先败皖段、后挫奉张，蓬莱秀才吴佩孚的声名如日中天，迎来了一生的顶点。1924年9月8日的美国《时代》周刊，便以这位读书人出身的将军作为封面人物，并冠以“中国最强者”的称号，吴佩孚从而成为第一个登上《时代》周刊封面的中国人。而在上海的英文杂志《密勒氏评论报》的主编、美国人约翰·鲍威尔则认为吴佩孚“比其他人更有可能统一中国”。此时的吴佩孚真可谓是“天之骄子”，可是就在他登上《时代》周刊一周之后，奉系军阀张作霖挥师入关，“最强者”的神话倏忽间破灭。洛阳城外哀鸿遍野、衰草丛生，直系的风光自此不复。
曹锟就任总统以后，内阁拖了三个月才算组成，时任国务院秘书长张廷谔和代理国务总理的高凌霨最为忙碌。1923年10月30日，曹锟向众议院提名孙宝琦组阁，11月5日，众议院开会投孙阁同意票，并议定1924年1月9日正式通过。12月，曹锟批准高凌霨内阁辞职，以孙宝琦出任国政总理。孙宝琦出任国务总理之后，以程克出任内务总长、王克敏出任财政总长、顾维钧出任外交总长、陆锦出任陆军总长、李鼎新出任海军总长、王宠惠出任司法总长、张国淦出任教育总长、吴敏麟出任交通总长、颜惠庆出任农商总长，于1924年1月15日正式就职。
但孙宝琦内阁存在的时间并不长，因为“拥曹派”均以辅助总统选举的功臣自居，在国会中动辄便指手画脚，与内阁更是经常发生冲突。加上孙宝琦与财政总长王克敏就德款案发生冲突。而曹锟又袒护王克敏，孙宝琦遂避居北京郊外承泽园，不出席国务会议，坚决辞职，以外交总长顾维钧代理。因为不堪忍受“拥曹派”的嚣张气焰，孙宝琦内阁于7月1日提出总辞职。2日，曹锟予以批准，但留下顾维钧依然担任外交总长，并兼代国务总理。顾维钧是江苏嘉定（今属上海）人，毕业于上海圣约翰书院，留学美国哥伦比亚大学，获得法学博士，回国后受到北洋元老唐绍仪的赏识。1919年1月，顾维钧代表中国出席巴黎和会，语惊四座，风光无限，被时任和会主席的法国总理克列孟梭赞喻为“中国小猫”。
就在曹锟忙于贿选总统之际，奉系张作霖则在加紧巩固皖系、奉系与国民党的三角同盟。曹锟就任总统之后，皖系的实力派卢永祥、张作霖和孙中山先后通电反对，并且号召讨伐。另一方面，直系内部的分裂也愈加明显。在直系当国之后，吴佩孚升任直、鲁、豫巡阅使，齐燮元也升任苏、皖、赣巡阅使，王承斌兼任直隶督军，彭寿莘帮办直隶军务，萧耀南升任两湖巡阅使。曹锟贿选时，首先表示反对的便是吴佩孚，而齐燮元则是持支持态度而倒向“保定派”。1924年第二次直奉战争已难以避免，吴佩孚为了瓦解皖、奉和国民党之间的三角同盟，派张之杰、何雯之携亲笔信到上海会晤卢永祥，更招致齐燮元不满。但就在此时，福建政府忽然发生动荡，皖系徐树铮悄然南下，联手许崇智和王永泉驱逐福建督军李厚基，吴佩孚急令鄂军孙传芳部南下援闽。孙传芳，字馨远，是山东历城（今济南）人，自幼家境贫寒，父亲早逝，其母遂带他们姐弟四人到济南谋生。1899年，义和团在山东兴起，武卫右军执法营务处王英楷娶孙传芳三姐为妾，孙传芳遂陪读于王家。1901年，袁世凯升任直隶总督，孙传芳随王家迁往保定。随后孙传芳被送入北洋陆军速成学堂，毕业后被保送入日本陆军士官学校第六期。回国后在北洋军第二镇任职，后以战功升任第六师团长。1917年1月，升任第二师第三旅旅长，同年10月升任第二十一混成旅旅长。1921年8月升任长江上游警备总司令。
孙传芳和周荫人携手进入福建，先是驱逐了王永泉，随后周荫人又将驻扎在闽南的臧致平和杨化昭驱逐，臧致平和杨化昭所部离开福建之后，即假道江西进入浙江，被浙江督军卢永祥收留。这样一来，卢永祥的势力增强，对齐燮元构成了巨大威胁，苏浙之战便无法避免了。8月15日，齐燮元电召徐州镇守使陈调元、海州镇守使白宝山到南京，随后在军署召开秘密军事会议，江苏方面所有的重要将领均到会。
会议结束之后，齐燮元自任总司令，在苏州设立总司令部，将所部编为八个支队，以吴恒瓒统率先锋队，宫邦铎、卢原书、李殿臣、黄振魁、朱熙、杨春普、白宝山、马玉仁为各路支队司令。陈调元在南京做各路接应，吴鸿昌为徐属守备司令兼代徐海镇守使，齐宝善为扬属守备司令，王健飞代理江宁镇守使，王桂林为卫戍司令，维持省城治安，席荣为总执法处长，刘玉珂为总参谋长。总兵站司令部设于南京下关澄平码头，刘同春为总兵站司令。
苏浙战事一触即发，卢永祥乃派其子卢小嘉北上奉天联络张作霖，希望张作霖挥师入关。9月3日，苏浙两军前哨在黄渡安亭间遭遇，苏浙战争正式爆发。7日，张作霖邀宴各国驻奉天的领事，宣布由于直军在山海关增兵逼近关外，决定举兵入关，请各国领事通知各国侨民离开秦皇岛。15日，奉军向朝阳方面进逼。曹锟获悉奉军入关的消息之后，急忙向洛阳方面连发电报，催促吴佩孚即刻前来北京点将迎敌。但此时的吴佩孚身在洛阳，确实有点儿有苦说不出的滋味。
早在曹锟贿选之前，直系就已经四分五裂，分为了“保定派”“洛阳派”和“天津派”，吴佩孚待在洛阳，其实也有他的难言之隐。吴佩孚是读书人出身，自有一股读书人的傲气，在直奉战争取胜之后，便得罪了不少人，如曹锐、王承斌、冯玉祥等直系将领都对他颇有微词。加之吴佩孚这个人，虽然指挥作战有一套，但是搞政治实在是差得很，不懂得如何笼络人心，只是当用时便用，等到事情过去便对这人起疑心，所以直系分裂，固然有直系将领忌恨吴氏，但也有吴氏自身的原因。
此时情况与直皖战争、第一次直奉战争时已经全然不同，当时的直系处于皖系、奉系压迫之下，众志成城，在接连击败皖系和奉系之后，直系掌握北京政权，便自以为天下之势尽在掌握，直系诸将早已是各自为政。吴佩孚此番入京，心知直系诸将万难如从前那般受他调用，旧将难遣，新兵则羽翼尚未丰满，而奉系大军压境，后勤又没有保障，吴佩孚对于眼前这一战实在没有取胜的把握。
但此时大战在即，曹锟又连番致电，纵然是“巧妇难为无米之炊”，也只能硬着头皮上炉灶了。1924年9月17日，吴佩孚乘专车入京，方其入京之日，沿途以隆重的礼节欢迎，自车站到总统府亦是五步一哨、十步一岗，直系大将冯玉祥、王承斌、王怀庆等亲自列队恭候大驾。曹锟见到吴佩孚，内心便稳当了很多，直系诸将更是对吴佩孚毕恭毕敬。后来有史学家认为，正是因为这一派“兄弟阋于墙，而外御其侮”的和谐氛围，让吴佩孚误以为大战当前直系军阀会空前团结，随后才会掉以轻心。其实从吴佩孚随后冒险起用根本就不够成熟的海军来看，吴大帅不仅没有被这个场面唬住，反而是更加意识到了事态的严重性。在那个战争依靠步兵决定胜负的年代，起用水兵显然是一件极为冒险的事情，更何况还是吴佩孚不熟悉的海军，还是他非常不了解的海军主帅，若非是碰到了实难解决的难题，秀才出身的吴佩孚万不可能选择铤而走险。
所以，在吴佩孚入京之后，人们看到的不再是那个文思泉涌、行军谨慎的吴大帅了，四照堂点兵透露出的并非是他的目空一切，而是心不在焉。当吴佩孚入京之后，曹锟即下令讨伐张作霖，并特任吴佩孚为讨逆军总司令，王承斌为副总司令，以四照堂为总司令部。17日，吴佩孚就在四照堂点兵，并且亲笔点兵。因为在奉军入关的翌日顾维钧便辞职，因此代理国务总理颜惠庆到场督理。当时，吴佩孚和总部政务处处长白坚武各自在长案一端，自下午2时开始点将。
以第二十三师师长彭寿莘为第一军总司令兼第一路军司令，以冯玉荣为第一路军副司令，以王维城为第一军副司令兼第二路军司令，以葛树屏为第二路军副司令，以第九师师长董政国为第一军副司令兼第三路军司令，在山海关方面抗击奉军第三军张学良部，这是直军的主力；以第十三师师长王怀庆为第二军总司令，以米振标为军副司令，以刘富有为前敌总指挥，以龚汉治为副总指挥，以热河为根据地，抵抗朝阳方面的奉军第二军李景林部；以第十一师师长冯玉祥为第三军总司令，以张之江为第一路军司令，以李鸣钟为第二路军司令，由古北口出承德、赤峰，对付奉军吴俊升、许兰洲部。
后援军总司令为张福来，曹锳、胡景翼、张席珍、杨清臣、靳云鹗、阎治堂、张治功、李治云、潘鸿钧、谭庆林分任十路援军司令，曹士杰、林起鹏、田维勤、马灿林、吴长植、张金标分任第二路、第四路、第五路、第八路、第九路、第十路援军副司令。另派定各省后方筹备总司令：河南李济臣、李炳之，山东熊炳琦，京兆刘梦庚等。
海军总司令杜锡珪，副司令温树德，总指挥迟云鹏。海军由杜锡珪之长江舰队和温树德之渤海舰队组成，当时上海独立舰队因归降杜锡珪而势力消失，因此直军决定倾其全力向辽东湾进发，以大沽口为根据地，秦皇岛为战区，葫芦岛为前线。还准备利用海军征集商船、运输陆战队及其他援军进驻安东、营口，由南满铁路直抵沈阳。空军以敖景文为航空司令，将储存于南苑、洛阳、保定、清河及京戴、京津航空线的飞机编为四队：第一队驻北戴河，第二队驻滦县，第三队驻朝阳，第四队驻航空处。
直到晚上12时，吴佩孚才点将结束。在点将过程中，发生了很多有违常理的事情。据说吴佩孚遗漏了诸多重要细节，其间要经过部下提醒才能记起来。以吴佩孚的性格，连这样的缺漏都能发生，首先体现出他此时心绪之乱，其次便可见他匆忙入京，而此时京畿内各官员的调动早已与他离京时大相径庭，所以才会出现这样的情况。点将结束，最后便点到总司令吴佩孚。偏在此时，总统府的电灯突然熄灭，本来是例行的每晚12时换电，却给吴佩孚心头蒙上了一层阴影。
似乎是为了辅证吴佩孚“轻敌”，当吴佩孚点兵三路之后，便有人说吴佩孚留在四照堂后“从容不迫，饮酒赋诗”，颇有些淝水之战中名士谢安的风范。其实仔细分析一下吴佩孚的战术，便能看出他此战多么露怯。在吴佩孚发出的三军里，冯玉荣所率的第一军直面少帅张学良，被认为是主力，所用的也是吴氏的嫡系部队，这也是吴佩孚此战胜利的希望所在。至于第二军的王承斌和第三军的冯玉祥，开战之后举步维艰，而吴佩孚似乎也并没有叫嚣着“军法处置”，就足以看出吴佩孚对这次直奉之战的心情。
彼时吴佩孚心中其实做好了两手准备，第一军如果能拖住张学良部，海军则可偷袭沈阳。但是这一招并不是要真正消灭奉军，其实是后院放火，让奉军回援，从而解除眼下的危机，等于是“治标不治本”的方法，不过是缓兵之计。至于用海军这一招“奇谋”，亦被拉出来作为吴佩孚轻敌的证据，其实也是大错特错。吴佩孚一生征战，惯常使用的都是陆军，而且民初使用海军和空军的也不多，只有袁世凯镇压“二次革命”的时候用过一次海军，但真正解决战争的还是陆军。吴佩孚使用海军，实在是不得已而为之的一着险棋，至于有多险，前方战事胶着，吴佩孚却始终不肯离开北京就足以看出了。
可以肯定的是，吴佩孚之前从来没有接触过海军，从南下入湘、孤军北上，到与皖系、奉系鏖战，乃至在河南练兵，他统率的都是陆军。海军的将领杜锡珪、温树德、迟云鹏等，和吴氏的关系也不见得多亲密，吴佩孚以海军作为奇兵，显然只是赌上一赌。成功了，就可以暂且退去奉军的来犯；不成功，则尚可以据守北京。换言之，在未战之前，吴佩孚已经打定了“据守北京”的主意，看看吴氏留下的“后援军”，张福来、胡景翼、靳云鹗、阎治堂、张治功、李治云、潘鸿钧、谭庆林这些名字是不是很熟悉？几乎是清一色的吴氏嫡系部队。
事情的发展几乎都没有逃过吴佩孚的估计，直奉刚一交火，第二军总司令“马桶将军”王怀庆就先败下阵来，丢掉了朝阳。吴佩孚乃撤换掉第二路军前敌总指挥刘富有和副总指挥龚汉治，以陶经武为前敌总指挥，张林为副总指挥，同时撤换掉刘富有的独立旅旅长，改委派崔维藩继任。而奉军攻下朝阳后就不再急于进攻，因为此时冯玉祥已经与奉军取得了联系，冯玉祥所部由古北口出承德、赤峰的行军速度极为缓慢，而冯玉祥对面的奉军也不急于前进，双方以慢动作等待着时机。
而海军方面，果然行动迟缓，指望海军运送奇兵的计划就此落空。当然，吴佩孚对这个计划最早也并没有抱多大希望，否则不至于将主力保存，而是通过海军运往沈阳，海军大概也明白吴佩孚的计划，名为偷袭沈阳，其实倒像是送去做炮灰，所以海军将士不卖力也就不足为奇。这个时候吴佩孚才真的是束手无策，只好调王承斌率后路援军驰抵古北口，代行总司令职权，以对抗来攻的奉军李景林部。但是吴佩孚并不知道，这位素来以直系“三当家”自称的王承斌，早就已经和张作霖私下达成了协议。
吴佩孚据守北京，乃是为了以防万一，但曹锟却看不出来，他哪里知道部下早就各怀鬼胎，只是一门心思想着吴佩孚只要坐镇前沿，奉军必然立刻土崩瓦解，于是忙不迭地劝吴佩孚出京北上。此时前线战事不利，吴佩孚本意是节节布防，固守北京，但此时有两件事又逼得他不得不北上，一是曹锟及直系官员不停地催促，二是冯玉荣的倒戈。冯玉荣是第一军的第一路军副总司令，进驻九门口后就不战而退，内忧外患逼得吴佩孚不得不北上亲自督战。曹锟以为吴佩孚北上督战便能胜券在握，殊不知这是放走了保驾的人，吴佩孚一走，老曹才真的是陷入了绝境。