江浙战争是皖系将领的绝唱，一如皖系将领大部分的作战纪录一样耻辱。不过另一方面，直系也再次给人造成他们更能打的假象，作为第二次直奉战争的开幕序曲，江浙战争固然标志着皖系军队的覆灭，同时也是直系由盛转衰的转折点，作为“中国最强者”的吴佩孚也开始走向没落。在北洋系中，窃以为最能打的三个人是冯国璋、吴佩孚和后来的张少帅，当然，说这三位能打，也是因为时势造英雄。就北洋系来说，派系内部的战斗毕竟不是光鲜的事情，大家能不动刀就不动刀，再者双方大都有私交，玩命打也太伤和气。冯国璋的成名仗是镇压义和团和进攻革命党，吴佩孚是追剿湘军，张少帅则是和傅作义孤城对垒，反正打的都不是“自己人”。
就在江苏督军齐燮元与浙江督军卢永祥激战之际，奉系的张作霖发出通电谴责曹锟、吴佩孚，并以援助卢永祥为名，组织“镇威军”，自任总司令，兵出山海关，发动了第二次直奉战争。1924年9月17日，吴佩孚在四照堂点兵应战，与奉军在九门口激战二十余日。就在前方激战正酣时，回防北京的直系将领冯玉祥忽然宣布倒戈，吴佩孚只好扶海南下。最倒霉的要数直系的魁首曹锟，好不容易媳妇熬成婆当上总统，结果还没有把总统府的椅子焐热，奉系军队就进了北京城。11月3日，“贿选总统”曹锟宣布辞职，而后被软禁起来。
在北京政变以后，先是由冯玉祥的亲信黄郛成立了摄政内阁，这个内阁其实是孙中山、张作霖、冯玉祥三方联合的内阁。但是，入关的张作霖在打败吴佩孚以后，已然是一家独大，他自然不会把冯玉祥放在眼里。张作霖和冯玉祥虽然击败吴佩孚、占据北京、软禁曹锟，但其他地区却依然为北洋系其他军阀把控，以张作霖和冯玉祥二人之力自不足以镇住这些军人。加之张作霖南下，本就私下先与孙中山、段祺瑞订立盟约，国民党在南方呼应，卢永祥在上海牵制东南直系军阀，张作霖才敢入关迎战吴佩孚。如今考虑到盟友关系，考虑到北洋系的关系，张作霖自然倾向于将段祺瑞请出来，但冯玉祥却不情愿。
北京政局突变，南方的北洋系军阀自然感到震惊，此时黄郛的摄政内阁任命胡景翼为河南督军，孙岳为河南省长，命令两部军队沿京汉铁路南下，以监控长江上游，长江各省军阀只得抓紧时间回应。11月10日，江苏、湖北、浙江、陕西、福建、江西、安徽和河南八省及海军方面重要人物在南京开会，最终决定以江苏督军齐燮元、湖北督军萧耀南和福建督军孙传芳领衔联名通电，邀请段祺瑞出山统领全局。17日，张作霖抵达天津，随即电邀冯玉祥到天津与段祺瑞见面。段祺瑞、张作霖和冯玉祥遂在天津会晤，经过商讨决定拥护段祺瑞到北京主持政务，并承诺给予段祺瑞绝对权力。为了表明态度，张作霖主张以卢永祥率领奉军张宗昌、吴光新两部沿津浦铁路南下，攻取南京，并以卢永祥为苏浙巡阅使，张宗昌为江苏督军，吴光新为浙江或安徽督军；同时认同冯玉祥的国民军由京汉路南下向河南、湖北发展。同日，兵败后抵达汉口的吴佩孚通电组织黄河上游及长江各省建立护宪军政府，也在一定程度上促成了段祺瑞早日入京。
21日，段祺瑞发表通电，宣布了就任临时执政后的大政方针，表示“此次暂膺艰巨，实欲本良心之主张，冀为彻底之改革，谨宣肝膈，期喻微衷”，并于23日乘专车抵达北京，冯玉祥和黄郛亲自到车站迎接。24日，段祺瑞在陆军部大礼堂宣誓就任中华民国临时执政，并公布中华民国临时执政府制六条：一、中华民国临时政府以临时执政总揽军民政务，统率海陆军。二、临时执政对于外国为中华民国之代表。三、临时政府设置国务员，赞襄临时执政处理国务，临时政府之命令及关于国务之文书，由国务员副署。四、临时执政命国务员分掌外交、内务、财政、陆军、海军、司法、教育、农商、交通各部。五、临时执政召集国务员开国务会议。六、本制自公布之日施行，俟正式政府成立，即行废止。同时，以龚心湛为内务总长，李思浩为财政总长，唐绍仪为外交总长，吴光新为陆军总长，林建章为海军总长，章士钊为司法总长，王九龄为教育总长，叶恭绰为交通总长，杨庶堪为农商总长。
就是在同一天，张作霖也回到北京，随张作霖入京的就是浩浩荡荡的奉系部队，奉系部队入京之后，就向国民军施压，使其尽快让出北京、保定、宣化等防地，使得国民军将领愤愤难平。30日晚，胡景翼和孙岳专门到冯玉祥府上陈述国民军防区已被奉军胁迫让出的情形，认为奉军对国民军已经构成威胁。三人的会面极为隐蔽，还是被张作霖察觉，张作霖遂于12月2日率奉军全部撤出北京，未及向段祺瑞辞职，就火速乘火车南下天津。张作霖离开以后，冯玉祥也提出辞职，随后便去西山休养，但其所帅军队依然留在北京城内。因为临时执政府的定位是过渡性组织，所以未设总理内阁，实行民主集中制，同时以未参加贿选曹锟的国会议员组成国会之非常会议。在就任执政后，段祺瑞决定召开善后会议，并分别致电孙中山、黎元洪、唐绍仪、章炳麟、岑春煊、王士珍等。
在击败吴佩孚、软禁曹锟之后，段祺瑞、冯玉祥和张作霖便先后发电邀请孙中山北上。孙中山随即复电段祺瑞，表示“拟即日北上，与诸兄晤商”，但孙中山离开广州之后，是经由日本才又转抵上海，又自上海北上，于1924年12月4日抵达天津大沽口，而此时的北京早已风云变色，张作霖避居天津，冯玉祥闲居西山，二人已经是面和心不和。只有段祺瑞率国民军一、二、三军代表及各团体代表亲自到大沽口码头登船恭迎孙中山，到场欢迎的社会各界人士多达两万余人。孙中山随后下榻日租界张园行馆，并在张园会晤张作霖。因为长途旅行和多年辛劳，加上南北气候差异，孙中山抵达天津后不久就患上了感冒，肝病亦因此发作。
孙中山卧病之际，奉系的张作霖却在思考着如何解决长江问题，直系的主要力量不外乎曹锟、吴佩孚和长江三督，如今击败了曹锟和吴佩孚，自然就要对长江三督下手，免留后患。7日，张作霖召集卢永祥、吴光新及奉军将领在天津开会，卢永祥和吴光新都在江浙战争期间吃了长江三督的亏，与长江三督结着宿怨，张作霖不愿让嫡系部队跋涉千里南下征战，而皖系此时再度登台又迫切需要地盘，张作霖自然乐意卖这个人情。经过商讨，天津会议最终商定请段祺瑞执政下令免除齐燮元的职务，如果齐燮元反抗，则调拨六万奉军南下征讨。段祺瑞遂于11日发布命令免去齐燮元江苏督军一职，以江苏省长韩国钧暂兼督办江苏军务善后事宜，又特派卢永祥为苏皖宣抚使，由李景林暂署直隶督办，另调热河都统米振标入京供职，由阚朝玺署理热河。
时人都知道孙中山是手创民国的伟人，因此对他都寄予厚望，而孙中山抵达天津后不久，即与段祺瑞产生了分歧。孙中山主张国家至上、民族至上，要求废除不平等条约，而段祺瑞则愿意尊重列强的既得利益以换取列强对中国新政府的承认，并在执政府成立后三个月内召集善后会议，三个月内召集国民代表会议，二人终因政见不合而关系紧张。18日，孙中山的肝病加重，于是进京调养。其时孙中山虽然重病在身，但北京民众获悉后依然为之一振，三十余万人到前门车站迎接孙中山一行，北京政府全体阁员、各大专学校校长、各团体代表、各机关首长亦亲抵车站。
讲到这里，便有人会忽然生出疑惑，既然段祺瑞已经到了北京，那位与他“焦不离孟、孟不离焦”的徐树铮呢？前面已经讲到，江浙战争后期小徐本欲代卢永祥帷幄浙沪之战，结果被公共租界工部局先隔离后送离。离开上海的徐树铮自知在国内已无容身之所，即远渡重洋举家搬迁到了巴黎的凯旋门附近，准备在欧洲长期居住。段祺瑞临时执政以后，自然忘不掉自己的心腹，但是徐树铮毕竟曾杀掉冯玉祥的舅舅陆建章，此时若是请徐树铮回国，无疑是羊入虎口，于是就给了徐树铮一个“考察欧洲各国实业专使”的职务，但徐树铮对实业不感兴趣，遂又于1925年1月4日改任命为“考察日本各国政治专使”。
徐树铮之于段祺瑞，本是一朝也离不得的，但此时段祺瑞却苦于应付张作霖和冯玉祥这两大势力，不得不委曲求全，可知彼时皖系的处境是多么艰难。张作霖有意成全皖系的卢永祥和吴光新南下，段祺瑞自然也懂得投桃报李，任命李景林为直隶督办军务，同时任命张作霖为东北边防督办兼垦务督办。张作霖感到心满意足，于是在11日率部返回奉天。既然给了张作霖好处，自然也要一碗水端平地对待冯玉祥，于是段祺瑞又任命冯玉祥部的张之江为察哈尔都统，李鸣钟为绥远都统，更派冯玉祥为西北边防督办，允许鹿钟麟部继续驻扎在北京，任命孙岳为豫陕甘剿匪总司令，并默许其部仍然驻扎在直隶境内。冯玉祥对这些安排大体感到满意，于是在13日宣布销假，随即赶赴西北巡视。临时执政的命令下达到江苏之时，齐燮元在江苏已待不下去了，正好借机离职去上海。齐燮元离开以后，浙军将领陈乐山宣称是奉了执政府秘书厅的密令，复任第四师师长，并将原师长夏兆麟驱逐到杭州。福建督军孙传芳觉得陈乐山事出突然，于是通电斥责陈乐山，说他假借名义，祸乱地方，表示将出兵讨伐。北京政府乃电令孙传芳、陈乐山停职，等候中央交接，并接受孙传芳的要求，委任孟昭月为宁台镇守使。但孙传芳并未理会北京方面的电报，率部攻入松江，陈乐山逃走，所部向上海溃退，而此时卢永祥业已率领奉军南下，孙传芳急忙致电段祺瑞反对奉军南下。
在江浙战争结束以后，上海就形成了两派势力，宫邦铎控制南市，张允明控制北市。齐燮元抵达上海之后，就开始对宫邦铎施加压力，无奈之下，宫邦铎只好致电段祺瑞和卢永祥辞去淞沪护军使职，这样一来，齐燮元就掌握了宫邦铎的第六师和第十九师，他随后联络孙传芳联手对付张允明，张允明部被打散，他本人也逃入租界。齐燮元即自称淞沪联军第一路总司令，孙传芳称第二路总司令，宣布占领上海，拒绝奉军南下。1925年1月12日，段祺瑞责成卢永祥会同苏军总指挥秦洸迅速戡定上海事变，同时电令安徽军务善后督办王揖唐就近派兵协助卢永祥。
卢永祥在南京组织宣抚军，以奉军军长张宗昌为宣抚军总司令兼第一路军总指挥，参谋长臧致平兼第二路军总指挥，军务帮办陈调元兼第三路军总指挥，江苏全省水陆警备司令冷遹为戒严总司令。但苏军总指挥秦洸却在苏州遭到当地驻军攻击，齐燮元部得以通过苏州与驻常州、镇江的旧部会合。14日，孙传芳、齐燮元联名发表通电，愿意撤掉上海境内所有驻军，并废除护军使及镇守使名目，兵工厂亦择日迁往异地。其时齐燮元、孙传芳已经占尽优势，而且废督一事又得到舆论支持，段祺瑞只好发出责令，而卢永祥和张宗昌暂时按兵不动。
偏在此时，北京又出了一件大事，3月12日，革命伟人孙中山先生在北京病逝，消息传出，震惊中外。执政府内务部开会决议对孙中山先生予以国葬，全国各机关下半旗三日志哀，北京公使团亦下半旗志哀。15日，孙中山先生遗体在协和医院施以防腐手术后举行大殓，各界人士纷纷前往吊唁。19日，孙中山灵柩移至中央公园社稷坛，沿途民众及青年护灵致哀者约计12万人，均步行送灵榇至中央公园内社稷坛安放。4月2日，孙中山灵柩安置于北京西山碧云寺。孙中山先生去世，当时海内外各界人士纷纷致挽联寄托哀思，段祺瑞不仅亲自到灵堂吊唁，而且自撰挽联：
共和告成，溯厥本源，首功自来推人世；革命而往，无间终始，大年不假问苍天。
不过，在当时的挽联中，却以皖系另一位头面人物徐树铮的最为出彩，彼时小徐正在欧洲考察，获悉孙中山先生病逝，自撰挽联一副，以电报形式发至北京：
百年之政，孰若民先？曷居乎一言而兴、一言而丧；十稔以还，使无公在，正不知几人称帝、几人称王。
徐树铮的这副挽联，上句典出《论语》，下句典出曹操的《让县自明本志令》，区区数十字，将孙中山一生的功绩尽数概括。黄埔出身的报人周游在《扪虱谈》里记录道：“中山先生之丧，全民哀悼，举国偃旗，挽词之多，莫可纪极，而当时竟共推徐氏此联为第一。余曾分别询诸李协和、胡展堂、汪精卫、张溥泉诸先生：何以国民党内文人学者盛极一时，而竟无一联能道出孙先生心事，以堪与徐氏抗衡者？所得答复，虽各不相同，但一致认定：徐之才气，横揽一世，远不可及。”
其实徐树铮与孙中山是颇有一些惺惺相惜的，虽然所持政见、所处阵营不同，但二人于国事上颇有共鸣之处，尤其是面对外强侵犯时，都有抵寇驱侮的豪情。当年徐树铮戍边西北，率兵收复外蒙古，孙中山闻讯致电表扬小徐，“功实过于傅介子、陈汤，公论自不可没”，将之功绩与傅介子、陈汤相提并论。1922年第一次直奉战争之前，为了完成孙中山、段祺瑞、张作霖反直联盟的正式结盟，徐树铮代表段祺瑞前往广西会晤孙中山。孙中山与徐树铮的这次桂林会晤，据说十分融洽，《徐树铮年谱》中就记载，“先生（徐树铮）这一次从桂林回来，对中山先生十分倾倒。尤其佩服中山先生谈到国际形势和国际地理时之如数家珍，常常向人述说。听说中山先生对于先生也非常赏识，曾有留他作参谋长之说”。由此可见，孙中山与徐树铮二人见面，颇有相见恨晚之意，而根据其他历史资料，孙象震、吴忠信也予以证实，在桂林会晤期间，孙中山对徐树铮着实器重，有将之留在国民党内之意。须知徐树铮毕生之所求，就是“武力统一”，而孙中山先生一生为革命奔波，几经辗转，亦悟出了依靠军阀和谈判难以完成国家统一、驱逐列强的理想，二人此际相见，虽于政见上尚有诸多摩擦，但在救国图强一面却有着极大的契合。再者二人此时所处的阵营也有着共同的敌人直系，所以相见之后的谈话就更容易，换成当年孙中山先生护法讨段，而徐树铮主宰安福国会的时候，二人见面只怕不会这么和气。