在民国的政要中，段祺瑞所做的事情虽然是毁誉参半，但为人却是那个时代的楷模。他是著名的“六不总理”：不贪污、不卖官、不抽大烟、不酗酒、不嫖娼、不赌钱，他最大的爱好是下围棋、打麻将和打台球，正如一生与他亦敌亦友的梁启超所说，“其人短处固所不免，然不顾一身利害，为国家勇于负责，举国中恐无人能比”。英雄总是会有迟暮的时候，“凭谁问，廉颇老矣，尚能饭否？”段祺瑞和他的皖系虽然老去，但他们留在中国历史上的声音还没有完全消失。
段祺瑞晚年的故事一点儿也不比他前半生的戎马倥偬、政坛起伏来得逊色。之前就讲过，段祺瑞是一个要求极为苛刻的人，古往今来，这种人要么是暴君要么是酷吏，比如明朝的开国皇帝朱元璋，自己过得简朴也就罢了，还想着天底下人都跟他一样简朴，以贪污之罪杀死的朝臣数不胜数。严格意义上来说，段祺瑞比朱元璋要好多了，他对手下不算苛刻，否则倪嗣冲、张敬尧这些人不知道得给他凌迟多少次。但段祺瑞的家人就要清贫多了，段祺瑞作为皖系的当家人、堂堂国务总理，从不给家人亲友走后门，虽然下台的时候给国家欠了一屁股债，但借来的钱几乎都用在军务上了（私底下给地方军阀贪污掉的不在少数），自己则是一贫如洗。
据说早年间段祺瑞生活拮据，跟自己的政敌黎元洪借过7万元，一直无力偿还，还被黎元洪告上法庭。等到段祺瑞自临时执政的位置上退下来，就没有了经济来源，一大家子人过得更加艰难，时而还得靠段祺瑞的亲信资助度日。1928年，蒋介石得知段家生活确实困难，于是“送上2万元，在此后三四年间，又送过数万元，生活问题遂得到解决”，可想而知段祺瑞一大家子人过的是什么日子。1928年5月，段祺瑞又联络徐世昌、王士珍、曹锟、熊希龄等北洋元老呼吁南北双方停止战争，发起了“和平运动”。10月1日，外间传出安福系在天津、大连一带大肆活动，段祺瑞为避嫌到大连休养，于翌年才回到天津。
1930年2月，冯玉祥和阎锡山联合反蒋，中原大战爆发。日本人密谋借机策动“北洋派大同盟”，拥段祺瑞和吴佩孚为领袖，建立华北的傀儡政权，从而控制华北地区。日本特务头子土肥原贤二积极推动该项计划，并在天津安排段祺瑞和溥仪见过一次面，不过此次会晤让双方都甚不愉快，事后段祺瑞就恼怒地说：“鄙人不才，忝为国家元首，这小子到今天还摆皇帝的臭架子，真是岂有此理。”加上吴佩孚也不买账，日本人的如意算盘就此落空。
不过到了1931年，随着九一八事变爆发，日本扶植溥仪在东北成立伪满洲国，土肥原贤二再度到天津密会段祺瑞，希望段祺瑞能够出面组织华北政府，并承诺日方会给予足够的支持，但遭到段祺瑞的严词拒绝。日本人之所以看重段祺瑞，不外乎两个原因，一是段祺瑞掌国时的亲日政策，二来是段祺瑞在北洋系中举足轻重的地位。土肥原贤二初会段祺瑞时，日本在中国尚未大肆扩张，所提及的计划不外乎出钱出力挺他出来再度掌国，所以他才会应允与溥仪会晤，但是九一八事变之后日本侵华野心暴露无遗，“为国家勇于负责”的段祺瑞岂能让自己成为汉奸？
土肥原贤二入津密会段祺瑞的事情很快公开，不仅上海各团体纷纷忠告段祺瑞、吴佩孚不要被日本人利用，蒋介石更是通过国民党皖籍要员吴忠信引见，在北京饭店会晤段祺瑞的侄子段宏纲，提出希望段祺瑞南下，但其时段祺瑞已经年近七旬，想在北方颐养天年，所以没有同意。蒋介石就派人送去巨款，以保障段祺瑞一家人的日常开销。1933年1月，外间盛传日本人要劫持段祺瑞并胁迫其组织华北政府，蒋介石急忙命交通银行董事长钱永铭携蒋介石的亲笔信到天津见段祺瑞，信中蒋介石再次恳请段祺瑞“南下颐养”，并随时“就商国事”，段祺瑞自感局势动荡，遂表示“如介石认为我南下于国事有益，可以随时就道”。
于是在1月21日，段祺瑞秘密离开天津，于翌日抵达南京浦口车站，抵达当日，蒋介石亲率所有少将级以上的军官到车站迎接，蒋介石更是一身戎装，见到段祺瑞即敬礼，因为早年间曾在段祺瑞主持的陆军军官学校就读，蒋介石对段祺瑞乃以师徒之礼相敬。24日，段祺瑞移居上海，住在法国租界霞飞路1487号军事参议院院长陈调元的公馆。1936年11月1日，段祺瑞胃病发作，于上海宏恩医院医治无效病逝，享年七十二岁。在弥留之际，段祺瑞留下亲笔遗嘱，向政府提出“八勿”：勿因我见而轻起政争；勿尚空谈而不顾实践；勿兴不急之务而浪用民财；勿信过激言行之说而自摇邦本；讲外交者，勿忘巩固国防；司教育者，勿忘保存国粹；治家者，勿弃国有之礼教；求学者，勿鹜时尚之纷华。3日，行政院决议给予国葬，于右任、张群、居正等要员亲往致哀，上海亦下半旗志哀。11日，灵柩运抵北平西山卧佛寺后殿。抗战爆发后埋葬于西郊白石桥附近，解放后移至北郊清河镇，后又于1963年秋移葬于北京西郊香山附近万安公墓，章士钊亲题墓碑。
段祺瑞主张“武力统一”乃是希冀以武力来完成国家统一，但可惜皖系的诸位武将都上不了台面，乃至于皖系只直皖一战就土崩瓦解。皖系的将领中，以徐树铮最为出色，其人虽然性格暴戾、恃才放旷，但确实是皖系中唯一可以独当一面的将才，尤其是戍边西北出征外蒙古，一时震惊中外，也算是皖系军阀中为数不多的“名将”。至徐树铮廊坊被杀，皖系中便再无真正可堪大用的将领。皖系将领中，靳云鹏、倪嗣冲、张敬尧、卢永祥、张怀芝、段芝贵都徒有骁将之名。
靳云鹏号称皖系“四大金刚”之首，就是飞扬跋扈的徐树铮有时也对他忌惮三分，但此人一生败多胜少，曾先后被蔡锷在五华山打得丢盔卸甲。下野之后，靳云鹏在1929年以延福堂名义向英国工部局购得租界内比道15号（今四川路2号）一处地方，建成一所庭院式洋楼，致力于开办实业。他先是与日本大仓系财阀合办胶东鲁大矿业公司，后又与人合伙在济南投资开设鲁丰纱厂，在济宁等地开办电灯公司、济宁面粉公司等企业。据估算，自1908年到1926年间，靳云鹏独家投资或合伙经营的企业多达20余家，拥有资产6500万元之多，这位在战场和政坛上并无太多建树的军阀，倒是在商场上春风得意。
1937年七七事变爆发，日本人曾邀请靳云鹏出山组织华北伪政权，靳云鹏与徐世昌密议“议和方案”，以承认“满洲国”为条件，换取日本撤出华北，维持七七事变前的旧有局面，日方遂取消与靳云鹏的合作。但是在1942年3月，日本人还是把他拉出来担任伪华北政务委员会咨议会议委员。靳云鹏晚年加入在英租界广东路（今唐山路）的洋行买办陈锡舟创办的佛教徒“居士林”，并劝导另一军阀孙传芳皈依佛门，陈锡舟去世后，他与孙传芳集资将东南角的李氏祠堂清修禅院扩建为新的“居士林”，并自任“林长”，再无心过问政治，专心诵经礼佛，于1951年1月病逝于天津。
安徽督军倪嗣冲是皖系的急先锋，不过这位“急先锋”其实从未冲锋陷阵过，每次都是声势很大动作很小。1919年以来，倪嗣冲的身体状况不太好，一直处于半休假状态，因此也没有参与直皖战争。直皖战争中他对直皖双方都虚与委蛇，但皖系战败后，他到底还是遭到直系排挤，最终丢掉了安徽督军的职务。离职以后，倪嗣冲就隐居天津，投资银行、纱厂、面粉厂、油漆公司等，还在英租界、日租界及河东、河西等区大肆置办房产，当时他的资产价值8000万元之多。1924年7月12日，倪嗣冲病逝于天津英租界的寓所内，据说是死于精神分裂症，享年五十七岁。8月9日，北洋政府下令追赠倪嗣冲为将军府“安武上将军”称号，并赏治丧费3000元，他也成为唯一被追赠为上将军的人。
吴光新则因为和段祺瑞的特殊关系而成为皖系的重要将领之一，他后期一度活跃于奉军中，但因为和段祺瑞的关系特殊，随同段祺瑞一起下野寓居天津。段祺瑞搬到上海，他亦跟随南下，1939年病逝于上海。卢永祥是皖系最后仅存的实力派之一，在段祺瑞临时执政期间，他曾借助奉系力量一度恢复皖系在南方的地盘，但是在1924年12月被孙传芳打败，后在南京组织宣抚军，并自兼江苏督军。1925年8月，卢永祥因受到奉系军阀排挤而辞职，此后便隐居天津，他在晚年曾出资帮助老家济阳修建水坝、学校、民刑看守所及印刷《济阳县志》等，于1933年病逝于天津。
傅良佐虽然也是“四大金刚”之一，不过他在湖南战败之后就很少露面，皖系衰败之后，傅良佐就跟靳云鹏一样开始参禅礼佛，1924年在天津病逝，后葬于北京西山。段芝贵，字香岩，是安徽合肥人，亦是皖系将领，早年曾因为拥护帝制复辟得到袁世凯赏识，在直皖战争中兵败后被通缉，匿居于天津。段祺瑞临时执政时给予特赦，1925年3月22日病逝于天津，享年五十六岁。田中玉，字蕴山，直隶临榆城西高建庄（今河北省秦皇岛市山海关区高建庄）人，亦是皖系军人，但是在直皖战争中坐视皖系兵败，此后投靠奉系却受到排挤，先后在天津、大连寓居，1935年7月病逝。张怀芝，字子志，山东省东阿县刘集镇皋上村（今属山东省聊城市）人，在直皖战争后投靠直系，在第二次直奉战争直系兵败后去职，回到天津投资工商业。1933年10月10日病逝于天津私邸，享年七十二岁，1933年11月21日归葬东阿县祖茔。
皖系的武将虽然不济，但其文人构成的智囊团却颇为出色，一度在北洋时代呼风唤雨，而其中最主要的就当数安福系和新交通系。安福系成立得很晚，却是皖系达到全盛时期的重要标志，新交通系也是在皖系壮大的过程中逐步靠拢过来的，这两个集团都不算是根正苗红的皖系力量，但却一手促成了“皖系帝国”。安福系中最主要的人物包括曾毓隽、王揖唐、李思浩、姚震、梁鸿志、王克敏等，而新交通系则是著名的“三驾马车”曹汝霖、陆宗舆、章宗祥。
曾毓隽是皖系“四大金刚”之一，由于他过于低调，很多学者都认为他不够资格位列“四大金刚”，如果说徐树铮是皖系的“魂”，那曾毓隽无疑就是皖系的“心脏”。安福系和新交通系的背后都有曾毓隽的身影，他早年就追随段祺瑞，是皖系的元老之一，与徐树铮堪称是段祺瑞幕中的“哼哈二将”，对段祺瑞更是忠心耿耿。皖系垮台之后，他随段祺瑞逃至天津，亦过上寓公的生活。1938年，皖系的梁鸿志组织日伪“维新政府”，邀请曾毓隽参加，曾毓隽随即逃往香港。并于同年6月到达重庆，随后出任国民政府赈济委员会委员，直到1941年。中华人民共和国成立后曾毓隽寓居北京。1956年应时任中央文史研究馆馆长的章士钊之约出任中央文史研究馆馆员，而后长期寄居在女儿曾和清、女婿黄大馥在天津的寓所内，于1967年11月病逝于天津河西区广东路荣华里25号楼下，享年九十二岁。
安福系的主要人物除了幕后主脑曾毓隽，便是台前的带头大哥王揖唐。不过，王揖唐的晚年生涯就谈不上多光荣了，在七七事变之后，他与梁鸿志、王克敏等投靠日本侵略军，还曾帮日本人游说过段祺瑞等北洋元老，与梁鸿志、王克敏并称为华北政务委员会“三巨头”汉奸。抗战胜利后，王揖唐、梁鸿志、王克敏被判汉奸罪，王克敏在狱中自杀，王揖唐和梁鸿志被处以枪决。姚震亦是安福系主要成员，并且是皖系元老，追随段祺瑞多年，皖系垮台后于1935年病逝。李思浩被称为皖系的“财神”，安福系主要成员，抗战时期被日军拘禁，后出任日伪四明银行董事长兼中国通商，并于1944年任伪上海市市政咨询委员会主任委员、《新闻报》社长，曾保释营救爱国人士，1949年任上海临时联合救济委员会副主任委员，于1968年1月28日去世。
而说到新交通系的“三驾马车”曹汝霖、陆宗舆和章宗祥，自然就要和五四运动说到一起。其实在抗战爆发之后，陆宗舆和章宗祥确实是沦为了汉奸，都曾在日伪政府中担任要职，而在五四运动中被指为汉奸的曹汝霖，却公开表示拒绝当汉奸，要以“晚节挽回前誉之失”，此后虽然被日本人强扣上官职，却从不到职，也未参与汉奸卖国行动，还在河北公园协同其子曹朴设收容所、粥厂照顾战争期间的难民。1949年先抵台湾，后经日本到美国，1966年8月4日病逝于底特律。