胡惟庸之案
明太祖即位后，总不放心那些帮助他开国的功臣。他设立一个叫做“锦衣卫”的特务机构，专门监视大臣的活动，谁被发现有什么嫌疑，就有被打进牢狱甚至杀头的危险。
1380年，有人告发丞相胡惟庸叛国谋反，明太祖立刻把胡惟庸满门抄斩，还下令查他的同党。这一追查，竟株连文武官员1.5万人。明太祖发了狠心，把那些有胡党嫌疑的人全杀了。
学士宋濂，在明朝开国初期受过明太祖重用，后来又当过太子的老师。宋濂为人谨慎小心，但是明太祖对他也不放心。
有一次，宋濂在家里请了几个朋友喝酒，第二天上朝，明太祖问他昨天喝酒的事，宋濂一一照实回答。明太祖笑着说：“你没欺骗我。”原来，宋濂家那天请客的时候，明太祖早已偷偷派人去监视了。后来明太祖称赞宋濂说：“宋濂跟随我19年，从没说过一句谎言，也没说过别人一句坏话，真是个贤人啊！”宋濂68岁时告老还乡，明太祖还送他一块锦缎，说：“留着它，32年后，做件百岁衣吧！”
胡惟庸案件发生后，宋濂的孙子宋慎被揭发是胡党，于是宋濂也受到株连。明太祖派锦衣卫把宋濂从金华老家抓到京城，要处死他。
马皇后知道这件事后，劝明太祖说：“老百姓家为孩子请个老师，尚且恭恭敬敬，何况是皇帝家的老师呢。再说，宋先生在乡下居住，他怎么会知道孙子的事呢？”
明太祖正在气头上，不肯饶恕宋濂。当天，马皇后陪明太祖吃饭，她呆呆地坐在桌边，不喝酒，也不吃肉。
明太祖感到奇怪，问她是不是身体不舒服。马皇后难过地说：“宋先生就要死了，我心里难受，在为宋先生祈福呢。”
马皇后和太祖是患难夫妻，明太祖平时对她也比较尊重，听她这一说，也有点感动，才下令赦免宋濂死罪，改成充军茂州（今四川茂县）。70多岁的宋濂，禁不起这场折腾，没到茂州就死去了。
过了十年，又有人告发李善长明知胡惟庸谋反不检举揭发，犯了大逆不道的罪。李善长是第一号开国功臣，又是明太祖的亲家，明太祖大封功臣的时候，曾经赐给李善长两道免死铁券。可是明太祖一翻脸，把已经77岁的李善长和他的全家七十几口全部处死。接着，再一次追查胡党，又处死了1万多人。
事情并没到此结束。
过了三年，锦衣卫又告发大将蓝玉谋反。明太祖杀了蓝玉，追查同谋，又杀了文武官员1万多人。
这两件大案下来，几乎把朝廷功臣杀个精光，明太祖的专制和残暴在历史上也就出了名。