在东昌战役中，北军损失惨重，又折了骁将张玉，只有退回北平休整才能再战。
可是，南军不准备让北军获得喘息之机，建文三年（公元1401年）正月，平安、吴杰率领南军继续向处在馆陶一带的朱棣发起进攻，试图切断北军归路。
朱棣遭遇了严重危机，到了成王败寇的关键时刻。
攻击北军的南军大将平安是朱棣面对的一个劲敌。平安早年就跟随朱元璋起兵，因为年纪小，被朱元璋收为养子，史称他“骁勇善战，力举数百斤”。(1)平安颇得朱元璋欢心，跟朱棣也很熟，曾长期在朱棣的指挥下战斗。
朱棣对平安的能力是认可的，“靖难之役”刚开始的时候，他曾对部下将军们介绍过平安“平安，竖子耳。往岁从出塞，识我用兵，今当先破之” 。朱棣嘴上骂着竖子，行动却很诚实。这次面对平安，朱棣很紧张。因为平安已经挡住了他撤往北平的道路。
可惜，平安兵力不足，只有五千多人，虽然一度截住了北军，实在无法彻底挡住朱棣。于是，朱棣撤回了北平。
回到北平，确认了张玉的死讯，朱棣失声痛哭：“胜负常事，不足虑。艰难之际，失此良辅，殊可悲恨！”(2)朱棣是高明的军事统帅，他深知张玉之死着实损失大，但他更希望借助惋惜张玉来维稳军心，激励将士们杀敌。当然，朱棣痛惜张玉是真心的，后来评定功臣时，他亲自评定：“论靖难功，当以张玉为第一。”追封张玉为荣国公，依徐达例追授“河间王”，让他成为继中山王徐达、开平王常遇春、岐阳王李文忠之后的又一个异姓王。
北军这边，办完张玉的后事，朱棣虽然没有颓废，但是有些信心不足，准备休养一阵再做打算。姚广孝此时发挥了重要作用。出兵前，姚广孝给朱棣算过一卦，鼓励他前进，说“师行必克，但贵两日耳！”姚广孝眼见东昌兵败，又一次重新向朱棣解释道：“两日，昌也，自此全胜矣！” 这种解释虽然纯属封建迷信，但对朱棣的信心是一针强心剂。
建文三年（公元1401年）二月，朱棣亲自主持了北军阵亡将士祭奠仪式，并“脱所服袍焚之，以衣亡者”。北军士气大振，厉兵秣马，准备南下。在此之后，朱棣转变了对待南军俘虏将领的态度，不再杀俘，转为释放被俘南军将士，收取人心。
南军那边，盛庸东昌捷报一到，建文帝立即恢复了齐泰和黄子澄的官职，这种儿戏的做法，只能暴露他的幼稚。此外，南军兵力已经不足。开战时动辄五六十万人马的超大兵团作战已不可能，盛庸手头的兵力只有二十万左右，骑兵较少。盛庸为他的部队装备了大量火器，提升了守备实力，但是攻击力和机动性依然不足。
于是，盛庸继续采用耿炳文的策略，集中主力二十万人守备德州，吸引北军来攻；吴杰、平安率部守备真定，两军相聚两百里，准备北军进攻时从侧后发起反击，将北军包围于坚城之下，再打一次东昌府那样的胜仗。
这种战役布局说明盛庸确实是一个合格将领，但是他的对手朱棣是战神。
朱棣一眼就看穿了盛庸的战役布局企图，主动插入德州和真定之间，吸引南军舍弃坚固的城池，与骑兵占优势的北军野战。但是他的这个决策遭到了北军很多将领的反对，大家的担心都是一样的：“军介两敌，使彼合势夹攻，吾腹背受敌，奈何？”(3)
一般的指挥官都会这样想，因为谁愿意在战场上被敌人前后夹击呢？而且在战役布局上，一般的指挥官也不可能主动往敌人设定的战场上冲。
朱棣自然不一般。他插入南军防线中间的理由是：“百里之外，势不相及。两军相搏，胜败在呼吸间，虽百里不能相救，况二百里哉！” 从他的这段分析中，我们可以发现真正的指挥经验。所谓战场布局，其实特别需要具体问题具体分析。
盛庸布局中，两军相隔两百里，因为他认为朱棣的北军在10天之内不可能攻下德州，那么真定方面的吴杰、平安军就有可能从侧后杀到，完成包围北军的计划。但这个战役布局有两个问题：第一是北军必须要攻击德州，第二是北军的攻击必须在德州撞得头破血流。
那朱棣为什么要将北军插到两点之间呢？原因也很简单，吸引对手离开坚固的城池和他野战，他有信心在野战中迅速击败两个对手中的任何一个。而且两军野战的话，胜败应当在一两天之内，而两百里至少要走五天，援军很难赶到。
建文三年（公元1401年）三月，朱棣率军南下攻向德州，盛庸率领南军主力二十万进至夹河，结营备战。三月二十二日，朱棣开始向驻扎夹河的南军发起进攻。
这次盛庸依然准备以巨盾和火器列阵对付北军骑兵冲锋，而朱棣却改变战术：专门针对盛庸军左翼，以步兵先冲，为骑兵在盛庸的步兵阵中撕开一个突破口，再投入骑兵猛击。北军大将谭渊亲自率领骑兵猛冲南军阵地，结果突然“马蹶被杀”。(4)谭渊是北军骁将，他的被杀导致整个北军士气低落。盛庸的布阵厚实，北军步兵多次冲锋都没能撕开口子。
就在这时，北军猛将朱能率军赶到，向南军右翼发起猛烈攻击，几乎将南军一侧突破，盛庸的注意力被朱能的冲锋吸引过去，关键时刻，朱棣亲自指挥三千营精锐骑兵，踏着步兵好不容易撕开的南军左翼突破口，猛地插入南军军阵纵深。
南军大乱，“庸部骁将庄得、皂旗张等俱战死” 。盛庸见军阵已被突破，再战不利，主动收缩，撤出战斗。朱棣畏惧南军火器齐射，也不敢穷追，双方第一天打成平手。经过一天战斗，盛庸急盼吴杰、平安军从北军后方发起进攻，但吴杰、平安还在百里之外，至少要两三天才能赶到。
第二天，盛庸再次厚集兵力，企图通过战斗消耗北军，等待支援。这一日双方的布阵是：“燕军东北，庸军西南”，(5)本来这个布阵没有什么问题，但是战场的天气却让这个布阵意想不到成为决定胜负的关键。两军激战半天，彼此都已筋疲力尽，北军忌惮南军火器，不敢随意发起骑兵冲锋，因此只能用步兵与对手拼消耗，找机会；南军缺少骑兵，不敢从两侧主动攻击，因此也只能用步兵拖住对手。朱棣身经百战，虽然焦急，却也没有办法。盛庸则对战场局势比较满意，因为拖得越久，吴杰、平安部队到达的概率就越大。可是，就在正午时分，“忽东北风大起，飞尘蔽天”。 漫天的风沙迷住了盛庸麾下火枪手的眼睛，朱棣乘风率领三千营从左右两翼猛攻盛庸军，盛庸使用旗帜的指挥系统彻底被风沙打乱，全军指挥不灵，陷入一片混乱。步兵战阵一旦被突破，面对骑兵就只剩下被砍杀的份了，于是盛庸再次大败，逃回德州。
史称盛庸“大败走还德州，自是气沮” ，本就无兵力优势，又无骑兵优势，此战，盛庸军损失惨重。
盛庸夹河大败，朱棣却意犹未尽，他盯上了吴杰、平安军，双方在藁城激战。这一仗南军弓弩、火器齐发对着朱棣的帅旗猛打，旗帜被打成了筛子，可是朱棣本人毫发无损。
为什么不打朱棣呢？是因为建文帝下过明诏——“毋使朕有杀叔父名”(6)。
而且朱棣的运气也出奇的好。藁城之战关键时刻，战场上突然又刮起了大风：“会大风起，发屋拔树，燕军乘之，杰等师大溃。” 南军大将平安甚至被风从瞭望台上吹得摔到地上，全军再次失去指挥，部队四散奔逃。两场战役下来，南军被斩首超过六万人，基本丧失和北军进行主力会战的能力。
“靖难之役”中，朱棣在白沟河战役、夹河战役和藁城之战中三次得到大风的援助。如果一次是意外，两次是偶然，三次就不能简单用运气来解释了。朱棣作为军事指挥员真正做到了《孙子兵法》上说的“知天知地，胜乃不穷”(7)。
如果说白沟河战役时的大风还是意外事件，那么夹河战役时，朱棣北军布局就肯定考虑了战场的天气情况。因为他特意把部队布置在东北方向，结果北军顺风猛攻才导致南军夹河战役的惨败。这个战前部署和古迦太基名将汉尼拔在坎尼战役中的顺风布阵十分相似。
击破南军主力，取得连续两场大捷之后，朱棣统率北军在河北大地如入无人之境，连续攻下多个战略要地，顺德、广平、大名的南军纷纷投降。北军进驻大名，一时之间，形势大好。
建文三年（公元1401年）四月间，建文帝见前方兵力消耗殆尽，形势不妙，决定利用讲和拖延时间。他一边再次主动将齐泰和黄子澄贬到了外地（当然，暗地里建文帝还是让这两个人募兵，弥补前线的损失），一边派人给燕王朱棣做解释。
朱棣得到消息，立即给建文回了信，陈述自己的委屈，同时指出建文帝的和谈是缓兵之计，拒绝罢兵。
将士皆曰：“恐非诚心，姑以饵我。不然，吴杰、平安、盛庸之众当悉召还，而今犹集境上，是奸臣虽出而其计实行。”臣思其言，恐亦人事或然也，故不敢遽释兵。惟陛下断而行之，毋为奸邪所蔽。(8)
朱棣可是老江湖，没有建文帝这么天真，更不可能上当。这时建文帝身边只有方孝孺，于是他出了一个馊得不能再馊的主意。
燕兵久顿大名，天暑雨，当不战自疲。急令辽东诸将入山海关攻永平；真定诸将渡卢沟捣北平，彼必归救。我以大兵蹑其后，可成擒也。今其奏事适至，宜且与报书，往返逾月，使其将士心懈。我谋定势合，进而蹴之，不难矣。(9)
意思让辽东军入关西向北平，与盛庸夹攻朱棣。
朱棣一眼就看透了建文帝和方孝孺假和谈、真备战的花招，当场抓了朝廷使者，带着部队直接招呼过去。建文三年（公元1401年）五月，德州、真定一线的盛庸、吴杰、平安各军已经没有力量和燕军野战，接到方孝孺草拟的诏书，只能派出骑兵部队袭扰北军北平至大名的粮道。朱棣发火了，直接派出北军的轻骑兵冲到在大运河徐州、沛县一带放火烧了南军运粮船。德州的南军部队开始饿肚子。
方孝孺的夹击方案胎死腹中，朱棣还嫌不过瘾，让朝廷使者带回了自己的和谈方案给建文帝。
臣为藩王，富贵已极，复何望！天子素爱厚臣，一旦为权奸谗构，以至于此。臣不得已，为救死计耳。幸蒙诏罢兵，臣一家不胜感戴。但奸臣尚在，大军未还，臣将士存心狐疑，未肯遽散。望皇上诛权奸，散天下兵，臣父子单骑归阙下，唯陛下命之。(10)
这话说得就比建文帝有水平多了。朱棣表态软中带硬，绵里藏针。实际条件是三个：第一，宰了齐泰、黄子澄（没有方孝孺）；第二，南军立即罢兵；第三，赦免自己父子。
有意思的是，建文帝动摇了，准备答应朱棣的要求，但在方孝孺坚决反对下，方才作罢。当然，也不能假设建文帝如果接受朱棣条件的话，朱棣一定会遵守约定。因为双方都清楚，走出造反这一步，就不可能回头了。
于是双方在建文三年（公元1401年）五月至十月间，又在河北大地拼杀了几个月，南军败多胜少：平安试图偷袭北平，盛庸希望恢复粮道、大同守将房昭进军紫荆关和辽东军进攻永平等一系列努力全部失败。南军的军事力量进一步被消耗，坐困河北大地。
但是，杀敌一万自损八千，朱棣发现自己损失也很大，耗不起了。当年建文帝削藩的把握就在于“始削藩议起，帝入泰、子澄言，谓以天下制一隅甚易”(11)。虽然朱棣一番胖揍之后，朝廷暂时打不过北军。但朱棣所面临的战略形势依然危险：以北平一隅之地对抗整个国家，如此长期对峙下去，谁胜谁败不可知。从历史经验看，朱棣发现他一旦在战场上被打败一次，那么他的部队就有可能崩溃；反过来，只要建文帝还在南京坐镇，那么南军败一百次，也可以想办法恢复。
怎么办？朱棣想不出办法。于是建文三年（公元1401年）十一月，征战一年的朱棣回到北平同姚广孝商量。姚广孝对时局的看法和朱棣一样，于是他建议朱棣只有趁着南军主力被严重削弱的时候，立即南下，直扑南京才有可能赢得“靖难之役”。
姚广孝提出了他的作战方案：“毋下城邑，疾趋京师。京师单弱，势必?举。”(12)
直扑京师具有极大的冒险性。
首先，从距离来说，从北京到南京，直线距离超过1000公里。更要命的是，中间间隔中国三大水系黄河、淮河、长江。以明代的装备水平进行如此长距离的攻击，后勤如何保障，特别是最后如何保障北军部队可以跨过长江都是极难解决的问题。
其次，南军在各地设防，深入南军腹地，直捣龙穴，要面临被围歼的巨大风险。
最后，即使打到南京城下，该城拥有当时全世界最大、最厚的城墙，防御体系完备。北军野战能力强，但攻城水平差，打济南的惨状历历在目，更何况是比济南更加令人绝望的南京呢？
不过，朱棣没有更好的办法：不攻击南京，一直在河北、山东和南军拼消耗，没有胜算，只有搏一把，才有赢的可能性，但是太冒险了，怎么办？
就在朱棣犹豫不决的时候，“中官被黜者来奔，具言京师空虚可取状”(13)。中官就是当时在宫中服务的太监，为什么他们要背叛建文帝，投靠朱棣呢？很简单，建文帝“御内臣甚严，皆怨望，遂密谋戴燕王”(14)。这是说，建文帝和爷爷朱元璋一样，特别讨厌太监。
太监的背叛坚定了朱棣抛开一切，乾坤一掷率军南下的决心。他说出了人生中最慷慨的一句话：“频年用兵，何时已平？要当临江一决，不复返顾矣。”
风萧萧兮易水寒，壮士一去兮不复还！荆轲刺秦王一千六百多年后的燕赵大地，又一位慷慨悲歌之人，决定临江决战，不再犹豫。
建文三年（公元1401年）十二月，朱棣亲率北军南下。这次南下，朱棣决心坚定，准备充分。考虑到补给问题，朱棣集结了五军营的一部分兵力，加上三千营精锐，总兵力应该不超过十万。其余部队交给三个儿子，驻守北平，留守兵力应在十万左右，同时朱高煦还被要求做好巩固后方后随时南下支援，在未来的决战中他将起到决定性作用。
南军此时兵力已经大不如前，主力约二十万，仍在黄河以北布防，但补给线依赖运河粮道。此时南军也从蒙古招募了不少骑兵，擅长指挥骑兵作战的将领稀少，仅有平安等数人，总体不擅长野战，但守城则绰绰有余。
早前，朱棣就派李远率领精锐部队潜伏进入南下的重要节点，攻击南军后方补给基地，同时破坏南军粮道——“遣李远等潜走沛县，焚粮舟” (15)。
负责此次侦察、骚扰、断绝南军补给线任务的李远是北军一位智勇兼备的名将。他仅仅统率了6000名轻骑兵，“诈为南军袍铠，人插柳一枝于背，径济宁、沙河至沛，无觉者”(16)。这支扮成南军的北军从河北德州附近出发一路冲到沛县，在南军的深远后方竟然没有人怀疑这支部队。
于是，李远开始放火，南军最大的粮食囤积地彻底毁灭：“焚粮舟数万，河水尽热，鱼鳖皆浮死” 。一句话，烧粮烧到水都热了，把鱼鳖都烧死。你烧了我的粮食还想就这么挥一挥衣袖走人？盛庸当然不答应，他派袁宇指挥三万人来消灭李远的小部队，结果袁宇反而被李远设伏消灭了！
盛庸很尴尬，朱棣特别惊喜，特别意外。
断敌粮草是敌我双方都喜欢的策略，但是执行起来绝对不容易。
战争史上真正击破敌方交通线的战例不多，就是因为具备这样素质的将领太少。官渡之战中的乌巢烧粮，曹操统率下的五千轻骑兵，面对袁绍手下淳于琼过万守军和蒋奇几千人马的前后夹击，英勇作战，打赢之后这支部队直接被升格为“虎豹骑”。
李远用一系列出色的表现证明他是优秀的敌后作战专家。这进一步坚定了朱棣南下的信心，他决定再次派李远作为先锋前哨，前往淮河，准备渡河。
李远也没有让朱棣失望。建文四年（公元1402年）正月，他率领6000名轻骑兵出发，行到藁城附近就与盛庸军葛进步骑万余人遭遇。当时李远指挥的是这支先头部队中的先头部队，只有800人。
葛进见对手人少，怕北军跑了，下令骑兵把马系在林子里面，下马作战！这个谜之操作被李远发现，于是李远一边带着部队主动后撤吸引南军步兵追过来，一边分兵绕道背后劫夺南军的马匹，得手之后，骑兵前后夹击，把葛进打得大败，“斩首四千，获马千匹”(17)。
看来南军真正擅长骑兵作战的将领太少了。
开年就打胜仗，朱棣很高兴，他亲笔手书称赞李远：“将军以轻骑八百，破敌数万，出奇应变，虽古名将不过也。” 而后北军在李远先头部队的指引下，再一次冲到淮河流域，“复遣哨淮上，败守淮将士，斩千余级” ，兵锋直指京师南京。
眼见先锋得胜，朱棣也率领主力在馆陶渡过黄河，一路经东阿、沛县扑向南京的门户——徐州。南军大后方一片混乱，粮食军饷被北军趁势抢掠一空。那么此时仍在德州的盛庸和真定的平安在做什么？
建文四年（公元1402年）二月，盛庸和平安这时也回过神来，意识到燕王朱棣这次南下攻击的目标是南京，立即指挥南军主力，沿运河转兵向北军追了过来。
守江必守淮，盛庸认为自己不擅长指挥骑兵作战，且他是主帅，于是自己率领步兵拒后，屯兵淮河；平安指挥南军所能拼凑出来的四万精锐骑兵日夜兼程赶往战略要地灵璧（属今天江苏省宿州市），在淮河以北攻击北军。
建文帝也派出徐达长子魏国公徐辉祖率领禁卫军精锐三万人，加入淮河防线，帮助守备。徐辉祖是南军中最厉害的将领，却因为是朱棣的大舅哥长期不被信任，建文帝从来不敢给他兵马大权，反而相信草包李景隆。但眼看敌人就要打过来了，此时只能让徐辉祖上战场去，不过总指挥仍然是盛庸。
此时，南军中也有人觉得这个时候应该进攻北平。你打我老家，我也打你老家啊！这个人就是建文帝。建文帝命令还在山东的铁铉与“辽东总兵官杨文将所部十万与铉合，绝燕后”(18)。不过，屡战屡败的山东军和辽东军又遭惨败，史称这次围攻北平“为燕将宋贵等所败，无一至济南者”， 铁铉只能逃到淮上老朋友盛庸军中，和他一起组织淮河防线。
不懂军事的建文帝，使辽东军和山东军全军覆没，南军与北军最后的决战在灵璧开始了。
灵璧，古称“垓下”，是西楚霸王项羽兵败之地；朱棣要渡过的淝水，是前秦苻坚兵败之处。建文四年（公元1402年）四月，就在这古战场，“靖难之役”的大决战拉开帷幕。
此时，南军主帅盛庸沿淮河布防没有亲临一线战场。主持战役的是平定西南诸蛮族势力的洪武宿将何福。此人在朱棣出生之前，就跟随朱元璋，是太祖爷的凤阳老乡，能力很强，在讨伐西南的战役中屡立奇功。此次何福统兵近十万前来与平安一起对战朱棣。
战斗从一场桥梁争夺战开始。
建文四年（公元1402年）四月十四日，北军开始在淮河上架设浮桥准备渡过淝水。朱棣准备“先渡步卒辎重，骑兵随之”(19)。负责守备桥梁的是北军三大骁将之一的陈文，同时朱棣派另两员骁将王真率骑兵在北岸支援，李斌率部队作为预备队，三人都是千户，相当于北军中三个突击团的团长。
第二天，南军发起大规模进攻。淝水南岸，何福张开步兵大阵十余里宽，沿淝河由西向东浩浩荡荡冲杀过来。淝水北岸，平安率领蒙古骑兵直扑朱棣中军而来。朱棣正在组织渡河，冷不防南军半渡而击之，全线混乱：南岸的陈文首当其冲，被何福大军踏平，其本人当场被杀，南军“俘获数百人，遂斩陈文于阵”。北岸王真的警戒部队也抵挡不住南军蒙古骑兵的冲击，王真本人被围，自刎而死——“真身被十余创，自刎马上” 。
两个突击团团长都挂了，朱棣本人也被平安逼入险境：“王急，几为安槊所及，马蹶，不得前。” 多亏手下及时相救，朱棣才得以脱身逃回大营，但刚刚搭好的浮桥被南军夺走，北军士气一落千丈，双方隔桥对峙。
过了几天朱棣耐不住性子，决定留下几千人伪装主力继续与南军在浮桥对峙，自己率领主力乘夜“渡兵而南，绕出其后”，准备利用淮河水围歼南军主力。本来何福、平安都没有发现，结果好死不死，正撞上赶来支援的徐辉祖三万精锐禁卫军。忙活了大半夜的朱棣，被大舅哥打得灰头土脸，指挥预备队的骁将李斌也战死沙场。北军最厉害的三个骁将，短短几天全部殒命，士气几乎崩溃。紧接着江淮地区进入四月雨季，被雨泡的北军将士纷纷要求北归。
朱棣此时面临最难的选择：是撤回黄河以北，还是继续深入？这是一个问题，朱棣决定开会解决。会议开始，麾下将领都认为：“军深入矣。暑雨连绵，淮土蒸湿，且疾疫。小河之东，平野多牛羊，二麦将熟，若渡河择地，休息士马，观衅而动，可持久也。”(20)说白了就是看见困难绕着走，先退回去，过一天算一天。面对困难绝大多数人选择逃避，这是人性，不用多言。
朱棣不是一般人，他的见解高人一筹：“兵事有进无退。胜形成矣，而复北渡，士不解体乎？公等所见拘挛耳！”这种情况下再北渡后撤，哪里还会有机会让你再打回来？长久耗下去的情况，无非是晚一点失败。人生赌的就是这个关键点，压不压得上去。
一番动员之后，朱棣决定搞个民主投票，让愿意渡河的站右边，不愿意渡河的站左边，结果大出朱棣意料之外：“诸将多趋左。” 这时北军中军主将朱能挺身而出，“诸君勉矣！汉高十战而九不胜，卒有天下，岂可有退心！” 拼了！北军军心这才勉强被稳定下来，准备再战。
就在这时发生了两件影响战局的事情。一件是北平方向击破辽东军和山东军后，朱高煦率领精锐部队前来增援。另一件是徐辉祖被建文帝调回南京，何福、平安前线兵力吃紧。两边一增一减，天平开始向北军倾斜。
南军为啥这个时候不增兵反而把徐辉祖调走呢？史书上的原因是：“燕且北矣，京师不可无良将。”(21)是说建文帝这个时候以为南军要赢了，北军要撤了，所以把徐辉祖调走。这个说法只说了一半道理，敌人要输了，己方就要减少兵力，逻辑上是不完全解释得通的。
真正的理由至少还有两个：一个是建文帝依然怀疑徐辉祖，怕他在前线把燕王放跑了；第二个是此时南军粮食开始出现问题，需要减少兵力保证供给。
为啥李景隆五十万人在德州、北平不缺粮，何福、平安二十万人在灵璧反而缺粮了呢？其实很好解释，李景隆进攻的时候，粮食储备了半年之久，且正是秋粮入库的时节；此时的灵璧前线，四月份正是青黄不接的时节，加上李远几次破坏南军屯粮重地，所以南军缺粮。
何福见这样长期对峙下去不利，加上粮道有问题，于是撤出淝水军阵，移军灵璧，依托防御工事固守。在淮河一线驻守的盛庸，也知道前线缺粮，派出五万人给何福、平安运输粮食。
建文四年（公元1402年）四月二十五日，鉴于北军屡屡断南军粮道，这批粮食又是全军生命所在，平安亲自带领六万人马前去护粮。四月二十七日，朱棣得知这一消息，深知这是最后一搏，于是决定亲自指挥北军全部主力出击，与南军运粮护粮部队决一死战！
四月二十八日，两军在灵璧以南遭遇。朱棣这次首先故意以骑兵张开两翼向平安发起进攻，平安以为朱棣和以往一样企图让骑兵从两翼包抄，于是立即命令精锐骑兵丢下护粮步兵，分两路直冲北军骑兵而来。眼见平安军阵中路门户洞开，朱棣指挥三千营精锐从正面完全突破——“麾全军纵击，横贯其阵，断而为二，南军遂乱”，(22)平安没想到朱棣这次没有两翼包抄，而是中央突破。北军立刻将平安部切成两段，南军彻底混乱了！
此时在灵璧固守的何福得知消息也领兵前来增援，朱棣早就料到这一手，派儿子朱高煦率领生力军设伏等待，大破何福。一场激战下来，南军粮草辎重全被北军截获，部队损失数万人，何福、平安逃回灵璧。
当天，何福认为粮食被劫走，灵璧存粮不足，不宜久留，必须立即放弃此地，全军退往淮河一线与盛庸合兵一处就食。平安和所有南军将领都表示同意，于是南军决定不做休整，第二天饱餐一顿，立即突围，突围命令为三声号炮。
就在这天晚上，朱棣也在策划明天的攻击行动，约定攻城号令同为三声号炮——人背不能怪社会！所以，当北军打响号炮准备进攻的时候，南军以为是自己弃城撤退的命令，于是争相出城，秩序大乱，全线崩溃——“急趋门，门塞不得出，营中纷扰，人马坠濠堑皆满” 。
南军近二十万主力部队全军覆没，主将何福单人匹马逃走，平安、陈晖等十余位大将被北军生擒，精锐的蒙古骑兵全部被北军收编，南军一蹶不振。
随后，朱棣率北军以木筏渡过淮河，大败盛庸，尽收南军战船。紧接着，北军下盱眙、趋扬州，饮马长江，遥望南京，大业将成！
建文四年（公元1402年）五月，朱棣北军打到扬州，而后分兵攻略长江北岸的高邮、通州、泰州等地，搜集船只准备渡江。
建文帝在一江之隔的南京城里急得像热锅上的蚂蚁，四月本来很有希望获胜的灵璧决战被他的瞎指挥搞没了，此时南军在南京城内虽然有十几万部队，但已经没有多少骑兵，与北军野战取胜几乎不可能。而要凭借南京城死守，也需要时间调集粮草和援兵。
于是，建文帝立即采纳方孝孺的建议，再次与北军和谈，争取时间。为了获得朱棣的信任，建文帝特意派出了他的姑姑，朱棣的姐姐庆成郡主(23)作为首席谈判代表，渡江前来。
朱棣此时收集船只也需要时间，而且姐弟俩关系挺好，所以也就顺便给了姐姐一个面子，开始第二次谈判。如果说在河北大名的第一次谈判，朱棣可能还有一点诚意的话，那么这次和姐姐在扬州谈判，他可是一点诚意都没有。
就在庆成郡主与朱棣见面痛哭一番之后，朱棣询问自己的两个弟弟，削藩之初被削的周王朱和齐王朱榑的近况。庆成郡主以实相告：“周王召还，未复爵；齐王仍拘囚。”(24)朱棣彻底愤怒了，把人当傻子耍也要有个限度，这建文帝连样子都懒得做一下，一张嘴就要和谈，凭什么。既然你不给脸，那就彻底撕破脸。朱棣拒绝和谈，郑重回复道：
凡所以来，为奸臣耳。皇考所分吾地且不能保，何望割也！但得奸臣之后，谒孝陵，朝天子求复典章之旧，免诸王之罪，即还北平，祗奉藩辅，岂有他望。此议盖奸臣欲缓我师，俟远方兵至耳！
建文帝得到庆成郡主带回的朱棣答复，再次问计策于方孝孺，方孝孺说道：“长江可当百万兵。江北船已遣人烧尽，北师岂能飞渡？”
北军确实不能飞渡长江，五月的几次试探性渡江也确实被南军主将盛庸打败，但是六月，“江防都督佥事陈瑄以舟师叛，附于王”(25)。统领南军水军的陈瑄釜底抽薪，率领水军反水，建文帝最后的指望长江天险也化为泡影。对陈瑄的策反工作，很有可能在朱棣南下之前就已经取得成功，这也是朱棣敢于千里跃进的重要原因。
六月初三，燕王朱棣从瓜州渡过长江，六月八日，兵抵龙潭，距南京三十里，千里奔袭的北军终于杀到南京城下。
这个时候，南京城里还有十几万的部队，战将也有盛庸、徐辉祖等数人，南京城墙高厚，易守难攻，朱棣并没有立即攻打南京，而是驻军龙潭，和建文帝继续“和谈”。
建文帝这下是真的慌了，削藩削到自己头上，他唯一的办法就只剩下和谈求朱棣退兵，同时下诏书。但是他几次提出割地，都被朱棣视为空话，根本不理会；朱棣提出的和谈条件：“但欲得奸臣耳，不知其他” ，建文帝扭扭捏捏，不愿杀齐泰、黄子澄。
通过不断地和使者谈，朱棣一边在收买建文帝身边的人，比如李景隆（一说李景隆早就被收买），作为内应；一边又通过使者跟建文帝打心理战，让他彻底绝望。
这个时候，方孝孺让建文帝处死李景隆。当然，站在建文帝的立场上，李景隆败掉了南军几十万主力，确实该死，也早就该死。但是这个时候他还是握有兵权的金川门守将，此时杀他不是逼他倒向朱棣阵营吗？果然，朱棣兵临金川门，李景隆不战而降，坚固的南京城防洞开，朱棣攻入南京。
南军主帅盛庸“以余众降”， (26)南军武将大都归降。真正和朱棣死磕到底的只有他的大舅哥徐辉祖，他率领禁卫军与朱棣北军进行巷战，几次试图把朱棣赶出南京，都没有成功，最终兵败被俘。当然，老婆和老丈人的面子还是要给，朱棣把他关了一段时间就放了，让他回到魏国公府邸紧闭，连爵位都没有削。“止勒归私第，革其禄米而已。”(27)一年后，自己在家中去世。
徐辉祖的弟弟、朱棣的小舅子徐增寿是徐达幺儿，他才是朱棣真正的潜伏者，结果南京开城前潜伏多年的小舅子，试图活捉建文帝，向朱棣表功，却暴露了“身份”，被建文帝亲手砍死。朱棣觉得自己对不起小舅子，后来增封小舅子的儿子为定国公，与魏国公平级，于是中山王徐达一门出了两位国公，并且一直延续到明朝灭亡。
城破后，建文帝不知所踪，光正史当中的说法就有两种。
第一种说法是“宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日壬申葬之”(28)。这种说法是当时的官方说法，简单说就是建文帝举火自焚殉国。但朱棣自己都不信，继位后曾多次派人寻找过建文帝就是证据。
第二种说法比较有意思。
或云帝由地道出亡。正统五年，有僧自云南至广西，诡称建文皇帝。恩州知府岑瑛闻于朝。按问，乃钧州人杨行祥，年已九十余，下狱，阅四月死。(29)
皇帝死因不明的有很多，但是这么正经八百写在正史上尚不多见。这种说法表明建文帝死在正统五年（公元1440年）。但是有问题，朱允炆的出生年，正史虽没有明确记录，但记载他成为皇太孙的时间——洪武二十五年（公元1392年），这一年朱允炆16岁。
很简单的一个数学题，正统五年（公元1440年），也就是48年后，朱允炆应该是64岁，又何来的九十岁之说？如果他是真的建文帝，年龄不对，而且目的不明。
正史的第二个说法也是莫名其妙、不知所云。
所以，建文帝真正的行踪，根本无人知晓。《明史纪事本末·建文逊位》一节中曾有朱元璋已经为朱允炆留下密道，准备好度牒、袈裟帮他出家的记载。对建文帝逊位后的行址记载十分详尽，基本可以当看。无论如何，建文帝朱允炆随着大火消失在了历史的长河里。他 “天资仁厚、亲贤好学” 是个三好学生式的皇帝，年轻、没有经历世事，缺乏决策力，更无毅力，最后把一把好牌打得稀烂，也怪不得别人。真正和朱棣死磕到底的，是建文帝手下的文臣。
朱棣对他自己手下的北军将领很好，没有像他爹朱元璋那样搞卸磨杀驴式的大屠杀，其中大将张玉和朱能的家族甚至陪伴明王朝直到灭亡，但朱棣对南军将领，可没这么客气。
南军第一任统帅耿炳文，干的时间不长，后来回家一直养老，没再掺和朱家内斗。但是朱棣对他依然不放心，永乐二年（公元1404年）借有人弹劾耿炳文“僭妄不道”整耿炳文，结果“炳文惧，自杀”(30)，他的两个儿子也被下狱，不久都死在牢里。
南军第二任统帅李景隆结局最有意思。朱棣封他“奉天辅运推诚宣力武臣、特进光禄大夫、左柱国，增岁禄千石。朝廷有大事，景隆犹以班首主议，诸功臣咸不平”(31)。这有点黑色幽默——从某种角度上说，李景隆确实是朱棣的第一功臣。朱棣就差给他送一副“雪山千古冷，独照峨眉峰”的画，来表彰这位“潜伏者”的功绩。
当然，李景隆还是被朱棣处罚了，永乐二年（公元1404年），朱棣把李景隆赶出朝廷，圈禁在家。李景隆也是要脸的人，决定绝食自杀，可惜没有坚持下来，直到永乐末年才在家中病死。
南军第三任统帅盛庸，本来在投降朱棣后宣布退休，但是朱棣依旧起了杀心，于是在被人弹劾“怨望有异图”后，盛庸和耿炳文一样自杀了。
南军骁将平安投降后依然在明军中任职，小心谨慎地活到永乐七年，但是朱棣一句“平保儿尚在耶”(32)就迫使平安自杀，不过他的后代没有被株连，反而继承了他的位子。
何福虽然和朱棣成了亲家，女儿成了赵王朱高燧的妃子，但是也难逃一死，永乐八年（公元1410年）被人弹劾，被逼自杀而死。
有意思的是，弹劾逼死耿炳文、盛庸和何福的是同一个人，就是名列《明史·奸臣传》榜首的陈瑛。此人甘心被朱棣当成刀，杀了诸多名将，最后狡兔死，走狗烹，他也没好果子吃：“（永乐）九年（公元1411年）春，瑛得罪下狱死，天下快之”(33)。
处理完武将，还有一大堆文臣，他们下场更惨，这是为什么呢？要解释这个问题必须首先要来看一下引爆这颗炸弹的第一个人——方孝孺。
方孝孺本来是可以不死的。因为朱棣首席军师姚广孝特别推崇他，北军南下之时，特别叮嘱朱棣：“城下之日，彼必不降，幸勿杀之。杀孝孺，天下读书种子绝矣。”(34)首席军师的话，朱棣还是要听的，也愿意听。
朱棣决定给个机会，亲自劝慰方孝孺，并让他起草自己登基的诏书，相当于让方孝孺投靠自己纳个投名状。结果，方孝孺手书“燕贼篡位”四个字，戳到了朱棣的痛处。朱棣毕竟打过仗、扛过枪的人，脾气不小。俗话说：“骂人不揭短，打人不打脸。”方孝孺却当着众人打朱棣脸，朱棣勃然大怒，不收拾你，老子白干了！
朱棣恶狠狠地问了方孝孺一句：“汝安能遽死。即死，独不顾九族乎？”(35)这话太狠了，说白了就是要杀他全家。方孝孺的老婆孩子已经自杀了，他不怕！于是回了一句更狠：“便十族奈我何！” 这等于是火上浇油，朱棣气疯了，直接满足了他的愿望。
于是，方孝孺成为中国历史上第一个被诛十族的人，由于没有任何先例可以援引，朱棣就把他的学生单列一族也给杀了。
不过，《明史》和《明史纪事本末》的记载有些区别，《明史》没有提诛十族的事，甚至提到他的两个学生为他收尸入殓。虽然有区别，但是这两个说法可以统一起来，很可能是为方孝孺收尸入殓的学生后来也被杀了。
无论怎样，方孝孺惨死在朱棣的屠刀下，此后轮到齐泰、黄子澄。这两个人南京陷落的时候，都不在城里，先后“归案”，拒绝投降朱棣，被杀。齐泰稍好一些，“子甫六岁，免死给配” (36) 黄子澄全家被杀，“族人无少长皆斩，姻党悉戍边” (37)，只有一个儿子跑了出来“一子走，易姓名田经” 。
至此，“建文智囊团”全族被杀。这三个人能力水平固然有限，但有操守、讲道德、负责任，代表了我们文明内核的一种倔强和执拗。只是，他们长于道德文章，短于实践行动，确实值得深思！
死得最惨的是铁铉。严格来说，铁铉和朱棣没仇，甚至朱棣编写的奸臣二十九人名单里面都没有他的名字。所以，当他被抓到朱棣面前时，所有人都以为他最多和盛庸一样，对着朱棣磕个头，退休而已。结果，铁铉不但不磕头——“反背坐廷中嫚骂，令其一回顾，终不可，遂磔于市。”(38)背对着朱棣，不肯看他一眼，被杀。
另一种说法，则说明了朱棣残暴到了变态的程度：
（铁铉）陛见，背立廷中，正言不屈，令一顾不可得，割其耳鼻，竟不肯顾。割其肉，纳铉口中，令啖之，问曰：“甘否？”铉厉声曰：“忠臣孝子肉有何不甘！”遂寸磔之，至死，犹喃喃骂不绝。文皇乃令舁大镬至，纳油数斛熬之，投铉尸，顷刻成煤炭；导其尸使朝上，转展向外，终不可得。文皇大怒，令内侍用铁棒十余夹持之，使北面。笑曰：“尔今亦朝我耶！”语未毕，油沸蹙溅起丈余，诸内侍手糜烂弃棒走，尸仍反背如故。文皇大惊诧，命葬之。(39)
朱棣又一次气炸了肺，他下令把铁铉儿子发配充军，父母发配海南岛，老婆和两个女儿投入教坊司这座官营妓院当妓女！过了几天，朱棣估计冷静下来了，朱棣觉得自己堂堂皇帝和两个女人过不去有点不太合适，又让人把铁铉两个女儿放了出来，把她们嫁给了读书人。好歹算是了结了这事。
朱棣想不明白一件事，都是朱家人，他明摆着比建文帝强，而且这事情说破大天也是建文先要他的命，他才还手！凭什么我九死一生打赢了，反倒搞得像我犯了错一样！难道我就应该待在北平城里，等着他们来杀？
如此便能理解朱棣的愤怒和不爽。
朱棣不是昏君，一时气愤之后，他是要开创一个千秋盛世的永乐王朝了。
附表：壬午殉难主要大臣表
资料来源：《明史》《明史纪事本末》
(1) 《明史·平安传》
(2) 《明史纪事本末·燕王起兵》
(3) 《明史纪事本末·燕王起兵》
(4) 《明史·盛庸传》
(5) 《明史·盛庸传》
(6) 《明史纪事本末·燕王起兵》
(7) 《孙子兵法·九变篇》
(8) 《明史纪事本末·燕王起兵》
(9) 《明史·方孝孺传》
(10) 《明史纪事本末·燕王起兵》
(11) 《明史·齐泰传》
(12) 《明史·姚广孝传》
(13) 《明史·成祖本纪》
(14) 《明史纪事本末·燕王起兵》
(15) 《明史·平安传》
(16) 《明史·丘福传附李远传》
(17) 《明史·丘福传附李远传》
(18) 《明史·铁铉传》
(19) 《明史纪事本末·燕王起兵》
(20) 《明史纪事本末·燕王起兵》
(21) 《明史纪事本末·燕王起兵》
(22) 《明史纪事本末·燕王起兵》
(23) 庆成郡主，原为庆阳公主，朱元璋侄女，朱棣表姐，嫁黄琛，本拟按照礼法降为郡主，被朱元璋特旨批准仍为公主俸禄，建文帝时改为庆成郡主。
(24) 《明史纪事本末·燕王起兵》
(25) 《明史·成祖本纪》
(26) 《明史·盛庸传》
(27) 《明史纪事本末·燕王起兵》
(28) 《明史·恭闵帝本纪》
(29) 《明史·恭闵帝本纪》
(30) 《明史·耿炳文传》
(31) 《明史·李景隆传》
(32) 《明史·平安传》
(33) 《明史·奸臣传》
(34) 《明史·方孝孺传》
(35) 《明史纪事本末·壬午殉难》
(36) 《明史·齐泰传》
(37) 《明史·黄子澄传》
(38) 《明史·铁铉传》
(39) 《明史纪事本末·壬午殉难》