郭松龄倒戈对奉系造成的影响主要包括两方面：一是让奉军受到重创，精锐部队伤亡殆尽；二是让张作霖对冯玉祥更为忌恨，从而放弃了与皖系、国民政府的反直联盟，而选择再度与吴佩孚联手驱逐冯玉祥。早前直奉第二次战争后张作霖入关，便与冯玉祥产生颇多摩擦，待到郭松龄反奉，冯玉祥支持郭松龄、驱逐李景林，差点儿把张作霖逼到了穷途末路，张作霖对冯玉祥的恨，自然大大超过了吴佩孚、孙传芳。
郭松龄起兵反奉，张作霖最恼的人并非郭松龄，而是冯玉祥。张作霖和冯玉祥的摩擦由来已久，加之张作霖是绿林出身，旧时的土匪聚首，最讲究的就是“义”字当头。张作霖当初也是靠着一帮结义弟兄才逐渐控制东三省的，所以他对义气格外看重，当郭松龄逼近奉天的时候，驰援而来的也是张作霖的两位老兄弟——吴俊升和作相。张作霖既然以义气为旗号，就难以容忍冯玉祥倒戈的无义之举，待他进入北京以后，便刻意与冯玉祥保持距离，反而派人去笼络吴佩孚。
待到郭松龄反奉，冯玉祥和吴佩孚的态度也截然不同。冯玉祥本就暗中与郭松龄取得联络，所以郭松龄出关反奉，冯玉祥便通电支持，接连致电张作霖促其下台，张作霖对冯玉祥可以说是恨之入骨。而在第二次直奉战争中被张作霖击败的吴佩孚，此时已经在湖南赵恒惕、湖北萧耀南、四川杨森等军阀的支持下在查家墩东山再起，随即发兵征讨张、冯，在郭松龄反奉时，吴佩孚本可以借机奇袭关外，但却没有乘人之危。
两相对比，张作霖便恶冯玉祥而敬吴佩孚，所以积极派人南下与吴氏取得联络。其实奉系与吴佩孚的联系，早在杨宇霆、姜登选被孙传芳驱逐之前就已经有过，张作霖曾派人暗中到岳州为吴佩孚祝寿，并向段祺瑞提出释放曹锟。另一位对吴佩孚趋之若鹜的是奉系大将、山东督军张宗昌，“狗头将军”对失势的吴佩孚不但没有穷追猛打，反而极尽讨好之能事。等到吴佩孚在查家墩再起，直系与奉系的关系也截然不同了。
吴佩孚虽然东山再起，但已经没有当初虎踞洛阳时的鼎盛局面，吴氏率先要夺回自己的老根据地河南和山东，以便重整人马。时任河南督军的是岳维峻，吴佩孚的旧部如陈久钊、王维蔚、王维城等都还拥有兵权，并且愿意追随吴佩孚，吴佩孚便派人去和河南督军岳维峻商量，想让这些旧部自陇海线进入山东地界，归属到靳云鹗的豫东讨贼军中，另派寇英杰率部由平汉线过河南进入直隶作战，希望岳维峻能够同意。
吴佩孚的旧部如陈久钊、王维蔚、王维城等素来都是岳维峻的心腹大患，如今吴佩孚主动要调他们离开河南境内，岳维峻自然欢迎。但吴佩孚的两路人马先后要经过河南境内，又让岳维峻感到非常为难，尤其是寇英杰若进入直隶，便要经过河南腹地，万一发难，岳维峻便危矣。恰在此时，冯玉祥密电岳维峻，要求他必须武装保境，不得任由吴佩孚部来去。于是，岳维峻没有同意吴佩孚的意见，而是以重兵屯驻于鄂豫边境，不许吴佩孚部出武胜关一步。吴佩孚天天派人去找岳维峻疏通，而岳维峻则是含糊以对。
吴佩孚派兵经过河南，本意是进入山东和直隶，剪除奉系两翼的张宗昌部和李景林部，岳维峻既不通融，部队便难以按原计划出击。而在山东的张宗昌，却不待吴佩孚的大军抵达，便开始公然唱起拥吴论，此时退入山东境内的李景林也在一旁附和。张宗昌是山东人，第二次直奉战争后他打着“山东人不打山东人”的旗号收编了很多吴佩孚的旧部，他密派代表樊潜和、董好古到汉口面谒吴佩孚的智囊张其锽，希望能够进行“奉吴合作计划”。
虽然在河南的吴佩孚旧部还没有开入山东境内，但靳云鹗已经率先挥师进入山东，占领了济宁、曹州等地。此时冯玉祥密令岳维峻抵制吴氏的消息已经传至查家墩，张宗昌一边命令队伍对靳云鹗部不予抵抗，一边致电吴佩孚，直呼吴佩孚为“大帅”，并请出前山东省长熊炳琦到汉口面谒吴佩孚。熊炳琦原属直系，与吴佩孚素有交往，张宗昌告诉熊炳琦，如果吴佩孚想要回山东，他愿意躬身相迎，将山东拱手献上。
冯玉祥和张宗昌对吴佩孚的态度可以说是天壤之别：冯玉祥明着说和吴佩孚一起反奉，却处处提防着吴氏，而张宗昌手握山东，却愿意将自己的地盘奉献出来，两相对比，吴佩孚反而对奉系有了好感。冯玉祥的反奉联盟各行其是，郭松龄反奉出关，却没有得到任何援助，吴佩孚北上讨奉也被冯玉祥指示岳维峻阻挡在鄂豫边境。待郭松龄兵败之后，张作霖元气大伤，冯玉祥逐渐坐大，张作霖便派人南下面谒吴氏，新仇旧恨加上彼时的形势，吴佩孚自然选择和张作霖联手。这样一来，冯玉祥因为郭松龄倒戈与奉系结下了梁子，因为进军河南的事情又和吴佩孚添了新仇，冯玉祥忽然陷于四面楚歌的境地。
1925年的秋冬之际，可以说是张作霖一生中最艰难的时间，今天嚷嚷着要下野，明天嚷嚷着要自杀。主要原因就是郭松龄与冯玉祥结成同盟兵临奉天城下，而吴佩孚、孙传芳亦在反奉，强敌环伺，张作霖只感到自己已经到了走投无路的境地。郭松龄此时接连攻破奉军三道防线，冯玉祥也在天津击溃了李景林部，在京津一带可以说只手遮天。同时吴佩孚和孙传芳准备挥师北上，身陷绝境的张作霖几乎已经看不到出头之日。
可是等到郭松龄战败，岳维峻拒吴佩孚于鄂豫边境，张宗昌与吴氏通好。吴佩孚于12月31日通电宣布结束讨奉战争，张作霖、吴佩孚、张宗昌和孙传芳反而结成了反冯的联合战线。
张作霖和吴佩孚虽然均不复当年之勇，但其余威尚在，加上张宗昌、孙传芳这两个新兴的实力派，冯玉祥部在直隶和河南便遭到直军和奉军的围攻，在这样的形势下，冯玉祥只好宣布通电下野，“值兹千钧一发之机，彻底澄清之会，仍宜本和平之初衷，谋国家之改造。但愿战事从此结束，人民得资休养，玉祥个人应即日下野，以卸仔肩”。
冯玉祥虽然已经宣布下野，但吴佩孚和张作霖并未准备就此放过冯玉祥的部队。在冯玉祥宣布下野的同日，即1926年1月1日，张作霖宣布就任东三省保安总司令兼军备总统官，以吴俊升和张作相为副司令，挥师入关。但张作霖此次入关，却遭到了吴俊升和王永江的反对，他们两个人的理由是奉军刚刚经过战乱，元气未复，不如先休养生息、开发实业。这些话和郭松龄当年的建议如出一辙，遭到了以杨宇霆为首的士官系反对。
吴俊升是张作霖的结义兄弟，郭松龄倒戈时多亏吴俊升率部自黑龙江驰援而至，抄了郭松龄的后路，才赢得了巨流河之战。吴俊升认为奉军刚刚经过激战，不宜远攻，遂请辞副司令，经过张作霖再三恳求才作罢，但表示留在东北而不愿入关。王永江是张作霖的左膀右臂，与杨宇霆同为奉军的智囊之一，当初张作霖和汤玉麟反目便是因为王永江。但是和杨宇霆动辄便想出将入相不同，王永江更专注于开发实业，奉系之所以能够在第一次直奉战争后迅速崛起，乃是靠王永江之力。
对比杨宇霆和王永江两个人，杨宇霆喜欢筹划，凡事都是宏伟蓝图，一如南下督苏，也是先列出一堆大道理，说得张作霖心服口服，但是真正做起来，一样比一样糊涂。王永江则不同，论口才或许不如杨宇霆，但做的都是具体的事情，包括创办东北大学和修建奉天到海青的铁路，都是对东北影响极大的事情。第一次直奉战争之后，奉军能够迅速再度崛起，王永江的功劳其实还要甚于郭松龄。杨宇霆虽然有“小诸葛”之称，其实东三省真正的“诸葛亮”是王永江。
王永江字岷源，号铁龛，祖籍山东蓬莱，生于奉天金州（今辽宁省大连市金州区）。20岁时以县试第一的成绩考取优贡，从而步入仕途。除了才学过人，王永江头脑灵活，还颇懂医道，在辽阳警政供职期间，得到袁金铠的赏识。民初王永江在奉天省城税捐局任局长，得与张作霖结识，后被袁金铠举荐给张作霖。1916年，王永江出任奉天督军署高级顾问，后担任全省警务处处长兼奉天警察厅厅长，正是在这段时间里，王永江恪尽职守、廉洁奉公，得到了张作霖的信任。
1917年，王永江出任奉天省财政厅厅长兼东三省官银号督办，从此开始成为张作霖不可或缺的亲信。在王永江任职期间，东三省的财政收入颇有起色，也正是有赖于王永江对财政方面的出色调控，才让张作霖拥有大量资金扩充军备，从而成为北洋末期最大的地方军阀势力。在此期间，张作霖对王永江也是言听计从，即便是少帅张学良和军师杨宇霆也难与王氏相提并论。
王永江反对张作霖再度入关，但是也看出张作霖的野心，便准备辞官而去。24日，王永江向张作霖请假回老家探亲，当时正值王永江农历生日，张作霖以为他是为了躲避生日应酬，便允假。数日之后，张作霖接到王永江的辞呈，才知道王氏已决意归隐江湖。张作霖乃致电王永江，“尚望以大局为重，早日言旋”，并派袁金铠、张学良到金州，都被王永江拒绝。随后张作霖亲自去见王永江，也吃了闭门羹。王永江既已引退，张作霖身边只剩下好大喜功的杨宇霆，奉系之没落便难以挽回。
早在郭松龄还没有倒戈反奉之前，张作霖就已经在防备着冯玉祥，时刻准备与之一战。张作霖命令李景林移驻保定，以拒冯玉祥部第二军、第三军北上；以姜登选驻沧州、张学良驻天津、郭松龄驻滦州，是为了防备冯玉祥部自落垡进攻天津，切断津浦线，从而孤立山东；命令张宗昌在山东以临城为第一防线、兖州为第二防线、济南为第三防线，同时命令吉林督军张作相出兵热河，援助阚朝玺以遏制冯玉祥部出兵承德。
在郭松龄反奉时，张作霖便将关外的军队尽可能调入关内，只是派兵继续留守热河，以张宗昌和李景林的直鲁联军负责天津和沧州。待郭松龄战败之后，郭松龄的残部尽被张学良收编，只有魏益三依然宣称继续反奉。郭松龄被处决以后，魏益三将所部改为国民军第四军，正式投入冯玉祥的麾下。魏益三能够得到提升，乃是因为张学良的赏识，但郭松龄死后魏益三竟然投向冯玉祥，让张学良颇为痛心。张学良随即率部进攻魏益三部，于1926年1月19日夺回山海关，魏益三率部退至昌黎。
驻扎在热河方面的阚朝玺原本是有意投向郭松龄的，当时他曾提出三个条件：一是张作霖下野，二是张作相仍然督军吉林，三是事成之后由阚朝玺督军黑龙江。但郭松龄当时乃是准备一力管理东三省，并不打算让阚朝玺入主黑龙江，遂倒向奉系反对郭松龄。郭松龄随即以所部第十一师宋哲元部进攻承德，阚朝玺只好退往奉天，郭松龄部于是占领热河。张学良在攻下山海关以后，以于勋进攻朝阳，然后再进承德，随后奉军汤玉麟部进攻承德，宋哲元力战不敌，只好败走多伦。
奉军入关以后，海军也频频在大沽口外出现，时任临时执政的段祺瑞于21日致电张作霖，希望“所有西上师旅，即日撤退出关，各不相侵，共谋康济”。但段祺瑞的通电并未得到张作霖的回应，奉军这一次入关，张作霖要对付的就是冯玉祥，所以先头部队一面直奔滦州，一面直扑热河。同时，入关的奉军将大本营设在锦州，防线则是自秦皇岛到北戴河、自海阳到抚宁、自昌黎到安山。
2月2日，张学良自山海关抵达秦皇岛，遂分配作战任务。张学良自任第一路军总指挥，自昌黎进攻滦州；韩麟春指挥第二路，自抚宁进攻卢龙。除此以外，又以万福麟部进占冷口，而后攻永平，以汤玉麟部进攻朝阳。而魏益三虽然一心要拥冯反奉，但自张学良入关之后，魏益三所部的很多官兵都开始与奉军私下联系，甚至传出哗变的消息，冯玉祥下野后署理西北军军务的张之江只好把魏益三部自滦州调往保定。
另一方面，吴佩孚既然已经与奉系结成同盟，便与奉军和好，此时寇英杰在河南进展不顺，吴佩孚便调靳云鹗自山东入豫。张宗昌又拨给靳云鹗30万元充作军饷，促成靳云鹗离开山东以后，他便和李景林协力进攻直隶。张宗昌和李景林的直鲁联军自德州分兵两路北上：一路由东昌进攻大名，一路自达镇进攻泊头，进逼沧州。20日，直鲁联军攻克沧州，随后以左翼进抵阜城、交河，以右翼进抵盐山、枣强。22日，李景林移驻沧州，先头部队自兴宁镇攻克青县进驻马厂。
冯玉祥部第一军本来已经返回西北，在直鲁联军进逼京畿之后，只好又回师驰援天津、保定。韩复榘率领第一旅赴马厂督师，张之江、鹿钟麟部开赴杨柳青，另派第六旅自杨柳青开赴前线。张之江命令韩复榘为津浦防务总司令，魏益三为保定防务总司令。冯玉祥部与张宗昌、李景林的直鲁联军在马厂展开激战，直鲁联军方面以张宗昌为中路、李景林为左路、褚玉璞为右路。28日，鹿钟麟率本属冯玉祥的治安卫队旅出京，偕孙岳到前线督战，在静海设司令部。
同时，张宗昌又命令青岛毕庶澄部的第三十二师和海军陆战队乘坐“海圻”“海琛”“华甲”三艘军舰、“广利”“成利”两艘轮船分别在秦皇岛和大沽登陆，配合直鲁联军夹攻天津。鹿钟麟全力反攻，以中路的韩复榘、郑成思由唐官屯正面进攻，以左路的门致中、刘廷琛会同徐永昌由静海出四角口攻侧面，以右路的弓富魁、周士琦、高贵滋由虞县抄袭青县，断直鲁联军后路。
到3月间，奉军自陆海两方面进攻西北军，津浦线方向的西北军遂丢掉大名，京奉线的西北军退出滦州，奉军还在大沽口截获了价值250万元的军火。就在奉军与冯玉祥部交战之际，山西督军阎锡山派商震出兵石家庄，与直鲁联军会师进攻保定，京汉线的西北军随即陷入苦战，身处奉军的四面包围之中。