第二次直奉战争是民初真正意义上的第一次战争，之前的军阀战争，大多都是朝天放枪炮，私底下靠烟土和银元决定胜负。到第二次直奉战争，真的是针尖对麦芒，身居“中国最强者”的天之骄子吴佩孚，遇上雄心万丈的“东北王”张作霖，端的是龙争虎斗，难分伯仲。但一场本该是硬碰硬的大阵仗，愣是被冯玉祥的临阵倒戈倒尽了胃口。而第二次直奉战争既是奉军的顶峰之战，亦是由盛转衰的拐点，第二次直奉战争之后，其实张作霖再也没有在强硬的对手身上讨得到便宜。
直奉双方在山海关展开激战，这是民初北洋军阀历史上真正的一次交火，双方你来我往，互有损伤。但是两相比较，其实是直系伤亡更大。张学良在晚年口述时，曾回忆起直奉战争与吴佩孚的对垒，他说，“他把他的军队就是陆续地增加，明白？来了一个师，叫我们给打完了；再来一师，叫我们给打完了，他继续增加”。吴佩孚与张学良之间的微妙关系暂且不论，但张学良所说的却有道理。因为吴佩孚采用的战术，仍然是旧式的，或者说是带着新式面貌的旧式战术，也就是人海战术。如果是在以前的战争中，吴佩孚的战术可以说是十拿九稳，古战术中有“人多势众”的说法，说雅了叫“投鞭断流”，说俗了就是“一人一口唾沫也能把你淹死”。
早期的北洋军阀内战，军阀大多都有两个特点，要么“惜势”，要么“惜命”。有了枪杆子才有话语权，因此两军交战，谁掌握了势头，其他的军阀就会纷纷倒向谁，战争不用打就结束了；有的是打着打着，一看对方势头庞大，要么投降，要么就扔下部队自己跑了。皖系军阀中的徐树铮，平素飞扬跋扈的人，直皖战争时一看形势不对也就开溜了。北洋系打仗，打归打，不能伤了和气，所以“势头”很重要，得势就能得胜。
这一招在以前可以说是屡试不爽的，只要一上来做足了破釜沉舟的拼命架势，一般都能获胜。各派军阀都喜欢用并不显赫的将领担任先头部队的领导，往往也都是因为这个原因，因此谁在部队里越是混不吝，谁越容易得到晋升的契机，比如倪嗣冲、吴佩孚、孙传芳、张敬尧、张宗昌这类人。但问题在于，他当小将领的时候当然愿意冲锋陷阵，但他升官发财了，就不能再跟愣头青似的不管不顾了。
第二次直奉战争时的彭寿莘，人称“刺儿彭”，就是个愣头青的潜力股，也被吴佩孚委以重任。但遗憾的是，北洋系流传已久的传统，被奉军给打破了。奉军打仗不是靠人，而是靠枪炮，当直军喊杀着冲向奉军时，奉军不是扑上去迎击，而是用枪炮和飞机慢慢蚕食直军的阵地，然后一步一步逼近。因为有兵工厂的支持，奉军在使用弹药上毫不吝惜，几乎是不间断地对直军的阵地进行狂轰滥炸，等到把战壕夷为平地，直军就一个个跟活靶子似的暴露在奉军的面前。
前面说到奉军大力发展的迫击炮，就是两军对峙时的克敌利器。奉军的迫击炮分为曲射和直射两种。两军对峙的时候，曲射的迫击炮可以把炮弹打进敌人的战壕，而且杀伤力大，使敌方遭受重大伤亡；而对方冲锋的时候，则可以利用迫击炮直射，很快就能扑灭敌方的攻势。正是凭借迫击炮的大量使用，使得直奉两军一交火，直军便被奉军的炮火打蒙了。
所以，当直奉两军在山海关陷入胶着，其实占据优势的却是奉军。直军在前线始终无法占据主动，而付出的伤亡却愈加巨大，这也是导致军心涣散的重要原因之一。第二次直奉战争中的直奉两军对垒，直军仍然故步自封在北洋时代，而奉军已经率先拉开了新时代的帷幕。作为旧式北洋军人的吴佩孚，终于亲自见证了北洋末世的序曲。但真正给予吴佩孚致命一击的，并不是奉军，而是他背后的直军将领。
其实与吴佩孚倒戈相向的并不只是冯玉祥、孙岳、胡景翼，直系的“三把手”、“天津派”魁首王承斌业已准备倒戈。同样的兵败，第一次直奉战争后奉系兵败，奉军各部纷纷退至关外，张作霖主力尚存。而直系兵败，则是“树倒猢狲散”，冯玉祥在北京软禁曹锟，其他的直系将领纷纷溃退，吴佩孚只好以张福来、彭寿莘、靳云鹗布置成三大防御线，自己则率兵驰回京畿，希望能够力挽狂澜。
张作霖听说吴佩孚率部离开前线驰援京畿，便派出飞机向直军战壕里撒传单，包括冯玉祥、孙岳、胡景翼的通电，以及吴佩孚已经逃离，直军唯有投降才有生路。直军方面则以钢板加固阵地，以防御奉军炮火的袭击，但面对奉军铺天盖地的传单，直军的军心多少已经受到了动摇。正是利用这个机会，奉军将领张宗昌率领所部16000人突破直军的防线，击破直军董政国的第九师、第二十师后攻入冷口。
27日，郭松龄率所部的3个步兵团、1个山炮营白天休息，夜间行军，秘密潜至九门口。同时，张宗昌、胡景翼部则占领滦州，一面南下和山海关的奉军联手，围攻秦皇岛及山海关的直军，一面则分兵追击董政国残部，然后进攻唐山。张宗昌和胡景翼联手将直军截成两段，并切断了山海关和天津的交通，直军将领张福来败退。郭松龄部穿过山间峡谷，于28日凌晨奇袭九门口。守卫九门口的直军遂被击败，全线溃退。
29日凌晨，郭松龄占领九门口重镇石门寨。此时投降奉军的皖系将领吴光新占据海州，炮击秦皇岛，随后郭松龄所部宋九龄在炮火掩护下顺利占领北秦皇岛。是夜郭松龄留下一个团固守秦皇岛，率部径扑北戴河，并命令3个旅继续向前推进。与此同时，张宗昌自滦州南下，而张学良也自长城低处冲入关内，直军便陷入奉军的包围之中。到31日，自山海关到唐山一带的直军已经完全失去抵抗力，奉军以吴光新的骑兵为先锋，自古冶、芦台向塘沽疾进，与在北京的冯玉祥部、胡景翼部相呼应。
11月4日，奉军占领塘沽，吴佩孚率领残部乘舰南下，此时直军的抵抗已经基本中止。17日，张作霖抵达天津，随即电邀冯玉祥到天津会晤。自民初以来，天津就成了一个特别的地方，军阀入京一般都会先莅临此地，待该谈的事情谈妥了才入京，因此民初的政治大事都是在天津完成的，进北京不过是走个过场。冯玉祥、段祺瑞和张作霖的此次天津会议，主要议题就是在直系战败之后，如何重新划分各派的势力版图。
冯玉祥原属直系，又在西北经营多年，所以京畿和西北的地盘他要维护。皖系原本在东南一带势力很大，直皖战争后几乎都被直系掌管，再度掌权之后，皖系将领卢永祥、吴光新等自然要南下收复旧地。奉系的张作霖早已经不满足于东三省，他在关外励精图治，就是为了再入关与天下英雄争个长短，除了扩张自己的地盘，他也希望能够借此控制北京政府，树立自己在北洋系中的威信。
在第二次直奉战争前，原本的反直同盟是以段祺瑞、孙中山和张作霖为主，冯玉祥发动北京事变倒戈之后，将所部直军改编为国民军，即倒向南方的国民政府，名义上算是孙中山的代表。经过天津会议，决定推举在北洋系中颇有权威的段祺瑞出来临时执政，所谓的“临时执政”其实是说给南方的孙中山看，以证明不是北洋系要继续控制政府，而是情势所迫，以段祺瑞来过渡。
但是张作霖支持段祺瑞执政，并不只是考虑过渡。在天津会议之前，冯玉祥就已经先行设立了内阁，以黄郛出任临时国务总理。张作霖扶持段祺瑞出山，就是不想冯玉祥独自把持北京政权，利用皖系的力量来对抗冯氏。23日，段祺瑞自天津乘车抵达北京，冯玉祥和黄郛亲自到车站迎接，段祺瑞于翌日在陆军部大礼堂宣布就任中华民国临时执政。临时执政府是过渡性的组织，总揽军民政务，统率陆海军，并没有再设立内务总理职务，实行的是临时的民主集权制。
在段祺瑞宣布就任临时执政的当日，张作霖终于抵达北京。张作霖入京以后，冯玉祥的气势迅速被打压下去。奉军将领李景林先是在天津缴了直军大将王承斌的械，王承斌原本已经投靠奉系，在被缴械之后，王承斌逃到天津英租界避难，随即通电辞职。李景林进入北京以后，便将所部分别驻扎到城内外各重要据点。张学良、郭松龄随后也率部开入北京，张学良带着一个营进驻城内的顺承王府，郭松龄则带着一个团的精锐部队进驻北京城北的黄寺，张作霖进入北京以后便下榻在顺承王府。在奉军不断涌入北京城之后，便迫使冯玉祥部让出了北京、保定、宣化等防地。
奉军咄咄逼人，让冯玉祥部的将领深感不满。30日晚，胡景翼和孙岳一起去见冯玉祥，告诉冯玉祥自己防区被奉军逼迫让出，并主张趁张氏父子都在北京，发动突击解决掉张氏父子，然后招抚群龙无首的奉军。据说当时胡景翼和孙岳还草拟好一道向奉军防区以及顺承王府进攻的命令，冯玉祥与二人就此事进行了反复研究，并向警卫部队下令准备应变。但是在经过仔细研究之后，还是没有必胜的把握，遂又下令取消了发动突击的命令。
12月2日早晨，张作霖获悉冯玉祥、孙岳和胡景翼秘密会议的内容，便紧急命令所有奉军撤出北京，他来不及向段祺瑞辞行，便匆匆乘火车去天津，抵达天津之后，一部分的奉军也撤到了关外。张作霖离开北京之后，冯玉祥部得以再度掌握京畿的各防区。正当张作霖和冯玉祥剑拔弩张之际，孙中山先生于4日抵达天津，一定程度上缓和了张、冯之间的矛盾。但孙中山抵达天津后不久，舟车劳顿加之国事纷扰，导致肝病加重，由孙中山、张作霖、冯玉祥和段祺瑞召开的巨头会议始终未得机会召开。
就在孙中山抵达北京之后，张作霖已经在和皖系将领计划发兵南下。1924年12月7日，张作霖在天津召开军事会议，皖系将领卢永祥、吴光新以及在京畿附近的奉系将领都纷纷到会，讨论解决长江各省办法。根据这次军事会议讨论的结果，决定请段祺瑞下令免去齐燮元的职务，如果齐燮元反抗，则趁机南下。11日，北京政府接连发布两条命令，一是“江苏督军齐燮元免职，江苏督军一缺即裁撤，以江苏省长韩国钧暂兼督办江苏军务善后事宜。特派卢永祥为苏、皖宣抚使，卢永祥的直隶督办缺则由李景林暂署”，二是“热河都统米振标着来京供职，所辖军队交阚朝玺妥为收束，并任阚朝玺署理热河都统”。
12日，奉皖双方再次召开巨头之间的军事会议，奉系方面的张作霖、张学良、杨宇霆、李景林、张宗昌以及皖系方面的卢永祥、吴光新等在天津曹园会商讨江苏的用兵计划，决定由皖系将领卢永祥率奉军南下。奉军随后便成立了南下宣抚军司令部，以姜登选为总司令，韩麟春为副总司令，负责调派南下作战事宜。
直隶的争夺再次成为焦点，直隶地处京畿之地，位置险要，张作霖和冯玉祥自然都不愿意放弃。北京政府当时任命的直隶督办是奉系的李景林，但冯玉祥部的孙岳当时驻扎在保定，当时北京城里还有冯玉祥部的鹿钟麟。段祺瑞此时虽然身居临时执政这样的高位，但是也必须要平衡张、冯之间的关系，于是一面任命李景林为直隶督军，一面默许孙岳和鹿钟麟的部队留在京畿以及直隶境内。段祺瑞的这个做法算是让张作霖和冯玉祥都勉强能够接受，张作霖便回到了奉天，冯玉祥也在13日赴西北巡视。
另一边厢，直系军阀齐燮元在江苏不得人心，北京政府的任命下来，他就致电段祺瑞，表示愿意遵从政府的命令，于14日与韩国钧交接所有政务。韩国钧于14日通电宣布暂兼江苏督军，江苏军界的本意是以支持韩国钧就任，从而达到反对卢永祥南下的目的。但此时卢永祥率奉军南下已成定局，本来想要离开南京的齐燮元又停住脚步，他准备利用保安总司令的名义调遣江苏军队，并联络直系将领孙传芳、方本仁、萧耀南等共同抵抗南下的奉军。但方本仁实力不济，萧耀南重在自保，而卢永祥所率的五六万奉军迅速南下，齐燮元只好急忙离开南京而奔赴上海。
在奉军南下、齐燮元离开南京的这段时间，是江苏一带最为混乱的时期。齐燮元离开江苏，韩国钧本身是个政客，没有能力节制苏军诸将。加之奉军南下，江苏省内一片混乱，由此也牵涉上海局势出现变动，一直处于观望态度的直军将领孙传芳借机进攻松江。奉军只好又添调后备队入关，张宗昌把津浦线的火车改装成装甲列车，率所部3万余人沿津浦线南下。30日，北京政府任命宫邦铎出任苏军第六师师长，其原职务由何丰林继任，造成了第六师一部分部队哗变，在驻地附近大肆抢掠。
当张宗昌率部南下时，直军的防区已经没有多少，只有徐州驻扎着陈调元的一个师。陈调元和张宗昌早就相熟，当初张宗昌投到冯国璋麾下时，陈调元正担任南京宪兵司令，两个人在吃喝嫖赌上颇为投机，张宗昌为人大方，每每都是他出资请陈调元出去花天酒地，还花钱替上海名妓花四宝赎身给陈调元当姨太太。有这样的交情在先，陈调元即借口重兵压境、无力抵御，把部队调开，使得张宗昌不费一枪一弹便占据徐州。在占据徐州之后，南京门户洞开，张宗昌便率部顺利抵达长江边，准备渡江。
孙传芳在1925年1月2日攻入松江，随即于5日和6日连发两封通电，反对奉军南下。但奉军旦夕之间已经进抵安徽，7日，卢永祥抵达蚌埠，张宗昌则率军进驻浦口。在第二次直奉战争前，卢永祥被齐燮元逐出浙江，他的旧部第十师就驻扎到了江北，此时在卢永祥的授意下，第十师自江北开赴南京。而原本驻扎在南京的齐燮元旧部苏军第二师和第六师以及补充旅，在接到韩国钧的命令之后，都调驻到镇江、江阴。
10日，卢永祥和张宗昌携手进入南京。翌日，齐燮元策动上海事变，然后和孙传芳分别掌握上海，遂率先宣布本部已经占领上海，拒奉军南下。12日，段祺瑞责成卢永祥会同苏军总指挥秦洸迅速戡定上海事变，并于13日下令劝说孙传芳将部队撤回浙江。另一边，卢永祥则在南京将宣抚军兵分三路：以奉军将领张宗昌为宣抚军总司令兼第一路军总指挥，参谋长臧致平兼第二路军总指挥，军务帮办陈调元兼第三路军总指挥，江苏全省水陆警备司令冷遹为戒严总司令。