这天，混沌病毒公然出现在城市上空蹦迪，精英队在收到情报之后迅速出击，而就在大家追击敌人之时，林乃通过卫星雷达探测到了一股新的力量，正在急速的朝混沌病毒的方向八俯冲而来。
在场的精英队众人认为是陨石坠落，武藏等人立刻紧急避难，只见陨石坠落，混沌病毒出现了。
武藏紧张的说：“看到了混沌病毒！”
土井通过探查惊讶道：“那个不明飞行物竟然有生命反应！”
“啊？”只见陨石瞬间变形，居然化为了一个蘑菇形的怪兽模样。
忍副队长开口道：“队长，飞行物竟然是怪兽！”
“怪兽？”
飞吹冷静开口道：“这样下去的话就会变成混沌病毒的猎物了！”
日普队长开口道：“忍，把怪兽从混沌病毒附近引开！”
“明白！”
随后精英队准备引开怪兽，但是这只怪兽正是冲着混沌病毒而来，只见它张开头顶的盖子，大量的混沌病毒就被它给吸收了进去。
精英队众人瞠目结舌看着这一幕，土井震惊道：“真的假的？”
武藏则是嘴巴都合不拢了，林乃喃喃道：“这只怪兽把混沌病毒吃了下去了？”
但是在最后的关键时刻，混沌病毒及时逃走，这才避免了自己被吃的命运，在混沌病毒逃走后，宇宙怪兽马萨尔加斯也遁地消失。
回到基地后，土井队员通过分析发现此怪兽的体内有着一种极为特殊的酵素，他称之为混沌嵌合体，由于这种混沌嵌合体的存在，可以让怪兽毫不畏惧的稀释混沌病毒，并且怪兽因此不会被病毒附身。
总的来说，混沌病毒在宇宙怪兽马萨尔加斯的眼里就是丰盛的大餐，他是为了寻找食物才来到了地球，精英队意识到了如果能够将这只怪兽抓获，并提取其体内的混沌嵌合体进行研究，那么混沌病毒对于地球的威胁就可以被大幅度的削弱。
这哪是怪兽啊，这分明就是上天赠予地球的礼物，事不宜迟，日普队长立刻将此情况上报给了地球防备军的最高长官。不过日普队长和忍副队长对他们说的话就像是对牛弹琴，任凭他们怎么好言相劝，防备军的长官就是不听。
好在最后防备军的司令官还算明辨是非，不像一旁的西条长官只懂得一味的消灭怪兽，但是司令官也表示，如果精英队无法抓捕怪兽，那么在必要的时刻，防备军依旧会使用特比第四909导弹切底消灭怪兽。
返回基地的途中，日普队长将刚刚经历的事情告诉了武藏，武藏反问道：“909导弹是什么武器啊？”
“好像是防卫军最近研发出来的新武器，而且杀伤力很强，专门用来消灭怪兽的可怕武器。”
武藏听后面露难色，随后一个男子跑来，并喊叫着日普队长的名字。
日普队长惊讶道：“鱼角？”随后他为日普队长解释了什么是909型号导弹。这种导弹是能够直接摧毁怪兽所有细胞的毁灭武器，一旦命中怪兽几乎没有生还的可能。
听到这里作为昔日同学的日普队长质问他，为什么要研发如此可怕的战争武器？听到这鱼角博士面露难色，他也向日普队长说明了自己的苦衷。
“这个免疫细胞碰巧制造出这种副产品，没想到被西条盯上了，刚开始那种物质的威力并没有那么强，在西条的命令下，不断的进行研究修改，才会有现在的终结者909。”
听到这日普队长瞬间就意识到西条之所以那么想要消灭这头怪兽，就是要特比第四909型号导弹进行首次的实战测试。
一旦他成功了，不仅仅是怪兽马萨尔加斯会死，就连它体内的混沌嵌合体也无法提取出来。那么好不容易找到的混沌病毒反制方法也将成为一场不切实际的幻想。
之后鱼角博士再三拜托日普队长，希望他能够阻止防备军消灭怪兽，并且成功捕捉怪兽，毕竟人微言轻他也无法改变上司的想法，只能求助于自己曾经的朋友了。
之后精英队再次探测到了混沌病毒的踪迹，而紧随其后的正是马萨尔加斯，见此情况精英队迅速出击，武藏也将这件事情告诉了雨晟，希望雨晟能够帮助他们。
在到达战场后，精英队先是使用了麻醉弹，企图让怪兽平静下来，之后再配合镭射网对马萨尔加斯进行抓捕，可让众人没想到的是马萨尔加斯丝毫不挑食，它把精英队的镭射网都当做了食物吃了下去。
与此同时，基地的林乃发现了情况有点不对劲，因为混沌病毒似乎是有目的地将怪兽往防备军的弹药库方向引去，她意识到混沌病毒很有可能要借人类之手除掉马萨尔加斯。
而精英队根本就没有办法引走怪兽，毕竟混沌病毒对于它来说，吸引力远远大于精英队的战机，精英队也束手束脚的，根本就施展不开，甚至战机都被怪兽给击中了，只能无奈的降落了
而防备军根本就不会管这么多的，一旦怪兽靠近了他们的弹药库，那么等待怪兽的就只有死路一条，好在雨晟也在此时赶了过来。
雨晟一见到马萨尔加斯就知道了，混沌病毒肯定是不会放过它的，毕竟这可是混沌病毒唯一的天敌，能够消化混沌病毒，不过被混沌病毒借防备军的手给杀了。
眼见混沌病毒就要将马萨尔加斯引到了弹药库时，雨晟出手了，直接变身为索伽奥特曼，出手控制住了混沌病毒，使用束缚光线将它控制住了，然后扔向了马萨尔加斯，只见它直接一口直接吃了混沌病毒。
随后雨晟使用缩小光线，将马萨尔加斯缩小，然后就直接带走了它，把它送去了怪兽保护岛屿，精英队众人见此松了一口气，雨晟这么做也是想要看看混沌病毒是否会为了马萨尔加斯上演葫芦娃救爷爷，一个又一个的送。
而混沌病毒也因为有雨晟的存在，并没有出手，它们也知道只要出手了，可能也会无功而返，甚至还会把自己给贴进去，只能徐徐图之，一场危机似乎就此解决了……