攻占杭州后，吴天佑一直留在城北武林门外的扬威军大营里，处理各项军政事务。战后的杭州城，很快恢复了平静。由于来存率领杭州文武投降，所以战争并未对杭州产生多大破坏。一些想趁战乱之时浑水摸鱼、发点小财的人，也让扬威军抓的抓杀的杀，剩下的只能乖乖听话，做个良民。
见局面已趋安定，吴天佑才搬进杭州，在离巡抚衙门不远的一处宅院住下。此宅原属一刘姓官商，由于极度敌视太平天国，积极参与对抗扬威军，在扬威军入城后被定罪、抄家。
宅院是典型的二进四合院结构，正房加东西两厢房，一共不过十来间。结构是坐北朝南，约15此宅太小，和军帅身份不符，建议换个大点的，被吴天佑拒绝。那些大型府邸，吴天佑不是不喜欢，而是另有他用。
鉴于控制的地盘不断扩大，军政事务越来越繁重，于是决定仿明朝内阁旧制，在幕府的基础上组建“幕僚府”，负责处理民政事务，幕僚府的办公地就是原浙江巡抚衙门。
因为幕府虽然是现在下的流行称呼，并无不妥。可“幕府”二字却老让吴天佑想起后世的小日本，很是不爽。所以执意改名为幕僚府。
虽然吴天佑更喜欢后世各种部委的称呼，可考虑到对士人的吸引力以及民众的理解，吴天佑最后还是决定，采用历代标准的六部制。
在幕僚府下设官吏司、度支司、文宣司、武库司、刑法司、工农司，对应六部中的吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部。
同时，吴天佑按自己的意愿，增设了卫生司、商贸司。所以，幕僚府下实际设置八司。
贺黎明为度支司郎中、张芾是刑法司郎中、王铭镇是工农司郎中、张宝骏是官吏司郎中、杨文才是文宣司郎中、陈观堂为武库司郎中、余之莱是商贸司郎中、汪渠棠是卫生司郎中。
吴天佑又在扬威军军部设置参谋部，参谋长暂时空缺。贾绍明出任副参谋长，主持参谋部的日常工作。
杭州虽已占领，可附近的战事仍未结束。扬威军在杭州立足未稳，时刻警惕清军反扑。所以，吴天佑几乎全身心放在军事上，至于民政事务，则放手由幕僚府处理。
根据参谋部的规划，吴天佑派出第二师攻打余杭，和昱岭关方向过来的第四师、水师右营及骑兵队，形成东西夹击之势，相继攻占昌化、于潜、临安、余杭四县。
而林小虎的第五师也攻占了富阳和新城两县。整个杭州府除东北方的海宁州，已全部归扬威军掌控。随后，吴天佑根据参谋部建议，把严州、金华两府交由陆军第三师负责。把第五师和水师左营调回杭州。
这次战役，扬威军一共俘获了1万多清军士卒。经筛选，得了近8千士兵，正由武库司训练处加紧训练。三个月后，有望投入使用。
对于这次张玉良清军的进攻，吴天佑非常重视，这是扬威军占领杭州后的第一仗。只有把清军打痛、打怕了，杭州才能得到相对安宁。
于是要求贾绍明的参谋部先拿出一个初步意见，再讨论决定。贾绍明接到命令立即带领人员，连夜赶制计划。今天一早，就带着几个参谋，来找吴天佑汇报。
“报告军帅。”几人齐齐立正敬礼。
吴天佑起身回礼。“贾参谋长来啦。快坐快坐，大家都坐下。”随后吩咐卫兵上茶。
“军帅，这是我们拟定的作战计划，请你过目。”
吴天佑接过计划书，看都没看，就放下在桌面上：
“贾参谋长，你直接给我解释吧，计划我随后再仔细看。”
“是，军帅。”
贾绍明起身拿出地图，在办公桌上摊开。
“军帅，据情报，现在张玉良部的总兵力已经有3万1千人，加上民夫，人数超过4万。部队有马兵3000，前膛火枪兵2000，10门火炮。经过粮草补充，张部已于昨天从嘉兴出发......
我军计划在临平和张部决战，以特战师、炮兵1旅负责正面战场，第二师负责左翼、第四师负责右翼，水师左营、水师右营为预备队。第五师、亲兵旅驻防杭州。”
听完贾少明的讲解，吴天佑靠在椅背抬头仰望，闭上双眼沉思。严格来讲，这个计划中规中矩，没有什么问题。按扬威军的战力，击败张玉良部，打一场大胜仗当在意料之中。
可这么打，不仅不符合自己的风格，还会造成部队伤亡较大，且只能击溃敌军。怕是过不了多久，敌人又会卷土重来。这样拉锯作战，扬威军还怎么恢复生产、发展经济？
“这个计划有问题。按这样打，就算我们打赢了，能消灭多少清军，你们估算过吗？”
“估算过。我们有信心可以吃掉一半，甚至更多。”
“有道是，伤其十指不如断其一指。我要求这个计划能重创、甚至围歼这股清军。我提个想法，就是诱敌深入，把敌人放进来打，让他们败了都没地方跑。
临平到杭州有50多里路，他们一天是不能走完的，必须在途中扎营。我们这时候如果拿下临平，就会形成关门打狗之势.....你们就按这个思路重新拟定计划吧。”
吴天佑把计划书退给贾绍明，然后继续说道：
“参谋长，不是你们的计划不行。是我们现在初创，本钱小，这种消耗战我打不起啊。就算付出再多的代价，我们都要争取打歼灭战。打到敌人听到扬威军三个字就双脚发软，打到敌人看到我军就想跑。
我知道，估计你们是顾及清军深入我防区，会对当地造成巨大破坏，才想要拒敌于国门之外。有道是舍不得孩子套不着狼，哪有打仗不付出代价的。为了最后的胜利，这些血我们不得不流。还望大家不要认为我是刻薄寡恩之人才好。”
“军帅，只有快速平息战乱，才能拯救更多的人，这点道理我懂。”听到吴天佑的话，贾绍明会心一笑。随即从后面的参谋手中，取来第二套方案递给吴天佑。
吴天佑接过计划书一看，顿时乐了。没用多久就看完，然后哈哈大笑。
“英雄所见，英雄所见啊。非常好，早拿出来，就不用我浪费口水了哈。我就提醒三点，第一，做好民众疏散工作，尽量减少损失；第二，想办法在临平提前做点安排，以减少进攻损失；第三，让亲兵旅留守即可，足够防御清军。”
“这次，我将安排特战师师帅韩鹏做前敌总指挥，负责指挥整个战场，参谋长你协助。我这次就偷偷懒，处理一下政务方面的事。”
扬威军以不到2万的兵力，快速攻占杭州。消息传来，虽然有心理准备，但忠王李秀成还是很吃惊。伤亡居然不到1千，就拿下重镇杭州，可见这扬威军战力有多强悍。
现在，江南大营已经抽调1万多精锐，南下收复杭州，原定逼清妖分兵的计划成功了。战机出现，他立即策马前去天王府觐见天王，商讨出征事宜。
天王本身并不擅长军旅上的事情，自是放手让忠王全权指挥战役。忠王于是约上英王一同前去干王府，同干王洪仁玕会晤。
去年英王在太湖城与湘军大战，因为湘军抢先攻破太平军防守的太湖城，英王所部全线败退，损失惨重。幸得吴天佐率左五军殿后，拼死抵抗，才使得大部分部队能撤回，否则后果不堪设想。
英王收拢败兵，退守潜山大营，湘军也无力再战。于是双方屯军对峙，停止攻伐。因此，这次商议，也招英王参加。
李秀成首先通报了吴天佑的军报，干王、英王听后，是越想越心兴奋，同时亦暗自心惊。这吴天佑已经不是能打的问题了，是太能打了。原本只是要他攻击杭州，逼江南大营分兵即可。
可他不仅攻击了，而且占领了杭州，而且是用不到1千人伤亡的微小代价占领杭州。浙江巡抚、浙江布政使、浙江按察使、杭州将军、杭州知府等尽数被擒，无一漏网。
这还不算，他凭着自己2万多人马，还分兵同时攻占了严州和金华两府，可谓所向披靡。现在，吴天佑手握数万大军，拥有四府之地，一跃成为太平天国实力最强的部队。战报最后，通报了江南大营战将张玉良正率3万大军已经越过嘉兴，准备进攻杭州，扬威军2万大军严阵以待，大战一触即发。
鉴于如今江南大营清妖虽然还有4万，但精锐仅剩2万余，已经到了铲除他们的时候了。清妖江南大营在孝陵卫一带经营多年，建有深沟壁垒，易守难攻。
忠王的计划很详细，也很直接，就是调集12万大军参与进攻，计划兵分六路，李秀成自己从尧化门、英王部从善桥方向、刘官芳、陈坤书部自高桥门和杨辅清部自雨花台、李世贤部从北门洪山、燕子矶方向、杨辅清部自雨花台、干王带镇妖军则从城内杀出，齐头并进，内外夹击，令清妖首尾不能相顾，一举击破清妖。
各参战方以10天为准，做好战斗准备，10天后发起进攻。
扬威军攻占杭州，也让刚刚取得太湖战役胜利的湘军首领们震惊不已。曾国藩和胡林翼召集在宿松的曾国荃、李鸿章几人碰头，寻找头绪。
“诸位都知道，匪首吴天佑率军兵出徽州，连续攻占严州、金华、杭州三府，一时风头无二，甚是嚣张。现在，匪天京在北、杭州在南，对我苏州、常州一带形成夹击的势态，如不采取有效措施，江南大营、苏常等地势必不保。苏沪杭是膏腴之地，历来是我朝税赋重地，若有闪失，后果不堪设想。”说完，曾国藩端起茶杯，缓缓地品了一口。
“兄长说的怕是轻的，我看这苏州常州，根本就保不住。这事就轮不到我们操心。”曾国荃脾气火爆，一点不给他兄长留面子。
胡林翼：“涤生兄，我看沅甫说得有理。现今英法联军攻打天津，朝廷自顾不暇，江南一带就只能自保了。而苏常一带，绿营兵战力低下，领兵将领也没有几个能打的，加上是何桂清、和春这些人主政，能有什么指望。”
曾国荃：“兄长你看，贶生兄的意思和我差不多。”
胡林翼：“本官虽然认同沅甫兄所说，但此事我们却不能不管。如果任由发匪嚣张，占领苏沪杭等膏腴之地，长毛将继续坐大，将来就难以收拾了。我愿和涤生同署，向朝廷建议，派能员干将进入苏浙一带，收拾残局，涤生意下如何？”
“贶生兄一片赤诚，令为兄汗颜。我怎么能不想向朝廷建言？只是现在苏常还没有崩坏，和春又是满臣，这个时候上书，可能会适得其反。甚至挑起满汉之争，受到满臣的攻击。左季高的事就是前车之鉴，不可不防啊。”
曾国藩一番话，可谓是老谋深算，这个时候，提苏常的事情，欲防患于未然，确实为时尚早，容易授人以柄。特别是咸丰帝对汉臣颇为忌惮，不想让汉臣掌握实权，以免造成大权旁落，尾大不掉的局面。
“哈哈，涤生兄所言甚是，是小弟我浮躁了。看来，还是定力不够啊，以后得多多向涤生兄请教才是。”
“部台大人（曾国藩），学生也认为，苏沪杭地区，局势会很快失控，应早着准备。”
“哦？！少荃有何高见？”
“长毛横扫苏常一事没有任何悬念。但他们占领苏常后，势必会进攻上海。洋人为了自保，自然不会束手就擒，这就为我们联合洋人进剿长毛创造了条件。”
“少荃，你不会是想联合英法来剿灭长毛吧？要知道，英法还在进攻我朝，怎么可能和我们联手对付长毛？”曾国荃一听就跳起来了，出言质问李鸿章。
“九弟勿燥，听少荃把话说完。”
曾国藩立即出言制止了脾气暴躁的九弟。李鸿章则继续说道：
“天下熙熙，皆为利来，天下壤壤，皆为利往。英法等国以商立国，更是如此。为了保护上海，和我朝联手剿灭长毛他们怕是求之不得。”