北洋系诸将因为袁克定与袁世凯交恶，直系、奉系因为徐树铮与段祺瑞交恶，到了直系和奉系争夺权力的时候，这个导致双方交恶的人就变成了吴佩孚。吴佩孚当时驻兵中原，大有横扫天下之势，张作霖的奉系想要南下，自必要经过中原，吴佩孚又是曹锟麾下第一猛将，因此张作霖对吴佩孚是既妒又恨。随着直奉之间的裂隙越来越大，双方的战争更是不可避免，而张作霖首先要面对的对手就是这位被美国《时代》周刊称为“中国最强者”的常胜将军。此时段祺瑞隐居团河，靳云鹏闭门天津，徐树铮和卢永祥成为最活跃的皖系人物，对他们来说，直奉开战亦是皖系再度崛起的大好时机。
1922年，直系与奉系的关系恶化，奉系将矛头直指吴佩孚，而曹锟的左右似乎也有同感。虽然曹锟本人也疑心吴佩孚，但曹锟有个好处，就是在大问题上都信赖并尊重吴佩孚，也正因为如此，吴佩孚虽然手握重兵但却始终忠于直系，外间传言虽众，吴佩孚却始终没有自立门户成立所谓的“鲁系”。奉系当时的兵力比吴佩孚部多，但张作霖还是忌惮吴佩孚，于是一边调兵遣将，一边派人南下联络孙中山和卢永祥。此时的西南系已经发生剧变，桂系与滇系俱垮台，孙中山在广东组建北伐军。皖系方面，虽然段祺瑞隐居团河，但皖系力量并未完全消失，徐树铮和卢永祥就把上海、浙江经营得有声有色。从3月底到4月初，奉军以护卫京畿为名，不断涌入关内，但此时的反直联盟却出现了问题。粤军将领陈炯明反对孙中山北伐，被免去广东省长、粤军总司令及内务总长职务，陈炯明退回惠州之后，就开始暗地指挥抵制北伐的运动，使得孙中山的北伐军无法如期开拔，不能按照原计划北伐。另外，北洋海军总司令蒋拯在上海宣布亲直反奉，搞得上海的卢永祥也不敢轻易调动大本营的部队，所谓的反直联盟只剩下奉系孤军作战。随后曹锟的态度也发生转变，对奉系愈发强硬，4月29日，直奉战争正式爆发，吴佩孚将12万人的奉军打得只剩2万余人逃出山海关，取得第一次直奉战争的胜利。
奉系战败之后，皖系除卢永祥外的另一股势力福建督军李厚基投向了直系，在得到吴佩孚支持以后，李厚基随即解除手下皖系将领臧致平的第二师师长兼职，命臧致平专任汀漳镇守使，臧致平愤而离开广东转赴上海。李厚基随后又电请北京政府将手下的另一名皖系将领王永泉调离，从而重新抓住福建的军政大权。徐树铮先后写信给吴佩孚和李厚基，劝其拥戴孙中山和段祺瑞共谋统一，吴佩孚断然拒绝，而李厚基则不予理会。但李厚基忘了的是，吴佩孚远在中原，既无心与南方联手，也无法干涉福建。10月2日，徐树铮携带80万元的运动费，并协同曾在王永泉军中任旅长的尹同愈、曾任团长的齐暗农和孙象震，以及曾任营长的汪某，由浙江偷越仙霞岭潜至延平王永泉军中，随即掌握王永泉、许崇智部，于当日宣布设立“建国军政制置府”，自称总领建国军政府制置事宜，宣誓“以至诚至敬，尊奉合肥段上将军祺瑞、中山孙先生文为领导国家根本人，何日见此二老共践尊位，发号施令，树铮即当束身司败，俾听质讯”。
在设立建国军政制置府之后，徐树铮于3日电劝李厚基离闽，王永泉、许崇智部在当天决定联合进攻福州。12日，李厚基部节节败退，李厚基只好先跑到台湾银行，旋即逃上海军军舰，却被海军萨镇冰软禁在马尾海容军舰上。17日，徐树铮、许崇智、王永泉亲抵福州，徐树铮遂以“制置府”总领的名义，任命王永泉为“福建总抚”，并任命王永泉、许崇智、臧致平、李福林、黄大伟为建国军第一至第五军军长。但王永泉、许崇智、李福林却不再愿意接受徐树铮的安排，而是自28日起改称“讨贼军”。24日，北京政府下令讨伐徐树铮，任命李厚基、萨镇冰为讨逆军总司令和副总司令，高全忠为总指挥，但这个命令等于一纸空文，因为讨逆军总司令李厚基此时正被副总司令软禁着，而副总司令萨镇冰却和徐树铮在福州和平共处。30日，讨贼军选举福建籍的国民党人、广州国会议长林森为福建省长，王永泉遂于当日取消“总抚”名义及建国军名义，改称福建总司令，将所部改编为福建第一军，自任军长。此时福建省内几乎已经成为国民党部队所管辖。
11月1日，徐树铮通电主张迎接段祺瑞到上海与孙中山见面，并召开联省会议，商讨组织政府和出兵讨直事宜。段祺瑞随即派王郅隆入闽，不过段祺瑞并非是要到上海会晤孙中山，而是要徐树铮取消制置府，尽快离开福州。王永泉不愿徐树铮在自己身边指手画脚，而国民党方面的许崇智等则认为这是皖系内部问题不便参与，徐树铮只好黯然离开福州，乘轮船回到上海。在徐树铮策划福州易帜时，曾有不少皖系旧人奔赴福州，投至徐树铮麾下，但上海的卢永祥却不为所动，这位老谋深算的皖系将领深知徐树铮的政府不会长久，所以并未盲目相从。等到徐树铮失魂落魄地回到上海，皖系旧人们又纷纷涌回到卢永祥的身边，此时他们才发现，此前看似无比强大的皖系帝国，如今只剩下卢永祥这一棵可以依靠的树木了。
大总统这个位置，委实让曹锟眼馋，早在段祺瑞主权的时候，就曾经用一个副总统的位置把他搞得茶饭不思，如今打败了皖系、奉系，该是直系当国的时候，他自然不能放弃过一把总统瘾的机会。1923年6月，曹锟不顾直系支柱吴佩孚的反对，毅然以每张选票5000元的价格大肆贿赂议员，最终如愿以偿地当上了中华民国大总统，同时也成为后世人津津乐道的“贿选总统”。曹锟就任总统之后，激起全国各地的反对，同时也造成了直系的分裂，吴佩孚最终和曹锟分道扬镳，也为第二次直奉战争的结果埋下伏笔。
6月27日，卢永祥在上海通电反对曹锟贿选，各地反直代表云集杭州，上海和杭州一时之间成了反直系运动的中心，于是，关于直系将对上海和浙江用武的传闻甚嚣尘上。7月，又有传言说山东督军田中玉将去职，直系的王承斌将继任，与江苏的齐燮元联合压制东南。8月，直系将对卢永祥用兵的传闻来得更为猛烈，甚至有传言说在其间召开的保定会议上直系已经制订了计划。卢永祥自感形势危急，乃派王宾防守嘉湖，夏兆麟防守严衢，郝国玺防守温州，胡大犹防守金华，张伯政守宁波海口，何丰林坐镇上海，以随时应对直系的进攻。直皖战争随时都有可能爆发，英、美、法、日四国公使遂对北京政府提出严重警告，“将来中国政府或该省长官如保护不周，对于损失应担负全责，且将于保护不周时，以适当手段自卫”。16日，江苏、浙江两省绅商在直皖之间积极斡旋，最终获得两系当局在和平公约上签字盖章，并由上海各报刊出。但此时所谓的和平公约已经毫无制约效用，双方都已经进入备战阶段，直系的江苏方面增兵宜兴、昆山，安徽方面增兵广德，而皖系则增兵嘉湖。
9月，南下的国会议员在上海召开反直会议，卢永祥感到直系来势汹汹，如果不先动手，恐怕就会陷于被动。但安徽和浙江两省绅商仍然在为和平奔走，终于又签订了皖浙和平公约，随后，江西人吴绮从北京南下，在浙江商会的帮助下又与浙江当局签订和平公约。但是在10月10日，曹锟正式就任总统之后，浙江随即宣布与北京政府停止公文往还，等于是公然和直系翻脸。11月10日，淞沪警察厅长徐国梁遇刺身亡，凶手李达生于翌日被捕获，皖系借此事攻击直系，直系亦借此攻击皖系，双方为此争执不下。
直系与皖系的恩怨，上海亦是一个引爆点，直系既然已经当国，却无法控制这样一座标志中国金融中心的国际化大都市，自然是心不甘情不愿。而就在徐国梁遇刺前，各省和平代表本来邀请卢永祥和齐燮元到上海会晤，但因为徐国梁死后，直皖双方对案件元凶及继任人选问题争执不下，导致此次会晤流产。到此，事情也变得更为复杂，有关战争的谣言四起，双方再次陷入剑拔弩张的地步。
偏偏就在这样的紧急关头，在福建的臧致平和杨化昭被周荫人驱逐，二人带着所部军队假道江西进入浙江，接受卢永祥的收编成为浙江边防军。这样一来，江苏、安徽、江西和福建就联合到了一起，决定一起向上海和浙江用兵。从1924年开始，东南一带的战争阴云便久聚不散，直系的四省督军来往频繁，似乎已经做好了随时对浙沪用兵的准备。8月，齐燮元电召徐州镇守使陈调元、海州镇守使白宝山到南京，在军署召开军事会议，同时，原驻南京丁家桥及三牌楼的第四旅，奉令开往太湖驻防，南京城内则从鲁徐一带招来新兵1500人日夜训练。然后，齐燮元自任为总司令，总司令部设在苏州，将苏军全部编为八支队，以吴恒瓒统率先锋队，宫邦铎、卢原书、李殿臣、黄振魁、朱熙、杨春普、白宝山、马玉仁为各路支队司令。陈调元在南京为各路接应，吴鸿昌为徐属守备司令兼代徐海镇守使，齐宝善为扬属守备司令，王健飞代理江宁镇守使，王桂林为卫戍司令，维持省城治安，席荣为总执法处长，刘玉珂为总参谋长。总兵站司令部设于南京下关澄平码头，刘同春为总兵站司令。什么和平公约，此时早就被这些手握枪杆子的军阀撕了个粉碎，以为战争像做买卖的绅商们急忙收拾细软逃往外省。1924年9月3日，江浙战争正式打响，后人又将这场仗称为“齐卢之战”。
纵观江浙战争，齐燮元能够取得胜利原因主要有三点。首先，就是人员枪械占有优势。如果是卢永祥携上海、浙江对抗齐燮元的江苏，那卢永祥稳操胜券。但是，卢永祥当时代表的是已经没落的皖系，而齐燮元背后则是如日中天的直系，齐燮元联合安徽、江西、福建组成了对卢永祥的包围圈，而卢永祥的盟友张作霖和孙中山，一个在东北，一个在广东，根本就是“远水解不了近渴”。卢永祥虽然收编了臧致平和杨化昭的部队，但兵力毕竟有限，不足以对抗直系，至于海军和空军与直系的差距更是不言而喻。其次，就是参战人员的军事素质问题。卢永祥这位仁兄，主要是资历够老，纵观他的征战史，除了镇压滦州起义和“二次革命”，似乎没有什么拿得出手的履历，在此就不多费笔墨；齐燮元在这方面跟卢永祥算是半斤八两，而直系将领除去吴佩孚也没有什么拿得出手的，这一点直皖双方倒是平分秋色。
不过在最重要的第三点上，卢永祥就被齐燮元远远甩开了。在民国，最有用的军事用语不是什么“上兵伐谋”，而是“形势比人强”。民国打仗，最重要的是跟对了人、站对了队，皖系当国的时候，酒囊饭袋如张敬尧辈也能打胜仗，皖系没落的时候，收复外蒙古的徐树铮也只能败走麦城，因为民国的军人大都是靠着站队爬上来的，除了少数的几个风云人物，大部分都是随风倒的墙头草。卢永祥和齐燮元还未开战，卢永祥的失败就已经注定，彼时的直系正在巅峰期，吴佩孚更是被誉为“中国最强者”，墙头草们自然跟着强者走，于是，江浙战争中最著名的“三根草”出现了，他们分别是夏超、张国威和孙传芳。夏超时任浙江省警务处长，统率着10800人的武装警察队伍；张国威则是浙江第二师炮兵团长，江浙之战时守卫着浙江和福建之间的险要仙霞岭；孙传芳时任福建军务督理，不过在江浙战争爆发时，这位直系将领却在仙霞岭观望着。就是这三位仁兄，在关键时刻改变了胜负的天平，夏超在后院放火，张国威则是打开了后院的门，孙传芳瞅准形势，直接从后院杀进了前院。
所以，在开战之初，卢永祥是占据上风的，因为那段时间是他和齐燮元真正在打，其他大部分人都站在旁边看风向。后来，张国威把仙霞岭的后门打开了，福建督军孙传芳一看有这等好处就不打白不打，干脆就占了衢州。后院着火，卢永祥急忙于9月18日率部离开杭州，一意坚守上海。卢永祥这一撤，等于是告诉那些观望者跟着谁能有肉吃，于是乎，本来观望的人们群起而攻之，卢永祥彻底没有戏唱了。到10月初，战事急转直下，卢永祥被迫于12日通电下野，仓皇弃军而去。
按说到这时候江浙战争就已经宣告结束了，不过又出现了一段小插曲。卢永祥身上有着皖系将领的通病，那就是看风头不对就开溜，其实眼前的情形根本还不到土崩瓦解的时候，当时齐燮元和孙传芳虽然占据松江、青浦、嘉定，但黄渡、南翔、浏河、吴淞尚在皖系部队的手里，而且包括第四师、第十师、第六混成旅及臧致平、杨化昭之军队编制依然完整，粗略算起来还有不下三万人，而且军械齐备、子弹充实。卢永祥跑掉以后，这三万人不知道该怎么办，只好退往闸北南市一带。当时还有一位皖系的重量级人物在上海，那就是被直系通缉的徐树铮，皖系的人随即推徐树铮出山，指挥卢永祥部剩下的三万人。徐树铮于是下令第三十七团、第三十九团和臧致平、杨化昭之军队由北火车站开至麦根路潭子湾一带布防，共设三道防线：第一道距真如约三里，第二道距闸北约三里，第三道在闸北。
不过，当时徐树铮发号施令的地方是在公共租界的南洋路，相当于是在洋人的地盘上指挥作战，外国人自然不愿意，公共租界工部局以维持租界治安为名，派巡捕把徐树铮软禁在了家里，和外界完全隔绝，在20日把他送离上海。这一次，皖系军队才真正到群龙无首的地步，所以干脆放下武器投降，而此时的卢永祥早已经坐船抵达日本。江浙战争的结束，标志着皖系力量彻底瓦解，至此，皖系控制的军队要么覆灭要么被直系收编，皖系将领要么垮台要么就投向直系、奉系或是南方的国民党，皖系的正文大戏唱到了结尾处，剩下的不过是一些让人回味的余韵。