重到福州——加强海防——潜渡台湾——福建人心大定
清朝廷派左宗棠以钦差大臣督办福建军务后，又对福建军政官员做了部署和调整，原会办福建海疆事宜大臣张佩纶及船政大臣何如璋等被撤职查处，任命杨昌濬为闽浙总督、穆图善为福州将军，充当左宗棠的副手。杨昌濬是他的旧部下和老朋友；穆图善以前在西北也共过事，但关系不融洽。台湾道刘璈是他的老部下，福建巡抚刘铭传则是淮系将领、李鸿章的亲信。
左宗棠一行在通州上船，沿运河南下，准备先到南京做短暂停留。在赴宁途中，台湾再次爆发了法军的侵略战争。法军孤拔的舰队在两个月前进攻基隆失败后，于八月十三日又向基隆发动新的进攻，抢滩登陆。据守该地的刘铭传部队进行还击。法军不过四五千人，兵船不到20艘；清军水师虽已不存在，但陆军数量仍多，远远超过法军。在清军奋力抵抗下，法军势已不支，本来可望取得又一次胜利的。这时驻扎在基隆以西沪尾（淡水）的营务处知府李彤恩接连三次飞书告急，说是侦悉法军将于明日来攻沪尾，该地兵力不足，请速派兵救援。沪尾原有提督孙开华的军队，但李彤恩认为该部队无作战能力，其实是畛域之见。刘铭传做出了错误的判断，偏信了李彤恩，却忘记了基隆大敌当前，匆忙调派大部队往援沪尾，以致基隆空虚，遂为法军轻易占领。
基隆失守之后，台北岌岌可危。台北知府陈星聚要求刘铭传派兵进攻基隆，一些将领和本地土著营兵也自告奋勇，纷纷要求进兵收复基隆。当时法国陆军兵力并不强，收复基隆本不难办到，但是刘铭传却不许“孟浪进兵”，还以“本人无此胆识，无此兵力”为借口来推托。刘铭传过去也是一名南征北战的勇将，在马江之战前后，他也主战，曾请求李鸿章派南、北洋水师助战，并说：“法船不难驱逐出境。”遭到李鸿章拒绝。刘铭传是李鸿章嫡系，不敢违背李鸿章的意旨，只得唯命是从。以后他始终不肯出战，基隆一直为法军占领，直到中法战争结束，法军才撤离基隆。
基隆被占之后的次月，法军才向沪尾进攻。孙开华部队是有一定战斗力的，给予了坚决抵抗。法军屡次强行登陆，都被击退。双方互相炮轰了几天，到八月二十二日，法兵舰先用炮轰中国营房作掩护，然后放下数十只小艇，共有数百名法军蜂拥上岸。清军立即三面包抄，南面是孙开华部队，北面是淮军，中间是健营士勇，恶战四小时，直战到中午。法兵不支，纷纷逃窜下海，清军奋勇尾追，法军舰开炮掩护营救，但是已有法国数艘小艇沉没，法军伤亡百余名，清军只伤亡数十名。这场战役共经历了九天，清军大获全胜，法军以失败告终。
然而法军占领了基隆，从台湾的整个战局形势看，它依然是胜利者。接着，它又占领了澎湖，并宣布封锁台湾海峡。福建既丧失了水师，全省海岸处于无防的境地。尤其是守土有责的地方官员庸懦麻痹，一心一意妥协求降，人心惶惶，害怕法国兵随时都会打进省来。
左宗棠于八月二十六日抵达南京，停留了十余天，为入闽抗法做了一些布置，调来旧部五千人，随同去福建前线。由于台湾战事紧急，清廷又诏令前陕甘总督杨岳斌帮办左宗棠军务。杨岳斌是以前的湘军水师统领，也是左宗棠老友，当时福建水师覆灭，急需外地海军增援；南、北洋舰队分别掌握在南、北洋大臣曾国荃和李鸿章手中，但都按兵不动。左宗棠到南京后，立即奏请朝廷，命由南、北洋各派兵船五艘，由杨岳斌率领从海道驶往福建支援。
九月十三日，左宗棠动身离宁，取道江西去福建履任。福州官绅士民听到他即将到来，都欢欣鼓舞。他于十月中旬进入福建，二十四日由延平起程，福州司、道、州、县以及文武官员陆续前往离福州约一二百里闽江岸的水口和竹崎迎接。左宗棠的行辕设在福州北门黄华馆（现福州三中校二部），馆内布置一新，大厅中挂了一副欢迎的对联：
数千里荡节复临，水复山重，半壁东南资保障； 亿万姓轺车争拥，风清霜肃，十闽上下仰声威。
联语冠冕堂皇，显然是出自大手笔。左宗棠于同治四年曾来福建，第二年（1866年）离闽时，福建人争相挽留。朝廷曾许下愿：“不难令左宗棠复来闽也。”18年之后，他果真再来了，而且又正当福建危急存亡之秋，无怪乎福建人民抱着极为兴奋和期待的心情来迎接他。
十月二十七日左宗棠抵达福州，全城官员聚集在洪山桥接官亭迎接，士绅和老百姓则在浙绍会馆迎候。据《申报》记载，当时盛况空前，一路所过之处，街坊店铺，都摆设香案，放炮燃香；全城人士扶老携幼，争先快睹者，以数万计。甚至幽闺琼姬，小家碧玉，如云如水，都以一望风采为荣。
左宗棠于下午2时入城，见到他的人都说他精神矍铄，不减从前。有一位署名“采樵山人”的目击者，在《中法马江战役之回忆》一书中记载说：“钦差大臣左宗棠进入福州时，威风凛凛，旗帜飘扬，上面大书‘恪靖侯左’字样。队伍两行，个个肩荷洋枪，步伐整齐，后面一人乘肥马，执长鞭，头戴双眼花翎，身穿黄绫马褂，主将左宫保是也。”自马江战败后，福州官民一夕数惊，风声鹤唳，“一见宫保，无异天神降临，所以敬礼如此。”《申报》还说：“想帷幄运筹，谟独裕，蠢尔法人，当不难灭此朝食也。”福建人十分信任左宗棠，自他到达后，福州人心大定。
到福州的第二天，二十八日黎明，左宗棠即去拜会总督、将军、巡抚，布置地方防务，听取他们的汇报。二十九日，拜谒林文忠公则徐祠。这位昔日抗英的英雄，逝去倏忽已30年了；回忆当年湘江舟中夜话，宛如昨日。林则徐谆谆叮嘱：“中国之大敌，其俄罗斯乎？！”如今新疆伊犁已收复，俄罗斯的凶焰暂时收敛，法兰西又来了。中国人如不自强，敌人将会一个接着一个来，有时还会联合起来侵略中国。左宗棠在林文忠公祠前徘徊悼念，不胜感叹。
到福州后的首要任务，是加强海岸防守。兵船虽已丧失殆尽，还有炮台要塞。闽江入口北岸的长门和琅岐岛上的金牌是两处要隘，左宗棠命迅速将该两处炮台修复，又在闽江口竖立铁桩，用铁索拦江连接，没入水中，用机器操纵，只准许本国船只通过，如敌船来，就将铁索升起，使其无法进入。又在距省城30里的林浦、魁歧及闽安右路出海的梅花江，都用垒石填塞大部分江面，仅容小船通过。以上各处都建设炮台，派兵驻守。又命将海口水道标志立即取掉，沿港遍布水雷，将沉没于马江的兵舰打捞上来，卸下舰上大炮，移装到陆上炮台。经过这一番布置，沿江沿海防务较前大为巩固。
十二月二十六日，正当除夕临近之际，法国军舰突然聚集在马祖澳，准备趁中国官员欢度新年之际，发动一场突袭。左宗棠和杨昌濬得到消息后，立即同往海防前沿巡视。那天正下着大雨，海边风又急，他们冒着风雨巡行，经过南台、林浦、马江、闽安、长门、金牌各要塞，视察了各处炮台和防军，所到之处，各营将士排队试枪，炮台试炮，军容整肃。由于海口已被封塞，马祖澳的法舰不敢轻举妄动。二十八日，有几艘法舰由白犬洋开来试探，左宗棠正在长门要塞，即下令开炮轰击，法舰见防备森严，只得灰溜溜地掉头开走了。
为了增强防务和兵力，左宗棠又仿照在江南的办法，创设渔团。他派出干员分赴福州、福宁、兴化、泉州四府各海口，会同当地官员士绅办理渔团。选择勇敢善水的渔民为团长，施以作战训练，严明赏罚。不仅战时可以配合正规军作战，平时还可负担侦察港内外敌舰动向的任务。
福州和福建全省的防务大大加强了，人心也更为安定了。可是法军仍然占据基隆，法舰封锁了台湾海峡，还四出游弋，防止中国军队东渡，并劫掠过往商船。虽然它不敢进入闽江，占据基隆的法军也始终株守一隅，不敢深入台湾内地，但是刘铭传的部队不敢进击基隆，又不断呼救请援。左宗棠认为，如基隆在法人手中，台湾不解围，福建仍然得不到安宁，所以决心要派兵去收复基隆。
增援台湾有很大的困难，闽台隔着一道台湾海峡，法舰在游弋、封锁。要增援台湾，首先须有强大的海军护航，而福建水师又已覆没。于是左宗棠定下了一条偷渡之计。
他事先曾奏请南、北洋水师各派兵船五艘，由帮办杨岳斌统率，自海道赴援。这时他用声东击西之计，通知杨岳斌率南洋兵舰“放洋”，声言要开赴台北；暗中却命王诗正率领“恪靖援台军”三营共千余人，从泉州府蚶江一带乘坐渔船，扮作渔人，黑夜偷渡，冒险越过封锁。
光绪十年底、十一年初之交，王诗正率部队历经艰险，经澎湖到达台南，投入了保卫台湾的战斗。左宗棠又派了营务处道员陈鸣志潜赴台湾，与刘铭传等商量收复基隆的策略。
左宗棠由西北去京师时，带去了三名部将：王德榜、刘璈、王诗正。到京不久刘璈即调任台湾道，王德榜现已赴中越边境。这样，三名部将都随左宗棠在抗法前线。基隆失守时，左宗棠正在来闽途中，已从刘璈的禀报中得知详细经过。照理台湾战况应由巡抚向左宗棠汇报，但刘铭传隐匿不报，刘璈很不满意刘铭传基隆之失，就据实禀报老上司。
左宗棠到福州后第三天，向清廷奏报了基隆和沪尾两战经过，指出了刘铭传指挥失误：“始则为李彤恩所误，继又坐守台北，不愿进取，皆机宜之坐失者也。”他在奏中还提出应惩办李彤恩：“李彤恩不审敌情，虚词摇惑，基隆久陷，厥为罪魁。拟请旨将知府李彤恩即行革职，递解回籍，不准逗留台湾，以肃军机。”刘铭传是地方大员，又是朝廷“有功之臣”，左宗棠虽没有要求惩处他，但也提出了批评督责：“臣思刘铭传之懦怯株守，或一时任用非人，运筹未协所致。……拟请……密敕刘铭传速督所部克日进兵，规复基隆，毋任该夷久于盘踞。”
刘铭传的后台势力很大，李鸿章是慈禧的大红人，刘铭传根本没有理睬左宗棠“规复基隆”的意见，反而对左宗棠在朝廷前批评他十分恼怒，对他这位下属刘璈尤其怀恨在心。这道奏折也触怒了李鸿章，然而他们对左宗棠无可奈何。
清廷对这道奏折批示：“着该大臣（左宗棠）饬令刘璈随事禀承刘铭传妥为办理，共奏肤功，不得稍有畛域之见。”似乎是在责备刘璈没有随事禀报刘铭传，而越级禀报左宗棠，是存有“畛域之见”。也可见那时清廷已偏向于李鸿章、刘铭传的一方了。