因为民初的一番经历，使得北洋系素来不太看重南方的革命力量，而此时冯玉祥部又撤出北京城，直奉联手取得重大胜利。但是在掌握京畿的事情上，双方却陷入矛盾。不过，此时执掌直系和奉系的两位大佬，不再是以前的情势，所谓“吃一堑长一智”，在结束所有军事行动之前，双方的来往都颇为客气。张作霖同意直系卫戍京畿，吴佩孚就同意奉系节制各军；张作霖同意颜惠庆组阁，吴佩孚就同意另选总理摄政。张作霖和吴佩孚可以说是步步小心、处处谨慎，也正是如此，再也难以见到当年直系和奉系纵横捭阖的风范，旧军阀时代走向了暮年。
孙传芳对北京的表态是非常重要的，当时除张作霖和吴佩孚之外，南北方各有一股新生力量，南方是孙传芳，北方是阎锡山。阎锡山是一个“土财主”，自袁世凯时期开始，就蜗居在山西，以出身而言，和北洋嫡系相距甚远，算是北洋系统的边缘派。孙传芳则是地地道道的北洋系出身，跟随直系军阀王占元多年，所以算是直系军阀中的新兴力量。孙传芳倾向于吴佩孚，希望直系方面的力量迅速强大，张作霖自然不想在南方国民党北伐、北方冯玉祥部未灭的前提下与直系撕破脸，于是派长子张学良在1926年5月3日由奉天赴北京，疏通直奉的紧张关系。
4日，王士珍、赵尔巽等宴请奉系的张宗昌、张学良和直系的齐燮元并交换政见，最终决定：一、北京政府不能无人主政，遂暂时赞同由颜惠庆组阁。二、颜惠庆复职之后就要召开会议，选出新总理代替颜惠庆摄政。三、至于宪法和国会问题，需要等到所有军事行动结束之后再进行公开讨论。三项事宜商定之后，即致电张作霖、吴佩孚、孙传芳、阎锡山等征求意见。6日，张作霖致电吴佩孚，语气和缓，使直奉之间的矛盾出现转机，“此事悉请我兄，放手进行，但于国家民生有益，弟毫无成见”，吴佩孚随即复电张作霖，表示“现中枢久悬，浮言百出，危险殊深，既承嘱放手进行，即当勉副尊意，转达骏人，请其即日摄政，以期法轨恢复，国本克定”。
有了张作霖的复电，吴佩孚就踏实多了，于8日致电在京的齐燮元，让他尽快催促颜惠庆组阁。得到吴佩孚的电报之后，齐燮元即约颜惠庆、顾维钧、王怀庆、潘复等与张宗昌、张学良会晤，商定推举颜惠庆组阁。同日，叶开鑫进入长沙，并委任王隆中为湖南招抚使以收编唐生智的部队。湘军随后推举赵恒惕为总司令，何耀祖为总指挥，在赵恒惕未回归湖南之前暂由叶开鑫代理，何耀祖遂以护湘军的名义致电赵恒惕，表示唐生智造成湖南内乱，唯有赵恒惕回到湖南主持，否则很难平定叛乱。
9日，颜惠庆决定阁员名单，内务总长郑谦、财政总长顾维钧、陆军总长张景惠、农商总长杨文恺、海军总长杜锡珪、司法总长张国淦、交通总长张志潭，外交总长施肇基，在施肇基未到职前则由颜惠庆自兼。至于北京城里的几项“肥差”，颜惠庆也是极力做到平衡直奉双方的利益，烟酒署交由直系的张英华督办，税务署和盐务署则委任奉系的人。11日，王怀庆将总统印信交给颜惠庆，颜氏遂于13日下午3时在北京怀仁堂宣布依法摄政。但是在颜惠庆摄政之后，却有很多烦心事，譬如内阁名单虽然出炉，但却并没有几个阁员前来报到。
为了平衡直奉之间，尤其是张作霖、吴佩孚、孙传芳、张宗昌这几个巨头之间的关系，颜惠庆在选择内阁阁员时煞费苦心。但是在阁员选出之后，直奉两系对颜惠庆内阁的态度不一，尤其是奉系的张作霖态度极为冷淡，是故倾向奉系的几位阁员都不敢太过积极。在颜惠庆宣布摄政之后，吴佩孚于16日发来贺电，“摄政内阁成立，宏济艰难，仰佩无已。当躬率将士，恪守成规，用弼盛治，以利邦家”。孙传芳随后亦发来贺电，“当外内交迫之会，正贤达肆应之时，凡事主持公道，公开作去，前途荆棘当可又安”，而张作霖方面却依旧保持观望态度。
18日，吴佩孚致电张作霖，请张作霖尽快让奉系方面的张景惠就任陆军总长、郑谦就任内务总长。表面上看，吴佩孚是电请张作霖促其二人尽快入京任职，其实就是跟张作霖说，老哥，你有啥不满意的，尽管说吧！张作霖也知道这些事情一句话两句话说不清楚，因此复电吴佩孚，“历次政变，均系政客从中播弄，傀儡武人。东电即系揭破鬼蜮伎俩，素仰质直，如湘事略定，即请北上，见面一谈，诸事无不可以解决也”，北洋系军阀素来钩心斗角、尔虞我诈，但张作霖发给吴佩孚的这封电报，却说得极为坦诚。
此时湖南战事渐趋平稳，叶开鑫业已控制长沙，既然张作霖坦率邀约，吴佩孚亦觉得有必要入京一行。于是，吴佩孚电请直系将领王怀庆在北京为其准备行辕，而行辕则选择在第二次直奉战争时吴佩孚的“伤心地”四照堂。吴佩孚即准备北上，张作霖也准备同时入京，他电命亲信王琦为其准备行辕，张作霖将自己的行辕设于顺承王府。直奉两系的两大巨头既然决定入京，部分阁员也即就任，顾维钧、杨文恺、杜锡珪、张志潭均表示可以就职，其中，杜锡珪、杨文恺、张志潭致电颜氏表示在22日赴京。
其实就在吴佩孚和张作霖准备在北京会晤之际，广州的国民政府已经做出了提前进行北伐的决议，率先进入湖南的国民革命军第七军胡宗铎旅尹承纲团被叶开鑫部击败，吴佩孚便放心北上。当时国民革命军的大部队尚未开入湖南，湘军与唐生智的交火不过是序幕。就在吴佩孚出发北上之际，叶挺独立团和国民革命军第七军钟祖培旅抵达衡阳，此时，北伐军的大部分才慢慢开入湖南。
1926年5月26日，吴佩孚偕同张其锽、杨云史等北上，以刘玉春率卫队随从左右，以杜锡珪为留守司令。27日，吴佩孚一行人抵达郑州，28日早晨抵达开封，当晚又赶赴洛阳阅兵，后又于30日回到郑州，之后即北上与阎锡山在石家庄会晤。在北上时，冯玉祥部对山西大同展开猛攻，阎锡山遂致电吴佩孚求援，吴佩孚就命令麾下大将靳云鹗驰援山西。哪知道吴佩孚的命令下达之后，驻扎在保定的靳云鹗按兵不动。31日，吴佩孚抵达石家庄之后，便与阎锡山、田维勤、王为蔚、王维城召开军事会议，并以“逗留保定，顿兵不进，虚糜饷糈，贻误戎机”之名辞去了靳云鹗讨贼联军副司令、第一军总司令、河南省省长和第十四师师长等职，另委派靳云鹗去督理陕西。
31日晚，吴佩孚偕同田维勤、米振标、王维城、王为蔚乘坐专车抵达保定，前一天刚被免职的靳云鹗亲自到车站恭候吴佩孚一行人，随后抵达光园。当晚吴佩孚与靳云鹗秉烛夜谈，靳云鹗直陈自己之所以“按兵不动”，并非是意在组建什么“新直系”，而是反对联奉讨冯，更倾向于联冯讨奉。但吴佩孚已经决意联奉，靳云鹗只好选择交出职权，到鸡公山的“颐庐”去颐养天年。吴佩孚于是任命齐燮元兼任第六军总司令，留驻保定，暂时接替靳云鹗的职务。靳云鹗乃是吴佩孚麾下猛将，吴氏为了联奉不惜自断手足，张作霖于是也遣散了赵倜的兄弟赵杰所部，以此来讨好吴氏。就在同日的清晨，张作霖在张学成部的护送下抵达天津，在直隶留驻。
直奉双方虽然定在北京召开巨头会议，但吴佩孚走到保定却停了下来，湖南的局部战争此时已经不再只是吴佩孚与唐生智之战，随着北伐军源源不断地涌入湖南，湖南战争使得国民革命军提前开始北伐。6月2日，唐生智在衡州取消代理湖南省省长的名义，宣布正式加入国民革命军，就任国民革命军第八军军长兼中路前敌总指挥。吴佩孚只好转头处理湖南事务，而进京与奉系会晤的事情，就交给了自己的心腹张其锽。5日，张作霖抵达天津，张其锽随即前往天津参加直奉两系为吴佩孚和张作霖碰头召开的预备会议。在经过讨论之后，决定暂时放弃对宪法的争议，先合兵一处进攻冯玉祥部，而颜惠庆内阁的态度，依然是选择国务总理代理执政后，颜惠庆即辞职。在做出决议之后，张其锽即回到保定向吴佩孚报告天津预备会议的经过及结果。
前文已经讲过，吴佩孚对张其锽非常尊敬，吴氏本意坚持拥护宪法，但张其锽自天津回到保定之后，对吴氏陈其利害，吴佩孚随即也不再坚持颜惠庆担任内阁的事情，同意暂时搁置宪法问题。张其锽随即又于18日入京，邀请摄政总理颜惠庆、财政总长顾维钧、交通总长张志潭、法务总长张国淦共进晚餐，此时问题的重心便落在如何促成颜惠庆下台后张作霖和吴佩孚两巨头会晤。19日，张其锽又邀请身在天津的内务总长郑谦入京，于是，张其锽和郑谦又在北京召开第二次预备会议，研究颜惠庆下台的方式以及吴佩孚和张作霖入京的具体时间。在商定之后，张其锽于当晚返回保定。
北京的事情初露端倪，湖南的事情也发生了转机。在得到北伐军的支持之后，唐生智部声势大振，随即对叶开鑫部展开反击，叶开鑫部不得不退至湘乡、湘潭一带。叶开鑫遂准备赴前线亲自督战，吴佩孚则致电宋大霈、王都庆、唐福山为援湘军三路总司令，彭汉章为湘黔边防督办协助叶开鑫进攻唐生智。哪知道彭汉章业已投降国民政府，随即通电表示所部已移驻黔东，使得长沙陷入唐生智部的夹击中。20日，在各方敦促下，赵恒惕偕同陈强、梅馨等抵达汉口，叶开鑫闻讯之后，即致电赵恒惕欢迎克日返回湖南主持政局，何耀祖亦派出代表到汉口欢迎赵恒惕，吴佩孚则致电赵恒惕，授权他解决湖南局势，对唐生智是剿是抚均由赵恒惕做主。与此同时，赵恒惕分别致电叶开鑫和唐生智，希望他们能够尽快停战，以免地方再遭受战乱之苦。
1926年6月20日下午，颜惠庆摄政内阁召开第一次内阁会议，当然，也是最后一次内阁会议。内务总长郑谦、陆军总长张景惠、财务总长顾维钧、农商总长杨文恺、海军总长杜锡珪、法务总长张国淦、交通总长张志潭均到会，推举杜锡珪代理国务总理，颜惠庆则不再任外交总长而将职务交由顾维钧。杜锡珪代理国务总理后，以田应璜为内务总长、任可澄为教育总长，并正式通告于23日就任代理阁揆。23日，杜锡珪就任当天，北京国务院即发出通电，“政枢中断，内政外交动呈险象，京师根本重地，同人等经各方敦促，不得不勉为事实上之维持”。至此，内阁之事算是保住了吴佩孚的颜面，又尊重了张作霖的意见，双方便准备入京会晤。因此，杜锡珪的代理内阁刚一就任，便分别电请张作霖和吴佩孚入京。
26日，张作霖由天津乘专车北上，于当晚5时先行抵京，随即下榻顺承郡王府。27日，吴佩孚离开保定，于当晚抵达长辛店。吴佩孚的速度比张作霖要慢，因为他不但要思量北京的巨头会晤，还要为湖南的事情分心。赵恒惕虽然回到湖南，但并没有做出明确表示是否会出山处理湖南的事务，就在吴佩孚抵达长辛店的当晚，湘军将领林虎等30余人设宴为赵恒惕接风，席间一再督促赵恒惕出山，而赵恒惕则坚持认为湖南连年遭遇战祸，唯有双方讲和之后他才愿意出山。
吴佩孚无心南归，还有一个重要的原因，就是南方的北伐军并没有受到北方军阀的足够重视。自袁世凯时代开始，在北洋军阀的眼中，孙中山和革命党就是以“理想主义者”的姿态出现的，他们渴望改造这个世界，但往往不得要领，所以一再被军阀利用。即便是段祺瑞执政时孙中山北上，虽然各界人士纷纷表示欢迎，北洋军阀也对孙氏心悦诚服，但说到底，他们认为孙中山搞革命固然有一套，但说到搞政治和军事就是“纸糊的老虎”，不管是国民党史上的十次反清起义，还是辛亥年的武昌起义，都没有真正威胁到北洋军阀。因此当唐生智投靠国民革命军的消息传来，并没有让吴佩孚感到惊慌，当时直系的后方在北面，有源源不断的生力军做准备，所以他有恃无恐。
28日早晨，吴佩孚终于抵达北京，下榻王怀庆的私邸，张作霖闻讯之后，便亲自驱车拜访，吴佩孚则到大门口迎接，直奉两位巨头表面上关系融洽、亲密无间。在张作霖离开之后，吴佩孚先是拜访赵尔巽和王士珍，随后又到顺承王府答拜张作霖。中午，代理国务总理杜锡珪和顾维钧、张国淦、任可澄、杨文恺、张志潭等五位阁员在怀仁堂设宴款待吴佩孚和张作霖及二人的随行人员，并特地邀请赵尔巽、王士珍、孙宝琦作陪。张作霖与吴佩孚的这次两巨头碰面，事前筹备了一个多月，双方的亲信幕僚往来奔走，历尽波折才促成了直奉两大巨头在北京的会晤，但等到二人真正在北京碰面，商讨的时间也不过30分钟。此次直奉巨头会晤，既没有形式，也没有走什么程序，仅仅是在杜锡珪等人所设宴席开始前在怀仁堂的后客厅密谈了30分钟，随即就宣告结束，之后也没有任何公告发布。
其实直奉之间的最大矛盾，就是宪法问题，如果这个问题避而不谈，确实也没有什么好说的。剩下驱逐冯玉祥部的问题，关乎张作霖和吴佩孚的利益，这件事几乎不用谈，是故巨头会议上也就没有什么值得商洽的要紧事。吴佩孚在宴会结束之后，即偕同田维勤及全体随员出京回长辛店，指挥进攻南口的军事行动，张作霖亲率北京及奉系的主要人物前往车站送行。吴佩孚到底再没有回到四照堂重游故地，而张作霖在吴佩孚离京之后，亦于29日回到天津，看来，北京对直奉两系的巨头而言，都不是什么愿意久留的地方。
北京会晤一结束，吴佩孚、张作霖、阎锡山发表宣言合力讨冯，并下总攻击令。南口成为直奉联军与冯玉祥部京畿决战的地方，吴佩孚将进攻南口的任务交由田维勤，并许之以察哈尔都统一职。田维勤虽隶属于靳云鹗，却完全没有靳云鹗那两把刷子，所部的将士也不听命于他。部队才开到南口，所部陈鼎甲旅和吴世孑旅的贾马二团便发生哗变，结果被西北军打得连连后退。手忙脚乱的田维勤只好发假捷电给吴佩孚，气得吴佩孚暴跳如雷。偏在此时，湖南方面战事不利，告急电报一封接着一封发来，连曹锟也派人来劝吴佩孚先南下部署湘鄂防务，但吴佩孚表示不攻克南口绝不回鄂。