按照游猎民族的习性，打猎就是为了获得生存所需的财产，作为打猎行为的延伸，成吉思汗便将进攻、战胜、杀戮、掠夺、焚毁、放弃作为天职。这一点在统一蒙古草原时尚不明显，因为征服其他游牧部落，除了战胜、必要时的杀戮，以及掠夺之外，没有什么东西可以焚毁。而当南下攻打金人所在的各大中原城市时，蒙古人充分表现出了作为未开化民族野蛮的特点，缺乏对文化及城市、农民（总之是草原生活以外事物）的起码认知，每攻入一个城市，轻则掠夺财产，重则屠城、焚毁城市，尤其对于那些因抵抗或欺骗蒙古军队的城市居民，进行着灭绝人性的屠杀。
成吉思汗在统一蒙古和对外战争中，对待敌人通常是极其残酷和血腥的。他认为断绝后患的最好办法就是将敌人全部歼灭。他不但在战场上大肆厮杀，在战争结束后甚至要进行整座城市的屠杀。他害怕生存的老百姓会与他作对，生存的战士会与他作对，敌人的子孙后代会与他作对，所以干脆对整个的战败部落、城市或者民族大开杀戒，彻底屠杀干净，斩草除根，永绝后患。
1220年，5万名士兵随成吉思汗进攻撒麻耳干城，这5万多将士永远留在了这片土地之上。他们的血染红了绿洲，也惊骇了城内的守城者。所有的抵抗之心在瞬间瓦解殆尽，士气前所未有的低落。他们知道，城墙和城门迟早将被攻破。城外，蒙古骑兵正驱赶数以万计同胞运送土石和树木，填塞护城河，护城河很快就将被填平。城门被攻破近在眼前，一部分人开始动摇。在一些动摇将领们的劝说下，城主脱海汗决定投降。他们觉得，自己是突厥人，与蒙古人同种，必会被蒙古人以同胞对待。他们派出城内的法官和教长，向成吉思汗请降，得到了成吉思汗的接待。次日，议和成立，撒麻耳干的城门终于在蒙古军的面前敞开。但仍有1000多人退守内城，誓死不降。
蒙古军冲入城中，将投降者全部驱赶出城，随即以切断水源，纵火焚烧的战术将他们全部消灭。在这一场恶战中，撒麻耳干全城被焚毁大半，包括著名的大清真寺也同样毁于兵焚之中。这一切只是一个开始。失去战斗意志的人们已没有任何坚守下去的信心了，蒙古军那无情的杀戮犹如恐怖的战锤，将所有的勇气砸得粉碎，不久撒麻耳干城全城覆灭。而成吉思汗在通过名为“祈祷门”的西北门进入撒麻耳干城后，立刻下令拆除城墙，并将全城的财富掠夺一空。然后，成吉思汗下令处死了以脱海汗为首的全部降兵。他不能容忍背叛，哪怕是这些突厥人与蒙古人有着怎样相近的血缘。他们为了一己的性命而出卖了整个城市，他们没有生存的理由。
连续七天的恶战中，全城的居民死亡惨重，城市遭到了彻底的破坏。那个焚烧之夜对于成吉思汗本人来说，则更近乎一场噩梦。黄澄澄的火舌吞吐着殿堂楼宇，烤焦了整个漆黑的夜空。垂死的惨呼和哀号通宵达旦地震撼着四野。直到天色发白，成吉思汗来到羁押着幸存者们的城外旷野之中，这里还留存着5万多名老幼妇孺，3万名工匠和3万壮丁已经被征发，编入了蒙古军中。
此后，撒麻耳干城一带一百多年无人烟。