整部民国史几乎都无法避开“军阀”这个词，早期的北洋军阀分裂之后，分裂出了北方的皖系、直系和奉系三大军阀，在西南方仍然有桂系和滇系两大军阀，桂系和滇系虽然不如北方的三大军阀强大，却始终固守一隅。到国民党在南方崛起，新的军阀体系逐渐形成，如奉系的新生力量张学良、山西的阎锡山、广西的李宗仁和白崇禧、西北的冯玉祥等，这些新军阀既继承了旧军阀的习惯，又有了新军阀的特点，正应了“长江后浪推前浪”那句老话，旧军阀时代至此步入尾声。
在被软禁的时间里，曹锟真是受够了西北军的苛待。曹锟的兄弟曹锐便是死在冯玉祥的司令部里，对他最忠心的李彦青亦是被冯玉祥所杀，所以他对西北军并无好感。虽然对外宣称已然被释放，但曹锟的日子过得依然不自由，因此才不得不虚与委蛇。而鹿钟麟则是一心讨好吴佩孚，希望借此机会解除北京的危机，在致吴佩孚的电文中特意提及“谨于四月九日保护总统，恢复自由”，以此向吴氏示好。鹿钟麟等人和曹锟的电文接连发到查家墩，所有的人均以为是“天降喜事”，但吴佩孚脸上却没有一点儿喜色。
究其原因，是因为鹿钟麟这个马屁拍得有点儿过火。吴佩孚希望鹿钟麟能够释放曹锟，是因为曹锟毕竟是他的老上级，对吴佩孚有知遇之恩，所以于情于理，吴氏发兵北京，头一件事情便是要冯玉祥部释放曹锟。但是，吴佩孚所预想的事情，也就只到将曹锟释放这一步。曹锟是贿选当上的总统，这个事情举国皆知，当初曹锟贿选吴佩孚亦非常反对。而后吴景濂等贿选议员前往武汉投靠吴佩孚，也被吴佩孚一股脑儿扫地出门，这足以体现出吴佩孚的观点：老吴尊重曹锟，但并不支持这个贿选总统。吴佩孚骨子里是个读书人，读书人都讲究个面子，况且中国自古就有习惯，打仗都得有个由头，也就是为什么打仗。如果是兴不义之师，那跟部下和老百姓都是说不通的。吴佩孚起兵用的是“讨贼军”的招牌，并不是浮海南下时用过的“护宪”，因为曹锟的宪法是不能护的，贿选得来的总统不合法，贿选总统制定的法律更不合法，吴佩孚既然不愿意拥护曹氏宪法，又怎么会拥护曹锟出来做总统？
所以，吴佩孚的本意是，鹿钟麟把曹锟释放，然后放他回到保定即可，哪知道鹿钟麟放了人也就罢了，还通电全国，以“总统”之名称呼曹锟，这样一来，便会有人觉得，是吴佩孚要拥护曹锟出来做总统。本来事情一切顺利，却被鹿钟麟搞砸了。吴佩孚此时若是去接手冯玉祥部，是该赏还是该罚？赏则等于承认拥护曹锟再当总统是他授意的，若是罚则会激起冯玉祥部的不满。更为关键的是，若是吴佩孚进入北京，又该如何对待曹锟这位老上级？若是拥护他当总统便会成为众矢之的，若是反对他当总统便会被人斥为不仁不义。
思来想去就只剩一个解决办法，吴佩孚在曹锟发来的电文后面批了“假电”二字，在鹿钟麟的电文后面批了“全体缴械”四个字。吴佩孚此举让直军将领大为失望，正是收编冯玉祥部的大好契机，却被吴佩孚那股文人的傲气给破坏了。其实吴佩孚心里的苦闷丝毫不比手下人少，他的无奈却不为人所知，这个方法看起来丢掉了眼前的天赐良机，却是吴佩孚所能做的最好的选择。吴佩孚对鹿钟麟的恨，真是难以肃清，既“怒其不争”又“哀其不幸”，甚至在回复鹿钟麟的电报中有“恨不能食汝之肉，寝汝之皮”这样的话。
在盛怒之下，吴佩孚自然气愤难平，但是等过了一会儿，加上左右的苦谏，他也冷静下来，将“全体缴械”抹去换成了“除酌留张之江一师听候改编外，其余一概缴械”。鹿钟麟这个人必然是不能用的，宁可少一个愚蠢的对手也不能再增加一个愚蠢的队友，于是，吴佩孚就决定转而拉拢张之江。至于“缴械”的事情，虽然吴佩孚的左右还是认为应该三思，但吴佩孚这个时候却没有选择，因为一则这是他的态度，二则他其实已经做好和冯玉祥部交战的准备，因为如前所述，吴佩孚是断不能入京的。此时最好的结果，是鹿钟麟继续软禁曹锟，张作霖先入京主政，他再进入北京便万事好商量。否则，曹锟便是鹿钟麟抛给吴佩孚的烫手山芋：接也不是，不接也不是。
但是吴佩孚心里的想法，除了亲近的张其锽（最早提出不支持贿选总统的幕僚）之外，其他的人不会知道，也不可能知道。但吴佩孚这么做必然要有所交代，所以他给出了两个原因：一是因为“赤祸”，二是不能朝秦暮楚。孙中山在广东时曾提出“新三民主义”，即“联俄、联共、扶助农工”，倡导与苏联结盟，而冯玉祥北上进入苏联亦证明其与苏联有来往，是“赤祸”；吴佩孚方与奉系结盟，如今又出尔反尔，恐怕为人所诟病，所以不能与冯玉祥部再结盟反奉。前面这个尚可理解，后面这个只能骗骗小孩子，当初联奉反冯的时候，不知道吴佩孚为什么不担心别人指责他出尔反尔？
吴佩孚去电不久，张之江就复电，并派门致中为代表面谒吴氏，吴佩孚乃命秘书电复张之江，“除执事与瑞伯（即鹿钟麟）下野交出部队外，别无善策。盖执事非如此不能表示反赤之决心，鄙人非如此不能取信于群帅。一俟群疑尽释，自当借重长才”。张之江将电文转给鹿钟麟，鹿钟麟便知道自己完全陷入绝境，皖系、直系和奉系均已得罪，他的冒险计划亦得不到张之江、李鸣钟、宋哲元等西北军巨头的支持，他只好派人到天津请张绍曾入京，但张绍曾却置之不理。
此时北京政府的多数议员都已经逃进了东交民巷，只有外交总长胡惟德、财政总长贺德霖、司法总长卢信、教育总长胡仁源没有逃跑，胡惟德遂面谒王士珍，请他出来维持政府，但王士珍婉言谢绝。另外，贺德霖又去征求鹿钟麟的意见，随后在胡惟德寓所内开会商议，有人主张维持现状，有人则主张辞职，但是现状既无法维持，辞职的话又不知道辞呈该递给谁，会议即无果而终。翌日，胡惟德、贺德霖、卢信和胡仁源又邀请内务次长、陆军次长、海军次长、交通次长和农商次长开会，最后才商定在正式政府未成立之前，暂时先维持现状。
就在吴佩孚措辞强硬的电文发来不久，又有消息传出，段祺瑞密令驻防通州的国民军第九师唐之道放弃通州撤返北京，唐之道原本是段祺瑞妻弟吴光新的部队，与皖系素来渊源颇深，唐之道突然返京，鹿钟麟随即陷入腹背受敌的险境。这个时候，鹿钟麟就算再舍不得北京城的红墙碧瓦、舞榭歌台，他也只能率部离开北京了。1926年4月15日晚，北京银行公会勉强凑齐鹿钟麟所需的200万元军费，鹿钟麟随即率领所部退出北京城。
鹿钟麟退出北京以后，张作霖即致电张宗昌、李景林、张学良和褚玉璞，“对于古代建筑、清宫故址及历代重宝，均须妥为保护，用示优崇，务使市廛不惊，秋毫无犯，以维军纪而慰人心。易胜企盼”，并严令各路奉军“均不入城，以免民心惶恐”。但鹿钟麟刚一退出北京，唐之道便率军控制了北京，段祺瑞自东交民巷返回吉兆胡同，而刚刚才当了几天名誉总统的曹锟，则匆忙躲进了东交民巷格兰顿旅馆。于是，奉军亦只好开进北京，直鲁联军师长王翰鸣率骑兵先行入京并面谒治安会，声明唐之道军既然已经入京，奉军亦只能随后开入。随后徐源泉亦率骑兵由永定门入京，张贴布告，同时，褚玉璞部也抵达永定门外。
段祺瑞复职之后，自知吴佩孚万万不会放过他，准备联合奉系打压吴佩孚。于是派心腹曾毓隽和吴光新到天津去会晤奉系的诸位巨头，结果，奉军对曾毓隽和吴光新的态度都非常冷淡。17日，段祺瑞又分别致电张作霖、吴佩孚、阎锡山、孙传芳，探问各人的口风，张作霖于19日率先复电，表示“霖本军人，早经宣言不问政局”，而吴佩孚则不肯放过段祺瑞，他致电唐之道、王怀庆等，“该安福党祸国至此，尚敢横行都下，望从速将安福党人拘捕，并监视段氏，以便依法控其卖国诸罪”。段祺瑞知道直奉均已容不得他，便在当晚率领幕僚亲信由北京赶赴天津，从此不再过问政坛之事。
其实，张作霖并不是很反感段祺瑞，当初直奉第二次战争，就是段祺瑞、张作霖和孙中山联手反直，段祺瑞临时执政也是张作霖力主抬出来的。但是自郭松龄兵变，张作霖元气大伤，他本来担心吴佩孚借机和鹿钟麟合作来反奉，结果吴佩孚拒绝了鹿钟麟，从而使张作霖不至于陷入绝境，他在获悉吴佩孚拒绝鹿钟麟后曾致电吴氏，“鹿等施其挑拨伎俩，我辈一切举动无不光明磊落”。所以张作霖在此时就不得不迁就吴佩孚，对吴佩孚驱逐段祺瑞的事情不闻不问。
但吴佩孚拒绝了鹿钟麟，西北军只能自谋出路了。彼时京畿已经无法固守，西北军各将领只好纷纷退出北京，重新调整部署：张之江在张家口统筹全局，鹿钟麟在怀来指挥南口的保卫战，宋哲元、孙连仲在多伦以抵挡奉军吴俊升、汤玉麟的骑兵，徐永昌、韩复榘、石友三则在平地泉、丰镇一带防山西阎锡山袭扰国民军后路。除了阻击直奉联军，西北军还积极巩固后方并且南下联络国民党，于是，刘郁芬率孙良诚部和张维金部进入甘肃，李鸣钟和刘骥绕道赴广东联络国民党。其中，南口是京北重镇，亦是西北军重点防御之地，早在3月间，在刘汝明部第三十旅旅长王书箴的建议下，刘汝明率15000余人已经开赴南口加固工事。
到1926年4月22日，奉军巨头张学良、张宗昌、李景林、褚玉璞等均开入北京，在奉军控制北京城以后，头一件事就是释放盟友直军的前任领导人曹锟。奉军诸将派代表赶到东交民巷，将曹锟接到福禄居居住，曹锟则明确表示近期以曹锟名义所发出的各封电文都是鹿钟麟捏造，并非他本人的意愿，他无意再执掌政务，只希望能够回到天津养老。23日、24日，直系将领王怀庆和齐燮元分别抵达北京，并面谒曹锟。吴佩孚任命王怀庆为北京卫戍总司令，并让王怀庆亲自携带一份拟好的请曹锟宣告总统下野的通电去见曹氏，随后又在王怀庆抵达北京的同日致电曹锟，“懋帅王怀庆现已入都，佩孚托呈各节，计达钧听，请将宣言稿即日发布，安一时之人心，固百年之邦本，胥于是赖”。
直奉两系依然处在相敬如宾的地步，所以每件事都相对小心谨慎，吴佩孚电请曹锟下台，一来是为了稳固直奉之间的关系，二来是为了保全曹锟，因为他是贿选总统，自1924年的第二次直奉战争到如今，所有战事都是借由贿选而起，曹锟下台，则避免贿选的事情再被搬出来。吴佩孚电请曹锟下台，是给足了张作霖面子，张作霖也就借坡下驴。奉军控制了北京，但吴佩孚却任命王怀庆为北京卫戍总司令，张作霖也没有生气，还表示同意，并致电王怀庆，“京师根本重地，我弟出任维持，极所欣慰”。25日晚，在京的直奉两系巨头齐燮元、王怀庆、张学良、张宗昌、李景林等召开会议，商定了四件事：一、对于护法或是护宪的事宜，听取吴佩孚的主张。二、对国会问题，则尽快拟出一个变通之法请示张作霖、吴佩孚。三、请王怀庆即刻就任卫戍总司令一职。四、至于冯玉祥部投诚之事，则以驱逐“赤党”为谈判之前提。
会议结束之后，就由直系的王怀庆负责北京的治安问题，由奉系的李景林负责各军的军纪问题。但此时段祺瑞已经去了天津，胡惟德以外交总长代理国务总理，摄行政务，但也只是一个过渡机制，北京政府的形式和人选都等待着幕后的两位大佬张作霖和吴佩孚来决定。于是，在京的直奉两系巨头纷纷致电催促张作霖和吴佩孚入京，但是两位大佬一个在奉天、一个在武汉，却迟迟没有入京。
张作霖和吴佩孚都放缓入京的脚步，主要是因为曹锟。按理说，王怀庆23日就已经抵京，并且带来了吴佩孚拟就的下野通电，但是一直到月底，曹锟既没有发出通电，也没有离开北京。曹锟这里进展缓慢，主要原因有两个，一个是宪法问题，一个则是曹锟自身的问题。吴佩孚给曹锟拟就的下野电文，其中最主要的一条就是承认宪法，而这却是张作霖无法认同的，直系与奉系在宪法问题上争执不下。还有，就是曹锟被释放之后，他身边的幕僚又围了过来，认为此时是他重新崛起的契机，不如联络直系力量取而代之，或者设法获得吴佩孚的支持，继续当总统。
此时张作霖是因为宪法的事情刻意与北京保持距离，吴佩孚则是忙于应付进攻湖南的事情。25日，他委任叶开鑫为讨贼联军湖南总司令，贺耀祖为湖南省省长。在京的直系将领知道吴佩孚无暇顾及北京，而奉系又迟迟不肯明确态度，遂决定先让待在北京迟迟不愿离去的曹锟下野，恢复颜惠庆内阁的行政权之后，再与奉系进行疏通。5月1日，曹锟通电下野，“锟自惭失驭，久已倦勤，非弃屣以鸣高，且闭门而思过。所冀各方袍泽励翊协和，共循法轨，锟优游林下，获睹承平，欣幸曷极”。曹锟发布通电之后，就迁居到唐在礼的私邸内以表示自己对大位已全无眷恋。张作霖随即通电，在其中谈到了自己对于护宪的看法，“就表面观之，言之似各方有理。考其内容，是否为无聊政客视为奇货可居，又将以傀儡武人助其政权复活”。
2日，湘军叶开鑫部进攻长沙，唐生智部被打得毫无还手之力，只好由长沙退往衡州，叶开鑫随即兵分六路追击唐生智部，同时联系湖南士绅共同致电吴佩孚，希望吴佩孚不要任命叶开鑫为湖南督军，更不要任命贺耀祖为湖南省省长，他们仍然支持赵恒惕回湘主持全省大权。虽然湖南的政事还没有尘埃落定，但多少能让吴佩孚缓口气，他遂腾出身来解决北京的事务，张作霖既然已经表明对宪法的态度，北京的颜惠庆就不敢上台，吴佩孚于3日电促颜惠庆即日摄行总统职务。同日，孙传芳则联合苏、浙、闽、赣、皖五省军阀通电表示赞成曹锟下野、颜惠庆摄政。