李世民看完纥干承基口供笔录，知道了太子李承乾要谋反的事。
他当即传令长孙无忌、房玄龄、萧瑀、李世绩与大理、中书省官员，联合再审查实。
随后果然查清太子李承乾谋反实情。
李世民派人把李承乾召入宫庭，当面厉声呵斥：
“高明（李承乾乳名）吾儿！
你已身居太子之位，我也没有废立的想法。
你有腿疾，我也没觉得你不能胜任皇帝之位！
你为什么等不及，妄想聚众逼宫，还谋杀你弟李泰？”
李承乾事败被抓，心如死灰，反而无所顾忌地笑了。
他大胆狂妄地反问李世民：
“父皇您自己不清楚吗？
我大伯李建成被你射杀，我四叔李元吉不也死在你手里？
我还不都是跟您学的？”
李世民见李承乾如此是非不分，善恶不辨，深感痛心疾首。
李世民气愤地说：
“高明！
这些年我疼你，看重你！你却叫人痛心失望！
三千年华夏文化你不爱，你崇拜突厥戎狄！
身为国家储君，你不体恤百姓，命人偷老百姓家牛羊做烧烤！
你沉迷声色歌舞享乐，不能有所节制！
你心里没有天下百姓，只有你的女宠“俳儿”，男宠“称心”！
你把敌我搏杀对决、残酷征战当成好玩的游戏玩耍！
我若把国家社稷托付给你，天下百姓将灾难无边！”
李世民气得边说边流眼泪。
李承乾看见他爹哭了，又磕头说道：
“我是一国太子，哪能还有别的奢望？
我弟李泰整天算计我，争夺我的太子位，多次诬告陷害我。
这样我才和我的东宫臣僚，商议自安自保。
都是东宫臣僚给我出主意，想着除掉李泰，逼父皇退位。
我一时被迷惑，今天愿意承受死罪。
只是我被处死，我贼弟李泰，就会得逞心愿被立为太子。
这样我死了也对他心怀怨恨！我化作鬼也要弄死他！”
李世民听他这样说，更加愤怒无语。他看了看左右侍臣，说道：
“李承乾犯了谋反大罪，该如何处置？”
群臣心里暗想：谋反是死罪啊，这还用问？回复该处死李承乾吧，不行，肯定违反了皇上意愿。
建议免杀李承乾，也不行。谁提谁就是公然主张徇私枉法。
大家都你看我，我看你，谁也不说话。
通事舍人来济这时想：皇帝肯定不想背徇私枉法恶名，又不忍心杀儿子，盼着有人站出来劝他别杀太子呢，于是他说：
“人人皆知，谋反死罪，按律当斩。
陛下您是遵法国君，同时又是皇子的慈爱父亲。
如果能够让太子得以终享天年 ，便是情与法两面兼顾了。”
李世民于是传诏废李承乾为庶人，软禁在左领军府中。
当下搜捕太子党羽，把李元昌、侯君集、李安俨、赵节、杜荷全部抓住，一个一个地审讯。
李元昌无可抵赖，当即认罪。
李世民不忍心杀他，打算给他减罪免死。
高士廉说：“不能因为亲情，废弃国法。”
李世绩说：
“汉王李元昌，游手好闲，做事荒唐离谱。
他纵情声色犬马，醉心吃喝玩乐，不干正事，应予严惩。”
争论再三，李世民决定赐令李元昌自尽。
侯君集初次受审不服，大喊：
“我虽心怀不满，但无谋反行动，不足以定罪。”
李世民宣诏侯君集女婿贺兰楚石当庭对质。
贺兰楚石把李承乾如何安排他捎话召见侯君集，李承乾和侯君集如何密商除掉魏王李泰的事说了一遍。
侯君集这才无话可说低下头来。
李世民对群臣说：
“侯君集有功于国家，可否换他免死？”
群臣齐声说：
“侯君集犯下大逆不道谋反罪，如何赦免死罪？"
李世民含泪对侯君集说：
“今天为守护国法权威，我要和你诀别了。
以后我去凌烟阁看见你的画像，怎么能不感到痛心？”
说完李世民流下眼泪。侯君集也趴在地上恸哭。
行刑官不便徇私情，牵押他到街市斩首。
临刑时，候君集对监斩刑吏说：
“我本不想造反，因心怀不满才这样，我为皇上平定吐谷浑、高昌两个国，立下功劳。
请转奏陛下，求他给我留下一个儿子别处死，让他做侯家的根苗流传后代，这样家里还有人给我上坟。”
行刑官吏答应下来。
行刑完毕，刑官向皇上复命，并且转述了侯君集死前请求。
李世民于是赦免侯君集妻子儿子死罪，改为流放岭南。
李安俨、赵节、杜荷三个人，也已审讯坐实谋反罪，当即斩首行刑。
左庶子张玄素，右庶子赵弘智、令狐德棻，因为不善管教规劝太子，削去官职回家。
因于志宁此前多次劝谏太子，李世民对他予以褒扬，毫不加罪。
纥干承基释放出狱，任命为祐川府折冲都尉，平棘县令。
从李承乾获罪被废，魏王李泰早晚入朝廷服侍父皇李世民，恪尽孝道。
李世民赞许他恭敬孝顺，当面许诺他来当太子。
中书郎岑文本、侍中刘洎劝说李世民立李泰为太子。
长孙无忌建议立晋王李治为太子。
李世民听了一概默然不答。
长孙无忌退朝后，李世民对左右侍臣说：
“昨天青雀（李泰乳名）扑到我怀里，说他今天开始才成为陛下的儿子，以前是把他过继给他三叔李玄霸当名分上儿子的。
青雀还说他只有一个儿子，他当皇帝老死的时候就把他唯一的儿子杀死，他把皇位传给他三弟晋王李治。
他说这样几句话，让我特别心疼他，我不忍心再立别人了。”
李世民还未说完，李泰对父亲李世民撒娇说的谎言被马上被褚遂良识破了。
褚遂良说：
“陛下以为李泰可怜，我却觉得李泰阴险可怕。
试想陛下您万岁之后，李泰当着皇帝，他还会主动杀死他疼爱的儿子，把皇位让给他三弟晋王李治吗？
前些日子因为李承乾、李泰之争，酿成了内变。
今天我认为立李治，才能朝政平安。”
李世民迟疑半响，竟泪水满脸地说：
“这事我实在办不到啊！”
魏王李泰担心三弟晋王李治被立为太子，特意赶去去晋王府上，平静地对李治说：
“你和李元昌素来亲善，现在李元昌谋反被处死，你没有被牵连么？”
李治听了他这样说，立刻变得忧心忡忡，愁容满面。
李世民偶尔发现了异常，李世民问 李治：
“雉奴（李治乳名），你怎么近来整天忧愁眉不展，心事重重？”
父亲这样一问，李治就把二哥李泰找他说的那些话如实告诉了李世民。
李世民这才醒悟过来：看来李泰确实有争夺太子位的心思，还拿这么不地道的话来吓唬三弟李治。
褚遂良那天提醒的没错啊，李泰够阴险的，只不过把争夺太子位的心思隐藏得很深，恭顺善良只是李泰的表面。
李世民到太极殿后边的两仪殿，让晋王李治跟随，召长孙无忌、房玄龄、李世绩、褚遂良等朝廷重臣前来。
李世民先把李泰说的，一旦他做了皇帝，老死前将杀死自己儿子，让位给三弟李治的那些活，说给他们四个人听。让他们自己去判断这话咋回事。
随后，李世民皱着眉头说：
“我的三个儿子，都为一个皇位明争暗斗，相杀相伤，算计不休，我活着还有什么意思？”
说完，李世民从座位上一跃而起，一下子扑到床上，从腰间拨出佩刀，挥向自己的脖子，要割颈自尽。
长孙无尘急忙上前劝阻，褚遂良上前把刀夺了下来，递给李治。
长孙无忌请求李世民：
“立太子之事，事关国家前途命运。
陛下打算立谁，不妨直接决定，免得朝廷议论纷纷，人心不定。”
李世民说：
“我想立晋王李治。”
长孙无忌接着话茬说：
“谨遵圣旨。”
李世民对李治说：
“你舅舅准许你了，你快去向他拜谢呀！”
长孙无忌赶忙逃避在一旁。心想：立太子是你的决定，你怎么能让外甥谢上舅舅了？
李世民又对长孙无忌、房玄龄、李世绩、褚遂良说：
“你们已经和我的想法相同，不知道其它人怎么想？”
房玄龄说：
“晋王李治仁德孝顺，不参与勾心斗角，天下人认可。
请陛下升朝再问百官，估计不会有反对的。”
李世民于是转往太极殿，召集群臣入朝说：
“李承乾反叛，李泰内心阴险，都不能立为太子。
我打算在几个儿子中选择另立一人，你们认为谁最合适？”
群臣都欢呼着说：
“选择谁都不如选晋王李治。
晋王仁德孝顺，当立为太子。”
李世民听了心情喜悦。
这时魏王李泰领一百多名骑兵，到永安门探听消息，守门官进太极殿告知李世民。
李世民命令禁卫军武官：
“你把李泰随从骑兵截住，一个也别让他们进来。
然后你派人控制住李泰，让他进入肃华门，把他软禁在皇宫北苑，安排人给他送吃送喝。
去执行吧。”
次日，李世民临驾承天门，颁布诏令，立李治为皇太子，大赦天下。
又令朝廷和官府，赏赐美酒给各家各户，畅饮喜酒庆贺三天。
李世民对侍臣说：
“我如果立李泰为太子，那就是蓄意谋取太子位的人得逞了。
从今以后，太子失道失德，趁机会算计夺取太子位的其它王子，一律废置！
这个规定要传给子孙后代，你们认为好不好？”
侍臣们连忙回答：“好！好！陛下英明！”
李世民又说：
“我如果立李泰为太子，他当上皇帝，李泰不会让李承乾、李治他俩好好存活。
我把李治立为太子，他心怀仁善，李泰、李承乾都不会被他加害。”
于是命令长孙无忌、房玄龄为太子李治的老师。
萧瑀为太子太保，李世绩为詹事，李大亮、于志宁、马周、苏勖、高季辅、张行成、褚遂良、均为东宫太子府官员。