第十三章元朝
铁木真统一蒙古
蒙古族是生活在我国东北额尔古纳河上游的古老民族。新旧唐书称为“蒙兀室韦”。大约在七世纪时，蒙古部落逐渐向西迁徙。八世纪后期，游牧于斡难河（今鄂嫩河）、怯绿连河（今克伦河）之间的草原上，与原居大漠的多族杂居。十世纪后，蒙古部落产生私有制和两极分化，出现了许多互不统属的大小部落。到十二世纪，高原的游牧部落除蒙古部外，还有克烈、塔塔尔、乃蛮、蔑儿乞、汪古等大约一百个较大的部落。蒙古高原各部的贵族奴隶主，为了掠夺财产和奴婢，长期互相征战。金朝有意挑动各部间的争斗，以便从中渔利。这种无休止的战争，给蒙古高原人民带来极大的灾难。
金大定二年（1162年），蒙古孛儿只斤氏族首领也速该把阿秃儿和塔塔尔人作战，俘虏了一个叫铁木真的塔塔尔人，为了纪念战争的胜利，也速该为他刚出生的儿子取名叫铁木真。大定十年（1170年），铁木真随其父也速该到邻近部落求婚，也速该在返回途中被塔塔尔人毒死。也速该死后，他的氏族随之分裂。铁木真兄妹五人由寡母月伦抚养，生活贫困。原属也速该的泰赤乌部首领乘机袭击铁木真一家。铁木真全家被迫迁走。在艰苦环境中长大的铁木真善于骑射、刚毅多谋。经过多次挫折后，他认识到必须争取其他部落的支持，才能壮大自己的力量。于是用厚礼取得了克烈部脱斡里勒汗和札答剌部首领札木合的支持，原属也速该的部落属民纷纷重新归附。
大定二十九年（1189年），铁木真被部分蒙古贵族推举为汗。成立了侍卫军“怯薛”组织，并着手整顿军队。铁木真势力的发展引起札木合的嫉恨，因此集合所属十三部三万余人，与泰赤乌部联合进攻铁木真。铁木真分兵迎战失败。在十三翼之战中，铁木真虽败，但有许多其它部落属民归附，实力反而加强。
金明昌七年（1196年），金朝出兵镇压塔塔尔部的反抗。铁木真联合克烈部脱斡里勒汗，截击溃逃的塔塔尔首领及残部，掳掠了大批财富和奴隶。金朝封铁木真为“札兀惕忽里”（部落统领）之官，脱斡里勒汗为王汗（语讹为汪罕）。此后，铁木真不断削弱旧氏族贵族的权力，扩大自己的势力。
铁木真的崛起，加深了与蒙古各部贵族的矛盾。泰和元年（1201年），札木合集结了铁木真的宿敌泰赤乌、塔塔蔑尔乞等十一部联合进攻铁木真和王汗。铁木真和王汗共同击溃了札木合联军。札木合投降王汗，铁木真消灭塔塔尔部，占领呼伦贝尔高原，统一了蒙古东部。
王汗感到铁木真的强大已危及自己在蒙古高原的霸主地位，便于泰和三年（1203年），对铁木真发起突然袭击。铁木真经过苦战，终因寡不敌众而败退。他利用休战之机，突袭王汗驻地。经过三天激战，歼灭了王汗的主力。王汗及其子桑昆败逃时被杀，强大的克烈部被征服。他扫除了统一全蒙古的最主要障碍。
王汗的覆灭，使西蒙古的乃蛮部十分震惊，太阳汗决定攻打铁木真。铁木真闻讯后，进一步健全军事组织，强化汗权，建立了一支高度集中又有严格纪律的军队。泰和四年（1204年），他率大国出征乃蛮部。太阳汗聚集克列、塔塔尔、蔑尔乞等残部迎战铁木真。经过激战，太阳汗被擒而死，乃蛮部被征服。乃蛮王子屈出律逃奔西辽。不久，铁木真北征蔑尔乞部，其它部落也纷纷投降。这样蒙古高原上近百个大不不一、社会发展、语言文化各有差异的部落，终于被铁木真统一。
成吉思汗元年（1206年）春，铁木真召集全蒙古的贵族首领们在斡难河源举行忽里台（亦称忽里勒台）大会。蒙古各部首领一致推举铁木真为蒙古大汗，尊称为成吉思汗（蒙古语坚强有力之意），正式建立了蒙古汗国。这样蒙古也由一个部落的名称成为蒙古高原各族的总称，形成了统一的蒙古民族共同体。
蒙古建国
成吉思汗六年（1206年），成吉思汗铁木真建立了蒙古汗国。它统治着东起兴安岭，西迄阿尔泰山，南至阴山的广大地区。成吉思汗作为奴隶主贵族的代表，对内建立了一整套国家制度，对外展开了大规模的军事扩张。
成吉思汗即位后，打破了以血缘为纽带的民族部落组织，把蒙古百姓划分为95个千户，分封给开国的功臣和贵戚。在这些封地，每一千户内的牧民按十户、百户、千户编组，分别统属于多级那颜（长官），平日游牧生产，战时出征作战。千户即是军事组织，又是地方行政组织。生产和军事相结合的千户制，是蒙古国家的基本制度之一。千户之上设立只管军事，不管民政的左手、右手、中军等三个万户。分别由木华黎、博尔术、纳牙阿掌管。
同时，成吉思汗把护卫军“怯薛”由550人扩充为一万人，主要从有技能，身体健壮的各级那颜贵族子弟及少数“自身人”（自由人）的子弟中挑选。护卫军的主要职责是保卫大汗的金帐。这支由大汗亲自统领的亲军，是防止内战和进行扩张掠夺战争的有力工具。
早在宋嘉泰二年（1202年），铁木真就设立“札鲁忽赤”（断事官）来处理民事纠纷。嘉泰三年（1203年），又召开大会，制定了札撒（法律）。嘉泰四年（1204年），铁木真让乃蛮掌印官、畏兀儿人塔塔统阿借用畏兀儿文（叫鹘文）字母，拼写蒙古语，创造了蒙古文字。成吉思汗元年（1206年）建国后，任命他的养弟失吉忽秃忽为“普上断事官”（大断事官）掌管民户的分配和审断刑狱、诉讼司法，是蒙古的最高行政长官。后来断事官逐步成为兼管财政、赋税和司法的重要官职。成吉思汗十三年（1218年），成吉思汗又召开忽里台大会，将自己以前发布的命令汇集成册，形成成文法《大札撒》。《大札撒》确保私有财产和奴隶主贵族的利益，对巩固蒙古权利、加强统治有积极作用。
蒙古建国后，成吉思汗在创立各项制度的同时，发动了扩张战争。成吉思汗二年（1207年），派长子术赤领兵北时，征服“林木中百姓”各部。失惕河（钖什钖德河）流域的斡亦剌各部，八河地区（贝加尔湖以西）和贝加尔湖以南的不里牙惕等部，纷纷投降。接着术赤进兵吉利吉思部（唐时黠戛斯的后代，居住于今叶尼塞河上游）。吉利吉思首领表示臣服。西伯利亚部落纷纷归顺蒙古，蒙古北部疆域大大扩展了。
征服了北方部落以后，成吉思汗三年（1208年）冬，成吉思汗向西追击乃蛮首领屈出律和蔑尔乞首领脱脱的残部。在额尔齐斯河支流不黑都儿麻河射死脱脱，击溃了乃蛮、蔑尔乞部联军。乃蛮的失败，震动了畏兀儿各部，他们决定借助蒙古的力量，摆脱西辽的统治。第二年，畏兀儿人杀死西辽所置的监国，派两名使者去向蒙古汗表示臣服，并配合蒙古军击溃了忽都的残部，以此表示对成吉思汗的忠诚。成吉思汗六年（1211年），畏兀儿首领巴尔术阿尔忒的斤带大量珍宝亲自去克鲁伦河畔朝见成吉思汗。成吉思汗收认巴尔术为第五子，并将女儿也立安敦公主嫁给他。同年，成吉思汗派大将忽必来进攻巴尔喀什湖以南的哈剌鲁。哈剌鲁马木笃汗投降蒙古。到蒙古朝见成吉思汗。成吉思汗将阿勒合别姬公主嫁给他为妻。畏兀儿和哈剌鲁的归顺打开了蒙古进军西辽的通道。
成吉思汗在西进的同时，派兵南下进攻西夏。早在宋开禧元年（1205年）三月，成吉思汗灭乃蛮后就率兵侵入过西夏。成吉思汗二年（1207年）秋，第二次侵入西夏，成吉思汗四年（1209年）秋，成吉思汗发兵第三次侵入西夏。西夏国王纳女求和，每年向蒙古进贡，归顺蒙古。
到成吉思汗六年（1211年），蒙古已成为南接金朝，西临西辽的强大国家。
成吉思汗伐金
金太宗（1123—1135年）时，蒙古乞颜部首领合不勒汗曾应召入朝。后因合不勒汗杀害金使，双方处于敌对状态。金多次出兵征讨，并支持塔塔尔部进攻蒙古部，先后捕杀蒙古部首领俺巴孩汗等多人。金世宗（1161—1189年）时，曾下令每三年向北进行一次剿杀，掳掠蒙古人为奴，称之为“减丁”。蒙古军每年要向金进贡，但又不许入境。金朝对蒙古部的民族压迫和剥削，使蒙古人对金“怨入骨髓”。
金明昌七年（1196年），成吉思汗因协助金朝镇压塔塔尔部的反抗，被封为“札兀惕忽里”，每年亲自到金边境进贡。成吉思汗元年（1206年），蒙古国建立后，成吉思汗亲自到浄州（今内蒙古四子王旗西北）向金朝进贡。表达了摆脱臣属关系的愿望。成吉思汗四年（1209年），成吉思汗断绝与金的臣属关系。成吉思汗六年（1211年）春，成吉思汗率领部队在克鲁伦河畔誓师，出动全国的兵力分两路攻金。西路由他的儿子术赤、察合台、窝阔台率领；东路由成吉思汗及幼子拖雷率领。四月，成吉思汗拒绝了金朝的求和。七月，以哲别为先锋达里泊（今内蒙古什腾旗达里泊）进入金境，攻占乌沙堡、乌月宫。金军主帅完颜随裕放弃抚州（今内蒙古兴和境内）、昌州（今内蒙古太仆寺旗西南）、桓州（今内蒙古正兰旗北），据守天险之地野狐岭（今河北张家口北）。八月，成吉思汗进攻野狐岭，四十万金军，一触即败，横尸百里。完颜承裕节节败退到浍河堡（今河北怀安东）。蒙军追踪，双方激战三日，金军主力被全歼。九月，蒙军攻战德兴府（今河北涿鹿）。十月，兵至缙山县（今北京延庆）。金居庸关守将望风而逃，蒙军先锋哲别随即入关，直逼中都（今北京市）。
这时，术赤率领的西路蒙古军，九月攻下浄州、丰州（今内蒙古呼和浩特东）。十月攻下云内（今内蒙古托克托县东北古城）、东胜（今内蒙古托克托县），武（今山西五寨县北）、朔（今山西朔县）等州，威胁金西京（今山西大同）。西京留守纥石烈执中（胡沙虎）弃城逃回中都。蒙古大军兵临城下，金帝允流下令戒严，采纳主战派的建议，任用完颜天骥等死守中都。十二月，蒙古军久攻不下，被迫解围而去，中都得以保全。
成吉思汗七年（1212年），蒙古军再次伐金。拖雷率军攻占宣德州、德兴府等地，后退出。成吉思汗乘胜攻打西京，在攻城时，为流矢所伤，撤回。同年，蒙军先锋哲别攻金东京（今辽宁辽阳），大胜而归。
成吉思汗八年（1213年）秋，成吉思汗汇集大军，第三次南下伐金。攻下宣德、德兴，在怀来（今河北怀来东），大败金军，乘胜追到居庸关北口，成吉思汗留怯台等攻居庸，自己率领主力转向西南，取紫荆口（今河北易县北）入关，攻下涿（今河北涿县）、易（今河北易县）二州。令哲别从后面攻南口，金军大败。然后与关外的怯台、哈台军里外夹攻，取居庸关，包围中都。成吉思汗随即把蒙古军分成三路：右路军由术赤、察合台、窝阔台率领，沿太行山东麓南下，连破保（今河北保定）、邢（今河北邢台）、相（今河南安阳）、卫（今河南汲县）、孟（今河南孟县）等州，直达黄河北岸，再绕太行山西麓北行，掠平阳（今山西临汾）、太原（今山西太原）之间各州府，至代州（今山西代县）而还。左路军由其弟哈撒儿等率领，沿海向东，掠蓟（今河北蓟县）、平（今河北卢龙）、滦（今河北滦县）和辽西诸地而还。成吉思汗与拖雷率中路军南下，掠沦州（今河北沦州市东南）、济南府（今山东济南）、泰安州（今山东泰安）、益都府（今山东益都）、登州（今山东蓬莱）、沂州（今山东临沂）等地，直达海滨而还。蒙古三路大军破金九十余城。破坏严重。
成吉思汗九年（1214年）三月，蒙古三路大军汇集于中都城下。金宣宗答应了成吉思汗的要求，献允济女歧国公主及金帛、童男女等求和。成吉思汗纳女歧国公主为第四个妻子，称“公主合敦”，掳掠大批奴婢和牲畜财货，率军退出居庸关，北返，驻于达里海，同时派遣木华黎、孛秃等攻取辽西、辽东诸州郡。
同年五月，由于蒙古的威胁，金宣宗迁都至汴京（今河南开封），留太子完颜守忠等守中都。六月，驻守涿县、良乡一带的糺军哗变，投降蒙古。成吉思汗立即派遣蒙古大将三模合拔都率契丹人石抹明安和投降的糺军首领斫答合兵围中都。中都附近的州、县守将和官员纷纷投降。七月，金朝留守中都的太子守忠弃中都逃到汴京，中都的军队更加害怕。成吉思汗十年（1215年）正月，驻守通州（今北京通县）的金朝右副元帅蒲察七斤投降蒙古。驻守中都的右丞相都元帅完颜承晖向宣宗告急。宣宗派遣军队，护运粮草救援中都。蒙古军切断金朝对中都的救援，致使中都绝援，内外不通，处于危急状态。五月，留守中都的左丞相抹撚尽忠，准备弃城南逃。完颜承晖得知后服毒自尽，以死报国。当日傍晚，抹撚尽忠率子妾南逃，蒙古军不战而入中都。
成吉思汗留石抹明安镇守中都。
蒙古军攻下中都后，派脱栾扯儿必统蒙军及投降的契丹、汉军抄掠河北、山东各地，至当年秋天，共占金城862座。同时派遣三模合拔都率万骑从西夏到关中，出潼关，前锋部队深入河南，直抵杏花营（在今开封西12里）。金军击败蒙军。蒙古军退至陕州（今河南三门峡），乘黄河冰冻，渡河大掠河南，北返。
成吉思汗十一年（1216年）春，成吉思汗留木华黎经略中原，自率大军返归克鲁伦河草原，准备全力西征。
成吉思汗西征
成吉思汗十一年（1216年），成吉思汗决定西征，追击蔑儿乞部首领脱脱之子忽都和乃蛮王子屈出律。第二年秋天速不台出征蔑儿乞部，在垂河（今楚河）流域消灭了忽都率领的蔑儿乞残部。成吉思汗十三年（1218年），成吉思汗遣大将哲别征讨屈出律。这时屈出律正在攻打可失哈耳（今新疆喀什），听说蒙军来攻，向西逃跑，蒙军穷追不舍，当他逃到巴达哈伤（今阿富汗巴达克山）边境时，被逼至撒里黑忽纳河谷中而陷于绝境。蒙军包围屈出律及其残部，将他捕获并处死。蒙军在征讨屈出律时，曾向当地居民宣布，不侵害百姓，准许居民信奉本民族的传统宗教，得到伊斯兰教徒的支持。蒙军顺利进入西辽都城八喇沙衮（今吉尔吉斯托克马克西南布拉多内吉城）。西辽各地官员相继归附，西辽灭亡。
成吉思汗十四年（1219年）夏，成吉思汗从西辽继续向西进攻中亚大国花剌子模（今黑海东、威海西、锡尔河南）。当年秋，成吉思汗率军抵达论答剌，留察合台、窝阔台围攻该城。派长子术赤进攻锡尔河下游诸城，令阿剌黑那颜攻取别纳容忒（今乌兹别克塔会干南、锡尔河北）、忽毡（今纳巴德）等地。成吉思汗和拖雷率主力直奔不花剌（今布哈拉）。察合台兄弟用五个月时间攻破讹答剌城。术赤也攻下锡尔河下游各个城市。成吉思汗十五年（1220年）二月，成吉思汗攻占不花剌城。三月，从不花剌进围摩诃末的京城撒麻耳干（今乌兹别克撒马尔罕）。哲别与速不台率军向西，掳掠波斯各地，越过太和岭（今高加索山），攻入钦察。成吉思汗十八年（1223年）五月，在阿里吉河（今乌克兰日丹诺夫市北）战役中击溃斡罗斯（今俄罗斯）与钦察联军。蒙古军长驱直入斡罗斯南部。年底东返，攻入亦的勒河（今伏尔加河）中游的不里阿耳，然后与成吉思汗会师东归。
摩诃末之子札兰丁即位后，决心以旧都玉龙杰赤（今土库曼尼亚乌尔根奇）为基地抗蒙。不久因部将图谋叛乱，札兰丁离开旧都，逃到呼罗珊（今阿母河以南，兴都库什山脉以北地区）。术赤、察合台、窝阔台攻入玉龙赤，成吉思汗十六年（1221年）初，又自己统率大军南渡阿母河，攻下巴里黑城（今阿富汗马札里沙里夫西）之后，屠杀了全城百姓。同年二月，拖雷部攻占马鲁（今土库曼共和国马里东）等城。四军途中攻占也里（今阿富汗赫拉特）到塔里寒城（今阿富汗塔利甘）与成吉思汗会合。花剌子模王札兰丁在蒙古占领呼罗珊时，逃入原封地哥疾宁（今阿富汗加兹尼），拥有军队大约十万，继续抗蒙。成吉思汗亲自追击，双方激战于八鲁湾川（今阿富汗查里卡东北），蒙军大败，损失过半。消息传开后，已投降蒙古的部分花剌子模城市纷纷起义。但是，札兰丁部下为争夺战利品发生内讧，纷纷离去。后来各路蒙军会师于塔里寒，成吉思汗亲自统率大军攻占哥疾宁。札兰丁弃城撤退到申河（今印度河），由于缺乏渡船未能过河，又准备逃到印度。十一月，蒙军发动猛攻。札兰丁率部拼死抵抗，大部分士卒战死或失散，札兰丁纵马入河，游至对岸，仅剩四千余人进入印度。成吉思汗十七年（1222年）春，成吉思汗命蒙军沿申河追击札兰丁余部，不见踪迹，加之入夏以后，蒙古军难耐酷暑，只好回师阿母河驻地。第二年，成吉思汗决意东归。成吉思汗二十年（1225年）春，回到蒙古，结束了西征。
成吉思汗西征是一场带有破坏性的对外侵略战争，给所到之处的人民造成了巨大的灾难，但客观上也沟通了东西交通，促进了中外文化的交流。
一代文宗耶律楚材
耶律楚材，字晋卿，辽朝东丹王耶律突欲的八世孙。父亲耶律履，因学问品行出众得以奉侍金世宗，特别受到亲近和信任，去世时官至尚书右丞。
楚材三岁时父亲去世，母亲杨氏教他读书。长大后，博览群书，兼通天文、地理、律历、术数以及佛、道、医、卜等学问，下笔写文章，好像早就做好似的。金朝制度，宰相之子可以按惯例通过考试担任尚书省属官。耶律楚材想参加进士科考试，章宗诏令按原有的制度办。考官用几个疑难案件进行提问，当时一起参加考试的有17个人，唯独楚材的回答特别好，于是被征召为尚书省属官。此后又担任过开州同知。
贞祐二年，金宣宗迁都汴梁（今河南开封），完颜福兴为行尚书省事，留守燕京，征召耶律楚材为左右司员外郎。太祖成吉思汗攻取燕京，听说楚材的名字，于是召见他。
太祖亲自经营西方的疆土，来不及制定有关制度，州郡长官任意生杀，甚至把老百姓的妻子强迫变为奴隶，掠夺财物，兼并土地。燕蓟留后长官石抹咸得卜尤其贪婪暴虐，杀人满市。楚材听说后流下眼泪，随即向太祖上奏，请求向各州郡发布禁令，如果没有皇帝的圣旨，不得随便向百姓征税调役，囚犯应处死刑的必须上报，违反者处以死罪，于是贪暴的风气有所收敛。
己丑年（1229）秋天，太宗将要即位，宗室皇亲都聚集在一起，讨论还没有作出决定。当时睿宗拖雷是太宗窝阔台的亲弟弟，所以耶律楚材对睿宗说：“这是宗庙社稷的大事，应该尽早确定。”睿宗说：“事情还没有完结，另外选个日子怎么样？”楚材说：“过了今天就没有吉日了。”于是确定下来，耶律楚材建立礼仪制度等到太宗即位，察合台率领全体皇族成员和大臣们在宫帐下跪拜。礼毕退下，察合台手抚着耶律楚材说：“您真是安邦定国的大臣啊！”蒙古国君臣间有跪拜之礼从这时候开始。当时朝会迟到应处死刑的人很多，楚材上奏道：“陛下刚刚即位，应该赦免他们。”太宗听从了他的意见。
中原刚刚平定，老百姓误犯法律的人很多，而国家法令中没有赦免的说法。耶律楚材请求对他们宽大处理，众人都认为不切实际，唯独楚材严肃地向皇帝建议。皇帝发布诏令，凡是庚寅年（1230）正月初一以前犯的事情都不予追究。他还拟订了十八项应办的事情，建议颁行天下。大致是说：“州郡要设置长官以管理百姓，设置万户以统率军队，使文、武双方势均力敌，以防止骄横的作风。中原地区，是国家财赋的来源，应该保存和照顾这里的百姓，州县如果没有上司的命令，胆敢擅自科征赋税的要判罪。借贷官府财物做买卖的，也要判罪。蒙古、回鹘、河西等地的人，种地不交税的处以死刑。负责管理的官员自己盗窃官府财物的也要处死。凡是犯死罪的，要将理由上奏朝廷等待批复，然后行刑。各地上贡和进献礼物，为害不小，必须严禁。”太宗全部同意，只有禁止贡献礼物这件事不答应，说：“那些自愿贡献的，应该允许。”楚材说：“腐败的祸端，必然从这里开始。”太宗说：“凡是你奏请的事情，我没有一件不答应，你难道不能顺从我一件事吗？”
甲辰年（1244）夏五月，耶律楚材死在官位上，终年55岁。皇后哀悼，赠赐非常丰厚。后来有人诬陷楚材，说他当宰相时间很长，天下进贡的赋税有一半都落到他的家中。皇后命令侍从大臣麻里扎前去查看，只有十几张琴、阮以及几千卷古今书画、金石和遗文。至顺元年（1330），赠官号为经国议制寅亮佐运功臣、太师、上柱国，追封为广宁王，谥号“文正”。
忽必烈治理中原
蒙哥汗元年（1251年），蒙哥即位后，任命二弟忽必烈总管漠南汉地军国庶事。忽必烈南下驻于爪忽都（蒙古人对金北边部族的泛称）之地，建藩府于金莲川（今内蒙古正兰旗闪电河），常驻于桓（今内蒙古正兰旗北）、抚（今内蒙古兴和县）二州间。在他身边招纳了一批汉族士人为幕僚，如刘秉忠、姚枢、许衡、郝经等人。通过他们的引荐，吸引了更多的中原士人。他们用儒家思想和历代行之有效的治国之道影响忽必烈，促使忽必烈采纳他们的策略，以汉法来治理中原。
蒙哥汗二年（1252年）正月，谋士姚枢建议改变春去秋来，夺城后剽杀掳掠的作战方式，采取以守为主，亦战亦耕，广积粮储，充实边备的灭宋方针。忽必烈采纳了这一建议，首先整治邢州（今河北邢台）。当时，邢州在两个答剌军统治下，民户由一万多户锐减为五千七百户。忽必烈任用汉人张耕为邢州安抚使、刘肃为邢州商榷使。他们到邢州后，革除弊政，惩办贪暴，召抚流亡，仅几个月时间，邢州大治，于是，忽必烈请设经略司于汴（今河南开封），以汉人史天泽、杨惟中、赵壁等为经略使，整顿河南军政。汉将史天泽等到河南后，打击暴虐贪淫的地方军阀，处死横暴的州官，兴利除害，深得民心。他们还在唐（今河南唐河县）、邓（今河南邓县）屯田。屯田的农民，敌至则战，敌走则耕，不久，河南大治。
蒙哥汗三年（1253年），蒙哥把关中地区封给忽必烈。第二年，忽必烈在京兆（今陕西西安）立宣抚司，以孛兰和儒臣杨惟中为宣抚使并屯田于凤翔（今陕西凤翔）。又奏割河东解州盐池的收入以供军食，招募百姓以盐换粮，支援四川前线。他们改革弊政，努力恢复农业生产，减免关中赋税整顿吏治，处死害民的贵族，并进一步严肃军纪，关中情况大为改观。忽必烈还任命许衡为京兆提学，在关中建立学校，释放俘掠的儒士，编入儒籍；又立京兆交钞提举司，所发纸钞，以佐经用。关陇地区的社会经济得以恢复。忽必烈上述措施，得到了汉族地主、儒生的广泛支持，巩固了自己的地位。他也从中学到了统治汉地的方法。
蒙哥汗六年（1256年）春，忽必烈命刘秉忠在桓州东、滦河北岸的龙冈（今内蒙古多伦西北）营建宫室、房舍。三年后建成，称开平府（今内蒙古锡林郭勒盟正兰旗东五十里），作为藩王府的常驻地。开平府聚集了忽必烈的重要谋士，成为他治理汉地的政治中心。汉地社会经济的恢复，也为后来建立元朝奠定了物质基础。
忽必烈采用汉法治理中原地区，取得了显著成效，改变了过去那种人民逃亡，农田荒芜、典章不立的混乱状乱。但是却招致了蒙古统治集团中一部分贵族的不满。蒙古旧贵族企图用旧的统治方式来统治中原汉地。于是，有人向蒙哥大汗告状，说忽必烈在中原收买人心，财赋尽入王府，恐枝大于本，不利朝廷等等，引起了蒙哥的疑忌。蒙哥汗七年（1257年）春，蒙哥以王府诸臣多擅权营奸利事为名，派遣亲信阿兰答儿等到关中主管政务，并在关中设钩考局，核查关中、河南等处钱谷事。阿兰答儿从忽必烈所任命的经略、宣抚司官员中，罗列罪状一百四十余条，企图通过罢免忽必烈所信任起用的官员来打击他的势力。蒙哥下令解除忽必烈在汉地的军权。忽必烈于冬天亲自送家属到和林，并单独朝见蒙哥，这才解除了蒙哥对他的猜忌。蒙哥决定不追究忽必烈，同时停止了对关中、河南的核查。但是，忽必烈所设置的行部、安抚、经略、宣抚、都藩诸司全部废除。蒙哥伐南宋时，仍以忽必烈患足疾为名，不予统兵之权。直到蒙哥汗九年（1259年）十月才不得不改命忽必烈统东路军征南宋。忽必烈以谦恭忍让保全了自己，避免了一场不测之祸。
忽必烈征服大理
蒙哥汗二年（1252年）六月，忽必烈到曲先脑儿（蒙语脑儿意为湖，蒙古驻夏之地）朝见蒙哥。蒙哥命忽必烈率军征云南。老将兀良合台（速不台之子）总督军事，士人姚枢、刘秉忠等人随行参谋。
云南地区早在唐代就由南昭国（乌蛮族即今彝族建立的政权）统治。宋时白蛮族（今白族）取得政权，建立了以大理（今云南大理）为都城的大理国。统治区域包括今云南、贵州、广西西部和四川南部，以及缅甸、泰国、老挝的一些地区。主要民族为乌蛮和白蛮。其他的还有摩些（今纳西族）、和泥（今哈尼族）、金齿、白夷（今傣族）等，再加上与各少数民族杂居的汉族。这时大理国事衰微，内政腐败，阶级矛盾尖锐。有些地区的少数民族正逐渐摆脱大理国的统治。
同年秋，忽必烈从蒙古起兵南下。第二年夏，忽必烈率军驻屯六盘山，秋天，军至临洮（今甘肃临洮），取道吐蕃（今四川甘孜藏族自治州地区），到达忒剌（今四川松潘），然后分兵三路前进。兀良合台率军由西路晏当（今云南丽江北部）进；诸王抄合、也只烈率东路军由白蛮境（今西昌、会理境）进；忽必烈自己带领中路军，经大雪山，过大渡河，穿行山谷二千余里，抵达金沙江北岸。忽必烈军队分别招降大理以北四百余里的摩些蛮等部。冬天，西路军进到此会合。忽必烈派使者入大理招降。大理国拒绝投降并杀死蒙古使臣。忽必烈与兀良合台分兵进攻大理。兀良合台破大理北的龙首关（上关）。大理国主段兴智与权臣高祥、高和兄弟弃城逃跑。忽必烈军与兀良合台会合，顺利进入大理城。
忽必烈命姚枢裂帛为旗，写上禁止杀戮的命令，大理居民得以保全。他又命姚枢等搜访大理国图书典籍。这时东路兵取道吐蕃，也到达大理。忽必烈命人追击高祥兄弟，擒斩于姚州（今云南姚安）。
蒙哥汗四年（1254年）春，忽必烈率军北返，留下兀良合台率军戍守大理，并继续征服未降伏的诸部。任命刘时中为宣抚使，对云南地区进行治理。秋，兀良合台继续向东追击段兴智，进取善阐（又称押赤即今云南昆明）。善阐城陷。段兴智逃到昆泽（今云南宜良），终于被蒙军擒获。兀良合台遣送段兴智等首领去蒙古见蒙哥。蒙哥施以怀柔，赐金牌，让他们回去继续管理原属各部。段兴智回部后，献出地图，并统率本族军队，亲自为先锋，引导兀良合台去征服继续抵抗的各部。蒙古军经过两年的激战，相继征服了赤秃哥（今贵州西部）、罗罗斯（今四川凉山彝族自治州地区）和白蛮波丽国（今元江一带）。从此，大理五城的八府四郡之地，和大部分乌蛮、白蛮部归附于蒙古。兀良合台在云南设置统治机构，管理这一地区的事务。
忽必烈用武力征服了大理，通过征服，统一了大理各部。以后又按中原的封建制度设置郡县，并在大理屯田，不断推广中原地区先进的生产技术，传播科学文化，使云南地区的经济、文化不断进步，对我国多民族国家的形成和发展产生了积极的作用。
忽必烈建国
蒙哥汗九年（1259年）七月，蒙哥死于合州（今四川合州），因对汗位继承未作任何安排，因此导致了一场新的汗位争夺。忽必烈在鄂州（今湖北武昌）前线得知蒙哥死讯后，断然与宋议和，接受宋称臣，以江为界，每年纳银20万两，绢20万匹的条件，双方停战。年底，忽必烈到达燕京（今北京）。留守和林的幼弟阿里不哥已派脱里赤在燕京召集各地军队以包抄忽必烈。忽必烈到燕京后，马上遣散脱里赤已集结的军队，同时急召自己在鄂州的军队北返。阿里不哥通知他去漠北参加忽里台会葬蒙哥，他不加理睬，并命兼希宪到开平（今内蒙古锡林格勒盟正兰旗东50里），观察事态的发展。兼希宪劝说有实力的塔察儿拥戴忽必烈为汗的计划将获得成功。
元世祖中统元年（1260年）三月，忽必烈到达开平。得到东道诸王塔察儿、移相哥、莫哥、忽剌忽儿、爪都和西道诸王合丹、阿只吉等人的支持，于是召开忽里台大会，忽必烈一举登上大汗宝座。四月，忽必烈定当年为中统元年。中统建元表示大蒙古国继承中原封建王朝的定制和统一全国的决心，也是忽必烈仿效中原王朝改造蒙古国的开始。
同时，阿里不哥也在和森（今蒙古后杭爱省厄尔得尼召北）召集忽里台大会，自立为大汗，分据漠北地区。支持他的除阿兰答儿、塔里赤外，主要是西路诸王，有察合台系宗王阿鲁忽、窝阔台系宗王阿速台、蒙哥之子玉龙答失、和蒙哥留守六盘山的大将浑都海、驻守四川的密者火里等蒙古将领。争夺汗位的斗争十分激烈，阿里不哥派霍鲁海、刘太平到陕、甘任职，拘收钱粮，准备与六盘山的大将浑都海联合，从关中进攻忽必烈，陕、川一带的局势立即严重起来了。忽必烈针锋相对地派兼希宪、商挺进驻京兆（今陕西西安），任陕西、四川等路宣抚使。六月，兼希宪先发制人，以谋反罪捕杀霍鲁海与刘太平。又派使者处死四川军中附阿里不哥的密者火里等将领，阿里不哥失去了西线的军势和陕川的财力物力。忽必烈却稳定了关陇局势，随后召集诸军联合防御六盘山浑都海部的袭击。
七月，忽必烈率师征讨阿里不哥。九月，阿里不哥遣阿兰答儿率兵南下，与浑都海、哈喇不花等部会合于甘州（今甘肃张掖）。忽必烈派合彤与将汪良臣率领部队迎接。双方大战于甘州东删丹（今甘肃山丹），浑都海、阿兰答儿被击毙。从此，忽必烈完全控制了关陇山蜀地区。同年冬，忽必烈决定亲征和林。阿里不哥失去了陕川，只得逃到封地谦州（今叶尼塞河上游南）。忽必烈命宗王移相哥驻守和林，以防御阿里不哥，自己班师回到开平。
阿里不哥在谦州休整之后，于中统二年（1261年）秋，率军突袭驻守漠北的移相哥军，占领和林，乘胜南下。忽必烈急忙调军迎战。十一月，忽必烈与阿里不哥大战于昔木土脑儿（蒙语脑儿意为湖）。两军反复较量，死伤都相当严重，双方只好退兵。由于忽必烈切断了中原汉地对漠北的物资供应，使阿里不哥陷入困境。阿里不哥派往察合台兀鲁思的阿鲁忽（察合台孙）取得汗位后，立即拒绝向他提供援助，并扣留使者，宣布倒向忽必烈。阿里不哥于第二年春天出兵西征阿鲁忽。这时忽必烈乘阿里不哥西征之机，收复和林。阿里不哥在攻占阿里订里（今新疆霍城）等地后，纵兵掳掠，终于众叛亲离，处境孤立。至元元年（1264年），阿里不哥走投无路，只得率领身边的诸王和大臣到开平，向忽必烈投降。在汗位斗争中，忽必烈由于取得了中原汉族地主的支持，掌握了中原汉族地区的人力、财力和物力，最终取得了胜利，也是蒙古贵族中主张采用汉法治理汉地一派的成功，有利于元朝的建立和巩固，是符合历史发展要求的。
中统三年（1262年）春，正当忽必烈与阿里不哥相持不下时，山东益都行省长官、江淮大都督李璮勾结执政的平间政事王文统，以降宋为外援，起兵叛乱，占据济南。正在进据和林的忽必烈，听到李璮叛乱的消息后，立即转而向南，调遣军队，处死王文统，又派右丞相史天泽到山东前线节度各路军队。李璮错误估计形势，起兵后，各地汉人军阀响应者少，而各路蒙古、汉军已向济南进逼，接受忽必烈的调度，李璮陷于孤立的境地。四月，史天泽派各路将士开河筑城，准备长期围困济南。七月，济南城破，山东之乱不到半年就被平息。李璮之乱对忽必烈影响很大，使他感到虽用汉法，但汉人不可完全信赖。为了稳定大局，忽必烈慎重处理变乱后的有关人和事，又因势利导的进行了一系列政治改革。
忽必烈中统建元后，视中原汉地为政权的重心。平定漠北与镇压李璮叛乱，排除和蒙古贵族中的保守势力和汉人军阀割据势力的干扰，适时地着手全面推行“汉法”，改革蒙古对汉地旧的统治方式。他在建元中统诏书中明确提出了“祖述变通，还在今日”，“稽列圣之洪规，讲前代之定制”，提倡“文治”的政治纲领。在中央设中书省，在各地设宣抚司，任汉人儒士为使。另外，严格执行地方兵、民分治制度，不相统属；罢诸侯世袭，行迁转法；实行易将制，使将不专兵。李璮之乱后，又迫使汉人军阀交出兵权。史天泽带头请求解除自己子弟和姻亲的兵权。北方汉族地主武装实力大大削弱。为了加强对汉人的防范，忽必烈在各级政权中都起用色目人为帮手，分掌事权和汉人官僚互相牵制。从此，色目人在政治上的实权日渐增强。中统四年（1263年），升开平为上都。中统五年（1264年）八月，又改中统为至元，燕京为中都。至元三年（1266年），忽必烈命刘秉忠在原燕京城东北营建都城宫室。至元四年（1267年），迁都到燕京。至元八年（1271年），忽必烈公开废弃“蒙古”国号，按照《易经》“大哉乾元”之意，建国号为“大元”。至元九年（1272年），忽必烈根据刘秉忠的建议，改中都为大都。元朝的建立，结束了中国历史从自五代十国以来的分裂割据局面，实现了一次新的大统一，使我国多民族国家的发展进入一个新阶段。同时标志着蒙古从一个区域性政权，转变为统治全国的统一封建政权，有利地促进了南北经济文化的发展，也使我国与西方的交流更加频繁。
马可·波罗来华
杰出的旅行家马可·波罗（1254—1324年），出身于意大利威尼斯巨商之家。其父尼可罗·马可，叔父马飞阿于1260年往东方经商，在布哈拉留居三年。巧遇旭烈兀派往忽必烈处的使臣，就随同东来，于1265年到达上都（今内蒙古多伦县西北）。尼可罗兄弟在旭烈兀使臣的引见下，朝觐了忽必烈。大汗向他们询问了西方各国情况，恳请尼可罗兄弟陪同元朝使臣科加达尔出使罗马，并修御书交给尼可罗兄弟，请转呈罗马教皇，想与罗马基督教取得联系。尼可罗兄弟接受使命，终于在1269年4月到达阿迦城（今海法北）。这时，教皇刚刚逝世，尼可罗兄弟向教皇驻阿迦城的大使报告了元朝大汗交给的使命。大使劝告他们等选出新教皇，于是，尼可罗兄弟决定先回威尼斯探亲，此时马可·波罗已15岁了。
1271年，尼可罗兄弟决定带17岁的马可·波罗去东方。他们三人到阿迦后，新教皇仍未选出，于是请驻阿迦大使转呈大汗的书信，然后离开阿迦。不久，驻阿迦的教皇大使当选为新教皇，取名格雷戈里十世。新教皇急忙派特使，寻找尼可罗兄弟一行，这时，他们还未离境，便应召，重返阿迦。新教皇用特别隆重的礼节接见了他们，并写好书信，派两位教士随同。尼可罗一家，经伊朗，越过帕米尔高原进入新疆，经甘肃、宁夏，历经三年半的艰辛于元至元十二年（1275年）夏到达上都。忽必烈表示欢迎。尼可罗兄弟详细汇报了他们的出使经过，呈上新教皇的书信礼品。忽必烈十分高兴，下令将马可的名字列入元朝侍从名册，并将波罗一家留居朝中任职。
马可·波罗聪明好学，很快学会了中国的语言、礼仪、风俗、骑射，并且精通四种文字，能够流利地读书和写作，深得大汗器重。多次奉命出使，执行机密使命。由于马可的才能和谦虚谨慎的精神，总是把事情办得十分妥善。他还十分留心所到之地的风俗民情和奇闻轶事，认真搜集采访，详细记录，回朝后向大汗汇报，博得了大汗信任。
马可的足迹遍及中国各地。他曾受命穿行山西、陕西、越秦岭到四川、经过川、藏边区少数民族聚居地区，渡过金沙江到云南昆明直至缅甸的北部去执行任务。他自称曾在扬州做过三年官。到过淮安、宝应、高邮、泰州、南京、镇江、常州、苏州、杭州、九江、福州、泉州等地。他还出使过南洋，到过越南、爪哇、新加坡、苏门答腊、泰国、菲律宾、斯里兰卡、印度等地。他每到一地都收集当地风情，并不辞劳苦分门别类地记录下来。
马可·波罗一家在中国旅居了17年。他们思念故国，很想早日衣锦还乡。只因忽必烈不允，未能如愿。适逢至元二十六年（1289年）伊儿汗国阿鲁王妃去世，阿鲁浑派三名使臣到元求婚。忽必烈选中蒙古公主阔阔真为伊儿汗国王妃，准备从海道送往伊儿汗国。马可一家争取到护送阔阔公主到波斯的使命，准备顺道回乡。至元二十八年（1291年）年初，他们带着大汗致教皇、法兰西、西班牙王的信和公主及随从六百余人乘大船从福建泉州出发，在海上航行两年多到达波斯，完成了护进使命。波罗一家继续西行，1295年冬回到了威尼斯。
1298年威尼斯和热那亚城发生战争。马可出资装备了一艘战舰，亲任舰长。九月七日威尼斯舰队全军覆没，马可不幸被俘。在热那亚监狱里，他把自己在东方的见闻向同狱难友比萨作家鲁思梯谦口述。鲁思梯谦记录下来，于1298年整理成《马可·波罗游记》，也称《东方见闻录》。
《游记》叙述了中亚、西亚、东南亚，重点是中国的情况。书中盛赞东方之富庶，文物之昌明，大大开阔了中世纪欧洲人的视野，激起了哥伦布等人冒险的决心。此书在中世纪一直是欧洲人了解亚洲和中国的主要依据。对中西交通史，中意关系史等方面有很重要的历史价值。
郭守敬修授时历
郭守敬，字若思，是顺德路邢台（今属河北）人。他祖父郭荣熟悉五经，精通数学与水利。当时正好有刘秉忠、张文谦、张易与王恂等人，一起在滋州西部紫金山学习，郭荣就让郭守敬去跟刘秉忠学习。
中统三年（1262）时，张文谦向朝廷推荐郭守敬是位擅长水利工程的人才，并且思想灵巧，胜过平常人。元世祖忽必烈命他进见时，他当面陈述了应该兴办的六项水利事业。
每奏报一项，皇帝总是赞赏道：“像这样去办事的人，方才不是白吃饭的。”于是派他担任提举诸路河渠的官职。中统四年，升任佩银符副河渠使。
至元元年，郭守敬随从张文谦去到已改为行省的前代西夏国地方去任职。那里的中兴州本来有两处古代的河渠。一条名唐来渠，长400里；另一条名汉延渠，长250里。其它各州还有正渠十条，都长200里；大大小小的支渠有68条。一共灌溉着九万余顷的土地。发生战乱以来，渠道废坏，河也淤积了。郭守敬修复了水坝水闸，整治了河身，恢复了原状。
至元二年，郭守敬升任都水监。他上奏说：“从中兴州乘船沿黄河而行，四昼夜可抵达东胜。这一段能够开辟水运，应该加以修治。”又说：“金朝时，从燕京西面的麻峪村，引卢沟河一条支流穿过西山向西，叫做金口河。它灌溉着金口以东、燕京以北的一大片土地，利益是极大的。自从进军燕京以来，守卫人员惧怕发生失误，用大石块将它填塞了。现在如查察原有河道，仍使水道畅流，上游段可把西山的货物运出来，下游段可以沟通燕京的水运。”他又道：“还应该在金口西面预先开挖一条分水渠，从西南方回归到主流道，要深一些和宽一些，以防涨水时洪水冲入京师。”皇帝认为都是很好的意见。至元十二年，伯颜丞相进军南宋，需要设立水路驿站，派郭守敬去视察河北、山东一带可以行船的河道，绘图上报。
至元二十八年，朝廷派郭守敬去视察。他回来汇报道，滦河不能通行，沪沟河亦不能通舟。他就此陈报关于水利的十一项工作。其中之一为，大都城的运粮河，可不再采用一亩泉原有的水源，另外开引北山白浮泉的水，先向西行，再折而向南，通过瓮山泊，从西水门流入城内，汇集于积水潭。然后再往东，转向南面出南水门，使它流入原有的运粮河。每隔一里设置一道水闸，通往通州共设水闸七道。离闸一里余，再加设斗门，配合作开闭，以便调整河水而通船。皇帝看了奏章，应该赶快就办。就此又重新设立了都水监机构，使郭守敬为主管。皇帝命令，开工时自丞相以下百官，带头参加劳作。
至元三十年，皇帝从上都回朝，路过积水潭，只见船头接连船尾，把水面都遮没了。他大为高兴，把它起名为通惠河，赐给郭守敬钱钞12500贯，仍任太史令，兼任提调通惠河漕运事。这件事并没有实现。至元三十一年，他被任命为昭文馆大学士，知太史院事。
大德七年，朝廷下诏书，内外官员年纪到了70岁的，都可退休，唯独没有同意郭守敬的请求。从此以后，翰林、太史、司天官员都不退休，成为一项规定。延祐三年（1316），郭守敬86岁时去世了。
元朝初年采用大明历。大明历是祖冲之在南朝刘宋大明六年（462年）制成的，所以称为“大明历”；又因这个历法以甲子为历元，所以也称为“甲子元历”。这是当时比较精密的一种历法。但是随着社会的进步和科学的发展，人们对历法提出了越来越精密的要求，加上大明历沿用多年，在当时出现了很明显的误差。于是，工部郎中刘秉忠首先上书元世祖请求修订新历。
至元十三年（1276年），元军完全占领江南以后，元世祖决定设立太史局，进行修订新历的工作。这时，刘秉忠已去世，郭守敬调任工部郎中，主持修订历法。他向元世祖建议：在修订新历之前，应该进行一次大规模的天象观测。根据测验结果制订出来的历法，才是比较准确的。元世祖任命郭守敬和王恂率领南北日官（观测天象的官员）进行观测和推算工作。
在观测天象的工作中，首先需要解决的是仪表问题。当时所有的仪表都是从宋朝遗留下来的，仪表上的规环和零件已经不能使用。其中主要的一种仪器——铜浑仪，因为从汴京移到大都，两地的纬度不同，须移动四度，方合观测之用。而且表石也因年代久，倾斜得不能再用。郭守敬一面修复了旧的仪表，一面着手创制了一套新的仪表。至元十六年（1279年）太史局扩建为太史院，王恂任太史令，郭守敬任同知太史院事。郭守敬把新仪表的图样绘成以后，献给元世祖，并为元世祖讲解新仪表的构造和功能，元世祖当时立即批准了创制新仪表的计划。郭守敬创制的新仪表有：简仪、高表、侯极仪、浑天象、玲珑仪、仰仪、立运仪、论理仪、景符、几、日月食仪、星晷定时仪等12种。为了方便去各地观测人员的使用，又创制“正方案”、“丸表”、“悬正仪”和“座正仪”等四种仪表。此外，还制作了“仰规覆矩图”、“异方浑盖图”、“日出入永短图”等五个可同仪表相互参考使用的图。
仪表的问题解决后，郭守敬和王恂率领南北日官开始在全国范围内进行大规模的天文观测。首先在大都设立了司天台，并在上都、洛阳等五地分置天文仪表和观测天象的监候官。然后又从南北日官中挑选和培养了一批掌握观测技术的人，携带着郭守敬设计的正方案、丸表、悬正仪和座正仪等四种新制仪象，到达指定的地点进行观测。其观测的范围“东至高丽，西及滇池，南逾朱崖，北尽铁勒，四海测验，凡二十七所”。这样的观测规模，不仅超过了唐代一行和南宫说所领导的那一次，而且在世界天文学史上，也算得上一次少有的天文观测。
郭守敬和太史院的其他负责人根据这次观测得到的材料，加以精密计算，先后经过两年时间，到至元十七年（1280年），终于完成了《授时历》，这一名称取自“敬授民时”，就是推动农耕事业的意思。六月，元朝政府公布天下，订于第二年——至元十八年（1281年）正月初一日颁行授时历。
至元十九年（1282年）太史令王恂去世。郭守敬承担起太史院的全部工作，同时将未定稿的一部分有关的历书进行整理和抄写，陆续完成了《推步》七卷、《立成》二卷、《历议拟搞》三卷、《转神选择》二卷等著作。至元二十三年（1286年），郭守敬受任为太史令，将上述著作献给元朝政府。为了在民间普及授时历的知识，名副其实地做到授民以实，郭守敬还编制了各种通俗易懂的歌诀与歌括，对《授时历》的推行有重要作用。《授时历》是我国历史上一部精确的历法，对后世有重大影响。
帝师制度
帝师制度是元朝建立的一种独特的僧官制度。早在元太宗窝阔台时期，蒙古皇室已对藏传佛教各教派有所了解。贵由汗二年（1247年），阔端写信邀请萨迦派高僧萨班·贡噶坚赞至今甘肃武威相见，萨班之侄八思巴随伯父同往。不久，西藏地方僧俗势力在萨班的号召下归顺蒙古皇室，萨迦派因此独受倚重。蒙哥汗三年（1253年）忽必烈闻八思巴之名，召置左右，从受佛戒。元中统元年（1260年）忽必烈即蒙古大汗位。同年，设总制院（后改称宣政院），负责管理全国佛教及藏族地区事务，封自幼生长于蒙古宫廷的藏传佛教萨迦派高僧八思巴为国师，命其领总制院事。至元六年（1269年），八思巴献上他所创制的蒙古新字（即八思巴文），忽必烈将其颁行全国。第二年，升八思巴号为“帝师大宝法王”，赐玉印。从此帝师一职的设置终元之世而未改。
帝师一职，位高权重。自八思巴之后嗣帝师者，例领宣政院事，秩从一品，赐玉印。忽必烈以后元朝历代皇帝即位之初，都从帝师受佛戒。即位之后，要专门对帝师“降诏褒护”。其诏书络珍珠为字，被称作“珠诏”。平日百官上朝，排班列队，皇帝座旁为帝师设有专座。帝师的号令被称做法旨，通行于全国各地佛寺。皇帝对藏族地区发布的诏书，例由帝师副署。帝师出行，皇帝往往派大臣迎送，甚至用皇帝的半副仪仗为其开路导行。帝师生前备受尊崇，死后也享尽哀荣。以首任帝师八思巴为例，至元十七年（1280年）他去世后，被加封为“皇天之下一人之上开教宣文辅治大圣至德者沈真智佑国如意大宝法王西天佛子大元帝师”。忽必烈为他在京城修建真身舍利塔。元英宗时（1321～1324年），“诏各郡建帝师八思巴殿，其制视孔子庙有加”。元泰定帝时（1321～1328年），又“绘帝师八思巴像十一，颁各行省，俾塑祀之”。元世祖敕令重修的《百丈清规》中列举元代重大佛事，佛诞、佛涅槃与帝师涅槃并提。帝师在元朝统治者的心目中，地位几乎与佛祖释迦牟尼相等。
帝师既受到元帝的尊崇，也对元帝负有一定的职责和义务，所以仍是元朝中央政府中的一名高级官员。作为宣政院最高负责人，帝师负责向皇帝举荐该院“居第二者”的宣政院使及以下各级官员。全国藏族地区所设三个宣慰使司都元帅府中的高级官员，如宣慰都使元帅、元帅、万户等，须经帝师或宣政院提名，然后由皇帝任命。元朝以萨迦本钦统领卫藏十三万户，对本钦的任免也要根据帝师的提名。此外，帝师作为皇帝在佛教方面的老师，要负责向皇帝传授佛法、授戒、为皇帝举行灌顶仪式，还要为后妃、皇子等皇室成员授戒。帝师统领天下僧尼，掌管全国佛教事务，要遵照皇帝的旨意主持佛事、弘扬佛教、为在位皇帝祈寿延年，为已故皇帝资祈冥福，祈祷国泰民安、风调雨顺。因帝师承担如此重任，故不可或缺。凡遇帝师因故暂离京师，皇帝即另委一人担任此职。至元十三年（1276年），八思巴奉旨返藏，忽必烈即委任他的弟弟仁钦坚赞接任帝师。至元二十三年（1286年）帝师达玛巴拉受命返藏主持西藏政务，忽必烈又任命八思巴的弟子意希仁钦接替他出任帝师。当时新任命的帝师年纪幼小，实权则操于宣政院使手中。
元朝前期实行扶植和倚重萨迦派僧人的政策，前后任命的十几位帝师中，除二三人身世不详外，其余均属萨迦昆氏家族，也就是萨班或八思巴的弟子、再传弟子。元朝末年，萨迦派在与其他教派势力的斗争中失败，其在西藏的统治地位为帕竹噶举派所取代，再加上元皇室对藏传佛教的信仰渐由萨迦派转为噶举派，由萨迦派僧人所出任的帝师一职于是形同虚设。元顺帝时的最后一任摄帝喃加巴藏卜，于明洪武五年（1372年）以藏族地区前元朝高级藏族官员的身份归降明朝，第二年，被明朝封为炽盛佛宝国师。他先后举荐的旧元官员百余人，均蒙洪武帝授以官职。元朝覆亡后，明清两朝均不再设帝师一职。
重修大运河
元灭南宋后，仍利用隋唐运河旧道转运漕粮，路线大致是：由长江辗转入淮，逆黄河上达中滦旱站（今河南封丘西南），陆运180里至淇门（今河南浚县西南），入御河（今卫河），水运至大都。因运河河道多有壅塞，水陆转运颇多不便，而海上运路往往风信失时，也多倾覆，于是元朝政府着手组织对大运河的修凿。
至元十三年（1276年）始凿济州河。至元十七年（1280年），疏通通州运河。至元十八年至二十年（1281—1283年），由奥鲁赤主持引汶水、泗水，从济州（今山东济宁）西北到须城安山（今山东东平西南）长150多里的济州河开通。曹路由淮河入泗水（今中运河），经济州河北抵安山，出大清河（今黄河下游），经东阿（今山东东阿南）、利津入海，然后由海运入直沽（今天津大沽口）转到大都。后又因海口淤沙壅阻，运道不通，又改由东阿陆运至临清（今山东临清南）入御河。至此，元代南北航运除东阿、临清之间一二百里陆路外，已经大致沟通。
至元二十六年（1289年）朝廷采纳寿张县尹韩仲晖等人建议，开会通河以通运道。会通河自须城安山西南起，分梁山泺（今山东梁山、郓城等县间的梁山泊）水源北流，经寿张（今山东梁山西北）西北到东昌（今山东聊城），又西北于临清入御河，全长250余里。工程由李处巽主持，历时六个月。中途建水闸30处，可以随时调整流量。至此，南北航运已全线沟通。
至元二十八年（1291年），按照郭守敬设计的方案开凿通惠河。通惠河导昌平县白浮村神山泉，通双塔榆河，引一亩、玉泉诸水入城，汇于积水潭，又东折而南，出文明门（今崇文门）至通州高丽庄入白河。后长164里，中设水闸21处，大致“每十里置一片闸”。工程历时一年，河成之后，漕船可以一直驶入大都城，“自是免都民陆之劳，公私便之”。
由通州南下至白河北运河北段，上接通惠河，下通大沽河，是南北通航要道，但是，由于所依赖的潞河（白水、榆水、浑水合流）水源不足，河道浅涩，通行不便。至元三十年（1293年），忽必烈采纳漕运使司建议，又引小渠水入榆水，以增加流量，便利行舟。
至元末年，还曾经对相当于旧邗沟的扬州运河进行疏通。扬州运河在灭宋后逐渐壅塞，连年疏通，成效不大，至延祐四年（1317年）方疏浚畅通。至治年间（1321—1323年），又对属江南运河的镇江支河进行疏凿。疏凿河段自镇江至常州武进县吕城坝（今江苏丹阳东南），长131里。疏凿后河面加阔至五丈，底阔三丈，深六尺。同时，还开浚了镇江运河的重要水源练湖（今江苏丹阳北）。
元朝政府着手陆续修凿完成的大运河全长3000多里，北起大都，南达杭州，沟通了海河、黄河、淮河、长江和钱塘江五大流域。元代大运河对于元维持专制主义统治有重要作用，同时促进了南北经济文化的交流，也为明清运河的畅通以至现代大运河的水运条件奠定了基础。
平定西北诸王
按照元窝阔台汗元年（1229年）宗室诸王的盟约，蒙古大汗之位世世代代由窝阔台的后代承袭。然而，从蒙哥汗开始，大汗之位转到了拖雷一系。由此埋下了宗室失和的种子。忽必烈在位期间推行汉化政策，更加剧了与保守的西北诸王的矛盾，终于爆发了长达四十年之久的海都、笃哇、昔里吉之乱。
海都是窝阔台的孙子，元宪宗蒙哥汗二年（1252年）被蒙哥汗封于海押立（今苏联塔尔迪—库尔干东北）。海都对此一直耿耿于怀，蒙哥汗六年（1256年）扣押了蒙哥汗的使臣断事官石天麟，后来又支持阿里不哥与忽必烈争位。他还结交术赤汗别儿哥，逐渐控制了窝阔台的封地叶迷立（亦称也迷里，今新疆额敏河流域），成为雄踞于察合台汗国与蒙古本土之间的强大势力。元世祖至元元年（1264年）阿里不哥失败后，忽必烈邀请海都参加库里尔台大会。海都以道远马瘦，不堪劳苦为托辞，表示只愿意在自己领地内服从大汗的命令。后忽必烈将蔡州（今河南汝南，辖今渤海西南部）分封给海都，海都仍不为所动。至元三年（1266年），察合台汗阿鲁忽去世，堂侄木八剌沙继位。忽必烈派木八剌沙的堂兄弟八剌去辅佐并监视木八剌沙。八剌回国发动兵变，自立为汗。这时，忽必烈封皇子那木罕为北平王，主持西北军务，并派使者说服术赤汗忙帖木儿进攻海都。
至元五年（1268年），忽必烈出兵击败海都，追击到阿历麻里（今新疆霍城）。忙哥帖木儿、八剌也出兵攻击海都。海都先和忙哥帖木儿讲和，然后在失儿答里牙（今苏联锡尔河）一线迎击八剌。海都失利，损失惨重。不久，得到忙哥帖木儿的五万援兵，才挽回局面，连连击败八剌。八剌退过失儿河，聚兵募饷，继续与海都周旋。海都为解除后顾之忧，主动与八剌和解，结为俺答（义兄弟）。
至元六年（1269年），海都、八剌等在塔剌思（今苏联江布尔召开大会），将察合台领地的三分之二划归八剌，三分之一分属海都和忙哥帖木儿。与会诸王宣誓恪守蒙古传统风俗制度，派遣使者质问忽必烈为何在汉地建都和采用汉法。第二年，八剌去世。海都立八剌堂叔捏古伯为汗。八剌诸子和阿鲁忽诸子不服，联兵进攻海都。
西北诸王混战给了忽必烈从容布置的时机。忽必烈先是任命刘好礼为乞儿吉里、撼合纳、廉州，益兰州等五部（今苏联叶尼塞河流域）断事官，大量迁入中原农户、军人，实行屯田，修筑道路，建立驿站，形成了进攻叛王的基地。又命北平王那木罕建节阿力麻里，作为总管西北军事的中枢。至元十年（1273年），捏古伯与海都兵戎见，元军乘机出兵察合台汗国。十二月，捏古伯阵亡。第二年，八剌诸子与海都讲和，立八剌之子笃哇为察合台汗。不久，忽必烈下令追缴颁给海都、八剌的金银符，并派中书右丞相安童辅佐那木罕，调那木罕之弟阔阔出、蒙哥之子昔里吉、忽必烈之侄脱脱木儿、阿里不哥之子明里帖木儿、药木忽儿等赴军前效力。
正当元朝集结兵力之时，对忽必烈心怀不满的昔里吉等人发动了叛乱。至元十三年（1276年）秋，脱脱木儿发难。昔里吉奉命征讨，暗中勾结脱脱木儿等人，发兵拘捕那木罕、阔阔出和安童。叛王拥戴昔里吉为席，进攻岭北。八月，忽必烈派汉军都元帅阔阔带、李庭率侍卫军2000人西征。第二年春天，昔里吉分兵东进，弘吉剌万户折儿瓦台也起兵响应，将忽必烈女儿囊家真围困在应昌（今内蒙古阿巴哈纳尔旗东南）城中。忽必烈听后便急调诸王伯木儿和丞相伯颜的南征大军北上平叛。伯木儿军与叛军激战于鱼儿泊（今达赉泊）等地，大获全胜，活捉折儿瓦台。但这时昔里吉率主力已越过杭海岭（今蒙古杭爱山），渡过斡耳寒河（今蒙古鄂尔浑河）了。元将土土哈在土兀拉河（今蒙古土拉河）阻击叛军。六月，伯颜大军到达土兀拉河，大破叛军，败退斡耳寒河。七月，叛军分裂，忽鲁带率领部队投降。伯颜挥师进攻，吉里昔仓促应战，大败而逃。同年冬，南平王秃鲁在六盘山起兵响应昔里吉，很快就被平息。
至元十五（1278年）初，元将土土哈部越过按台山（今新疆阿勒泰山）。昔里吉逃往也儿的石河（今新疆额尔齐斯河），脱脱木儿逃往吉利吉思。同年冬，元将刘国杰率侍卫军五万人戍守和林（今蒙古哈尔和林东北）。元重新控制了岭北。第二年，脱脱木儿南下侵扰杭海山东。元军主帅别吉思迷失采用刘国杰避实就虚的计策，直捣叛军巢穴，占领谦州（今苏联克孜尔西南）。脱脱木儿慌忙回师，与元军大战于谦河（今苏联叶尼塞河），大败而逃。
至元十八年（1281年），叛军内讧。先是脱脱木儿向昔里吉求援，遭拒绝，便改奉蒙哥孙子撒里蛮为帝。药木忽儿反对这一做法，将脱脱木儿击败，俘送昔里吉处。昔里吉处死脱脱木儿。撒里蛮孤立无援，被迫投奔昔里吉。昔里吉将其押送术赤后王火赤斡兀立处。途中，撒里蛮被旧部救走，重整旗鼓，打败昔里吉。将昔里吉、药木忽儿押送大都。药木忽儿途中行贿得以脱身，借兵突袭撒里蛮。撒里蛮兵败，投降忽必烈。后来，昔里吉被流放到海南岛。
在昔里吉叛乱期间，海都侵占阿力麻里，侵扰天山南北。忽必烈派诸王阿只吉等率10万之众驻守别失八里（今新疆奇台西北）等地，以防备海都。至元十九年（1282年），海都释放那木罕等人，以求和解，但又派兵进攻斡端（今新疆和田）等地。至元二十二年（1285年），笃哇率兵12万包围哈剌火州（今新疆吐鲁番），围城六个月。海都也侵扰了纳思河，在洪水山（今新疆呼图壁县西南）设埋伏，大败元军，乘胜经彰八里（今新疆乌鲁木齐、昌吉之间），进入哈密力（今新疆哈密），杀死元畏兀儿亦都护火赤哈的斤。元军马上派兵增援畏兀儿，海都撤走。
至元二十四年（1287年），海都准备出兵10万，呼应东北叛王十三颜。忽必烈派伯颜镇守和林，切断东、西叛王的联系。海都见东进受阻，转向西方。二十六年（1289年）春，海都在杭海山打败忽必烈之孙甘麻剌部。不久，和林元军也投降了海都。七月初一，忽必烈下诏亲征。海都闻讯而退。
至元二十九年（1292年），诏命玉昔帖木儿取代伯颜镇守和林。当年秋，元将土土哈在按台山俘海都部民3000余户，进取吉利吉思。第二年春天，土土哈军入谦河（今苏联叶尼塞河）流域，收复五部地区，将海都势力逐出按台山。
元贞元年（1295年），在别失八里设北庭元帅府，以平章合伯为都元帅，主持西北军务。不久，叛军再度发生内讧。第二年秋，药不忽儿、兀鲁思不花等脱离笃哇，投降元朝。大德二年（1298年）十月，笃哇夜袭合剌合塔（约在今蒙古哈腊乌斯湖一带），俘元朝驸马阔里吉思。回师途中，遭到元将朵儿朵哈的袭击，损失惨重。不久，海都之子斡鲁温孙与元将床兀儿大战于阔客（今新疆和布克赛尔），元军大胜。皇侄海山率兵越过按台山，直捣海都王庭海押立，重创叛军后回师按台山。接着，海都、笃哇联合诸王四十余人率部大举进犯，超过按台山，直逼和林。海都率军布防于杭海山一线。八月，两军前锋激战于迭怯里古，叛军失利。两天后，海都率主力赶到，大战于合剌合塔，元军失利被困。第二天再战，元军又败。同时，笃哇部与元军激战于兀儿秃，大败而逃。海都只得撤退，途中病逝。笃哇拥立海都长子察八儿。
长达几十年的战争使双方都精疲力尽。大德七年（1303年），笃哇主动求和。元成宗派遣使者招抚。大德十年（1306年），笃哇、察八儿失和，交战于忽毡（今苏联列宁纳巴德）。察八儿大败。元怀宁王海山趁机越过按台山追击察八儿，叛王秃满等投降。察八儿投奔笃哇。笃哇善待察八儿，收回了海都时占去的察合台领地。至此，西北诸王之乱才彻底平息。
燕铁木儿专权
燕铁木儿拥立文宗，立下大功，权倾朝野，于是出现了长达5年的燕铁木儿专权。
天历元年（1328年）八月的大都政变之后，燕铁木儿便以佥枢密院事之职参与机要，实际上已经控制了中枢决策大权。九月，文宗继位后，立即封燕铁木儿为太平王。将太平路（今广西大新一带，治所在崇左西北）作为他的食邑，此外还赐金500两、银2500两、钞一万锭、平江（今江苏苏州市）官地五百顷。接着又授给他开府仪同三司、上柱国、录军国重事、中书右丞相、监修国史、知枢密院事、世袭答剌罕等头衔。从此，燕铁木儿成为居皇帝一人之下，万人之上，集军政大权于一身的权臣。
同年十月，文宗下诏从今以后，朝廷所有政务和对群臣的赏罚，如果没有与燕铁木儿商议，任何人不得上奏皇帝。天历二年（1329年）正月，设立燕铁木儿任都督的都督府，统领钦察卫、龙翊卫、哈剌鲁东路蒙古二万户、东路蒙古元帅府。使燕铁木儿名正言顺地掌握了一大批精锐部队，成为专权擅政的后盾。同月，文宗还任命燕铁木儿为御史大夫，让他掌握了司法、监察大权。
在文宗退位期间，燕铁木儿不仅一切官爵照旧，还被明宗加授太师的头衔。文宗复位之后，竟仿效英宗推崇拜住的先例，在至顺元年（1330年）二月，将中书左丞相伯颜调任枢密院的知院，正式规定中书省只设燕铁木儿一名右丞相，不再设左丞相，以保证事权的集中。这一做法实际上保障了在此后三年之中，燕铁木儿对朝政大权的专擅。
同年三月，文宗封皇子阿剌忒纳答剌为燕王，作为立太子的第一步。同时，任命燕铁木儿统领宫相府，掌管燕王府邸事务。后来，燕王果然被立为太子。为褒扬燕铁木儿，文宗下令在大都北郊为他树立记功碑。六月，文宗又一次下诏褒奖燕铁木儿。诏书先称赞他勋劳卓著，忠勇无比，所以应该享有太师、太平王、答剌罕、中书右丞相、录军国重事等十一个头衔，并独揽朝纲。然后重申“凡号令、刑名、选法、钱粮、造作，一切中书政务，悉听总裁”。要求诸王、公主、驸马、近侍人员和大小衙门的官员，如果胆敢越过燕铁木儿上奏，便以违背皇帝论处。再次肯定了燕铁木儿的显赫地位。
燕铁木儿钦察贵族势力的强大，引起了蒙古贵族的不满。知院阔彻伯、脱脱木儿等人密谋发动政变，除去燕铁木儿。结果，被人告发，燕铁木儿立即调集钦察亲军将阔彻伯等人逮捕，下狱，处死，抄家。这一事件之后，文宗对燕铁木儿的恩宠更为隆重优厚。至顺二年（1331年）正月，太子去世。但文宗仍让燕铁木儿掌管东宫事务，虚位以待新的太子。四月，文宗下令在红桥以北为燕铁木儿建立生祠，立碑。八月，文宗下诏税务部门免收燕铁木儿经营产业的商业税。年底，文宗竟将燕铁木儿的儿子塔剌海收养为自己的儿子。到至顺三年（1332年）二月，文宗将根本不懂文章之事的一介武夫燕铁木儿任命为奎章阁大学士，掌管奎章阁学士院的事务。
燕铁木儿权势熏天，文宗优礼有加，助长了他的荒淫无耻。例如燕铁木儿将泰定帝的皇后娶为夫人。前后所娶的妇女之中，仅宗室女子就有四十人之多。后房的侍妾多的连他自己都不能完全认识，以至于身体越来越弱。
至顺三年（1332年）八月，文宗去世，遗命传位给明宗之子。燕铁木儿为巩固自己的权位，主张立文宗之子燕帖古思。文宗皇后不听，诏命立在京的明宗次子懿璘质班。十月初四，年仅七岁的懿璘质班即位，是为宁宗，仍以燕铁木儿执掌朝政。十一月二十六日，宁宗去世。燕铁木儿再次请求立燕帖古思，太后仍不同意，下令立明宗长子妥欢帖睦尔。这时，妥欢帖睦尔远在广西静江（今广西桂林市）。朝中大政均由燕铁木儿裁决，以太后之命下达。
元统元年（1333年）春，妥欢帖睦尔到达良乡。燕铁木儿故意拖延即位的日子。直到燕铁木儿因荒淫过度，溺血而死之后，妥欢帖睦尔才在六月初八即位，是为顺帝。
石人一只眼，挑动黄河天下反
元朝末年，政府不修水利，以致于造成黄河决口，粮田被淹，漕运中断，盐场被毁。为此元顺帝下令征发15万民工开凿新河道治理黄河，与此同时政府又变更钞法，滥发纸币，造成物价飞涨，致使怨声载道。“开河”和“变钞”加速元末农民起义的爆发。
至正十一年（1351年）四月开河后，北方白莲教首领韩山童及其教友刘福通等决定利用这一时机，发动武装起义，反对元朝。他们一面派教徒在治河民工中大力宣传“弥勒佛下生，明王出世”，一面又暗地里凿了一个独眼石人，埋在即将挖掘的黄陵冈附近的河道上，然后到处散布民谣“石人一只眼，挑动黄河天下反”。等到治河民工挖出这个独眼石人以后，个个惊诧不已，以为真的应验了。消息传出以后，大河南北，人心浮动。
四月下旬，韩山童、刘福通、杜遵道、罗文素、盛文郁、韩咬儿等，聚众3000人于颍州颍上（今安徽颍上），刘福通等称韩山童为宋徽宗八世孙，当为中国主。刘自己则称是南宋名将刘光世后代，当辅佐之。韩山童发布文告说：“蕴玉玺于海东，取精兵于日本。贫极江南，富称塞北”。又打出大旗，上写：“虎贲三千，直抵幽燕之地；龙飞九五，重开大宋之天”。表现出了要推翻元朝，恢复大宋王朝的坚定决心。不幸事情败露，地方官追捕十分紧急，韩山童最后被逮牺牲，其妻杨氏，子韩林儿逃到了武安（今江苏徐州）。刘福通等仓促起兵。五月初三一举攻克颍州（今安徽阜阳）。由于起义军成员都头裹红巾为标志，故称为红巾军。又因为起义军成员多数崇信白莲教，烧香拜佛，故又称香军。
当月，红巾军占领亳州（今安徽亳县），徐州兵马指挥使秃鲁战死。不久，又攻破项城（今河南项城南），朱皋（今河南固始北）。七月，元将安车万户朵哥、千户高安童在颍州皆中流矢而死。八月，红巾军攻克确山县（今河南确山县）。九月，刘福通又攻克汝宁府、息州（今河南息县）、光州（今河南潢川），聚众达到十万，全国各地纷纷起兵响应。
在北方，至正十一年（1351年）八月，邳州（今江苏邳县北）人李二（人称“芝麻李”，因在饥荒时以家中所贮芝麻赈济饥民，故得此称）与赵君用、彭早住等人以“烧香聚众”来反对元朝，攻占徐州。不久，又占领了徐州附近的许多州县，拥众十余万人。次年正月，元顺帝派兵前往徐州镇压，九月徐州城被元军攻破，芝麻李等逃走。一个多月后，芝麻李被元军捕获，惨遭杀害。
至正十一年十二月，王权（绰号“布王三”）与张椿等起义，攻占邓州（今河南邓县）、南阳（今河南南阳），被称为“北琐红军”，不久，起义军占领唐（今河南唐河）、嵩（今河南嵩县）、汝（今河南临汝）、河南府（今河南洛阳），进逼滑（今河南滑县东）、浚（今河南浚县）等地。至正十二年正月，孟海马等占领襄阳（今湖北襄樊），称为“南琐红军”。接着又取房（今湖北房县）、归（今湖北秭归南）、均（今湖北均县西北）、峡（今湖北宜昌）、荆门（今湖北荆门）等州。元朝统治者从至正十二年闰三月起，先后派出了几路元军对北琐红军和南琐红军进行“围剿”。五月，元军攻陷襄阳，布王三被俘，北琐红军被镇压了下来。至正十四年正月，元军又攻陷峡州，南琐红军也被镇压。
至正十二年二月，定远富豪郭子兴与农民出身的孙德崖、俞某、鲁某、潘某等四人起兵，攻占濠州，郭子兴等称元帅。闰三月，朱元璋投奔郭子兴。
以上均称为北方红巾军，与此同时，在南方长江中游、汉水流域也有红巾军起义，他们以徐寿辉、彭莹玉为首领，称为南方红巾军。
另外，不属于红巾军系统的有方国珍和张士诚的队伍，他们也是反元的主要武装力量之一。
元军诸帅的纷争
在镇压农民军的过程中，元朝宿卫军、镇戍军几乎消耗殆尽，募兵起家的察罕帖木儿父、答失八都鲁父子、李思齐、张良弼等军阀成为了元军的主要军事力量主力。
至正十九年（1359年）年初，察罕帖木儿控制了关陕、荆襄、河洛、江淮、山西、河北等地，重兵屯驻在太行。而答失八都鲁之子孛罗帖木儿驻兵在大同，他在打败了龙凤政权的北伐军之后，便萌生了南下争夺晋冀的野心，于是与察罕集团发生冲突。拥护顺帝的御史大夫老的沙、翰林学士承旨秃鲁帖木儿等人支持孛罗帖木儿反对察罕集团，而皇太子、搠思监、朴不花则支持察罕帖木儿父子。
至正二十年（1360年）六月，元政府下诏命察罕帖木儿与孛罗帖木儿不得彼此侵犯防区。八月，朝廷以石岭关（今山西忻县、阳曲之间）为界划分双方防区，孛罗帖木儿守关北，察罕帖木儿守关南。但是孛罗帖木儿派兵越关直逼冀宁（今山西太原市）。察罕帖木儿派参政阎奉先率部抵抗。九月，朝廷出面为两家讲和，双方各自退回防区。然而，十月朝廷又下诏调孛罗帖木儿守冀宁，察罕帖木儿拒绝交出防区，并且指挥部下击败孛罗帖木儿军。十一月，两军对峙于汾州（今山西汾阳）。次年正月，朝廷再次出面调解，双方各自罢兵还镇。到九月，又命孛罗帖木儿在保定以东、河间以南屯田。
至正二十二年（1362年）三月，政府下诏命令孛罗帖木儿为中书省第一平章，总管张良弼部。同月，李思齐部进攻张良弼，结果在武功中伏大败。六月，察罕帖木儿在益都被刺杀，其子扩廓帖木儿代领其部下，继续围攻益都，孛罗帖木儿趁机侵占了扩廓帖木儿的地盘。不久，孛罗帖木儿攻占了真定路（治今河北正定）和益都。接着他分兵攻占山东各地。
至正二十三年（1363年）二月，扩廓帖木儿率兵回到河南，并派部将貊高率兵进攻住扎在陕西的张良弼。六月，孛罗帖木儿奉命南下镇压襄汉地区的起义军，但此时扩廓帖木儿的军队正布防于关中和河南，他不肯让开道路让勃罗帖木儿的军队通过。于是，孛罗帖木儿一面请求皇帝下诏要求扩廓帖木儿退出潼关以西，一面派竹贞偷袭并占领了奉元路（今陕西西安市）。扩廓帖木儿见陕西省统治已经不能保全，便派貊高配合李思齐反攻奉元，竹贞被迫投降。八月，扩廓帖木儿指挥其部下进攻孛罗帖木儿，孛罗帖木儿则派兵再攻冀宁，但在石岭关被大败，从此一蹶不振。年底，朝中太子一派在皇宫上占了上风，御史大夫老的沙、知院秃坚帖木儿等逃往大同，躲在孛罗帖木儿军中。太子多次派人索取，孛罗帖木儿却置之不理。
至正二十四年（1364年）三月，元朝下诏剥夺孛罗帖木儿的兵权和官爵，孛罗帖木儿拒不从命。四月初一，使命令扩廓帖木儿讨伐孛罗帖木儿。孛罗帖木儿见扩廓帖木儿声势浩大，不敢与之争锋相对，转而进攻大都。初二，孛罗帖木儿派秃坚帖木儿率兵进攻大都，并在皇后店击败了知院也速等人的部队，皇太子慌忙率侍从逃出大都，往东逃到了古北口。十二日，秃坚帖木儿兵到了清河，扬言一定抓住搠思监、朴不花，以除皇帝身弯的叛逆之徒。十四日，顺帝下诏将搠思监流放岭北，朴不花流放甘肃，并将此二人绑缚着送到秃坚帖木儿军中，同时恢复了孛罗帖木儿的官爵和兵权。十七日，秃坚帖木儿军进入京城。顺帝下诏升孛罗帖木儿为太保，任秃坚帖木儿为中书平章。次日，秃坚帖木儿退出京城。顺帝下诏追皇太子回宫。
皇太子不甘心失败，在五月再次下令扩廓帖木儿讨伐孛罗帖木儿。扩廓帖木儿发兵十二万，分三路出击。孛罗帖木儿留下部分兵力防守大同，自己则率主力与秃坚帖木儿、老的沙大举进攻大都。太子离京逃往冀宁。次日，孛罗帖木儿入城。二十九日，顺帝下诏任孛罗帖木儿为中书左丞相，老的沙为中书平章，秃坚帖木儿为御史大夫。孛罗帖木儿的部属分别授给了中央各部门的官职。同时，下诏要求孛罗帖木儿和扩廓帖木儿和解。八月十一日，升任孛罗帖木儿为中书右丞相，监修国史，总管天下军马事务。十四日，皇太子到达冀宁，顺帝发下诏令要求太子还京。
皇太子拒不从命，反而于至正二十五年（1365年）三月下令扩廓帖木儿、李思齐讨伐孛罗帖木儿。这时，大国已被扩廓帖木儿部将关保攻占。七月二十九日，威顺王之子和尚受顺帝密旨，与徐士本密谋，派勇士刺杀了孛罗帖木儿。老的沙闻讯逃跑。顺帝下诏根除孛罗帖木儿的党羽同僚。第二天，派使携带勃罗帖木十首级前往冀宁，召还太子。大约与此同时，奇皇后也派人告诉扩廓，带重兵护送太子进京，用武力逼顺帝禅位。九月，扩廓帖木儿护送太子至京，但在离京30里处遣散重兵，轻车简从送太子入城，没有按奇皇后、太子的意图去照办，从此扩廓与皇后结下了怨恨。
同月，任扩廓帖木儿为太尉、中书左丞相、录军国重事，同时监修国史，知枢密院事，兼太子詹事。十月，抓获并处死老的沙。不久又处死了秃坚帖木儿，彻底打败了孛罗帖木儿的势力。闰十月，封扩廓帖木儿为河南王，代替太子亲征，管辖或统领关陕、晋冀、山东等处并迤南一应军马，诸王各爱马应该总兵、统兵、领兵等官，凡军民一切机务、钱粮、名爵、黜陟、予夺、悉听便宜行事。扩廓帖木儿的权力之大使之几乎成为了一个独立的小朝廷。十二月，因大皇后弘吉剌氏已死，便册立奇氏为大皇后。
至正二十六年（1366年）二月，扩廓帖木儿回到河南，他设立分省机构，以调度各处军马，并准备南下进攻朱元璋。由于他资深位尊，引起李思齐、张良弼等人的嫉妒。张首先不听从他的调遣。三月，扩廓帖木儿派关保、虎林赤率兵进攻张良弼。李思齐、脱烈伯、孔兴等联合出兵援救张良弼。七月，扩廓帖木儿又派竹负等率兵与关保部等合攻张良弼。张良弼、李思齐等联合抵抗，对关保形势十分不利。由于李思齐等也没有做好准备，于是他主动请求顺帝下诏双方和解。
至正二十七年（1367年）正月，李思齐、张良弼、脱列伯等会盟，推李为盟主，共同抵抗扩廓帖木儿。五月，两军对峙于华阴一带。八月初二，下令皇太子总领天下军马。扩廓帖木儿守潼关以东，进攻江淮。李思齐守凤翔以西，进攻川蜀。张良弼进攻襄樊。不久，貊高占据彰德（今河南安阳市）起兵反对扩廓帖木儿，并上奏朝廷表示愿服从诏令。顺帝下诏奖赏，并命其讨伐扩廓帖木儿。不久，关保也起兵反对扩廓帖木儿，拥护朝廷。初八，太子专门设大抚军院，用来主持讨伐扩廓帖木儿。十月初一，貊高军入山西，不久无功而还。初九，顺帝下诏罢免扩廓帖木儿太傅、中书左丞相等职位，只保留河南王封爵。并要他将军队交给琐住、虎林赤、李克彝、关保也速、沙蓝答里、貊高等分别统领。扩廓帖木儿对此仍然置之不理。
至正二十八年（1368年）正月初一，太子命关保固守晋宁（今山西临汾市），总领诸军，以对抗扩廓帖木儿，并下诏剥夺扩廓帖木儿封爵采邑，命李思齐等率军讨伐扩廓帖木儿。不久，扩廓帖木儿军自泽州（今山西晋城）退守晋宁。关保退至泽、潞（今山西长治市）二州，与貊高军会合。这时，明朝北伐军已抵达河南了。李思齐、张良弼致书扩廓帖木儿，希望和解，然后退回陕西。只有关保、貊高仍挥师进攻晋宁。闰七月初一，扩廓帖木儿大败关保、貊高军，生擒二将，然后“请示”朝廷。顺帝无奈只好让扩廓帖木儿处死关保、貊高。十九日，顺帝和太子撤消大抚军院，将讨伐扩廓帖木儿之事推到知大抚军院事伯颜帖木儿等人身上。同时恢复扩廓帖木儿的一切官爵和权力，希望他率部抵抗明军。但是，此时的元军阵脚大乱，已无力抵抗明军北伐了。二十六日，扩廓帖木儿自晋宁退守冀宁。同日，明军已至通州，顺帝、太子等不得不放弃大都向北逃去，明军顺利入城，元朝灭亡。