胜利捷报使到长安，李世民想把高昌国纳入唐朝版图，设置州县。
魏征进谏说：
“陛下即位不久，麹文泰就入朝拜见，还算恭顺。
近来骄横叛逆，阻挡西域各国进贡道路，还截留各国送唐贡品，我国才兴兵前往征讨。
如今麹文泰已经病亡，上天已惩罚了他。
如今为陛下着想， 应该安抚他们的百姓，继续存留他们的国家。
册立他的后代为新国君，恩威并施，才能长远下去。
如果把高昌国土地，当作战利品，改设唐朝州县， 此后至少得安排两千人军队镇守。
每年得有几千人翻越沙漠，往来两地。
朝廷还得为驻守军队提供军饷、夏季冬季衣服、吃住费用。
驻守兵士远离亲人几千里，必定苦苦思念家乡。
同时，陛下从高昌那边得不到一把米、一尺绢帛，用来补充朝廷开支。
收归过来有害无益，我认为陛下不如不要高昌国这片土地！”
李世民说：
“高昌旧地，是西域各国和华夏通商必经之路，这条路如果一直在别国手上，能确保畅通么？
只算眼下得失，势必满足于小国寡民，账可不是这样算。
国力强大，四夷威服，让外国敬重我国，首先得疆域辽阔。
为华夏千秋万代计，即使沙漠戈壁，千里不毛之地，也是我国财富，不可轻易丢弃，任他人占去。
何况高昌不是沙漠戈壁，多有雪山融水成河，灌溉农庄田园。”
李世民没有听从魏征建议，下诏改高昌为西州，州府设在交河城。
随后设置安西都护府，派军队驻扎守卫。并诏令侯君集率大军还朝。
侯君集率领军队押着高昌国王麹智盛，还有麹智盛的弟弟麹智湛，一路高奏凯歌还朝。
从此唐朝国土，东到大海，西至焉耆国。
南到林邑(越南)，北到大沙漠，都划分了州县。
大唐疆域东西宽9510里，南北长10918里。
侯君集班师回到长安。
李世民为凯旋将士举办庆功酒宴，连续三天，放开吃酒。
将士吃醉酒失态失语，概不问罪。
醉得走路不稳，跌跌撞撞醉倒在街边，也不算过错。
侯君集命兵士押解麹智盛兄弟，进观德殿见李世民。两人跪趴在地上喊：
“高昌国罪人拜见大唐皇帝陛下。”
李世民说：“两位快请起。”
两人谢恩起身站立一侧。
李世民加恩宽待他俩，麹智盛为左武卫将军，兼金城郡公。
麹智湛为右武卫将军，兼天山郡公。
两人再次行礼谢恩。
行军总管侯君集以下将士，各有不同赏赐。
这时大臣有奏章递给李世民，弹劾侯君集占领高昌都城时，私自拿了高昌国库收藏的奇珍异宝，且私自纳藏高昌皇宫美女一名，没有报知皇上。
他的手下将领也犯下了偷抢高昌国财宝罪。
侯君集不能以身作则，没有严守法度，他害怕部下告他，也不敢制止下属偷窃私抢高昌国财物。
李世民看了弹劾奏章很愤怒，下令关押侯君集严厉审讯。
侯君集很不以为然，自言自语说：
“如今跨越沙漠，万般苦辛立下战功，反倒这么快成了罪囚。”
中书侍郎岑文本对李世民说：
“高昌国君昏乱无道，陛下命侯君集领兵， 一路千辛万苦前往征讨，短时间荡平高昌。
胜利回朝以后，所有将帅以下，都得到了重赏。
这事过了还不到十天，侯君集就被关押起来了。
侯君集自犯国法，犯罪应受惩罚。
但是恐怕全国百姓知道这事，开始怀疑陛下是只记住人的过失，忘了人立的功绩，从此人心涣散。
我听说皇帝命将领出征，如果能战胜敌人，有贪污也应再行奖赏。
如果是征战无能打了败仗，他廉洁不贪也应该予以处死。
我看到兵法上说，国君能够让将领智慧勇敢。也能够让将领贪心变傻。
古今将领，没有人没有缺点，全靠国君善于使用他们。
陛下如今应该原谅他的过错，任用他的长处。
应该让侯君集继续担任将领，以备今后随时调遣。
如果陛下能法外开恩，侯君集也应更加尽心报答陛下。”
李世民于是不再治罪侯君集。
又有人诬告薛万均，说他私下奸污了一名高昌国女子。
李世民召薛万均入朝质问，薛万均喊冤不止：
“陛下，我确实是冤枉的。
我干不出那样丢人现眼的下三滥缺德事！
是有人给臣头上泼脏水，让臣身败名裂！
望陛下明察真伪，还臣下清白！”
李世民即下令司法部门深入高昌国，待查到告发者说的那位受害女子，前来当庭对质。
魏征对李世民说：
“我听说国君尊重臣子，臣子则忠心报效国君。
如今命令我朝大将军和战败国一个女子当庭争辩，对质奸污案真假，未免有损国家名誉。
如果这事是真的，这事足够让国家蒙受羞耻。
如果查出是诬告，这事压根不存在，也成为流传中外的一个笑话。”
李世民恍然醒悟，把薛万均这事搁置，不再审问。
行军总管阿史那社尔，这次跟随大军西征，一分一毫也不贪占。
到论功行赏时，他只肯接受老弱牲畜和破烂物品，不要奇珍异宝。
李世民称赞他廉洁谨慎，下令赏赐给他从高昌国缴获的一把宝刀，又送他各色丝绸一千匹。
他是突厥处罗可汗的二儿子，率兵归顺，官封左骁卫大将军，娶了衡阳长公主，（唐高祖李渊的第十三个女儿)为驸马都尉。
这次又立功，封为毕国公。
高昌国平定后，吐蕃(西藏）赞普（国王)弃宗弄赞（松赞干布），敬仰唐朝国威和仁德教化，派使者向唐朝进贡，请求和亲。