了万历这一页。而此时的明朝，表面上一派歌舞升平，其实已经走入了衰落的轨道，面临严重的危机。
张居正是个现实主义者，为实现自己“以平治天下为己任”的政治理想，他开始着手创造各种机会。当时内阁首辅是高拱，位高权重，在许多事情上束缚了张居正的手脚。但张居正足智多谋，工于心计，高拱却性格强直，因担忧年幼的皇帝能否胜任，他曾无心说过一句话：“十岁（虚岁）的太子，如何能治理天下？”这句话传到两位太后耳中，引起她们的不满。张居正借机同与高拱曾有积怨的司礼监秉笔太监冯保联合，抓住这句话大做文章，勒令他回原籍闲住，张居正便自然升任内阁首辅。张居正深知自己执政，必须取得两宫皇太后的支持。为了巴结两位太后，首开先例，为两宫太后“同加尊号”，尊神宗嫡母陈皇后为仁圣皇太后，生母李贵妃为慈圣皇太后。而此前，先皇嫔妃虽因是皇帝生母可以称太后，但是不能加尊号，嫡庶之间的差别是很清楚的。此外，为了使冯保与自己密切配合，他还十分尊重冯保，进而也赢得了冯保的信任。此后，两位太后将内政托付给冯保，而外朝政事完全委托给张居正，并在此后张居正教导小皇帝和大力推行改革中都给予了全力支持。张居正又利用帝师的特殊身份，将小皇帝的思想融入了改革思潮之中，而且以严师的形象，在其心目中树立了极高的威信。年幼的神宗喜欢书法和历史，张居正就投其所好给他讲历代帝王治国的故事，并让人选一些有关为君之道的文章作字帖，供神宗临摹，使小皇帝在习字中得到启迪。后来，张居正还让人编了一套《历代帝鉴图说》，摘取了古代帝王可以效法的善事八十一条和应惩戒的恶行三十六条编入其中，并都配以绘图和文字说明。神宗特别喜欢这套书，对张居正的忠诚更为感动，尊张居正为“张先生”，对他言听计从。
本来，大臣与内监的交结是应极力避讳的，为谋得首辅之位与冯保勾结是件极不光彩的事；而为讨好两宫，更张旧制，也有专擅之嫌。但讲求实效的张居正认为这些不过是为国为民的政治手段，在小皇帝面前树立了威严，得到两宫太后的信任，内廷又有大宦官冯保的支持，张居正已经成为实际上的最高统治者，而他就可以利用手中的权力，雷厉风行地推进改革，一展自己的政治才华。于是，一场轰轰烈烈、暴风骤雨式的改革拉开了序幕。
目睹了嘉、隆时期的混乱政局，张居正认为其根源就在于吏治腐败。因此，他的改革首先从整顿吏治开始了。万历元年（1573）张居正提出了“考成法”，让吏部、兵部把知府以上的文武官员的姓名、籍贯、出身、资格都写在屏风上，严格考核其政绩、功过，区别官员的勤惰、贤愚，作为进退、去留的依据。通过对官吏的逐级考核，以达到从中央到地方的各级官吏都要做到“法之必行”，“言之必效”，并且建立了随事考成的制度，以做到事事有着落、有交代。在对官员的考察过程中，张居正裁撤了一批冗员，奖励了一批贤能正直的官员，强调用人唯才。他所选用的如戚继光、谭纶、李成梁等人，都对改革作出了重大贡献。同时，竭力提高内阁的权威，扩大了内阁的权力，使得政令畅通，为他以后推行各项改革奠定了基础。
军事方面，张居正积极整饬边防。他支持戚继光整顿蓟州防务，起用名将李成梁防守辽东，蒙古小王子虽数次率众来犯，都由于戚继光和李成梁等的坚固防守而未能得逞，边境安然无事。同时，还整顿了府、州、县学，核减生员，罢黜了一批不称职的学官。
如果这些方面的革新还算小试牛刀的话，那么张居正面临的最主要的问题还是国家的财政危机，因此，他所推行的改革的重点还是理财。他大力开展了开源节流的经济改革，为增加朝廷的财政收入，在全国开展了一场大规模的土地清丈工作，推行“一条鞭法”的赋税改革。
“一条鞭法”早在嘉、隆年间就在广州，福建、江西等地试行过，但都因遭到大地主的强烈反对而未能有所实效。张居正深知赋役制度改革事关百姓生存之本，也关系到社会的安定和国家的安危，因此，他审慎行事，稳妥推进。万历六年（1578），张居正首先下令全国重新丈量土地，限令三年之内要把清丈土地和清理赋税的工作完成，并规定对破坏清丈土地者，严惩不贷。万历八年（1580），全国查实征粮的田地竟比弘治时增加了近三百万顷，朝廷的收入因之剧增。而且，通过清丈土地，掌握了全国的田产和人丁情况，在此基础上，推行“一条鞭法”就容易多了。万历九年（1581），张居正下令将“一条鞭法”在全国范围内实行。所谓一条鞭法，简而言之，就是把各种田赋和徭役合并和简化，一概折银征收；除了一部分徭役仍按人丁摊派折银外，全部田赋和大部分力役均按田亩征银。以前，赋和役的征收是分开的，赋以田亩为征收对象，役则以户丁为征收对象。实行一条鞭法以后，把赋役合并为一，大部分改为以田亩为征收对象，因土地多归地主所有，这样就在一定程度上也减轻了农民的税收负担，而且限制了地方官吏借繁杂的税目勒索百姓，有利于生产力的稳定发展。同时，征收货币税还减少了政府运输、储存实物上的花费，节省了大量的人力物力，国家的财政收入得到了保证。“一条鞭法”简便易行，它上承唐代“两税法”，下启清代“摊丁入亩”，是中国自汉以后田赋征收由实物税转为货币税的一个重大进步。
张居正的改革是明代改革中最有影响力、最为深刻的一次。通过改革，万历前期的政治清明很多，财政收支更是大为好转。当时太仓的粮食储存丰足，可够国家支用近十年。张居正通过改革展示了自己卓越的政治才能。但他的改革触动了贵族、乡绅地主的利益，遭到强烈反对。
同时，在张居正志得意满地推行改革的时候，神宗也在一天天地长大。而张居正对皇帝仍时时严厉训斥，神宗对这位帝师渐渐由敬畏到反感。万历十年（1582）六月，张居正病逝，神宗亲政。张居正生前的政敌纷纷上疏弹劾他，反张集团形成了强大的声势，张居正改革时重用的人统统被罢去，而原来对张居正尊崇备至、信赖有加的万历皇帝也来了个一百八十度大转弯，全面否定张居正的改革政绩，下诏给张居正定了“专权乱政，谋国不忠”等十大罪状，而且竟然说“本当破棺戮尸，念效劳有年，姑免尽法。”死者都险些被开馆屠尸，活者就更加在劫难逃。张居正的长子自缢身死，次子和几个孙儿被发配充军，全家十几口人在抄家时，竟被官府锁在室内活活饿死，惨不忍睹。
结果为什么会是这样的呢？“工于谋国，拙于谋身”的张居正也许永远不会明白，他之所以失败，最根本的原因在于他没有摆正自己的位置。在封建社会的君主政治中，无论多么呕心沥血、居功至伟，臣子都只是统治者的一个工具，无论多么赤胆忠心，一旦“威权震主”，就会导致悲剧的命运。随着神宗报复性行为的发生，张居正励精图治的一系列改革也都灰飞烟灭，明朝一天天走向衰亡。
宫廷三案
明朝末期宫廷中，曾连续发生了三桩案件：万历朝的梃击案，泰昌朝的红丸案和天启朝移宫案。这三起案件本身都不是什么大事，但在当时都成为朝臣激烈争论的政治事件，弄得满朝风雨，因此被合称“三大案”，这三大案标志着明末纷乱和衰亡的开始。
三大案，实际都起因于“国本之争”。所谓“国本”就是册立太子的问题。按照明朝祖制，皇帝应立嫡长子，即正宫皇后所生长子为太子，如果没有嫡子就应按照年龄立长子为太子。明朝万历年间，立太子的问题曾引起朝廷激烈争论。神宗皇后无子，王贵妃生子常洛，郑贵妃生子常洵，常洛为长子，常洵为第三子。但因王妃不受宠，常洛也得不到皇帝的喜爱；神宗宠爱郑妃，郑贵妃所生皇三子朱常洵为神宗所钟爱，郑氏与神宗“密誓”立常洵为太子。朝臣依据祖制立嫡立长的法纲力争，但神宗皇帝总以各种借口拖延不立。直至万历二十九年（1601）十月，在皇太后的干预和众大臣一再奏请的压力下才无奈颁立朱常洛为太子，同时也封常洵为福王，藩国洛阳。按照明制，皇子被封王后，年满十四岁后就应离开京城到自己的封国去，但福王托故不肯走，这又引起了群臣的疑虑，进而引发党争，宫廷三大案也就是在这种形势下接连发生的。
万历四十三年（1615）五月的一天，天色刚黑，一名宫外男子手持枣木棍闯入大内东华门，一直打到太子居住的慈庆宫，击伤守门太监，直到前殿檐下，才被内监擒住。第二天，太子得报，命法司提审。御史刘廷元审问后称：犯人名叫张差，疑为一个疯子。刑部再审，结果相同。于是，准备按疯癫结案。后刑部主事王之寀恐吓他，如不从实招供就饿死他，张差招出是受马三舅和李外公的指使。王之寀将这个情况报告神宗后，群臣纷纷上疏要求重审。在这种压力下，刑部会同十三司会审，查明张差是京畿白莲教的成员，其首领为马三道、李守才，他们与郑贵妃宫内的左右执侍太监庞保、刘成勾结，派张差打入宫内，梃击太子宫。此案的发生，震惊了宫内和朝野，一时议论纷纷，多数官员都怀疑是郑贵妃为帮常洵夺取太子位而主使张差谋害太子。神宗恐怕进一步调查会牵涉郑贵妃，极力调解太子与郑贵妃的矛盾，一方面怒责郑贵妃，一方面亲自到慈庆宫，乞求太子解围。太子本慈善，又见郑贵妃惊恐哭诉，就同意按照疯癫处理。神宗立即下令将张差凌迟处死。但在审问庞保、刘成时，二人竭力狡辩，为防节外生枝，神宗传谕将他俩在内廷秘密处决，马三道、李守才被发配远方戍守。案子草草了结，后来借机免了王之寀的官，天启初年，王之寀复职，上《复仇疏》，重提梃击案，并连及红丸案，于是一场暂时平息的轩然大波又被掀起。
万历四十八年（1620）七月，神宗驾崩。八月初一，朱常洛即位，是为光宗，年号泰昌。常洛自幼不得父亲喜爱，13岁才出阁读书，又长期辍读，经历坎坷。即位前的几十年中，他孤僻、压抑，于是沉湎酒色，恣情纵欲，这无疑影响到他的身体健康状况，正当中年的光宗却体弱多病。颇具心计的郑贵妃为取悦新帝，保全自己，从侍女中挑选了四个能弹会唱的美女进献给光宗，又竭力笼络光宗的宠妃李选侍，二人谋合，欲以美人计为自己请封皇太后和皇后之号。贪婪酒色的泰昌帝纳四名美女后，起居更无节制，八月初十便病倒了。此时，司礼监秉笔、掌管御药房的内医崔文升来为皇帝看病。他本应用培元固本之药，却反用去热通利之药，使光宗腹泻不止，委顿不堪。崔文升的进药引起朝臣的惊诧。舆论认为崔文升进药是受郑贵妃指使，欲置皇上于死地。八月二十九日，鸿胪寺丞李可灼进献一红丸，自称仙丹妙药。光宗惧怕死亡，决计服用。朝臣都不敢拿主意，李可灼见此景，就自己先服下一丸，光宗随后也服一丸，顿觉四肢和暖舒畅。等朝臣退去，再进一丸，于次日凌晨即死。可怜光宗只当了二十九天的皇帝就归天了。
事后，大臣们联想到梃击案以来的风波，不禁疑窦丛生。认为光宗之死是因为用药的错误，应追究崔文升和李可灼之罪，并查出幕后主使。有人认为，崔文升是受神宗郑贵妃指使，故意用泻药使光宗元气不能恢复；有人认为，是内阁首辅方从哲推荐李可灼进药使光宗死，方有弑君之罪。一时间，朝臣间互相攻讦，各党派之间极力争辩。最后，新登极的天启皇帝朱由校迫于舆论压力，罢免内阁首辅方从哲，将崔文升发配南京，李可灼充军。但泰昌帝之死到底是什么原因，始终未解，“红丸案”成为明宫疑案之一。
明万历四十八年（1620）七月至九月一日，万历、泰昌两帝相继而亡，新帝即位之事关系着国家的命运，成为朝野关注的焦点。朱常洛死后，其长子朱由校登基，是为熹宗，年号天启。熹宗因其父光宗朱常洛不得宠爱，自幼也备受冷落，直到神宗临死前才留下遗嘱，册立其为皇太孙。熹宗的生母王才人本来位尊于李选侍之上，但因李选侍受宠，她备受李选侍凌辱而致死。
光宗即位后，倚仗皇帝的宠爱李选侍随住乾清宫。之前，郑贵妃以侍候神宗病体为名住进乾清宫，神宗死后就不肯搬出，后在朝臣的压力下才移居慈宁宫。光宗死后，按照规矩李选侍也必须搬出，让新皇帝搬进。但在光宗时就要谋取皇后地位的李选侍又企图借新帝年少之便，掌握大权，以熹宗养母身份留居乾清宫，不肯搬出。她还与太监魏忠贤密谋挟持朱由校，欲争当皇太后，此举引起朝臣的极力反对。光宗驾崩当日，杨涟、刘一燝等朝臣就直奔乾清宫，要求哭临泰昌帝，请见太子朱由校，商谈即位之事，但受到李选侍的阻拦。在大臣们的力争下，李选侍方准朱由校与大臣们见面。杨涟、刘一燝等见到朱由校立即叩首山呼万岁，并保护朱由校离开乾清宫，到文华殿接受群臣的礼拜，决定以本月六日举行登基大典。朝臣们联合上疏要求李选侍移出乾清宫，其中以御史左光斗的言辞最为激烈。他说，李选侍既非嫡母，又非生母，俨然居正宫，而让太子居慈庆宫，名分倒置。还说，如果不早采取措施，听任李选侍专制，就会再次出现武后（唐武则天）之祸。但李选侍仍没有移宫之意。直到新帝登基的前一天，杨涟、刘一燝、方从哲等内阁大臣站在乾清宫门外，迫促李选侍移出。朱由校的东宫伴读太监王安在乾清宫内力驱，李选侍万般无奈，怀抱所生八公主，仓促离开乾清宫，移居哕鸾宫。次日，熹宗正式即皇帝位。
梃击案、红丸案和移宫案一直是天启朝争论的问题。后来，太监魏忠贤擅权时，曾编《三朝要典》，推翻前案，借此陷害异己。崇祯帝即位后，铲除魏忠贤，又将各案翻过来。但三案成为明末党争的口实，一直持续到南明。
党同伐异
明末张居正改革被扼杀后，王朝的统治陷入更严重的危机之中。特别是神宗朱翊钧亲政后，沉溺于奢侈腐朽的生活中，吸食鸦片，不理朝政，甚至连祭祖都不愿参加。大量奏疏长期积压，政事无人处理，各部门职能懈怠，上下解体，整部国家机器陷入瘫痪的境地。政治的极度腐败，表现为统治集团内部激烈的党争。党争始于“国本之争”，在连续发生宫廷三大案的过程中，朝内大臣为了争夺权力，各自形成宗派，党同伐异，相互倾轧。其中，最初依附神宗郑贵妃家族的大臣，他们代表腐朽、守旧的大官僚地主集团利益；与之相抗衡的另一股力量，多是一些有抱负的官吏和知识分子，他们以“为民请命”的姿态，反对当权者的胡作非为，尤其反对宦官专政，其中的代表人物有顾宪成、高攀龙等。
顾宪成（1550～1612），字叔时，世称东林先生，无锡张泾桥人。顾宪成小时候家境十分清贫，他的父亲顾学开了间豆腐作坊，但因家庭人口多，常常入不敷出，家中的房子破旧得无法遮挡风雨。但是，艰苦的生活环境反而激发了顾宪成发奋读书的决心与进取的志向。他6岁就进私熟读书，聪明、刻苦，而且怀有远大抱负。万历四年（1576），考中应天乡试头名；万历八年中进士，任吏部文选郎中，顾宪成带着强烈的政治热情踏上仕途，想为国为民做些有益的事。但在万历二十二年（1594），推选下任内阁大学士时，顾宪成秉公推荐了曾因诤谏册立太子而遭神宗嫉恨的王家屏，触怒了神宗，被革职削为平民返回故里无锡。顾宪成孜孜国事，反而获罪罢官，朝野许多人士为朝中失去这样一位正直无私的官员扼腕叹息，也对顾宪成的品格十分钦佩，顾宪成的名望反而更高了。
由于顾宪成在学界和政界都有很高的声望，所以他返乡后有很多人慕名前来请教。顾宪成不管其贫富贵贱，一视同仁，热情接待。后来，人太多了，祠堂、客栈和自己周围邻居家都住满了客人。顾宪成又在自己家南边造了几十间书舍供来人居住，他的夫人朱氏给学生们烧饭做菜，学生来了就像回到家里一样。泾溪南北，昼则书声琅琅，夜则烛火辉辉，一派夜以继日发奋攻读的景象。顾宪成还经常被邀请到苏州、常州、宜兴等地去讲学，与吴中学者聚会于无锡惠山第二泉畔研讨学术。在讲学活动中，顾宪成迫切感到需要一个固定的讲学场所，使讲学活动更有组织，以对社会产生更好的影响。无锡原来就有东林书院，是宋代杨时讲道的场所。万历二十六年（1598）八月，顾宪成和其弟允成倡导修复东林书院。万历三十二年（1604），在地方士绅和官吏的资助下，东林书院修复完工，顾宪成偕同另外一些在仕途失意的好友在其中讲学。这年十月，顾宪成会同顾允成、高攀龙、安希范、刘元珍、钱一本、薛敷教、叶茂才（时称东林八君子）等人发起东林大会，制定了《东林会约》，每年一大会，每月一小会，定期讲学。顾宪成首任东林书院主讲，主持书院达八年之久，讲学活动成为顾宪成一生事业的最辉煌时期。
东林讲学是在特定历史条件下，适应时代、社会和学人的共同需要兴办起来的。书院不分尊卑、不限地区、不论长少、不收学费，只要愿意，均可参加。讲授方式十分灵活，有时采用演讲方式，讲了一段后，就穿插朗诵一段诗词以活跃气氛、开发性灵，主讲者还随时回答提问；有时采用讨论方式，沟通思想、交流心得。讲学内容更是广泛、丰富，重视社会政治，关心世道人心，充满了以天下为己任的救世精神。在东林书院的讲堂里，就挂有顾宪成青年时代写的那副对联：“风声雨声读书声声声入耳，家事国事天下事事事关心。”讲学之余，议论时政、臧否人物，把读书、讲学同关心国事紧紧地联系在一起。这种政治性讲学活动产生了广泛的社会影响，在朝在野的各种政治代表人物、三吴士绅一时齐聚东林书院，并逐渐成为与朝中阿谀奉承、投机腐朽势力相抗衡的一大政治派系。万历二十八年拥立朱常洛为太子的事件就是这一派系取得的一次重大胜利。他们还提出反对矿盐税使掠夺、减轻赋役负担、发展东南地区经济等主张，同时要求开放言路、抑制宦官和贵族特权、实行改良。这些针砭时政的意见得到社会的广泛支持，同时也遭到宦官及其依附势力的激烈反对，被政敌称为“东林党”。东林党与朝廷中的腐朽势力展开了殊死的斗争，顾宪成则以其卓越的思想气度成为东林党的精神领袖。同时，在朝廷内一度形成了宣、昆、齐、楚、浙等党，这几个派别相互倾轧争权，但在面对东林党时，却相互声援，联合起来栽赃陷害，将朝廷纷争的全部责任推到东林官员头上，说国家吏治、人品、学术都因顾宪成的东林讲学而弄得败坏不可收拾，污蔑东林借讲学之名，行结党营私之实，目的就是想将朝中正直的人全搞倒。
天启时，宦官魏忠贤专政，形成明代势力最大的阉党集团，开始了对东林党人的血腥镇压。天启四年（1624），东林党人杨涟因弹劾魏忠贤二十四条大罪被捕，与左光斗、黄尊素、周顺昌等人同被杀害。魏忠贤又让人编《三朝要典》，借梃击、红丸、移宫三案为题，打击东林党。一批东林著名人士如魏大中、顾大章、高攀龙等先后被迫害致死；还指使其党羽编造《东林点将录》，将主要的东林党人分别加以《水浒》一百零八将绰号，企图将其一网打尽。天启五年（1625），熹宗下诏，烧毁全国书院。次年，东林书院首遭其灾，东林书院变成一片瓦砾。天启七年（1627），崇祯帝（思宗）即位，逮捕魏忠贤，大批阉党被定为逆案，魏忠贤自缢而死，至此，对东林党人的迫害才告停止。崇祯二年（1629），皇帝下令为东林党人恢复名誉，并诏修东林书院。万历四十年（1612），顾宪成在张泾桥老家逝世，墓葬无锡查桥关泾村西南处，当地人称“天官坟”。崇祯初追封顾宪成为吏部右侍郎，谥号“端文”。但明朝的党派斗争一直延续到南明政权，直到清立国后才彻底结束。
魏忠贤乱政
明朝是我国历史上宦官之祸最为严重的朝代。追寻祸害之源，其实还在于太祖朱元璋。洪武初年，朱元璋为把持大权，罢丞相，废三省，虽使皇权收归一人，但又不得不起用宦官帮助皇帝处理繁杂的事务。但朱元璋规定宦官不得读书识字，不得干预政事，对宦官控制很严。成祖朱棣因夺帝位曾得到宦官的帮助，故视他们为亲信，设东厂，由宦官主持。宦官开始取得出使、专征、分镇等大权，为后来的宦官专政提供了条件。天启时，宦官专权达到登峰造极的地步。熹宗不理朝政，整天以做木匠活为乐。司礼监秉笔大太监魏忠贤与熹宗乳母客氏串通，独揽内外大权。以浙党为首的非东林党与魏忠贤相勾结，形成明朝后期最反动的一个政治集团，被东林党人骂为“阉党”。
魏忠贤（1568～1627），河北河间人。他本来是个嗜赌成性的无赖，目不识丁。因为赌钱输得精光，无路可走，一气之下竟自己阉割成太监，进了皇宫，并改名李进忠。因为他善于逢迎拍马，很快就巴结上“皇长孙”朱由校的奶妈客氏。朱由校自幼生母就去世了，客氏被召做了她的奶妈。客氏对朱由校悉心照顾，殷勤备至，甚至把朱由校梳头掉下来的头发、剪掉的指甲都精心收藏。朱由校的膳食也都经她亲手调治，使年幼的朱由校对她百般依赖，视同生母。长期身处禁宫的客氏耐不住寂寞，私下与魏忠贤“对食”。所谓对食，就是太监与宫女结为相好，形同民间的夫妻。明万历后，宫中对食的现象极为普遍。从此，二人用尽心机，讨得朱由校的欢心。朱由校做皇帝后，封客氏为奉圣夫人，提拔魏忠贤做司礼监秉笔太监，亲赐他“忠贤”的名字。而魏忠贤与客氏狼狈为奸，引诱熹宗整天沉溺在听戏听歌、打猎赌博等稀奇古怪的玩乐中。加上有客氏在一旁推波助澜，暗中配合，魏忠贤则在内廷中广植心腹，借代皇帝草拟批文的大权，不断攫取权力。
熹宗初年，因力举新帝即位有功，东林党曾掌握朝政，他们对客氏与魏忠贤的用事早有察觉。熹宗一登极，就上疏请皇帝按祖制遣客氏出宫，并弹劾魏党中人。开始，熹宗不得已照办，但不几天，十六岁的小皇帝就因想念客氏，不吃不喝，泪流满面，只得将客氏召回宫中，陪伴在身边。而对魏党的弹劾也因皇帝的袒护未能起效，使得客氏与魏忠贤更加肆无忌惮。后宫成为客、魏首先施威的地方。皇后张氏，秉性刚直，经常在皇帝面前说客、魏的过失，遭到魏忠贤的嫉恨。天启三年（1623），张皇后有了身孕，客、魏竟使毒招使她流产，并陷害说她行为不贞洁，使得熹宗疏远了张后。还有一位张妃，因不听从客、魏的摆布，被二人假传圣旨幽禁于冷宫，不给她食物，被活活饿死。后妃们只要对他二人有所不满，就都会遭到迫害。
在内廷一手遮天后，魏忠贤在朝堂上也日益嚣张起来。假传圣意外，还指挥特务机构东厂，掌控锦衣卫，组织了一支上万人的宦官武装。又有朝中非东林党人投靠附庸，渐渐形成了一批死党，当时著名的五虎、十狗、十孩儿、四十孙等一批无赖亡命之徒，他们对魏忠贤极尽溜须拍马之能，称魏忠贤为“九千九百九十岁”，大有权倾帝王之势。阉党势力扩大，从朝廷内阁、六部到地方总督、巡抚，都成为阉党的一统天下，朝政极度腐败。
但敢作敢为的东林党人，与阉党进行了不屈不挠的斗争。天启四年（1624），左都御史杨涟首先抨击魏忠贤，列举了他的二十四条大罪，其中有：专权；私自批答圣旨；罗织罪名残害忠良；给魏家亲属滥封官职；在皇宫里练兵；生活穷奢极欲等。接着，更多的东林党人对魏忠贤进行了口诛笔伐，一时上疏弹劾魏忠贤的奏折竟达数十份。
魏忠贤对此恨得咬牙切齿，他一面到熹宗面前装委屈买好，另一面用尽办法阻止这些官员面见皇帝。在蒙蔽过皇帝后，他立即疯狂地展开反扑。第二年，他伪造供状，将杨涟、左光斗、周朝瑞、袁化中、魏大中、顾大章等六人以行贿受贿等罪名抓入镇抚司，严刑拷打，逼他们承认根本不存在的罪行。六人在狱中受尽酷刑，杨涟身上被压上沉重的麻袋，耳朵里钉进发锈的铁钉。左光斗全身被狱卒用烧得通红的烙铁熨烙，脸部被烧得焦烂，面目全非，左膝盖以下的筋骨，全都暴露出来。不久，六人全都惨死在狱中。时人称这六位正直的大臣为“六君子”，按干支纪年法，称这一事件为“乙丑诏狱”。
天启六年（1626），魏忠贤再掀大狱，东林党领袖高攀龙等七人被诬陷贪污国库公款，魏忠贤矫旨把他们全部逮捕。高攀龙当时还在无锡讲学，一听到即将被捕的消息，给亲朋写下一份遗书后，从容跳水而死。其余六人被抓进镇抚司，被折磨至死，史称“七君子”。因这年是丙寅年，又称“丙寅诏狱”。
此后，还有更多的东林党人被罢官，被下大狱，被充军，被杀害。正直的官员在朝中没有立锥之地，举朝上下无不是阉党的势力。但物极必反，就在魏忠贤的权势达到登峰造极的时候，熹宗病逝，思宗崇祯即位。为巩固皇权，崇祯皇帝罢免了魏忠贤，阉党受到打击，阉党内部人人自危，于是相互攻击以图自保。墙倒众人推，魏忠贤一下子又变成了过街老鼠。魏忠贤深知自己难免一死，于是自缢而亡，客氏也在后宫中被鞭笞而死，东林党人得到平反。但是，明朝的局势，已经是江河日下了。
悲情崇祯帝
天启六年（1626）八月，贪玩的明熹宗来到西苑，和小太监划着船在水上嬉戏，忽然刮起一阵大风，船被掀翻，熹宗和同船的两个太监都落入水中。两个太监都被淹死了，熹宗虽然幸而获救，但因此落下病根，身体每况愈下。到天启七年（1627）夏天，熹宗病危，八月去世，年仅二十三岁。根据熹宗遗诏，由皇五弟信王朱由检即位，第二年改为崇祯元年，他就是明朝最后一位皇帝明思宗。
朱由检继位时只有十七岁，他是一位很有政治抱负的人。他想凭借自己的一腔热血，力挽狂澜，重建辉煌。崇祯帝即位后做的第一件大事就是铲除阉党。崇祯刚刚入住皇宫后，发现朝野遍布魏忠贤的党徒。他不敢吃宫中的东西，生怕自己有一天会不明不白地死去；晚上则让宫中彻夜点着蜡烛，以提防刺客。这种受到威胁的感觉日益强烈，但崇祯帝表现出极大的忍耐力。开始，崇祯依然重用魏忠贤，暗中却不动声色地渐渐地剪掉他的党羽，更换宫中宦官，逐步孤立魏忠贤。一待时机成熟，立即开始搜捕。魏忠贤得到崇祯要逮捕他的消息后，知道自己将没有好下场，当晚就上了吊。崇祯还下令将他碎尸万段，把他的头挂在河间府。崇祯还以坚决的态度，为东林党人平冤昭雪，将绝大多数阉党成员列入逆案名单，将《钦定逆案》颁布天下，以魏忠贤为首的二百六十多人被斩、被充军或被革职。此举赢得了朝野人士一片拥护，展示了这位青年皇帝的决心和果敢，令人刮目相看，一时被呼为“明主”。
铲除阉党后，崇祯帝将朝中大权重新掌握到自己的手中，开始了他的励精图治。为了弥补清除阉党后的空缺，急需选用得力的人才。崇祯帝很重视任用有实际才能、精明能干的人。亲自征点南京吏部侍郎钱龙锡、礼部尚书来宗道、礼部侍郎李标等进入内阁。这些人大多是东林党人，都能尽心办事。此外，崇祯帝还常常破格提拔，例如将刘之伦从庶吉士一下子就提拔为兵部右侍郎。他还起用了天启年间战功赫赫的袁崇焕，任命袁崇焕为兵部尚书，督师蓟辽，并向他征求安定辽东的方略。袁崇焕详细地阐述了自己的策略，说如果朝廷支持并将大权下放给他，五年之内他就可以恢复辽东。崇祯听后十分高兴，立即答应了袁崇焕的所有要求，还赐他一柄尚方宝剑。袁崇焕则不负众望，积极布防，很快就有了成效。崇祯初年，这一系列的措施使明朝的内政外交都有了起色。
国势的好转只如昙花一现。年轻气盛的崇祯面对复杂的局面，急于求成，急功近利，处理政事常常采取头痛医头，脚痛医脚的做法。但世上之事，往往欲速则不达，操之过急，只能把事情搞得更糟。加上他刚愎自用，虚荣心极强，听不得反对意见，而且性情多疑，一遇到解决不了的难题就迁怒于文武百官，责备他们没有尽职尽责，并处以极其严酷的刑罚，或者罢官，或者下狱、杀头、充军。所以，真正的人才，在他手下大都不能充分发挥作用。比如对待袁崇焕，本来已经给了他自由行使职权的尚方宝剑。但崇祯二年（1629）十月，当皇太极率精兵十万避开袁崇焕的把守，绕道蒙古进入长城，深感袁崇焕是一大劲旅，就使用反间计声称与袁崇焕早有密约，将在京城之下会盟。崇祯就信以为真，以“叛变投敌”、“谋反朝廷”之罪将袁崇焕处死。而且，还感叹朝臣不足以为信。对文武百官的不信任，使得崇祯又越来越重用亲信宦官。但宦官大多是拍马逢迎、没有真才实学的势利小人，在最凶险的时候都背叛了他。
崇祯二年十一月，清兵再次南下，崇祯帝将大批太监派去监军、守城，甚至去督察钱粮税务、司法等政务。但因有阉党的前车之鉴，崇祯对宦官也是用了罢，罢了用。他对朝臣固然已经失去信任，重用宦官又使得国事变得越来越糟，而崇祯帝就在这样一种反反复复、忙忙碌碌、焦躁不安中度日。
崇祯三年（1630）前后，张献忠、李自成纷纷起义建立政权，声势日渐浩大。自袁崇焕被杀后，朝中也再难以找到一个能力敌后金侵扰的大将。崇祯九年（1636），皇太极称帝，改后金为“清”，长驱直入，深入内地。明朝内忧外患，每况愈下。崇祯十五年（1642）二月，清兵攻克松山。崇祯十七年（1644）三月，李自成率大军围攻北京，而京城守卫非常空虚。崇祯帝病急乱投医，又是下“罪己诏”，承认自己治理国家的过失，又是征集天下军队到北京勤王，还要求王公大臣、外戚权贵捐献家财做军饷，组织抵抗，可是都得不到积极响应。外戚周奎有几十万两金子的家财，却装穷说没钱。崇祯帝亲自出面，他才答应捐二万两。
崇祯帝又把管理宫门和各城门防守的军权，都委托给亲信的太监。可是这些太监只知作威作福，并不真心帮他办事，反而打击了一些真心为国的将军、大臣的努力。崇祯帝要人没人，要兵没兵，要钱没钱，要粮没粮，连找个出主意、商量对策的人都没有，真正到了孤家寡人的地步。有一次在朝堂上，他连问了好几件事，都没有一个大臣应声，他气得大骂：“我不是亡国的君主，你们都是亡国的臣子。”怒气冲冲回到后宫。
三月十九日，守城太监曹化淳打开了城门，放农民军入城，李自成骑着高头大马，威风凛凛地进入紫禁城。穷苦百姓热烈欢迎农民军的到来。
崇祯帝知道农民军进城了，而得到消息的官员、太监也早已跑得不知去向，只有太监王承恩还跟着他。眼见大势已去，他先是逼皇后上了吊，又亲手砍下十五岁公主的手臂，然后在王承恩的陪同下，来到紫禁城北面的万岁山（又名煤山、景山）寿皇亭下，与王承恩双双上吊自杀了，时年三十四岁。而统治中国二百七十七年的明朝，就此灭亡。
闯王进京
明朝万历以后，朝政日益腐败，大地主疯狂地进行土地兼并，农民破产，加上天灾不断，百姓生活无以为生。特别是地处偏僻的陕西地区，灾荒严重，但官吏不仅不想办法赈济，反而变本加厉地征收租赋，鱼肉百姓，终于逼得饥民造反。天启七年（1627）三月，澄城的饥民冲进县衙，杀死县官。崇祯元年（1628）十一月，高迎祥在安塞聚集饥民造反，一时陕西各地饥民纷纷杀死县官，举起义旗，农民起义风起云涌。
李自成，陕西米脂人，童年曾为地主牧羊。天启年间当过驿卒，练就了一身好武艺，善于骑射，又有胆识。崇祯年因大幅裁减驿站经费，李自成没有了职业，就没有了生活来源，又因为还不起高利贷，几乎被折磨致死，于是在米脂号召饥民起义。开始，他投在农民军首领不沾泥部下，后来不沾泥战败降明，李自成又率部投靠高迎祥。高迎祥自称闯王，李自成因英勇善战，被起义军称为闯将。
明朝政府对起义军一面剿杀，一面招抚。一些力量薄弱、立场不坚的农民义军先后被镇压，但李自成和张献忠则日益活跃起来，并在后来的战争中相互支援，协同作战。崇祯六年（1633）冬天，明军云集于晋、冀、豫三省交界处，对起义军进行围剿，义军因粮食补给困难，活动范围越来越小。为了摆脱困境，李自成、张献忠等向当时的明军总兵王朴假装投降，伪称愿意接受招安。明军不知是计，欣然接受。而义军以投降为掩护，麻痹明军，积极准备给养。十一月，义军突然从封冻的黄河上疾驰南下，到达河南境内，突破了明军的围剿，将明末的农民起义推向了一个新的阶段。闯将李自成在转战山西、陕西、河南各地的征战中，崭露头角，他善于使用灵活的战法出奇制胜，如他的“以走致敌”、声东击西、避实击虚的战法在敌强我弱的情况下十分有效。崇祯九年（1636），高迎祥被俘杀害，李自成众望所归，被推举为新的闯王。
崇祯十年（1637），朱由检起用杨嗣昌为兵部尚书，专门负责围剿义军。杨嗣昌以陕西、河南、湖广、江北四个省区为围剿义军的主战场，同时，增兵二十万，筹饷二百八十万两，气势汹汹，想一举歼灭所有起义军。在明军强大的攻势下，张献忠部在河南南阳兵败负伤，只得退往湖北。李自成部也屡战屡败，在陕西潼关遭到洪承畴和孙传庭优势兵力的合击，将卒伤亡惨重，最后只同部将刘宗敏、田见秀等18人突出重围，在陕西商洛山中隐伏下来。这时，大部分农民军都遭到惨重的失败。张献忠也假装投降，躲避官军的锋芒。明朝政府以为义军已经平定，就将洪承畴、孙传庭调到抗击清兵的前线，使李自成获得了喘息的机会，开始聚集失散的人马，准备伺机再杀出去。崇祯十二年（1639），李自成与再次起兵的张献忠合兵攻破竹溪，移师截断明军粮道。后又有罗汝才在湖北房县起义，他们遥相呼应，联合作战，在罗猴山大败明军。
崇祯十三年（1640），李自成再次率军攻入河南。当时，河南正遇到大饥荒，饥民遍野，他们纷纷加入李自成的队伍，还有一些失意的地主阶级知识分子也加入了义军，如李岩、牛金星、宋献策等，成为谋士，他们的加入使李自成如虎添翼。李自成在河南上下驰骋，很快攻克了宜阳、永宁、新安等县，进而围攻中原重镇洛阳。洛阳是福王朱常洵的封地，他富甲天下，却极为吝啬，面对遍野的饥民，甚至出现了人吃人的惨剧，他都不肯拿出一分钱；而明军需要的军饷，他也不出一文。崇祯十四年（1641）春，当李自成大兵压进时，守城士兵打开城门，与义军里外夹击，一举攻破洛阳城。李自成将福王处死，打开府库赈济灾民。领到粮食和金钱的百姓一个个欢呼雀跃，奔走相告，很多人又来参加起义军，使义军队伍扩大到一百多万人。
在取得节节胜利的时候，李自成听从李岩等的建议，提出了“均田免粮”的纲领。“盼闯王，迎闯王，闯王来了不纳粮”，孩子们传唱的歌谣，在城乡流传，吸引了更多的人参加闯王的队伍。义军还加强了军纪，禁止骚扰百姓，禁止毁坏农田。这样，就更得到百姓的拥戴，队伍越来越壮大。崇祯十五年（1642），以“三年不征，一民不杀”口号安民，顺利攻占襄阳，改名为襄京。崇祯十六年（1643），李自成在襄京称“新顺王”，建立政权。随后，采纳谋士顾君恩的建议，制定了先取关中、再攻山西，后取北京的作战方略。李自成亲率大军北上河南，在汝州之战中歼灭明军4万余人。进而，乘势追击，尽歼镇守潼关的明军，击杀孙传庭，占领潼关、西安。崇祯十七年（1644）正月，李自成在西安建国，国号大顺，改元永昌，称大顺王，改西安为西京。并定军制，封功臣，为搜罗人才还开科取士。一切稳妥后，李自成又开始紧锣密鼓地部署进军北京的战略。二月，亲率大顺军主力东渡黄河，经山西向北京进发；另一路，由权将军刘芳亮统领，由故关（今属河北）、真定（今河北正定）、保定北上，两路大军联合作战，对北京形成钳形攻势。三月十五日，大顺军进抵居庸关，明将唐通和监军太监杜之秩开关投降。三月十七日，李自成的部队围攻北京城下，走投无路的崇祯皇帝自缢于煤山。三月十九日，李自成这个当年的驿站马夫，头戴白色毡笠，身穿蓝布箭衣，骑着高头大马，在刘宗敏、牛金星、宋献策等文武大臣的簇拥下，进入了象征着封建帝王权威的皇城。朱明王朝就此灭亡。
然而，就在北京登基后不久，李闯王的命运骤然逆转，义军没能经受住历史的考验。首先，他们推行的一些措施几乎妨碍了所有的明朝官吏。大顺政权不录用明朝官吏，而且对他们追赃逼饷，负责追赃的刘宗敏甚至制造了五千副夹棍用来威逼和处罚不缴纳饷银的人。追赃的范围越扩越大，稍有资产的人就难以逃避，以致引起很多人的不满，本处于观望状态的明朝官吏都开始敌视大顺政权。更可悲的是，李自成等义军领袖陶醉在胜利的凯歌中，不思进取，开始贪图享乐，生活日益腐化。军队的纪律也开始涣散，骚扰百姓，淫掠妇女的事情时有发生。当时，明朝负责镇守山海关的平西伯吴三桂本已答应归顺，但刘宗敏竟霸占了他的爱妾陈圆圆，还因追饷抓了他的父亲并严刑拷打。吴三桂得知这些消息后，冲冠一怒，转而投奔大清，打开山海关，引导清军进入北京。李自成无奈只好撤离，而他仅在北京当了四十多天的皇帝。
李自成率大顺军退往陕西，但军队内部又发生了分裂，李自成听信谗言杀害了李岩和李牟两位大将，战斗力大不如前的军队则在清军追剿和地方地主武装的夹击下，屡战屡败。顺治二年（1645），李自成行至湖北通县九宫山下，遭到地主武装的突然袭击，年仅三十九岁的李自成和二十几名战士全部壮烈牺牲。还有人说李自成没有死，而是在兵败后隐姓埋名在湖南石门夹山做了和尚。因为，当时一场混战，人们找到的只是一具面目全非的尸体。李自成的生死便成为一个历史谜案。
八大王起义
张献忠，陕西延安人，出身贫贱。年轻时曾当过捕快、边兵，颇为英勇。但有一次他和另外十七人犯了“淫掠”之罪，要被处斩。但当时的总部见他年轻，身材魁梧，气力过人，有心再用，就打了他一百鞭子，保住了他的性命，其余十七个人都被斩首了。崇祯三年（1630），逃回家的张献忠率领米脂县十八寨穷苦农民举起义旗，自称“八大王”。
崇祯四年（1631），农民军领袖王自用联合起义军三十六营，八大王张献忠和李自成都成为其中的领导人物。他作战十分勇敢，总是身先士卒。崇祯六年（1633），他活动在山西一带，先后攻克榆次、平定等县，对太原府构成严重威胁。后来，同李自成等被明军围困在晋、冀、豫三省交界处，粮食供给不上。几位首领商量假意投降，接受了朝廷招安。十一月，义军给养准备充分后，一天，突然从封冻的黄河河面上南下，突破明军包围。张献忠率部从河南进入四川，在川作战达半年之久。
崇祯八年（1635），义军十三路领袖在河南荥阳召开大会，商讨今后战略。荥阳大会采纳了李自成的方案，各路义军分兵协作，相互支援，扩大领地。会后，按照部署，张献忠同高迎祥、李自成一同率领大军进攻安徽。他们攻下明朝中都凤阳，焚毁了皇陵，挖了朱明皇帝的祖坟，使崇祯皇帝遭受极大的精神打击。
崇祯十年，兵部尚书杨嗣昌坐镇襄阳，统率十万大军，气势汹汹。他采用“十面拉网”的战略，企图将农民军一网打尽。张献忠在河南南阳被左良玉击败，额头中箭负伤。这时，农民军作战进入低潮，好几支队伍向官军投降。为保存实力，张献忠也向明朝官吏熊文灿投降。张献忠知道熊文灿贪财，就派人给他送去两块一尺多长的碧玉和两颗硕大的珍珠，熊文灿果然十分高兴，立即向皇帝呈请招抚张献忠。经崇祯帝御批，张献忠驻军在今湖北谷城。但张献忠并不真听熊文灿的号令，不接受明军的改编，更不接受调其去镇压其他农民义军的命令。利用驻兵的机会，他一边潜心研读兵法，创造了团营方针，左右营战法；一边加紧练兵，扩充军队，在很短的时间里，就使部队人数从两万激增到十万。此外，他还打造武器，制造出三眼枪、狼牙棒、埋伏连弩等新兵器；调出部分军队进行屯田耕种；设立关卡，征收赋税，积极筹备粮饷，积蓄精力。
经过一年半的休整，张献忠的部队人强马壮，士气旺盛。在崇祯十二年（1639）五月，张献忠在谷城再举义旗，杀死谷城知县，烧毁县衙，推倒城墙。此后，又有几支被招抚的农民军也再次起义，掀起了明末又一次起义的高潮。七月，张献忠联合罗汝才部在房山县罗猴山设下埋伏，大败明军主力左良玉，左良玉被打得军符印信全丢，狼狈而逃，报了一箭之仇，明军被歼上万人。消息传到北京，崇祯帝大怒，熊文灿被处死，左良玉被革职。
崇祯十三年（1640），张献忠又率兵进入四川。杨嗣昌尾随而来，进驻重庆。他命令所有将领都入川追敌，一心要消灭张献忠，还张出榜文：“谁活捉张献忠，赏黄金一万两，封侯爵。”可是，第二天，就有人向他禀告辕门里有张献忠的标语，“有砍杨嗣昌头的，俺老张赏银三钱”，把杨嗣昌气得七窍冒烟。北起广元，南到泸州，西起成都，东到巫山、荆门，张献忠的军队在四川境内到处活动，攻县城，杀贪官。义军采取游击战略，忽东忽西，声东击西，将明军打得晕头转向，大批官军来了，他们就转移，几乎把跟在后面的官军拖垮。
崇祯十四年（1641）正月，张献忠在进军当阳的途中听说襄阳城守备单薄，于是定巧计奇袭襄阳。他亲自率领轻骑兵一天一夜纵马奔驰了三百里到达襄阳城下。先派部将李定国和二十名骑兵扮作官军，拿着缴获的调兵文书混入城内。半夜，埋伏在城内的义军突然到处放火，城内一片混乱。他们又乘机打开城门，大批农民军立即冲进城里，攻占了襄阳。襄王朱翊铭被活捉，五花大绑地跪在襄王府的大堂上。张献忠叫人放开他，又给他倒了一杯酒，说：“你最好喝完这杯酒，我要借你一颗人头，让杨嗣昌因为没有保护好藩王而送命。”襄王吓得连连求饶，说愿献出王府一切金银财宝。张献忠大笑说：“你的王府全都在我手里，还用得着你献！”于是，将襄王就地处决，又打开他的仓库，拿出五十万两银子分给穷苦百姓，其余都成了农民军的战利品。听到襄王被杀的消息，杨嗣昌就像五雷轰顶。因为，不到一个月前，李自成攻破洛阳，处死了福王朱常洵。两名亲王被杀，他感到自己也难逃一死，就在湖北沙市徐家花园自杀了。
五月，张献忠又攻下武昌，逮捕了楚王朱华奎，把他装进笼子里投入长江。张献忠就在武昌建立了大西政权，改武昌府为天授府。崇祯十七年（1644）春，李自成大军挺进北京，张献忠则挥师向西，再次攻入四川，并攻克重庆，俘虏了瑞王朱常浩、四川巡抚陈士奇等。张献忠召开了公开审判大会，将他们处决。在处死瑞王时，天空突降大雨，电闪雷鸣，有人说这是上天警示不能处死瑞王。张献忠发怒道：“老子要杀人，与老天有什么相干？”
八月，张献忠攻下成都，占领了整个四川。他在成都称帝，国号大西，建元大顺。他命令臣民一律称他为“老万岁”，而且不论贫富，每家都要在门前立上一块牌子，上面写上“西朝皇帝万岁”，还要在牌子周围供献鲜花。
大西政权建立后，隐伏在山野的明朝官员和地主纷纷组织武装，与大西政权对抗。为了镇压他们，张献忠将在四川能够抓到的明朝宗藩好几万人全都处斩。之后，又以举行“特科”为名，命令各府县将参加科考的生员全部送到成都，然后找了个借口，把这五千多人也都杀了。张献忠此举无疑太过分了，这样就将整个士人都推到了敌对方。
顺治二年（1645），清政府给张献忠下了一纸诏书，希望他归降，被张献忠断然拒绝。顺治三年（1646），清廷命肃亲王豪格为靖远大将军征讨张献忠。八月，张献忠放火焚毁成都，带大军转移。十一月，与清军在凤凰山下遭遇。张献忠在战斗中被箭射中左胸，当即身死，结束了他铁血疆场的一生。大西军余部后来南下与南明政权联合抗清，他的义子李定国继承遗愿，带领大西军誓死抗清，又血战了十六年，直至马革裹尸。
半壁江山
崇祯帝吊死煤山之后，退居到江淮以南的原明王朝的亲王和官员们重建政权，先后出现了福王弘光政权、唐王隆武政权、鲁王监国政权、绍武政权、桂王永历政权，统称为南明政权，或南明小朝廷。但他们偏安一隅，只图享乐，不思进取，甚至相互攻击，争权夺利，在清军强大的攻势下，最终都难逃败运，谁都没能承担起再兴大明的愿望。
崇祯十七年（1644），李自成的农民军攻占北京。在中原的潞王、周王、鲁王、福王、桂王等纷纷逃到南方。南京，作为明朝的陪都，此时成为了明朝残余势力的聚集中心。在这里，群臣决定拥立新君，重建统治南方的半壁江山。但立谁做皇帝以继承明朝皇室血统呢？大臣们分成了两派：一派以正直爱国的官员、南京兵部尚书史可法为代表，主张拥立相对贤明的潞王；另一派是以凤阳总督马士英为首的腐败官僚，他们力主拥立福王。福王朱由崧是明神宗的孙子，福王朱常洵的长子，从血缘关系上最有资格当选。但他贪婪荒淫，喜欢酗酒，昏庸无能。马士英正是看到福王的昏庸可以用来方便自己专权，因此力保福王，甚至调大军前来施加压力。最后，由于马士英有强大的军队做后盾，他的意见终于占了上风，福王朱由崧在南京即皇帝位，年号弘光。马士英则独揽大权，任兵部尚书、内阁大学士。而史可法被排挤出朝廷，前往扬州督师。
弘光朝廷自始至终是个腐败透顶的政权，它把明末政府的腐败丑恶一股脑儿地继承下来。弘光帝朱由崧整天沉湎于酒色之中，以演杂剧、饮烈酒、淫幼女为乐。他派人挨门挨户地搜罗美女招进宫中，弄得人人自危，社会骚乱。而他的人生信条就是及时行乐。崇祯十七年（1644）除夕，清军大兵压境，百官见朱由崧在大殿上愁眉不展，以为皇帝是在为兵事担心，谁知一问，原来他却是因为梨园中没有好的戏子而发愁。皇帝昏庸，大权则完全旁落在马士英的手中。马士英任人唯亲，把正直的官员逐渐都排挤出朝廷，还卖官鬻爵，对官阶公开标价，而向他行贿的数量多少不仅决定官阶的大小，还直接影响升迁的快慢。百姓们愤慨极了，街头巷尾流传着这样的歌：“都督满街走，职方贱如狗。相公（指马士英）只爱钱，皇帝但吃酒。”朝中权臣胡作非为，对战事毫无抵抗的决心，错误地制定了“联清灭顺”的方针，造成武将间纷争不断，军事上不堪一击。
弘光政权本拥有近百万的军队，但一开始就与农民军誓不两立，还一厢情愿地派遣使臣与清军议和，幻想用割地赔款纳贡的方式联合清军进攻农民军，重建大明王朝。满洲贵族入主中原的野心由来已久，此时力量强大，根本不买南明政府的账，将明朝使臣软禁了起来。顺治二年（1645）三月，派清和硕豫亲王多铎率军南下。清军出虎牢关，直指徐州。徐州总兵李成栋归降，引导清军南下。在此紧急关头，镇守长江中下游的明军将领左良玉不满马士英的专横跋扈，发兵进攻南京。弘光帝急忙下诏给史可法，命他率军回撤，救援南京。在江北督师的史可法主张应着重对付清兵，但大权在握的马士英还以清除异己为重，将得力部队从江北撤回，调到西面前线对付左良玉，造成江北空虚，清军如入无人之境。史可法无奈也只好带兵回南京，刚过长江，得知左良玉已经病死，而清军已经逼近扬州，又急忙赶回江北。此时的扬州就是一座孤城，城内守备力量单薄，史可法只有一万多人却要抵挡清军十万大兵，形势万分险恶。他给远在南京的母亲和妻子写了遗书，决心与扬州城共存亡。
清军开始轮番攻城。扬州军民在史可法爱国精神的鼓舞下，誓死抵抗，打退了清军的一次又一次进攻。三天过去了，扬州城岿然不动。最后，多铎调来西洋大炮轰城，而且把炮口对准了史可法亲自防守的西门，一颗颗炮弹呼啸着落到西北角，终于将城墙炸开了一个大缺口，潮水般的清军冲进城来，史可法自刎未死，被清军俘获。多铎劝他投降，他说：“城存我存，城亡我亡；头可断，志不可屈！”从容就义。多铎因为攻城的清军伤亡严重，竟惨无人道地下令屠杀扬州百姓作为报复。大屠杀整整持续了十天，这就是历史上有名的大惨案——“扬州十日”。
扬州失守后不久，清军轻而易举地攻占了南京，弘光政权宣告灭亡。之后，又有两个小朝廷建立起来：一个是鲁王政权，明末著名的大学者黄宗羲在余姚起兵，杀掉了清浙江抚使，联合浙江总兵方国安等，推举鲁王朱以海继承王位。另外，礼部尚书黄道周等在福州拥立明太祖第九世孙唐王朱聿键继皇帝位。唐、鲁两个政权同时出现，却势同水火。唐王以叔辈自居，要求节制鲁王，鲁王拒不听从，双方互杀来使，同室操戈。而这两个政权同弘光政权一样，十分腐败，迅速灭亡了。后来，南明势力还曾建立永历政权和绍武政权。建立永历政权的是明神宗之孙、桂端王朱常瀛的第四个儿子朱由榔，在广西巡抚瞿式耜等人拥戴下在广东肇庆监国，后迁到广西梧州。建立了绍武政权，但仅一个多月就被清军李成栋在广州杀死，绍武政权灭亡。
由于有瞿式耜的坚守和英勇抵抗，永历政权得以在广西一隅稍得喘息，并得到大西军余部的支持。但永历政权内部统治者争权夺利，而且对农民军猜忌，甚至准备进攻农民军。不久，瞿式耜在桂林城被破后，为清军俘获，英勇就义。大西军领袖李定国也抵抗失利，后病逝。顺治十六年（1659）正月，清军攻下昆明，桂王逃亡缅甸。顺治十八年（1661），吴三桂率兵进入缅甸，将桂王俘获，第二年在昆明将桂王处死，南明的最后一个政权也灭亡了。
国破山河在
在南明政权与靖军的抗争中，有一支主力，他们一直坚持斗争，把明朝的旗号又保持了一段时间。其间，涌现出一位流芳百世的英雄人物——郑成功。
郑成功，原名森，字大木，是郑芝龙的长子。郑芝龙，福建南安人，原来是来往于福建沿海和南洋一带的大海盗。后来受明朝招安，任福建总兵。他拥立南明隆武帝，因手握兵权在小朝廷里举足轻重。郑成功的母亲是一位日本人，他出生在日本，崇祯三年（1630）七岁时回到祖国。此后，他一直接受中国传统的民族文化教育，不但聪明敏捷，而且有远大志向，喜欢读《孙子兵法》、《春秋左传》等书。后来考中秀才，二十一岁时进入南京国子监学习。
隆武帝准备北伐时，郑成功已是父亲军中的一名将领，才二十二岁。他深得隆武皇帝的赏识，被赐姓朱，改名为成功，并封他为御营中营都督，人称“国姓爷”。清兵攻入福建后，父亲郑芝龙要投降清军，以保住郑家的财产。郑成功找到父亲苦苦相劝，想用民族大义打动父亲，放弃降清的念头。但郑芝龙执迷不悟，亲自到清营投降，反而被清军挟持，带到北京软禁起来。后来清兵杀来，隆武帝出逃，郑成功的母亲受辱自杀。他悲愤地跑到金门，顺治四年（1647），率领九十余人在海上起义，在广州南澳招兵买马，组织军队。顺治四年到六年，他从南澳出发，攻占闽南沿海，顺治七年（1650）夺取厦门。厦门当时叫中左所，郑成功将它改名为思明州，并遥奉在广西的南明桂王为尊，以示自己反清复明的决心。郑成功在厦门设立了六官分理政事，扩大武装，制造战舰，操练兵马。郑成功军纪严明，在一次战斗中，他堂叔郑芝鹏临阵逃跑，郑成功按照军法，将他斩首。从此，没有人敢再违犯他的军令。为了解决部队给养，他还利用漳州、泉州等地的有利条件，积极发展海上贸易，筹措资金，准备与清军战斗。
清军派他弟弟带着郑芝龙的亲笔信，来劝郑成功投降，说：“你不投降，父亲的性命难保。”郑成功回信，宣布尽忠不能尽孝，坚持抗清立场。顺治十一年（1654），支持永历政权的大西军李定国进攻广东，约郑成功会师，郑成功亲自率领水师进攻揭阳（今广东汕头一带），永历皇帝封他为延平郡王。但因清军的进攻，李定国转而向西，会师作战的计划没能成功。
顺治十六年（1659），为了牵制清军对桂王的进攻，郑成功又自任招讨大元帅，联合抗清将领张煌言的部队，率领八十三营水陆十七万大军，几千艘战船，开始北伐。不出半个月一连攻下四府三州二十二个县，江南许多州县，纷纷起义，响应郑成功，清廷大受震动。但接连的胜利使郑成功有所骄傲，就在南京指日可下的时候，竟中了清军的缓兵计。清军南京守将郎廷佐派人哀求郑成功，说：“按照本朝的法令，如果守城超过三十天再败，守将的妻儿就不会一同受罪责了。请宽限三十天，就开城投降。”郑成功以为对方真心投降，便下令大军只困守城池，但不进攻。部下劝他应一鼓作气打下南京，郑成功不听，竟一拖就是两个月，在南京城外设酒摆宴，以捕鱼为乐。清军准备充分后，趁郑军懈怠之机，从城内挖地穴出城，突然发动袭击，郑军则仓促应战，全线溃败，损失惨重。郑成功被迫退回厦门。
北伐失败后，清军乘势向福建扫荡。郑成功在金门、厦门一带与清军苦战。但这一带地方狭小，军饷不足。清廷又下了“迁海令”，命沿海的居民内迁三十里，渔船、商船都不许出海，这就切断了郑成功与沿海人民的联系，使郑军在大陆更难以立足。郑成功急需一个更为稳固，清兵不易进攻的根据地。台湾地处福建对岸，隔着台湾海峡，善于陆战的清军却不善舟楫，因此，台湾成为郑成功理想的选择。
当时，台湾正处在荷兰人的控制之下。台湾自古就是中国的领土，天启二年（1622），当时的海上强国荷兰，为扩展其殖民势力强占我国台湾西南的澎湖列岛，虽曾几次被赶出，但后来不甘失败的侵略者还是在崇祯十五年（1642）打败西班牙，独占了台湾。荷兰殖民者为了巩固对台湾的统治，在岛上的险要地方建筑起城堡和兵站，驻军守备，对台湾人民则强加苛捐杂税、贩卖鸦片、抢掠奴隶、镇压居民的反抗，实行血腥统治。
正当郑成功在厦门面临兵力、财力困难，转而考虑进军台湾的时候，曾在荷兰人手下做翻译的华人爱国人士何斌来到厦门，他向郑成功反映了台湾人民欢迎大军过海驱逐荷兰侵略者的愿望，并献上一份厚礼——一幅荷兰人在台湾军事布防的地图。郑成功如获至宝，更加坚定了收复台湾的决心。他不顾一些将领的反对，于顺治十八年（1661）三月率大军二万五千余人、战船数百艘，从金门出发，克服了狂风恶浪的袭击，到达台湾西南部鹿耳门内的禾寮港。通往岛上有南北两条航道，南航道水阔港深，好开大船，但荷兰人早将航道堵塞，防守严密；北航道水面窄，礁石多，大船进不去，在这里荷兰人没有设防。趁着涨潮，在何斌的引导下，郑军从北航道进港，战舰一条跟着一条，悄悄地驶进海港，很快强行登陆。大军的到来，使台湾各族民众欢欣鼓舞，他们给大军送水送粮，提供牛车，热情帮助，使得郑成功大败荷军，将荷军压迫在赤嵌城和台湾城两个据点内。郑成功将赤嵌城紧紧包围，向荷兰殖民者提出严正警告，说：“台湾一向属于中国，现在你们理应交给她的主人。”荷军统帅揆一拒绝投降，于是郑成功下令发起进攻。在强大的攻势下，荷军头目扯起白旗投降了。剩下的台湾城，是荷兰殖民统治的中心，这里防守非常坚固。郑军士兵强攻，伤亡不小。因此，郑成功决定采取长期围困的战术，切断荷军的水源和供给，围城长达九个月，荷兰总督揆一感到大势已去，开城投降。顺治十八年十二月十三日（1662年2月1日），受降仪式在郑成功军营里举行，郑成功高坐正中，揆一卸下佩剑，脱下军帽，毕恭毕敬地在降书上签字，带着他的残兵败将，彻底离开了盘踞三十八年的中国宝岛，台湾终于重新回到祖国怀抱。在明末清初的一片战乱和国家内部分裂破碎的大势下，郑成功却从外国殖民者手中收复国土，成为我国当之无愧的民族英雄。
台湾收复后，郑成功在岛上建立了一府二县进行行政管理，并大力开发，实行屯田，奖励垦荒，发展海外贸易，促进了台湾社会经济的发展。康熙元年（1662）五月初八，郑成功不幸病逝，年仅三十九岁。
茶马古道
在我国横断山脉的高山峡谷，在滇、川、藏“大三角”地带的丛林草莽之中，绵延盘旋着一条神秘的古道，它的线路主要有两条：一条从四川雅安出发，经泸定、康定、巴塘、昌都到西藏拉萨，再到尼泊尔、印度，国内路线全长3100多公里；另一条路线从云南普洱茶产地（今西双版纳、思茅等地）出发，经大理、丽江、中旬、德钦，到西藏邦达、察隅或昌都、洛隆、工布江达、拉萨，然后再经江孜、亚东，分别到缅甸、尼泊尔、印度，国内路线全长3800多公里。这就是世界上地势最高、山路最险、距离最遥远的文化传播古道——“茶马古道”。
茶马古道起源于唐宋时期的“茶马互市”。因康藏地区海拔都在三四千米以上，高寒地带没有蔬菜，藏民们的主食是糌粑、奶类、酥油、牛羊肉等，这些食物热量高，不易分解。茶既能分解脂肪，又防止燥热，喝酥油茶就成为藏民的一种高原生活习惯，但藏区不产茶。内地，民间耕种、运送，以及军队征战都需要大量的骡马，藏区和川、滇边地则产良马。于是，具有互补性的茶和马的交易便应运而生。这样，藏区和川、滇边地出产的骡马、毛皮、药材等与内地出产的茶叶、布匹、盐和日用器皿等，在横断山区的高山深谷间南来北往，流动不息。
从唐代开始，历代统治者都积极采取控制茶马交易的手段。唐肃宗在蒙古的回纥地区驱马茶市，开创了茶马交易的先河。北宋在成都、秦州设置了榷茶和买马司。元代时，官府废止了茶马治边政策。到了明代，又恢复了茶马政策，而且把这项政策作为统治西北地区各族人民的重要手段。洪武初年，连年征战，太祖朱元璋急需马匹，因此非常重视茶马贸易，并想通过以茶换马来稳定西部少数民族的人心，以巩固边防。于是，官府出面收购和贮藏茶叶以备换马的需要，而商人买卖茶叶必须持有政府下发的“茶引”。洪武五年（1672），在秦州设立了茶马司，专门管理茶马交易的各项事宜。洪武三十年（1697），为了贸易的便利，撤掉了秦州茶马司，在西宁建茶马司。
但是这种由官府主持的贸易不能满足藏、汉两族人民的生活需求，所以两族人民往往突破政府禁令进行民间贸易。明朝政府也曾一度开放禁令。明代的茶马贸易，自洪武初年开始，与明王朝相伴始终。明中叶以后，由于朝政的腐败，奸商与边境官吏相勾结，以下等私马偷换上等番马，冒充上等茶叶，利用茶马贸易攫取不法利益，致使国家得不到优良的马匹，官方的茶马贸易每况愈下，倒是民间往来频繁，始终未断，成为汉藏两族人民经济生活中不可缺少的一环。
如今的茶马古道已经历经近千年的沧桑岁月，古道是壮阔的，而对于当年行走在古道上的马帮来说，那却是一条充满了艰险的征途。西南地区山高水急，水上交通不可想象。而山道险峻曲折，又根本无法行驶车辆。在这样的条件下，马帮成为唯一适用的运输方式，成千上万辛勤的马帮，日复一日、年复一年，为谋得生存奔波在雪域高原上，茶马古道实际上是一条用人力和马的脚力踩踏出来的道路。然而沿途壮丽的自然景观却激发了他们潜在的勇气、力量和忍耐，造就了他们讲信用、重义气的性格。从一个山谷到又一个山谷，从一个村寨到又一个村寨，马帮们踏出了一条沟通各地的生命之路，成为联系大西南地区的纽带。这些马帮曾经驻足停留，进行商品集散的驿站，发展成为后来的城镇。今天的丽江古城就是迄今为止茶马古道上保存最为完好的古城，被誉为是“活着的茶马重镇”。
与此同时，藏传佛教在茶马古道上广泛传播，一些民间艺术家在过去漫长的时日中，在路边的岩石上、玛尼堆上绘制和雕刻了无数的经文咒语、佛陀、菩萨和许多高僧的形象，还有一些神灵的动物形象，如鱼、蛇、猫等，还有一些被视为神异物的形象，如海螺、日月星辰。那些或粗糙或精美的造像为古道上漫长的旅途增添了一份神圣和庄严。茶马古道就像一条大走廊，连接着沿途各个民族，促进了滇西北纳西族、白族、藏族等各兄弟民族之间的经济往来和文化交流，增进了民族间的团结和友谊，促使这些地区的艺术、宗教、风俗文化、意识形态等空前的繁荣和发展。
四大奇书
是明代文学的代表，在我国文学发展史上有极其重要的地位。明代的长篇，也叫章回体，是由宋元时期的“话本”发展而来的。话本就是说书人使用的底本，它将一段历史故事分成多次连续讲说，每次讲说之前用一个题目揭示这一段的主要内容，而每段故事结尾都会留下一个悬念，吸引听书者接着向下听，这个叫做“扣儿”。这些底本经过文人的艺术加工，锤炼提高，就产生了流传至今的许多经典，而明代最著名的长篇有四部：《三国演义》、《水浒传》、《西游记》和《金瓶梅》。
《三国演义》，本叫《三国志通俗演义》，是章回的开山之作，也是一部影响最大的长篇历史。它以陈寿的《三国志》为蓝本，在《三国志平话》的基础上剪裁、加工而成，描绘了三国时代各封建集团之间在政治、军事和外交方面的争斗。文字浅显，语言通俗，从黄巾起义、刘关张桃园结义，一直写到晋国统一，按照时间顺序编制了一个个引人入胜的故事情节，塑造了许多鲜明生动的人物形象。其中关于政治的纵横捭阖和军事的韬略计谋的描述，更是成为后世政治、军事、外交斗争取法的范本，历史上很多著名的政治家、军事家都十分爱读《三国演义》。而桃园结义、三顾茅庐、过关斩将等已成为我们常用的成语；群英会、空城计、赤壁之战等又成为后来戏曲、曲艺等多种文艺形式的故事来源。其不足之处就是中宣扬了封建正统思想，奉腐朽的东汉王朝为正统，因此尊蜀贬魏，把曹操写得奸诈凶恶，贬斥为欺君罔上的乱臣贼子，竭力颂扬了刘备、诸葛亮的仁政。这部的作者是罗贯中，号湖海散人，山西太原人，也有说他是钱塘（今浙江杭州）人或庐陵（江西吉安）人，生卒年代没有确切的记载，只知他生活在元末明初。他是中国首先写作的作者，相传他一生写了十多种。
《水浒传》，作者施耐庵，关于他的生平也有很大的争论，现在只能肯定他也是生活在元末明初，在杭州等地有他的活动遗迹。据说，为了写好武松打虎等情节，他冒险到森林中亲身观察老虎的一举一动，因此使这些关于打虎的章节异常精彩。《水浒传》描写了北宋末年政治腐朽，官逼民反，梁山英雄们劫富济贫的故事。它歌颂了农民斗争的正义，最成功之处是对一百零八位英雄好汉的形象描写，人物个性鲜活，情节曲折生动，为后来的文学创作提供了大量丰富的素材。作品的结尾，作者选择了一个义军接受招安，并被统治者利用征讨方腊起义军，从而走向自相残杀，最终毁灭的结局。这实际上是更深刻地揭露了封建统治者狠毒的手腕，反映了农民起义的局限性。这种深刻揭露统治者、歌颂农民起义的长篇作品在我国史上也是绝无仅有的。
一部《西游记》不知道倾倒了海内外多少华人，孙悟空的形象甚至成为西方人眼中的中国标志之一。它是我国著名的神话，它的形成和《三国》、《水浒》一样，也历经了几百年在民间的孕育和流传，到明代后期，由吴承恩最终整理、编写完成。吴承恩，字汝忠，号射阳山人，淮安山阳（今江苏淮安）人。他曾几次参加科考，但屡试不中，直到嘉靖二十三年（1544）才考上贡生，直到六十岁才当上一个县官。他从小喜欢听书，并注意收集民间故事。《西游记》就是他在话本《大唐三藏取经诗话》基础上再创作而成的。叙述了孙悟空大闹天宫和唐僧师徒历经千难万险终于到达西天取得真经的故事。作者笔下的孙悟空从出生那一刻起就是个叛逆者，具有坚强的斗争意志和毫不妥协的反抗精神，他刚正不阿、疾恶如仇、藐视权威。面对如来佛祖的质问也敢大胆地说出“皇帝轮流做，明年到我家。”这些言词看似诙谐，却反映出作者对现实的不满和极狂放的民主思想。
最后一部经典是《金瓶梅》，这是一部备受争议，并—直以来被列为禁书的作品。它取材于《水浒传》中关于西门庆、潘金莲通奸这一段故事，进而扩展成为一百回的长篇巨著。其内容着重描写了西门庆这个破落户，不学无术，只喜好舞拳弄棒，善于赌博，后来发迹了，成为一个大财主，他一面奴颜媚骨地奉承朝廷官员，一面卑鄙残忍地榨取百姓血汗。他昧着良心专门干拐骗奸淫的勾当，谋财害命、贪赃枉法，无所不为。因此，在揭露明朝后期统治者和官绅阶层的荒淫腐朽生活和反映贫苦百姓的悲惨生活方面，《金瓶梅》是一部具有进步意义的。而且，其中对当时市井生活的描写，形象生动，是反映那个时代社会生活的一面镜子。但因为它是一部超现实主义和极浪漫主义的作品，其中对一些丑恶淫秽的情节也做了真实、大量的描写，以致该书被历朝所禁。《金瓶梅》的作者署名为兰陵笑笑生，但这只是个笔名，因为兰陵今属山东峄县，所以推测作者是山东人，但他的真实姓名一直无法考证。
四大科学家
明朝晚期，一些先进的知识分子，他们不再限于科考的空泛义理的学习和控制，开始追求具有实际效用，可以经世致用的知识，其中尤为著名的有四大科学家，他们是徐光启、李时珍、宋应星和徐霞客。而且他们总结前人，都写就了不朽的科学著作。
徐光启（1562～1633），字子先，上海人。他出身在一个商人兼小地主的家庭，较为富裕的家境使他从小受到良好的教育。而徐光启也勤奋好学，对天文、历法、数学、生物学和农学都有很高的造诣。二十岁时他考中秀才，三十五岁时以乡试第一名中举人。但这时，徐光启还没有进入官场，而是在家乡等地教书。他辗转数千里，开阔了眼界，交游越来越广，在南京时结识了意大利传教士利玛窦，二人对对方的学识都十分佩服，成为知交。而在传统教育熏陶下的徐光启竟然在万历三十一年（1603），由利玛窦授洗礼，加入了天主教。这对于当时的士人来说是一件十分困难的事情，因为这不仅需要抛弃从小的信仰，而且对传统礼俗的背叛更是为人所不能容的。比如，加入天主教就必须执行一夫一妻制，徐光启就必须舍弃他的小妾，而这对于几千年来多子多福的传承思想来说简直就是离经叛道。因此，加入天主教对徐光启来说就是一个壮举。
万历三十二年（1604），徐光启考中了进士，成为翰林院的庶吉士。他原以为可以施展抱负、报效朝廷了，但当时的万历皇帝沉湎于酒色，根本不理朝政，对于徐光启上疏提出的改革意见不闻不理。于是，徐光启便和当时已获准在北京传教的利玛窦密切往来，他们合作翻译了欧几里德的《几何原本》、《泰西水法》等科学著作，介绍了西方的科学知识。但徐光启最重要的贡献还是他编写的《农政全书》。该书共六十卷，六十多万字，书中用科学的方法对农事、农器等农业生产问题，以及生产技术、农业政策、制度和病虫害防治等都做了全面的论述。为了写作《农政全书》，徐光启花费了几十年的心血，刻苦钻研、亲身实践，总结了中国历代农业技术经验，反映了明代农业方方面面的最新发展，因此，这部农书可称得上是一部集我国古代农业科学之大成又吸收了西方科技知识的珍贵的科学著作。
医药学方面的集大成者则是李时珍的《本草纲目》了。李时珍，字东璧，湖广蕲州（今湖北蕲春）人。他家世代行医，李时珍从小就受此熏陶，喜爱读医书。他曾三次参加乡试都未中，就决心继承家学，一心学医了。在行医的过程中，他发现很多药学书中有很多错误，有的分类混乱，有的遗漏了药品，特别是其中许多有毒性药品，竟被认为可以“久服延年”，这势必遗祸无穷。于是，他决心重新编纂一部本草书籍。嘉靖三十一年（1552），三十四岁的李时珍开始潜心编著《本草纲目》。为了避免错误，写好这部书，李时珍穿上草鞋，背起药筐，在徒弟庞宪、儿子建元的伴随下，远涉深山旷野，遍访名医宿儒，搜求民间验方，观察和收集药物标本，描摹图像。每到一地，李时珍就虚心地向当地人请教，那些采药的、种田的、捕鱼的、打猎的人也都热情地帮助他了解各种各样的药物。比如芸苔，是一种常用药。但它究竟长什么样？《神农本草经》中说得不明白，各家注释也搞不清楚。李时珍就是在一位种菜老人的指点下观察了实物，才知道芸苔原来就是油菜。还有一种蕲蛇，它在治疗风痹、惊搐等疾病时有特效，但这种蛇很少见，平时蛇贩子贩卖的多是假的，李时珍为了能亲眼观察蕲蛇，就请捕蛇人带他上山。捕蛇的人告诉他，蕲蛇牙尖有剧毒，人一旦被咬伤，就要立即截肢，否则就会中毒而死。但李时珍置危险于度外，坚持上山。在捕蛇人的帮助下，终于亲眼看见了蕲蛇，并看到了捕蛇、制蛇的全过程。由于有这样切实的调查，李时珍的《本草纲目》对药物的描写简明准确，而且还对前人的药物研究作了总结，把我国药物学研究提高到新的阶段，曾经被达尔文引用，至今仍为世人瞩目。
宋应星，字长庚，江西奉新人。他二十八岁时考中举人，但在会试中五次都不中，于是放弃了科考，转而投入对实际的生产技术的研究。明代的手工业门类齐全，发展规模和技术水平都超过前代。宋应星经过对生产实践的实际调查，着手编写了一部全面系统介绍我国古代农业和手工业生产技术和经验的巨著——《天工开物》。全书分三编，十八卷，内容涵盖农作、农业机械、制盐、榨油、养蚕、纺织、五金、陶瓷、采矿、造纸、兵器等，更可贵的是收集了很多生产过程和技术设备的重要数据，还配有123幅插图。《天工开物》刊行后，很快被日本翻刻，后又被译成多国文字，影响极大。它的法文译者儒莲称赞此书为“技术百科全书”。
最后，还有一位奇人，他著就了一本奇书。他就是在我国地理学上作出突出贡献的徐霞客。徐霞客，名宏祖，字振之，别号霞客，南直隶江阴（今江苏江阴）人。出身在官宦富贵之家，自幼受到良好的家庭教育。家中藏书丰富，使他从小就能博览古今书籍，而他也聪明过人，过目不忘，下笔成章。但毕竟出身世家，青年时的徐霞客也曾走过科举之路，然而仕途的大门没有向他打开。几次应举失败之后，徐霞客下定决心挣脱科举的枷锁，重新埋头于他真正感兴趣的书籍之中，而他越来越被书上所描绘的壮丽山河所吸引，同时也发现前人所写的地理书中，由于缺乏实地勘察，存在很多错误，于是，他决心用自己的双脚踏遍祖国山川，实地考察，去探索大自然的奥秘。徐霞客的理想得到母亲王夫人的赞许和大力支持，她鼓励儿子“好男儿志在四方”，在徐霞客初次出游时，特地为他缝制了“远游冠”，还曾在自己七十三岁高龄时陪同儿子一起游历了荆溪、句曲（今江苏宜兴一带）。每次徐霞客考察归来，给母亲和亲朋讲自己的所见所闻、各地风土人情以及灵怪惊险之举时，别人都吓得说不出话来，母亲却总是听得津津有味，发出朗朗笑声。
在当时的条件下，外出旅行可不是件容易的事情。徐霞客以惊人的毅力和健壮的体魄，跋山涉水，披荆斩棘，攀悬崖、穿隧洞，风餐露宿，而且不信鬼邪，勇敢无畏。一次，他在湖南茶陵想考察当地的麻叶洞，消息传出，轰动了周围的乡亲，当徐霞客准备下洞时，众人密密麻麻地把洞口包围起来好心地劝他，有人说：“洞中有神龙。”有人说：“洞中有精怪，不会法术的人是不能下去的。”大家都为徐霞客担心。然而徐霞客毫不畏惧，他从容地脱下衣服，拿着火把下洞探察。他在洞里考察了很久，一直到火把快烧完才出来。围在洞口的百姓看他安全出洞，都十分惊奇，说：“我们等了好久，以为你一定是给妖精吃了呢。”而就此使乡亲们的疑惑和担心烟消云散，众人对徐霞客无不敬佩得五体投地。
历经三十余年，徐霞客一路上刨根溯源，足迹遍及华东、华中、华南和西南各省，他将所见所闻以日记的形式记录下来，后来会集成书，即为《徐霞客游记》。书中对各地山川源流、地貌、地质、气候、物产、民俗都作了详细的探究和广泛的叙述。特别是其中关于我国西南地区石灰岩岩溶地貌（即喀斯特地形）特征的记录和研究，是世界上有关研究最早的记载，而徐霞客是世界上对岩溶地貌进行大规模考察的第一人，比欧洲人早了200多年。
经世致用
明清易代之际，偌大的明王朝竟如此不堪一击，在农民大起义的风暴中顷刻土崩瓦解。而清朝入关后，为统一全国又进行了近二十年的征战，社会凋敝，人民困苦。这些无不强烈地刺激着广大的知识分子。在历史转变的进程中，他们开始总结明朝灭亡的教训，探寻天下治乱的根源；他们反对明末浮夸空谈的学风，强调实践、实行、实事，讲求“经世致用”，把学术研究的范围从经学扩展到自然和社会，形成了清初学术界的繁荣风貌，其中的代表人物就是清初交相辉映的三位著名思想家——黄宗羲、顾炎武和王夫之。
黄宗羲（1610～1695），字太冲，号南雷，浙江余姚人，被学者们尊称为梨洲先生。他的父亲黄尊素，是明末东林党中的著名人物，天启年间被魏忠贤阉党杀害。为替父报仇，十九岁的黄宗羲身藏铁锥，怀带状纸，只身来到京城为父鸣冤。此时，魏忠贤已死，在审理的厅堂上黄宗羲用锥子猛刺杀父仇人，打得阉党奸臣遍体鳞伤，他为国除奸的勇敢行为传遍北京城，他又在大狱门前祭拜父亲，哭声如雷，甚至传到宫中，当时的崇祯皇帝也为之感动，赞叹他为“忠臣孤子”。
在父亲的影响和支持下，黄宗羲从小就好学深思，最讨厌写八股文章，而喜欢看诸子百家的书籍，最爱读史书。遵照父亲的遗命，他拜明末理学大师刘宗周为师，关心时政，主张博古通今，经世致用。崇祯中期，阄党势力图谋再起，黄宗羲率先作《南都防乱公揭》，揭露阉党行为，成为士子们与阉党斗争的领袖。清顺治二年（1645），清军南下，南明弘光政权崩溃，黄宗羲在家乡招募了数百名弟子，组成“世忠营”，追随鲁王抗击清军，鲁王政权授他以监察御史兼职方之职。后来，兵败返回故里，闭门不出，专心著述，至死不到清廷为官。
黄宗羲学术研究领域极广，成就丰富，他一生留下了许多著作，主要有：《南雷文定》、《南雷诗历》、《明夷待访录》、《明儒学案》、《宋元学案》、《匡庐游录》和《思旧录》等。而他的史学造诣尤其深厚，开创了以史学研究见长的浙东学派。在他66岁时完成了中国第一部系统的学术思想史专著《明儒学案》的编纂。他身历明清易代的风云变幻，认为“国可灭，史不可灭”，所以他写就的《明儒学案》，搜罗极广，注重论史的方法，强调真实可信，对明代三百年的学术史作了系统的排比，简明扼要地介绍各家各派200多位学者的言行和学术思想，并加以评论。系统地总结了明代学术的发展脉络、学派间的师承关系和演变状况。书成之后，备受学术界推崇，而此书的问世，还在中国史学的百花园中创立了一种新的史书体裁——学案体，在中国史学史和思想史上都占有极其重要的地位。
黄宗羲一生勤奋好学，他具有民主性的政治思想，对当时和后世都产生了很大的影响。他众多的各类著作，也极大地丰富了祖国的文化宝库。他是明清之际一位伟大的爱国学者、启蒙思想家和一位杰出的历史学家，而这些都是与他勤奋刻苦的读书分不开的。
顾炎武初名绛，学名继绅，字忠清。明朝灭亡以后，因景仰南宋民族英雄文天祥的门生王炎午的忠贞品格，而将自己的名字改为炎武，字宁人，是江苏昆山人。因为他的家乡有一个亭林湖，学者们也称他为亭林先生。顾氏本是江东望族，祖先世代明朝为官，到了他出生的时候家道已然中落，顾炎武从小过继给他叔祖的儿子，在嗣母王氏的抚养下长大成人。他十岁起，就跟随祖父读书并受到过比较严格的儒家教育，而他的嗣母王氏勤俭、爱读书，这些都深深熏陶了顾炎武幼小的心灵，对他以后人格的培养和立志向学都产生了深刻的影响。
清兵在南下的进程中曾大肆屠杀江南人民，顾炎武在家乡参加了抗清斗争。昆山城陷落，他的嗣母王氏得知后绝食十天，以身殉国，临终留下遗言给顾炎武：“无为异国臣子，无负世世国恩。”嗣母的壮烈行为极大地震动了顾炎武，成为他一生的信条，一生都不与清廷合作。为避仇家陷害，他改名蒋山佣，开始了他的颠沛流离的游历生涯。在那国破家亡的岁月里，他北上山东、山西、河北，策马于河北边塞十余年，对河北的名胜之地做了广泛的实际调查，写就了《营平二州地名记》、《昌平山水记》等许多军事地理名著。最终定居在陕西华阴，他在华阴买了五十亩土地，垦荒置田，直至去世。
康熙十年（1671），内阁大学士熊赐履邀请顾炎武入修明史馆，被他拒绝。康熙十七年（1678），开博学鸿词科，征举海内名士，同乡叶方霭等人联合举荐他出来，又被顾炎武回信严词拒绝。第二年，编修明史，熊赐履派了两个差人来到华阴，请顾炎武到北京做他的助手，顾炎武毫不迟疑以死自誓，拒绝被招。作为一个江南文人，顾炎武竟然在北方居住生活了达二十多年，游历北方大地，一则是被迫，而想乘机推翻满清统治更是他至死不渝的信念，以死明志的气节为众多志士仁人景仰和传颂。而他的学问更是开创了清初朴学的先河。顾炎武强调实用主义，反对理学的“明心见性”，对明朝后期的所谓心学，做了深刻的批判，提出“君子为学，以明道也，以救世也。徒以诗文而已，所谓雕虫篆刻，亦何益哉”？顾炎武是一位继往开来、扭转一代风气的杰出学者。他的政治思想，他的民族品格，为晚清的资产阶级革命起到了引导作用，资产阶级革命家章炳麟在反对清朝政府的时候，自己署名章绛，就是顾炎武的初名，可见顾炎武思想的影响力之深远。
在反对明末空谈学风的实学大家中，如果说黄宗羲和顾炎武是其摧毁者，那么真正毁后重建学术体系的，在三大家中学术最为博大精深的就是王夫之了。
王夫之，字而农，号畺斋，湖南衡阳人。他晚年隐居在衡阳的石船山下，被学者们称为船山先生。明朝灭亡，他的父亲被张献忠的大西军俘获作为人质，王夫之自己用刀在身体上刺上数刀，前去以自己之身换回父亲。大西将士被感动，将他父子都放了回来。清军占领湖南后，王夫之又在衡山举兵起义，阻击清军南下，但战败而逃。他投靠了桂林瞿式耜，瞿式耜把他推荐给桂王朱由榔。但南明的永历小朝廷政治腐败，仍旧党争不断，王夫之因上书弹劾吴党王化澄，几陷大狱。后来，他又回到桂林依附瞿式耜，瞿氏殉难，王夫之看到反清复明的希望破碎，决心隐遁。他辗转在湘西等地，窜身瑶洞，伏处深山，逃避清廷的追捕。康熙年间，民族压追政策放宽，王夫之才得以在衡阳定居下来，从此一面教书维持生活，一面刻苦研究，勤恳著述，历四十年始终没有剃发，其爱国气节和刻苦精神，至死不渝。
王夫之在天文、历法、数学、地理等方面均有研究，尤精于经学、史学和文学。而他的哲学思想是中国古代唯物主义哲学的高度总结和发展。他提出了唯物主义的自然观，揭示出“分一为二”和“合二以一”的朴素辩证法，以及唯物主义的反映论和进步的历史观。在知、行关系上，强调行是知的基础，反对陆王“以知为行”和禅学家“知有是事便休”的论点；此外，他还全面深刻地阐明了名与实的关系，强调“名从实起，言必拟实”，反对知实而不知名，也反对知名而不知实。他还擅长诗文、词曲，论诗多有独到之见，后人将他的著作编为《船山遗书》，其中的《周易外传》、《尚书引义》、《读四书大全说》、《张子正蒙注》、《思问录内外篇》、《黄书》、《噩梦》等，在思想史上尤具重要意义。