孤门经历过莉子的死亡，整个人都失去信心和动力，TLT组织见此只能先给孤门放放假，孤门因此又去了曾经和莉子初次见面的地方—动物园。
雨晟此时则是正在治疗准哥，准哥这最近几次被浮士德打的伤还没好，新伤旧伤交杂在一起，这次更是被浮士德吸收了光芒和生命之力，石中翼能够加快自身恢复伤口的能力，但是治愈就差了点，失去的生命之力也不能恢复。
雨晟借助光明、五行之力以及石中翼这三者之力，才恢复了准身上所有的伤，最后便让准哥好好在石中翼中修养，准哥还担心孤门可能会被黑暗势力盯上，雨晟便说：“你好好休息吧！孤门那边我会去照看的。”
随即雨晟便去做另一件事情了，雨晟在浮士德爆炸时，借助封魔盒的力量，保住了莉子最后的灵魂，让其的灵魂留存在封魔盒中，但是她的灵魂实在是太微弱了，雨晟不得不使用力量维持她的灵魂之力。
但是这种方法并不能一劳永逸，雨晟只能借助系统留下的空间，将击杀的异生兽本源之力，转化为莉子的生命能量，做完这些后，莉子的灵魂终于稳定了，雨晟也将其放进系统空间中，只要再过段时间，或许就能复活了。
解决完莉子的事，自然就是孤门的事了，沟吕木果然没有放过他，就在孤门正呆呆的坐在动物园回忆曾经的时光时，暗处的沟吕木就盯着他看。
就在此时一声“理子！”打断了孤门的思绪，孤门放下手中的小公仔看去。
“理子，稍微等等啊！”
原来是一位可爱的小女孩正在奔跑，后面则是她的家人。
“第一名！”
“没有必要这么急，动物又不会跑掉！理子。”
“但是不是要看全部的动物吗？不快点不行！”
之后这家人就准备拍照片，正巧孤门在这里，其中的男子说道：“那个不好意思，能否帮忙拍一张照片吗？”
“好的！”
最后孤门给这一家人拍下了这一幸福的时刻，随即这家人离开了这。孤门见到这家人的背影，突然又想到了莉子，不过就在此时一道声音响起。
“就算想要把家人介绍给你也做不到啊！”孤门回头看去，只见莉子的身影出现了。
“因为，因为你大家都死了！”
“莉子！”
莉子只是淡淡的看了孤门一眼，随即离开了，孤门见此立刻就跟了上去，但是一旁监视孤门的记忆警察根本就什么人都没看见，但是见此情况也只能跟了上去。
不过，当他们跟上的时候，发现孤门已经消失了！此时的他已经被沟吕木带进了黑暗空间中。
孤门先是再次经历了莉子死亡的事，随后见到了沟吕木真也。
“孤门一辉，果然，内心软弱的家伙这么容易被骗。”
孤门疑惑着看着他，沟吕木随后也介绍了自己：“我是沟吕木真也，是你的敌人！”
此时的TLT基地中，预知者也感应到了黑暗的力量，缓缓道：“看来，到了第二幕的开幕的时间了！”
“斋田莉子，只是我所操纵的人偶罢了！”
孤门握紧了手：“是你！把莉子……”
“很有趣吧？看着你们的恋人游戏！”
“开什么玩笑！”
孤门边说边向着沟吕木攻击而去，但是被其轻易躲开，孤门见一击不成，随后又靠近沟吕木拉着他的衣襟，不过被沟吕木一拳击中了肚子，孤门连连后退。
沟吕木见此实在无聊，将其拉进了黑暗领域中，领域中孤门见到了莉子的虚影，还来不及高兴，场景随之改变，又到了莉子死亡的场面。
沟吕木就是想要让孤门内心崩溃，陷入黑暗中，与此同时，雨晟终于赶来了动物园，他也发现了孤门君正在黑暗领域中，黑暗似乎很快就要附身在孤门身上。
雨晟也不浪费时间，直接变身为奥特曼，召唤帝皇铠甲合体，穿进黑暗领域中，雨晟一进去，沟吕木就发现了，雨晟直接施展禅定印，定住周围时空，随即释放净化光线，将黑暗领域一寸一寸的净化，孤门心中的黑暗也随之净化。
孤门此时也恢复正常了，看着眼前散发着光芒的巨人，随后雨晟便把孤门带离这个空间，不过就在孤门被带走时，沟吕木的声音传来：“你能救他一时，难不成能救他一世？”
雨晟微顿回应道：“那就先弄死你吧！”随即直接带走孤门，将孤门带到一处饮品店，点了两杯饮料后，缓缓对孤门说道：“孤门君！莉子还没有死，但是现在的她很虚弱，要过段时间才能回来。”
孤门惊讶道：“什么？真的吗？莉子还没有死？”
“当初，浮士德自爆后，我发现莉子的灵魂碎片还存在着，随后将其收入封魔盒，但是她现在还在恢复的过程中，所以希望你不要再悲伤，好好活着，之后能够再见到莉子。”
孤门感激道：“阿力嘎多！雨晟君！我……”
“不要这么说，只不过我希望你之后不要轻易被黑暗所控制，失去自己的光芒，保持自己善良的心！还有这件事情，不要告诉别人！”
孤门坚定的回应：“我会的！能不能让我见见她？”
随后雨晟将孤门的精神力拉进系统留下的空间中，他也看到了莉子的身影，顿时放心多了，又对着雨晟感谢了起来。
雨晟还不放心，随后在孤门心中注入一道光芒，能够在关键时刻保护他一次，之后孤门喝了饮料，雨晟就让其离开了。
孤门离开后，就遇见刚来找他的西条凪，最后西条凪还安慰了孤门，但是现在的孤门已经好多了，最后两个人一起回基地。
不过沟吕木自然不会就这么放过孤门的，当晚就控制异生兽去攻击今天让孤门拍照的一家人，不过雨晟自然知道了这件事情，直接赶来了。
雨晟来了后就发现是上次那只异生兽，雨晟也不废话，直接将其封印进封魔盒中，这次在封魔盒中，雨晟直接慢慢将其抹杀掉。
至于那家人的小命保住了，但是记忆问题，雨晟直接引来记忆警察来处理这个问题。