俄国人来到西北大营——“英忌俄之与我和，俄亦忌英之与我和，我能自强，则英、俄如我何？”
左宗棠得到清廷交付的督办新疆军务的大权后，立即着手准备进军新疆的各项工作。首先，他对各军将领做了重大调整和部署，朝廷根据他的建议，降旨授金顺为乌鲁木齐都统，帮办关外军事事宜，原都统景廉调回京师供职；宋庆军调回潼关，这是同意钱鼎铭的请求，左宗棠认为无关大局。另外，西征粮台负责粮运，是一个非常重要的位置，原由袁保恒担任。袁保恒是户部大臣，进士出身，既圆通，又骄矜。初来的五年中与左宗棠合作还好，后来就狂妄起来，大事也不与左宗棠商量，擅自做主；用了钱又不报，还任意挥霍。左宗棠认为与他“同役而不同心，事多牵制”，极为不利，如实上报朝廷。谕旨认可了他的意见，说：“两人同办，不如一人独办。”撤回了袁保恒。以后粮运全由左宗棠一人酌度办理。
另一项重要的人事调配是，左宗棠奏请任命刘锦棠总理行营营务处，率老湘军全军出征。这个职务相当于前敌总指挥，是左宗棠的主要军事助手。刘锦棠当时刚三十出头，任三品卿衔西宁兵备道，年龄、资历、官阶都很低，但是左宗棠果敢地使用他。又奏请以刘典帮办陕甘军务，留驻兰州。刘典曾任陕西巡抚，老成持重；少年时与罗泽南为友，曾随左宗棠转战各地，来西北后，因母老告假回湘奉养。这次西北紧急，又被左宗棠请了出来，主持后方重任。
诸事安排后，左宗棠写信告知友人说：他这次头白临边，又是衰病余生，肩负如此重任，能否支持到底，克尽全功，是很难说的。不能不预先考虑刘锦棠和刘典，一个在前方作战，一个在后方管理民政和后勤工作，是他选择的两位最合适的接班人，他感到放心了。
正当左宗棠在调兵遣将之时，远在云南发生了一起涉外事件。英国一名翻译官名马嘉理，从印度到云南游历，被驻在腾越的清军所杀。英公使威妥玛当即扬言，要调印度兵由缅甸攻打云南，配合俄国人由伊犁进军，以牵制西征军。朝野上下听到威妥玛的威胁，于是又议论纷纷，他们生怕英、俄二国一从西南、一从西北，互相勾结，共同进犯。这时正有俄国军官索思诺福齐等五人来华“游历”，准备取道甘肃回国。于是许多人又怀疑俄使已经受威妥玛煽诱，来甘肃是为了探虚实，搞情报。一些人纷纷告知左宗棠，千万不要将我军弱点暴露给俄国人，要谨慎对付。
左宗棠对俄使将到西北的消息，倒觉得不必大惊小怪。他认为收复新疆是我国的主权，与英、俄二国无涉。英国想在滇缅边境通商，销售鸦片以谋利，他国又分沾不到利益，俄国人不至于附和英国的行动。而且由缅甸到云南，路段险阻，并非用武之地。中国以主制客，以逸待劳，地险而人心固，并不怕他。这批俄使是上年奉命来华的，那时还没有发生马嘉理事件，他们来甘一定另有目的。只要坦诚相待，接之以礼，示之以威，有什么可畏惧的？！至于西北战祸已十余年，地方凋敝，想掩盖也无从掩盖。
不久，索思诺福齐一行五人来到兰州。左宗棠以礼接待，请他们住在节署内，每隔一天和他们共进餐一次，谈谈天下大势，示以中国收复新疆的决心，也了解一些俄国的情况；有时还和他们讲讲孔孟之道。索思诺福齐似懂非懂，但很有礼貌地端坐静听。
索使很有口才，自诩精通地理学。他将带来的中国地图给左宗棠看；左宗棠也是精通地理的，年轻时绘制过地图。他看到俄国人的地图确是异常细致，就问他：“贵使到中国不久，怎能周知中国的山川形势？你们是根据什么绘制成全图的？”
索思诺福齐说：“这是根据贵国康熙朝代的地图摹绘而成的。”
左宗棠告诉他说：“《康熙舆图》是古今稀有的本子，但后来中国疆域更大了，乾隆又命人各处实地测量，核订增补，所以，《乾隆内府舆图》才是精而又精的版本。”
他命人将《乾隆内府舆图》拿给索看，索才知道他绘的图还不算精，从此不再在左宗棠面前夸谈地学了。
索对枪炮制造也是内行，他只佩服英、法、德三国的产品，也在左宗棠面前宣扬俄国武器的精锐，当然瞧不起中国，认为中国是不可能制造出好枪炮的。左宗棠派人领他们去参观甘肃制造总局。那几位俄国人看到厂里不仅能仿制法、德等国的军械，还有几种中国独创的产品，如大洋枪、小车轮炮和三脚劈山炮等。他们看了试炮，施放四门后膛炮，三门炮都很好，只有一门不行。他们认为中国自制的兵器不错，但又怀疑制枪炮的钢材是进口的，左宗棠肯定地告诉他们，完全是局中自炼，他们同声叹服，从此也不夸耀西方的枪炮了。
有一次，左宗棠问索思诺福齐：“外间传说，俄、英二国已定约，准备结盟侵犯中国，有无此事？”索回答说：“英国人很狡诈。俄国与中国从来没有作过战，俄国不会无端启衅的。”他又补充说：“国主沙皇的意思，是要与中国永敦和好。在伊犁驻兵乃是防止回军侵犯，不是对付中国，等中国收复乌鲁木齐和玛纳斯后，就会交还的。这次来华，主要是为了开通茶市。”
俄国人有饮茶的习惯，茶叶一向是由中国进口的，他们要求能从内地运茶，直达甘肃边境；左宗棠认为中俄已订通商条约，直接销茶正可杜绝私贩，挽回利益，就答应他们，等西北战事结束后再商议。俄国人又说，关外作战运粮很困难，自告奋勇代清军采购粮食，由俄国运到乌鲁木齐东北的古城。还表示希望左宗棠早日进军，以便早日开通茶市。俄国人愿协助运粮，不管其用意如何，总是有益的事，左宗棠也答应了。
索使还向左宗棠表示，如要军火，俄国也可以接济。左宗棠告诉他，军中储备的军火已足够用，谢绝了俄国的帮助。
人们都认为，俄国和英国都是阿古柏的后台，何以这时俄国又愿意提供粮食军火、接济清军呢？这是因为俄、英、阿三方既互相勾结，有利害一致的方面，又时时互有矛盾。在一段时期内，可能矛盾上升为主导地位。索思诺福齐一行来中国之时，正当俄、阿关系处于矛盾激化时期。
英国对于阿古柏侵占新疆，是十分欢迎的，因为英、俄在中亚和东亚争夺势力范围，原来有矛盾，英国也提防俄国将势力侵入它的属国印度。阿古柏占领新疆，可以成为一块缓冲地。英国人也看到，阿古柏的伪国不可能成为真正的独立国家。它可以借援助之名，使其沦为英国的保护国，然后逐渐将其吞并。加之英国早就想经喀什噶尔往北通商，这也是一个好机会。同治十二年（1873年），英国正式承认阿古柏为喀什噶尔和叶尔羌的爱弥儿（意为穆罕默德的圣裔，原为土耳其所封），与他签订正式通商条约，供给军火和茶、布等日用品。阿古柏也正需要强国做靠山，他不仅准许英国通商，设置领事，还给予各种特权，如减、免税，给予领事裁判权等，所以阿、英关系开始是很密切的。
至于阿、俄关系则有所不同。阿古柏原是浩罕国的部落安集延的帕夏，浩罕有四个部落，三个都被俄国吞并，只剩一个安集延，所以阿古柏对俄国没有好感。俄国看到阿古柏与中亚各回教国家友好，又与英国关系密切，很为不满，加上它要求在新疆通商，也为阿拒绝，因此当阿侵入北疆时，俄人就出兵占领伊犁，对阿施加武力威胁。阿古柏自知无力抵挡强大的俄国，才同意通商，但事后却仍制造种种阻挠，俄国实际没有能享受到条约给予的权力。俄国看到英国却享受了较优惠的条件，更为不满。
事实上，俄、阿之争也就是俄英之争。那时候，英国要维持阿古柏，俄国则要消灭阿古柏。所以俄使索思诺福齐向左宗棠提出，愿帮助西征军，提供军火、粮食，当然，俄国人不会有诚意帮助中国，他们使的是两面手法，同时也暗地里将军火接济其他地方武装，并派使团到南疆，与阿古柏建立联系，为他出谋划策。俄国人打的是如意算盘，想一举两得，认为中国不可能轻易击败阿古柏，希望借此消耗中国的实力，让中、阿两败俱伤，他们则坐观虎斗。如果中国军队的给养掌握在俄国人手中，他们就可以威胁讹诈，为所欲为。不过他们的如意算盘没能实现，后来由于清军进展迅速，他们又立即转变为完全支持阿古柏及其余党了。
索思诺福齐一行五人在兰州住了一个月，临行前几天，他忽然对左宗棠说：“这几年我们曾派人到西宁、大通、肃州、甘州一带了解情况，知道中堂办事妥帖周到，各族人民都很畏服，不知中堂也听到没有？”
左宗棠回答说：“我对于人家恭维的话，向来不大注意，我所作所为，不过是求理之所在、心之所安而已。”
索使先恭维了这么一句，接着乘机说：“我这次在城固时，有教民来见我，要求官府免减税金，务请中堂多多照顾。”
左宗棠听这话不对，这是干预内政了，立即回答他：“这一类事你们外国人不宜干预。”他又斥责翻译官糊涂，索思诺福齐碰了一鼻子灰。
索原是俄国总参谋部的军官，曾带兵侵入伊犁。这次来华，且深入西北，显然有他的秘密使命。他在谈话中有意无意地泄露了俄人曾往西宁等地侦察。左宗棠也早已得知，他表面上是来通商买茶，暗地里是来窥探虚实的。左宗棠以礼相待，接受了他们合理的要求，并显示了清军强盛的阵容和收复新疆的决心。如果俄人胆敢侵犯，也不惜一战。索思诺福齐摸到了底，于是以贸易转了个弯，与左宗棠订了运粮400万斤到古城的协议，他们就回国了。
左宗棠分析当时的国际形势，认为英、俄既互相勾结，又有矛盾；既互相联姻，又是仇家。英国不愿俄、中友好，俄国也不愿英、中友好。如果中国不能自强，英、俄都会欺侮，如果中国强大起来，英、俄都没有什么可怕。他将俄使来西北的情况详细上报，清朝廷上下的疑虑这才消除，威妥玛的阴谋没有得逞。一场由马嘉理案件引起的风波，也就烟消云散了。